Art. 429 al. 1 let. b et c CPP, art. 431 CPP, art. 436 CPP; indemnisation en procédure de recours et conséquences d’une constatation d’illicéité antérieure. La prétention en réparation du dommage économique doit être invoquée et motivée de manière topique; des allégués nouveaux devant le Tribunal fédéral sont irrecevables. Lorsque le Tribunal fédéral a déjà annulé des mesures de contrainte pour violation du principe de proportionnalité, l’autorité cantonale appelée à statuer sur les indemnités ne peut pas trancher elle-même les conséquences réparatrices de cette illicéité, mais doit réserver l’examen au juge du fond, auquel il appartient d’apprécier une éventuelle indemnisation selon l’art. 429 al. 1 let. c CPP ou l’art. 431 CPP. La décision cantonale est annulée dans la mesure où elle statue prématurément sur ce point.
7B_1274/2025
Arrêt du 22 janvier 2026
IIe Cour de droit pénal
Composition
MM. les Juges fédéraux
Abrecht, Président, Kölz et Hofmann.
Greffier : M. Fragnière.
Participants à la procédure
A.________,
recourant,
contre
Ministère public de la République et canton de Neuchâtel,
passage de la Bonne-Fontaine 41,
2300 La Chaux-de-Fonds,
intimé.
Objet
Mesures de substitution à la détention provisoire (indemnisation),
recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Autorité de recours en matière pénale, du 17 novembre 2025 (ARMP.2025.87/sk).
A.a. Le 9 mai 2025, le Ministère public de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: le Ministère public) a ouvert une instruction pénale contre A.________ pour menace et violence contre les autorités et les fonctionnaires (art. 285 CP) en raison des propos qu'il avait tenus lors d'entretiens téléphoniques le 8 mai 2025 avec diverses autorités judiciaires dans le cadre de différentes procédures en lien avec sa situation familiale.
Le 20 mai 2025, le Ministère public a étendu l'instruction dirigée contre A.________, lui reprochant désormais d'avoir, à Bienne, Neuchâtel, Boudry, La Chaux-de-Fonds et en tout autre lieu, dans le courant du mois de mai 2025, appelé à diverses reprises les greffes des autorités judiciaires saisies des procédures relatives à sa situation familiale afin d'obtenir des décisions favorables. À ces occasions, A.________ aurait annoncé qu'il "n'en resterai[t] pas là", qu'il "connais[sait] tous les noms", que la présidente de l'Autorité de protection de l'adulte et de l'enfant "jou[ait] un jeu serré, que la fête [étai]t terminée" et aurait ajouté que "nous allons tous périr avec nos écrits, que c'est grave, que cette décision nous condamne". Il aurait ensuite soutenu que "[...] vous êtes mal barrés, vous êtes foutus", en précisant tout savoir notamment sur les enfants des magistrats et sur la crèche qu'ils étaient censés fréquenter ou, lors d'un autre appel, que "vous verrez bien un jour, vous le paierez", laissant ainsi entendre que, si les magistrats en charge de ses affaires ne tranchaient pas dans son sens, il pourrait s'en prendre à eux, voire à leurs proches.
A.b. A.________ a été appréhendé à son domicile le 21 mai 2025. Par ordonnance du 22 mai 2025, le Tribunal des mesures de contrainte de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: le TMC) l'a placé en détention provisoire pour une durée d'un mois, soit jusqu'au 22 juin 2025.
Par arrêt du 4 juin 2024, l'Autorité de recours en matière pénale de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: l'Autorité de recours en matière pénale) a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par A.________ contre l'ordonnance précitée.
Cette dernière décision est devenue définitive après que le recours formé à son encontre par A.________ auprès du Tribunal fédéral a été rejeté par arrêt de la IIe Cour de droit pénal du 28 juillet 2025 (cause 7B_629/2025); par arrêt du 7 octobre 2025, le Tribunal fédéral a en outre rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, la requête de révision formée par A.________ contre l'arrêt 7B_629/2025 précité (cause 7F_36/2025).
A.c. Par ordonnance du 27 juin 2025, le TMC a refusé la libération du prévenu et a prolongé sa détention provisoire jusqu'au 15 août 2025. Cette ordonnance n'a fait l'objet d'aucun recours.
Le 11 août 2025, le Ministère public a interrogé A.________ en présence de sa défenseure. Il l'a informé qu'il entendait proposer au TMC des mesures de substitution à sa détention provisoire, lesquelles correspondraient à celles qui avaient été listées dans sa correspondance adressée le 7 août 2025 à sa mandataire. Cela étant, A.________ a déclaré accepter de se conformer aux mesures proposées en expliquant qu'il allait s'installer chez sa soeur et commencer à chercher un emploi ainsi qu'un logement, très loin de Neuchâtel. Il a en outre déclaré qu'il ne souhaitait pas discuter des conditions ainsi fixées en vue de sa libération devant le TMC, ni déposer des observations écrites.
Le jour même, le Ministère public a ordonné la mise en liberté immédiate de A.________ et a requis du TMC le prononcé de mesures de substitution.
B.a. Par ordonnance du 12 août 2025, le TMC a ordonné à A.________ de se soumettre pour une durée de trois mois (soit jusqu'au 12 novembre 2025), en lieu et place de la détention, aux mesures de substitution proposées par le Ministère public, à savoir: interdiction formelle d'entrer en contact avec B.________ par quelque moyen que ce soit (1), obligation de se soumettre à une probation et de se conformer aux instructions données par l'agent de probation qui lui serait attribué (2), obligation d'entreprendre un traitement auprès d'un médecin psychiatre et de se conformer à la médication que ce dernier pourrait lui prescrire (que ce soit par voie orale ou par voie intramusculaire) (3), obligation de se soumettre aux contrôles qui pourraient être ordonnés afin de s'assurer de la prise régulière de la médication prescrite (4) et interdiction de se rendre dans les locaux d'autorités judiciaires sinon pour répondre aux convocations qui lui seraient adressées (5).
B.b. Par arrêt du 3 septembre 2025, l'Autorité de recours en matière pénale a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par A.________ contre l'ordonnance du TMC du 12 août 2025, qu'elle a confirmée.
B.c. Par arrêt 7B_994/2025 du 23 octobre 2025, la IIe Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a partiellement admis le recours interjeté par A.________ contre cet arrêt. Elle a réformé celui-ci en ce sens que le recours déposé contre l'ordonnance du TMC du 12 août 2025 était partiellement admis, cette ordonnance étant réformée en ce sens que l'obligation d'entreprendre un traitement auprès d'un médecin psychiatre ne s'étendait pas à la prise de médicament et à tout contrôle y relatif. Pour le surplus, le recours a été rejeté dans la mesure où il était recevable et la cause a été renvoyée à l'Autorité de recours en matière pénale pour qu'elle statue sur les frais et les éventuelles indemnités de la procédure cantonale.
B.d. Par arrêt sur renvoi du 17 novembre 2025, l'Autorité de recours en matière pénale a mis les frais de la procédure de recours, arrêtés à 200 fr., à la charge de A.________ par 100 fr. et les a laissés à la charge de l'État pour le surplus. Elle a en outre dit que A.________ n'avait droit à aucune indemnité.
B.e. Par arrêt du 5 décembre 2025 (7F_47/2025), la requête de révision formée par A.________ contre l'arrêt 7B_994/2025 a été rejetée, dans la mesure de sa recevabilité.
A.________ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 17 novembre 2025, en concluant principalement à sa réforme en ce sens que lui soient accordées une indemnité de 80'000 fr. à titre de réparation du tort moral causé par les mesures de substitution "illégales n° 3 et n° 4 du 12 août 2025, reconnues comme telles par l'arrêt fédéral 7B_994/2025", ainsi qu'une indemnité de 4'000 fr. correspondant aux "frais de procédure nécessaires exposés pour obtenir la suppression des mesures illégales". Il conclut en outre à l'annulation de l'arrêt attaqué dans la mesure où une indemnité au sens de l'art. 429 CPP lui est refusée, ainsi qu'au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour "fixation et exécution formelle de cette indemnisation". Le recourant sollicite l'assistance judiciaire pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.
Le recours en matière pénale au Tribunal fédéral est ouvert contre les décisions sur les prétentions en indemnisation prévues aux art. 429 ss CPP (cf. ATF 139 IV 206 consid. 1; arrêts 7B_652/2023 du 4 novembre 2025 consid. 1; 7B_229/2024 du 24 juin 2025 consid. 1; 7B_88/2023 du 6 novembre 2023 consid. 1.2). Le recourant, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, conteste la décision attaquée sur renvoi en tant qu'elle lui refuse toute indemnité au sens des art. 429 al. 1 let. b et c CPP. Il dispose à cet égard de la qualité pour recourir, conformément à l'art. 81 al. 1 LTF (cf. ATF 138 IV 248 consid. 2; arrêt 7B_35/2022 du 22 février 2024 consid. 1). Pour le surplus, le recours a été déposé en temps utile (cf. art. 44 ss et 100 al. 1 LTF). Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2.1. Invoquant une violation de l'art. 429 al. 1 let. b CPP notamment, le recourant reproche en premier lieu à l'autorité précédente de ne pas lui avoir accordé d'indemnité pour le dommage économique en raison de sa participation à la procédure de recours.
2.2.
2.2.1. L'art. 436 CPP prévoit que les prétentions en indemnités et en réparation du tort moral dans la procédure de recours sont régies par les art. 429 à 434 CPP (al. 1); si ni un acquittement total ou partiel, ni un classement de la procédure ne sont prononcés mais que le prévenu obtient gain de cause sur d'autres points, il a droit à une juste indemnité pour ses dépenses (al. 2). L'art. 436 CPP règle les prétentions en indemnités et en réparation du tort moral pour la procédure de recours. Il vise la procédure de recours en général, à savoir les procédures d'appel et de recours (art. 393 ss CPP). Le renvoi de l'art. 436 al. 1 CPP aux art. 429 à 434 CPP ne signifie pas que les indemnités doivent se déterminer par rapport à l'issue de la procédure de première instance. Au contraire, elles doivent se fixer séparément pour chaque phase de la procédure, indépendamment de la procédure de première instance. Le résultat de la procédure de recours est déterminant (ATF 142 IV 163 consid. 3.2.2).
2.2.2. Aux termes de l'art. 429 al. 1 let. b CPP, si le prévenu est acquitté totalement ou en partie ou s'il bénéficie d'une ordonnance de classement, il a droit à une indemnité pour le dommage économique subi au titre de sa participation obligatoire à la procédure pénale.
Cette disposition instaure une responsabilité causale de l'État, qui est tenu de réparer l'intégralité du dommage en rapport de causalité adéquate avec la procédure pénale (ATF 142 IV 237 consid. 1.3.1). Elle vise essentiellement des pertes de salaires et de gains liées à l'impossibilité de réaliser une activité lucrative en raison du temps consacré à la participation aux audiences ou d'une mise en détention avant jugement. Elle concerne également l'éventuelle atteinte à l'avenir économique consécutive à la procédure, de même que les autres frais liés à la procédure, comme les frais de déplacement ou de logement (arrêts 6B_916/2024 du 12 septembre 2025 consid. 4.1; 6B_1246/2022 du 11 octobre 2023 consid. 9.1.3; 7B_29/2022 du 9 octobre 2023 consid. 2.1.1). L'évaluation du dommage économique se fait en application des règles générales en matière de responsabilité civile (art. 41 ss CO; ATF 142 IV 237 consid. 1.3.1; arrêt 7B_652/2023 du 4 novembre 2025 consid. 2.2 et les réf. citées).
2.2.3. En vertu de l'art. 429 al. 2 CPP, l'autorité pénale examine d'office les prétentions du prévenu et peut lui enjoindre de les chiffrer et de les justifier. S'il lui incombe, le cas échéant, d'interpeller le prévenu, elle n'en est pas pour autant tenue d'instruire d'office l'ensemble des faits pertinents concernant les prétentions en indemnisation. C'est au contraire au prévenu qu'il appartient de prouver le bien-fondé de ses prétentions, conformément à la règle générale du droit de la responsabilité civile selon laquelle la preuve du dommage incombe au demandeur (art. 42 al. 1 CO; ATF 146 IV 332 consid. 1.3; 142 IV 237 consid. 1.3.1). Le prévenu doit ainsi prouver non seulement l'existence et l'étendue du dommage, mais également le lien de causalité entre celui-ci et l'événement à la base de son action (arrêts 6B_916/2024 du 12 septembre 2025 consid. 4.1; 6B_1246/2022 précité consid. 9.1.6; 7B_12/2021 du 11 septembre 2023 consid. 3.2.2; 6B_853/2021 du 16 novembre 2022 consid. 5.1.4).
Dire s'il y a eu dommage et quelle en est la quotité est une question de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 et 2 LTF). C'est en revanche une question de droit (art. 106 al. 1 LTF) de dire si la notion juridique du dommage a été méconnue et de déterminer si l'autorité cantonale s'est fondée sur des principes de calcul admissibles pour le fixer (ATF 139 V 176 consid. 8.1.3; arrêts 6B_916/2024 précité consid. 4.1; 7B_12/2021 précité consid. 3.2.2).
2.2.4. Selon l'art. 42 al. 1 LTF, les mémoires de recours au Tribunal fédéral doivent indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés. En particulier, la partie recourante doit motiver son recours en exposant succinctement en quoi la décision attaquée viole le droit (cf. art. 42 al. 2 LTF). Pour satisfaire à cette exigence, il appartient à la partie recourante de discuter au moins brièvement les considérants de la décision litigieuse (ATF 143 II 283 consid. 1.2.2; 140 III 86 consid. 2); en particulier, la motivation doit être topique, c'est-à-dire se rapporter à la question juridique tranchée par l'autorité cantonale (ATF 123 V 335 consid. 1; arrêt 7B_715/2024 du 18 octobre 2024 consid. 1.1 et l'arrêt cité).
Le Tribunal fédéral n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux, dont l'interdiction de l'arbitraire, que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (art. 106 al. 2 LTF; ATF 148 IV 409 consid. 2.2; 147 IV 73 consid. 4.1.2). Il n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (ATF 146 IV 88 consid. 1.3.1; 145 IV 154 consid. 1.1; 143 IV 241 consid. 2.3.1).
2.3. En l'espèce, la cour cantonale a considéré que l'octroi d'une indemnité au sens de l'art. 429 al. 1 let. b CPP n'entrait pas en ligne de compte. Elle a estimé à dix heures au plus le temps raisonnable qu'un justiciable non représenté aurait dû consacrer pour se défendre dans le cadre de la procédure de recours. L'activité en question pouvant ainsi être répartie dans le délai légal de recours, un justiciable lambda pouvait s'y consacrer sans que cela l'entrave dans l'exercice usuel de son activité lucrative. Cela valait pour le recourant, d'autant qu'il ne prétendait pas avoir exercé une activité lucrative à l'époque où le délai de recours était pendant (cf. arrêt attaqué, consid. 3.2.2 p. 8).
2.4. Face à la motivation cantonale, le recourant soutient que les démarches entreprises pour contester les mesures de substitution à la détention provisoire, dont certaines ont été constatées comme étant illicites, lui auraient occasionné de "nombreux frais et charges". Entre août et novembre 2025, il aurait, selon lui, déployé des "efforts considérables" en agissant seul pour "contrer la médication forcée", notamment par le dépôt d'un recours cantonal puis au Tribunal fédéral, par la constitution de volumineux dossiers et par des correspondances. Le recourant précise que cette "charge exceptionnelle" qui lui aurait été imposée aurait impliqué des "frais concrets non négligeables", tels que des "frais d'impression et de reproduction", "divers frais postaux" et du "temps investi" pour la rédaction d'écritures "complexes et répétées".
Ce faisant, le recourant n'expose pas, par une motivation conforme aux exigences accrues en la matière (cf. consid. 2.2.4
supra), en quoi l'autorité précédente aurait omis de constater l'existence d'un dommage. Il ne prétend en particulier pas qu'il aurait allégué devant l'autorité précédente les postes du prétendu dommage qu'il évoque ainsi pour la première fois dans son recours devant le Tribunal fédéral. Or il s'agit d'allégations nouvelles qui ne sont pas recevables dans un recours en matière pénale au Tribunal fédéral (cf. art. 99 al. 1 LTF). Il ne cherche en outre pas à chiffrer ces différents postes du dommage allégué, étant observé qu'il avait globalement conclu à l'allocation d'une indemnité de 80'000 fr. au sens de l'art. 429 CPP devant la cour cantonale (cf. arrêt attaqué, consid. 3.2 p. 7) et que, dans le présent recours, il chiffre à 4'000 fr. sa conclusion correspondant aux "frais de procédure nécessaires exposés pour obtenir la suppression des mesures illégales". Le recourant n'articule enfin aucune critique topique tendant à établir que la motivation cantonale (cf. consid. 2.3
supra) serait contraire au droit fédéral; il n'explique pas en quoi l'activité déployée durant la procédure cantonale de recours l'aurait entravé dans l'exercice usuel de toute activité lucrative.
2.5. Le recours s'avère irrecevable sur ce point.
3.1. En second lieu, le recourant fait grief à la cour cantonale de ne pas lui avoir octroyé d'indemnité à titre de réparation du tort moral qu'il aurait subi en raison des mesures de substitution en tant que celles-ci l'obligeaient à se conformer à toute médication par voie orale ou par voie intramusculaire que le médecin psychiatre aurait pu lui prescrire et à se soumettre à tout contrôle y relatif. Il se prévaut à cet égard d'une violation de l'art. 429 al. 1 let. c CPP, ainsi que des art. 5 par. 5 CEDH, 29 et 36 Cst.
3.2.
3.2.1. À teneur de l'art. 429 al. 1 let. c CPP, si le prévenu est acquitté totalement ou en partie ou s'il bénéficie d'une ordonnance de classement, il a droit à une réparation du tort moral subi en raison d'une atteinte particulièrement grave à sa personnalité, notamment en cas de privation de liberté.
Dans ce cas de figure, si la détention avant jugement était conforme aux règles légales de fond comme de procédure au moment de son prononcé, elle se révèle ensuite injustifiée, compte tenu de l'abandon (partiel) des poursuites (arrêts 7B_357/2024 du 27 novembre 2024 consid. 2.2.1; 7B_420/2023 du 20 septembre 2024 consid. 2.2.1 et l'arrêt cité). Aussi, l'indemnité du prévenu acquitté (art. 429 al. 1 let. c CPP) doit être distinguée de celle à allouer au prévenu victime d'une mesure de contrainte illicite (art. 431 al. 1 CPP), dans la mesure où elles reposent sur des chefs de responsabilité différents (cf. arrêt 7B_682/2023 du 27 novembre 2023 consid. 4.3 et la réf. citée).
3.2.2. Aux termes de l'art. 431 al. 1 CPP, si le prévenu a, de manière illicite, fait l'objet de mesures de contrainte, l'autorité pénale lui alloue une juste indemnité et réparation du tort moral.
Selon la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, lorsqu'une irrégularité constitutive d'une violation d'une garantie conventionnelle ou constitutionnelle a entaché la procédure relative à la détention provisoire, celle-ci peut être réparée par une décision de constatation (ATF 141 IV 349 consid. 2.1; 140 I 246 consid. 2.5.1; 139 IV 41 consid. 3.1). Une telle décision vaut notamment lorsque les conditions de détention provisoire illicites sont invoquées devant le juge de la détention; à un tel stade de la procédure, seul un constat peut donc en principe intervenir et celui-ci n'a pas pour conséquence la remise en liberté du prévenu (ATF 142 IV 245 consid. 4.1; 141 IV 349 consid. 2.1; 139 IV 41 consid. 3.1 et 3.4). Il appartient ensuite à l'autorité de jugement d'examiner les possibles conséquences des violations constatées, par exemple par le biais d'une indemnisation fondée sur l'art. 431 CPP ou, le cas échéant, par une réduction de la peine (ATF 142 IV 245 consid. 4.1; 141 IV 349 consid. 2.1).
3.3. En l'occurrence, l'autorité précédente est entrée en matière sur la requête du recourant tendant à l'octroi d'une indemnité à titre de réparation du tort moral subi en raison de prétendues atteintes causées par les mesures de substitution qui ont été annulées par arrêt 7B_994/2025 du 23 octobre 2025 (cf. let. B.b supra). Cela étant, elle a considéré que les mesures annulées par le Tribunal fédéral n'avaient pas pu causer au recourant une atteinte à la personnalité, ni a fortiori une atteinte d'une intensité telle qu'elle ouvrirait la voie à une réparation du tort moral au sens de l'art. 429 al. 1 let. c CPP (cf. arrêt attaqué, consid. 3.2.3 p. 8 ss).
3.4. La cour cantonale ne saurait être suivie.
Il ne ressortissait en effet pas à sa compétence de se prononcer sur la requête dont il est ici question. Il incombe à l'autorité de jugement de se prononcer sur les possibles conséquences de la violation du droit fédéral constatée par le Tribunal fédéral dans son arrêt 7B_994/2025 du 23 octobre 2025. À ce stade de la procédure, seul un constat d'illicéité - tel qu'il résulte de l'arrêt du Tribunal fédéral annulant certaines mesures de substitution en raison de la violation du principe de la proportionnalité (cf. arrêt 7B_994/2025 précité consid. 4.5.1 et 4.6) - pouvait intervenir, étant rappelé qu'il appartiendra ensuite à l'autorité de jugement de statuer sur toute requête du recourant qui pourrait être fondée sur l'art. 429 al. 1 let. c CPP ou sur l'art. 431 CPP (cf. consid. 3.2
supra).
3.5. Par conséquent, c'est en violation du droit fédéral que la cour cantonale est entrée en matière sur la requête d'indemnisation du recourant relative aux mesures de substitution annulées par le Tribunal fédéral et qu'elle lui a refusé toute indemnité à cet égard.
Il s'ensuit que le recours doit être partiellement admis dans la mesure où il est recevable et que, partant, l'arrêt attaqué doit être annulé en tant qu'il refuse d'octroyer au recourant une indemnité à titre de réparation du tort moral subi en raison d'éventuelles atteintes causées par les mesures de substitution annulées par arrêt du Tribunal fédéral 7B_994/2025. Vu le sort du recours, les autres griefs soulevés par le recourant, ainsi que sa conclusion tendant à ce que l'arrêt attaqué soit réformé en ce sens qu'une indemnité lui soit octroyée à ce titre, deviennent sans objet.
Au regard de la nature procédurale de la question examinée et dans la mesure où le Tribunal fédéral n'a pas traité la cause sur le fond, ne préjugeant ainsi pas de l'issue de celle-ci, le présent arrêt peut être rendu sans ordonner préalablement un échange d'écritures (cf. ATF 133 IV 293 consid. 3.4.2; arrêt 7B_212/2023 du 27 juin 2025 consid. 5 et les réf. citées, destiné à la publication).
Le recourant, dont la conclusion tendant à l'obtention d'une indemnité au sens de l'art. 429 al. 1 let. b CPP a été déclarée irrecevable (cf. consid. 2 supra), obtient partiellement gain de cause. Aussi, la requête d'assistance judiciaire est sans objet dans la mesure où le recourant obtient gain de cause et n'a pas à supporter de frais à cet égard. Pour le reste, elle doit être rejetée dès lors que le recours était dénué de chances de succès s'agissant des aspects sur lesquels le recourant a succombé (art. 64 al. 1 LTF). Dans cette mesure, le recourant supportera des frais réduits en raison de l'issue de la procédure (art. 66 al. 1 LTF). Le recourant, qui a procédé sans l'assistance d'un mandataire professionnel, n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF; ATF 133 III 439 consid. 4; arrêts 7B_994/2025 précité consid. 6; 7B_247/2023 du 8 mai 2025 consid. 6).
Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable et n'est pas sans objet. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il refuse d'octroyer au recourant une indemnité à titre de réparation du tort moral subi en raison d'éventuelles atteintes causées par les mesures de substitution annulées par arrêt du Tribunal fédéral 7B_994/2025 du 23 octobre 2025.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée dans la mesure où elle n'est pas sans objet.
Une partie des frais judiciaires, arrêtée à 600 fr., est mise à la charge du recourant.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Autorité de recours en matière pénale, au Tribunal des mesures de contrainte du Littoral et du Val-de-Travers, à Me Isabelle Nativo, La Chaux-de-Fonds, et à l'Office d'exécution des sanctions et de probation du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 22 janvier 2026
Au nom de la IIe Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Abrecht
Le Greffier : Fragnière