Art. 9 Cst., art. 105 al. 1 et 2, art. 106 al. 2 LTF; arbitrariness in evidentiary assessment and scope of appellate review. The Federal Court reviews arbitrariness only with restraint, but an assessment is unconstitutional where the authority omits without reason relevant evidence, misconstrues its meaning, or reaches untenable conclusions in the result. In criminal matters, an acquittal may not rest on a selective reading of the record: all pertinent direct and indirect evidence must be assessed globally under in dubio pro reo. If the appellate court ignores witness statements and medical indications capable of supporting the accusation, the judgment must be annulled and remitted for fresh evaluation.
6B_400/2025
Arrêt du 9 octobre 2025
Ire Cour de droit pénal
Composition
Mmes et M. les Juges fédéraux
Jacquemoud-Rossari, Présidente,
Wohlhauser et Guidon.
Greffière : Mme Kistler Vianin.
Participants à la procédure
A.A.________,
représentée par Me Samuel Guignard, avocat,
recourante,
contre
Objet
Actes d'ordre sexuel sur une personne incapable de discernement ou de résistance; arbitraire,
recours contre le jugement de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 28 février 2025 (n° 47 PE22.019924/LCB/any).
Par jugement du 31 juillet 2024, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a reconnu B.________ coupable d'actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance, l'a condamné à une peine privative de liberté de 24 mois, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une amende de 3'000 fr., la peine privative de liberté de substitution en cas de non-paiement fautif étant fixée à trente jours. Sur le plan civil, il a déclaré B.________ débiteur de A.A.________ de la somme de 6'000 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 18 août 2009, à titre d'indemnité pour le tort moral subi.
B.________ avait été renvoyé devant le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne par acte d'accusation du 3 avril 2024, en raison des faits suivants:
B.________, né en 1989, et A.A.________, née en 1993, se sont rencontrés à la fin du mois de mai 2009. Ils ont entretenu une relation amoureuse dès le mois de juin 2009.
À U.________, le 18 août 2009, B.________, qui avait consommé du LSD, a rejoint A.A.________ au café V.________. Ils ont consommé une bière, puis se sont rendus sur l'esplanade de la cathédrale de U.________ pour fumer un joint de marijuana. B.________ a proposé à A.A.________ de se rendre chez lui, ce que cette dernière a accepté. Durant le trajet, la jeune fille a commencé à se sentir mal; elle s'est trouvée dans un état second, empreinte d'hallucinations visuelles, transpirante et tenant des propos incohérents.
Arrivé à son domicile, B.________, qui aidait A.A.________ à marcher, l'a emmenée dans sa chambre et lui a proposé de se coucher dans son lit. Faisant fi des manifestations de refus de la jeune fille, il l'a déshabillée, lui enlevant le bas, puis le haut, avant de se déshabiller à son tour. Il a ensuite écarté les jambes de A.A.________ et a inséré son avant-bras à l'intérieur de son sexe pendant environ 15 ou 20 minutes, en faisant, à l'intérieur de celui-ci, des mouvements de rotation, tout en se masturbant. Puis il a retiré sa main et a enfilé un préservatif sur son sexe avant de pénétrer vaginalement la victime pendant deux ou trois minutes. La jeune fille, qui était dans un état de sidération, ne cessait de gémir. Après avoir éjaculé, B.________ s'est rhabillé et a consommé un nouveau joint de marijuana.
La jeune fille a appelé son père, en pleurant, pour lui dire qu'elle ne se sentait pas bien. Celui-ci a demandé à parler à B.________, qui lui a indiqué qu'il était possible qu'il ait transmis du LSD à A.A.________ en l'embrassant. B.________ a ensuite ramené A.A.________ à la gare, tout en lui disant qu'il était très déçu et que cela ne se faisait pas d'avoir appelé son père.
Par jugement du 28 février 2025, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis l'appel formé par B.________. En conséquence, elle a libéré l'intéressé du chef d'accusation d'actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance et a rejeté les conclusions civiles de A.A.________.
Contre ce dernier jugement, A.A.________ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut, principalement, à la réforme du jugement attaqué en ce sens qu'il est constaté que B.________ s'est rendu coupable d'actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance, qu'il est condamné à une peine privative de liberté de vingt-quatre mois, avec sursis durant deux ans, ainsi qu'à une amende de 3'000 fr., la peine privative de liberté de substitution en cas de non-paiement fautif étant fixée à trente jours et qu'il est reconnu son débiteur de la somme de 6'000 fr., avec intérêts à 5 % l'an dès le 18 août 2009, à titre d'indemnité pour le tort moral subi. À titre subsidiaire, elle requiert l'annulation du jugement attaqué et le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. En outre, elle sollicite l'assistance judiciaire.
Invité à se déterminer sur le recours, le Ministère public s'en est remis à justice, sans formuler d'observations. La cour cantonale a indiqué qu'elle renonçait à se déterminer, se référant aux considérants de son arrêt. B.________ a déposé une réponse, concluant à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet; il a en outre sollicité l'assistance judiciaire. Ces prises de positions ont été transmises à A.A.________. Cette dernière a présenté des observations sur la réponse de B.________, écriture qui a été communiquée aux parties.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 143 IV 357 consid. 1 p. 358).
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent des prétentions civiles celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 4).
Selon la jurisprudence, la partie plaignante n'est habilitée à recourir contre un jugement prononçant l'acquittement du prévenu que si elle a, autant que cela pouvait raisonnablement être exigé d'elle, exercé l'action civile par adhésion à la procédure pénale (cf. art. 122 al. 1 CPP), en prenant des conclusions chiffrées en réparation de tout ou partie de son dommage matériel ou de son tort moral (ATF 137 IV 246 consid. 1.3.1; arrêts 6B_557/2024 du 14 novembre 2024 consid. 1.1; 6B_1124/2023 du 9 septembre 2024 consid. 1.1; 6B_1045/2023 du 15 avril 2024 consid. 2.2).
1.2. En l'espèce, la recourante a pris part à la procédure devant les instances cantonales. Elle a formulé des conclusions civiles à concurrence de 6'000 fr. à titre d'indemnité pour le tort moral subi, conclusions qui lui ont été allouées par le jugement de première instance. Sur appel de l'intimé, la cour cantonale a acquitté ce dernier et rejeté en conséquence les conclusions civiles de la recourante. La recourante a ainsi la qualité pour recourir au sens de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF. Son recours est par conséquent recevable.
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir apprécié les preuves de manière arbitraire. Elle estime que celle-ci a établi les faits de manière manifestement inexacte et qu'elle a acquitté à tort l'intimé de l'infraction d'actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance au bénéfice du doute.
2.1. Selon l'art. 191 aCP (dans sa teneur jusqu'au 30 juin 2024), celui qui, sachant qu'une personne est incapable de discernement ou de résistance, en aura profité pour commettre sur elle l'acte sexuel, un acte analogue ou un autre acte d'ordre sexuel, sera puni d'une peine privative de liberté de dix ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Est incapable de résistance la personne qui n'est pas apte à s'opposer à des contacts sexuels non désirés. L'incapacité de résistance peut être durable ou momentanée, chronique ou due aux circonstances. Elle peut être la conséquence d'un état mental gravement anormal, d'une sévère intoxication due à l'alcool ou à la drogue, ou encore d'entraves matérielles. Il faut cependant que la victime soit
totalement incapable de se défendre. Si l'aptitude n'est que partiellement altérée ou limitée à un certain degré, la victime n'est pas incapable de résistance (ATF 133 IV 49 consid. 7.2 et les références citées; voir également ATF 119 IV 230 consid. 3a; arrêts 6B_1330/2022 du 3 juillet 2023 consid. 3.1.3; 6B_164/2022 du 5 décembre 2022 consid. 2.1 et les références citées). L'incapacité de résistance sera par exemple retenue lorsqu'une personne, en raison de l'alcool ou de la fatigue, ne peut pas ou ne peut que faiblement se défendre contre les actes commis à son encontre. Selon la jurisprudence, la victime qui dort profondément reste incapable de résister si, après le début de l'agression sexuelle, elle se réveille mais ne peut se défendre pour des raisons physiques (arrêts 6B_317/2024 du 5 août 2024 consid. 4.2; 6B_1178/2019 du 10 mars 2021, consid. 2.2.2, non publié dans: ATF 147 IV 340 avec références). L'art. 191 aCP exige que l'auteur ait profité de l'incapacité de discernement ou de résistance de la victime, autrement dit qu'il ait exploité l'état ou la situation dans laquelle elle se trouvait (ATF 148 IV 329 consid. 3.2).
2.2. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (art. 105 al. 1 LTF), à moins que celles-ci n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, à savoir, pour l'essentiel, de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (ATF 148 IV 409 consid. 2.2; 146 IV 88 consid. 1.3.1). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables. Le Tribunal fédéral n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux, dont l'interdiction de l'arbitraire, que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 106 al. 2 LTF); les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. ATF 150 I 50 consid. 3.3.1; 148 IV 409 consid. 2.2).
La présomption d'innocence, garantie par les art. 10 CPP, 32 al. 1 Cst., 14 par. 2 Pacte ONU II et 6 par. 2 CEDH, ainsi que son corollaire, le principe
in dubio pro reo, concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves au sens large (ATF 148 IV 409 consid. 2.2; 145 IV 154 consid. 1.1). En tant que règle sur le fardeau de la preuve, elle signifie, au stade du jugement, que ce fardeau incombe à l'accusation et que le doute doit profiter au prévenu. Comme règle d'appréciation des preuves, la présomption d'innocence signifie que le juge ne doit se déclarer convaincu de l'existence d'un fait défavorable à l'accusé si, d'un point de vue objectif, il existe des doutes quant à l'existence de ce fait. Il importe peu que subsistent des doutes seulement abstraits et théoriques, qui sont toujours possibles, une certitude absolue ne pouvant être exigée. Il doit s'agir de doutes sérieux et irréductibles, c'est-à-dire des doutes qui s'imposent à l'esprit en fonction de la situation objective. Lorsque l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe
in dubio pro reo, celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (ATF 148 IV 409 consid. 2.2; 146 IV 88 consid. 1.3.1; 145 IV 154 consid. 1.1).
2.3.
2.3.1. La cour cantonale a retenu, à l'instar du tribunal de première instance, que les deux protagonistes s'étaient rendus au domicile de l'intimé le 18 août 2009, après avoir bu un verre au café V.________ et fumé un joint de marijuana sur l'esplanade de la cathédrale de U.________; elle a toutefois considéré que la thèse de l'ingestion d'une substance par la recourante à son insu ne pouvait pas être retenue faute d'éléments probants. En revanche, la cour cantonale a estimé qu'il ne pouvait pas être établi, avec suffisamment de certitude, ce qui s'était ensuite passé dans la chambre de l'intimé. Elle a admis, comme l'avait retenu le tribunal de première instance, qu'il était vraisemblable que la recourante se soit trouvée dans un état qui l'aurait laissée sans défense face à une agression sexuelle, notamment au vu des déclarations de son père. Selon la cour cantonale, rien n'indiquait toutefois qu'il y ait eu une agression ou que l'intimé ait tiré profit de cette situation (jugement attaqué, p. 25).
2.3.2. La cour cantonale a écarté les éléments retenus par le tribunal de première instance pour établir l'agression sexuelle:
En premier lieu, elle a relevé qu'à l'époque des faits, la recourante était décrite comme fragile. Elle a noté que, dès l'été 2009, l'état psychologique de la recourante s'était certes péjoré et que cela pouvait être, comme l'avait retenu le tribunal de première instance, un indice de l'existence d'un événement traumatique. Elle a toutefois constaté que l'anamnèse du compte-rendu d'hospitalisation de 2010 mettait en avant un sentiment d'abandon ("elle se sent alors abandonnée par ses parents dont l'attention est fixée sur son frère C.A.________ chez qui une psychose est suspectée"; jugement attaqué, p. 22).
Elle s'est ensuite référée au compte-rendu de l'hospitalisation de la recourante du 19 avril 2010, qui mentionnait que la recourante aurait subi un abus de son petit ami, majeur, qui aurait mis du LSD dans son verre (pièce 25). Elle a toutefois relativisé les accusations de la recourante au motif que ses parents avaient refusé de porter plainte (jugement attaqué, p. 22). En outre, elle a estimé que, pour les médecins, les déclarations de la recourante devaient être mises en perspective avec le sentiment d'abandon, dès lors que la patiente "attire l'attention de garçons plus âgés qui pourraient interpréter son comportement comme un appel à la sexualité alors qu'elle cherche à combler son manque d'affection maternelle" (jugement attaqué, p. 23).
Ensuite, la cour cantonale a mentionné le rapport du 24 juin 2019 du Dr D.________, gynécologue, qui faisait état de déclarations de la recourante concernant un abus sexuel commis sous substances en 2019 (pièce 17). Elle a relevé que, tant lors de l'audience de première instance que lors des débats d'appel, la recourante avait infirmé cet abus, en déclarant avoir consulté le gynécologue en question à la suite d'un rapport non protégé et de sa crainte de maladies sexuellement transmissibles. La cour cantonale a considéré que ces explications, en contradiction avec ce qui figurait dans le rapport du Dr D.________, venaient ébranler la crédibilité des déclarations de la recourante dans la présente affaire, dès lors que cela mettait en exergue une "possible illusion cognitive" (jugement attaqué, p. 23).
La cour cantonale a écarté le rapport du Dr E.________, psychiatre et psychothérapeute, qui a assuré le suivi de la recourante depuis 2014 (pièce 24). Elle a relevé que, lorsque la recourante a évoqué à ce médecin "une expérience de relation sexuelle non consentie", ses souvenirs étaient "vagues et assez imprécis". Ce n'est qu'en juillet 2023 que les souvenirs sont devenus plus détaillés, à savoir après le dépôt de la plainte pénale intervenu le 27 octobre 2022. Pour la cour cantonale, la version détaillée livrée au thérapeute était destinée à la procédure pénale (jugement attaqué, p. 24).
La cour cantonale a évoqué un autre suivi gynécologique en raison d'une endométriose. Le médecin, qui a fait un compte-rendu de son suivi, ne parlait ni d'opération, ni de violence sexuelle, ni même de "signes ou séquelles de violences sexuelles" (pièce 19). Dans ces circonstances, la cour cantonale a considéré que la recourante ne pouvait pas mettre en relation, sur cette base, des séquelles importantes (syndrome de Master et Allen), attestées par une ostéopathe à la veille de l'audience de jugement, avec la soirée du 18 août 2009 (jugement attaqué, p. 24).
Pour la cour cantonale, contrairement à ce que retient le tribunal de première instance, l'absence de mobile de la recourante pour dénoncer faussement des faits n'est pas un indice à charge (jugement attaqué, p. 25). La cour cantonale a considéré que la version de la recourante, selon laquelle elle avait décidé de rompre ce soir-là (malgré le fait d'ailleurs qu'elle était très amoureuse encore au mois de juillet), avant que l'intimé ne parte en Afrique, et qu'une fois la rupture consommée elle avait décidé d'aller fumer un joint avec lui et d'aller se poser un moment chez lui, n'était guère crédible. Elle a considéré que la version de l'intimé, selon laquelle la recourante n'avait pas eu l'intention de rompre (et si cela avait été le cas il ne l'aurait pas invitée chez lui) et qu'il a décidé de rompre au moment où il a compris que la recourante l'accusait de l'avoir droguée à son insu, paraissait plus vraisemblable (jugement attaqué, p. 25). Elle a ajouté que l'intimé avait été constant dans ses déclarations, qui apparaissaient mesurées, et qu'il s'était présenté au Tribunal correctionnel le 8 août 2024, à savoir dix jours avant la prescription des infractions qui lui étaient reprochées (jugement attaqué, p. 25).
3.1. Le tribunal est en principe tenu d'évaluer de manière exhaustive les éléments de preuve disponibles, dans la mesure où ils sont pertinents pour la décision. Une exploitation seulement partielle des preuves ne constitue pas une base sur laquelle le tribunal peut fonder une conviction définitive (arrêt 6B_17/2016 du 18 juillet 2017 consid. 1.4.1; WOLFGANG WOHLERS, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 3e éd. 2020, n° 29 ad art. 10 CPP; cf. également ESTHER TOPINKE, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 3e éd. 2023, n° 60 ad art. 10 CPP; JOSITSCH/SCHMID, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 4e éd. 2023, n° 235). En application du principe in dubio pro reo, la personne accusée ne doit être acquittée que si, après une appréciation globale de tous les éléments de preuve pertinents, il subsiste un doute qui ne peut être écarté quant à l'accusation portée contre elle (cf. arrêts 6B_17/2016 précité consid. 1.4.1; 6B_288/2015 du 12 octobre 2015 consid. 1.5.3; JÜRG MÜLLER, Der Grundsatz der freien Beweiswürdigung im Strafprozess, thèse ZH 1992, p. 99).
3.2. En l'espèce, la cour cantonale a estimé que "rien n'indiquait qu'il y ait eu agression" (jugement attaqué, p. 25 in fine). Cette constatation fait toutefois abstraction de la déposition de certains témoins, qui ont attesté que la recourante leur avait confié s'être fait violer par un dénommé B.________ en août 2009, ainsi que de certains passages de rapports médicaux.
3.2.1. La cour cantonale n'a pas mentionné les dépositions de F.________, une amie de la recourante, et de G.A.________, le demi-frère de la recourante, qui tous deux ont déclaré que la recourante leur avait confié à l'époque qu'elle s'était fait violer. C'est ainsi que F.________ a déclaré lors de son audition devant le ministère public que la recourante lui avait expliqué "qu'une des raisons pour laquelle elle était hospitalisée était parce qu'elle s'était fait violer (...). Elle parlait de B.________ en l'appelant B.________ H.________" (PV aud. 6 p. 2). Le demi-frère de la recourante, G.A.________, a mentionné, pour sa part, que sa soeur lui avait confié "avoir été droguée et qu'il avait abusé d'elle sexuellement" (PV aud. 8 p. 2).
3.2.2. I.A.________, le père de la recourante, a aussi déclaré que sa fille lui avait dit avoir subi des abus sexuels le lendemain des faits. La cour cantonale s'est référée à l'audition, par la police, de I.A.________, pour établir la fragilité de la recourante ("Il a expliqué que sa fille était psychologiquement fragile à cette époque. Il a évoqué des troubles autistiques d'un frère, lesquels perturbaient l'ensemble de la famille"; cf. pièce 10 p. 6; jugement attaqué, p. 22). Elle a en revanche omis de citer la suite de sa déposition en relation avec les faits survenus le 18 août 2009. Le témoin a déclaré: "J'ai le souvenir que A.A.________ m'a appelé, sur mon portable. Il me semble qu'elle était en pleurs, assez confuse. Mais je ne me souviens pas des propos exacts. Je sais qu'elle voulait que j'aille la chercher. Je sais que j'ai eu un contact téléphonique avec ce jeune homme, à ma demande. Je voulais savoir ce qui se passait" (PV aud. 2 p. 3). Questionné sur son état lorsqu'il a récupéré sa fille à la gare, il a répondu qu'"elle était assez vaseuse", "complètement schlass", "shootée", "émotionnellement épuisée" et le lendemain "elle était toujours dans les choux" (PV aud. 2 p. 3 et 4). Toujours le lendemain des faits, le père de la victime lui a demandé "s'il était arrivé quelque chose d'ordre sexuel avec ce jeune homme", parce que "quelque chose [l'avait] quand même perturbé". Elle lui a répondu par l'affirmative (PV aud. 2, p. 3 et 4).
3.3. La cour cantonale a cité les rapports des médecins ayant traité la recourante depuis 2009 de manière très partielle, omettant de mentionner les passages en relation avec les faits survenus le 18 août 2009.
3.3.1. La cour cantonale a évoqué le compte-rendu de l'hospitalisation de la recourante du 19 avril 2010 pour établir sa fragilité et un sentiment d'abandon (elle "se sentait abandonnée par ses parents dont l'attention était fixée sur son frère C.A.________ chez qui une psychose infantile était suspectée" (pièce 25/2; cf. jugement attaqué, p. 22)). Si elle a évoqué les déclarations de la recourante qui avait fait part aux thérapeutes d'un abus par son petit ami, majeur, qui aurait mis du LSD dans son verre, elle a tout de suite écarté ces déclarations.
Premièrement, elle a relevé que la recourante avait été "ambivalente s'agissant de vouloir déposer plainte, ambivalence qui semble résulter des réticences alors exprimées par les parents". Cette affirmation va toutefois à l'encontre des déclarations du père de la recourante et du Dr J.________. Ainsi, le père de la recourante a déclaré qu'il avait "évoqué la situation avec un collègue, qui était Président du Tribunal des mineurs. Il m'a répondu "descente aux enfers pour A.A.________ si vous déposez plainte". A.A.________ était suivie par un pédopsychiatre à cette époque. On en avait parlé avec ce médecin. Après discussion avec lui et A.A.________, on a décidé de ne pas déposer plainte" (PV aud. 2, p. 3, 5). Ces déclarations ont été confirmées par le Dr J.________ qui a expliqué: "La position des parents de A.A.________ a toujours été de respecter son refus d'aller plus loin et de déposer plainte. Notamment car on pensait que cela allait amplifier ses difficultés et que ça allait remuer et que ce n'était pas le moment, surtout qu'elle ne le souhaitait pas" (PV aud. 9, p. 6).
En outre, selon la cour cantonale, "pour les médecins, les accusations de la recourante doivent en substance être mises en perspective avec le sentiment d'abandon, dès lors que la patiente attire l'attention de garçons plus âgés qui pourraient interpréter son comportement comme un appel à la sexualité, alors qu'elle cherche à combler son manque d'affection maternelle" (pièce 25/2 p. 2/4; jugement attaqué, p. 23). À la lecture du rapport, il n'apparaît toutefois pas que les médecins aient fait un lien entre les déclarations de la recourante sur les faits de la cause et le constat de l'existence d'un sentiment d'abandon.
3.3.2. La cour cantonale a cité les déclarations du Dr J.________, qui a suivi la recourante de mai 2009 à novembre 2013. C'est ainsi qu'elle a mentionné que, pour ce médecin, le fait que sa patiente soit restée dans cette pièce avec B.________ et qu'elle ne se rappelle pas de ce moment-là, fait que pour elle, la conclusion la plus logique était qu'elle s'était fait abuser (PV aud. 9, |. 90 ss; jugement attaqué, p. 22), affirmation qui semble mettre en doute la crédibilité de la recourante.
La cour cantonale n'a en revanche pas cité les déclarations du médecin, en faveur de la crédibilité de la jeune fille. Lors de son audition devant le ministère public, le Dr J.________ a précisé en parlant du moment où, en automne 2009, la recourante lui a fait part des violences sexuelles subies, que A.A.________ était "plus réservée qu'à l'habituel", " on sentait qu'elle avait une plus grande retenue et qu'il y avait une plus grande gravité dans son propos" et qu'elle "était très touchée, ce qui n'était pas habituel" (PV aud. 9, p. 2). Amené à plusieurs reprises à entendre des enfants ou des adolescents victimes d'infractions sexuelles, il a ajouté: "ce discours de ne plus rien ressentir et d'effacer l'acte de sa mémoire est habituel ou fréquent chez les victimes. Il y a presque une adhésion au discours de l'agresseur. Il y a également une culpabilité chez les victimes qui les amène à ne pas vouloir porter plainte. Ces différents éléments étaient présents dans le discours de A.A.________ en rapport avec B.________ et l'événement qu'elle m'a relaté. Elle n'avait pas du tout ces éléments lorsqu'elle me parlait d'autres relations avec d'autres hommes" (PV aud. 9 p. 4). Dans son rapport du 15 janvier 2023 (pièce 26), le Dr J.________ a mentionné que "la description de l'événement du mois d'août avec B.________ reste cependant unique. Le discours qui s'en est suivi est également singulier et correspond aux descriptions faites par des victimes d'abus ou d'agressions sexuelles".
Lors de son audition, le Dr J.________ a encore indiqué que la recourante "a été hospitalisée à la suite d'actes (auto-agressifs importants) ". Il a précisé que"A.A.________ a déjà montré des actes auto-agressifs avant les faits avec B.________" mais "précise néanmoins qu'après les faits, les actes auto-agressifs se sont intensifiés" (PV aud. 9, p. 4). Pour lui, "les troubles survenus durant l'année 2009 avec des passages à des actes auto-agressifs importants sont aussi compatibles (bien que non pathognomoniques) avec ce type d'agression" (pièce 26).
3.3.3. La cour cantonale a totalement écarté le rapport du Dr E.________, psychiatre et psychothérapeute, qui a assuré le suivi de la recourante depuis 2014 en raison de troubles d'anxiété et de conflits (études, maison, travail). Elle a en effet relevé que "le souvenir est très imprécis jusqu'en juillet 2023, moment où la recourante a été capable de se rappeler de l'expérience de l'époque; or, la plainte date du 27 octobre 2022 et, dans ce document, les faits sont décrits avec une certaine précision". Elle a écarté l'explication de la recourante à l'audience d'appel, à savoir une erreur de la part du médecin dans la retranscription de la date. Elle a conclu que "la version détaillée livrée au thérapeute par la recourante semblait destinée à la procédure" et "ne correspond pas à celle livrée par la plaignante elle-même dans le cadre de la procédure" puisqu'elle souffre d'exagération (la plaignante pense que le prévenu va la tuer, elle est dans une maison avec un groupe d'amis) " (jugement attaqué, p. 24).
De nouveau, la cour cantonale fait une lecture très partielle du rapport du Dr E.________ (pièce 24). Il ressort de ce rapport que, lors d'une séance fin juillet 2023, la recourante a fait part à son thérapeute de l'expérience prétendument vécue en 2009. Elle "décrit être dans une maison avec un groupe d'amis et avec un ami, B.________". Elle "dit avoir eu de la drogue que B.________ lui aurait donnée, du LSD". "Je n'étais pas bien, il m'a dit d'aller dans sa chambre, il est venu et m'a dit que l'on allait faire des choses. Je n'arrivais pas à réagir, ni à me défendre". "J'ai pensé qu'il allait me faire mal qu'il allait me tuer que je ne rentrerais pas à la maison". Le thérapeute a exposé que, dans une autre séance, la recourante avait décrit que le viol a été produit avec violence, car B.________ aurait "introduit l'avant bras dans son vagin". Lors de séances postérieures, la recourante est parvenue à mieux se souvenir des faits. Selon le thérapeute, "c'est dans ce contexte qu'elle a décidé de porter plainte". La lecture de la suite du rapport semble ainsi confirmer la version de la recourante qu'il y a eu une erreur de date et que le dépôt de la plainte a bien été postérieur à la séance de juillet 2023. Pour le surplus, le thérapeute explique que "le parcours émotionnel de la patiente concernant l'expérience traumatique correspond aux critères d'un état de stress post-traumatique".
3.4. Enfin, la cour cantonale a considéré que les déclarations de l'intimé étaient plus crédibles que celles de la recourante concernant les raisons de leur rupture. Elle a ajouté que l'intimé avait été constant dans ses déclarations, qui paraissaient mesurées (jugement attaqué, p. 25). Elle a néanmoins estimé "qu'il était vraisemblable, au vu notamment des déclarations du père de la victime, que la recourante se soit trouvée dans un état qui l'aurait laissée sans défense face à une agression sexuelle" (jugement attaqué, p. 25), conclusion qui va à l'encontre des déclarations de l'intimé. En effet, celui-ci a déclaré "en montant dans le bus elle a eu un petit malaise. Elle a eu une perte d'équilibre en fait mais elle était consciente. Je me suis dit sur le moment que le joint devait être trop fort" (PV aud.1 p. 3). Il a ajouté ensuite en septembre 2023: "Quand elle est montée dans le bus, elle a eu une légère perte d'équilibre, comme une chute de tension" (PV aud. 5 p. 2). Lors des débats de première instance, il a toutefois reconnu "que l'état dans lequel était la plaignante n'était pas propre à des préliminaires".
3.5. En conclusion, la cour cantonale n'a pas pris en considération tous les éléments de preuves pertinents figurant au dossier. Elle a ignoré les témoignages indirects des personnes auxquelles la recourante s'était confiée et avait déclaré avoir été violée. Elle s'est référée aux rapports médicaux des médecins qui ont suivi la recourante, ne les citant que partiellement. Elle a déclaré que les déclarations de l'intimé étaient constantes, mesurées et donc crédibles, tout en ne les suivant pas. En procédant de la sorte, la cour cantonale a versé dans l'arbitraire. Le grief soulevé doit donc être admis, l'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle prenne une nouvelle décision au vu de l'ensemble des éléments du dossier.
Le recours de la recourante doit être admis, le jugement attaqué doit être annulé et la cause doit être renvoyée à la cour cantonale pour nouveau jugement.
La recourante obtient gain de cause et n'a pas à supporter de frais. Elle peut en outre prétendre à de pleins dépens qui seront mis à la charge du canton de Vaud (art. 68 al. 2 LTF), ce qui rend sans objet sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 2 LTF).
La demande d'assistance judiciaire de l'intimé doit être admise, les conditions de l'art. 64 al. 1 LTF étant réunies. En conséquence, l'intimé est dispensé des frais de procédure et Me Patrick Dubois, désigné en qualité d'avocat d'office de l'intimé (art. 64 al. 2 LTF), est indemnisé. Dans les circonstances d'espèce, il peut être renoncé de mettre des dépens à la charge de l'intimé.
Le recours est admis, le jugement attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale afin qu'elle rende une nouvelle décision.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
Le canton de Vaud versera à la recourante, en main de son conseil, la somme de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
La requête d'assistance judiciaire de l'intimé est admise. Me Patrick Guy Dubois est désigné comme avocat d'office de l'intimé et une indemnité de 1'500 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, à payer par la caisse du Tribunal fédéral.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 9 octobre 2025
Au nom de la Ire Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Jacquemoud-Rossari
La Greffière : Kistler Vianin