Art. 29 al. 2 Cst.; art. 114 f. LIFD; art. 41 LHID; art. 58 al. 1, 175 et 176 LIFD; good faith and binding effect of a tax ruling: the right to consult the file requires a complete dossier, but not a paginated file with separate synopsis; a taxpayer cannot infer incompleteness from the authority's indication that some documents remain available, especially where the missing pieces stem from the taxpayer itself. A ruling agreed and repeatedly relied upon by the taxpayer may bind it for tax attribution purposes; invoking the contrary position later is contrary to good faith. Hidden benefits arise where, under the agreed structure, revenues belonging to the taxable business were intentionally not booked. For tax evasion, the objective and subjective elements are fulfilled where the return is incomplete and the taxpayer knowingly files misleading information; sanctions may take into account earlier, non-prescribed conduct as part of the overall assessment of culpability.
9C_171/2024
Arrêt du 8 novembre 2024
IIIe Cour de droit public
Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Parrino, Président, Moser-Szeless et Beusch.
Greffier : M. Bürgisser.
Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par Me Xavier Oberson,
recourante,
contre
Administration fiscale cantonale du canton de Genève,
rue du Stand 26, 1204 Genève,
intimée.
Objet
Impôts cantonaux et communaux du canton de Genève et impôt fédéral direct, périodes fiscales 2010-2015,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, du 6 février 2024 (A/472/2022-ICCIFD ATA/182/2024).
A.a. Le groupe de sociétés B.________ (ci-après: le groupe) est actif dans.... Font notamment partie du groupe A.________ SA (sise à U.________), C.________ SA (sise à U._______), D.________ Ltd (sise à V._______) et E.________ Ltd (sise à Z._______).
A.________ SA (ci-après: la société ou la contribuable) est une société inscrite au registre du commerce depuis le 31 janvier 2007. Elle a notamment pour but.... F.________ a été l'un des administrateurs de la société jusqu'en octobre 2017.
A.b. Entre 1999 et 2006, soit avant la création de A.________ SA, le groupe a comptabilisé l'essentiel de son chiffre d'affaires auprès de ses deux sociétés D.________ et E.________ Ltd. L'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a assujetti ces sociétés aux impôts dans le canton de Genève, ce qui a donné lieu à un litige avec elles.
Afin de mettre un terme à celui-ci, le groupe et l'Administration fiscale ont convenu dans un accord du 22 décembre 2006 (complété par un second daté d'octobre 2009), que le groupe créerait à Genève une "société principale" afin d'y pérenniser l'imposition de son chiffre d'affaires en Suisse, et ce dès la période fiscale 2007. Selon ce document, la nouvelle société supporterait les risques liés à la distribution des produits de la marque B.________. Les fonctions et la responsabilité assumées par D.________ seraient liées à la détention, le développement, la protection ainsi que le maintien de la valeur de la marque, des designs et des logos de B.________. Après la mise en place de la nouvelle structure, toutes les fonctions stratégiques liées à la distribution seraient exclusivement centralisées dans la nouvelle société principale. La distribution des produits serait assurée par des sociétés étrangères de distribution régionale que le groupe envisageait de constituer. Celles-ci vendraient les produits en leur nom et pour le propre compte.
A.c. Conformément à l'accord du 22 décembre 2006, le groupe a créé la société principale, soit A.________ SA.
Dans des courriers adressés à l'Administration fiscale les 4 septembre et 6 octobre 2009, les représentants du groupe ont notamment indiqué que lors de la constitution de la société, les stocks de produits avaient été transférés à celle-ci par E.________ Ltd pour une valeur comptable de 24'409'685 fr. et par C.________ SA pour une valeur comptable de 50'732'582 fr. En outre, le prix de transfert de 24'409'685 fr. correspondait à la valeur vénale; conformément au document du 22 décembre 2006, les produits détenus au 31 décembre 2006 par C.________ SA et D.________ avaient été cédées à A.________ SA en 2007 à la valeur comptable.
L'Administration fiscale a approuvé le contenu de ces courriers en date du 28 octobre 2009.
A.d. Le 19 novembre 2010, l'Administration fiscale a confirmé que l'accord du 22 décembre 2006 (complété par celui du 28 octobre 2009) était valable pour une durée de cinq ans dès la période fiscale 2007 et était renouvelable.
A.e. L'Administration fiscale a procédé à la taxation de la contribuable pour les années 2010 et 2011 (décisions de taxation datées respectivement du 16 août 2012 et du 1er juillet 2015).
A.f. Le 26 juin 2017, l'Administration fiscale a informé la société de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et en soustraction pour l'IFD et les ICC de l'année 2011 et en tentative de soustraction pour les années 2012 à 2015. Par courrier du 19 décembre 2017, elle l'a informée de l'extension du contrôle, notamment en ce qui concernait l'IFD et les ICC de la période fiscale 2010.
L'Administration fiscale a procédé à un contrôle sur place les 28 et 30 août 2017. Le 11 septembre 2017, lors d'un entretien dans les locaux de l'Administration fiscale, les représentants de la contribuable lui ont remis plusieurs documents.
Les 1er mars et 26 avril 2021, l'Administration fiscale a fixé pour l'année fiscale 2010 le supplément d'impôt dû par la contribuable pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) à 564'105 fr. 50 et à 1'440'991 fr. pour les impôts cantonaux et communaux (ci-après: ICC). Pour l'année 2011, le supplément à titre d'IFD a été fixé à 1'410'974 fr. 50 et celui à titre d'ICC à 3'586'863 fr. 40. Elle a également prononcé, pour l'IFD et l'ICC des périodes fiscales 2010 et 2011, une amende correspondant à une fois les suppléments d'impôt.
Aux mêmes dates, l'Administration fiscale a également procédé à la taxation de l'IFD et des ICC dus par la contribuable pour les années 2012 à 2015, compris entre 920'210 fr. et 9'165'812 fr. 45. Elle lui a également infligé des amendes pour tentative de soustraction, respectivement pour l'IFD et l'ICC, à hauteur de 480'920 fr. et 1'1210'178 fr (année 2012), 69'371 fr et 154'999 fr. (année 2013), 39'989 fr. et 78'724 fr. (année 2014) et 40'635 fr. et 79'210 fr. (année 2015) (bordereaux d'amende datés du 26 avril 2021). S'agissant des amendes, l'Administration fiscale reprochait à la contribuable de racheter des produits à des distributeurs puis de les revendre à travers D.________ située dans une "juridiction offshore" ce qui avait abouti à une taxation insuffisante. En outre, pour les années 2010 et 2012, la contribuable avait passé dans sa comptabilité des charges qui auraient dû être supportées par la structure "offshore", dont des charges intitulées "honoraires de consultant" qui n'étaient pas justifiées par l'usage commercial.
A.g. Statuant sur réclamation le 7 janvier 2022, l'Administration fiscale l'a partiellement admise. Elle a annulé les amendes pour soustraction d'impôt ICC et IFD 2010 pour cause de prescription et a maintenu les reprises ainsi que les amendes pour les années 2011 à 2015, tant dans leur principe que dans leur quotité.
B.a. Statuant par jugement du 26 juin 2023, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI) a partiellement admis le recours de la contribuable et a renvoyé le dossier à l'Administration fiscale pour nouvelles décisions de rappel d'impôt et d'amende IFD et ICC 2012, dans le sens des considérants.
B.b. Par arrêt du 6 février 2024, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative (ci-après: la Cour de justice), a rejeté le recours de la société.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ SA conclut à titre principal à la réforme de l'arrêt cantonal du 6 février 2024, en ce sens qu'il est "renoncé à attribuer à la recourante tous produits comptables, chiffre d'affaires et recettes liés aux "ventes des produits dans D.________ après 2007" et au "commerce de produits" pour l'IFD et les ICC des périodes fiscales 2010 à 2015, et à défaut, que "seul un pourcentage extrêmement réduit", qui ne saurait dépasser 5% des recettes litigieuses, puisse faire l'objet de rappels d'impôt respectivement de taxations. La contribuable conclut également à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens qu'il est ordonné d'émettre de nouveaux bordereaux de taxation pour les années 2012 à 2015 dans le sens des conclusions précédentes, que les procédures en rappel d'impôt soient closes sans reprises et que les procédures en soustraction d'impôt et tentative de soustraction d'impôt soient closes sans amendes.
À titre subsidiaire, A.________ SA demande la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que la cause est renvoyée au TAPI, en lui demandant "d'ordonner à l'AFC-GE de produire l'intégralité du dossier de la cause, organisé sous bordereau de pièces numérotées avec intitulé pour chaque pièce et classé de manière intelligible" et cela fait, lui donner accès au dossier, puis lui impartir un délai pour se déterminer. Elle demande en outre que le TAPI rende une nouvelle décision dans le sens des considérants, tenant compte du résultat des mesures d'instruction. Encore plus subsidiairement, elle conclut à ce que la cause soit renvoyée à la Cour de justice, ou "au besoin" au TAPI ou à l'Administration fiscale, pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Après que l'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions ont conclu au rejet du recours, la contribuable s'est encore déterminée.
I. Recevabilité et pouvoir d'examen
1.1. L'arrêt attaqué a été rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. aussi art. 146 LIFD [RS 642.11] et 73 al. 1 LHID [RS 642.14]).
1.2. L'arrêt entrepris confirme le jugement du TAPI du 26 juin 2023, qui a renvoyé la cause à l'Administration fiscale pour nouvelles décisions de taxation dans le sens des considérants. Il s'agit donc d'un arrêt de renvoi, qui constitue en principe une décision incidente, contre laquelle le recours au Tribunal fédéral n'est ouvert qu'aux conditions des art. 92 et 93 LTF (ATF 138 I 143 consid. 1.2). Un tel arrêt est néanmoins considéré comme final (art. 90 LTF) lorsqu'il ne reste à l'autorité fiscale plus qu'à calculer le montant de l'impôt ou l'amende dus, en appliquant les règles définies dans la décision de renvoi et qu'elle ne dispose ainsi d'aucune marge de manoeuvre (cf. arrêt 2C_151/2017 du 16 décembre 2019 consid. 1.3, non publié in ATF 146 II 111).
En l'occurrence, le renvoi opéré par le TAPI et confirmé par la Cour de justice ne laisse aucune latitude de jugement à l'intimée, qui doit seulement recalculer l'impôt conformément aux instructions judiciaires. L'arrêt attaqué constitue dans cette mesure une décision finale au sens de l'art. 90 LTF, qui peut faire directement l'objet d'un recours en matière de droit public (cf. arrêt 9C_715/2022 du 19 juillet 2023 consid. 1.2).
1.3. L'instance précédente a traité dans un seul arrêt de l'IFD et des ICC, ce qui est admissible. Partant, le dépôt d'un seul acte de recours est aussi autorisé, dans la mesure où la recourante s'en prend clairement aux deux catégories d'impôts (ATF 142 II 293 consid. 1.2; 135 II 260 consid. 1.3.1).
Les autres conditions de recevabilité étant remplies, il y a lieu d'entrer en matière.
2.1. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (cf. ATF 144 II 313 consid. 5.3; cf. aussi ATF 134 II 207 consid. 2). Sauf exception, la violation du droit cantonal ou communal ne peut en revanche pas être invoquée en tant que telle devant le Tribunal fédéral (art. 95 LTF). Il est cependant possible de faire valoir que son application consacre une violation du droit fédéral, comme la protection contre l'arbitraire (art. 9 Cst.) ou la garantie d'autres droits constitutionnels (ATF 145 I 108 consid. 4.4.1; 142 III 153 consid. 2.5). En vertu de l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par la partie recourante, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (ATF 147 IV 453 consid. 1; 143 IV 500 consid. 1.1).
2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 145 V 188 consid. 2; 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. À défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques appellatoires portant sur l'état de fait ou l'appréciation des preuves (cf. ATF 147 IV 73 consid. 4.1.2; 140 III 264 consid. 2.3; 137 II 353 consid. 5.1).
II. Objet du litige
Le litige concerne le rappel d'impôt IFD et ICC pour les années 2010 et 2011, ainsi que les taxations IFD et ICC relatives aux années 2012 à 2015 de la contribuable. Il porte également sur les amendes pour l'IFD et les ICC pour soustraction fiscale (période fiscale 2011) et pour tentative de soustraction fiscale (périodes fiscales 2012 à 2015), prononcées par l'intimée et confirmées sur le principe par la Cour de justice.
III. Griefs formels
La recourante invoque une violation de son droit d'être entendue, au motif qu'elle n'aurait pas eu accès, devant le TAPI, à un "dossier complet constitué en bonne et due forme". Ce grief doit être examiné en premier lieu.
4.1. La Cour de justice a considéré que le bordereau de pièces produit par l'Administration fiscale devant le TAPI différait dans une moindre mesure de celui qu'elle avait remis à la recourante durant la procédure de réclamation. Cependant, rien ne laissait penser que les pièces déterminantes pour l'issue du litige et sur lesquelles l'intimée s'était fondée pour rendre ses décisions n'avaient pas été transmises à la juridiction administrative de première instance. La recourante ne prétendait pas que les documents qui auraient pu être de nature à amener le TAPI à trancher en sa faveur n'auraient pas été remis à celui-ci ou ignorés à un quelconque stade de la procédure. S'agissant plus particulièrement des documents que l'intimée n'avait pas produits devant le TAPI, tout en indiquant à celui-ci qu'elle les tenait à sa disposition, ils émanaient de la recourante. Or rien n'empêchait celle-ci de les produire si elle l'avait jugé nécessaire. La juridiction administrative de première instance avait en outre procédé à une appréciation anticipée des preuves qui ne prêtait pas le flanc à la critique, en renonçant à réclamer les pièces litigieuses à l'Administration fiscale. En somme, rien ne permettait de retenir que le TAPI aurait statué sur la base d'un dossier incomplet. En outre, en ce qui concerne la tenue du dossier, le dossier de la cause n'était pas désordonné ou peu clair contrairement à ce que prétendait la contribuable, de sorte qu'il n'était pas établi que la recourante ait été empêchée de le consulter auprès du TAPI dans de bonnes conditions. Les griefs de la recourante devaient donc être rejetés.
4.2. La recourante reproche en particulier à la juridiction cantonale une violation du droit d'accéder à l'intégralité du dossier, en ce sens que certaines pièces n'avaient pas été remises au TAPI par l'Administration fiscale puisque celle-ci avait indiqué qu'elle tenait à disposition du TAPI "certaines pièces". Elle fait valoir que la comparaison entre le bordereau remis durant la procédure de réclamation et celui remis au TAPI mettrait en évidence des "divergences (...) immédiatement visibles" de sorte que les constatations cantonales relative à la "moindre mesure" entre ceux-ci seraient manifestement inexactes. En outre, la recourante ne pouvait pas s'assurer que l'intimée ne disposait pas d'autres pièces "à décharge" si par hypothèse seule une sélection de pièces avait été produite par l'Administration fiscale. En outre, la recourante reproche à la Cour de justice d'avoir accepté que l'intimée produise un dossier qui, en substance, ne serait pas organisé en pièces numérotées avec un intitulé et "classé de manière intelligible". Dès lors et sur la base de ce dossier qu'elle considère incomplet, et qui ne serait pas correctement présenté, elle n'avait pas pu exercer "ses droits à bon escient". La Cour de justice aurait ainsi violé les art. 29 al. 2 Cst. et 6 CEDH.
4.3.
4.3.1. Le droit d'être entendu, garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour le justiciable de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision, celui de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (ATF 146 IV 218 consid. 3.1.1 et les références; arrêt 9C_545/2023 du 19 décembre 2023 consid. 2.3.1 et les références).
4.3.2. La garantie du droit de consulter le dossier (et du droit de participer à l'administration de preuves) d'une personne touchée par une décision exige que l'autorité concernée constitue un dossier de manière adéquate. Elle a l'obligation d'intégrer dans le dossier toutes les pièces qui appartiennent à la cause et qui par essence peuvent influer sur l'issue de la décision. L'obligation d'une tenue adéquate du dossier, principe de procédure développé initialement en matière de procédure pénale, doit être considérée comme une composante de l'art. 29 al. 2 Cst. valable pour toutes les sortes de procédure. Ainsi, le dossier doit être complet et comporter l'ensemble des éléments collectés par l'autorité (ATF 138 V 218 consid. 8.1.2; 130 II 473 consid. 4.1 et les références; arrêt 9C_545/2023 du 19 décembre 2023 consid. 2.3.2 et les références). Partant, l'autorité n'a pas le droit de choisir certaines pièces à communiquer et d'en soustraire d'autres à la consultation. Le droit de consulter le dossier ne peut être limité que pour la sauvegarde d'un intérêt public prépondérant ou dans l'intérêt d'un particulier (ATF 126 I 7 consid. 2b; cf. arrêt 6B_668/2014 du 22 décembre 2017 consid. 6.1.1).
4.3.3. En matière d'imposition directe, ces principes sont concrétisés par les art. 114 et 115 LIFD, ainsi que par l'art. 41 LHID et, dans le canton de Genève, par les art. 17 et 18 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc; rs/GE D 3 17). Le droit de consulter le dossier inscrit aux art. 114 LIFD et 41 al. 1 LHID ne va toutefois pas plus loin que celui découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. (arrêts 9C_545/2023 du 19 décembre 2023 consid. 2.3.3 et les références; 9C_715/2022 du 19 juillet 2023 consid. 7.2.1 et les références).
4.3.4. On rappellera également que dans un arrêt récent, le Tribunal fédéral a considéré qu'il n'existait pas de droit d'un contribuable d'obtenir, sur la base de l'art. 29 al. 2 Cst., un dossier paginé qui serait accompagné d'une description synthétique de chaque pièce dans un répertoire séparé (arrêt 9C_545/2023 du 19 décembre 2023 consid. 2.3.4 et les références).
4.4.
4.4.1. En premier lieu, la recourante ne saurait être suivie lorsqu'elle déduit du fait que le dossier produit au TAPI aurait été différent de celui de la procédure de réclamation que celui-ci serait incomplet et que l'autorité aurait peut-être effectué une "sélection" en omettant d'y inclure des "pièces à décharge". En effet, selon les constatations cantonales, l'autorité fiscale a indiqué au TAPI que les pièces qui ne lui étaient pas transmises - et qui émanaient de la recourante - étaient à sa disposition. Or on ne saurait inférer de cette seule circonstance que l'autorité intimée aurait choisi de communiquer uniquement certaines pièces ou d'en soustraire d'autres à la consultation, puisqu'elle tenait l'entier du dossier à disposition de l'autorité judiciaire qu'elle aurait été tenue de lui remettre à la première demande de celle-ci. On ne peut pas davantage en conclure que le dossier serait incomplet, comme le prétend la recourante en alléguant une constatation manifestement inexacte des faits par la cour cantonale, sans le démontrer. De plus, elle a pu consulter les pièces du dossier qui la concernait. Par ailleurs, et ainsi que l'a retenu à bon droit la cour cantonale, rien n'indique que des éléments et des informations qui concerneraient la cause n'y figureraient pas. Sous cet angle, le grief tiré d'une violation de l'art. 29 al. 2 Cst. tombe à faux. Sous l'angle de l'appréciation anticipée des preuves telle qu'effectuée par le TAPI, la recourante se limite au demeurant à argumenter que le raisonnement des juridictions administratives cantonales y relatif serait "non pertinent", ce qui ne suffit pas à démontrer le caractère arbitraire de l'appréciation de la Cour de justice.
4.4.2. En outre et ainsi que cela a été rappelé, il n'existe pas de droit d'un contribuable d'obtenir, sur la base de l'art. 29 al. 2 Cst., un dossier paginé qui serait accompagné d'une description synthétique dans un répertoire séparé (supra consid. 4.3.4) étant précisé que la recourante, en se prévalant d'une violation de l'art. 6 CEDH, n'expose pas en quoi cette disposition conventionnelle offrirait une protection plus étendue que la garantie constitutionnelle. Par ailleurs, la contribuable ne fait pas valoir concrètement en quoi l'état du dossier constitué par l'autorité intimée aurait rendu impossible une consultation efficace des pièces le composant et constituerait dans cette mesure une violation de l'art. 29 al. 2 Cst. (comp. arrêt 9C_484/2021 du 11 mai 2022 consid. 5.2).
Partant, le grief de la recourante, selon lequel la présentation du dossier de l'intimée ne respecterait pas l'art. 29 al. 2 Cst. et que le descriptif du bordereau de pièces produit par l'intimée devant le TAPI serait lacunaire sous l'angle de la constatation manifestement inexacte des faits, tombe donc à faux.
IV. Droit applicable et prescription
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause. Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (arrêt 2C_700/2022 du 25 novembre 2022 consid. 4.1 et la référence). En revanche, en ce qui concerne la poursuite pénale pour soustraction fiscale (consommée ou tentée), le nouveau droit, entré en vigueur le 1er janvier 2017 (RO 2015 779; FF 2012 2649), s'applique au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant son entrée en vigueur s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (principe de la lex mitior; cf. art. 205f LIFD et 78f LHID).
En matière d'IFD, la LIFD, entrée en vigueur le 1er janvier 1995 et dans sa teneur entre 2010 et 2015, est ainsi applicable en l'occurrence aux périodes fiscales litigieuses. Quant aux ICC, ceux-ci sont régis par la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques, qui s'applique pour la première fois aux impôts de la période fiscale 2010 [LIPP; rs/GE D 3 08; cf. art. 71 LIPP]), par LPFisc et par la LHID, entrée en vigueur le 1er janvier 1993, dans sa teneur en vigueur pendant les périodes litigieuses.
6.1. La recourante soutient que les amendes prononcées pour soustraction fiscale en matière d'IFD et d'ICC pour l'année 2011 seraient prescrites depuis le 1er janvier 2022. Elle fait valoir que l'année 2011 n'a pas fait l'objet d'un "jugement de première instance dans un délai de dix" ans au sens des art. 184 al. 1 let. b ch. 1 et al. 2 LIFD (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2016) et 336 al. 6 let. d CP.
6.2. Selon la juridiction cantonale, l'Administration fiscale a notifié à la contribuable les bordereaux pour soustraction fiscale en matière d'IFD et d'ICC de l'année 2011 le 1er mars 2021. Partant et en application du nouveau droit, qui prévoit que la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente avant l'échéance du délai de prescription de dix ans à compter de la fin de la période fiscale, la poursuite pénale n'est pas prescrite, ce que la recourante ne remet du reste pas en question (cf. art. 184 al. 1 let. b ch. 1 et al. 2 LIFD; art. 58 al. 2 let. a et al. 3 LHID, directement applicable à Genève dès lors que la LPFisc n'est pas conforme au droit harmonisé [cf. art. 72 LHID; cf. arrêt 2C_872/2021 du 2 août 2022 consid. 4.1, non publié in ATF 149 II 74).
Au sujet de l'ancien droit (cf. ancien art. 184 al. 1 let. b et al. 2 LIFD [RO 1991 1184] en relation avec l'art. 333 al. 6 let. b CP et l'ATF 134 IV 328; ancien art. 58 al. 2 et 3 LHID [RO 1991 1256]), il suffit de constater que la recourante ne s'en prend pas à l'argumentation convaincante de la juridiction cantonale, selon laquelle les bordereaux d'amende litigieux devaient être considérés comme des actes de procédure tendant à la poursuite du contribuable et ayant eu pour effet d'interrompre la prescription en application de l'art. 184 al. 2 aLIFD. Peu importe donc le délai prévu par l'ancien art. 336 al. 6 let. d CP (selon lequel la prescription de l'action pénale ne court plus si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu). En outre, le délai absolu de prescription de quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée selon l'ancien droit n'est pas atteint à la date du présent arrêt.
V. Impôt fédéral direct
7.1. Après avoir constaté que les conditions permettant un rappel d'impôt étaient réunies, la juridiction cantonale a tout d'abord retenu que la recourante était au bénéfice d'un "ruling fiscal" (complété à plusieurs reprises) depuis le 22 décembre 2006, selon lequel elle était la "société principale" du groupe. Selon ce document, elle avait pour tâche le commerce des produits du groupe, alors que D.________ était chargée de la protection de la propriété intellectuelle du groupe. L'"accord" prévoyait également que le bénéfice de l'activité commerciale réalisé avec des distributeurs tiers ou réalisé en Suisse devait être entièrement soumis à l'impôt en Suisse, dans le chapitre fiscal de la recourante. L'ensemble des produits détenus par les sociétés du groupe devait en outre lui être cédé, ce qui ressortait implicitement des déclarations de la recourante en octobre 2009, qui avait indiqué que "conformément au ruling sur la société principale, les produits détenus au 31.12.2006 par C.________ SA et D.________ avaient été cédées en 2007 à la valeur comptable à A.________ SA". Selon les constatations cantonales, il appartenait ainsi à la recourante de comptabiliser, dès sa constitution, l'intégralité du commerce de produits du groupe, y compris les recettes découlant des ventes réalisées par les distributeurs tiers dès 2007; le bénéfice de l'activité commerciale devait ainsi être, selon le ruling, entièrement soumis à l'impôt en Suisse dans le chef exclusif de celle-ci. En conséquence, le produit des ventes réalisées par les distributeurs tiers entre 2007 et 2015 - à tout le moins - aurait dû rentrer dans le bénéfice imposable de la recourante et non dans celui de D.________. Puisque cela n'avait pas été le cas, la recourante avait renoncé à des produits importants au profit d'une société du même groupe; elle avait donc consenti en faveur de D.________ des prestations appréciables en argent au sens de l'art. 58 al. 1 LIFD, qui devaient être réintégrées à son bénéfice imposable.
7.2. La contribuable fait valoir que la Cour de justice lui aurait attribué, sans base légale, les revenus litigieux et qu'un ruling fiscal ne pourrait constituer un quelconque fondement juridique dans ce contexte. Par ailleurs, le ruling fiscal en cause n'aurait qu'une "portée verticale" entre l'intimée et les contribuables qui l'avaient signé (en 2006, car la contribuable n'était alors pas encore constituée) et ne pouvait dès lors créer d'"obligations horizontales de nature civile en vertu desquelles les recettes litigieuses seraient imputées à A.________ SA alors qu'elles ont été comptabilisées dans D.________". En outre, la recourante n'aurait pas "renoncé à des produits importants" au profit d'une société soeur et la juridiction cantonale n'aurait aucunement vérifié le respect du principe de pleine concurrence dans ce contexte, en s'étant limitée à voir dans le ruling précité le fondement d'une imputation des recettes litigieuses, sans qu'une règle d'attribution ne fût applicable à son cas
7.3.
7.3.1. À titre liminaire, on constate que le document du 20 décembre 2006 constitue un ruling (sur cette notion, arrêt 9C_697/2022 du 9 juin 2023 consid. 3.1 et les références). En effet, ce ruling réglait les conséquences fiscales consécutives à la création d'une nouvelle structure dans un contexte international et la répartition des bénéfices qui devait en découler (comp. arrêt 2C_664/2013 du 28 avril 2014 consid. 4.3). Ensuite, en instance fédérale, la recourante ne conteste pas les constatations cantonales - pertinentes et exemptes d'arbitraires - selon lesquelles elle s'était déclarée implicitement liée par le ruling du 22 décembre 2006 (qui avait été complété à plusieurs reprises), puisqu'elle s'était référée explicitement à celui-ci dans une correspondance avec l'Administration fiscale datant d'octobre 2009. En outre, on constatera (art. 105 al. 2 LTF) que la recourante s'est adressée à l'Administration fiscale le 21 février 2014 dans un courrier dont le sujet était "Groupe B.________ - A.________ SA (...) Demande de renouvellement du statut de société principale" en ces termes: "Nous nous référons à l'accord fiscal du 22 décembre 2006 ainsi qu'à sa confirmation du 19 novembre 2010 liant votre Autorité au Groupe B.________. Dans le cadre du renouvellement de l'accord susmentionné, nous vous renvoyons aussi à notre courrier du 5 septembre 2013 (...) ". En conséquence, la contribuable ne peut pas être suivie lorsqu'elle prétend que le ruling litigieux ne la lierait pas. En alléguant de plus que ce document ne pourrait pas créer d'obligations pour elle, telles que les recettes litigieuses devaient lui être imputées, elle fait preuve d'un comportement contraire à la bonne foi prohibé par l'art. 5 al. 3 Cst., qui frise la témérité. En effet, les constatations cantonales et le contenu du courrier du 21 février 2014 qui viennent d'être rappelés démontrent que l'intimée était d'accord avec les termes du ruling du 22 décembre 2006: en octobre 2009 puis en février 2014, c'est la contribuable qui s'est adressée directement à l'autorité fiscale en lui demandant d'apposer son "bon pour accord" en lien avec le traitement fiscal proposé. De plus, elle en avait expressément demandé le renouvellement.
Dans ces circonstances, la recourante ne saurait faire valoir ultérieurement, sauf à violer l'art. 5 al. 3 Cst., qu'elle ne pourrait pas se voir appliquer ledit traitement fiscal qui avait été convenu dans le ruling et dont elle avait demandé le renouvellement. En effet, un administré adopte un comportement contradictoire prohibé par la disposition constitutionnelle précitée lorsqu'il obtient de l'autorité une promesse ou un consentement qu'il conteste ultérieurement (cf. ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 8e éd. 2020, n° 717 p. 163).
Il en découle donc que la conclusion de la cour cantonale, selon laquelle le produit des ventes réalisées par les distributeurs tiers entre 2007 et 2015 - à tout le moins - aurait dû entrer dans le bénéfice imposable de la recourante échappe à toute critique. Selon ses constatations non contestées, le ruling fiscal prévoyait que la recourante devait comptabiliser, dès sa constitution, l'intégralité du commerce de produits du groupe, y compris les recettes découlant des ventes réalisées par des distributeurs tiers dès 2007, de sorte que celles-ci n'auraient pas dû être comptabilisées dans D.________. La recourante a donc, ainsi que l'a considéré à bon droit la cour cantonale, renoncé à des produits importants au profit d'une société du groupe en n'ayant pas comptabilisé les recettes litigieuses; elle a donc consenti à D.________ des prestations appréciables en argent qui doivent être réintégrées dans son bénéfice imposable, en vertu de l'art. 58 al. 1 LIFD. Vu ce qui précède et en particulier l'application de la disposition précitée à la recourante, il n'y a pas lieu d'examiner son argumentation en lien avec des jurisprudences fédérales traitant de la problématique de l'évasion fiscale. Il n'y a pas davantage lieu de s'attarder sur son grief supplémentaire, selon lequel la cour cantonale aurait manqué d'examiner le principe de pleine concurrence; la recourante n'expose en effet pas en quoi ce principe aurait été violé et en quoi le calcul des revenus litigieux serait contraire au droit.
7.3.2. S'agissant en outre des charges correspondantes aux recettes qui ont été rajoutées au bénéfice imposable, la cour cantonale a considéré que la contribuable n'avait articulé aucun chiffre "à l'appui de sa demande", de sorte qu'elle devait supporter l'absence de preuve de l'existence de ces charges. La recourante, qui allègue qu'en vertu de la maxime inquisitoire, la Cour de justice ne pouvait pas se contenter de refuser la déduction de charges correspondantes aux recettes litigieuses, ne saurait être suivie. Elle perd en effet de vue que la maxime inquisitoire (sur ce principe en relation avec l'obligation de collaborer, cf. arrêts 9D_6/2023 du 6 juin 2024 consid. 5.3; 2C_11/2008 du 10 décembre 2018 consid. 6) ne la dispensait nullement de l'obligation de collaborer à l'établissement des faits, en particulier en indiquant aux autorités successives les moyens de preuves disponibles en lien avec des charges dont elle demandait la déduction. Le grief doit être écarté.
8.1.
8.1.1. Au sujet des amendes prononcées à l'encontre de la recourante, la Cour de justice a considéré que le jugement du TAPI ne laissait transparaître aucune violation du principe de la présomption d'innocence alléguée par la recourante. Le fait que le TAPI avait considéré que les infractions avaient été commises sur un an de plus (soit également en 2010, alors que les bordereaux d'amende avaient été annulés pour cette année) ne changeait rien au fait que celles-ci avaient été commises sur une période relativement longue. De plus, il n'apparaissait "pas choquant" que le TAPI eût pris en compte des faits qui avaient été initialement retenus à l'encontre de la recourante pour l'année fiscale 2010 pour fixer la quotité des amendes litigieuses puisque, pour cette année-ci, l'amende avait été infligée pour les mêmes motifs que pour les périodes fiscales 2011 à 2015. Tant les éléments objectifs que les éléments subjectifs de l'infraction étaient réalisés. S'agissant de ce dernier aspect, les organes de la recourante ne pouvaient pas ignorer qu'au vu des accords conclus avec l'intimée et le statut de "société principale accordé" à la recourante, cette dernière devait comptabiliser l'intégralité des ventes du groupe et que les honoraires dont la déduction était revendiquée en 2012 concernaient des montants versés à B.________ entre 2007 et 2011. Partant, ces organes qui étaient rompus aux affaires commerciales avaient fourni des indications erronées à l'Administration fiscale.
8.1.2. En ce qui concerne la quotité des amendes, la juridiction cantonale a retenu les circonstances aggravantes suivantes: les montants soustraits qui atteignaient plusieurs dizaines de millions de francs suisses, une soustraction qui s'était étendue sur cinq périodes fiscales (soit une période relativement longue), le fait que la recourante avait contrevenu à un ruling fiscal dont elle avait elle-même proposé les termes, des "antécédents fiscaux", ainsi qu'un "comportement [des organes] à l'égard des autorités fiscales [qui n'était] pas exempt de tout reproche, et ce même pour les périodes antérieures à celles litigieuses". En outre, les juges cantonaux ont retenu la bonne collaboration de la contribuable durant la procédure en tant que circonstance atténuante. L'écoulement du temps devait être fortement relativisé en tant que critère pour déterminer la quotité des amendes, puisque les autorités fiscales avaient ouvert une procédure à l'endroit de la recourante seulement quelques mois après la commission de la dernière infraction reprochée.
En définitive, pondérées avec les circonstances aggravantes qui étaient plus nombreuses, les circonstances atténuantes ne pouvaient pas justifier une réduction de la quotité des amendes. L'intimée n'avait donc pas abusé de son pouvoir d'appréciation en ayant prononcé des amendes à hauteur d'une fois l'impôt soustrait en lien avec la soustraction fiscale commise par la contribuables durant l'année 2011 et à deux tiers de l'impôt soustrait en lien avec la tentative de soustraction des périodes fiscales 2012 à 2015.
8.2.
8.2.1. La recourante prétend que prendre en compte une infraction commise en 2010 (dont les amendes ont été annulées pour cause de prescription) pour apprécier la quotité des amendes pour des périodes fiscales ultérieures violerait le principe de la présomption d'innocence.
8.2.2. On rappellera qu'aux termes de l'art. 32 al. 1 Cst., toute personne est présumée innocente jusqu'à ce qu'elle fasse l'objet d'une condamnation entrée en force. Selon l'art. 6 par. 2 CEDH, qui n'offre pas une garantie plus étendue, toute personne accusée d'une infraction est présumée innocente jusqu'à ce que sa culpabilité ait été légalement établie. Considérée comme une garantie procédurale dans le cadre du procès pénal lui-même, la présomption d'innocence impose des conditions concernant notamment la formulation par le juge du fond ou toute autre autorité publique de déclarations prématurées quant à la culpabilité d'un prévenu. La présomption d'innocence se trouve méconnue si, sans établissement légal préalable de la culpabilité d'un prévenu et, notamment, sans que ce dernier ait eu l'occasion d'exercer les droits de la défense, une décision judiciaire le concernant reflète le sentiment qu'il est coupable. Il peut en aller ainsi même en l'absence de constat formel; il suffit d'une motivation donnant à penser que le juge ou l'agent d'État considère l'intéressé comme coupable (arrêt 6B_972/2023 du 6 décembre 2023 consid. 2.1 et les références).
8.2.3. Contrairement à ce qu'allègue la recourante, le fait de prendre en compte une infraction commise en 2010 pour apprécier la quotité des amendes pour des périodes fiscales ultérieures ne viole pas le principe de la présomption d'innocence. En effet, la prescription des amendes relatives à l'année 2010, qui n'a pas été ignorée par les juges cantonaux, n'empêchait pas ceux-ci d'apprécier les faits commis en 2010 sous l'angle du comportement de la recourante durant les autres périodes fiscales, puisque cette appréciation se greffait sur les autres éléments de preuve concernant les faits non prescrits. Selon les constatations cantonales qui ne sont pas remises en cause par la contribuable, les amendes de l'année 2010 lui avaient été infligées pour les mêmes motifs que ceux qui ont fondé les amendes prononcées pour les années 2011 à 2015 (comp. arrêt 6B_972/2023 du 6 décembre 2023 consid. 2.3).
8.3. La contribuable conteste ensuite le principe et la quotité des amendes.
8.3.1. L'art. 181 al. 1 LIFD prévoit que lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. Pour la soustraction fiscale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (cf. art. 175 al. 2 LIFD). Pour qu'il y ait soustraction au sens de cette disposition, il faut donc qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier (arrêt 2C_674/2021 du 27 avril 2022 consid. 10.1 et les références).
En cas de tentative de soustraction, l'amende est fixée aux deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (art. 176 al. 2 LIFD; sur la tentative de soustraction, cf. arrêt 2C_81/2022 et 2C_102/2022 du 25 novembre 2022 consid. 10).
8.3.2. Contrairement à ce que prétend la recourante, les conditions objectives de l'infraction sont remplies puisque les reprises d'impôt sont définitivement confirmées (supra consid. 7). La cour cantonale a dès lors considéré de manière conforme au droit fédéral que les déclarations d'impôt de la contribuable pour les années 2011 à 2015 étaient incomplètes et non conformes à la vérité, de sorte que l'art. 124 al. 2 LIFD avait été violé.
S'agissant des conditions subjectives de l'infraction, la recourante ne démontre pas que les constatations de fait de la cour cantonale au sujet de son intention de commettre l'infraction de l'art. 176 LIFD seraient manifestement inexactes ou arbitraires (consid. 2.2; cf. ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3; arrêt 9C_678/2022 du 5 juin 2023 consid. 8.2.3). Au demeurant, les faits constatés par les juges cantonaux, selon lequel les organes de la recourante ne pouvaient pas ignorer qu'au vu des accords conclus avec l'intimée et son statut de "société principale accordé", cette dernière devait comptabiliser l'intégralité des ventes du groupe, sont dénués d'arbitraire; c'est à bon droit qu'ils en ont conclu que la contribuable avait volontairement voulu tromper les autorités fiscales. On ajoutera qu'en se limitant notamment à alléguer que les comptes avaient été approuvés par un organe de révision, la contribuable n'apporte aucun élément qui permettrait de renverser la présomption posée par la jurisprudence dans ce contexte, selon laquelle lorsqu'il est établi que le contribuable était conscient du caractère incomplet ou incorrect des informations données, il faut présumer qu'il a volontairement voulu tromper les autorités fiscales ou du moins qu'il a agi par dol éventuel, afin d'obtenir une taxation moins élevée (cf. arrêt 9C_257/2024 du 24 juin 2024 consid. 7.3 et la référence).
8.3.3. Enfin, en se bornant à faire grand cas de l'écoulement du temps et du fait que "l'existence des rulings permet bien plutôt de conclure à [s]a bonne foi" dans le but de diminuer la quotité des amendes, la recourante ne démontre pas que la cour cantonale aurait excédé le cadre prévu, qu'elle s'est écartée de considérations juridiques pertinentes ou qu'elle a arbitrairement fixé une peine trop légère ou trop lourde (cf. ATF 144 IV 136 consid. 9.1). Le grief y relatif doit donc être écarté, la quotité des amendes respectant le droit fédéral (sur les élément de fixation de l'amende, cf. ATF 144 IV 136 consid. 7.2.1 et 7.2.2 et les références).
VI. Impôts cantonaux et communaux
Les art. 11 et 12 de la loi cantonale genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; rs/GE D 3 15), qui sont conformes aux art. 24 al. 1 et al. 3 et 25 al. 2 LHID, règlent de la même manière que la LIFD la détermination du bénéfice imposable (arrêt 9C_678/2022 du 5 juin 2023 consid. 10.1). En outre, les conditions relatives à la soustraction d'impôt consommée (cf. art. 56 al. 1 LHID et 69 LPFisc) et à la tentative de soustraction d'impôt (cf. art. 56 al. 2 LHID et 70 LPFisc) sont les mêmes que celles des art. 175 et 176 LIFD (arrêt 2C_733/2022 du 13 décembre 2022 consid. 10).
Partant, les développements relatifs à l'IFD s'appliquent également aux ICC des périodes fiscales sous revue.
Il suit de ce qui précède que le recours en matière d'IFD et d'ICC doit être entièrement rejeté.
Au vu de l'issue du recours, la recourante, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2010 à 2015.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 2010 à 2015.
Les frais judiciaires, arrêtés à 40'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4 ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lucerne, le 8 novembre 2024
Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Parrino
Le Greffier : Bürgisser