9C_676/2022
Arrêt du 24 avril 2023
IIIe Cour de droit public
Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Parrino, Président,
Moser-Szeless et Beusch.
Greffière : Mme Vuadens.
Participants à la procédure
A.________,
faisant élection de domicile aupès de B.________ SA,
recourant,
contre
Administration fiscale cantonale du canton de Genève, rue du Stand 26, 1204 Genève,
intimée.
Objet
Impôt à la source, périodes fiscales 2012 à 2013,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 26 avril 2022 (ATA/440/2022).
A.a. A.________, médecin, était domicilié à U.________ (France) en 2012 et en 2013. Durant ces années, il a exercé sa profession à la fois en France, pour le centre hospitalier de U.________, et dans le canton de Genève, pour le compte de la société genevoise B.________ SA (ci-après: la Société), laquelle a pour but la fourniture de prestations médicales au chevet du patient.
En 2012, A.________ a travaillé soixante-huit jours pour la Société, pour un salaire brut de 71'560 fr. Sur ce montant, la Société a retenu un impôt à la source de 17'431 fr. 90 (recte: de 372 fr. 10). En 2013, il a travaillé septante-cinq jours pour la Société, pour un salaire brut de 69'439 fr. Sur ce montant, la Société a retenu un impôt à la source de 14'477 fr. 20 (recte: de 1'965 fr. 10).
Pour les années 2012 et 2013, la Société a remis à l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) les décomptes des mois de janvier à décembre, comportant les montants des retenues brutes totales, la commission de perception, ainsi que le montant d'impôt à verser. Elle lui a également remis les listes récapitulatives de tous les salariés soumis à l'impôt à la source, qui comportaient, pour chacun d'eux, les prestations soumises, l'impôt retenu et les retenues totales. L'Administration cantonale a établi des attestations-quittance de l'impôt à la source 2012 et 2013 de A.________, qui mentionnent les retenues de 372 fr. 10 et de 1'965 fr. 10. Elle a par ailleurs adressé à la Société des bordereaux d'impôt à la source, qu'elle a établis sur la base des décomptes de la Société. Ces bordereaux sont entrés en force.
A.b. Le 5 décembre 2014, l'Administration cantonale a informé la Société qu'elle ouvrait à son encontre une procédure en rappel et en soustraction d'impôt concernant l'impôt à la source 2004 à 2013. Elle lui reprochait notamment d'avoir calculé l'impôt à la source sans annualiser les revenus des médecins qu'elle employait pour fixer le revenu déterminant pour le taux.
A.c. Par envoi du 9 décembre 2014, A.________ a adressé à l'Administration cantonale une demande de rectification de son imposition à la source pour les années 2012 et 2013. Il sollicitait l'application du barème tenant compte d'une charge d'enfant mineur et faisait état, sous la rubrique "déclaration d'autres revenus (article 5 LISP) ", de revenus de 6'350 fr. en 2012 et de 4'024 fr. en 2013).
Par courrier daté du 29 mars 2018, A.________ a réitéré sa demande de rectification. Il joignait à ce courrier ses "bulletins de salaires" 2012 et 2013 pour son activité de médecin au centre hospitalier de U.________, ainsi que les "bulletins de paie" de son épouse pour l'activité qu'elle avait exercée en France durant ces années.
A.d. Par décisions du 17 juillet 2018, l'Administration cantonale a adressé à A.________ des bordereaux d'impôt à la source rectifiés pour les années 2012 et 2013. Pour déterminer le taux de l'impôt, elle tenait compte des revenus réalisés à l'étranger. L'Administration cantonale déduisait des montants d'impôt à la source ainsi calculés les retenues qui avaient déjà été effectuées auprès de la Société. Le 23 juillet 2018, l'Administration cantonale a toutefois annulé les décisions du 17 juillet 2018.
B.a. Par décisions du 10 décembre 2019, l'Administration cantonale a adressé à A.________ de nouveaux bordereaux d'impôt à la source rectifiés pour les années 2012 et 2013. Pour déterminer le taux de l'impôt, elle ne tenait plus compte des revenus réalisés à l'étranger, mais annualisait le salaire brut du contribuable sur 231 jours. Le revenu imposable, fixé à 81'610 fr. pour 2012, était ainsi imposé au taux d'un revenu de 277'234 fr., et celui de 2013, fixé à 75'363 fr., l'était au taux d'un revenu de 222'134 fr., comme suit:
2012
Nature de la rubrique
Montants admis
Montants pour le taux
Salaire brut (68 jours de travail)
81'610 fr.
277'234 fr. 1
Revenu imposable
81'610 fr.
277'234 fr.
1 salaire brut annualisé sur 231 jours
2013
Nature de la rubrique
Montants admis
Montants pour le taux
Salaire brut (75 jours de travail)
70'563 fr.
217'334 fr. 1
Alloc. familiales et de naissance
4'800 fr.
4'800 fr.
Revenu imposable
75'363 fr.
222'134 fr.
1 salaire brut annualisé sur 231 jours
L'impôt à la source s'élevait à 18'043 fr. 95 pour 2012 et à 14'145 fr. 60 pour 2013.
Pour chaque année, l'Administration cantonale déduisait de ces montants d'impôts la "retenue effectuée par B.________ SA pour M. A.________", à savoir 17'431 fr. 90 pour 2012 et 14'477 fr. 20 pour 2013. Ces montants correspondaient aux retenues effectuées à la source par la Société elle-même (372 fr.10 en 2012 et 1'965 fr. 10 en 2013; supra let. A.a), à quoi s'ajoutaient les montants d'impôt à la source que l'Administration cantonale réclamait à la Société par la voie de la procédure de rappel d'impôt qu'elle avait ouverte à son encontre le 5 décembre 2014. En définitive, le contribuable était encore débiteur d'un montant d'impôt à la source de 612 fr. 05 pour 2012 (18'043 fr. 95 - 17'431 fr. 90), mais créancier d'un montant de 331 fr. 60 pour 2013 (14'145 fr. 60 - 14'477 fr. 20).
Le 27 décembre 2019, A.________ a formé une réclamation contre les décisions du 10 décembre 2019.
B.b. Par décisions sur réclamation du 20 février 2020, l'Administration cantonale a maintenu les taxations selon les bordereaux du 10 décembre 2019.
Le 14 avril 2020, A.________ a recouru contre ces décisions sur réclamation auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif). Par jugement du 18 mai 2020, le Tribunal administratif a déclaré le recours irrecevable, car tardif. Par arrêt du 21 juillet 2020, la Cour de justice, Chambre administrative, du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a annulé ce jugement et renvoyé la cause au Tribunal administratif pour qu'il entre en matière sur le recours.
Le 22 janvier 2021, l'Administration cantonale a demandé au Tribunal administratif de suspendre la procédure, parce que les reprises d'impôt à la source étaient directement liées à un litige en cours concernant la Société et que le bien-fondé des bordereaux notifiés au contribuable dépendait des reprises effectuées auprès de son employeur. A.________ s'est opposé à la suspension de la procédure.
B.c. Le Tribunal administratif a rejeté le recours par jugement du 30 août 2021. Le 1er octobre 2021, le contribuable a recouru contre ce jugement auprès de la Cour de justice, concluant à son annulation.
B.d. Par arrêt du 26 avril 2022, la Cour de justice a rejeté le recours.
Agissant en personne par la voie du recours en matière de droit public, A.________ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 26 avril 2022 et de dire que les bordereaux établis par l'Administration cantonale le 17 juillet 2018 "constituent les éléments pertinents pour établir le montant dû par le contribuable sous réserve [de] la détermination des montants effectivement versés" par la Société.
L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. Le recourant s'est déterminé.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), rendue par une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe pas sous le coup d'une clause d'exception de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. aussi l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14], renvoyant au Titre 4 de la LHID notamment). Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par le destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Le recours est donc recevable.
Selon l'art. 112 al. 1 let. a LTF, les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral doivent contenir les motifs déterminants de fait et de droit. En vertu de l'art. 112 al. 3 LTF, si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler.
Dans le cas d'espèce, l'arrêt attaqué est incomplet ou erroné sur des éléments de fait déterminants pour la compréhension de la cause. La Cour de céans aurait donc pu le renvoyer à la Cour de justice en l'invitant à le parfaire. Un tel renvoi rallongerait toutefois encore la durée d'une procédure qui a été initiée il y a plus de dix ans. La Cour de céans y a partant renoncé et a complété, respectivement corrigé d'office l'état de fait en application de l'art. 105 al. 2 LTF, en se fondant, d'une part, sur le dossier cantonal et, d'autre part, sur les faits figurant dans les arrêts 2C_60/2020 du 27 avril 2021 et 9C_689/2022 du 12 avril 2023 rendus sur recours de la Société dans le contexte de la procédure en rappel d'impôt à la source susmentionnée (supra let. A.b et B.b).
3.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Selon l'art. 106 al. 2 LTF toutefois, il n'examine la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 146 I 62 consid. 3; 142 II 369 consid. 2.1). Le Tribunal fédéral examine en principe librement la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, à moins que les dispositions de cette loi fédérale ne laissent une marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas son pouvoir d'examen se limite aux griefs constitutionnels dûment invoqués (cf. ATF 144 II 313 consid. 5.3; 134 II 207 consid. 2). Par ailleurs, le Tribunal fédéral n'est en principe pas lié par les motifs de l'autorité précédente ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 139 II 404 consid. 3; 138 III 537 consid. 2.2).
3.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il peut toutefois, comme il l'a fait dans une large mesure en l'espèce, rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 2 LTF).
Le litige concerne l'impôt à la source du recourant pour les périodes fiscales 2012 et 2013. Il porte uniquement sur le point de savoir à quel taux le revenu que le recourant a réalisé pour la Société durant ces périodes doit être imposé. Le recourant n'ayant pas contesté les montants de revenus imposables tels qu'ils ont été fixés dans les décisions du 10 décembre 2019 de l'Administration cantonale et confirmés le 20 février 2020, ce point n'est en effet pas litigieux.
Il convient de préciser au préalable le droit applicable.
5.1. En droit fédéral, l'impôt à la source est régi dans la LIFD et la LHID, qui sont applicables en l'espèce dans leur teneur en vigueur durant les périodes fiscales litigieuses (arrêts 9C_689/2022 du 12 avril 2023 consid. 4.1; 2C_60/2020 du 27 avril 2021 consid. 3 et 4). Certaines des dispositions de ces lois ont été modifiées par la loi fédérale sur la révision de l'imposition à la source du revenu de l'activité lucrative du 16 décembre 2016 et sont entrées en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2018 1813; FF 2015 625). Les périodes fiscales litigieuses étant antérieures à ces modifications, il sera fait référence à l'aLIFD et à l'aLHID pour mentionner les dispositions de ces lois dont la teneur a été modifiée au 1er janvier 2021. Au niveau réglementaire, l'ordonnance du 19 octobre 1993 du Département fédéral des finances sur l'imposition à la source, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2013 (ci-après: aOIS), est applicable (RO 1993 3324). En conséquence, l'art. 15 OIS dans sa teneur en vigueur à compter du 1er janvier 2021 (RS 642.118.2), invoqué par le recourant, n'entre pas en considération.
5.2. En droit cantonal genevois, l'ancienne loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales (ci-après: aLISP) est applicable, de même que l'ancien règlement y relatif, du 12 décembre 1994 (ci-après: aRISP).
Durant les périodes fiscales litigieuses, le recourant, domicilié en France, a réalisé en Suisse des revenus d'activité lucrative dépendante pour son activité de médecin au sein de la Société. Il a donc rempli un critère de rattachement économique à l'impôt, qui a entraîné un assujettissement à l'impôt limité à ce revenu (art. 5 al. 1 let. a et 6 al. 2 LIFD; art. 4 al. 2 let. a LHID).
6.1. Le revenu de l'activité lucrative dépendante réalisé en Suisse par un travailleur qui n'est ni domicilié ni en séjour en Suisse est soumis à une imposition à la source (art. 91 aLIFD; art. 36 al. 1 aLHID art. 7 aLISP). L'impôt à la source sur le revenu de ces travailleurs est prélevé selon les mêmes principes que pour les travailleurs étrangers domiciliés ou en séjour en Suisse sans être au bénéfice d'une autorisation d'établissement (cf. les renvois de l'art. 91 al. 1 aLIFD aux art. 83 à 86 aLIFD, de l'art. 36 al. 1 aLHID aux art. 32 et 33 aLHID et de l'art. 7 aLISP aux art. 2 à 4 aLISP).
6.2. L'impôt à la source est calculé sur le revenu brut, lequel comprend tous les revenus provenant de l'activité pour le compte d'autrui (cf. art. 84 al. 1 et 2 aLIFD; art. 32 al. 1 et 3 aLHID; art. 2 al. 1 et 2 aLISP). Il se substitue à l'impôt fédéral direct et à l'impôt cantonal et communal perçus selon la procédure ordinaire (art. 87 et 99 aLIFD; art. 32 al. 1 et 35 al. 2 aLHID; art. 17 aLISP). La retenue comprend par conséquent les impôts fédéral, cantonal et communal (cf. art. 33 al. 1 aLHID; art. 3 al. 2 aLISP). Les cantons établissent leurs barèmes d'impôt à la source d'après les taux de l'impôt sur le revenu des personnes physiques (dans le canton de Genève, cf. art. 3 aLISP). Les barèmes fédéraux, que l'Administration fédérale des contributions établit d'après les taux de l'impôt sur le revenu des personnes physiques (art. 85 al. 1 aLIFD), sont ensuite incorporés aux barèmes cantonaux (art. 85 al. 2 aLIFD). Comme les barèmes de l'impôt sur le revenu sont progressifs (progressivité par tranches de revenus), les barèmes de l'impôt à la source le sont également (GUIDO JUD/PATRICK MEIER, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Kommentar, 4e éd. 2022, n° 4 ad art. 85 DBG).
6.3. L'impôt à la source est perçu par le débiteur de la prestation imposable (à savoir, lorsqu'il concerne le revenu du travail, l'employeur du contribuable; arrêt 2C_60/2020 du 27 avril 2021 consid. 6.1), qui est responsable du paiement de l'impôt à la source (art. 88 al. 3 LIFD; art. 37 al. 1 LHID; art. 18 al. 3 aLISP). Si le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu dans le cadre d'une procédure en paiement complémentaire de l'impôt (cf. art. 138 al. 1 LIFD; art. 49 al. 3 LHID; art. 21 al. 1 aLISP). Si en revanche une décision fixant l'impôt à la source a été prononcée et qu'elle est entrée en force, seule une procédure en rappel d'impôt peut alors entrer en considération pour percevoir l'impôt à la source manquant (arrêt 2C_60/2020 du 27 avril 2021 consid. 6.2 et 6.3) et elle peut être dirigée contre le débiteur de la prestation imposable (arrêt 2C_60/2020 du 27 avril 2021 consid. 6.4). Quant au contribuable, il peut demander la rectification de son imposition à la source par la voie de la réclamation puis du recours (cf. art. 137 al. 1 et 139 LIFD; art. 49 al. 2 et 50 al. 1 LHID; art. 23 et 24 aLISP).
En l'espèce, la Société a prélevé en 2012 un impôt à la source de 372 fr.10 sur un revenu brut de 71'560 fr. et, en 2013, un impôt de 1'965 fr. 10 sur un revenu brut de 69'439 fr. Le recourant a sollicité la rectification de son imposition à la source (supra let. A.b.). Dans ses décisions du 10 décembre 2019, confirmées sur réclamation du contribuable le 20 février 2020, l'Administration cantonale a rectifié l'imposition à la source en défaveur du contribuable, puisqu'elle a annualisé son salaire brut sur 231 jours pour déterminer le taux de l'impôt. L'impôt à la source s'élevait désormais à 18'043 fr. 95 pour 2012 et à 14'145 fr. 60 pour 2013. Après déduction des montants versés par la Société, respectivement réclamés auprès d'elle par la voie du rappel d'impôt, le recourant était encore débiteur d'un montant de 612 fr. 05 pour 2012, mais créancier d'un montant de 331 fr. 55 pour 2013 (supra let. B.a.).
7.1. Selon la Cour de justice, les revenus que le recourant a réalisés pour son activité de médecin étaient des revenus périodiques, de sorte que c'était à bon droit que l'Administration cantonale les avait annualisés pour déterminer le taux d'imposition applicable à sa rémunération globale. Cette annualisation reposait en effet sur les art. 209 al. 3 aLIFD et 63 al. 3 LHID, elle était expressément prévue à l'art. 1 al. 3 aOIS et correspondait en outre à un principe général du droit, comme le Tribunal fédéral l'avait reconnu dans un arrêt publié aux ATF 131 II 562.
7.2. A l'encontre de l'arrêt attaqué, le recourant fait valoir que l'extrapolation de son revenu pour obtenir un revenu déterminant pour le taux aboutit à une imposition disproportionnée et contraire au principe de l'imposition selon la capacité économique. Il soutient que le taux de l'impôt applicable à sa rémunération doit être fixé sans extrapoler son salaire brut, mais en tenant compte des revenus que lui et son épouse ont réalisés en France, comme l'avait fait l'Administration cantonale dans les décisions du 17 juillet 2018 qu'elle avait annulées le 23 juillet suivant. Ces deux points sont traités successivement ci-après.
7.3. S'agissant du grief relatif à l'annualisation des revenus, il convient de relever au préalable que, sur le plan terminologique, lorsque la Cour de justice retient que les revenus du recourant doivent être annualisés pour fixer le revenu déterminant pour le taux de l'impôt, il ne s'agit pas véritablement d'une annualisation, mais plutôt d'une extrapolation de ces revenus. Le mécanisme appliqué par l'Administration cantonale consiste en effet à déterminer quel revenu le recourant aurait réalisé s'il avait exercé son activité à plein temps (à savoir, dans le canton de Genève, durant 231 jours, supra let. B.a), et d'appliquer au revenu effectivement réalisé le taux d'impôt applicable à ce revenu extrapolé. Le recourant utilise du reste le terme d'extrapolation dans son mémoire, ce qui correspond à celui que l'Administration fédérale des contributions adopte également pour désigner le mécanisme consistant à convertir le revenu d'une activité lucrative exercée à temps partiel en revenu d'activité à plein temps afin de déterminer le taux d'impôt applicable (cf. la Circulaire n° 45 du 12 juin 2019 sur l'imposition à la source du revenu de l'activité lucrative des travailleurs, ch. 6.4 et ch. 7.3.2). Comme les autorités inférieures parlent d'annualisation et que ce terme a été utilisé par le Tribunal fédéral dans l'arrêt 9C_689/2022 qui a été rendu le 12 avril 2023 sur recours de la Société dans le cadre de la procédure en rappel et soustraction d'impôt à la source ouverte à son encontre par l'Administration cantonale, on s'en tiendra à ce terme dans le présent arrêt également.
7.3.1. Le Tribunal fédéral s'est récemment prononcé sur le mécanisme d'annualisation litigieux dans l'arrêt 9C_689/2022 du 12 avril 2023 précité. Il a d'abord rappelé que, selon le principe de la légalité en droit fiscal (art. 127 al. 1 Cst.; cf. aussi l'art. 164 al. 1 let. d Cst.), les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, devaient être définis par la loi, de sorte qu'une autorité ne pouvait pas, sans violer le principe de la légalité, appliquer à un élément imposable un taux d'impôt plus élevé que celui qui résultait de l'application des principes définis dans la loi formelle (arrêt 9C_689/2022 consid. 8.3.2). Le Tribunal fédéral a ensuite rappelé que la nécessité d'une base légale formelle ne signifiait pas qu'une délégation à l'organe exécutif soit totalement exclue, mais que l'exigence de densité normative était élevée pour les impôts au sens propre du terme, car la base légale devait être précise et contenir tous les éléments essentiels au régime fiscal mis en place (arrêt 9C_689/2022 consid. 8.3.2). S'agissant des taux de l'impôt à la source sur le revenu des travailleurs, le Tribunal fédéral a constaté que ni l'aLIFD ni l'aLHID ni l'aLISP, dans leur teneur applicable aux années 2008 à 2013 alors litigieuses, ne prévoyaient de principe selon lequel les revenus périodiques devaient être annualisés aux fins de la détermination du taux de l'impôt (arrêt 9C_689/2022 consid. 8.3.4). En particulier, l'annualisation litigieuse ne pouvait pas reposer sur les art. 209 al. 3 aLIFD (actuel art. 40 al. 3 LIFD) et 63 al. 3 aLHID (actuel art. 15 al. 3 LHID). L'annualisation des revenus périodiques que ces articles prévoyaient était une règle d'imposition dans le temps, destinée à s'assurer que les contribuables qui n'étaient assujettis à l'impôt de manière illimitée que durant une partie de l'année soient imposés selon leur capacité économique (art. 127 al. 2 Cst.), compte tenu de la progressivité des taux de l'impôt sur le revenu. L'annualisation litigieuse n'avait toutefois rien à voir avec une question d'imposition dans le temps; au demeurant, ces dispositions ne s'appliquaient de toute manière pas aux personnes qui n'étaient assujetties à l'impôt que de manière limitée en Suisse (arrêt 9C_689/2022 consid. 8.3.5). Par ailleurs, le fait que l'art. 1 al. 3 aOIS prévoyait la conversion sur une année des revenus périodiques réguliers ne palliait pas l'absence de base légale formelle dans l'aLIFD. Finalement, si le Tribunal fédéral avait retenu, dans l'arrêt publié aux ATF 131 II 562, que l'annualisation des revenus pour fixer le taux de l'impôt était un principe généralement admis pour l'imposition des revenus à caractère périodique soumis à un taux progressif, il s'agissait précisément de l'annualisation liée à l'imposition dans le temps, ce qui n'était pas le cas de l'annualisation litigieuse. Le Tribunal fédéral en a conclu que, faute de base légale durant les années litigieuses, il était exclu de procéder à l'annualisation de revenus de travailleurs imposés à la source pour fixer le taux de l'impôt.
7.3.2. Il découle de ce qui précède que c'est à juste titre que le recourant conteste l'annualisation de son revenu pour la fixation du taux, car ce mécanisme ne repose sur aucune base légale durant les périodes fiscales litigieuses. Son grief est donc admis, par substitution de motifs.
7.4. Reste encore à déterminer si, comme le soutient le recourant, les revenus que lui et son épouse ont réalisés en France en 2012 et 2013 doivent être pris en compte pour déterminer le taux de l'impôt à la source.
7.4.1. Au vu de la progressivité des taux de l'impôt à la source (supra consid. 6.2), tenir compte de ces revenus pour déterminer le taux aboutirait forcément à alourdir la charge fiscale du recourant par rapport à un impôt calculé sur la seule base de son revenu suisse. On peut donc se demander si le recourant a véritablement intérêt à formuler un tel grief. Cette question souffre toutefois de rester indécise au vu de ce qui suit.
7.4.2. Selon l'art. 7 al. 1 LIFD, les personnes physiques qui ne sont que partiellement assujetties à l'impôt sur le revenu en Suisse se voient appliquer le taux auquel leur revenu serait imposé si tous les éléments étaient imposables en Suisse. Cette disposition, qui pose le principe de la réserve de l'application du taux correspondant au revenu global net (JEAN-BLAISE PASCHOUD/DANIEL DE VRIES REILINGH, in Impôt fédéral direct [LIFD], Commentaire romand, 2e éd. 2017, n° 6 ad art. 7 LIFD), ne s'applique toutefois en principe que pour les personnes soumises à l'impôt selon la procédure ordinaire, mais pas aux personnes imposées à la source de manière définitive (cf. arrêt 2P.145/1999 du 31 janvier 2000 consid. 3a/bb, in RF 55/2000, p. 438; STEFAN OESTERHELT/SUSANNE SCHREIBER, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Kommentar, 4e éd. 2022, n° 4 ad art. 7 DBG; PASCHOUD/DE VRIES REILINGH, in op. cit., n° 4 ad art. 7 LIFD). L'art. 7 al. 1 LIFD ne s'applique donc pas aux travailleurs domiciliés à l'étranger soumis à l'impôt à la source pour le revenu de leur activité lucrative réalisé en Suisse en vertu de l'art. 91 LIFD. Leur revenu doit donc être imposé pour lui-même (principe de l'"Einzelbetrachtung"; PASCHOUD/DE VRIES REILINGH, in op. cit., n° 7 let. a ad art. 7 LIFD; PETER LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, I. Teil, Art. 1-48 DBG, 2e éd. 2019, n° 14 ad art. 7 DBG; OESTERHELT/SCHREIBER, in op. cit., n° 12 ad art. 7 DBG).
7.4.3. Il découle de ce qui précède que le revenu brut du recourant doit être imposé sans tenir compte des revenus que lui ou son épouse ont réalisés à l'étranger.
Ce qui précède conduit à l'admission du recours. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'Administration cantonale pour qu'elle recalcule les montants d'impôt à la source sur le revenu brut du recourant au taux correspondant à ce revenu brut pour chacune des périodes litigieuses, c'est-à-dire sans annualiser son salaire brut ni tenir compte des revenus réalisés à l'étranger pour déterminer le taux de l'impôt. Comme les retenues à la source effectuées initialement par la Société paraissent très peu élevées au regard du revenu brut réalisé par le recourant (372 fr. 10 en 2012 et 1'965 fr. 10 en 2013), il est probable que ce recalcul aboutisse au constat que de l'impôt à la source a été insuffisamment prélevé pour les périodes fiscales 2012 et 2013. Toutefois, et conformément à l'arrêt 9C_689/2022 du 12 avril 2023 consid. 13.1, l'Administration cantonale ne pourra réclamer les montants concernés qu'auprès de la Société dans le cadre de la procédure de rappel d'impôt, et non auprès du recourant dans le cadre de la procédure de rectification. Cette solution se justifie par le fait que seule la Société est légalement responsable du paiement de l'impôt à la source (supra consid. 6.3).
Au vu de l'issue de la procédure, les frais judiciaires seront mis à la charge du canton de Genève (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Le recourant, qui a agi seul, n'a pas droit à des dépens.
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté offerte par l'art. 67 LTF et renverra la cause à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau sur les frais de la procédure antérieure.
Le recours est admis. L'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 26 avril 2022 est annulé et la cause est renvoyée à l'Administration cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du canton de Genève.
La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, pour qu'elle détermine à nouveau le sort des frais de la procédure antérieure.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lucerne, le 24 avril 2023
Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Parrino
La Greffière : Vuadens