Infrastructure ferroviaire ; approbation des plans (nouvelle halte d'Avry et fermeture de deux points d'arrêt) Renvoi à la suite de l'arrêt du Tribunal fédéral 1C_69/2022, 1C_70/2022 et 1C_72/2022 du 8 mars 2022
Entscheiddatum: 24.05.2023Publikationsdatum: 19.11.2024
Bundesverwaltungsgericht Tribunal administratif fédéral Tribunale amministrativo federale Tribunal administrativ federal Décision confirmée par le TF par arrêt du 26.09.2024 (1C_338/2023) Cour I A-1348/2022
Arrêt du 24 mai 2023 Composition Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège), Maurizio Greppi, Jürg Marcel Tiefenthal, juges, Julien Delaye, greffier. Parties 1._______, 2._______, 3._______ SA, tous représentés par Maître David Ecoffey, avocat, Hoirie 4._______, agissant par A._______, Hoirie 5._______, agissant par B._______, recourants, contre Chemins de fer fédéraux suisses CFF, intimée, Office fédéral des transports OFT, autorité inférieure. Objet Infrastructure ferroviaire ; approbation des plans (nouvelle halte d'Avry et fermeture de deux points d'arrêt) Renvoi à la suite de l'arrêt du Tribunal fédéral 1C_69/2022, 1C_70/2022 et 1C_72/2022 du 8 mars 2022
A. Le 24 juillet 2018, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après : les CFF) ont soumis pour approbation à l'Office fédéral des transports OFT (ci-après : l'OFT) les plans portant, d'une part, sur le projet de renouvellement de la voie 936 selon le FbE20 Rosé - Matran (ci-après : le sous-dossier 1) et, d'autre part, sur le projet de nouvelle halte d'Avry et de fermeture des points d'arrêt de Rosé et de Matran (ci-après : le sous-dossier 2).
B.
B.a En date du 3 septembre 2018, l'OFT a transmis le dossier de plans pour la procédure de consultation cantonale et la mise à l'enquête publique. Il a également porté le projet à la connaissance des divers offices fédéraux concernés.
B.b Du 16 novembre au 17 décembre 2018, le projet a été mis à l'enquête dans les Communes de Matran, Avry et Corminboeuf. Dix-huit oppositions ont été interjetées par des particuliers, des communes et diverses sociétés.
B.c Le Canton de Fribourg et les diverses autorités fédérales impliquées ont transmis leurs préavis sur le projet entre les mois de décembre 2018 et de mai 2019. Tous les opposants ont eu la possibilité de se déterminer à leur propos.
B.d Le 22 mai 2019, les CFF ont demandé à ce que l'OFT rende une décision partielle d'approbation des plans pour le sous-dossier 1 (renouvellement de la voie). Après que tous les opposants et le canton de Fribourg se sont déterminés sur cette demande, l'OFT a approuvé, par décision partielle du 21 août 2019, les plans concernant le sous-dossier 1 (renouvellement de la voie 936 selon le FbE20 Rosé - Matran). La décision n'a pas été attaquée.
B.e Du 28 mai 2019 au 14 décembre 2019, les opposants ont pu encore formuler des observations sur le sous-dossier 2 (nouvelle halte d'Avry et fermeture des points d'arrêt de Rosé et de Matran).
B.f Enfin, par décision du 17 décembre 2019, l'OFT a approuvé les plans concernant le sous-dossier 2 « nouvelle halte d'Avry-Matran et fermeture des points d'arrêt de Rosé et de Matran ». Il a pris acte du retrait de certaines oppositions, admis partiellement certaines et rejetant la plupart. L'OFT a également assorti son approbation de nombreuses charges, réserves et recommandations.
C.
Le 3 février 2020, 1._______, les membres de l'hoirie de P._______ (ci-après : l'hoirie P.________), 2._______ et la société 3._______ ont déposé un recours commun auprès du Tribunal administratif fédéral contre cette décision. Le même jour, ont également formé recours contre cette décision J._______, les membres de l'hoirie 4._______ et les membres de l'hoirie 5._______.
D. Par mémoire de réponse du 31 août 2020, les CFF (ci-après également : l'intimée) ont conclu à l'irrecevabilité des recours et, subsidiairement, à leur rejet. L'OFT a fait de même le 11 septembre 2022.
E.
Le 1er septembre 2021, le Tribunal a procédé à une visite des lieux en présence des parties. Il s'est rendu sur le quai de la halte de Rosé, à l'emplacement des parcelles de 1._______, de 2._______, de l'hoirie P.________ et de la société 3._______ dans le secteur Marie Favre, à l'endroit projeté pour la nouvelle halte d'Avry et sur le parking du centre commercial. Les parties ont eu l'occasion de s'exprimer oralement sur les constats effectués, de présenter leur point de vue et de poser des questions. Elles ont pu également faire part de leurs observations par écrit sur le procès-verbal de la visite des lieux.
F.
F.a Dans ses déterminations du 22 novembre 2021, l'intimée a maintenu l'ensemble des griefs et conclusions formés dans le cadre de sa réponse aux différents recours.
F.b Le 29 novembre 2021, 1._______, 2._______, l'hoirie P.________ et la société 3._______ ont maintenu leurs conclusions et précisé leurs griefs. Le même jour, J._______, l'hoirie 4._______ et l'hoirie 5._______ ont fait de même.
G.
G.a Par arrêt A-646/2020 du 2 décembre 2021, le Tribunal administratif fédéral a déclaré irrecevable le recours de 1._______ et consorts et rejeté ceux de J._______, de l'hoirie 4._______ et de l'hoirie 5._______ dans la mesure de leur recevabilité.
G.b Par déterminations spontanées du 9 décembre 2021 adressées au Tribunal administratif fédéral, 1._______ et consorts ont complété leurs différents griefs. Le 13 décembre 2021, J._______, l'hoirie 4._______ et l'hoirie 5._______ ont fait de même.
G.c Le 15 décembre 2021, le Tribunal administratif fédéral a notifié aux parties son arrêt du 2 décembre 2021 et leur a fait savoir que, l'affaire ayant été jugée ce jour-là, leurs déterminations spontanées étaient tardives.
H.
H.a Par divers actes du 31 janvier 2022, 1._______, 2._______, la société 3._______, J._______, l'hoirie 4._______ et l'hoirie 5._______ ont formé un recours en matière de droit public contre cet arrêt.
H.b L'hoirie P.________ n'a pas formé recours contre l'arrêt A-646/2020 du Tribunal administratif fédéral du 2 décembre 2021. J._______ a ensuite déclaré au Tribunal fédéral ne pas avoir déposé de recours en son nom, de sorte que la cause a été radiée du rôle.
H.c Par arrêt 1C_69/2022, 1C_70/2022 et 1C_72/2022 du 8 mars 2022, le Tribunal fédéral a admis les recours de 1._______, 2._______, la société 3._______, l'hoirie 4._______ et l'hoirie 5._______, annulé l'arrêt attaqué en tant qu'il touchait les recourants concernés et renvoyé la cause au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue à nouveau en tenant compte de leurs déterminations spontanées.
I. Par ordonnance du 30 mars 2022 et reprenant l'instruction de la cause sous le numéro A-1348/2022, le Tribunal administratif fédéral a versé au dossier les déterminations spontanées du 9 décembre 2021 de 1._______, de 2._______ et de la société 3._______ (ci-après : les recourants 1 à 3), ainsi que celles du 13 décembre 2021 des hoiries 4._______ et 5._______ (ci-après également : les recourantes 4 et 5).
J. Dans sa prise de position du 5 mai 2022, l'intimée a conclu, dans la mesure de leur recevabilité, au rejet des conclusions et des déterminations spontanées des recourants. L'autorité inférieure, quant à elle, a renoncé à prendre position.
K. Invités à se déterminer par ordonnance du 10 mai 2022, les recourantes 4 et 5 ont déposé leurs observations finales le 11 juillet 2022. Les recourants 1 à 3 ont, quant à eux, déposé leurs observations finales le 12 septembre 2022.
L. Par ordonnance du 8 novembre 2022, le Tribunal administratif fédéral a versé au dossier l'arrêt du Tribunal cantonal fribourgeois no 602 2021 174 du 11 octobre 2022.
M. Par courrier du 10 novembre 2022, les recourants 1 à 3 ont informé le Tribunal qu'ils entendaient recourir contre l'arrêt cantonal précité et qu'ils allaient solliciter la restitution de l'effet suspensif auprès du Tribunal fédéral.
N. Par ordonnance du 12 décembre 2022, le Tribunal administratif fédéral a encore versé au dossier le rapport d'impact sur l'environnement établi en juin 2018 dans le cadre de la procédure d'approbation du plan d'aménagement de détail du secteur d'Avry-Centre - disponible en libre téléchargement sur le site internet de la Commune d'Avry -, les extraits du cadastre des restrictions de droit public à la propriété foncière des parcelles no (1), (2) et (3) appartenant aux recourants 1 à 3, de la parcelle no (4) appartenant à la recourante 2, de la parcelle no (5) appartenant au recourant 1, ainsi que plusieurs extraits de données issues du portail cartographique du canton de Fribourg concernant le secteur d'Avry-Centre et la Commune d'Avry.
O. Le 22 décembre 2022, les recourants 1 à 3 ont spontanément produit au dossier plusieurs photographies du chantier qui appuieraient leurs différents griefs. Ils renvoient, pour le surplus, à leurs différentes écritures.
P. Par courrier du 24 janvier 2023, l'intimée a indiqué ne pas avoir de remarques à formuler au sujet des pièces versées au dossier par le Tribunal le 12 décembre 2022. Ils contestent, en revanche, la pertinence des photographies nouvelles produites par les recourants 1 à 3.
Q. Dans leurs déterminations du 3 février 2023, les recourantes 4 et 5 ont, en substance, contesté la pertinence des éléments versés au dossier par le Tribunal le 12 décembre 2022 et abondent dans le sens des recourants 1 à 3. Elles ont également produit, dans une autre détermination du même jour, l'opposition qu'elles ont formée contre le projet communal d'aménagement d'un chemin de mobilité douce dans le secteur concerné.
R. Le 13 février 2023, les recourants 1 à 3 ont formé des observations sur les pièces versées au dossier par ordonnance du 12 décembre 2022. Ils reprochent au Tribunal de n'avoir pas requis la production de l'ensemble du dossier et estiment que les informations figurant dans le rapport d'impact n'établiraient rien.
S. Le 24 février 2023, les recourantes 4 et 5 se sont encore déterminées spontanément et ont abondé dans le sens des recourants 1 à 3.
T. Le même jour, les recourants 1 à 3 ont déposé encore spontanément une nouvelle écriture sur les observations des recourants 4 et 5 du 3 février 2023 et sur celles du 24 janvier 2023.
U. Aucune détermination spontanée n'est plus parvenue au Tribunal administratif fédéral à ce jour.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela s'avère nécessaire.
1._______, 2._______ et la société 3._______ (recourants 1 à 3) ont porté conjointement la cause devant le Tribunal fédéral. Les hoiries 4._______ et 5._______ (recourantes 4 et 5) ont également chacune formé recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral. En revanche, J._______ et les hoirs P._______ ont respectivement retiré leur recours au Tribunal fédéral ou renoncé à recourir.
1.1 Dans son arrêt du 8 mars 2022, le Tribunal fédéral a retenu que le Tribunal administratif fédéral avait violé le droit d'être entendu des recourants 1 à 3 dans la mesure où il n'avait pas pu prendre en considération les observations spontanées que ces derniers lui ont adressées dans le délai de dix jours tenu pour usuel par la jurisprudence. Il lui a renvoyé la cause afin qu'il examine si le fait nouveau allégué par les recourants 1 à 3 lié à l'augmentation du trafic sur le secteur - engendrée par la réalisation de la nouvelle halte - serait de nature à apprécier de manière différente leur qualité pour recourir.
Ce constat a également conduit le Tribunal fédéral, en raison de la jonction des recours, à annuler l'arrêt attaqué en tant qu'il concernait les recourantes 4 et 5. Il n'a toutefois formulé aucune instruction spécifique à l'attention du Tribunal administratif fédéral. Cela étant, les deux hoiries se sont aussi exprimées de manière spontanée le 13 décembre 2021, après que le Tribunal administratif fédéral a, par courrier du 30 novembre 2021, porté à leur connaissance une copie des déterminations finales de l'intimée du 22 novembre 2021. Versées dans le délai usuel de dix jours, il y a donc également lieu, par attraction de moyens, d'en tenir compte.
Il sied dès lors de statuer à nouveau sur le recours formé conjointement par les recourants 1 à 3, ainsi que sur ceux formés par les recourantes 4 et 5.
1.2 Dans ce contexte, lorsque le Tribunal fédéral admet un recours et renvoie l'affaire à l'autorité précédente en application de l'art. 107 al. 2 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF, RS 173.110), celle-ci voit sa cognition limitée par les motifs de l'arrêt de renvoi, en ce sens qu'elle est liée par ce qui a déjà été jugé définitivement par le Tribunal fédéral. C'est le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi qui découle du droit fédéral non écrit (cf. ATF 143 IV 214 consid. 5.3.3, 135 III 334 consid. 2.1 et 133 III 201 consid. 4.2). L'autorité de renvoi est tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt de renvoi. Il en va de même pour les constatations de fait qui n'ont pas été critiquées devant lui ; des faits nouveaux ne peuvent être pris en considération que sur les points ayant fait l'objet du renvoi, lesquels ne peuvent être ni étendus ni fondés sur une base juridique nouvelle (cf. ATF 143 IV 214 consid. 5.3.3, 135 III 334 consid. 2.1 et 133 III 201 consid. 4.2).
1.3 Dans le cadre de la procédure de renvoi, le Tribunal administratif fédéral a versé au dossier les observations spontanées du 9 décembre 2021 des recourants 1 à 3, ainsi que celles du 13 décembre 2021 des recourantes 4 et 5. L'autorité inférieure et l'intimée ont pu s'exprimer ou ont renoncé à le faire. Les recourants ont ensuite disposé de plusieurs mois pour préparer et déposer leurs déterminations sur l'ensemble du dossier.
Dans le cadre de l'instruction de la cause, le Tribunal administratif fédéral a encore versé, le 8 novembre 2022, l'arrêt du Tribunal cantonal fribourgeois no 602 2021 174 du 11 octobre 2022 portant sur l'approbation du plan d'aménagement local de la Commune d'Avry et rendu dans la cause opposant les recourants 1 à 3 aux autorités cantonales.
Le 10 novembre 2022, ces derniers se sont opposés à ce que le Tribunal administratif fédéral fasse siennes les constatations des autorités cantonales. Ils ont répété leurs réquisitions de preuve et sollicité que les divers rapports cantonaux soient versés au dossier.
Dans ces circonstances, le 12 décembre 2022, le Tribunal a versé au dossier le rapport d'impact sur l'environnement réalisé dans le cadre de la procédure d'approbation du plan d'aménagement de détail du secteur d'Avry-Centre sur lequel se fondent les recourants 1 à 3 dans le cadre de leur argumentation, ainsi que plusieurs extraits des données figurant dans le cadastre des restrictions de droit public à la propriété foncière et sur le portail cartographique du Canton de Fribourg.
Les recourants et l'intimée se sont ensuite exprimées à plusieurs reprises sur l'ensemble de la cause et les griefs soulevés de part et d'autre dans leurs écritures ultérieures.
2.1 Comme rappelé ci-dessus, le recourant doit avoir participé à la procédure de première instance. Cette exigence, entrée en vigueur en 2007 avec la disposition susmentionnée, existait toutefois déjà auparavant et se déduisait du principe de la bonne foi (cf. ATF 133 II 181 consid. 3.2).
Avant la révision précitée de la PA, l'exigence de participation à la procédure antérieure a été introduite par la loi fédérale du 18 juin 1999 sur la coordination et la simplification des procédures (LCoord, RO 1999 3071, FF 1998 2221), loi qui a modifié tout l'iter procédural pour les procédures d'approbation de plans (ou décisions assimilées) des infrastructures soumises au droit fédéral et de la compétence des autorités fédérales (cf. à ce propos, Piermarco Zen-Ruffinen/Christine Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, Berne 2001, p. 295 ss).
S'agissant de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF, RS 742.101), l'exigence d'avoir participé à la procédure de première instance se trouve à l'art. 18f al. 1 in fine : « toute personne qui n'a pas fait opposition est exclue de la suite de la procédure » (cf. ATF 133 II 30 consid. 2.2).
Cette exigence de la lésion formelle (formelle Beschwer) ne se limite pas au simple fait d'avoir interjeté opposition dans le cadre de la procédure de première instance. Elle porte également sur les griefs présentés, griefs qui définiront de fait l'objet du litige. Or ce dernier ne peut plus être étendu une fois écoulés les délais pour présenter lesdits griefs, dans le cas d'espèce, le délai d'opposition. Cela garantit, dans l'intérêt de la concentration des procédures, l'examen en même temps, par la même autorité, de toutes les objections au cours de l'élaboration de la décision d'approbation des plans (cf. arrêt du TAF A-7192/2018 du 29 octobre 2020 consid. 2.3.1). En revanche, la motivation qui sous-tend les griefs peut quant à elle être modifiée, mais à la condition qu'elle n'étende pas l'objet du litige ou qu'elle ne doive pas être reconduite à une conduite défaillante de la procédure ou à une attitude dilatoire (cf. ATF 133 II 30 consid. 2.2 ; ATAF 2012/23 consid. 2.1 ; arrêt du TAF A-592/2014 du 9 mars 2015 consid. 2.1.2).
2.2 Le recourant doit ensuite se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation (cf. ATAF 2009/16 consid. 2.1 et 2007/20 consid. 2.4 ; arrêts du TAF A-5411/2012 du 5 mai 2015 consid. 1.3.1 et A-648/2014 du 16 janvier 2015 consid. 1.3.1). Il doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la collectivité concernée, de manière à exclure l'action populaire (cf. ATF 137 II 30 consid. 2.2.3 ; ATAF 2012/9 consid. 4.1.1 ; arrêts du TAF A-1053/2020 du 3 août 2020 consid. 2.5.1 et A-3825/2015 du 16 mars 2016 consid. 1.3.1). Cet intérêt pratique - de nature économique, idéale, matérielle ou autre - n'est pas nécessairement un intérêt juridiquement protégé, mais peut être un intérêt de fait (cf. ATAF 2012/13 consid. 3.2.2 et 2009/16 consid. 2.1). Il n'a enfin pas besoin de correspondre à l'intérêt protégé par les normes invoquées (cf. ATF 127 I 44 consid. 2c ; ATAF 2012/13 consid. 3.2.2). Le Tribunal administratif fédéral n'est en revanche pas lié par l'appréciation de l'autorité inférieure. L'intérêt du recourant peut, en effet, évoluer dans le temps et être plus ou moins important en procédure de recours (cf. décision incidente du TAF B-2798/2018 du 29 juillet 2019 consid. 4.13). L'objet du recours ne correspond, par exemple, pas toujours à l'objet de la décision attaquée (cf. ATF 136 II 165 consid. 5 et 125 V 413 consid. 1b). De même, les circonstances peuvent avoir évolué (cf. ATF 131 II 497 consid. 5.1).
2.3 Dans le cadre de l'approbation de projets ferroviaires ou de routes nationales, un recourant ne peut donc entreprendre une décision d'approbation de plans que si l'issue des griefs qu'il formule aura un effet, juridique ou de fait, sur sa situation concrète. Ainsi, est irrecevable, faute de légitimation, un recours interjeté par un particulier qui n'invoquerait que des intérêts généraux et publics à la bonne application de la loi, sans que l'admission éventuelle du recours ne représente un quelconque avantage pratique (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.3.1 et 1.3.2 ; ATAF 2007/1 consid. 3.4; arrêt du TAF A-3014/2010 du 31 janvier 2011 consid. 3.2 ; Häner, op. cit., art. 48 PA no 14 ss). Ainsi, la jurisprudence a déjà eu l'occasion de considérer que le recourant n'est pas admis à formuler des critiques générales sur le tracé ou le projet lui-même ; il doit, au contraire, démontrer en quoi la décision attaquée, dans le cadre de son fonds, viole le droit fédéral (cf. ATF 120 Ib 59 consid. 1c et 118 Ib 206 consid. 8b ; arrêt du TF 1E.1/2006 du 6 juillet 2006 consid. 1.4 ; ATAF 2012/23 consid. 2.3 ; arrêt du TAF A-438/2009 du 8 mars 2011 consid. 3.2). Par conséquent, même le voisin direct de la construction ou de l'installation litigieuse doit retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'elle le touche spécialement (cf. ATF 139 II 499 consid. 2.2 et 137 II 30 consid. 2.2.3). Le critère de la distance n'est pas le seul déterminant ; l'application de l'art. 48 al. 1 PA nécessite une appréciation de l'ensemble des circonstances pertinentes. S'il est certain ou très vraisemblable que la construction ou l'installation litigieuse serait à l'origine d'immissions touchant spécialement les voisins, même situés à quelque distance, ces derniers peuvent avoir qualité pour recourir (cf. ATF 124 II 293 consid. 3a et 120 Ib 379 consid. 4c).
2.4 Il faut toutefois rappeler qu'en matière de bruit spécialement, la légitimation au recours est très large dès lors que la jurisprudence admet qu'il suffit d'entendre quelque chose - indépendamment de tout dépassement des valeurs prescrites - pour être légitimé (cf. ATF 110 Ib 99 consid. 1c ; ATAF 2012/23 consid. 2.3.2). Cependant, les immissions ou les risques justifiant l'intervention d'un cercle élargi de personnes doivent présenter un certain degré d'évidence, sous peine d'admettre l'action populaire que la loi a précisément voulu exclure. Il en va ainsi des riverains d'un aéroport, situés dans le prolongement de la piste de décollage, des voisins d'un stand de tir ou des personnes exposées aux émissions (cf. not. ATF 139 II 399 consid. 2.2, 137 II 30 consid. 2.2.3, 134 II 272 consid. 3.2, 126 II 300 consid. 1c et 121 II 39 consid. 2c/aa). Lorsque la charge existante actuellement est déjà importante, la construction projetée doit impliquer une augmentation sensible des nuisances. Ainsi en va-t-il particulièrement en milieu urbain où la définition du cercle des personnes touchées plus que n'importe quel habitant d'une agglomération n'est pas une chose aisée (cf. arrêt du TF 1A.47/2002 du 16 avril 2002 consid. 3.5). Cela vaut encore plus pour le propriétaire d'un terrain non constructible ou en zone agricole qui devrait rendre plausible que son exploitation est sensiblement modifiée ou affectée par le projet à approuver. Autrement dit, on ne saurait admettre qu'une parcelle non constructible ou, par exemple, un champ agricole soient touchés de la même manière par certaines immissions que ne le serait une parcelle bâtie et habitable.
2.5 Le recourant supporte le fardeau de la preuve de sa qualité pour recourir (cf. ATF 134 II 45 consid. 2.2.2). Lorsqu'elle n'est pas évidente, il lui appartient, à l'appui de son recours, de présenter une argumentation topique, de donner des indications précises sur son intérêt pratique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée et d'expliquer en quoi il est particulièrement touché par cette dernière (cf. ATF 134 II 120 consid. 1 et 133 V 239 consid. 9.2). Si la qualité pour recourir fait défaut ou que, en cas de doute, elle n'est pas suffisamment étayée, le recours doit être déclaré irrecevable (cf. ATF 134 II 45 consid. 2.2.3).
2.6 Dans le cadre du projet litigieux, le lien entre le projet et la situation des tiers qui se prétendent lésés par la décision d'approbation des plans est avant tout d'ordre spatial. Il y a donc lieu d'examiner si, compte tenu de ce qui précède, le lien spatial entre l'ouvrage projeté et la situation des recourants est suffisamment étroit pour qu'ils puissent être considérés comme touchés par la décision entreprise. En d'autres termes, encore faut-il qu'une éventuelle admission des griefs formulés soit de nature à influencer leur situation de fait ou de droit, par exemple parce que des effets négatifs du projet pourraient être supprimés ou atténués en ce qui les concerne.
3.1 Il est vrai que les recourants 1 à 3 n'avaient pas déclaré dans un premier temps faire recours contre la décision attaquée en raison de l'augmentation du trafic qu'ils attribuent à la construction de la nouvelle halte. Force est de constater que leur attitude n'est pas claire et qu'il y a lieu de considérer que le revirement dans leur approche ne l'est pas davantage, à tel point que l'on peut sérieusement se demander si une telle attitude ne peut pas être rapportée aux procédés dilatoires dont il est question dans la jurisprudence précitée (cf. supra consid. 2.1).
3.2 Toutefois, il est un fait que les recourants 1 à 3 se sont opposés au projet non seulement pour des motifs propres soulevés, mais également pour les motifs qu'ils avaient préalablement invoqués à l'encontre du plan d'aménagement de détails du secteur d'Avry-Centre et de la révision partielle du plan d'aménagement local de la Commune d'Avry (cf. p 65 de la décision attaquée). Ils ont d'ailleurs reproduit et résumé ces motifs dans leur opposition. Dans ce contexte, leur opposition contient, certes de manière indirecte, certains griefs en matière de bruit, d'augmentation du trafic et d'accès à la halte pour les véhicules à moteur (cf. les griefs reproduits en page 74 de la décision attaquée). Ces griefs ont été développés ultérieurement durant la procédure de première instance et seraient liés, selon les recourants, au manque de coordination entre le projet fédéral litigieux et les projets communaux et cantonaux sur le secteur d'Avry-Centre. Ils y critiquent notamment l'application erronée des valeurs limites d'immission et le non-respect des mesures destinées à réduire le bruit du trafic.
3.3 L'autorité inférieure a traité les réclamations des recourants 1 à 3 tout en y répondant dans la mesure de la motivation de sa décision. Elle rappelait que les possibles émissions ferroviaires relevaient de l'existence de bruit, de vibrations, de trépidations, de sons solidiens, de fumée, d'inductions électriques, de courants vagabonds ou de perturbations électrochimiques et électromagnétiques et retenait que les recourants, dans aucun de leurs écrits, n'avaient soulevé d'éléments liés de près ou de loin à une quelconque émission ou nuisance ferroviaire, tout en rappelant le principe énoncé à l'art. 18 al. 4 LCdF. Implicitement, elle se ralliait donc à la position de l'Office fédéral de l'environnement (ci-après : l'OFEV) selon laquelle les questions liées au trafic et au respect des exigences en matière de protection contre le bruit qu'il génère étaient uniquement à évaluer dans la procédure cantonale.
3.4 Dans ces circonstances, le fait que les recourants viennent présenter, même à un stade tardif de la procédure de recours, une motivation plus détaillée ne rend pas d'emblée leurs griefs irrecevables dans leur intégralité. Seuls doivent être considérés comme tels les motifs qui étendraient l'objet du litige. C'est donc en vain que l'intimée se plaint de la tardiveté des griefs soulevés par les recourants 1 à 3 dans leurs déterminations spontanées du 9 décembre 2021 en lien avec l'augmentation du trafic généré par la nouvelle halte d'Avry.
4.1 Les recourants 1 à 3 ont d'abord soulevé, pour la première fois lors de la visite des lieux du 1er septembre 2021, que l'emplacement prévu de la nouvelle halte ne garantissait pas la sécurité des voyageurs et ne respecterait pas la loi fédérale sur l'élimination des inégalités frappant les personnes handicapées (Loi sur l'égalité pour les handicapés, LHand, RS 151.3). D'une part, de tels griefs sont soulevés tardivement, mais d'autre part, les recourants 1 à 3 n'ont pas indiqué être des usagers de l'offre de transport de l'intimée et encore moins être directement touchés par une situation de handicap. Dans ces circonstances, leurs griefs relèvent également de l'action populaire, ce qui en soit ne serait pas non plus admissible.
4.2 Les recourants 1 à 3 - rejoints ensuite sur ce point par les recourantes 4 et 5 - ont encore avancé, lors de la visite des lieux du 1er septembre 2021 et dans leurs écritures ultérieures, que le projet de nouvelle halte ne garantissait pas la sécurité des élèves du cycle d'orientation. Nonobstant la tardiveté de tels griefs, aucun des recourants n'allègue être usager de la halte ou avoir des enfants à charge en âge de fréquenter le cycle en question. Ils ne sont ainsi pas non plus personnellement touchés par cette question, de sorte que le Tribunal ne saurait entrer en matière sur de tels griefs sans violer l'art. 48 al. 1 PA.
5.1 De manière générale et dans le cadre d'un projet ferroviaire tel que la construction d'une nouvelle halte, les atteintes à la situation des tiers sont de plusieurs ordres : le bruit causé par l'exploitation de la nouvelle halte, les vibrations causées par le ralentissement et l'accélération des locomotives, des courants vagabonds ou encore notamment des perturbations électrochimiques ou électromagnétiques. D'autres atteintes à des biens plus généraux, tels le paysage, la faune et la flore, les eaux ou encore d'autres atteintes environnementales sont également possibles.
En l'occurrence, il est établi que le projet ferroviaire litigieux s'inscrit - à tout le moins dans son aspect temporel - dans le cadre du développement de la Commune d'Avry et du secteur d'Avry-Centre. Il est tout aussi établi que les projets communaux et cantonaux prévoient la création de places de parking, dont - selon les explications fournies de part et d'autre en cours de procédure - au moins une partie serait destinée aux usagers de la nouvelle halte.
5.2 Dans ce complexe de faits, on pourrait considérer comme une atteinte l'augmentation du trafic routier générée par le projet ferroviaire en cause et les nuisances qu'elle génère, encore faudrait-il que les recourants 1 à 3 soient, en raison de la situation particulière de leurs parcelles, particulièrement touchés par de telles nuisances.
5.2.1 A cet effet, il y a lieu de rappeler que, depuis le mois de juillet 2022, le registre foncier fédéral et la nouvelle mensuration parcellaire sont en vigueur dans la Commune d'Avry et le secteur d'Avry-sur-Matran (cf. www.fr.ch > Actualités > Direction des finances > Le Registre foncier > Etablissement du registre foncier fédéral de la Commune d'Avry [secteurs Avry-sur-Matran et Corjolens], 8 juillet 2022, consulté le 2 mai 2023).
Selon cette nouvelle mensuration, les recourants 1 à 3 sont propriétaires des parcelles suivantes sur le territoire de la Commune d'Avry :
Parcelle no (4), propriété de la recourante 2, sise à la (...), 1754 Avry-sur-Matran,
Parcelle no (5), propriété du recourant 1, sise à la (...), 1754 Avry-sur-Matran,
Parcelle no (3), propriété du recourant 1 (anciennement art. [...]),
Parcelle no (2), propriété de la recourante 2 (anciennement art. [...]),
Parcelle no (1), propriété de la recourante 3 (anciennement art. [...]).
5.2.2 Lors de la visite des lieux du 1er septembre 2021, le Tribunal s'est rendu notamment sur les parcelles no (1), (2) et (3) (no 3 à 5 sur le plan ci-dessus). A cette occasion, les recourants 1 à 3 ont expliqué que ces parcelles se trouvaient en zone agricole, qu'elles faisaient l'objet d'une procédure en vue de leur affectation en zone à bâtir de moyenne densité et que cette affectation serait remise en cause si le plan d'aménagement local de la Commune d'Avry et le plan d'aménagement de détail du secteur d'Avry-Centre étaient approuvés.
5.2.3 Cela étant, comme considéré (cf. supra consid. 2.4), on ne saurait admettre que les parcelles non constructibles des recourants 1 à 3 puissent être touchées de la même manière par les nuisances liées à l'augmentation du trafic induit par la construction de la nouvelle halte que les parcelles bâties adjacentes.
5.2.3.1 Il aurait été permis de s'interroger sur la portée d'une future affectation en zone à bâtir sur la manière d'apprécier de telles nuisances si cette affectation avait été suffisamment étayée et certaine. Or, en l'occurrence, tel n'est pas le cas.
Le Tribunal cantonal fribourgeois a, en effet, récemment rejeté les recours des recourants 1 à 3 tendant à ce que le plan d'aménagement local de la Commune d'Avry intègre lesdites parcelles en zone résidentielle à moyenne densité (cf. arrêt du Tribunal cantonal fribourgeois no 602 2021 174 du 11 octobre 2022 consid. 4). L'instance cantonale supérieure a notamment relevé que la volonté communale était de développer le secteur d'Avry-Centre, que celui-ci avait été retenu en concertation avec les communes voisines et que l'agglomération de Fribourg partageait l'idée de son développement. Elle a rappelé que les recourants 1 à 3 n'avaient aucun droit à ce que leurs parcelles soient classées en zone à bâtir et que leur situation n'était pas comparable à celle du secteur d'Avry-Centre.
Dans ces circonstances, la constructibilité à court ou moyen terme de leurs parcelles, pour l'heure sises en zone agricole, apparaît plus que douteuse. On ne voit pas pourquoi il faudrait donc examiner la manière dont elles sont touchées par l'augmentation du trafic induit par la nouvelle halte en tenant compte de ce que les recourants 1 à 3 ont sollicité leur affectation à la zone à bâtir.
5.2.3.2 Une telle conclusion est d'ailleurs renforcée par les informations publiées au registre des restrictions de droit public à la propriété foncière. Il en ressort que les trois parcelles (no [1], [2] et [3]) sont traversées par un espace réservé aux eaux conformément à l'art. 36a de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux, RS 814.20). Elles sont soumises aux restrictions d'aménagement et d'exploitation de l'art. 41c de l'ordonnance du 28 octobre 1998 sur la protection des eaux (OEaux, RS 814.201) qui limite en principe les constructions aux seules installations dont l'implantation est imposée par la destination de l'espace réservé aux eaux et qui servent des intérêts publics, tels que les chemins pour piétons et de randonnée pédestre, les centrales en rivières et les ponts.
5.2.3.3 Par conséquent, on ne voit pas en quoi les recourants 1 à 3 pourraient se prévaloir de ce qu'ils ont requis l'affectation des parcelles précitées à la zone à bâtir pour apprécier de manière analogue aux parcelles résidentielles adjacentes la manière dont ils sont touchés par les nuisances provoquées par l'augmentation du trafic induit par la construction de la nouvelle halte. De telles nuisances n'affectent pas des surfaces habitables de la même manière que des terrains agricoles. Il faut encore que l'exploitation de ces dernières s'en trouve sensiblement modifiée ou affectée par le projet litigieux.
5.2.4 En l'occurrence, lors de sa visite des lieux, le Tribunal a pu constater la situation des parcelles agricoles no (1), (2) et (3) des recourants 1 à 3.
Il est un fait qu'elles ne sont ni exploitées ni cultivées. Elles n'offrent pas non plus de vue directe sur l'emplacement prévu pour la future halte d'Avry ou sur ses principales voies d'accès par la route.
Elles se présentent comme sur la photographie ci-dessous :
Le plan suivant montre, quant à lui, l'emplacement des trois parcelles par rapport à l'emplacement de la future halte sur la parcelle no (6) appartenant à l'intimée :
Une lecture de ce plan relève que les parcelles agricoles des recourants 1 à 3 se situent à une altitude de l'ordre de 660 à 670 mètres. L'emplacement prévu pour la future halte se trouve, quant à lui, à une altitude située entre 650 et 660 mètres, soit légèrement en contrebas. A noter encore que les deux lieux sont d'abord séparés par une légère colline sur laquelle se trouvent plusieurs habitations et qui culmine à 682 mètres au carrefour de la route des Murailles et de l'Impasse des Agges, puis par le secteur d'Avry-Centre en contrebas sur lequel se trouvent notamment déjà un centre commercial, un supermarché, plusieurs échoppes, une station-service et des restaurants.
Dans ces circonstances, il existe des obstacles naturels entre l'emplacement prévu pour la future halte, les principaux axes d'accès par la route et les parcelles agricoles des recourants 1 à 3.
5.2.5 Au surplus, comme relevé (cf. supra consid. 5.2.3.2), plusieurs restrictions de droit public à la propriété foncière grèvent les parcelles agricoles des recourants 1 à 3 et limitent leurs possibilités d'exploitation.
5.2.5.1 La parcelle no (3) du recourant 1 présente une surface de 3'275 m2. Elle est traversée de part et d'autre par un espace réservé aux eaux d'une surface de 643 m2, représentant 19.6 % de la surface totale de la parcelle. Elle fait au surplus l'objet d'une limite de construction de 121 mètres à l'espace cours d'eau (ECE) :
[...]
5.2.5.2 La parcelle no (2) de la recourante 2 présente, quant à elle, une surface totale de 1'981 m2. Elle est aussi visée par un espace réservé aux eaux d'une surface de 331 m2, représentant 16.7 % de la surface totale de la parcelle et qui fait, de plus, l'objet d'une limite de construction de 53 mètres à l'espace :
[...]
5.2.5.3 Enfin, la parcelle no (1) de la recourante 3 présente une surface de 278 m2. Elle est aussi visée par un espace réservé aux eaux d'une surface de 18 m2, situé dans le coin sud-est de la parcelle :
[...]
5.2.6 Au surplus, il est établi que les trois parcelles sont accessibles depuis l'autoroute N12 par la sortie « Matran », puis en empruntant la route cantonale 2110 jusqu'au giratoire d'Avry-sur-Matran qui croise la route cantonale 2100 « Fribourg / Prez / Payerne / Estavayer-le-Lac ». Il faut ensuite poursuivre sur la route des Murailles pour entrer dans le village d'Avry-sur-Matran, continuer sur la route de Seedorf, puis bifurquer sur la rue Marie-Favre.
Il est tout aussi un fait que la rue Marie-Favre dessert uniquement les parcelles adjacentes aux trois voies sans issue qui la composent.
5.2.7 Dans ce contexte, il faut encore souligner que le secteur d'Avry-Centre est affecté à la zone cantonale d'activité.
5.2.7.1 Selon l'art. 54 de la loi fribourgeoise du 2 décembre 2008 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATeC, RSF 710.1), les zones d'activités sont destinées aux activités industrielles, artisanales, de service et administratives (al. 1). Ces zones sont notamment destinées à accueillir des entreprises qui ne peuvent être admises dans d'autres zones en raison des nuisances qu'elles engendrent (al. 2).
5.2.7.2 Ce secteur, sur lequel se trouve déjà un centre commercial et de nombreux commerces, se situe directement au nord de l'emplacement prévu pour la nouvelle halte d'Avry et au sud de la route cantonale 2100 qui relie l'Agglomération de Fribourg aux communes de Prez, Payerne et Estavayer-le-Lac. Le centre commercial existe depuis décembre 1973 (cf. La Liberté du 6 décembre 1973, édition du 6 décembre 1973, Inauguration d'un centre commercial hier à Avry-Sur-Matran, A l'aube d'une ère nouvelle, disponible sur la collection numérisée de la Bibliothèque nationale suisse, www.e-newspaperarchives.ch Feuilleter par titre La Liberté 6 décembre 1973 p. 17, consulté le 2 mai 2023). Il s'agit ainsi d'un secteur d'activités industrielles et commerciales à nuisances élevées depuis près de 50 ans. La ligne ferroviaire existe, quant à elle, depuis 1862, soit un peu plus de 160 ans.
5.2.7.3 On dénombre ensuite déjà un trafic routier et ferroviaire important sur le secteur avec notamment les haltes de Rosé et de Matran qui sont également accessibles par la route cantonale. Il ressort notamment des données de comptage du trafic pour l'année 2020 que le trafic journalier moyen sur le secteur se montait respectivement à :
12'500 véhicules par jour sur la section nord-est de la route cantonale 2100 (depuis le giratoire d'Avry-sur-Matran en direction de Fribourg ; relevé du compteur FR1517),
18'400 véhicules par jour sur la route cantonale 2110 (reliant Matran à Avry-sur-Matran ; relevé du compteur FR1129),
et à 16'700 véhicules par jour sur la section sud-ouest de la route cantonale 2100 (depuis le giratoire d'Avry-sur-Matran en direction d'Estavayer-le-Lac ; relevé du compteur CH399).
5.2.7.4 Dans ce contexte de faits, la charge d'immissions existantes est déjà particulièrement importante sur le secteur même en l'absence du projet ferroviaire litigieux. C'est d'ailleurs la raison pour laquelle le canton colloque de tels secteurs en degré de sensibilité IV au sens de l'ordonnance du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit (OPB, RS 814.41) :
5.2.8 Il suit de là que seule une augmentation sensible des nuisances à l'endroit des parcelles des recourants justifierait leur intervention à la procédure. Cela étant, comme considéré, les parcelles agricoles des recourants ne sont ni exploitées ni cultivées. Il s'agit en réalité de simples prés. De plus, lesdites parcelles sont traversées par un espace réservé aux eaux et font, le cas échéant, l'objet d'une limite de construction. Leurs possibilités de développement sont conditionnées par l'art. 41 OEaux qui fixe des conditions strictes pour leur exploitation agricole. Il faut donc bien admettre que ces parcelles sont destinées à rester en l'état et que, par conséquent, on ne voit pas en quoi les recourants 1 à 3 seraient particulièrement touchés par une éventuelle augmentation du trafic routier induit par la nouvelle halte, en particulier lorsqu'elles sont situées sur une route sans issue sur laquelle seuls circulent les riverains de la rue Marie-Favre et qu'elles sont protégées des nuisances engendrées par la future halte par des obstacles naturels.
5.2.9 On ne saurait ainsi conclure que les éléments supplémentaires apportés par les recourants 1 à 3 en lien avec l'augmentation du trafic induit par la construction de la nouvelle halte sont de nature à apprécier de manière différente leur qualité pour recourir, à tout le moins dans la perspective de leurs parcelles agricoles no (1), (2) et (3).
5.3 En revanche, comme considéré (cf. supra consid. 5.2.1), les recourants 1 et 2 sont propriétaires de parcelles construites sur le territoire communal, ce qui toutefois n'est pas le cas de la recourante 3. A tout le moins, elle ne l'a jamais prétendu.
Ainsi, la parcelle no (4) de la recourante 2, sise à la (...), se trouve au centre du village en zone résidentielle à faible densité I. La recourante 2 y est domiciliée. Quant à la parcelle no (5), propriété du recourant 1, elle est sise à la (...). S'y trouvent plusieurs bâtiments destinés à l'exploitation agricole. Le recourant 1 y est d'ailleurs domicilié.
Dans ce complexe de faits, on pourrait se demander si, au stade de l'examen de la qualité pour recourir, il y aurait lieu de considérer comme suffisant le risque d'atteinte lié à l'augmentation du trafic routier induit par le projet ferroviaire en cause à l'endroit des parcelles où sont domiciliés les recourants 1 et 2. Cela étant, en réalité, vu l'issue du recours, la question peut, pour l'heure, souffrir de demeurer ouverte.
5.4 Ainsi, le recours formé conjointement par les recourants 1 à 3 doit être déclaré irrecevable en tant qu'il concerne la recourante 3. Il n'existe aucune consorité nécessaire entre eux et cette dernière ne démontre pas être particulièrement touchée par l'approbation du projet litigieux. Rien au dossier ne permet non plus de parvenir à cette conclusion.
Il convient en revanche, dans la mesure où les recourants 1 et 2 sont domiciliés sur le territoire communal, d'examiner si c'est à bon droit que l'autorité inférieure a retenu que l'examen des nuisances en lien avec l'augmentation du trafic routier relevait des procédures cantonales ou si elle a violé le principe de coordination et le droit fédéral, comme ils le suggèrent, en approuvant tel quel le projet ferroviaire litigieux. A cet effet, on peut néanmoins relever que, quand bien même le Tribunal eût dû entrer en matière sur le recours formé par la recourante 3, les griefs soulevés par cette dernière sont identiques, de sorte que son recours suivrait le sort du recours formés par les recourants 1 et 2.
6.1 Dans le cadre de la procédure A-646/2020, les recourantes 4 et 5 ont d'abord estimé que le projet ferroviaire litigieux portait atteinte à d'anciens droits d'eaux non-inscrits au registre foncier, situés dans le périmètre de la nouvelle halte d'Avry sur le secteur des communes de Matran, Corminboeuf et Avry. Toutefois, elles n'ont produit aucun élément attestant de l'existence de ces droits. Si elles ont allégué qu'une procédure était pendante en vue de leur inscription au registre foncier, elles n'ont produit aucun élément en ce sens.
Il ressort néanmoins de la décision attaquée qu'il s'agirait d'un captage se trouvant sur le domaine de S._______ - exploité par l'un des recourants à la procédure A-646/2020, mais qui a déclaré devant le Tribunal fédéral n'avoir aucunement formé recours contre cet arrêt -, et que la source se situerait à proximité de la limite communale d'Avry-Corminboeuf sur l'une des parcelles faisant l'objet du plan cantonal de développement de la zone d'Avry-Centre, non touchée par le projet ferroviaire litigieux.
6.2 Lors de la visite des lieux du 1er septembre 2021, les recourantes 4 et 5 ont précisé que des canalisations étaient présentes sur leurs parcelles, mais qu'elles n'étaient pas utilisées et devaient être rénovées avant de pouvoir être employées. La présence d'eau serait toutefois avérée même si les sondages effectués lors de l'élaboration du projet ferroviaire n'en font pas mention. Les recourantes 4 et 5 ont, au surplus, rappelé que les autorités locales refusaient que leurs parcelles agricoles situées au nord du centre commercial soient construites et qu'elles ne comprenaient pas comment les autorités locales pouvaient envisager le développement d'autres secteurs de la commune.
6.3 Dans son arrêt A-646/2020, le Tribunal administratif fédéral a rappelé que, en matière de protection des eaux, le particulier ou la collectivité qui est propriétaire de la source ou qui exploite le captage a, en principe, la qualité pour recourir. En revanche, la situation du propriétaire raccordé au réseau serait toutefois différente puisqu'il n'a pas d'intérêt digne de protection à l'annulation d'une décision relative à la construction d'un projet ferroviaire lorsqu'il invoque simplement les risques qu'elle présenterait pour l'alimentation en eau de la région. Sur ce vu, le Tribunal a estimé que seule la recevabilité du recours de celui qui exploitait directement le captage dans le cadre de son exploitation agricole sur le domaine de S._______ n'appelait aucune critique, mais qu'il n'en allait pas de même des recourantes 4 et 5 qui ne sont pas propriétaires de la source et n'en exploitent pas le captage. Dans ces circonstances, le Tribunal administratif fédéral a conclu que la recevabilité des recours des recourantes 4 et 5 paraissait douteuse, mais que, vu l'issue de leurs recours, il convenait de laisser la question ouverte.
6.4 En l'occurrence, aucun des éléments supplémentaires apportés par les recourantes 4 et 5 ne justifie qu'il soit revenu sur cette conclusion. Il conviendra donc, sous réserve de ce qui suit (cf. infra consid. 6.5), d'entrer en matière sur ce point et d'examiner si c'est à bon droit que l'autorité inférieure a retenu que le projet ferroviaire ne portait pas atteinte à la source privée située à proximité de la limite communale Avry-Corminboeuf et au captage se trouvant sur le domaine de S._______ ou si elle a violé les dispositions de la LEaux, en approuvant tel quel le projet litigieux.
6.5 Cela étant, il y a lieu de rappeler que l'objet de la décision attaquée porte sur la décision partielle d'approbation des plans du 17 décembre 2019 concernant la nouvelle halte d'Avry et la fermeture des points d'arrêt de Rosé et de Matran. Le litige ne vise ainsi que les griefs soulevés par les recourants contre le sous-projet 2 (nouvelle halte d'Avry et fermeture des points d'arrêts de Rosé et de Matran), à l'exclusion des prétentions et griefs formés contre le sous-projet 1 de renouvellement de la voie 936, dont la décision partielle d'approbation est entrée en force. Dans ces circonstances, c'est en vain que les recourantes 4 et 5 reviennent sur les griefs soulevés à l'encontre de ce sous-projet. De tels griefs dépassent l'objet du litige et ne saurait être examinés par le Tribunal de céans. De même, les hoiries reviennent dans leurs observations spontanées du 13 décembre 2021 et dans leur prise de position du 11 juillet 2022 sur de prétendus manquements dans les mesures de sécurité en gare de Rosé. Elles n'allèguent cependant pas être des utilisatrices de la halte et ne sont, par conséquent, pas spécialement touchées sur ce point (cf. le raisonnement du Tribunal sur ce point concernant les recourants 1 à 3, supra consid. 4.2). Il ne suffit au demeurant pas de soulever des doutes non étayés pour répondre aux exigences de motivation de l'art. 52 PA.
7.1 Le Tribunal administratif fédéral fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen, lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux (cf. ATF 131 II 680 consid. 2.3.3 ; arrêt du TAF A-379/2016 du 8 septembre 2016 consid. 2.2). Dans le cadre d'approbations de plans, le pouvoir d'appréciation de l'autorité d'approbation est important, spécialement sur des questions techniques, pour lesquelles elle dispose des connaissances nécessaires (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.2 ; arrêt du TF 1C_121/2018 du 8 mai 2019 consid. 2.1 ; arrêts du TAF A-7192/2018 précité consid. 2.3.3 et A-1524/2015 du 19 novembre 2015 consid. 2). Il découle également de ce qui précède que des compléments de preuves, tels que des expertises, ne doivent être ordonnés qu'exceptionnellement, lorsque de tels éclaircissements sont vraiment nécessaires à une correcte application de la loi (cf. arrêt du TF 1E.1/2006 précité consid. 5 ; ATAF 2012/23 consid. 4 ; arrêt du TAF A-7192/2018 précité consid. 2.3.3). Le Tribunal doit donc se limiter à examiner si l'autorité n'a pas outrepassé les pouvoirs qui lui étaient délégués par la loi lorsqu'elle a approuvé les plans. Si les réflexions de l'autorité apparaissent pertinentes, si elle a examiné les éléments essentiels à la base de la décision et si elle a mené les investigations nécessaires de manière approfondie et détaillée, le Tribunal n'empiétera pas sur son pouvoir d'appréciation (cf. ATF 142 II 451 consid. 4.5.1 et 138 II 77 consid. 6.4 ; arrêt du TAF A-4973/2019 du 30 juillet 2021 consid. 2.3). En revanche, le Tribunal vérifiera librement si l'autorité inférieure a établi complètement et exactement les faits pertinents et, sur cette base, correctement appliqué la législation en matière d'approbation de plans, sans se laisser guider par des motifs étrangers aux normes appliquées (cf. ATF 123 V 150 consid. 2 ; ATAF 2008/23 consid. 3.3, 2008/18 consid. 4 et 2007/37 consid. 2.2).
7.2 La procédure fédérale est essentiellement régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que l'autorité administrative constate les faits d'office et procède, s'il y a lieu, à l'administration de preuves par les moyens idoines (art. 12 PA). La maxime inquisitoire doit cependant être relativisée par son corollaire : le devoir de collaborer des parties (art. 13 PA ; cf. Clémence Grisel, L'obligation de collaborer des parties en procédure administrative, 2008, no 142). La procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral est également régie par la maxime inquisitoire en vertu de l'art. 37 LTAF. Celle-ci est cependant quelque peu tempérée, notamment en raison du fait qu'il ne s'agit, dans ce cas, pas d'un établissement des faits ab ovo. Il convient de tenir compte de l'état de fait déjà établi par l'autorité inférieure. En ce sens, le principe inquisitoire est une obligation de vérifier d'office les faits constatés par l'autorité inférieure plus que de les établir (cf. arrêts du TAF A-5584/2008 du 11 juin 2010 consid. 1.2.1 et A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.2).
8.1 Les recourants 1 et 2 se plaignent d'abord de ce que la décision attaquée serait insuffisamment motivée. Ils estiment que l'autorité inférieure ne se serait pas prononcée sur la violation du principe de coordination soulevée dans leur opposition. De plus, elle n'aurait à aucun moment examiné la portée du droit cantonal et communal ou analysé leur inapplicabilité sous l'angle de la proportionnalité. Dans ces conditions, les recourants 1 et 2 plaident n'avoir pas pu attaquer la décision en connaissance de cause et affirment que le Tribunal administratif fédéral serait bien incapable de se forger sa propre opinion compte tenu de la motivation lacunaire de la décision attaquée. L'autorité inférieure aurait ainsi violé leur droit d'être entendu de façon irréparable.
8.2 Le droit d'être entendu comprend l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision (art. 35 al. 1 PA) de façon à ce que le destinataire puisse saisir sa portée et l'attaquer en connaissance de cause. Elle a pour corolaire de permettre à l'autorité de recours d'effectuer son contrôle (cf. ATF 135 V 65 consid. 2.6 et 134 I 83 consid. 4.1). Pour satisfaire à cette exigence, il suffit cependant que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision (cf. ATF 142 II 154 consid. 4.2). L'autorité n'est ainsi pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties, ni de statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige ; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision l'attaquer à bon escient (cf. ATF 137 II 266 consid. 3.2, 136 I 229 consid. 5.2 et 134 I 83 consid. 4.1). Tel est d'autant plus vrai lorsque le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée. Même s'il se limite, en principe, aux griefs soulevés, il examine les questions de droit non invoquées dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2).
8.3 En l'occurrence, l'autorité inférieure a expliqué, sur de très nombreuses pages, le contenu de son examen et a discuté les différents éléments techniques, environnementaux et non-environnementaux. Elle a rappelé les principes sur lesquels elle entendait fonder sa décision et les a confrontés aux avis des autorités communales, cantonales et fédérales spécialisées. Dans ce contexte, elle a assorti sa décision de nombreuses conditions et charges. Elle a évalué les aspects déterminants du projet et s'est ensuite prononcée sur l'ensemble des oppositions, dont celle des recourants 1 et 2. Après avoir reproduit les déterminations de part et d'autre, elle a fait siennes les considérations de l'intimée, de l'autorité spécialisée, de l'autorité cantonale et de l'autorité communale. Elle a rappelé que l'intimée jouissait d'une méthodologie de construction, que le mode opératoire précis employé pour certains travaux de terrassement n'avait pas à être fixé et qu'aucune autorité communale, cantonale ou fédérale ne s'était plainte d'une violation du droit communal ou cantonal, ou que certains documents étaient manquants au dossier d'approbation de plans (cf. art. 3 de l'ordonnance sur la procédure d'approbation des plans des installations ferroviaires, RS 742.142.1).
8.4 Les griefs soulevés par les recourants 1 et 2 ne résistent ainsi pas à la critique. Le fait que l'autorité inférieure n'abonde pas dans leur sens ne signifie pas encore qu'elle a violé leur droit d'être entendu. De même, au vu de l'ampleur du projet, on ne saurait lui reprocher d'avoir traité de manière plus succincte certains griefs soulevés çà et là par les recourants 1 et 2. En réalité, une simple lecture de la décision attaquée suffit pour comprendre l'état de fait et les principes juridiques qui ont guidé l'autorité inférieure dans sa décision de rejeter dans la mesure de sa recevabilité leur opposition et d'approuver le projet ferroviaire litigieux. L'autorité inférieure a procédé à un syllogisme juridique complet et on ne saisit pas en quoi les recourants 1 et 2 n'auraient pas pu saisir la portée de sa décision, même sans l'assistance d'un mandataire. Rien au dossier ne laisse penser qu'ils n'ont pas pu l'entreprendre en pleine connaissance de cause. Une lecture de leurs très nombreuses écritures dans le cadre de la procédure de recours suffit à s'en convaincre. Quoi qu'en pensent les recourants 1 et 2, on ne voit d'ailleurs pas en quoi le Tribunal ne serait pas à même d'exercer son contrôle.
8.5 Dans ces circonstances, on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure d'avoir motivé la décision attaquée comme elle l'a fait. Aucune violation du droit d'être entendu des recourants 1 à 2 ne peut ainsi être retenue. En tout état de cause, elle serait réparée vu les très nombreuses explications fournies par l'autorité inférieure en cours de procédure de recours. Leur recours doit donc être rejeté sur ce point.
9.1 Les recourants 1 et 2 estiment, dans un premier temps, que la halte serait inconstructible en raison de l'absence de voie d'accès, de hub de mobilité ou de places de stationnement destinées aux usagers de la nouvelle halte. Dans ce cadre, ils ne contestent pas que ces éléments soient planifiés dans le cadre des projets cantonaux et communaux de développement du secteur d'Avry-Centre. Ils soutiennent qu'ils auraient cependant dû être approuvés par l'OFT. A l'inverse, les recourantes 4 et 5 plaident que le projet ferroviaire litigieux a davantage sa place dans le cadre des projets cantonaux et communaux. De tels griefs s'inscrivent dans le rapport de compétences entre la Confédération et les cantons en matière d'approbation de plans, lequel est régit essentiellement aux art. 18 al. 1 à 2 LCdF.
9.2 Aux termes de l'art. 18 al. 1 LCdF, les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans ont été approuvés par l'autorité compétente, à savoir l'OFT (art. 18 al. 2 LCdF). Par opposition, l'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régies par le droit cantonal ; l'accord de l'entreprise ferroviaire ou la consultation de l'OFT sont toutefois nécessaires dans certains cas (art. 18m al. 1 et 2 LCdF).
9.3 Selon la jurisprudence, est considéré comme une installation servant exclusivement ou principalement le chemin de fer, l'installation qui présente, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.1 et 127 II 227 consid. 4 ; arrêts du TF 1C_593/2019 du 19 août 2020 consid. 4.1 et 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 6.1). Dans ce cadre, il ne s'agit pas seulement de se fonder sur l'ampleur des modifications projetées, mais essentiellement sur l'objectif principal poursuivi par le projet ; en d'autres termes, il convient, dans chaque cas particulier, de déterminer si la construction ou l'installation répond au premier chef aux besoins de l'exploitation ferroviaire ou à d'autres besoins (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.1 et 127 II 227 consid. 5 ; arrêts du TF 1C_593/2019 précité consid. 4.1 et 1C_463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2).
9.4 En cas d'élargissement de la compétence cantonale ou fédérale imposée par la loi (cf. consid. ci-dessus), c'est-à-dire de coordination formelle, l'autorité porteuse du projet est désignée comme autorité unique et elle est, à ce titre, chargée de rendre une décision globale (cf. ATF 127 II 227 consid. 4a ; arrêt du TF 1C_463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2 ; arrêt du TAF A-3462/2019 du 6 novembre 2020 consid. 4.2.2), après avoir entendu les autres autorités spécialisées concernées et le canton du lieu d'implantation. Cette décision remplace alors tous les autres plans et autorisations (cf. Marti Arnold, Commentaire pratique LAT : autorisation de construire, protection juridique et procédure, 2020, art. 25a LAT p. 200). Cet impératif émane également du Message du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans (FF 1998 III 2221, p. 2227).
9.5 En l'occurrence, les projets cantonaux et communaux sont à l'origine de la modification partielle du plan d'aménagement local de la commune d'Avry. Selon le rapport d'impact sur l'environnement du projet d'aménagement de détail du secteur, celui-ci est voué à être entièrement repensé. Il vise à la réalisation d'un quartier d'affectation mixte comprenant des bâtiments dédiés au logement, d'autres réservés à des commerces et des espaces publics, de loisirs et de services. L'ensemble du projet s'étend sur près de 13 hectares. Le développement du projet se ferait par étapes ; celles-ci ne sont pas encore figées à ce stade du projet, hormis pour celles du centre commercial, du centre de loisirs, du centre aquatique, de la gare ferroviaire et de la gare routière. Le quartier résidentiel se ferait par la suite. Les places de stationnements seraient majoritairement souterraines et seules quelques places sont prévues en surface pour desservir les commerces ou bâtiments de service. Pour l'entier du projet, le besoin en places de stationnement est estimé à 2'750 dont 2'260 places de parc pour le parking du centre commercial et activités annexes (p. 15 du rapport). Dans ce contexte, l'intimée à prévu de construire une nouvelle halte à Avry, au sud du secteur d'Avry-Centre et de fermer les points d'arrêts de Rosé et de Matran.
9.6 Quoiqu'en pensent les recourants, c'est sans équivoque que les plans relatifs au projet ferroviaire litigieux doivent être approuvés par l'OFT. En revanche, par son autorisation, l'autorité d'approbation n'a pas vocation à répondre et à résoudre tous les problèmes de mobilité sur le secteur ou qui sont liés au développement de la commune d'Avry. D'éventuels projets d'installations annexes devraient recevoir l'approbation des autorités cantonales. En l'occurrence, le secteur d'Avry-Centre se trouve déjà dans une zone de forte activité. S'y trouvent notamment de nombreux commerces, restaurants et places de stationnements. Dans ces circonstances, l'infrastructure ferroviaire, objet de la présente procédure, répond à un besoin indépendamment de l'existence de places d'échange, de nouvelles voies d'accès, d'une gare routière ou de nouvelles places de stationnement et l'OFT n'a pas la compétence d'approuver de tels ouvrages, à moins qu'ils ne présentent, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire.
9.7 En l'espèce, si l'on peut certes admettre un certain rapport spatial entre, d'un côté, l'emplacement prévu pour la future halte et, de l'autre côté les installations et places de stationnement qui doivent être nouvellement approuvées dans le cadre de la construction du nouveau centre commercial, ce seul aspect ne permet pas de les qualifier d'installations ferroviaires au sens de l'art. 18 LCdF ; c'est en effet bien plus le développement cantonal du secteur d'Avry-Centre et la construction du nouveau centre commercial qui présente un rapport matériel étroit avec la réalisation de nouvelles installations et d'un parking souterrain, destiné d'ailleurs en grande partie aux usagers du centre (cf. supra consid. 9.5).
Sous peine de devoir retenir que l'OFT serait l'autorité compétente pour approuver l'ensemble des constructions en surface et souterraines sur près de 13 hectares, on voit mal comment ce serait à tort que l'autorité inférieure a estimé, ne serait-ce qu'implicitement, que ces questions devaient être examinées dans le cadre des procédures cantonales. Rien au dossier n'indique que la construction d'un nouveau centre commercial, d'une gare routière, de nouveaux axes routiers ou d'un nouveau parking sous-terrain de près de 3'000 places serait nécessaire à la réalisation de la nouvelle halte. Il est d'ailleurs un fait qu'il existe déjà des possibilités d'accès au secteur et de stationnement à proximité de l'emplacement prévu de la nouvelle halte, de sorte que l'aménagement de nouvelles places ne remplirait tout au plus qu'un rôle de mesures d'accompagnement facultatives. Par ailleurs, si les questions de coordination matérielle doivent être certes considérées (cf. ATF 145 II 218 consid. 4.3.3), ce qui sera examiné ci-après (cf. infra consid. 10 ss), elles ne permettent pas non plus de revenir sur le caractère non ferroviaire des installations contestées.
A cet effet, on doit rappeler que l'OFT n'est pas une autorité planificatrice. C'est l'intimée qui supporte et planifie le projet. Dans ce contexte, le fait qu'elle loue, par exemple, certaines places de stationnement à l'exploitant du centre commercial pour les mettre à disposition des usagers de la nouvelle halte ne change rien. Il n'appartient pas à l'OFT d'approuver ce rapport de droit privé et de se prononcer sur l'opportunité d'un tel choix.
9.8 Il suit de là que les divers aménagements sur le secteur d'Avry-Centre constituent tout au plus des installations annexes qui devraient recevoir l'approbation des autorités cantonales au sens de l'art. 18m al. 1 LCdF. Dans ces circonstances, aucun élargissement de la compétence fédérale n'était nécessaire et l'OFT n'était ainsi pas tenu de procéder à une coordination formelle des procédures et de rendre une décision globale, dans laquelle les questions liées aux nouveaux axes routiers, aux nuisances générées par l'augmentation du trafic individuel motorisé ou à la construction de nouvelles places de stationnement en sous-sol devaient être examinées. Quoi qu'en pensent les recourants, on ne court pas le risque d'aboutir à des décisions inconciliables. C'est, par conséquent, en toute logique que l'intimée et l'autorité inférieure ont rappelé que le projet fédéral litigieux n'était pas dépendant de la réalisation du projet de développement de la zone d'Avry-Centre et que la nouvelle halte serait réalisée quelle que soit l'issue des procédures cantonales et communales. On a d'ailleurs bien plus l'impression que les recourants cherchent, sur ce point, à déplacer le débat ; la justification de la nouvelle halte repose sur la nécessité première de fermer le point d'arrêt de Rosé - jugé dangereux - et celui de Matran pour mettre un nouveau point d'arrêt à proximité du centre scolaire déjà existant.
10.1 Dans ce contexte, les recourants 1 et 2 font notamment valoir un manque de coordination matérielle entre les procédures fédérales et cantonales. Ils estiment que l'autorité inférieure aurait dû attendre l'issue des procédures cantonales avant de rendre sa décision ; ce ne serait que de cette façon que l'autorité inférieure pouvait s'assurer que le projet ferroviaire litigieux serait compatible avec les prescriptions cantonales et communales, en particulier avec le nouveau plan d'aménagement local de la commune et le plan d'aménagement de détail du secteur d'Avry-Centre. En renonçant, par conséquent, à attendre l'entrée en force des décisions cantonales, l'autorité inférieure aurait violé l'art. 18 al. 4 LCdF et n'aurait pas pris en compte le droit cantonal, alors qu'elle aurait dû le faire ; elle aurait ainsi versé dans l'arbitraire. Dans ce cadre, les recourants reprochent également à l'autorité inférieure de ne pas avoir versé au dossier fédéral les actes des dossiers cantonaux et reprochent à l'autorité de céans d'avoir refusé de donner suite à leurs réquisitions de preuve en ce sens.
De leur côté, les recourantes 4 et 5 se plaignent également de ce que l'autorité inférieure n'aurait pas tenu compte du droit cantonal. Elles n'expliquent toutefois pas en quoi celui-ci aurait été violé.
10.2 Aux termes de l'art. 18 LCdF, l'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (al. 3). Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis ; le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (al. 4). Cette disposition concrétise notamment, au niveau législatif, le principe de primauté du droit fédéral ancré à l'art. 49 al. 1 Cst. Ce principe fait obstacle à l'application de règles cantonales qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par le but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur a réglementées de façon exhaustive (cf. ATF 145 I 183 consid. 5.1.1, 143 I 109 consid. 4.2.2, 143 I 403 consid. 7.1, 138 I 435 consid. 3.1, 137 I 167 consid. 3.4 et 135 I 106 consid. 2.1).
10.3 L'art. 18 al. 4 LCdF concrétise également en matière ferroviaire le principe défini à l'art. 25a de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT, RS 700). Ce principe vise en premier lieu à assurer, d'un point de vue matériel, une application cohérente des normes sur la base desquelles des décisions administratives doivent être prises (cf. ATF 120 Ib 400 consid. 5). A ce titre, l'art. 25a LAT prévoit qu'une autorité chargée de la coordination doit en particulier veiller à ce que toutes les pièces du dossier de demande d'autorisations soient mises simultanément à l'enquête publique et à ce qu'il y ait une concordance matérielle des décisions ainsi que, en règle générale, une notification commune ou simultanée ; ces décisions ne doivent pas être contradictoires. La loi ne tend toutefois pas à une coordination maximale, mais doit assurer une coordination suffisante, ce que précisent d'ailleurs mieux les textes allemand et italien de cette disposition (cf. ég. arrêts du TF 1C_339/200 du 26 août 2021 consid. 6.1, 1C_67/2018 du 4 mars 2019 consid. 5.1 et 1C_309/2013 du 4 juillet 2013 consid. 3.3.1). Le contenu ou l'ampleur d'une coordination « suffisante » ressort des principes généraux, notamment de la nécessité d'effectuer une pesée globale des intérêts, dans la mesure où elle est exigée dans le droit de la construction et de l'aménagement du territoire, ou de prescriptions spéciales (cf. arrêt du TF 1C_242/2019 du 7 avril 2020 consid. 2.1). Ainsi, lorsqu'un projet se compose de parties soumises au droit cantonal, respectivement fédéral, et qu'un élargissement de la compétence cantonale ou fédérale n'entre pas en ligne de compte, la coordination se limite avant tout à une application cohérente du droit matériel (cf. arrêt du TF 1A.141/2006 du 27 septembre 2006 consid. 5.1 et 6).
10.4 En l'occurrence, les recourants qui invoquent une violation de l'art. 18 al. 4 LCdF n'expliquent pas en quoi l'issue des procédures cantonales et communales aurait une influence directe et concrète sur la procédure ferroviaire litigieuse, quelle forme de coordination aurait été nécessaire ou quel impact décisif les décisions des autorités cantonales auraient eu sur l'issue de la présente procédure. Ils oublient que l'intimée a déclaré à de nombreuses reprises que le projet de nouvelle halte ne serait pas abandonné et que l'on ne saurait aucunement faire dépendre l'issue de la présente procédure de l'octroi d'autorisations cantonales ou communales.
10.5 Au surplus, il doit être relevé que les autorités cantonales et communales, ainsi que les autorités spécialisées, ont été consultées à plusieurs reprises. Leurs avis se fondent non seulement sur les éléments au dossier d'approbation des plans, mais également sur les différents projets cantonaux et communaux de développement sur le secteur d'Avry-Centre que ces autorités mènent en parallèle. Si leurs avis sont synthétiques, il en ressort qu'elles ont exigé et obtenu de nombreuses corrections, charges et conditions, de sorte qu'elles n'ont ni rendu des avis abstrus, ni donné leur blanc-seing aux éléments produits par l'intimée. Elles n'ont soulevé, dans ce contexte, aucune violation de la législation cantonale ou communale, ni aucune contradiction avec la planification actuelle ou future de la commune, du canton et du secteur. Quoi qu'en pensent les recourants, il peut être ainsi constaté que les autorités cantonales et communales, de même que les autorités spécialisées, ont rempli leurs fonctions dans le cadre de l'approbation des plans litigieuse avec tout le sérieux que l'on était en droit d'attendre d'elles. Dans ces circonstances, on ne voit pas en quoi l'autorité inférieure aurait violé le principe de coordination. Au contraire, comme l'a relevé à plusieurs reprises l'intimée, si une coordination entre le projet fédéral litigieux et les projets cantonaux devait avoir lieu, elle relèverait bien plus de l'organisation pratique des travaux et de la volonté affichée des différents maîtres d'ouvrage de limiter au maximum les nuisances temporaires liées aux chantiers. Le fait que l'intimée ait racheté le tunnel réalisé dans le cadre des travaux du centre commercial afin d'y réaliser un passage sous voies ne dépasse d'ailleurs pas ce cadre.
10.6 Par conséquent, quoi qu'en pensent les recourants, on ne voit pas en quoi l'autorité inférieure aurait versé dans l'arbitraire ou violé la loi en renonçant à attendre l'issue des recours que les recourants ont eux-mêmes formés contre toutes les décisions en lien avec l'aménagement du secteur d'Avry-Centre, à savoir la révision partielle du plan d'aménagement local de la Commune d'Avry, le plan d'aménagement de détail du secteur d'Avry-Centre, le permis de construire un centre commercial et un centre de sports aquatiques, le plan d'équipement de détail du quartier d'Avry-Centre, le plan d'équipement de détail du quartier d'Avry-Centre, la réalisation d'une nouvelle gare routière et l'aménagement d'un carrefour giratoire avec passage inférieur pour piétons. Au contraire, en prenant en compte les avis exprimés par les autorités communales et communales, l'autorité inférieure a pu se faire une idée très précise et claire des prescriptions cantonales et communales pertinentes et les a prises en compte dans la mesure où elles n'entravent pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire en imposant, in concreto, de nombreuses charges et conditions à l'intimée.
10.7 Dans ce contexte, on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure de ne pas avoir requis des autorités cantonales et communales les actes des très nombreuses procédures cantonales et communales. Les recourants n'expliquent pas en quoi l'absence au dossier de ces documents emporterait une violation du droit fédéral. En réalité, tout porte bien plus à croire que les recourants ne font qu'opposer leur propre vision de ce que devrait être la coordination entre les autorités cantonales et fédérales. C'est d'ailleurs ce qu'il y a lieu de retenir de leurs différents échanges d'écritures spontanés, intervenus entre le 12 décembre 2022 et le 24 février 2023. Les recourants et l'intimée n'ont fait qu'opposer leurs propres points de vue sur la manière dont il y a lieu de planifier des travaux de terrassement et sur la question de savoir s'il était ou non opportun de reboucher un trou entre deux étapes des travaux, en tirant çà et là toutes sortes de conclusions.
10.8 Il suit de là que tous les recours doivent être rejetés sur ce point. Dans ces circonstances, il y a également lieu formellement de rejeter les réquisitions de preuves formées par les recourants 1 et 2 tendant à ce que les actes des dossiers cantonaux soient versés au dossier. D'ailleurs, dès lors qu'ils se sont systématiquement opposés aux différents projets, il leur était pleinement loisible de produire les éléments des dossiers cantonaux en leur possession conformément aux prescriptions de l'art. 52 PA, ce qu'ils n'ont pas fait, et l'on ne comprend pas pourquoi ils ont préféré attendre que le Tribunal verse de lui-même au dossier certains éléments pourtant librement disponibles sur le site internet des communes concernées, pour ensuite critiquer la manière dont celui-ci menait l'instruction. De tels procédés sont à la limite du respect du principe de la bonne foi et ne répondent nullement aux exigences de l'art. 13 PA (cf. supra consid. 7.2).
11.1 Pour celles de leurs tâches dont l'accomplissement a des effets sur l'organisation du territoire, la Confédération, les cantons et les communes établissent des plans d'aménagement en veillant à les faire concorder (art. 2 al. 1 LAT).
11.1.1 Au niveau cantonal, cette obligation générale de planifier se traduit par l'adoption d'un plan directeur dans lequel les cantons précisent au moins le cours que doit suivre l'aménagement de leur territoire, la façon de coordonner les activités qui ont des effets sur son organisation afin d'atteinte le développement souhaité, une liste des priorités et les moyens à mettre en oeuvre (art. 8 al. 1 LAT). Dans ce cadre, les cantons doivent notamment tenir compte, dans leur planification directrice, des conceptions et des plans sectoriels de la Confédération (art. 6 al. 4 LAT). L'obligation générale de planifier impose ensuite aux cantons l'obligation d'adopter des plans d'affectation (cf. arrêt du TF 1C_2020 du 5 février 2021 consid. 3.1 ; DFJP/OFAT, Etude relative à la loi fédérale sur l'aménagement du territoire, 1981, art. 2 LAT n° 3). En raison de la force obligatoire des plans directeurs notamment (art. 9 LAT), les indications contraignantes figurant dans les plans sectoriels de la Confédération se retrouvent aussi dans les plans d'affectation (art. 14 LAT ; cf. arrêt du TF 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 5.1.2 ; en droit fribourgeois, cf. arrêt du Tribunal cantonal no 602 2021 75 du 10 octobre 2022).
11.1.2 La Confédération, quant à elle, doit veiller à ce que la collaboration avec les cantons soit assurée. Elle procède à des études de base pour exercer celles de ses activités qui ont des effets sur l'organisation du territoire et établit des plans sectoriels dans les domaines où elle est compétente tant en matière d'études que pour l'exécution. Dans d'autres domaines où Confédération et cantons se partagent des attributions de diverse manière, elle peut, lorsque la coordination des activités influant sur l'organisation du territoire, élaborer des conceptions. Ces instruments doivent concorder entre eux (art. 13 al. 1 LAT) et sont, d'une part, destinés à montrer comment la Confédération prévoit d'accomplir ses tâches à incidence territoriale dans un domaine particulier, quels objectifs elle poursuit et d'après quelles priorités et avec quels moyens elle entend mettre en oeuvre ses tâches au niveau territorial. Ils soutiennent, d'autre part, les aspirations de la Confédération à tous les niveaux en matière d'aménagement du territoire. L'office compétent les élabore ou les adapte en étroite collaboration avec les services fédéraux et les cantons concernés. A l'échelon de la Confédération, il est indispensable d'avoir une vue d'ensemble. A défaut, l'organisation future du territoire sur le plan de l'utilisation du sol et de l'occupation du territoire, ainsi que faute d'objectifs fixés par des plans sectoriels, il ne serait guère possible de faire coordonner les divers plans d'aménagement (cf. Message du Conseil fédéral du 27 février 1978 concernant la loi fédérale sur l'aménagement du territoire, FF 1978 I 1007, p. 1024).
11.1.3 L'approbation des plans des projets ferroviaires ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose que, en règle générale, un plan sectoriel conforme à la LAT ait été établi (art. 18 al. 5 LCdF). Cette disposition concrétise, en matière ferroviaire, l'obligation générale de planifier de la Confédération.
11.2 En l'occurrence, la Confédération a adopté le plan sectoriel des transports qui vise, pour l'essentiel, à assurer la coordination de l'ensemble des modes de transport entre eux et avec le développement territorial. Ce plan fixe le cadre à long terme pour le développement du système global des transports en Suisse, ainsi que les parties infrastructurelles qui assurent sa mise en oeuvre. Il constitue la base pour la coordination entre les infrastructures d'importance nationale et le développement territorial souhaité.
11.2.1 La Partie « Infrastructure rail » du plan sectoriel des transports traite des infrastructures destinées au trafic ferroviaire qui sont de la compétence de la Confédération. Elle fournit les bases d'aménagement sur lesquelles s'appuie la planification, la construction, l'exploitation, l'entretien et l'utilisation ferroviaire d'importance nationale. Elle s'appuie sur la législation fédérale et sur les décisions de politique des transports du Parlement et du Conseil fédéral. Elle forme une base pour les décisions, notamment lors de l'élaboration de dossiers relevant des transports publics comme, par exemple, l'étape d'aménagement 2035 du programme de développement stratégique Infrastructure ferroviaire. En résumé, elle explicite les décisions de projets concrets, livre l'état de la planification et de la coordination d'importants projets (cf. Plan sectoriel des transports, Partie Infrastructure rail SIS, p. 5, disponible sur bav.admin.ch Thèmes généraux Thèmes spécialisés Coordination territoriale Plan sectoriel des transports, partie Infrastructure rail SIS, consulté le 2 mai 2023).
11.2.2 Dans ce contexte, en matière de transport de voyageurs, la planification des réalisations à l'horizon 2035 vise notamment l'augmentation des capacités notamment par de nouvelles cadences à la demi-heure ou au quart d'heure. Le plan sectoriel des transports mentionne concrètement diverses améliorations de l'offre, notamment sur l'axe Lausanne-Berne et plus spécifiquement le tronçon Fribourg-Avry (cf. idem, p. 47). Ces mesures s'inscrivent également dans l'art. 4 let. b de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le développement de l'infrastructure ferroviaire (LDIF, RS 742.140.2) qui mentionne comme mesure de développement l'accroissement des capacités et l'augmentation du rendement sur la ligne Lausanne-Berne.
11.3 En l'occurrence, l'OFT a adopté une directive pour l'examen de la pertinence des projets de construction ferroviaire par rapport au plan sectoriel des transports, partie Infrastructure rail (disponible sur bav.admin.ch Thèmes généraux Thèmes spécialisés Coordination territoriale Plan sectoriel des transports, partie Infrastructure rail (SIS), consulté le 2 mai 2023).
11.3.1 Afin d'assurer l'application uniforme de certaines dispositions légales, l'administration peut expliciter l'interprétation qu'elle leur donne dans des ordonnances administratives parfois aussi appelées directives, circulaires ou instructions (cf. ATF 121 II 473 consid. 2b).
Leur fonction principale est de garantir la prévisibilité administrative et de faciliter le contrôle juridictionnel à travers l'unification et la rationalisation de la pratique (cf. ATAF 2009/15 consid. 5.1). Les ordonnances administratives n'acquièrent cependant pas force de loi et ne lient ni les administrés, ni les tribunaux, ni même l'administration (cf. ATF 114 V 315 consid. 5c ; arrêt du TF 8C_81/2020 du 3 août 2020 consid. 3.4). Il n'en reste pas moins que les uns et les autres en tiennent largement compte. Dans la mesure où ces ordonnances assurent une interprétation correcte et équitable des règles de droit, le juge les prendra donc en considération (cf. ATF 132 V 121 consid. 4.4). En revanche, il s'assurera qu'elles ne sortent pas du cadre fixé par la norme supérieure ni ne restreignent ou n'étendent son champ d'application. En d'autres termes, à défaut de lacune, il vérifiera qu'elles ne prévoient pas autre chose que ce qui découle de la législation ou de la jurisprudence (cf. ATF 133 II 305 consid. 8.1, 123 II 16 consid. 7 et 121 II 473 consid. 2b).
11.3.2 La directive de l'OFT pour l'examen de la pertinence des projets de construction ferroviaire par rapport au plan sectoriel des transports, partie Infrastructure rail vise ainsi à concrétiser la LCdF, l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT, RS 700.1) et les dispositions de la partie Programme du plan sectoriel des transports, ainsi qu'à régler le processus d'examen de l'OFT.
Selon le chiffre 2.2.3 de cette directive, conformément aux critères indiqués dans la partie Programme du plan sectoriel des transports, un projet produit des effets importants sur les transports, le territoire ou l'environnement s'il agit de manière importante sur le bon fonctionnement des réseaux de transport d'importance nationale, s'il agit de manière importante sur le développement de l'agglomération, des espaces ruraux ou des régions touristiques, s'il consomme plus de 5 hectares de surface, s'il est soumis à une étude d'impact sur l'environnement à plusieurs étapes, s'il agit de manière importante sur des biens à protéger d'importance nationale, s'il affecte considérablement des zones et périmètres de protection des eaux souterraines ou s'il influe considérablement sur les capacités d'un tronçon de chemin de fer.
11.4 En l'occurrence, l'autorité inférieure s'est fondée sur sa directive pour retenir que le projet de nouvelle halte n'avait pas d'effet considérable ni sur l'environnement, ni sur le territoire. Les recourants, qui critiquent cette position, n'expliquent pas en quoi elle serait sortie du cadre fixé par l'art. 18 al. 5 LCdF en procédant comme elle l'a fait. Ils ne font ainsi qu'opposer leur avis à celui de l'autorité inférieure sans expliquer de manière convaincante en quoi l'autorité inférieure aurait violé le droit fédéral et le Tribunal ne voit rien au dossier qui justifierait une intervention de sa part. On peut, en effet, douter que la construction d'un nouveau point d'arrêt en lieu et place de la suppression de deux autres points ait un effet considérable sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement quand ces points sont destinés, comme en l'espèce, uniquement au trafic régional.
Cela étant, la question devrait en réalité demeurer ouverte. Le projet ferroviaire litigieux s'inscrit, en effet, dans le cadre de la mise au quart d'heurt entre Fribourg et Avry. Comme le rappelle l'autorité inférieure, cela ne sera possible que si la gare de Rosé devient exclusivement une gare de rebroussement, sans desserte des utilisateurs du train. En tant que le projet litigieux porte aussi sur la suppression du point d'arrêt de Rosé et l'aménagement de l'infrastructure ferroviaire sur le secteur Fribourg-Avry, il concrétise directement l'augmentation des capacités planifiées sur ce secteur et constitue une prémisse à la mise en place d'une cadence au quart d'heure sur le secteur Fribourg-Avry (cf. Plan sectoriel des transports, Partie Infrastructure rail SIS, p. 47 ; supra consid. 10.2.1).
Dans ces conditions, les recourants se méprennent lorsqu'ils avancent que le projet ferroviaire litigieux ne s'inscrit pas dans le contexte du plan sectoriel des transports. En réalité, tel est bien le cas.
11.5 Il suit de là qu'aucune violation de l'art. 18 al. 5 LCdF ne saurait être retenue. Les recours doivent donc être rejetés sur ce point.
12.1 En matière ferroviaire, l'OFT approuve une installation ferroviaire ou sa modification lorsque celle-ci satisfait les conditions du trafic et la protection de l'environnement et qu'elle est construite ou renouvelée conformément au dernier état de la technique, tout en tenant compte des exigences de l'aménagement du territoire et de la protection de la nature et du patrimoine culturel (art. 17 et 18 LCdF, art. 2 et 3 de l'ordonnance du 23 novembre 1983 sur la construction et l'exploitation des chemins de fer [OCF, RS 742.141.1]).
12.1.1 Parmi les buts et les principes de l'aménagement du territoire figurent l'utilisation mesurée du sol (art. 1 al. 1 LAT), la protection des bases naturelles de la vie, telles que le sol, l'air, l'eau, la forêt et le paysage (art. 1 al. 2 let. a LAT), l'orientation du développement de l'urbanisation vers l'intérieur du milieu bâti en maintenant une qualité de l'habitat appropriée (art. 1 al. 2 let. abis LAT), la création d'un milieu bâti compact (art. 1 al. 2 let. b LAT), la garantie des sources d'approvisionnement suffisantes dans le pays (art. 1 al. 2 let. d LAT), ainsi que la préservation du paysage en veillant à réserver à l'agriculture suffisamment de bonnes terres cultivables (art. 3 al. 2 let. a LAT), en particulier les surfaces d'assolement.
Les surfaces d'assolement font partie du territoire qui se prête à l'agriculture ; elles se composent des terres cultivables comprenant avant tout les terres ouvertes, les prairies artificielles intercalaires et les prairies naturelles arables. Elles sont garanties par des mesures d'aménagement du territoire (art. 26 al. 1 OAT). La Confédération a adopté un plan sectoriel au sens de l'art. 13 al. 1 LAT définissant la surface totale minimale d'assolement du territoire suisse et sa répartition entre les cantons (cf. FF 1992 II 1616). Les cantons veillent à ce que les surfaces d'assolement soient classées en zone agricole (art. 30 al. 1 OAT) et s'assurent que leur part de la surface totale minimale d'assolement soit garantie de façon durable (art. 30 al. 2 OAT).
12.1.2 Placés sur le même plan, les buts et principes de l'aménagement du territoire, s'ils peuvent entrer en contradiction les uns avec les autres, doivent être intégrés dans une pesée générale des intérêts en vue de la meilleure concordance possible (art. 3 OAT ; cf. ATF 142 I 162 consid. 3.7.2 et 117 Ia 302 consid. 4b ; arrêt du TF 1C_58/2017 du 18 octobre 2018 consid. 4.2). Ainsi, l'art. 3 al. 2 let. a LAT ne proscrit pas purement et simplement la suppression des surfaces d'assolement, mais il y a lieu de tenir compte du conflit avec cette disposition dans le cadre de la pesée générale des intérêts (cf. arrêt du TF 1C_96/2019 du 27 mai 2020 consid. 3.2).
12.2 En l'occurrence, l'implantation des nouvelles gares doit répondre aux exigences de l'aménagement du territoire. Il convient de rappeler que la gare de Rosé ne satisfait plus à l'heure actuelle aux conditions de sécurité et bénéficie d'une autorisation d'exploitation exceptionnelle en raison de la présente procédure (cf. procès-verbal de la visite des lieux du 1er septembre 2021 et arrêt A-646/2020 précité consid. 5.3.4). Elle présente une configuration en courbe, rendant tout projet de développement ou de mise en conformité difficile si ce n'est impossible. Au surplus, il ressort du dossier que la gare actuelle de Matran, vu sa position géographique relativement excentrée par rapport aux lieux d'habitation, n'est plus guère utilisée. A l'inverse, même à ignorer le développement du secteur d'Avry-Centre prévu par les autorités cantonales et communales, il faut tout aussi bien relever que la commune d'Avry et le secteur résidentiel situé juste au sud des voies se sont déjà considérablement développés.
Dans ces circonstances, le Tribunal ne voit pas en quoi il n'aurait pas été judicieux du point de vue d'une utilisation rationnelle du territoire d'implanter une seule halte à Avry au lieu de deux points d'arrêts à Rosé et Matran, en premier lieu pour sa proximité immédiate avec le collège de l'école secondaire (cf. procès-verbal de la visite des lieux du 1er septembre 2021), mais également des nombreuses habitations et commerces déjà existant situés à proximité immédiate. Enfin, il faut bien admettre qu'en raison du tracé ferroviaire déjà existant, l'implantation de la nouvelle halte à l'endroit prévu, le long des voies, est quelque peu imposée par sa destination. Les recourants n'expliquent nullement quelles autres variantes eût due être considérées ni en quoi celles-ci eurent emporté leur aval.
Enfin, les recourants perdent de vue que, conformément à l'art. 18 al. 3 LCdF, l'approbation couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral. Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis (cf. supra consid. 9.2). Il suit de là qu'aucune autorisation exceptionnelle supplémentaire au sens de l'art. 24 LAT n'était requise. Le sort des griefs soulevés par les recourants est par conséquent lié par les considérants qui précèdent (sur ce point, cf. supra consid. 9.4 à 9.7).
12.3 Par conséquent, on ne voit pas en quoi l'autorité inférieure n'aurait pas tenu compte des exigences de l'aménagement du territoire fixées par le droit fédéral ou que le projet n'aurait pas été réalisé en adéquation avec la planification développée à l'échelle de l'agglomération. Les éléments du projet ont été examinés, comme considéré déjà à de nombreuses reprises, par les services cantonaux et fédéraux spécialisés, en particulier l'OFEV et l'Office fédéral du développement territorial (ci-après : l'ARE) et les surfaces perdues ont été compensées. Dans ces circonstances, dans le cadre d'une pesée générale des intérêts, des exigences et des principes en contradiction, l'atteinte est limitée au strict nécessaire. Mal fondés, les griefs doivent donc être rejetés sur ce point.
13.1 Dans un premier temps, les recourants 1 et 2 estiment que l'autorité inférieure ne pouvait se satisfaire d'une notice d'impact sur l'environnement. Elle aurait dû, selon eux, établir une étude d'impact complète.
13.1.1 Aux termes de l'art. 10a al. 1 de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (Loi sur la protection de l'environnement, LPE, RS 814.01), avant de prendre une décision sur la planification et la construction ou la modification d'installations, l'autorité examine le plus tôt possible leur compatibilité avec les dispositions en matière d'environnement. Cette appréciation - l'étude de l'impact sur l'environnement (EIE) - intervient au terme d'un processus, sur la base d'un rapport d'impact (art. 10b al. 2 à 4 LPE) et de l'avis des services spécialisés de l'administration (art. 10c al. 1 LPE ; cf. arrêts du TF 1C_515/2014 du 22 juin 2016 consid. 3.2 et 1A.83/2006 du 1er juin 2007 consid. 3.1).
L'EIE n'est toutefois pas un processus généralisé. Elle ne concerne que les types d'installation susceptibles d'affecter sensiblement l'environnement et pour lesquelles les prescriptions environnementales ne peuvent être respectées qu'avec des mesures fixées au cas par cas. Elle s'impose donc aux installations susceptibles d'affecter sensiblement l'environnement, pour lesquelles les prescriptions environnementales ne peuvent être respectées qu'avec des mesures non standardisées. Le Conseil fédéral a désigné dans l'annexe de l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude d'impact sur l'environnement (OEIE, RS 814.011) les installations devant faire l'objet d'une étude d'impact sur l'environnement.
Selon l'art. 5 al. 2 OEIE, l'EIE est effectuée dans le cadre d'une procédure donnée (« procédure décisive »). Pour certaines installations, cette procédure est désignée dans l'annexe à l'ordonnance fédérale ; pour d'autres, l'annexe renvoie au droit cantonal (art. 5 al. 3 OEIE). En matière ferroviaire, sont soumises à l'EIE les nouvelles lignes de chemin de fer ainsi que les autres installations destinées exclusivement ou essentiellement au trafic ferroviaire lorsque le devis excède 40 millions de francs ou lorsqu'elles sont assimilables à l'un des types d'installation mentionnés dans l'annexe à l'OEIE (ch. 12.1 et 12.2). En matière de circulation routière, sont soumises à l'EIE les routes nationales, les routes principales aménagées avec l'aide de la Confédération, les routes à grand débit et les places de stationnement pour plus de 500 véhicules (ch. 11.1 à 11.4).
13.1.2 En l'occurrence, le devis du projet ferroviaire litigieux n'excède pas la limite de 40 millions de francs prévue au chiffre 12.2 de l'annexe à l'OEIE. Même à considérer que le sous-projet 1 et le sous-projet 2 étaient destinés initialement à être approuvés conjointement, les coûts d'investissement pour les deux projets se montent à 26.5 millions de francs uniquement, à savoir 8.5 millions de francs pour le sous-projet 1 et 18 millions pour la construction de la nouvelle halte (cf. rapport technique de synthèse ; pièce no 0.031 du dossier de plans de l'intimée). Dans ce contexte, en tant que les recourants 1 et 2 font valoir la nécessité d'établir une étude d'impact sur l'environnement en lien avec le trafic individuel motorisé, pourraient entrer en ligne de compte les installations mentionnées dans l'annexe à l'OEIE en lien avec la circulation routière (ch. 11 de l'annexe en lien avec le ch. 12.2 2e paragraphe). Cela étant, aucune des installations mentionnées dans cette liste n'est assimilable au projet ferroviaire litigieux.
13.1.3 Dans ces circonstances, c'est à tort que les recourants 1 et 2 estiment que l'intimée devait établir une étude d'impact complète et que l'autorité inférieure ne pouvait pas approuver le projet sur la base uniquement d'une notice d'impact sur l'environnement. Mal fondés, les griefs doivent donc être rejetés.
13.2 Dans un second temps, les recourants 1 et 2 considèrent que l'autorité inférieure n'a pas pris en compte suffisamment l'augmentation du trafic individuel motorisé induit par la construction de la nouvelle halte.
13.2.1 Dans les domaines techniques, le Tribunal ne peut pas s'écarter sans raison valable d'une expertise (cf. ATF 132 II 257 consid. 4.4.1, 130 I 337 consid. 5.4.2 ; arrêt du TF 1C_589/2014 du 3 février 2016 consid. 5). Il doit examiner si, sur la base des autres moyens de preuves et allégués des parties, il existe des objections sérieuses qui plaident à l'encontre de la cohérence d'une expertise. Si la cohérence d'une expertise apparait douteuse sur des points essentiels, le Tribunal doit si besoin requérir des preuves complémentaires pour clarifier ce doute (cf. ATF 136 II 539 consid. 3.2 ; arrêts du TF 1C_104/2017 du 25 juin 2018 consid. 9.1 et 1C_589/2017 précité consid. 5 ; arrêt du TAF A-2786/2018 du 11 mai 2021 consid. 4.2.2). Un poids considérable doit être accordé aux prises de position de l'OFEV au vu de ses compétences particulières, lequel constitue le service spécialisé de la Confédération pour la protection de l'environnement (art. 42 al. 2 LPE ; arrêt du TF 1C_589/2014 précité consid. 5). C'est pourquoi une critique convaincante de l'OFEV constitue une raison de déroger au résultat d'une expertise ou d'exiger des clarifications complémentaires (cf. arrêt du TF 1C_589/2017 précité consid. 5).
13.2.2 En l'occurrence, le sort des griefs des recourants est avant tout lié par ce qui précède (cf. supra consid. 9) et c'est à juste titre que l'OFEV a conclu, dans sa prise de position sur l'opposition des recourants 1 et 2, que les questions liées au trafic routier et au respect des exigences en matière de protection contre le bruit étaient à évaluer dans la procédure cantonale. C'est donc tout aussi à juste titre que la notice d'impact sur l'environnement se concentre sur les possibles émissions ferroviaires, à savoir, par exemple, le bruit du matériel roulant, les vibrations, les trépidations, les sons solidiens, les courants vagabonds ou encore les perturbations électromagnétiques, et que l'autorité inférieure a retenu que, dans aucun de leurs écrits, les recourants 1 à 2 n'avaient soulevé d'éléments liés de près ou de loin à ces nuisances. Cela étant, même à examiner les autres moyens de preuves et allégués des recourants, il n'existe aucune objection sérieuse qui plaide à l'encontre de la cohérence de la notice d'impact sur l'environnement.
13.2.3 Pour chiffrer l'impact du trafic routier et remettre en cause la cohérence de la notice d'impact sur l'environnement, les recourants 1 à 2 s'appuient principalement sur les données figurant au rapport d'impact sur l'environnement établi en 2018 dans le cadre de la procédure d'approbation du plan d'aménagement de détail du secteur d'Avry-Centre. Ils jugeraient cependant ces chiffres sous-évalués parce qu'ils ne tiendraient justement pas compte de la nouvelle halte, mais ne fournissent aucun élément soutenant leur thèse.
13.2.3.1 Cela étant, quoi qu'en pensent les recourants, il ressort au contraire de ce rapport que la génération du trafic qui y est documentée tient compte de l'introduction de l'ensemble des nouvelles activités sur le secteur (espaces de loisirs, restaurants), de la construction du centre aquatique et de l'aménagement de la place d'échanges pour les passagers de la halte CFF et des bus, ainsi que des places de parc supplémentaires aménagées pour les besoins du quartier d'habitation et des activités du nouveau quartier (p. 23). Selon ses auteurs, des estimations auraient été effectuées pour chaque tronçon, en particulier aux noeuds de trafic important, non seulement sur les voies d'accès au secteur, mais également sur les voies de circulation internes à celui-ci, y compris à l'endroit des places de parking prévues.
Dans ce contexte, une lecture attentive du rapport susmentionné ne permet pas d'abonder dans le sens des recourants. S'ils parlent des nuisances liées à l'augmentation du trafic induit par la nouvelle halte, c'est bien plus le fait qu'il existe une place d'échange avec la route pour les passagers de la halte CFF et des bus qui serait à l'origine de nuisances liées au trafic, dès lors que c'est en raison de cette place d'échange que les usagers de la halte peuvent passer d'un transport modal à un autre. Il suit de là que les éléments probants dont les recourants ont à de nombreuses reprises sollicité le versement au dossier et que le Tribunal a produit sont à même d'apporter les éclaircissements nécessaires pour contrôler les conclusions du porteur du projet, de l'autorité d'approbation et de l'autorité spécialisée en matière environnementale. A cet égard, les auteurs du rapport précité prévoient notamment à l'horizon 2030 une baisse des charges de trafic sur les routes de Fribourg (-4 %) et route de Matran nord (-12 %). Ailleurs, une augmentation de l'ordre de 1 à 7 % (route de Fribourg-est) serait prévue. Toutefois, ses auteurs concluent qu'une telle augmentation respecterait les valeurs de planification pour le secteur, que l'augmentation du bruit resterait faible et qu'une augmentation des immissions serait inférieure à 1db(A) et rien n'indique que ces chiffres ne seraient pas exacts. Les recourants n'apportent aucun élément qui abonderait en ce sens et c'est l'occasion de rappeler que ces chiffres tiennent compte de l'ensemble des projets de développement du secteur et non uniquement de la nouvelle halte, de sorte que la portée de l'augmentation des nuisances liées aux places d'échange des usagers de la halte est à relativiser d'autant plus.
13.2.3.2 En matière de pollution atmosphérique, les recourants se fondent là encore sur les données qui figurent au rapport susmentionné. Même à considérer ces données exactes, il en ressort que le secteur serait touché, pour toute la zone nouvellement planifiée et non uniquement du fait du seul projet ferroviaire litigieux, par des immissions d'oxydes d'azote (NOx) de l'ordre de 15 à 30 µg/m3. Selon les auteurs du rapport, cette augmentation devrait être considérée comme faible, même à l'endroit où l'augmentation du trafic serait la plus forte (+7 %), à savoir sur la route de Fribourg vers l'est, soit à l'opposé des parcelles des recourants. Il n'en irait pas autrement des poussières fines (PM10). La moyenne se situerait, sur le site, sous les 20 µg/m3. Les auteurs du rapport ne s'attendraient ainsi pas à un dépassement des valeurs limites, y compris le long de la route de Fribourg où l'augmentation du trafic à l'horizon 2030 serait la plus élevée.
13.2.4 En définitive, les recourants 1 et 2 ne démontrent, par conséquent, pas en quoi il existerait donc des objections sérieuses qui plaideraient à l'encontre de la cohérence des conclusions de l'autorité inférieure en matière environnementale, en particulier lorsque ces conclusions sont appuyées par l'autorité spécialisée en la matière. Dans ces circonstances, le Tribunal estime qu'il n'y pas de raison valable de s'écarter, vu le domaine éminemment technique, des avis de l'OFEV ainsi que de la notice d'impact sur l'environnement produite par l'intimée à l'appui de son projet. Dès lors que les recourants se contentent de critiquer les données retenues, sans toutefois fournir d'explications convaincantes appuyant leurs critiques, il ne se justifie pas non plus de requérir des preuves complémentaires. Le Tribunal retient donc que les émissions ferroviaires ont été déterminées de manière complète et exacte par l'intimée et que l'autorité inférieure s'est basée à juste titre sur la notice d'impact environnementale pour statuer. Mal fondés, les griefs des recourants 1 et 2 doivent être rejetés.
13.3 Les recourantes 4 et 5 font, quant à elles, valoir que le projet ne respecterait pas les dispositions de LEaux et porterait atteinte à la source privée située à proximité de la limite communale Avry-Corminboeuf et au captage se trouvant sur le domaine de S._______. Elles estiment que l'autorité inférieure n'aurait pas tenu compte de la présence de ces eaux et qu'elle n'aurait pas réalisé une évaluation globale du projet sous cet angle
13.3.1 Les mesures d'organisation du territoire nécessaires à la protection des eaux souterraines ou à la sauvegarde de la qualité des eaux ont été placées par le législateur fédéral dans la compétence des cantons (art. 19 ss LEaux). Le droit fédéral prévoit, en particulier, la création de secteurs de protection des eaux en fonction des risques auxquels elles sont exposées (art. 19 al. 1 LEaux), ainsi que la création de zones de protection des eaux souterraines autour des captages d'intérêt public (art. 20 al. 1 1re phrase LEaux). Les cantons doivent délimiter ces zones et fixer les restrictions nécessaires au droit de propriété (art. 20 al. 1 2e phrase LEaux). Ces secteurs et zones sont définis plus précisément à l'art. 29 OEaux et à l'annexe 4 de dite ordonnance. Il s'agit notamment du secteur Au destiné à protéger les eaux souterraines exploitables, du secteur Ao destiné à protéger la qualité des eaux superficielles si cela est nécessaire pour garantir une utilisation particulière des eaux, de l'aire d'alimentation Zu destinée à protéger la qualité des eaux qui alimentent des captages d'intérêt public existants et prévus, ainsi que de l'aire d'alimentation Zo destinée à protéger la qualité des eaux superficielles (art. 29 al. 1 OEaux et ch. 111 à 114 de l'annexe 4). Les zones de protection des eaux souterraines se composent des zones S1 à S3, de la zone Sh et le cas échéant, de la zone Sm (ch. 121 de l'annexe 4).
13.3.2 En droit cantonal fribourgeois, il appartient à l'Etat d'établir les plans des périmètres de protection des eaux souterraines (art. 20 al. 1 de la loi cantonale fribourgeoise du 18 décembre 2009 sur les eaux [LCEaux, RSF 812.1]). Sur cette base, le canton a délimité les secteurs particulièrement menacés, les zones et périmètres de protection des eaux souterraines et les a fait figurer dans la carte de protection des eaux sur le portail cartographique du canton de Fribourg (cf. map.geo.fr.ch > Thème : Environnement Carte de protection des eaux). On y retrouve les zones de protection des eaux souterraines, les aires d'alimentation Zu et Zo, les secteurs Au et Ao, ainsi que les autres secteurs üB qui ne nécessitent pas de mesures particulières pour la protection des eaux (cf. www.fr.ch énergie, agriculture et environnement eau eaux souterraines protection des eaux souterraines ; tous deux consultés le 2 mai 2023).
13.3.3 En l'occurrence, dans la décision attaquée, l'autorité inférieure a fait intégralement siennes les explications de l'OFEV. Celui-ci a retenu, dans sa prise de position du 8 février 2019, que le projet de nouvelle halte se situait dans un secteur üB, qu'il n'y avait pas d'eaux souterraines en quantité et qualité suffisantes pour être exploitées et que le projet pouvait être autorisé. En ce qui concerne les parcelles des hoiries, l'OFEV relevait qu'il était question de zones aquifères et de sources privées, que de nombreuses sources captées ou non étaient connues de Rosé à Villars-sur-Glâne de part et d'autre de la voie CFF et que toutes n'étaient pas recensées au portail cantonal. Après discussion avec le service cantonal spécialisé et sur la base des informations et des études disponibles, l'OFEV constatait que le secteur en question ne présentait pas d'eaux souterraines en quantité et qualité suffisantes pour être exploitées pour l'eau potable et que les sources recensées dans le secteur avaient des débits faibles et n'étaient pas d'intérêt public. Elles ne devaient donc pas être protégées par des zones de protection des eaux souterraines. L'autorité inférieure a également relevé que l'intimée s'était engagée à réaliser un suivi hydrogéologique du captage privé, avant, pendant et après les travaux, et s'était également obligée à prendre, en cas de problèmes, des mesures immédiates pour rétablir la situation avant travaux. Elle a relevé que ces engagements étaient adéquats, proportionnés et conformes aux dispositions du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), que les hoirs les avaient acceptés à titre de garantie dans le cadre de la décision d'approbation du sous-dossier 1 et qu'il convenait donc de les reprendre également comme charges dans le cadre de la décision d'approbation litigieuse. Elle a enfin précisé que les concernés seraient étroitement associés au processus et régulièrement tenus informés avant, pendant et après les travaux.
13.3.4 Dans ces circonstances, le Tribunal a constaté, dans son arrêt A-646/2020, que la source privée et le captage dont se prévalaient les hoirs se trouvaient en zone üB et que ces eaux ne présentaient pas d'intérêt public. Il a rappelé qu'une telle conclusion ne signifiait pas encore que la présence d'eau n'était pas avérée, mais que si elle était présente, sa qualité et sa quantité n'étaient pas suffisantes pour être utilisée comme eau potable et pour présenter un intérêt public pour l'approvisionnement en eau de la population. Elle n'entrait ainsi pas dans le champ d'application de la loi sur la protection des eaux et aucune violation du droit fédéral ne pourrait être retenue à ce titre.
Le Tribunal a encore précisé que la mise en zone des eaux souterraines relevait de la compétence exclusive des autorités cantonales et ne faisait pas l'objet de la décision attaquée. Elle échappait donc à la compétence des autorités fédérales. Dans ces conditions, il ne pouvait s'écarter de l'avis du service cantonal spécialisé retenant que les eaux ne présentaient pas un intérêt public. Par conséquent, le Tribunal est parvenu à la conclusion que c'était à bon droit que l'autorité inférieure avait retenu que les eaux mentionnées par les hoirs 4.______ et 5._______ ne devaient faire l'objet d'aucune mesure supplémentaire.
13.3.5 Enfin, le Tribunal a relevé que rien n'indiquait que l'autorité inférieure avait constaté les faits de manière inexacte ou incomplète. Elle avait en effet retenu que l'intimée avait pris plusieurs engagements pour assurer le suivi hydrogéologique du captage privé. L'autorité inférieure avait d'ailleurs élevé ces engagements au rang de charges afin de protéger les droits réels dont disposeraient les hoiries sur les eaux émanant de la source privée. Le Tribunal a ainsi constaté que l'autorité inférieure avait pleinement tenu compte des craintes exprimées par les hoiries dans le cadre de leurs oppositions.
13.3.6 Dès lors que les hoirs n'ont fait que répéter leurs griefs et ne les ont pas développés davantage, on ne voit pas en quoi il y aurait lieu de modifier l'examen effectué par le Tribunal dans son premier arrêt. Rien au dossier n'abonde en ce sens et les recourantes 4 et 5 n'indiquent pas en quoi il existerait des objections sérieuses plaidant contre la cohérence des conclusions de l'autorité inférieure en matière de protection des eaux et contre les mesures déjà élevées au rang de charges pour protéger leurs parcelles, en particulier lorsque ces conclusions sont appuyées par l'autorité spécialisée. Il suit de là qu'il y a lieu de rejeter les griefs des hoiries en lien avec la protection des eaux.
A cet effet, il convient de relever que les écritures des hoiries sont rédigées de manière confuse, qu'il n'est pas aisé d'en saisir pleinement la portée ou quelles conséquences les hoirs entendent tirer de leurs griefs. En particulier, il apparaît que bon nombre de leurs remarques ne concernent pas l'objet du litige, soit parce qu'elles relèvent de critiques générales à l'encontre des autorités cantonales ou communales, soit parce qu'elles portent sur des points qui ne font pas l'objet du présent litige. Dans ces circonstances, il ne se justifie aucunement de les examiner davantage.
Par conséquent, de tels griefs doivent être déclarés mal fondés, pour autant que l'on puisse les déclarer recevables. Il se justifie donc de rejeter, leurs réquisitions de preuve en ce sens.
En conclusion, sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, le recours de la recourante 3 doit être déclaré irrecevable. Les autres recours doivent, quant à eux, être rejetés dans la mesure de leur recevabilité.
Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, comprenant l'émolument judiciaire et les débours doivent être mis à la charge des recourants qui succombent.
16.1 Par arrêt A-646/2020 du 2 décembre 2021, le Tribunal administratif fédéral a fixé les frais de la procédure à 6'000 francs et les a mis à la charge des recourants qui succombaient.
Il les a répartis comme suit :
1'500 francs à la charge solidairement de 1.\_\_\_\_\_\_\_ (recourant 1), de 2.\_\_\_\_\_\_\_ (recourante 2), de l'hoirie P.\_\_\_\_\_\_\_\_ et de la société Holdimo (recourante 3),
1'500 francs à la charge de J.\_\_\_\_\_\_\_,
1'500 francs à la charge de l'hoirie 4.\_\_\_\_\_\_\_ (recourante 4), ainsi que,
1'500 francs à la charge de l'hoirie 5.\_\_\_\_\_\_\_ (recourante 5).
L'hoirie P.________ et J._______ n'ont pas formé recours contre cet arrêt ou ont retiré celui-ci. Dans ces circonstances et vu l'issue de la cause, il se justifie de maintenir cette répartition s'agissant de la procédure A-646/2020. Ces frais sont compensés par les avances de frais respectives, de mêmes montants, déjà prestées.
16.2 Reste à fixer le sort des frais de la présente procédure consécutive au renvoi de la cause au Tribunal de céans
16.2.1 S'agissant d'un renvoi du Tribunal fédéral à la suite de la violation du droit d'être entendu par le Tribunal administratif fédéral, il se justifierait de statuer d'ordinaire sans frais.
16.2.2 Cela étant, à la suite de ce renvoi, les recourants 1 à 3 ont sollicité, à de nombreuses reprises, que le Tribunal administratif fédéral invite les autorités cantonales à produire des éléments de leur dossier, éléments qui se trouvaient soit déjà en leur possession, soit en libre accès sur le site internet des autorités concernées.
16.2.2.1 Dans ces circonstances, on ne saurait admettre que les écritures des recourants 1 à 3 respectaient pleinement les conditions de l'art. 52 al. 1 PA, applicable par analogie durant toute la procédure, selon lesquelles le recourant joint à son expédition les pièces invoquées comme moyens de preuve lorsqu'elles se trouvent en ses mains, et que les recourants 1 à 3 ont pleinement satisfait à leur devoir de collaborer au sens de l'art. 13 PA.
16.2.2.2 On ne comprend en effet pas pourquoi il ne leur était pas pleinement loisible de les présenter spontanément au Tribunal de céans, en particulier lorsqu'ils se réfèrent à leur contenu dans le cadre de leurs écritures. A l'inverse, ils ont préféré à de nombreuses reprises se plaindre de la manière dont le Tribunal administratif fédéral menait l'instruction de la cause et qu'il ne donnait pas suite à leurs réquisitions. Une telle façon de procéder démontre tout au plus une méconnaissance des maximes et des principes qui régissent la procédure administrative fédérale.
16.2.2.3 Le Tribunal - soumis à la maxime inquisitoire et constatant que certaines pièces relevaient, comme considéré, de l'état de fait pertinent - a recherché lui-même les informations et documents nécessaires, le cas échéant, auprès des autorités judiciaires cantonales. Il a procédé à des recherches extensives sur la situation des parcelles des recourants commandées par l'examen des griefs précisés tardivement dans la procédure de recours dans le cadre de leurs observations spontanées du 9 décembre 2021 et réitérés ultérieurement
16.2.2.4 De telles mesures d'instruction ne pouvaient être envisagées par le Tribunal de céans au moment où il a estimé les frais de procédure et fixé le montant des avances de frais respectives. De même, il ne lui était loisible d'anticiper de tels frais lorsqu'il a statué pour la première fois par arrêt A-646/2020. D'ailleurs, c'est bien encore l'occasion de relever que les recourants 1 à 3 auraient très bien pu et dû soulever de tels griefs directement dans leur mémoire de recours, de sorte qu'une augmentation sensible des frais de procédure peut largement être imputée à leur comportement. On pourrait d'ailleurs se demander si de tels frais ne devraient, en réalité, pas être mis à la charge du mandataire. En tant que représentant et conseiller juridique professionnel, il lui incombait de produire les pièces en sa possession et n'ont pas de critiquer inutilement la manière dont le Tribunal menait l'instruction. Une telle façon de faire n'est pas acceptable en soi. Partant, il se justifie de tenir compte également des frais supplémentaires engendrés par l'instruction de la procédure A-1348/2022 en raison des éléments nouveaux avancés tardivement par les recourants 1 à 3.
16.2.3 En revanche, les recourantes 4 et 5 n'ont formé que de vagues critiques contre les autorités cantonales et communales dans leurs observations complémentaires sans faire reposer leur théorie sur un fondement objectif. Leur analyse n'a, en soi, pas nécessité de mesures d'instruction complémentaire ou un travail supplémentaire démesuré, de sorte qu'il peut, à leur intention, être renoncé à prélever des frais supplémentaires pour la procédure A-1348/2022.
16.2.4 Par conséquent, il se justifie de fixer les frais de la procédure A-1348/2022 à 1'500 francs et de mettre ces frais solidairement à la seule charge des recourants 1 à 3. Ce montant devra être versé sur le compte du Tribunal dans les 30 jours à compter de l'entrée en force du présent arrêt.
(Le dispositif est porté à la page suivante).
Le recours de la recourante 3 est irrecevable. Les recours des recourants 1 et 2 ainsi que des recourantes 4 et 5 sont rejetés dans la mesure de leur recevabilité.
Les frais de la procédure A-646/2020 sont mis à la charge des recourants. Ils sont supportés à hauteur de 1'500 francs par les recourants 1 à 3 (solidairement avec les recourants 2 à 6 de la procédure A-646/2020), à hauteur de 1'500 francs par la recourante 4 et à hauteur de 1'500 francs par la recourante 5. Ils sont compensés par les avances de frais respectives, de même montant, déjà prestées dans le cadre de la procédure A-646/2020.
Les frais de la procédure A-1348/2022, d'un montant de 1'500 francs, sont solidairement mis à la charge des recourants 1 à 3. Ce montant doit être versé sur le compte du Tribunal après l'entrée en force du présent arrêt. Le délai de paiement est de 30 jours à compter de la date de facturation. Le bulletin de versement sera envoyé par courrier séparé.
Il n'est pas alloué de dépens pour les procédures A-646/2020 et A-1348/2022.
Le présent arrêt est adressé aux recourants, à l'intimée, à l'autorité inférieure et au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication DETEC.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège : Le greffier : Claudia Pasqualetto Péquignot Julien Delaye
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :