Art. 151 LIFD; art. 58 al. 1 let. b LIFD; art. 24 al. 1 let. a LHID; tax recall after office assessment and deductibility of merger-related debt interest; where a taxpayer fails to file declarations, the authority is not required to infer a hidden debt-push-down structure from public register data, and recall may be opened once the relevant facts become known. For deduction purposes, the commercially justified nature of interest on debt transferred in a leveraged buy-out must be assessed for each tax period according to the actual business activity of the surviving company. The principle of periodicity bars an automatic carry-over of deductibility from the acquisition vehicle to the merged entity; only interest objectively connected with the company’s own business purpose is deductible (consid. 5-10).
9C_606/2025
Arrêt du 24 février 2026
IIIe Cour de droit public
Composition
Mmes et MM. les Juges fédéraux
Moser-Szeless, Présidente,
Stadelmann, Parrino, Beusch et Bollinger.
Greffier : M. Bürgisser.
Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par Mes Jean-Frédéric Maraia et Lucas Stoll, avocats,
recourante,
contre
Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève, rue du Stand 26, 1204 Genève,
intimée.
Objet
Impôts cantonaux et communaux du canton de Genève et impôt fédéral direct, périodes fiscales 2010 à 2013,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 23 septembre 2025 (A/2299/2024-ICCIFD ATA/1031/2025).
A.a. A.________ SA (ci-après: la société ou la contribuable) est inscrite au registre du commerce du canton de Genève depuis xxx. Elle a pour but toutes activités dans le domaine de (...). Selon ses statuts, elle peut également octroyer des prêts et fournir des garanties à ses actionnaires, de même que faire, soit pour son compte, soit pour le compte de tiers, toutes opérations financières, commerciales, mobilières se rattachant directement ou indirectement à son but et s'intéresser sous toutes formes à toutes entreprises similaires.
La société est propriétaire d'un immeuble sis rue B.________ à U.________ (ci-après: l'immeuble), lequel est exploité par la contribuable comme logements pour (...). Cet immeuble constitue son principal actif. Au 31 décembre 2007, la valeur comptable de l'immeuble était de 1'065'446 fr. 20.
A.b. En décembre 2006, l'un des actionnaires de la société a demandé un accord à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) sur la vente future de ses actions pour écarter le risque d'une liquidation partielle indirecte. La demande a été acceptée en janvier 2007.
Par convention du 26 juin 2008, les actionnaires de la société ont cédé l'intégralité de son capital-actions à deux personnes physiques domiciliées à l'étranger, ou à leur nommable, pour un prix de 8'300'000 fr.
A.c. C.________ SA a été inscrite au registre du commerce du canton de Genève en 2008. Elle avait comme but (...). Ses statuts prévoyaient qu'elle pouvait faire, soit pour son compte, soit pour le compte de tiers, toutes opérations commerciales, financières, mobilières ou immobilières à l'étranger, se rapportant directement ou indirectement à son but principal. L'actionnaire unique de C.________ SA était D.________ LLC, sise à l'étranger.
Par convention du 7 octobre 2008, la qualité de cessionnaire découlant de la convention de cession d'actions (du 26 juin 2008) a été transférée à C.________ SA.
A.d. Le 8 octobre 2008, C.________ SA a acquis l'intégralité du capital-actions de A.________ SA pour 8'400'000 fr.
Simultanément, par convention du même jour, E.________ LLC (ci-après: E.________), dont le siège se trouve à l'étranger, a accordé à A.________ SA et à C.________ SA, conjointement et solidairement, un prêt de USD 9'500'000.-. Le contrat prévoyait notamment que le produit du prêt serait utilisé pour acquérir et rénover un établissement d'hébergement pour (...). En outre, la convention prévoyait que C.________ SA et la contribuable seraient fusionnées aussi rapidement que possible après le "closing" (soit la date de l'exécution de la convention).
A.e. En avril 2009, A.________ SA a repris les actifs et passifs de C.________ SA par contrat de fusion, avec effet rétroactif au 1er janvier 2009. La fusion a été inscrite au registre du commerce en avril 2009 et publiée dans la feuille officielle suisse du commerce en mai 2009.
C.________ SA a été radiée du registre du commerce en avril 2009.
A.f. Le 23 décembre 2010, l'Administration fiscale a notifié à la contribuable des bordereaux de taxation d'office tant pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) que pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) de l'année 2009. Elle a arrêté un bénéfice de 1'000 fr. et un capital propre de 195'830 fr.
Le 22 décembre 2011, l'Administration fiscale a notifié à la contribuable des bordereaux de taxation d'office tant pour l'IFD que pour l'ICC de l'année 2010. Elle a arrêté un bénéfice de 132'468 fr. et un capital propre de 328'298 fr.
Le 17 janvier 2013, l'Administration fiscale a notifié à la contribuable des bordereaux de taxation d'office tant pour l'IFD que pour l'ICC de l'année 2011. Elle a arrêté un bénéfice de 165'585 fr. et un capital propre de 493'883 fr.
Aucune réclamation n'a été déposée contre ces bordereaux de taxation d'office.
A.g. La société a déposé sa déclaration d'impôt de l'année 2012. Les états financiers qui y étaient joints faisaient notamment apparaître un poste "immeuble" pour 9'649'777 fr. 23 dans les actifs. Un poste "intérêts sur prêt" pour 548'445 fr. 85 figurait dans les charges du compte de pertes et profits.
Après que l'Administration fiscale a formulé plusieurs demandes de renseignements, auxquelles la contribuable n'a pas (complètement) répondu, elle a, en date du 27 août 2014, émis des bordereaux de taxation d'office IFD et ICC de l'année 2012. Elle a fixé le bénéfice net à 499'848 fr. et le capital propre total à 1'385'522 fr. Ces décisions mentionnaient qu'une reprise des intérêts sur prêt à hauteur de 548'446 fr. avait été effectuée.
La société a formé réclamation contre ces bordereaux. Après une nouvelle demande de renseignements de l'Administration fiscale, la contribuable l'a informée qu'un emprunt avait été obtenu auprès d'un fonds d'investissement étranger, qui n'avait aucun lien d'actionnariat avec elle.
A.h. Le 10 août 2017, l'Administration fiscale a informé la recourante de l'ouverture d'une procédure en rappel et soustraction d'impôt pour l'année 2009. L'annexe aux comptes annuels 2012 mentionnait qu'en 2009, la société avait procédé à une réévaluation de son immeuble afin de couvrir les pertes. Elle demandait notamment l'apport des états financiers au 31 décembre 2009.
La contribuable a transmis les états financiers et un rapport intermédiaire d'un organe de révision relatif au surendettement de C.________ SA et à la fusion. Le bien immobilier avait une valeur au bilan nettement inférieure à sa valeur vénale et la perte de fusion, constatée en 2009, avait été absorbée par une réévaluation de l'immeuble dans le but d'assainir comptablement le bilan.
Le 3 juillet 2019, l'Administration fiscale a informé la société de l'ouverture d'une procédure en rappel et en soustraction d'impôt pour les années 2010 et 2011, en se référant notamment à la réévaluation de l'immeuble consécutive à la restructuration et au prêt figurant dans les comptes à la suite de la fusion, avec la déduction des intérêts y relatifs.
Divers échanges ont eu lieu par la suite entre la société et l'Administration fiscale. Par courrier du 22 décembre 2022, celle-ci a informé la contribuable qu'elle entendait rectifier les taxations IFD et ICC de l'année 2012 compte tenu des éléments remis, dans le contexte de la procédure de réclamation.
A.i. Le 30 janvier 2024, l'Administration fiscale a notifié à la contribuable des bordereaux de rappel d'impôt IFD et ICC pour les années 2010 et 2011. Pour l'exercice 2010, les intérêts non admis s'élevaient à 403'802 fr. et, en 2011, à 397'742 fr.
Le 11 mars 2024, l'Administration fiscale a procédé à la taxation de la société pour l'IFD et l'ICC de l'année 2013, en incluant une reprise sur les intérêts de 537'280 fr.
La contribuable a formé réclamation contre ces bordereaux.
A.j. Par décision sur réclamation du 31 mai 2024, l'Administration fiscale a partiellement admis les réclamations et corrigé les bordereaux de l'année 2012 sur certains points. En revanche, elle a maintenu les reprises effectuées sur la déduction des intérêts passifs pour les périodes fiscales 2010 à 2013. Les reprises s'élevaient à 403'802 fr. (année 2010), 397'742 fr. (année 2011), 376'059 fr. (année 2012) et 359'302 fr. (année 2013). Ces reprises étaient justifiées parce que l'opération dite de "debt push down" était constitutive d'une évasion fiscale, de sorte que les intérêts passifs liés au prêt pour financer l'opération d'acquisition devaient être ajoutés au bénéfice de la contribuable, comme charges non justifiées par l'usage commercial.
B.a. Par jugement du 19 mars 2025, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI) a rejeté le recours de la contribuable.
B.b. Statuant par arrêt du 23 septembre 2025, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, a débouté la société.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ SA conclut, en substance et à titre principal, à la réforme de l'arrêt de la Cour de justice du 23 septembre 2025, en ce sens que les conditions du rappel d'impôt ne sont pas réunies pour les périodes 2010 et 2011 et que les intérêts passifs payés à E.________ soient admis en déduction dans leur intégralité, tant pour l'IFD que l'ICC des années 2010 à 2013. Elle conclut également à ce que l'Administration fiscale émette de nouveaux bordereaux de taxation pour les années 2010 à 2013 dans le sens des considérants. À titre subsidiaire, elle demande l'annulation de l'arrêt cantonal et le renvoi du dossier à la juridiction cantonale ou à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Après que l'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions ont conclu au rejet du recours, la contribuable s'est encore déterminée.
L'arrêt attaqué a été rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. aussi art. 146 LIFD [RS 641.11] et 73 al. 1 LHID [RS 642.14]).
2.1. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (cf. ATF 150 II 346 consid. 1.5.2; arrêt 2C_826/2015 du 5 janvier 2017 consid. 2, non publié in ATF 143 I 73).
Toutefois, conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, il ne connaît de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si le grief a été invoqué et motivé, c'est-à-dire s'il a été exposé de manière claire et détaillée (ATF 150 II 346 consid. 1.5.3; 149 III 81 consid. 1.3).
2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), hormis dans les cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (art. 9 Cst.) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 150 II 346 consid. 1.6 et les références).
Le litige porte, tant pour l'IFD que l'ICC, sur le point de savoir si la Cour de justice a confirmé à juste titre que l'intimée était en droit d'ouvrir une procédure en rappel d'impôt pour les années 2010 et 2011 et qu'elle pouvait refuser, dans le chapitre fiscal de la contribuable, la déduction des intérêts passifs liés au prêt de E.________ pour les années 2010 à 2013.
Le Tribunal fédéral examine d'office les questions de la prescription ou de la péremption lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable, tant pour l'IFD que les ICC, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4; arrêt 9C_762/2023 du 26 juin 2024 consid. 5.1).
Ainsi que le relève à juste titre l'intimée, les bordereaux de rappel d'impôt concernant l'IFD et l'ICC de l'année 2010 sont atteints par la prescription absolue au jour où le présent arrêt est rendu, de sorte qu'ils doivent être annulés (cf. art. 152 al. 3 LIFD et 61 al. 3 de la loi cantonale genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale [LPFisc; rs/GE D 3 17] en relation avec l'art. 53 al. 3 LHID; cf. arrêt 9C_762/2023 du 26 juin 2024 consid. 5.2). Le recours doit dès lors être admis dans cette mesure.
5.1. En ce qui concerne tout d'abord la procédure en rappel d'impôt, la juridiction cantonale a retenu que, dans sa décision sur réclamation, l'intimée avait expliqué avoir constaté, lors du dépôt en 2013 de la déclaration fiscale relative à l'année 2012, que la recourante avait réévalué son immeuble. L'annexe aux comptes annuels de l'année 2012 mentionnait en effet que la société avait procédé à une réévaluation en 2009, afin de couvrir des pertes. Les états financiers 2012 contenaient donc des éléments permettant d'envisager des déclarations inexactes et incomplètes, si bien que les conditions d'un rappel d'impôt étaient réunies. Pour les juges cantonaux, cette appréciation n'était pas contraire au droit. En effet, la recourante n'avait pas déposé de déclaration pour les périodes fiscales 2010 et 2011, ce qu'elle était pourtant tenue de faire. L'Administration fiscale n'avait dès lors pas été en mesure de connaître la valeur de l'immeuble, ni surtout de savoir que celui-ci avait été réévalué en 2009. Elle ne pouvait pas non plus connaître les raisons de cette réévaluation, soit en particulier la comptabilisation du prêt et l'existence de celui-ci. L'intimée n'avait pris connaissance de la réévaluation de l'immeuble et du prêt que lors du dépôt de la déclaration fiscale de l'année 2012 et des comptes remis en annexe de la déclaration en octobre 2013, soit après l'entrée en force des décisions de taxation d'office.
Selon la Cour de justice, la recourante ne pouvait être suivie lorsqu'elle affirmait que l'intimée disposait de toutes les informations nécessaires pour détecter un cas de "debt push down" (sur cette notion, consid. 6 infra) au moment de la notification de ses taxations d'office pour les années 2010 et 2011. En effet, l'intimée n'était pas tenue de procéder à d'autres investigations en l'absence de déclaration fiscale. Elle ne pouvait d'ailleurs que difficilement le faire, à défaut de collaboration de la recourante; elle ne pouvait pas davantage se douter de la réévaluation de l'immeuble et de l'existence du prêt, en l'absence de pièces pertinentes (notamment comptables) et ce même si l'extrait du registre du commerce faisait mention, dès mai 2009, de l'existence de la fusion.
En définitive, compte tenu de la réévaluation de l'immeuble et "du contexte l'ayant entourée", dont l'Administration fiscale n'avait pu prendre connaissance qu'à la suite de l'analyse de documents dont elle ne disposait pas au moment où elle avait procédé à la taxation d'office de la contribuable pour les années 2010 et 2011, la Cour de justice a considéré que les conditions du rappel d'impôt étaient réunies.
5.2. Invoquant une violation des art. 151 LIFD et 59 LPFisc en lien avec l'art. 53 al. 1 LHID, de même que la jurisprudence fédérale sur l'interruption du lien de causalité entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète (consid. 5.3.2 infra), la recourante soutient que la problématique juridique en cause ne portait que sur l'existence d'une dette d'acquisition et d'une fusion subséquente et non pas sur la réévaluation comptable de l'immeuble. Or ces deux éléments de fait ressortaient selon elle du registre du commerce et représentaient ainsi "un fait notoire", excluant donc un cas de rappel d'impôt. Pour la recourante, ces faits notoires permettaient d'établir le contexte d'un "éventuel cas" de "debt push down". Or, en vertu du principe de la maxime inquisitoire, l'intimée se devait de tenir compte de ces éléments dans le cadre de la procédure de taxation d'office, à tout le moins sous forme d'estimation. Comme l'intimée disposait déjà de tous les éléments nécessaires pour "soutenir la non-déductibilité des intérêts passifs", il n'existait aucun fait nouveau de sorte que les conditions du rappel d'impôt n'étaient pas réalisées.
5.3.
5.3.1. D'après l'art. 151 al. 1 LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu (cf. ATF 144 II 359 consid. 4.5.1).
Le Tribunal fédéral a déjà jugé que par taxation entrée en force au sens de l'art. 151 LIFD, il y a lieu d'entendre non seulement la taxation ordinaire mais également la taxation d'office, la lettre de l'art. 151 al. 1 LIFD ne s'y opposant pas (cf. arrêts 9C_582/2023 du 6 décembre 2023 consid. 7; 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 6.2 et les références).
5.3.2. Dans le cadre d'une taxation d'office, le fait qu'une autorité fiscale a estimé les revenus et fortune (respectivement capital) imposables d'un contribuable à des montants inférieurs à la réalité, ou le fait qu'elle aurait pu, voire même dû, les estimer à des montants supérieurs, ne sont pas des éléments propres à entraîner une rupture du lien de causalité entre le comportement illicite du contribuable et la perte fiscale qui en a résulté. En effet, même dans ces cas, c'est toujours le comportement du contribuable qui reste la cause principale et immédiate de la perte fiscale induite par les taxations d'office insuffisantes, dans la mesure où c'est bien le contribuable qui les a laissées entrer en force alors qu'il savait qu'elles étaient trop basses (cf. arrêt 9C_511/2023 du 25 novembre 2024 consid. 4.5.3). Ainsi, dans le cas où un contribuable ne dépose pas de déclaration d'impôt dans les délais impartis, le Tribunal fédéral a considéré que la jurisprudence selon laquelle, en substance, si l'autorité fiscale a pu se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact d'une déclaration d'impôt, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration d'impôt lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète qui a résulté est interrompu et les conditions pour procéder à un rappel d'impôt font dès lors défaut (ATF 144 II 359 consid. 4.5.1), ne s'applique pas (arrêt 9C_511/2023 du 25 novembre 2024 consid. 4.5.3).
5.4. Conformément à la jurisprudence qui vient d'être rappelée, l'argumentation de la recourante ne saurait être suivie. En effet, son comportement est la cause principale et immédiate de l'insuffisance de la taxation: c'est en raison de l'absence de dépôt d'une déclaration fiscale que les procédures de taxation d'office ont été exécutées et c'est bien la contribuable qui a laissé entrer en force de telles taxations alors qu'elle savait qu'elles étaient insuffisantes. Le motif selon lequel l'Administration fiscale aurait dû se rendre compte de l'inexactitude de l'état de fait pertinent tombe à faux.
Au demeurant, on ne saurait suivre la recourante lorsqu'elle affirme qu'un "potentiel cas de debt push down" était aisément identifiable pour l'intimée notamment sur la base d'un simple extrait du registre du commerce. En effet, l'existence et les conditions du contrat de prêt octroyé par E.________ ne ressortaient pas de cet extrait. De plus, on ne saurait considérer que la problématique à laquelle se réfère la recourante, soit le "debt push down", se présenterait nécessairement à l'occasion de chaque fusion de sociétés et qu'il s'agirait donc, en substance, d'une situation que l'intimée aurait été parfaitement en mesure d'identifier. On ne saurait davantage considérer que l'intimée aurait dû avoir connaissance des circonstances sur lesquelles elle s'est appuyée pour refuser la déductibilité des intérêts, motif pris du contact en décembre 2006 entre elle-même et la recourante au sujet de l'acquisition du capital-actions de la société par les tiers. En effet, cette demande avait trait à une autre problématique juridique, soit la liquidation partielle indirecte.
La Cour de justice n'a donc pas violé l'art. 151 LIFD ou l'art. 59 LPFisc en lien avec l'art. 53 al. 1 LHID, en ayant confirmé la réalisation des conditions du rappel d'impôt pour l'année 2011.
6.1. En ce qui concerne le second aspect du litige - la déduction des intérêts passifs liés au prêt de E.________ du bénéfice imposable de la recourante -, la Cour de justice a constaté que la contribuable avait participé à une opération de "leveraged buy-out" ayant engendré un "debt push down". Ainsi, la société C.________ SA (soit le véhicule d'acquisition) avait été constituée en vue d'acquérir la recourante (soit la société-cible). Pour ce faire, C.________ SA avait emprunté des fonds à une banque et, une fois l'acquisition de la recourante effectuée, la contribuable avait absorbé le véhicule d'acquisition (soit C.________ SA). La dette résultant du prêt avait été transférée à la recourante ("debt push down").
6.2. Selon les constatations cantonales, le contrat de prêt que la recourante et C.________ SA avaient solidairement conclu avait deux objets: le montant du prêt (USD 9'500'000.-) devait être utilisé, d'une part, pour acquérir l'immeuble et, d'autre part, pour le rénover. Ce prêt avait été comptabilisé dans son intégralité au 31 octobre 2008 auprès de C.________ SA, en tant que véhicule d'acquisition, pour un montant de 11'000'000 fr. (équivalent à USD 9'500'000 fr.). Après la fusion, le solde du prêt avait été comptabilisé dans les comptes 2009 de la recourante pour un montant de 9'789'174 fr. 16. Sur les 11'000'000 fr. du prêt octroyé, la cour cantonale a constaté que 8'400'000 fr. avaient servi à l'acquisition de la recourante par les nouveaux actionnaires (soit 76,36 %) et 2'600'000 fr. avaient été affectés à la rénovation de l'immeuble (soit 23,64 %).
Pour les années fiscales litigieuses, l'intimée avait admis en déduction les intérêts relatifs à la partie du prêt ayant financé les frais de rénovation de l'immeuble en considérant, implicitement à tout le moins, qu'ils étaient justifiés par l'usage commercial.
6.3. En revanche, en ce qui concerne les intérêts restants, soit ceux en lien exclusivement avec l'acquisition de la recourante par C.________ SA, les juges précédents ont considéré qu'ils ne constituaient pas des charges justifiées par l'usage commercial pour les raisons suivantes.
Après la fusion, puisque la dette avait été reportée sur la société-cible (soit la recourante) et que C.________ SA, en tant que véhicule d'acquisition radié par suite de fusion, n'avait plus d'existence juridique, c'était à l'aune du but de la société-cible que la justification commerciale de la dépense devait être examinée, bien que la fusion par absorption eût entraîné une succession universelle. Or l'argent emprunté par le véhicule d'acquisition pour acquérir la recourante ne servait pas le but statutaire de celle-ci. En effet, d'une part, bien que les statuts de la recourante prévissent qu'elle pouvait également exécuter toutes opérations financières, commerciales et mobilières se rattachant directement ou indirectement à son but et s'intéresser sous toutes formes à toutes entreprises similaires, il n'y était "pas indiqué" que l'acquisition de participations ou de sociétés faisait partie de ses buts statutaires. Les juges cantonaux ont également retenu qu'il n'avait été ni allégué ni démontré par la recourante qu'elle aurait détenu concrètement des participations dans d'autres sociétés, tout en rappelant que le but principal de la société restait l'exploitation d'un immeuble. En outre, la partie du prêt litigieux avait servi seulement à l'acquisition de la recourante et donc à financer un montant versé à ses anciens actionnaires pour son propre rachat. Par conséquent, la dette contractée pour cette partie du prêt n'était pas liée à des investissements effectués dans le bien immobilier de la recourante et n'avait donc aucun rapport avec son activité commerciale.
C'est dès lors en vain, selon les juges cantonaux, que la recourante invoquait que la fusion lui avait notamment permis d'obtenir des liquidités pour financer la rénovation de son immeuble, de sorte que l'entier des intérêts devait être admis en déduction. Les intérêts liés à la partie du prêt ayant servi effectivement à cette rénovation avaient été admis en déduction de son bénéfice, dans une proportion qui n'était pas remise en cause. En revanche, les intérêts passifs relatifs à la partie du prêt qui n'avait pas servi à la rénovation de l'immeuble n'avaient pas à être déduits.
En définitive, la recourante n'avait pas démontré que les charges résultant des intérêts passifs liés au prêt (et qui ne concernaient pas la rénovation de l'immeuble) étaient justifiées par l'usage commercial. Vu ce résultat, il n'était pas nécessaire d'examiner si la structure mise en place par la recourante était constitutive d'une évasion fiscale.
7.1. L'objet de l'impôt sur le bénéfice est le bénéfice net (art. 57 LIFD). Le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (art. 58 al. 1 let. a LIFD). Selon une jurisprudence établie (cf. en dernier lieu ATF 150 II 369 consid. 3.1; 147 II 209 consid. 3.1.1), il ressort des art. 57 et 58 LIFD que le droit fiscal renvoie au droit comptable pour déterminer le bénéfice net imposable et que les comptes établis conformément aux règles du droit comptable lient les autorités fiscales (principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance), à moins que des normes impératives du droit commercial ne soient violées et sous réserve de l'existence de normes fiscales correctrices qui exigent de s'écarter des comptes (ATF 150 II 369 consid. 3.1; arrêt 9C_12/2025 du 9 juillet 2025 consid. 4.1).
7.2. En vertu de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD a contrario, les charges comptabilisées qui ne sont pas justifiées par l'usage commercial font notamment partie du bénéfice imposable. Selon la jurisprudence, les charges qui sont justifiées par l'usage commercial sont les dépenses qui, du point de vue de l'économie de l'entreprise, sont en relation immédiate et directe avec le revenu acquis. Tout ce qui, d'un point de vue commercial, peut être considéré de bonne foi comme faisant partie des frais généraux doit être reconnu fiscalement comme justifié par l'usage commercial. Peu importe en revanche que la société ait pu se passer des dépenses en question ou que celles-ci aient été conformes à une gestion rationnelle et orientée vers le profit. Il n'appartient en effet pas aux autorités fiscales de remettre en question l'opportunité d'une dépense (cf. ATF 124 II 29 consid. 3; arrêt 9C_185/2025 du 21 octobre 2025 consid. 6.1.2). Ainsi, une dépense est justifiée par l'usage commercial lorsqu'il existe un lien de causalité objectif entre celle-ci et le but économique poursuivi par la société (arrêt 2C_564/2017 du 4 avril 2019 consid. 6.1 et les références).
S'agissant de l'ICC, selon l'art. 24 al. 1 let. a LHID, l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats. Cette règle est concrétisée en droit genevois par l'art. 12 let. a et d de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; rs/GE D 3 15), qui correspond sur ce point à l'art. 58 al. 1 let. a et b LIFD (arrêt 2C_733/2022 du 13 décembre 2022 consid. 10).
7.3. En ce qui concerne le fardeau de la preuve et selon le principe général de l'art. 8 CC, il appartient à l'autorité fiscale d'établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (cf. ATF 140 II 248 consid. 3.5; 121 II 257 consid. 4c). C'est partant à la société qui fait valoir une dépense d'apporter la preuve de son existence, ainsi que de sa justification commerciale (arrêt 9C_185/2025 du 21 octobre 2025 consid. 6.1.2). Savoir si un fait a ou non été prouvé constitue une question de fait (cf. arrêt 2C_132/2020 du 26 novembre 2020 consid. 8.5, non publié in ATF 147 II 155; arrêt 2C_733/2022 du 13 décembre 2022 consid. 6.3 et les références).
7.4. En droit suisse, le principe de périodicité, ancré dans la loi (cf. art. 79 LIFD en relation avec l'art. 58 LIFD), constitue un principe de droit matériel et non seulement une règle de nature technique servant à la perception de l'impôt. Au vu de son importance, il doit être pris en compte, de préférence au principe de l'imposition du bénéfice total, lors de la mise en oeuvre du principe de l'imposition selon la capacité contributive (cf. arrêt 2C_907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.3.1). Conformément à ce principe, il convient d'imputer à un exercice donné les produits et les charges qui lui sont propres afin de dégager le résultat qui y trouve son origine (ATF 137 II 353 consid. 6.4.2; arrêt 2C_122/2022 du 15 décembre 2022 consid. 8.1 et les références).
7.5.
7.5.1. Certains auteurs se sont prononcés sur la question de la déductibilité des intérêts de la dette dans le contexte d'un "leveraged buy-out" (soit le financement d'acquisition de société avec effet de levier) et d'un "debt push down" consécutif, qui correspond au principe du transfert de la dette à la société-cible (à la suite de la fusion entre la société "véhicule d'acquisition" et la société-cible). Ils se sont penchés sur la construction juridique de tels financements, avant tout sous l'angle de l'évasion fiscale (cf. STEFAN OESTERHELT/SUSANNE SCHREIBER, "Debt push down" in Panoptikum des Steuerrechts, in Festschrift für Madeleine Simonek, Zürich 2024, p. 144; ALEXANDRE STEINER, Debt push down et évasion fiscale dans des opérations de Leveraged Buy-Out - Étude critique de la pratique des autorités fiscales, in RDAF 2023 II p. 1 et ss; FABIENNE LIMACHER, in Handbücher für die Antwaltspraxis: Mergers & Acquisitions, § 13, ch. 13.35; GERNOT ZITTER/BOJANA MIRKOVIC, Der Debt push-down in der Schweizer Rechtsprechung, in Archives de droit fiscal suisse 87 p. 542 et ss; MADELEINE SIMONEK/OLIVER TRIEBOLD, Akquisitionsstrukturierung bei "Leveraged Buy-outs (LBO) " in GesKR 2013 p. 358).
7.5.2. Sous l'angle de la justification commerciale des intérêts passifs dans le contexte de la reprise du prêt par la société-cible, OESTERHELT/ SCHREIBER considèrent que de tels intérêts devraient demeurer déductibles, car ce qui était justifié commercialement au niveau de la société "véhicule de l'acquisition" devrait pouvoir également l'être dans le cadre de la nouvelle entité (OESTERHELT/SCHREIBER, op. cit., p. 148). Dans le même sens, STEINER soutient qu'il n'existerait pas de raison pour laquelle les charges d'intérêts passifs devraient changer de statut du seul fait de la fusion entre la société-cible et la société "véhicule d'acquisition" (STEINER, op. cit., p. 25). D'autres auteurs se limitent à affirmer que de tels intérêts sont déductibles, sans toutefois étayer leur propos (LIMACHER, op. cit., ch. 13.35).
8.1. En se référant notamment aux avis des auteurs qui plaident en faveur de la déductibilité des intérêts passifs dans le cas d'un "debt push down" (O ESTERHELT/SCHREIBER, op. cit., p. 148; STEINER, op. cit., p. 25), la recourante reproche en substance à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 58 al. 1 let. b LIFD et les dispositions de droit cantonal correspondantes. Elle soutient que la Cour de justice aurait refusé à tort d'admettre en déduction de son bénéfice imposable les charges résultant des intérêts liés au prêt, en ayant apprécié exclusivement la justification commerciale de tels intérêts au regard de son seul but statutaire. Pour elle, il serait difficilement concevable que les charges d'intérêt passifs, alors déductibles lorsque C.________ SA existait comme entité indépendante, auraient "changé de nature du seul fait de la fusion" puisque selon elle, ce qui était justifié par l'usage commercial avant la fusion le demeurait après celle-ci. Dans ce contexte, le raisonnement de la cour cantonale aurait pour effet de maintenir une approche duale au niveau de l'entité fusionnée, comme si les deux exploitations ne pouvaient pas, malgré la fusion, être confondues au sein de la même entité juridique. Or une telle approche ne trouverait aucun fondement en droit civil ou fiscal et serait contraire au principe de la succession universelle prévue par la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (LFus; RS 221.301); cette conclusion s'imposerait d'autant plus, selon la recourante, que dans le cadre des restructurations, l'art. 61 al. 1 LIFD permet un traitement fiscal en neutralité et que l'art. 67 LIFD, respectivement l'art. 25 al. 2 LHID, permettrait à la société reprenante de faire valoir les pertes fiscales de la société transférée. En somme, vu l'existence de ces deux dispositions, il serait incohérent de refuser la déductibilité des intérêts litigieux dans le cadre de l'art. 58 LIFD.
8.2. Par ailleurs, toujours selon la contribuable, la jurisprudence fédérale relative à l'art. 58 LIFD ne subordonnerait pas la déductibilité des charges à leur correspondance stricte avec le but statutaire d'une société car les charges seraient justifiées par l'usage commercial tant qu'elles servent à réaliser un bénéfice ou sont consenties dans l'intérêt de l'entreprise. Les charges litigieuses d'intérêts passifs rentreraient précisément dans cette catégorie car elles seraient liées à un financement de tiers contracté dans le cadre d'une acquisition de participation, dont le but serait de "pouvoir assurer à l'avenir une activité génératrice de bénéfices par la société cible"; par ce financement provenant d'un tiers, la société acquéreuse entendait rendre la société-cible "profitable et en tirer un bénéfice".
9.1. En l'occurrence, il n'est pas contesté que la déductibilité des intérêts litigieux doit être examinée en application de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, étant précisé que c'est leur déduction pour les années 2011 à 2013, soit après la fusion de la recourante avec C.________ SA, qui est en cause.
Dans ce contexte, la recourante ne saurait être suivie lorsqu'elle affirme en substance que la déductibilité des charges en cause devrait s'analyser de manière globale, soit notamment à la lumière des circonstances qui ont prévalu avant la fusion par absorption. En effet, une telle conception se heurte au principe de périodicité (consid. 7.4 supra), qui revêt une importance particulière en droit fiscal, et qui impose d'imputer à un exercice donné les produits et les charges qui lui sont propres.
9.2. Le parallèle que tire ensuite la recourante avec le régime des pertes reportées prévu à l'art. 67 LIFD n'est pas convaincant. Selon cette disposition, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années. Elle prévoit précisément un assouplissement du principe de périodicité (par la prise en compte du principe du bénéfice total), lequel a été expressément voulu par le législateur (cf. ATF 140 II 248 consid. 3.6.2; 137 II 353 consid. 6.4.4). Or un tel assouplissement n'a pas été prévu à l'art. 58 al. 1 let. b LIFD en tant que cette disposition concerne les charges justifiées par l'usage commercial. Par conséquent, le principe de périodicité trouve à s'appliquer pleinement en l'espèce et il n'est donc pas possible de considérer, par une sorte d'"automatisme", que la déduction des intérêts passifs chez la recourante devrait être admise durant les périodes fiscales litigieuses en raison du fait qu'une telle déduction était admise dans le chapitre fiscal de C.________ SA à l'occasion d'une période fiscale antérieure. Dans cette mesure les avis doctrinaux auxquels se réfère la recourante (consid. 7.5.2 supra) n'emportent pas la conviction, lorsqu'ils soutiennent que la nature des charges (d'abord déductibles pour la société "véhicule d'acquisition") doit rester la même après la fusion, de sorte que les charges resteraient commercialement justifiées auprès de la société-cible. Ce raisonnement ne prend pas en considération le principe de périodicité qui reste applicable après une fusion et qui doit être appliqué pour chaque période fiscale.
9.3. La référence que fait par ailleurs la recourante à l'art. 61 LIFD pour soutenir que les charges litigieuses devraient être déductibles au motif notamment qu'elles l'étaient avant la fusion et qu'elles ne pourraient pas changer "subitement de nature du seul fait de [cette] fusion", n'est pas davantage pertinent. De manière générale, l'art. 61 al. 1 LIFD expose les différents types de restructurations qui peuvent être effectuées en neutralité fiscale au plan de l'impôt fédéral direct. Il prévoit deux conditions: les éléments doivent être transférés à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice [soit à la valeur comptable] et l'assujettissement en Suisse doit être maintenu. Selon la jurisprudence, ces conditions visent à garantir l'existence des réserves latentes et à ce que celles-ci restent géographiquement soumises à la souveraineté fiscale suisse de manière à ce qu'elles puissent être soumises à l'impôt sur le bénéfice en cas de réalisation ultérieure (ATF 151 II 545 consid. 7.1 et les références).
En l'espèce, la question litigieuse n'est pas de savoir si la fusion entre la recourante et C.________ SA pouvait être opérée en neutralité fiscale en application de l'art. 61 al. 1 LIFD, mais bien de savoir si les charges en cause sont justifiées par l'usage commercial et dès lors déductibles, en application de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD. Or il n'existe pas, en tant que tel, de lien entre la neutralité fiscale (visant les réserves latentes) en cas notamment de fusion au sens de l'art. 61 al. 1 LIFD et la détermination du bénéfice imposable au sens de l'art. 58 al. 1 LIFD. La recourante ne saurait donc être suivie lorsqu'elle affirme que parce qu'il y aurait une fusion entre deux entités pouvant être opérée en neutralité fiscale, toutes les charges précédemment admises en déduction du bénéfice imposable de ces entités le seraient nécessairement après l'opération de fusion. Dans cette mesure, il ne saurait être question d'appliquer l'art. 58 al. 1 let. b LIFD à la lumière de l'art. 61 LIFD comme le voudrait en substance la recourante. De plus, le principe de la succession universelle invoqué par la recourante n'est pas pertinent en l'espèce, puisqu'il concerne, dans le cadre de la LFus, les effets du transfert du patrimoine entre le transférant et le reprenant, soit les actifs et les passifs (cf. arrêt 4A_601/2019 du 25 novembre 2020 consid. 3.1 et les références). Or il n'est pas contesté que le prêt litigieux constitue un actif dans le bilan de la recourante issu de la succession universelle qui est intervenue à l'occasion de la fusion; cela ne signifie encore pas toutefois que les intérêts passifs y relatifs soient déductibles du point de vue du droit fiscal.
9.4. La recourante soutient encore en vain qu'une déduction des intérêts litigieux aurait été possible en cas de reprise de l'activité de la société par le biais d'une acquisition des actifs ("asset deal") ou dans le cas d'une acquisition d'actions ("share deal") et que, puisque le cas d'espèce serait une situation"économiquement analogue", les charges litigieuses devraient être également admises en déduction de son bénéfice imposable. Par cette argumentation, et en se limitant à alléguer que la Cour de justice aurait "ignor[é] la réalité économique de l'opération", la recourante se limite à présenter de simples éventualités relatives au traitement fiscal de situations différentes du cas d'espèce, sans démontrer une violation du droit par l'instance précédente. Il n'y a dès lors pas à examiner plus avant ces éventualités.
Il convient ensuite d'examiner si, comme le fait valoir la recourante, la Cour de justice a mal appliqué l'art. 58 al. 1 let. b LIFD dans la présente constellation, étant rappelé que la contribuable supporte le fardeau de la preuve s'agissant du caractère commercialement justifié des intérêts litigieux (supra consid. 7.3).
10.1. On rappellera que selon les constatations cantonales, qui ne sont pas remises en cause en instance fédérale, le but principal de la recourante demeurait l'exploitation de l'immeuble après la fusion. Par ailleurs, bien que son but social inclût également toutes opérations financières et qu'elle pût participer sous toutes formes à toutes entreprises similaires à la sienne, la recourante n'avait pas démontré qu'elle détiendrait concrètement certaines participations dans d'autres sociétés. Ces constatations sont corroborées par le fait que pour les années 2011 et 2012, les seuls actifs de la recourante qui figuraient dans les états financiers consistaient principalement en du mobilier, de la literie et un immeuble. De plus, seuls les loyers et un gain de change figurent comme produits dans le compte de pertes et profits pour ces années (cf. art. 105 al. 2 LTF).
Vu ces éléments factuels quant à l'activité économique concrètement déployée par la recourante, celle-ci ne saurait être suivie lorsqu'elle affirme, en lien avec le prêt litigieux et pour démontrer le caractère commercialement justifié des intérêts passifs en cause, que de tels intérêts seraient liés "à un financement de tiers contracté dans le cadre d'une acquisition de participation, dont le but est précisément de pouvoir assurer à l'avenir une activité génératrice de bénéfices par la société cible", ou encore que "par le financement de tiers, la société acquéreuse entend pouvoir acquérir la cible, rendre cette dernière profitable et en tirer un bénéfice". En effet, par ces affirmations générales, la recourante ne démontre pas qu'il existerait concrètement un lien objectif entre son but économique effectivement poursuivi et les charges litigieuses, singulièrement qu'elle dépendait du financement des tiers pour pouvoir maintenir une activité économique.
Elle ne met pas davantage en lumière une telle relation en se contentant d'affirmer qu'il y aurait économiquement "un lien entre le coût du financement et les bénéfices attendus de la cible". À l'instar de la cour cantonale, il convient au contraire de retenir que la partie du prêt qui n'a pas servi à l'immeuble (cf. consid. 6.2 supra) et qui a permis aux nouveaux actionnaires d'acquérir la recourante (soit 76,36 % du montant total du prêt) n'était pas liée concrètement à des investissements dans l'immeuble et que cette partie du prêt - selon les constatations cantonales qui ne sont pas remises en cause en instance fédérale -, n'a pas permis d'obtenir des liquidités utiles à l'activité de la recourante.
10.2. Dans ces circonstances, compte tenu de l'activité économique effectivement déployée par la recourante, qui consiste concrètement à tirer des revenus de l'exploitation d'un immeuble, il n'existe pas de lien objectif entre les charges litigieuses revendiquées et l'activité poursuivie. Ainsi que l'a considéré de manière pertinente la cour cantonale, celle-ci ne déployait concrètement pas d'activité liée à l'acquisition de participations. Dès lors, la contribuable ne saurait être suivie lorsqu'elle affirme que la cour cantonale aurait exclusivement examiné abstraitement la question litigieuse à l'aune de son but statutaire. La référence que fait par ailleurs la recourante à la doctrine (STEINER, op. cit., p. 25) ne lui est d'aucun secours. Cet auteur soutient en effet, de manière générale, que puisque les capitaux étrangers qu'une société doit dépenser en lien avec son activité commerciale sont en principe fiscalement déductibles, rien ne justifierait qu'ils fussent traités différemment des intérêts découlant de capitaux étrangers qui ont servi à financer (l'acquisition de) l'entreprise. Cet avis ne tient pas compte du point de savoir quelle est l'activité commerciale effectivement déployée par la société nouvellement acquise et omet donc d'examiner concrètement s'il existe un lien de causalité objectif entre les intérêts passifs dont la déduction est demandée et le but économique poursuivi par cette société.
En définitive, la cour cantonale n'a pas commis d'erreur de droit en ayant confirmé que les intérêts litigieux ne pouvaient pas être admis en déduction du bénéfice imposable de la recourante, en application des art. 58 al. 1 let. b LIFD et 12 let. a et d LIPM. Vu ce résultat, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs de la recourante relatifs à l'absence d'évasion fiscale.
Il découle de ce qui précède que le recours doit être admis en ce qui concerne la seule période fiscale 2010, motif pris de la prescription du droit de procéder au rappel d'impôt pour l'IFD et l'ICC, le rappel d'impôt correspondant devant être supprimé. Pour le reste, les conclusions de la recourante sont mal fondées.
N'obtenant que partiellement gain de cause, la recourante doit supporter une partie des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF). En fonction du montant des créances prescrites pour la période fiscale 2010 en relation avec celui des créances relatives aux périodes 2011 à 2013, elle supportera des frais de la procédure réduits d'un quart. Il n'est en revanche pas perçu de frais judiciaires auprès de l'autorité intimée puisque l'admission partielle du recours repose sur la survenance de la prescription durant la procédure devant le Tribunal fédéral. Pour la même raison, les dépens réduits à allouer à la recourante (art. 68 al. 1 et 2 LTF) seront pris en charge par la Caisse du Tribunal fédéral. Étant donné que la prescription de la créance fiscale relative à la période fiscale 2010 n'était pas encore acquise au moment où l'arrêt attaqué a été rendu et que, sans la survenance de la prescription, le recours aurait également dû être rejeté pour cette période, il convient de renoncer à une nouvelle répartition des frais et indemnités pour la procédure cantonale (arrêts 9C_775/2023 du 24 juin 2024 consid. 10.2; 2C_998/2021 du 12 mai 2022 consid. 10; 2C_137/2011 du 30 avril 2012 consid. 5.2 non publié in ATF 138 II 169).
Le recours est partiellement admis en matière d'impôt fédéral direct. L'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 23 septembre 2025, est annulé dans la mesure où le droit de percevoir un rappel d'impôt pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2010 est prescrit et l'impôt correspondant est supprimé. Le recours est rejeté pour le surplus.
Le recours est partiellement admis en matière d'impôt cantonal et communal. L'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 23 septembre 2025, est annulé dans la mesure où le droit de percevoir un rappel d'impôt pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2010 est prescrit et l'impôt correspondant est supprimé. Le recours est rejeté pour le surplus.
Les frais judiciaires réduits, arrêtés à 5'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
Une indemnité de dépens réduite, arrêtée à 2'000 fr., à la charge de la Caisse du Tribunal fédéral, est allouée à la recourante.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lucerne, le 24 février 2026
Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Moser-Szeless
Le Greffier : Bürgisser