Entscheiddatum: 18.03.2010Publikationsdatum: 12.04.2010
Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-1379/2007
{T 0/2}
Arrêt du 18 mars 2010
Composition
Pascal Mollard (président du collège), Daniel Riedo, Marianne Ryter Sauvant, juges,
Marie-Chantal May Canellas, greffière.
Parties
X._______, ***,
représentée par Maître Nicolas Urech, avocat, ***,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
taxe sur la valeur ajoutée (TVA); OTVA et aLTVA; périodes du 1er mai au 31 décembre 2000 et du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002 (taxation par estimation; restaurant).
A.
X._______ exploite, à l'enseigne de ***, un restaurant de spécialités orientales à ***, qu'elle a repris d'un précédent tenancier. Elle a été immatriculée le 1er mai 2000, date à laquelle elle a débuté l'exploitation de ce commerce, au registre de l'Administration fédérale des contributions (AFC), en qualité d'assujettie à la taxe sur la valeur ajoutée.
B.
A l'occasion d'un contrôle qui s'est déroulé les 26 et 27 septembre 2002, l'AFC a relevé diverses irrégularités dans la comptabilité tenue par l'intéressée. Les recettes n'étaient reportées qu'une fois par mois dans le livre de caisse. En 2000, des achats de viande réalisés auprès du fournisseur ***, totalisant Fr. 51'370.-, n'avaient pas été comptabilisés. Le chiffre d'affaires mentionné dans le décompte TVA afférent au 1er trimestre 2002 présentait une différence de Fr. 10'000.- par rapport au chiffre d'affaires comptabilisé. De surcroît, les marges brutes différaient sensiblement suivant les périodes contrôlées et s'avéraient insuffisantes au regard des chiffres d'expérience. Sur la base du coût des matières premières de l'entreprise concernée (adjonction faite des achats de viande non comptabilisés sur l'année 2000) et tenant compte d'une marge brute évaluée à 60 %, l'AFC a reconstitué par appréciation les chiffres d'affaires que X._______ avait réalisés du 1er mai 2000 au 30 juin 2002. Elle a émis deux décomptes complémentaires. Le premier porte sur un montant d'impôt de Fr. 18'561.- et est relatif à la période du 1er mai 2000 au 31 décembre 2000. Le second totalise Fr. 15'133.- et est afférent à la période du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002. Ces sommes portent intérêt dès le 30 septembre 2001. L'AFC a confirmé la créance fiscale par décisions formelles du 24 octobre 2002.
C.
Le 12 novembre 2002, X._______ a formé réclamation contre ces prononcés, contestant à la fois le droit de l'AFC de procéder à une estimation, ainsi que les bases de calcul retenues dans ce contexte. Elle a notamment expliqué que la différence de chiffre d'affaires constatée au cours de l'année 2000 provenait de « marchandise(s) livrée(s) à des tiers à (son) nom, mais directement payée au fournisseur par (ses) clients lors de mariages et/ou de réceptions », ajoutant que cela s'était produit quelques fois en 2000 et 2001. A l'appui, elle a produit un extrait de compte de son fournisseur - *** - dont il résulte qu'il lui a facturé Fr. 79'190.55 pour ses achats de viande entre le 1er mai et le 31 décembre 2000. Par ailleurs, sa marge brute oscillait entre 45 et 50 %, et ne s'élevait donc pas à 60 %, comme retenu par l'autorité inférieure. Il convenait en effet de tenir compte non seulement des achats de nourriture, mais également des achats de matériel divers. Pour finir, la responsabilité de la différence de chiffre d'affaires de Fr. 10'000.- entre sa comptabilité et les décomptes TVA incombait à sa fiduciaire, ainsi que cette dernière le reconnaissait d'ailleurs dans l'une de ses lettres produite à ce propos.
Le 5 octobre 2006, l'AFC a demandé à X._______ de lui transmettre une série d'informations et de documents destinés à prouver le montant des achats effectués auprès de *** (à savoir les noms et adresses des tiers auxquels ont été livrées les marchandises prétendument achetées en son nom, le montant de ces livraisons, la preuve que celles-ci ont été payées par les tiers en question et une attestation valablement signée confirmant que l'intéressée n'avait pas déduit dans ses décomptes trimestriels l'impôt préalable grevant ces livraisons). Le 18 décembre 2006, l'intéressée a produit certaines pièces.
D.
Par décisions du 18 janvier 2007, relatives à la période du 1er mai 2000 au 31 décembre 2000, respectivement à celle du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002, l'AFC a rejeté la réclamation de l'intéressée, cette dernière n'ayant pas démontré de manière convaincante le caractère infondé ou erroné de la taxation par estimation. Pour répondre à certains griefs émis à son encontre, l'AFC a relevé qu'elle s'était écartée des données d'expérience (marge de bénéfice brut de 70 % environ dans la branche en question), pour tenir compte de la situation particulière de l'intéressée, laquelle avait réalisé une marge de bénéfice brut de 40 % en 2000, de 46 % en 2001 et de 59 % en 2002. Au regard des données d'expérience plus élevées, la marge de bénéfice brut de 60 % (arrondie) n'apparaissait donc pas exagérée.
E.
Le 18 février 2007, X._______ a écrit à l'AFC pour solliciter « une prolongation de délai d'environ 10 jours concernant (son) recours ». Ce courrier a été transmis par l'AFC au Tribunal administratif fédéral, comme objet de sa compétence. Le 22 février 2007, elle a déclaré faire recours contre les décisions précitées, par l'intermédiaire de son mandataire, nouvellement constitué. Ce dernier a sollicité un délai au 31 mars 2007, afin de réunir les pièces justificatives nécessaires.
F.
Le 13 mars 2007, le Tribunal administratif fédéral a fait savoir à l'intéressée que sa correspondance du 18 février 2007 pouvait être traitée comme un recours, puisqu'elle avait été déposée à temps, au contraire du courrier ultérieur du 22 février 2007, que toutefois il lui incombait de régulariser son recours, déficient quant à sa motivation et à ses conclusions, à défaut de quoi ce dernier serait déclaré irrecevable.
Le 19 mars 2007, X._______ a régularisé son recours et produit certaines attestations, censées confirmer des achats « effectués par des tiers au nom de X._______, afin de bénéficier de remises ».
Le 21 mai 2007, l'AFC a déclaré renoncer à déposer une réponse.
G.
Le 22 juin 2007, X._______, agissant par l'intermédiaire d'un nouveau mandataire, a produit une attestation supplémentaire, à verser au dossier. Elle a en outre requis et obtenu la possibilité de compléter ses arguments par le biais d'un mémoire complémentaire.
Le 21 septembre 2007, X._______ a déposé une réplique. Elle a critiqué l'absence de pièce probante, censée démontrer le montant des achats qu'elle aurait prétendument effectués, d'après l'AFC, auprès de ***. Selon elle, ces achats ne se monteraient pas à Fr. 130'241.-, comme le retenait l'autorité inférieure, mais à Fr. 79'190.55, ce qui serait corroboré par un décompte de ce fournisseur. Elle a au surplus contesté les coefficients expérimentaux évoqués par l'AFC et précisé que sa marge brute avait été affectée par des débuts d'exploitation difficiles. Finalement, elle a conclu à ce que le chiffre d'affaire déterminant pour l'année 2000 soit réduit de Fr. 49'500.- et à ce que les coefficients expérimentaux ayant influé sur l'estimation soit ramenés « à ce que Justice dira ».
L'AFC a déposé deux mémoires de duplique le 31 octobre 2007, dont le premier a trait à la période du 1er mai au 31 décembre 2000 et le second à celle du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002. Elle a justifié le principe-même d'une taxation par estimation ainsi que son calcul, soulignant qu'elle s'était affranchie des données d'expérience au profit des chiffres effectifs ressortant de la comptabilité de l'intéressée. S'agissant de la période fiscale allant du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002, elle a conclu au rejet du recours. Concernant en revanche la période fiscale du 1er mai 2000 au 31 décembre 2000, elle est revenue sur son appréciation initiale. En effet, vérification faite auprès du fournisseur de la recourante, il s'est avéré que le montant de Fr. 130'294.35 reflétait les achats effectués durant toute l'année 2000 et non seulement au cours de la période déterminante. Le montant correct s'élevait dès lors à Fr. 79'190.55 (TVA incluse) et, de facto, l'écart entre les achats décomptés et comptabilisés pour cette même période se montait uniquement à Fr. 1'513.- (TVA exclue). La reprise fiscale relative à cette période devait donc être corrigée, à hauteur de Fr. 9'213.-.
Les autres faits pertinents seront exposés en tant que besoin dans les considérants qui suivent.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33 et 34 LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'AFC peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, les décisions de l'autorité inférieure ont été rendues le 18 janvier 2007. Certes, le "recours" du 22 février 2007 a été déposé tardivement, au regard du délai prescrit à l'art. 50 PA. Cela étant, la recourante avait adressé une lettre à l'AFC le 18 février 2007, soit dans le délai légal, où transparaît sa volonté de faire recours. Compte tenu de ce qui précède, cette missive a été transmise à juste titre au Tribunal de céans comme objet de sa compétence. L'intéressée a par ailleurs régularisé ce recours, déficient quant à sa motivation et quant à ses conclusions, le 19 mars suivant, soit dans le délai qui lui a été concédé à cette fin. Tel quel, le recours satisfait ainsi aux exigences posées à l'art. 52 PA. Il est par conséquent recevable et il convient d'entrer en matière.
1.2
1.2.1 La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne la période du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002, la présente cause tombe ainsi matériellement sous le coup de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300). S'agissant de la période du 1er mai 2000 au 31 décembre 2000, ce sont les dispositions de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) qui trouvent application (art. 93 et 94 aLTVA).
1.2.2 Le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA, comme le prescrit l'art. 113 al. 3 LTVA. Cette disposition doit être interprétée restrictivement, étant donné que, selon la jurisprudence du Tribunal de céans, seules les nouvelles règles qui traitent de la procédure au sens étroit doivent être appliquées aux procédures pendantes. Le recours à l'art. 113 al. 3 LTVA ne doit donc pas, sous le seul prétexte de règles de procédure, conduire à une application du nouveau droit matériel à des états de faits révolus sous l'ancien droit (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1113/2009 du 24 février 2010 consid. 1.3). Dans l'arrêt précité, il a ainsi été jugé que les thèmes suivants, notamment, ne relevaient pas du droit de procédure, à savoir l'obligation de tenir une comptabilité, le principe de l'auto-taxation, la taxation par estimation et les intérêts moratoires. S'agissant de ces matières, les juges ont donc fait application de l'ancien droit. Dans la présente affaire, les art. 70, 71, 72, 79 ou 87 LTVA ne sont dès lors pas applicables, malgré le fait qu'ils figurent sous le titre "Procédure applicable à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et à l'impôt sur les acquisitions".
1.2.3 La question de l'application des règles procédurales du nouveau droit serait également susceptible de se poser, s'agissant de l'art. 81 LTVA, qui dispose désormais que (al. 1) la PA est applicable, à l'exclusion de son art. 2 al. 1 et que (al. 3) le principe de la libre appréciation des preuves est applicable, l'acceptation d'une preuve ne devant, par ailleurs, pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuve précis. Cela étant, dans la mesure où l'interprétation de l'art. 113 al. 3 LTVA n'admet que le nouveau droit de procédure au sens étroit, il prime l'application de l'art. 81 LTVA qui ne contient, lui, aucune règle de droit transitoire. D'une part, s'agissant de l'appréciation des preuves, l'art 81 al. 3 LTVA n'entre donc pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel (et les règles de procédure y relatives) demeure applicable en application de l'art. 113 al. 3 LTVA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4417/2007 du 10 mars 2010 consid. 1.3.2). Par ailleurs, pour les cas pendants, l'art. 81 al. 1 LTVA n'a pas véritablement de portée propre. En effet, il convient de rappeler que l'application de la PA, c'est-à-dire des principes constitutionnels qui y ont trouvé leur expression, est déjà largement la règle devant le TAF (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-710/2007 du 24 septembre 2009 consid. 2.2) et que la non-application des art. 12 ss PA ne signifie pas l'exclusion des mesures d'instruction qui y sont énumérees (voir l'interprétation historique de l'art. 2 al. 1 PA in: arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1560/2007 du 20 octobre 2009 consid. 3.1 et A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 3.2). Enfin, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in: Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 1126 ch. 157).
1.3 D'après l'art. 24 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4 PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent les mêmes questions de droit (cf. André Moser / Michael Beusch / Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 3.17), une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (cf. ATF 131 V 224 consid. 1, ATF 128 V 126 consid. 1 et les références citées, ATF 122 II 368 consid. 1a). Dans le même sens, si deux recours se dirigent contre la même décision, qu'ils concernent les mêmes parties et les mêmes questions de droit, il convient, pour des raisons d'économie de procédure, de les traiter ensemble (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1478/2006 et A-1477/2006 du 10 mars 2008 consid. 2).
En l'occurrence, la recourante a déposé un recours à l'encontre de deux décisions rendues sur réclamation par l'AFC. Celles-ci présentent une étroite unité dans les faits et posent les mêmes questions de droit, relatives à la taxation par estimation à laquelle l'AFC a procédé. Le fait qu'elles concernent des périodes fiscales distinctes, l'une réglant la question précitée sous l'angle de l'aOTVA pour les périodes fiscales allant du 1er mai au 31 décembre 2000 et la seconde réglant la même question mais cette fois sous l'angle de l'aLTVA pour les périodes allant du 1er janvier 2001 au 30 juin 2002, ne modifie en rien ce qui précède. Il convient ainsi de procéder à une jonction de causes, sans qu'il se justifie de rendre une décision incidente de jonction séparément susceptible de recours (art. 46 al. 1 let. a PA a contrario), celle-ci ne pouvant causer aucun préjudice irréparable. Partant, il convient de réunir les causes A-1700/2007 et A-1379/2007 et de rendre un seul arrêt en la matière.
1.4 L'objet du litige porte sur la reprise fiscale afférente à la période du 1er mai 2000 au 30 juin 2002, laquelle résulte d'une taxation par estimation, à la suite d'un contrôle sur place. Le principe de cette taxation par estimation n'est pas remis en cause par la recourante. En revanche, le calcul de celle-ci est litigieux.
Il convient de rappeler à ce stade que l'AFC a recomposé le chiffre d'affaires de la recourante sur la base de ses achats de matières premières, en appliquant à ceux-ci un coefficient de marge brute de 60 %. Cela étant, il s'est avéré - au cours de l'échange d'écritures - que la recourante n'avait pas acquis, durant l'année 2000, autant de marchandises de son fournisseur, ***, que l'AFC l'avait initialement retenu (Fr. 130'241.-). Sur le vu d'un décompte d'achats relatif à la période du 1er mai au 31 décembre 2000 totalisant Fr. 79'190.55, l'AFC a admis que l'écart entre les achats décomptés et ceux comptabilisés ne se montait pas à Fr. 51'370.-, comme retenu de prime abord, mais à Fr. 1'513.-, la reprise fiscale relative à la période en question devant donc être ramenée à Fr. 9'213.- (cf. duplique de l'AFC du 31 octobre 2007). L'AFC a donc a donné raison à la recourante, en ce sens que seul le décompte du fournisseur relatif à la période du 1er mai au 31 décembre 2000 s'avère pertinent, à l'exclusion de celui portant sur toute l'année 2000. Il s'ensuit que certaines des mesures d'instruction requises par la recourante dans sa réplique, à savoir la requête de production des pièces démontrant que *** aurait "comptabilisé un chiffre d'affaires à la recourante de Fr. 130'241.- pour 2000" et celle tendant à ce qu'elle "explique la différence entre le chiffre d'affaires qu'elle aurait comptabilisé au nom de X._______ pour 2000 (...) et celui qu'elle indique dans son relevé du 17.10.2002 pour la période du 1.05.2000 au 31.12.2000" n'ont plus d'utilité pratique. Le Tribunal de céans peut donc y renoncer, par anticipation des preuves.
Cela étant, le litige relatif au calcul estimatif n'est pas résolu pour autant. Il n'est ainsi pas possible de retenir que la taxation par estimation de l'une ou l'autre des périodes fiscales précitées n'est plus litigieuse. D'autres paramètres interviennent en effet dans le calcul et sont expressément contestés.
Afin de procéder à une analyse en bonne et due forme du cas d'espèce, le Tribunal de céans rappelera tout d'abord certaines obligations de l'assujetti, parmi lesquelles l'auto-taxation (cf. consid. 2 ci-après). Il traitera ensuite des conditions auxquelles la taxation par estimation est subordonnée (cf. consid. 3 ci-après), de la méthode d'estimation (cf. consid. 4 ci-après) et enfin du contrôle de la taxation par estimation par le Tribunal administratif fédéral (cf. consid. 5 ci-après).
2.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 37 aOTVA et art. 46 aLTVA; cf. ERNST BLUMENSTEIN / PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421 ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et de verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte, sans que l'administration n'ait à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Ed. française par marco Molino, Berne 1996, p. 270). L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant. Il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 [Commentaire DFF], p. 38; arrêt du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.4, A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 2, A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.4, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 2.1).
2.2 Selon l'art. 47 al. 1 aOTVA, respectivement l'art. 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des « Instructions à l'usage des assujettis TVA » de l'automne 1994 et du printemps 1997 (Instructions 1997, ch. 870 ss), respectivement avec la brochure « TVA Organisation comptable » de février 1994. L'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (art. 47 al. 1 aOTVA en relation avec le ch. 882 des Instructions, respectivement la brochure TVA « Organisation comptable », p. 11; arrêt du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 3.1; Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 66 p. 67 consid. 2a ; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 64.83 consid. 2, 63.94 consid. 4a, 63.25 consid. 3a; TVA-Journal 4/98, p. 168 ss, consid. 6a/a). Les Instructions 2001 sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA, ont repris les mêmes principes (cf. ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008 II p. 20 ss consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.5.2, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 3.1, A-3678 et A-3680/2007 du 18 août 2009 consid. 2.2).
Selon les Instructions, les livres comptables doivent être adaptés à la nature et à l'importance de l'entreprise. Ainsi, il est nécessaire dans certains cas de tenir des livres de contrôle et des livres auxiliaires (cf. Instructions 1997, ch. 873; Instructions 2001, ch. 882). Toutes les recettes et toutes les dépenses doivent être enregistrées, chronologiquement, avec un libellé approprié, dans les livres de caisse, de compte de chèques postaux et de banque. Ces enregistrements doivent être additionnés de façon suivie et les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, les avis de situation de l'office des chèques postaux et les extraits de comptes bancaires (cf. Instructions 1997, ch. 874; Instructions 2001, ch. 884).
La tenue détaillée et chronologique d'un livre de caisse répond à des exigences particulièrement hautes (cf. à ce sujet HANS GERBER, die Steuerschätzung [Veranlagung nach Ermessen], in Revue fiscale 1980 p. 306). Si un livre de caisse est censé apporter la preuve de l'exactitude des paiements intervenus, il y a lieu d'exiger que les entrées et les sorties d'argent liquide soient indiquées sans exception, de manière suivie et par ordre chronologique, et qu'elles soient comparées à un extrait de caisse tous les jours, dans les entreprises qui recourent intensivement à des paiements en liquide. C'est seulement de cette manière qu'il est possible de garantir que les liquidités encaissées soient enregistrées de manière complète (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 3.1, 2A.657/2005 du 9 juin 2006 consid. 3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 3.4, A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 2.2, A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5 et les réf. citées).
2.3 Conformément à l'art. 47 al. 2 aOTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. S'agissant du mode de conservation, l'art. 962 al. 2 CO (respectivement l'art. 957 al. 1 CO depuis la révision de la comptabilité commerciale, en vigueur depuis le 1er juin 2002 [cf. le Message du Conseil fédéral du 31 mars 1999 in FF 1994 4753]), demeure réservé, étant précisé que certains contribuables ne sont pas tenus de s'inscrire au registre du commerce et ne sont donc pas astreints à tenir une comptabilité.
A ce propos, le Conseil fédéral a rappelé, dans son message précité relatif à la révision de la comptabilité commerciale, que les dispositions du CO concernant la conservation des livres sont également importantes pour les artisans et les entreprises qui ne sont pas obligés par le CO à tenir une comptabilité, car les dispositions du droit commercial relatives à l'obligation de tenir et de conserver les livres s'appliquent également en droit fiscal, la révision ne changeant rien à cette situation car il ne serait pas judicieux de renoncer à l'unité du droit commercial et du droit fiscal (FF 1994 4763, qui renvoie aux Directives applicables en matière fiscale pour la tenue régulière de la comptabilité et relatives à l'enregistrement ainsi qu'à la conservation des documents commerciaux sur des supports de données ou d'images, publiées en 1979 et qui constitue l'exemple le plus frappant des effets du droit commercial sur le droit fiscal, selon le Conseil fédéral). Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 47 al. 2 in fine aOTVA; cf. également les ch. 938 ss. des Instructions 1997).
Sous l'angle de l'aLTVA, l'art. 58 al. 2 aLTVA reprend pour l'essentiel les termes de l'aOTVA mais la durée de conservation des pièces a été portée à dix ans (à ce sujet, cf. les ch. 943 ss des Instructions 2001; WILLI LEUTENEGGER, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58 aLTVA).
3.1 Aux termes de l'art. 48 aOTVA, respectivement 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4 et 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.1, A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.6.1, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 4.1, A-6552/2007 et A-7166/2007 du 19 mai 2009 consid. 4.1).
La taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité (cf. PASCAL MOLLARD, TVA et taxation par estimation, Archives vol. 69 p. 547). Elle représente la suite logique de l'art. 50 aOTVA, respectivement de l'art. 62 aLTVA, qui enjoint à l'AFC de contrôler que les assujettis remplissent leurs obligations (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 5.1, A-3678/2007 et A-3680/2007 du 18 août 2009 consid. 2.3, A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 2.3 et A-1549/2006 du 16 mai 2008 consid. 2.3; MOLLARD, op. cit., p. 519). Il convient en effet d'éviter que les cas où le contribuable se soustrait à son obligation de coopérer ou dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants, voire inexistants, ne se soldent par une perte d'impôt (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 5.2 et A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 3.2).
3.2 Il s'agit de distinguer les constellations de cas suivants, qui mènent à une taxation par estimation, selon l'art. 48 aOTVA, respectivement l'art. 60 aLTVA.
3.2.1 Tout d'abord, il y a taxation par estimation lorsque sont en cause des violations de règles formelles concernant la tenue de la comptabilité, en particulier lorsqu'elles sont d'une gravité telle qu'elles remettent en cause la véracité matérielle des résultats comptables (cf. entre autres : arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.6.2, A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 5.1, A-3678/2007 et A-3680/2007 du 18 août 2009 consid. 3.1).
3.2.2 Ensuite, même une comptabilité tenue de manière formellement correcte peut conduire à une estimation, lorsque les résultats ne correspondent manifestement pas à la réalité. Tel est le cas lorsque des indices laissent apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise (cf. MOLLARD, op. cit., p. 544 et les réf. citées). Selon la jurisprudence, cette situation se présente également lorsque les résultats commerciaux résultant des livres comptables s'écartent de manière importante des coefficients expérimentaux recueillis par l'AFC et spécifiques à la branche en question, étant encore précisé que l'assujetti n'est alors pas en mesure de démontrer - ou à tout le moins de rendre vraisemblables - des circonstances particulières à l'origine de cette différence (cf. entre autres : arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.6.2, A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 5.1, A-3678 et A-3680/2009 du 18 août 2009 consid. 3.1; MOLLARD, op. cit, p. 544).
3.2.3 Peu importent en revanche les causes de la déficience de la comptabilité, qu'elles soient d'ordre personnel ou concernent l'entreprise elle-même (cf. Archives vol. 48 p. 490 consid. 1, vol. 46 p. 131 consid. 2), de même - par exemple - lorsqu'elles sont liées à la défaillance du comptable ou de la fiduciaire de l'assujetti (cf. Archives vol. 46 p. 131 consid. 2; vol. 46 p. 456 consid. 1; MOLLARD, op. cit., p. 545 ch. 3.1.2).
4.1 Si les conditions sont remplies, dans le cadre de cette taxation par estimation, l'autorité doit établir l'état de fait sur la base de la vraisemblance (cf. BLUMENSTEIN/LOCHER, op. cit., p. 404 et les réf. citées). Elle doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause, qui se fonde sur des données plausibles et dont le résultat se rapproche le plus possible de la situation réelle (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2, 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.5.2, A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.2, A-746/2007 du 6 novembre 2009 consid. 4.1, A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.7.2; JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b ; Mollard, op. cit., p. 547 ss).
4.2 Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 3.2.3, A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.2, A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.7.2; Mollard, op. cit., p. 526 ss; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève-Zurich-Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées).
Parmi ces méthodes, la méthode par extrapolation consiste à établir le chiffre d'affaires pour un court laps de temps par voie de reconstruction et à en appliquer le résultat obtenu à une période plus longue, voire à toute la période contrôlée. Il y a lieu de se souvenir que l'AFC ne peut l'appliquer de manière arbitraire et qu'elle est aussi soumise à certaines conditions qu'il lui appartient de respecter. Ainsi, cette méthode est admissible pour autant que les défauts constatés et les circonstances déterminantes (notamment la marche des affaires et la politique de l'entreprise) prévalant pour la courte période contrôlée se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation, afin que le résultat obtenu apparaisse vraiment représentatif (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2 et 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.2 et 4.3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4146/2009 du 9 mars 2010 consid. 3.4, A-746/2007 du 6 novembre 2009 consid. 4.3, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 4.2, A-1596 du 2 avril 2009 consid. 2.5; Mollard, op. cit., p. 552 ch. 3.2.2.2.3). Cela étant, un faisceau d'indices, selon lesquels les circonstances déterminantes étaient les mêmes durant les périodes sujettes à extrapolation et durant la période contrôlée, peut suffire (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 5.2.3 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.4 et 5.3).
4.3 En revanche, l'AFC n'a pas le devoir de parvenir à un chiffre d'affaires réel, puisqu'une estimation, par nature, ne peut jamais y conduire. La taxation par estimation repose en effet, nécessairement, sur des suppositions. Il ne pourra donc s'agir que d'une constatation approximative du véritable état de fait (cf. MOLLARD, op. cit., p. 547 s.).
5.1 Le Tribunal administratif fédéral examine sans réserve si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.6.1, A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.3, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 4.3; dans le même sens, s'agissant du pouvoir d'examen du Tribunal fédéral : arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 1.4). Dans ce contexte, il appartient à l'AFC d'apporter la preuve des conditions permettant de procéder à une taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3678 et A-3680/2007 du 18 août 2009 consid. 3.1, A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 3.1, A-1578/2006 du 2 octobre 2008 consid. 5.3; BLUMENSTEIN/LOCHER, op. cit., p. 454).
5.2
5.2.1 En revanche, si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies et qu'il s'agit d'examiner le calcul de celle-ci, le Tribunal administratif fédéral s'impose une certaine retenue (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.6.1, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 4.3, A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 6.2), confirmant en ce sens la jurisprudence de la CRC (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3). S'agissant de la méthode appliquée, de son choix, des bases de calcul et de leur mélange, seul un excès ou un abus du pouvoir d'appréciation - autant dire l'arbitraire - ainsi que la violation des principes et des droits constitutionnels peuvent être raisonnablement envisagés (cf. MOLLARD, op. cit. p. 556; dans le même sens, s'agissant du pouvoir d'examen du Tribunal fédéral : arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 1.4).
5.2.2 Dans ce contexte, il convient de rappeler que c'est à l'assujetti qu'il revient d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_426/2008, 2C_432/2008 et 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2, 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.2 et 2A.580/1999 du 21 juin 2000; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.6.2, A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.3, A-746/2007 du 6 novembre 2009 consid. 5.2; JAAC 64.47 consid. 5b in RDAF 2000, 2e partie, p. 350). Est manifestement erronée toute appréciation qui n'a pas pris en considération des points de vue essentiels ou les a interprétés de manière inexacte (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 1.4 et 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 1.4). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2A.693/2006 du 26 juillet 2007, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6148/2007 du 7 décembre 2009 consid. 4.3 et A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 4.3; JAAC 67.82 consid. 4a/cc; MOLLARD, op. cit., p. 548). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente.
En l'espèce, il y a lieu d'aborder la problématique en deux temps, c'est-à-dire tout d'abord de déterminer si la taxation par estimation a eu lieu à bon droit (cf. consid. 6.1 ci-après) et, ensuite, si ses résultats peuvent être confirmés (cf. consid. 6.2 ci-après).
6.1
6.1.1 Comme déjà souligné (consid. 1.4 ci-avant), la recourante n'a pas remis en cause, dans son recours, le principe de la taxation par estimation, qui n'apparaît donc pas (ou plus) litigieux. Il ressort en effet du courrier de la recourante au Tribunal de céans du 19 mars 2007, qu'elle conteste « la manière dont (l'AFC) a évalué le chiffre d'affaires (...) » et requiert le Tribunal de céans de « revoir ces taxations sur la base des nouveaux éléments fournis et permettant de rétablir une situation plus équitable de la taxation ». Dans sa réplique, elle développe par ailleurs des arguments concernant le coût d'acquisition des marchandises vendues afférent à l'année 2000 ainsi que le coefficient de marge brute appliqué par l'AFC (60 %). Elle ne soutient donc pas qu'une taxation par estimation n'a pas lieu d'être. Il s'ensuit que le Tribunal de céans n'a pas à se prononcer sur ce point.
6.1.2 Bien qu'il n'ait pas à traiter cette problématique, le Tribunal de céans tient tout de même à relever qu'il n'y a, en effet, aucun argument qui fait obstacle à une taxation par estimation, dans le cas présent.
Tout d'abord, en effet, la comptabilité n'était pas tenue de manière formellement correcte (cf. consid. 3.2.1 ci-avant). Ainsi que l'a constaté l'AFC, les recettes de la recourante étaient reportées dans le livre de caisse uniquement une fois par mois, durant l'ensemble des périodes fiscales contrôlées. Ensuite, la recourante a omis de déclarer Fr. 10'000.- de chiffre d'affaires qu'elle a réalisés au cours du 1er trimestre 2002 (cf. annexe au décompte complémentaire n° ***), ce que l'intéressée ne conteste nullement (voir, pour un cas comparable de fausse déclaration justifiant une taxation par estimation : arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4146/2009 du 9 mars 2010 consid. 4.1).
S'y ajoute aussi le fait que la marge brute de la recourante fluctue de manière importante en fonction des périodes contrôlées (40 % pour l'année 2000, 46 % pour l'année 2001 et quasi 59 % pour l'année 2002, sur la base du coût des matières et du chiffre d'affaires comptabilisés), sans explication cohérente. Dans ses écritures, la recourante fait, certes, valoir que sa marge brute a été affectée par des débuts d'exploitation difficiles. Ses explications ne sont, cependant, étayées par aucun élément probant. Il en va ainsi de l'assertion selon laquelle, par exemple, elle aurait dû acquitter certaines factures qui avaient été adressées à l'ancien exploitant et étaient demeurées impayées (cf. sa réplique, p. 4), étant encore précisé qu'il faudrait de surcroît - pour que la marge brute en soit affectée - que ces factures figurent dans le décompte du fournisseur relatif à la période du 1er mai au 31 décembre 2000 et qu'elle n'ait pas elle-même disposé de la marchandise facturée. Elle ne démontre pas non plus avoir été contrainte de comprimer les prix de vente, au début de son exploitation, comme elle l'affirme.
Il s'ensuit que, même si l'on fait abstraction du problème de la comptabilisation complète ou non des achats effectués auprès du fournisseur *** en 2000, résolu au terme de l'échange d'écritures (seul un montant de Fr. 1513.- n'ayant finalement pas été comptabilisé), des indices laissent apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique réelle de l'entreprise. Cette conclusion est corroborée par les affirmations de la recourante elle-même, selon laquelle elle n'avait aucun contrôle sur la caisse et ne pouvait garantir l'exactitude de rentrées financières, durant les deux premières années d'exploitation (cf. courrier de la recourante à l'AFC du 12 novembre 2002, pièce n° 5 du dossier de l'AFC).
Dans ces conditions, l'AFC était dès lors parfaitement fondée à procéder à une taxation par estimation.
6.1.3 L'AFC a également justifié cette démarche par le fait que marge brute de la recourante était bien inférieure aux coefficients expérimentaux recueillis par ses soins dans la branche en question (70 % environ), argument qui peut être laissé de côté dans la mesure où il ne fait que confirmer la conclusion précitée, selon laquelle la taxation par estimation est intervenue à bon droit. Il est ainsi inutile d'engager le débat quant à la pertinence de ces coefficients dans le cas d'espèce. Par voie de conséquence, il n'y a pas lieu de donner suite, dans ce contexte, à la requête de la recourante, tendant à ce que l'autorité intimée indique de manière précise comment elle détermine les coefficients expérimentaux, en précisant quels sont les types d'établissements comparés à celui de la recourante (cf. réplique p. 4). Quelles que puissent être les informations que l'AFC pourrait donner à ce sujet, elles ne modifieraient en rien les conclusions résultant du consid. 6.1.2 ci-avant. Demeurera cependant encore à examiner s'il convient de faire droit à cette requête, dans le cadre de l'examen des résultats de la taxation par estimation (consid. 6.2 ci-après).
6.2 En ce qui concerne l'exécution de l'estimation, il faut distinguer deux périodes, à savoir celle du 1er janvier au 30 juin 2002 (cf. consid. 6.2.1 ci-après) et celle du 1er mai 2000 au 31 décembre 2001 (cf. consid. 6.2.2 ci-après).
6.2.1 S'agissant tout d'abord de la période du 1er janvier 2002 au 30 juin 2002, l'AFC a relevé que la recourante avait omis de déclarer Fr. 10'000.- de chiffre d'affaires au cours du premier trimestre de l'année en question, sur lequel elle a repris l'impôt, correspondant à Fr. 706.30. Ce montant n'a pas été estimé et n'est d'ailleurs pas contesté par la recourante. A cela s'ajoute que l'AFC a corrigé par estimation le chiffre d'affaires de cette période. Elle a procédé en partant du coût des matières premières de la recourante, auquel elle a appliqué une marge brute qui ne correspond pas exactement à celle atteinte par cette dernière durant la période en question. En effet, la recourante réalisait une marge brute de 58.38 % (cf. rapport de révision, pièce n° 2 du dossier de l'AFC), alors que l'AFC l'a arrondie à 60 %. La différence de chiffre d'affaires de Fr. 17'391.-, résultant de cette correction de la marge brute, est à l'origine d'un rappel d'impôt de Fr. 1'321.70 (cf. annexe au décompte complémentaire n° *** du 27 septembre 2002). Sous cet angle et pour deux raisons essentielles, le recours ne résiste pas à l'examen.
6.2.1.1 D'une part, l'AFC n'a pas fait appel à des coefficients expérimentaux, dans le cadre du calcul (cf. consid. 4.2 ci-avant). Le fait que la marge de la recourante ait été arrondie (à 60 %) n'est pas assimilable au recours à des chiffres d'expérience. D'ailleurs, ces derniers se révèlent apparemment bien supérieurs à la marge susdite, puisque, selon les données avancées par l'AFC, la marge brute atteindrait 70 % dans la branche en question. Cela étant, il faut bien dire que le procédé qui a consisté, pour l'AFC, à renoncer à se référer aux chiffres d'expérience, a été favorable à la recourante et que celle-ci ne saurait s'en plaindre. Il semble donc y avoir incompréhension de la part de cette dernière qui « s'oppose à l'application de coefficients expérimentaux qui lui ont été présentés comme une donnée intangible » (cf. réplique de la recourante, p. 3), sans discerner que ces coefficients n'ont pas été appliqués dans son cas. Cela étant, il n'y a pas lieu de requérir, ainsi que le souhaiterait la recourante, des informations tendant à déterminer comment l'AFC établit les coefficients expérimentaux en question, en particulier quels sont les types d'établissements qui ont été comparés au sien (cf. réplique de la recourante, p. 4, ch. II, Mesures d'instruction). En effet, ces indications ne changeraient rien à la solution du litige, puisque les coefficients litigieux n'ont pas eu d'influence dans le cadre du calcul. Le Tribunal de céans y renonce dès lors, par anticipation des preuves.
Certes, la marge que la recourante a réalisée durant la période du 1er janvier au 30 juin 2002 a été arrondie vers le haut (de 58,38 à 60 %). De manière générale, il ne saurait être question d'un semblable arrondi. Cela étant, dans la présente affaire, celui-ci se justifie dans la mesure où la comptabilité de l'intéressée ne présentait pas les garanties requises d'exhaustivité et ne constituait plus un outil parfaitement fiable. A cela s'ajoute que le décompte TVA de la recourante relatif à la période en question était également incomplet, puisque l'AFC a relevé que Fr. 10'000.- avaient été omis, toute estimation mise à part. Ces carences justifiaient de procéder à une reconstruction du chiffre d'affaires. Dans ces conditions, vu le pouvoir d'appréciation important de l'AFC, l'arrondi en question n'est pas critiquable.
6.2.1.2 D'autre part, la recourante ne prétend pas que l'AFC aurait dû s'en tenir à une marge brute de 58,38 %, qui ressort de sa comptabilité, même déficiente. Elle s'essaie plutôt à démontrer qu'elle réalisait une marge bien inférieure, de l'ordre de 48 %, ce qui se heurte à l'évidence résultant des chiffres afférents à la période du 1er janvier 2002 au 30 juin 2002 qui peuvent se trouver en-deçà de la réalité économique de la société, raison d'être de la taxation par estimation. Ses arguments trouveraient ainsi plutôt leur place dans l'examen du calcul estimatif des autres périodes fiscales, qui ont fait l'objet d'une extrapolation de l'AFC. Le Tribunal de céans y reviendra donc ci-après, dans ce contexte. Il faut rappeler, au surplus, que le Tribunal de céans ne revoit le calcul estimatif qu'avec retenue (cf. consid. 5.2.1 ci-avant). Ce n'est que si l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité qu'il devrait alors faire prévaloir son appréciation sur celle de l'instance précédente. Cette retenue demeure, malgré l'entrée en vigueur du nouveau droit de procédure au 1er janvier 2010 (cf. consid. 1.2 ci-avant), étant donné qu'elle est liée à l'ancien droit matériel. En outre, les conditions de la taxation étant données, la recourante supporte la preuve du caractère manifestement inexact des résultats de celle-ci (cf. consid. 5.2.2 ci-avant). Dans le cas présent, il apparaît que le calcul n'est pas manifestement incorrect, la recourante n'ayant - pour sa part - pas fait la démonstration d'une inexactitude manifeste. Elle doit donc supporter l'approximation qui peut résulter de l'estimation.
En conclusion, l'impôt réclamé par l'AFC pour la période fiscale du 1er janvier 2002 au 30 juin 2002 de Fr. 2'028.- (Fr. 1321.70 + Fr. 706.30; cf. annexe au décompte complémentaire n° ***) ne prête pas flanc à la critique. Le recours doit donc être entièrement rejeté pour dite période.
6.2.2 S'agissant par ailleurs de l'estimation de la période du 1er mai 2000 au 31 décembre 2001, l'AFC a procédé par extrapolation.
6.2.2.1 Plus précisément, l'AFC a reconstitué le chiffre d'affaires de la recourante, en se basant sur le coût des matières premières et sur une marge brute de 60 %, qui ne correspond pas du tout à celle atteinte durant la période en question, mais à celle de la période 1er janvier 2002 au 30 juin 2002, déjà examinée ci-avant (consid. 6.2.1). Appliquée à la période fiscale du 1er mai au 31 décembre 2000 et compte tenu des achats de marchandises manquants en comptabilité de Fr. 1'513.-, cette marge conduit à corriger le chiffre d'affaires de Fr. 122'844.- pour la période en question, d'où un impôt de Fr. 9'213.- (cf. duplique de l'AFC, p. 7). Pour la période allant du 1er janvier au 31 décembre 2001, la correction de la marge brute fait apparaître une différence de chiffre d'affaires de Fr. 172'442.-, montant sur lequel la TVA est due à hauteur de Fr. 13'105.60 (cf. annexe au décompte complémentaire n° ***).
6.2.2.2 Le Tribunal de céans relève que la méthode de l'extrapolation a été utilisée à bon droit, dans le cas présent, puisque les carences reprochées à la recourante affectent l'ensemble des périodes fiscales considérées. Il s'avère, en effet, que la comptabilité n'était pas tenue de manière formellement correcte, que ce soit durant la période du 1er janvier au 30 juin 2002 ou durant celle allant du 1er mai 2000 au 31 décembre 2001. Ajoutées à cela les fluctuations importantes et inexpliquées de la marge brute au cours des années en question, il existe un faisceau d'indices dont il faut conclure que la comptabilité ne reflétait pas la situation économique réelle de l'entreprise. Rien ne laisse penser, finalement, que la marche des affaires ait été fondamentalement différente durant la période contrôlée (du 1er janvier au 30 juin 2002) et durant celle sujette à extrapolation (du 1er mai 2000 au 31 décembre 2001). Certes, la recourante prétend qu'elle a connu des débuts d'exploitation difficiles, mais cette hypothèse n'a rien d'évident, si l'on considère - notamment - que la recourante a repris l'exploitation d'un précédent exploitant (cf. questionnaire pour l'enregistrement comme contribuable TVA, sous pièce n° 1 du dossier de l'AFC) et n'a pas créé une nouvelle enseigne. Encore faudrait-il, d'ailleurs, que l'assertion de la recourante soit étayée par des éléments autres qu'une comptabilité déficiente, ce qui n'est nullement le cas.
6.2.2.3 Il y a lieu ensuite de rappeler que l'AFC n'a pas fait appel aux coefficients d'expérience, dans le cadre de l'estimation de cette période fiscale, puisqu'elle s'est servi de la marge brute réalisée par la recourante durant une période fiscale ultérieure, même si celle-ci a été arrondie (cf. consid. 6.2.2.1 ci-avant). Les motifs déjà développés au consid. 6.1.3 ci-avant valent donc également dans ce contexte. En particulier, il n'y a pas lieu de donner suite à la requête de la recourante, tendant à savoir comment l'AFC a établi les coefficients expérimentaux prévalant dans la branche en question, puisque ceux-ci n'ont pas servi au calcul de la reprise d'impôt litigieuse.
6.2.2.4 Enfin, rien n'indique que le coefficient de marge brute (60 %) retenu par l'AFC soit manifestement inexact, étant encore rappelé que le Tribunal de céans ne revoit le calcul de l'estimation qu'avec retenue (cf. consid. 5.2.1 ci-avant). Bien au contraire, si l'on considère que cette marge brute correspond à celle atteinte par la recourante durant la période du 1er janvier 2002 au 30 juin 2002, à deux décimales près, le chiffre retenu apparaît comme une donnée fiable, parfaitement idoine, dès lors qu'il s'agit de reconstituer la comptabilité déficiente des périodes fiscales litigieuses.
6.2.2.5 Certes, la recourante a fait valoir - devant l'instance inférieure - que sa marge brute se montait en réalité à 48 % (cf. feuille de calcul établie par la recourante, sous pièce n° 5 du dossier de l'AFC), argument qu'elle a repris dans le cadre de son mémoire de réplique (cf. réplique p. 3 ch. 4). La recourante explique sa marge, laquelle apparaît relativement faible en comparaison de celle évoquée par l'AFC, par le fait qu'au coût d'achat de la viande vient s'ajouter celui du petit matériel nécessaire pour servir ce type de nourriture, tel que serviettes, assiettes, couteaux et fourchettes jetables (cf. courrier de la recourante à l'AFC du 12 novembre 2002, pièce n° 5 du dossier de l'AFC). Mais son grief se révèle totalement infondé. L'AFC s'est en effet basée sur le coût d'achat des matières premières et non seulement des achats de viande. Ainsi, par exemple pour l'année 2001, les livraisons de *** se montaient à Fr. 168'112.- alors que l'AFC a retenu que le coût des matières totalisait Fr. 264'915.- (cf. rapport de révision). Par ailleurs, la recourante se borne à présenter des chiffres sans les justifier d'une quelconque manière. Ceux-ci ne sont donc pas étayés par des documents tels que des factures, des relevés de comptes ou d'autres justificatifs. Compte tenu du fait que la recourante supporte le fardeau de la preuve du caractère manifestement inexact de la taxation (cf. consid. 5.2.2 ci-avant), et qu'elle ne s'est pas essayée à apporter la preuve requise par pièces, son point de vue doit être écarté.
6.2.2.6 Certes encore, il serait imaginable que la marge brute de la recourante ait été affectée si elle avait, par hypothèse, renoncé à percevoir une quelconque marge lors de la vente de nourriture à certains clients, pour des occasions telles que mariages et autres réceptions. Il est vrai que cette démarche de la recourante serait singulière, mais elle n'en serait pas pour autant inconcevable. Cela étant, la recourante n'allègue rien de tel.
Elle prétend bien que certaines personnes ont utilisé son nom pour passer commande auprès de son fournisseur, ***, mais cette assertion s'inscrit dans un cadre précis. Les attestations de clients qu'elle a fournies au Tribunal de céans visaient exclusivement à expliquer la différence entre les deux décomptes de son fournisseur, datés de l'année 2000, l'un totalisant Fr. 130'241.- et l'autre Fr. 79'190.55. Cette différence ayant été expliquée et résolue, les attestations en question n'ont pas d'autre ou plus ample pertinence.
De surcroît, la recourante elle-même a indiqué que les marchandises en question ne lui avaient pas été livrées par ***, mais qu'elles l'avaient été directement aux tiers clients, qui les avaient acquittées auprès du fournisseur précité (cf. réplique de la recourante p. 2 ch. 2). Si l'on suit ces explications, les factures y relatives ne devraient donc pas se trouver dans la comptabilité de la recourante, qui n'a ni passé commande ni réglé les marchandises en question. En bonne logique, l'impact sur la marge brute de cette dernière se révèle ainsi inexistant. D'ailleurs, la thèse selon laquelle ces achats, réalisés par des tiers directement auprès de ***, seraient inscrits dans la comptabilité de la recourante peut être écartée sur la base des chiffres à disposition du Tribunal de céans. En effet, le décompte de ce fournisseur fait état d'un total de Fr. 79'190.55 d'achats effectués par la recourante en l'an 2000. S'il fallait admettre que la majeure partie de ces achats, à savoir Fr. 49'500.- (montant résultant des attestations de tiers produites; cf. duplique de l'AFC p. 5), concernent de la marchandise revendue par la recourante sans prendre de marge, il faudrait alors retenir qu'elle a, par ailleurs, réalisé une marge brute de 84 % sur ses autres affaires, compte tenu du chiffre d'affaires qu'elle a comptabilisé durant la période en question (Fr. 237'536.-). L'incohérence de cette marge est manifeste, surtout compte tenu des tentatives d'explications de la recourante concernant la difficulté d'atteindre la marge usuelle dans la branche en question.
6.2.2.7 Il s'ensuit que la marge brute retenue par l'AFC apparaît correcte. Les chiffres sur lesquels l'AFC s'est par ailleurs fondée dans son calcul, à savoir le montant des achats de matières premières (une fois admis que seul le décompte du fournisseur portant sur la période du 1er mai au 31 décembre 2000 est seul pertinent pour la période correspondante) et le montant du chiffre d'affaires comptabilisé ne sont pas contestés.
S'agissant de la période du 1er mai au 31 décembre 2000, il faut donc confirmer l'estimation corrigée par l'AFC dans le cadre de sa duplique, laquelle conduit à prononcer que la recourante doit encore verser Fr. 9'213.- de TVA relative à cette période fiscale, plus intérêt moratoire dès le 30 septembre 2001. A mesure que la correction entreprise l'a été au titre des achats de marchandises, initialement surévalués, ce que la recourante avait soulevé à juste titre, le recours se révèle partiellement bien fondé et la décision sur réclamation du 18 janvier 2007 relative à cette période fiscale doit être partiellement annulée.
Concernant la période allant du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2001, il y a lieu de s'en tenir à l'estimation résultant de la décision corrélative, laquelle aboutit à une reprise d'impôt de Fr. 13'105.60, qui est ainsi confirmée. Le recours se révèle mal fondé à cet égard.
Conformément à l'art. 63 al. 1 PA, les frais de procédure sont mis dans le dispositif à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. Ils sont fixés conformément à l'art. 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants et rembourse le surplus éventuel. Aux termes de l'art. 64 al. 1 PA et de l'art. 7 al. 1 FITAF, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement obtenu gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et particulièrement élevés qui lui ont été occasionnés. Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'y ont pas droit (art. 7 al. 3 FITAF).
En l'occurrence, la recourante n'obtient que partiellement gain de cause. Elle supportera dès lors les frais de procédure, réduits de moitié. Ces frais étant fixés à Fr. 5'300.-, ils sont mis à la charge de la recourante à concurrence de Fr. 2'650.-. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée (Fr. 5'300.- [Fr. 2'500.- + Fr. 2'800.-]) et le solde de Fr. 2'650.- est restitué à la recourante, dès l'entrée en force du présent arrêt.
Pour les mêmes motifs, la recourante se verra octroyée une indemnité de dépens réduite de moitié par rapport au montant qui lui aurait été alloué, en cas de gain intégral du procès. Compte tenu par ailleurs de l'activité de son mandataire professionnel, qui s'est essentiellement matérialisée par le dépôt d'une réplique, il se justifie de lui octroyer une indemnité de dépens réduite de moitié, équivalente à Fr. 2'000.-, TVA comprise, à la charge de l'autorité inférieure.
Les causes A-1379/2007 et A-1700/2007 sont jointes et réunies sous un seul numéro de dossier, soit le A-1379/2007.
Le recours est partiellement admis et la décision sur réclamation de l'AFC du 18 janvier 2007 relative à la période fiscale du 1er mai au 31 décembre 2000 est partiellement annulée, au sens du considérant 6.2.2.7.
La recourante est débitrice d'un montant de Fr. 9'213.- de taxe sur la valeur ajoutée, plus intérêt moratoire dès le 30 septembre 2001, au titre de la période fiscale allant du 1er mai 2000 au 31 décembre 2000.
Le recours est rejeté pour le surplus.
Les frais de procédure sont fixés à Fr. 5'300.-. Ils sont mis à la charge de la recourante à concurrence de Fr. 2'650.-, la différence par rapport à l'avance de frais versée, à savoir Fr. 2'650.-, lui étant restituée dès l'entrée en force du présent arrêt.
Il est alloué à la recourante une somme de Fr. 2'000.- à titre de dépens, à la charge de l'autorité inférieure.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire)
Le président du collège : La greffière :
Pascal Mollard Marie-Chantal May Canellas
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
Expédition :