Geneva property gains tax after broken replacement chainGénéré par IA

9C_109/2024

Arrêt du 24 juin 2025

IIIe Cour de droit public

Composition
Mme et MM. les Juges fédéraux
Moser-Szeless, Présidente,
Parrino et Beusch.
Greffier : M. Feller.

Participants à la procédure
A.A.________et B.A.________,
représentés par Me Antoine Berthoud, avocat,
recourants,

contre

Administration fiscale cantonale du canton de Genève,
rue du Stand 26, 1204 Genève,
intimée.

Objet
Impôt sur les gains immobiliers du canton de Genève, période fiscale 2021,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 9 janvier 2024 (A/2698/2022-ICC ATA/21/2024).

Faits :

A.

A.a. Le 12 octobre 1998, A.A.________ et B.A.________ (ci-après: les contribuables) ont acquis un immeuble à U.________ dans le canton de Vaud pour un montant de 1'450'000 fr., qu'ils ont revendu pour un montant de 3'875'000 fr., le 30 novembre 2012.
Le 18 novembre 2011, les époux A.A.________ et B.A.________ ont acquis un bien immobilier (ci-après: bien de remplacement) situé à V.________ dans le canton de Genève pour un montant de 2'800'000 fr.

A.b. Par bordereau du 13 février 2013, l'Office d'impôt du district de Nyon (ci-après: l'office des impôts vaudois) a accordé un report d'impôt aux époux A.A.________ et B.A.________; il a fixé le gain immobilier différé à 1'366'520 fr. en lien avec la vente de l'immeuble de U.________ et l'achat du bien immobilier à V.________.

A.c. À la suite de la vente du bien de remplacement en août 2021 pour un prix de 2'750'000 fr., déclarée par les contribuables le 28 septembre suivant, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a notifié à chacun des époux deux bordereaux de taxation, assortis d'avis de taxation, datés du 21 novembre 2021, pour l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers. Selon les premiers bordereaux et avis de taxation, le gain immobilier imposable correspondait à 0 fr. (en fonction de dates d'acquisition et d'aliénation fixées respectivement au 25 novembre 2011 et au 17 août 2021, d'une durée de possession de neuf ans, d'un taux de 15 %, d'un total de valeur d'acquisition de 2'912'900 fr. et d'aliénation de 2'830'776 fr. (recte: 2'669'224 fr.). Dans les seconds bordereaux et avis de taxation, l'Administration fiscale cantonale a arrêté le gain immobilier imposable à 1'366'520 fr. (en fonction de dates d'acquisition et d'aliénation fixées respectivement au 25 novembre 1998 et au 17 août 2021, d'une durée de possession de 22 ans, d'un taux de 10 %, d'un total de valeur d'acquisition de 2'908'900 fr. et d'aliénation de 4'275'420 fr.). L'impôt s'élevait à 68'326 fr. par contribuable.
L'Administration fiscale cantonale a confirmé le montant du gain immobilier et le taux d'imposition en rejetant les réclamations des époux A.A.________ et B.A.________ par décisions du 26 juillet 2022.

B.

B.a. Par jugement du 27 mars 2023, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI) a partiellement admis le recours des contribuables du 25 août 2022 et a renvoyé la cause à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle rende de nouvelles décisions de taxation. Il a fixé le gain immobilier à 1'126'844 fr. sur la base des éléments suivants: total de la valeur d'acquisition 1'542'380 fr. (achat immeuble pour 1'450'000 fr. plus les impenses de 92'380 fr. selon le bordereau vaudois); prix de vente de 2'669'224 fr. (soit le prix de vente de 2'750'000 fr. moins la commission de vente de 80'776 fr.); durée de possession de vingt-deux ans; taux d'imposition de 10 %.

B.b. Le 26 avril 2023, l'Administration fiscale cantonale a recouru contre le jugement du TAPI en concluant à son annulation et à la confirmation de sa décision sur réclamation.
Les époux ont également interjeté un recours contre ce jugement le 28 avril 2023 en concluant à ce que le gain immobilier soit fixé à 289'922 fr. pour chacun d'eux et que le taux applicable soit fixé à 10 %. Ils ont en outre requis la prise en considération de frais d'acquisition de l'appartement de V.________ d'un montant de 112'000 fr., d'une majoration de 30 % ainsi que des impenses arrêtées par l'office des impôts vaudois dans son bordereau du 13 février 2013.
Par arrêt du 9 janvier 2024, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a admis le recours de l'Administration fiscale cantonale; elle a annulé le jugement du TAPI du 27 mars 2023 et rétabli les décisions sur réclamation du 26 juillet 2022. Elle a par ailleurs rejeté le recours des époux A.A.________ et B.A.________.

C.

A.A.________ et B.A.________ interjettent un recours en matière de droit public contre cet arrêt. Ils concluent principalement à son annulation et au renvoi de la cause à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle émette de nouveaux bordereaux d'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers en tenant compte d'un gain réalisé par contribuable de 289'922 fr. et d'une durée de possession de vingt-deux ans.
L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours. Les époux A.A.________ et B.A.________ se sont déterminés sur la réponse de celle-ci.

Considérant en droit :

1.

La voie du recours en matière de droit public est ouverte (art. 82 let. a, 86 al. 1 let. d et al. 2, 90 LTF), la cause ne tombant sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF (cf. également l'art. 73 LHID [RS 642.14]). Le recours a par ailleurs été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prévues par la loi (art. 42 LTF) par les recourants qui ont qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). En outre, même si les recourants demandent l'annulation de l'arrêt cantonal alors que le recours en matière de droit public se caractérise comme un recours en réforme (art. 107 al. 2 LTF), cette conclusion est recevable. En effet, il découle des motifs de leur recours, dont il y a lieu de tenir compte pour en interpréter les conclusions (cf. ATF 137 II 313 consid. 1.3), que les contribuables contestent le montant retenu à titre de gain immobilier et requièrent le renvoi de la cause à l'Administration fiscale cantonale et à ce qu'il lui soit ordonné de rectifier l'imposition sur les bénéfices et les gains immobiliers. Il convient donc d'entrer en matière sur le recours.

2.

2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Selon l'art. 106 al. 2 LTF toutefois, il n'examine la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 146 I 62 consid. 3; 142 II 369 consid. 2.1). Le Tribunal fédéral examine en principe librement la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, à moins que les dispositions de cette loi fédérale ne laissent une marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas son pouvoir d'examen se limite aux griefs constitutionnels dûment invoqués, et en particulier celui de l'arbitraire (cf. ATF 144 II 313 consid. 5.3; 134 II 207 consid. 2).

2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 147 I 73 consid. 2.1; 145 V 188 consid. 2; 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces deux conditions seraient réalisées. À défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 145 V 188 consid. 2; 137 II 353 consid. 5.1).

3.

Le litige porte sur l'imposition du gain immobilier des recourants dans le canton de Genève, à la suite de la vente du bien de remplacement en août 2021 dans ce canton. Est contesté le calcul du gain immobilier, avant tout la détermination du prix d'acquisition et la prise en compte ou non des frais d'acquisition du bien de remplacement.

4.

4.1. L'impôt sur les gains immobiliers est un impôt cantonal, harmonisé à l'art. 12 LHID. La LHID ne contient que peu de dispositions sur l'impôt sur les gains immobiliers. La perception d'un tel impôt est certes prescrite (cf. art. 2 al. 1 let. d LHID) mais la LHID demeure vague en ce qui concerne l'aménagement de l'impôt et ne contient que peu de directives pour les cantons. Elle ne s'exprime notamment que de manière générale sur la détermination du bénéfice imposable. Conformément à la marge de manoeuvre qui leur est laissée, les cantons n'ont pas réglé l'imposition des gains immobiliers de manière uniforme (ATF 130 II 478 consid. 5.1 et les références; 143 II 382 consid. 2.1).

4.2. L'art. 12 al. 1 LHID prévoit que l'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses). Le législateur fédéral a conçu les éléments essentiels de la disposition précitée comme des notions juridiques indéterminées; les notions de "produit", de "frais d'investissement" et de "valeur de remplacement" ne sont pas définies plus avant, et la Confédération laisse aux cantons une certaine marge de manoeuvre dans la définition du bénéfice imposable. Dans cette mesure, les dispositions en matière d'impôt sur les gains immobiliers qui concrétisent ces notions se présentent comme du droit cantonal (art. 1 al. 3 LHID; ATF 150 II 478 consid. 5.1.1 et les références; sur la notion en général de "valeur de remplacement", cf. arrêt 9C_9/2023 du 2 août 2023 consid. 4.2.3 et les références).

4.3.

4.3.1. L'art. 12 al. 3 let. e LHID prévoit que l'imposition est différée en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
Selon la jurisprudence, la prorogation de l'imposition prévue par l'art. 12 al. 3 LHID signifie qu'un transfert constituant en soi un acte d'aliénation n'est cependant pas soumis à imposition. Tout se passe, sous l'angle de l'impôt sur les gains immobiliers, comme si le transfert n'avait pas eu lieu ou, en d'autres termes, comme s'il n'y avait pas eu réalisation d'un gain. La prorogation n'implique toutefois pas une exemption définitive, qui serait d'ailleurs contraire à l'art. 12 LHID. En d'autres termes, le mécanisme du report d'imposition ne constitue pas une exonération fiscale (ATF 141 II 207 consid. 4.2.1). En effet, l'augmentation de valeur qui s'est produite entre la dernière aliénation imposable et l'acte prorogeant l'imposition n'est que provisoirement pas taxée; l'imposition est simplement différée jusqu'à nouvelle aliénation imposable, qui tiendra alors compte de l'augmentation de la valeur qui s'est produite depuis la dernière aliénation imposable (arrêts 9C_383/2023 du 20 février 2025 consid. 3.3.1; 9C_786/2023 du 10 octobre 2024 consid. 4.3.1 et les références; 2C_227/2017 du 17 novembre 2017 consid. 4.4.1 et les références; sur l'historique de l'adoption de l'art. 12 al. 3 LHID, cf. ATF 141 II 207 consid. 4.3; 130 II 202 consid. 5.2).

4.3.2. Dans le domaine de l'interdiction de la double imposition intercantonale et au sujet de l'art. 12 al. 3 let. e LHID, le Tribunal fédéral a considéré qu'en cas de remploi au sens de cette disposition, le droit à l'imposition de la substance latente revenait intégralement et exclusivement au canton d'arrivée du contribuable, respectivement au dernier canton d'arrivée (arrêt 2C_337/2012 du 19 décembre 2012 consid. 3.5, StR 68/2013 p. 368; RDAF 2013 II 350). Dans le contexte d'un report de l'impôt sur les gains immobiliers ensuite de l'acquisition en remploi d'une habitation, il convient d'appliquer également la méthode unitaire aux transferts équivalant à un réinvestissement. Cela signifie que le droit d'imposer le substrat fiscal latent lorsque la chaîne d'acquisition en remploi est brisée revient également dans ces cas entièrement et exclusivement au canton dans lequel s'est installé l'assujetti (personne physique), respectivement le dernier des cantons dans lequel celui-ci s'est installé, les cas d'abus de droit étant réservés (ATF 143 II 694 consid. 4).
La méthode unitaire est donc caractérisée par le fait que le substrat fiscal latent est imposé dans le canton dans lequel a lieu l'aliénation de l'immeuble acquis en remploi, sans qu'un nouveau remploi n'entre en ligne de compte. Le substrat latent, fondé sur la première aliénation, le cas échéant d'autres gains bruts reportés en raison de changements de propriétaire intervenus entre-temps et le gain résultant de la dernière aliénation constituent un objet fiscal uniforme dans ce (dernier) canton dans lequel s'est installé l'assujetti (arrêt 2C_337/2012 du 19 décembre 2012 consid. 2.4, StR 68/2013 p. 368; RDAF 2013 II 350).

4.4.

4.4.1. Dans le canton de Genève, l'impôt sur le gain immobilier est régi par les art. 80 ss de la loi générale du 9 novembre 1887 sur les contributions publiques (LCP; rsGE D 3 05). Conformément à l'art. 82 LCP, le bénéfice ou gain imposable est constitué par la différence entre la valeur d'aliénation et la valeur d'acquisition (al. 1). La valeur d'acquisition est égale au prix payé pour l'acquisition du bien, augmentée des impenses, ou, à défaut de prix, à sa valeur vénale (al. 2). Lors de l'aliénation d'un immeuble acquis par un transfert justifiant la prorogation de l'imposition, le prix d'acquisition est celui de la dernière aliénation soumise à l'impôt qui est aussi déterminante pour fixer la durée de possession (al. 3). Lorsque le bien a été acquis par dévolution pour cause de mort ou à la suite d'une déclaration d'absence, la valeur d'acquisition est égale à la valeur fixée par le département des finances et des ressources humaines (ci-après: le département) pour la perception des droits de succession ou d'enregistrement, augmentée du montant desdits droits (al. 4). Lorsque l'acquisition est intervenue plus de 10 ans avant l'aliénation, le contribuable peut demander que soit considérée comme valeur d'acquisition la valeur fiscale 5 ans avant l'aliénation s'il s'agit d'un immeuble locatif au sens de l'article 50, lettre a, de la loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP/GE; rs/GE D 3 08) et la valeur fiscale 10 ans avant l'aliénation majorée de 30 % s'il s'agit d'un autre immeuble (al. 5).
En ce qui concerne la valeur d'aliénation, elle est égale au prix de vente diminué des impenses que l'aliénateur a supportées à cette occasion (art. 82 al. 6 LCP). Le prix de vente comprend l'ensemble des prestations de tout genre auxquelles l'acquéreur s'oblige à l'égard de l'aliénateur (art. 82 al. 7 LCP). Sont considérés comme impenses les frais liés à l'acquisition ou à l'aliénation de l'immeuble et les dépenses qui en ont augmenté la valeur (art. 82 al. 8 LCP).

4.4.2. En matière de remploi, l'art. 85 al. 1 let. a LCP prévoit que l'impôt est remboursé en cas de remploi du bénéfice résultant de l'aliénation d'un logement (villa ou appartement) occupé par le propriétaire qui aliène. Selon l'art. 85 al. 2 LCP, il y a remploi au sens de l'alinéa précédent lorsque l'aliénateur utilise le produit de l'aliénation pour acquérir, construire ou transformer un immeuble de même nature, pourvu qu'il ne s'écoule pas plus de 5 ans entre les deux opérations. Selon l'al. 3 de la disposition, n'est remboursé que l'impôt relatif au bénéfice qui a été effectivement investi, en plus du montant de la valeur d'acquisition du bien aliéné. Selon l'al. 4, l'impôt remboursé est exigible lors de l'aliénation de l'immeuble de remplacement; les aliénations dont l'imposition est prorogée n'entrent pas en ligne de compte, mais l'acquéreur reprend l'obligation de l'aliénateur dans les cas de l'art. 81 al. 1 let. a et b.

5.

5.1. La Cour de justice a rétabli les décisions sur réclamation de l'Administration fiscale cantonale, par lesquelles celle-ci avait fixé le gain immobilier imposable à 1'366'520 fr., correspondant au gain immobilier différé fixé par l'administration fiscale vaudoise en 2013; dans son calcul, l'intimée avait pris en considération un prix d'acquisition de 2'908'900 fr. en lien avec l'immeuble de U.________ (VD), ainsi qu'un prix de vente de 4'275'420 fr. pour l'immeuble de V.________ (GE), impenses incluses.
Rejetant l'argumentation des recourants, selon laquelle le gain immobilier différé devait être réduit en tenant compte de la perte immobilière réalisée avec l'immeuble vendu à V.________ (GE), les juges cantonaux ont considéré que le TAPI avait à tort pris en compte dans son calcul du gain immobilier la perte subie lors de la revente du bien de remplacement (soit l'immeuble de V.________). Il n'existait aucune base légale permettant de compenser les pertes immobilières avec un gain immobilier antérieur ou ultérieur dont l'imposition était différée, de sorte que le principe de la légalité s'opposait à la prise en compte d'une telle perte pour le calcul du gain immobilier imposable.
Par ailleurs, seule la première vente avait donné lieu à un gain immobilier soumis à l'impôt sur les gains immobiliers, dont la partie ayant bénéficié d'une prorogation n'avait pas encore été imposée. Ce gain latent devait être, selon la méthode unitaire, taxé au moment de l'aliénation sans réinvestissement par le canton dans lequel avait eu lieu cette dernière aliénation. De plus, toujours selon les juges précédents, le fait que l'intimée avait rendu deux décisions de taxation ne signifiait pas qu'elle avait utilisé la méthode du partage qui était contraire à la jurisprudence fédérale (sur celle-ci, cf. ATF 143 II 694), contrairement à l'avis des recourants et de celui du TAPI. En effet, quand bien même l'Administration fiscale avait effectué un calcul ayant donné lieu à deux bordereaux (dont l'un de 0 fr.), ce calcul aurait tout aussi bien pu être effectué et l'impôt en cause déterminé dans une seule décision.

5.2. S'agissant ensuite de l'argument des contribuables selon lequel la valeur d'acquisition de l'immeuble de U.________ (VD) devait être fixée à la valeur d'acquisition majorée de 30 % conformément au droit genevois, soit 1'885'000 (correspondant à 1'450'000 fr. + [0,3 x 1'450'000 fr.]), la juridiction cantonale a considéré en substance que, dans le contexte de l'imposition du gain litigieux par le canton de Genève, le montant du gain immobilier différé avait été "fixé définitivement par les autorités vaudoises". Par conséquent, le calcul des contribuables "impliquant de fait une modification des montants pris en compte pour le calcul du gain immobilier différé" ne pouvait pas être admis. Par ailleurs, les frais d'acquisition du bien de remplacement genevois n'avaient pas à être examinés, puisque les recourants n'avaient pas contesté l'avis de taxation en lien avec l'aliénation de cet appartement.

6.

6.1. Les recourants contestent le calcul du gain immobilier confirmé par la Cour de justice, qu'ils estiment devoir être en réalité fixé à 289'922 fr. en application de la notion de "bénéfice total", qui devrait impliquer, selon eux, une "taxation unique du gain constitué par la différence entre le prix de vente et la valeur d'acquisition". S'agissant plus précisément de cette valeur d'acquisition à retenir, ils reprochent à la Cour de justice d'avoir arbitrairement manqué d'appliquer, sans motivation "intelligible", voire mal interprété, l'art. 82 al. 5 LCP et d'avoir donc refusé à tort de leur "permettre de revendiquer, en lieu et place du prix effectif d'acquisition, la valeur fiscale de l'immeuble 10 ans avant la vente majorée de 30 %". En d'autres termes, pour les recourants, la Cour de justice aurait commis une erreur de droit en estimant que cette majoration n'était pas "pertinente" et avait donc refusé à tort de majorer le prix d'acquisition de l'immeuble de U.________ (VD) de 435'000 fr. (soit 30 % x 1'450'000 fr.).

6.2. Sans remettre en cause les impenses de 92'380 fr. telles qu'arrêtées par l'autorité fiscale vaudoise, les recourants reprochent également à la Cour de justice d'avoir écarté arbitrairement l'application de l'art. 82 al. 2 LCP et de ne pas avoir admis, pour la détermination du gain immobilier imposable, la prise en compte d'un montant de 112'000 fr. à titre de frais d'acquisition de l'appartement de V.________.

7.

7.1. Selon la jurisprudence, lorsque la chaîne de remploi est interrompue, c'est bien le "bénéfice total" qui devient objet de l'impôt et ce sont les modalités (barème d'imposition, base de calcul) alors en vigueur qui sont déterminantes (ATF 141 II 207 consid. 4.2.2; arrêt 2C_785/2020 du 18 mars 2021 consid. 2.4.2 et la référence). Ainsi, lorsque la chaîne de remploi est rompue, il convient de calculer le gain immobilier de manière globale, sans tenir compte d'un "cumul" des différents gains immobiliers réalisés (MARTIN KOCHER/ISABELLE RUPF, Der grundstückgewinnsteuerliche "Kettenaufschub", RF 77/2022 p. 819). L'imposition du "bénéfice total" par le canton d'arrivée, en application de sa législation cantonale, est par ailleurs en adéquation avec la méthode unitaire prescrite par la jurisprudence fédérale (cf. plus nuancé, FELIX RICHNER, Interkantonale Ersatzbeschaffung von Eigenheimen, ZStP 4/2013 p. 298). À cet égard, le Tribunal fédéral a considéré que la circonstance que la vente d'un immeuble dans le canton d'arrivée (sans remploi ultérieur) a entraîné une perte, considérée isolément, ne fait pas obstacle à l'application de la méthode unitaire (cf. arrêt 2C_648/2018 du 25 septembre 2018 consid. 6.1).
En conséquence, au moment de l'interruption de la chaîne de remploi, lorsque les recourants ont vendu le bien de remplacement situé à V.________, le "bénéfice total" est devenu l'objet de l'impôt et celui-ci doit être déterminé selon les modalités d'imposition du canton de Genève. Cette conclusion n'est pas remise en cause par les considérants de l'ATF 137 II 419, cités par la juridiction cantonale. En effet, bien que le Tribunal fédéral ait reconnu dans cet arrêt que les autorités fiscales (du canton de départ) avaient un intérêt à fixer définitivement le gain immobilier différé à la suite de l'acquisition de remplacement et que le contribuable avait un intérêt juridique actuel à contester un tel calcul avec les moyens de droit à sa disposition, il a également considéré que l'existence de cet intérêt actuel à la fixation du gain différé par le canton de départ ne changeait rien à la possibilité qu'il puisse, selon les circonstances, exister des écarts dans l'imposition effectuée ultérieurement (ATF 137 II 419 consid. 4).

7.2.

7.2.1. En application des principes dégagés ci-avant, il appartenait donc au canton de Genève, dans lequel l'immeuble de V.________ (GE) a été vendu sans qu'un immeuble de remplacement n'eût été acquis par les recourants, de déterminer le "bénéfice total" en application de sa législation cantonale ainsi que dans les limites de l'art. 12 al. 1 LHID et de la marge de manoeuvre laissée aux cantons par cette disposition (consid. 4.2 supra).

7.2.2. En l'occurrence, l'art. 85 LCP qui traite du remploi en droit cantonal, n'est pas pertinent pour la solution du présent litige. On rappellera que cette disposition, qui prévoit le remboursement de l'impôt sur les gains immobiliers (consid. 4.4.2 supra), ne vise à s'appliquer qu'aux situations dans lesquelles l'aliénateur utilise le produit de l'aliénation pour acquérir, construire ou transformer un immeuble de même nature, pourvu qu'il ne s'écoule pas plus de 5 ans entre les deux opérations. Il s'ensuit que ce sont les règles générales de détermination du gain immobilier qui sont topiques en l'espèce, soit en particulier l'art. 82 LCP qui précise comment la valeur d'acquisition doit être fixée.
En d'autres termes, la loi genevoise ne prévoit nullement que le gain immobilier différé, tel que déterminé par le canton de départ, devrait être nécessairement repris tel quel par le canton de Genève lorsque la chaîne de remploi est interrompue comme c'est le cas ici. À cet égard, le fait que l'immeuble de V.________ (GE) a généré une perte ne change rien au fait que c'est bien le "bénéfice total" qui doit être taxé par le canton de Genève en vertu de sa législation cantonale (cf. consid. 7.1 supra). Partant, le raisonnement de la cour cantonale, selon lequel "le montant du gain immobilier différé [a] été définitivement fixé par les autorités vaudoises", de sorte que le calcul des contribuables "impliquant de fait une modification des montants pris en compte pour le calcul du gain immobilier différé" (soit notamment la fixation d'une valeur d'acquisition en application de l'art. 82 al. 5 LCP) devait être d'emblée écarté, ne trouve aucun appui dans la législation cantonale et se révèle arbitraire. Par conséquent, et dès lors que les recourants revendiquent la prise en compte de la valeur d'acquisition prévue à l'art. 82 al. 5 LCP, sans que la Cour de justice n'ait examiné cet aspect vu son raisonnement, il convient de lui renvoyer la cause pour qu'elle détermine si la disposition en cause doit être appliquée en lien avec la fixation de la valeur d'acquisition de l'immeuble de U.________ (VD). Dans le cadre de la détermination du gain immobilier "total" imposable, le prix de vente de l'immeuble de U.________ tel que fixé par la juridiction cantonale à 5'178'744 fr. n'est pas pertinent, comme le font valoir les recourants en contestant ce "prix de vente fictif".

7.2.3. S'agissant ensuite du grief des recourants relatif à la prise en compte des frais d'achat d'appartement à titre d'impenses à hauteur de 112'000 fr. (soit 4 % de 1'800'000 fr.), la Cour de justice ne peut être suivie lorsqu'elle a refusé d'examiner cette question au motif que les recourants n'auraient pas contesté le bordereau fixant à 0 fr. l'impôt sur le gain immobilier en lien avec la vente de l'immeuble de V.________ (GE), qui avait généré une perte. En effet, les recourants avaient déjà revendiqué la prise en considération de ce montant devant le TAPI et la juridiction administrative de première instance a d'ailleurs expressément traité ce point au consid. 12 de son jugement, en incluant le montant de 112'000 fr. dans son calcul. Dans ces conditions, il appartenait à la juridiction cantonale de se pencher sur le grief y relatif des recourants, ce qu'elle n'a pas fait. Il lui appartiendra donc d'examiner également, dans le cadre du renvoi ordonné, si le montant de 112'000 fr. revendiqué par les contribuables à titre d'impenses peut être pris en compte, en application du droit cantonal topique. Il en va de même pour la somme de 92'380 fr. dont les recourants demandent la prise en compte à titre d'impenses calculées par l'autorité fiscale vaudoise.
Vu ce qui précède, il n'y a pas besoin d'examiner le grief des recourants selon lequel l'intimée n'était pas en droit d'émettre deux bordereaux distincts, compte tenu de l'applicabilité de la méthode unitaire (critique sur ce point, BASTIEN VERREY, De l'essence du report d'imposition, RDAF 2021 II 764).

7.3. En définitive, il convient d'admettre le recours et d'annuler l'arrêt attaqué. La cause doit être renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle détermine à nouveau le gain immobilier imposable dans le sens des considérants et rende une nouvelle décision.

8.

Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimée qui succombe (art. 66 al. 1 et 4a contrario LTF). Les recourants ont droit à des dépens, qui seront supportés par la République et canton de Genève (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.

Le recours est admis. L'arrêt du 9 janvier 2024 de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, est annulé. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau au sens des considérants.

2.

Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à la charge de la République et canton de Genève.

3.

La République et canton de Genève versera aux recourants la somme de 4'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.

4.

Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4 ème section.

Lucerne, le 24 juin 2025

Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

La Présidente : Moser-Szeless

Le Greffier : Feller