Entscheiddatum: 30.10.2009Publikationsdatum: 01.12.2009
Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-140/2008/dec
{T 0/2}
Arrêt du 30 octobre 2009
Composition
Pascal Mollard (président du collège),
Markus Metz, André Moser, juges,
Chantal Schiesser-Degottex, greffière.
Parties
X._______,
représenté par Tax Alliance SA, case postale 1493, 1701 Fribourg,
recourant,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet
TVA (LTVA); assujettissement rétroactif; taxation par estimation (1er semestre 2001 - 2e semestre 2004).
A.
X._______ exploite à A._______ une entreprise d'installations sanitaires et de chauffage. Afin de déterminer si cette activité entraînait son immatriculation en tant qu'assujetti au sens de la loi sur la TVA du 2 septembre 1999 (LTVA, RS 641.20), l'AFC procéda à un contrôle sur place les 24 février et 3 mars 2005. Il est apparu que la comptabilité présentée par X._______ était lacunaire, ce qui a amené l'AFC à procéder par estimation et à reconstituer le chiffre d'affaires réalisé par X._______ au cours de la période allant du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2004.
B.
Compte tenu des résultats de l'estimation effectuée, X._______ fut inscrit au registre des contribuables de l'AFC en tant qu'assujetti obligatoire, avec effet rétroactif au 1er janvier 2001. Par la même occasion, l'autorité fiscale lui accorda l'autorisation de remettre ses décomptes selon la méthode du taux de la dette fiscale nette (ci-après: TDFN).
Pour la période contrôlée, il en est résulté un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 33'456.-, plus intérêt moratoire dès le 31 août 2003 (décompte complémentaire [DC] n° _______ du 3 mars 2005).
C.
X._______ contesta la reprise d'impôt par lettres des 31 mars, 20 et 30 juin 2005. L'AFC rendit, par acte du 4 juillet 2005, une décision formelle dans laquelle elle confirma son rappel d'impôt de Fr. 33'456.-, plus intérêt moratoire dès le 31 août 2003.
D.
En date du 5 septembre 2005, X._______ déposa une réclamation contre la décision précitée, en contestant l'estimation des chiffres d'affaires effectuée par l'AFC et en lui demandant de reconsidérer la date de son assujettissement.
E.
Par courrier du 14 mai 2007, l'AFC accorda un délai à X._______, afin qu'il produise divers documents en relation avec les exercices comptables 2000 et 2001. Après deux prolongations de délais, X._______ répondit par envoi recommandé du 31 août 2007, dans lequel il conclu à son assujettissement à partir du 1er janvier 2003 et à la fixation de sa dette fiscale pour le montant de Fr. 12'696.25 pour les années 2003 et 2004.
F.
L'AFC rendit une décision sur réclamation le 30 novembre 2007, par laquelle elle admet partiellement la réclamation en confirmant l'inscription de X._______ au registre des assujettis TVA avec effet au 1er janvier 2001 et en réclamant la somme de Fr. 33'146.- (Fr. 33'456.- moins l'avis de crédit n° _______ de Fr. 310.-) pour les périodes allant du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2004, plus intérêt moratoire, étant entendu que les versements déjà effectués, pour un montant total de Fr. 12'500.-, sont portés en déduction du montant ci-dessus.
G.
Par envoi recommandé du 11 janvier 2008, X._______ (ci-après: le recourant), par l'intermédiaire de son mandataire, a interjeté un recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation de l'AFC du 30 novembre 2007. Il conclut à son assujettissement à partir du 1er janvier 2002 et à la fixation de la dette fiscale pour le montant de Fr. 21'828.75 pour les années 2002 à 2004.
H.
Invitée à présenter une réponse, l'AFC a répondu, par courrier du 11 mars 2008. Elle estime que le recourant étant dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'AFC ne correspond manifestement pas à la réalité, il lui revient dès lors d'en supporter les désavantages. L'autorité inférieure conclut au rejet du recours, avec suite de frais.
I.
Par ordonnance du 26 mai 2009, le Tribunal administratif fédéral a accordé à l'autorité inférieure un délai pour se déterminer quant à l'application du TDFN en matière d'assujettissement. L'autorité inférieure a répondu en date du 15 juin 2009.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Le Tribunal administratif fédéral considère :
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33 et 34 LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'administration fédérale des contributions peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral, conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
1.2 En l'occurrence, la décision de l'autorité inférieure a été rendue le 30 novembre 2007 et a été notifiée le 4 décembre 2007 au recourant. Le recours a été adressé au Tribunal administratif fédéral le 11 janvier 2008. Il est ainsi intervenu dans le délai légal prescrit par l'art. 50 PA (en relation avec l'art. 22a al. 1 let. c PA). En outre, le recours satisfait aux exigences posées à l'art. 52 PA. Il est par conséquent recevable et il convient d'entrer en matière.
2.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 46 LTVA ; cf. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte. En d'autres termes, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Ed. française par Marco Molino, Berne 1996, p. 270). L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 ?Commentaire DFF?, p. 38; arrêt du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 2.1 et A-6150/2007 du 26 février 2008 consid. 2.4). Enfin, il incombe à l'assujetti lui-même d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.2 et A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.1 à 3.3).
2.2 Aux termes de l'art. 21 LTVA, est assujetti subjectivement celui qui exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle, même s'il manque l'intention de faire des bénéfices, pour autant que le montant des livraisons, des prestations de services et des prestations à soi-même dépassent annuellement Fr. 75'000.- (Arrêt du Tribunal fédéral du 10 février 1999, publié in Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 68 p. 669; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1652/2006 du 22 juin 2009 consid. 2.1 et A-1578/2006 du 2 octobre 2008 consid. 2.2). Demeure réservée la limitation de l'art. 25 al. 1 let. a LTVA, selon laquelle ne sont pas assujettis les entrepreneurs dont la dette fiscale nette s'élève à moins de Fr. 4'000.- en présence d'un chiffre d'affaires entre Fr. 75'000.- et Fr. 250'000.-.
2.3 Selon l'art. 28 al. 1 LTVA, le début matériel de l'assujettissement commence à l'expiration de l'année civile au cours de laquelle le chiffre d'affaires déterminant a été atteint (JEAN-MARC RIVIER/ANNIE ROCHAT PAUCHARD, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, p. 108 ss). Cette règle est en soi contraire au principe de la neutralité TVA et de l'égalité de traitement, mais il est ainsi tenu compte du principe du transfert et du principe de la sécurité du droit (Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 63.76 consid. 3b/bb). Au sens de l'art. 28 al. 3 LTVA, quiconque est exempté de l'assujettissement conformément à l'art. 25 al. 1 let. a LTVA, est assujetti dès la fin de l'année civile au cours de laquelle le chiffre d'affaires déterminant l'assujettissement a dépassé Fr. 250'000.-, ou au cours de laquelle l'impôt dû après déduction de l'impôt préalable a dépassé Fr. 4'000.- (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.1, A-1618/2006 du 27 août 2008 consid. 2.2).
3.1 Selon l'art. 58 al. 1 LTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des Instructions 2001 sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de la LTVA (cf. ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008 II p. 20 ss consid. 3.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5). Elles reprennent les mêmes principes que ceux établi lors de l'adoption de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) et contenus dans les « Instructions à l'usage des assujettis TVA » de l'automne 1994 et du printemps 1997 (Instructions, ch. 870ss), respectivement de la brochure « TVA Organisation comptable » de février 1994. Ainsi, l'assujetti était déjà rendu attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa), doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (art. 47 al. 1 OTVA en relation avec le ch. 882 des Instructions, respectivement la brochure TVA « Organisation comptable », p. 11; Archives vol. 66 p. 67 consid. 2a ; JAAC 64.83 consid. 2, 63.94 consid. 4a, 63.25 consid. 3a; TVA-Journal 4/98, p. 168 ss, consid. 6a/a). En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait qu'une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (ch. 881 des Instructions, repris au ch. 892 des Instructions 2001). Concernant les pièces justificatives, un contribuable ne peut ignorer que, si ses livres doivent servir de base de calcul à un impôt, ils doivent être contrôlables, ce qui implique qu'ils soient complets et détaillés. Dès lors, il est évident que le contribuable doit étayer toute écriture figurant dans les livres comptables par une pièce justificative qui doit au surplus être conservée (Archives vol. 48 p. 429 consid. 2a).
3.2 Conformément à l'art. 58 al. 2 LTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant dix ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 58 al. 2 in fine LTVA ; cf. également les ch. 943 ss. des Instructions 2001; Willi Leutenegger, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58 LTVA).
4.1 Aux termes de l'art. 60 LTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4 et 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2006 consid. 3.6 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.3). La taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. La taxation par estimation peut être soit interne, soit externe. La taxation interne, sans et sous réserve d'un contrôle sur place, survient à la suite d'une non-remise de décomptes, tandis que la taxation externe est exécutée à la suite d'un contrôle sur place (sur cette distinction, cf. Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives vol. 69, p. 520ss ; concernant la LTVA, cf. JAAC 68.23 consid. 2b).
4.2 Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (cf. les arrêts récents du Tribunal administratif fédéral A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 4.1 et A-6552/2007 du 19 mai 2009 consid. 5.2.4; JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b ; Mollard, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêts du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 5.4; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève-Zurich-Bâle 2005, ad art. 60 LTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées). S'agissant de la méthode par extrapolation, il y a lieu de se souvenir que l'AFC ne peut l'appliquer de manière arbitraire et qu'elle est soumise à certaines conditions que l'autorité doit respecter. Ainsi, cette méthode est admissible pour autant que les défauts constatés et les circonstances déterminantes (notamment la marche des affaires et la politique de l'entreprise) prévalant pour la courte période contrôlée se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation, afin que le résultat obtenu apparaît vraiment représentatif (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1596/2006 du 2 avril 2009 consid. 2.5, A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.4 et 5.3, ainsi que A-1484/2006 du 19 juin 2007 consid. 7.4, confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 6.2).
Enfin, il importe de rappeler que la taxation par estimation ne doit pas être considérée comme une sanction visant un comportement répréhensible, mais comme une mesure qui intervient lorsque le fisc ne parvient pas à élucider tous les faits pertinents pour établir la créance fiscale (Mollard, op. cit., p. 524 ; Rivier/Rochat, op. cit., p. 169).
4.3 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Rappelons que le Tribunal administratif fédéral examine librement si les conditions de l'estimation sont remplies, alors qu'il s'impose une certaine réserve, s'agissant du bien-fondé de l'estimation elle-même (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 6.1 et 6.2 ainsi que A-3678/2007 et A-3680/2007 du 18 août 2009 consid. 5). Cela dit, le recourant a la possibilité de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêt du Tribunal fédéral 2A.580/1999 du 21 juin 2000; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1429/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4 et A-1721/2006 du 6 mars 2007 consid. 4.1; JAAC 64.47 consid. 5b in RDAF 2000 II p. 350). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine; JAAC 67.82 consid. 4a/cc). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente.
En l'espèce, sans contester en tant que tel le principe de la taxation par estimation à laquelle il a été soumis, le recourant attaque l'estimation telle qu'effectuée par l'AFC, considérant que cette dernière s'est trompée dans l'application des méthodes choisies pour effectuer l'estimation du chiffre d'affaires imposable du recourant. Il estime qu'il n'a dépassé les seuils déterminants d'assujettissement qu'au cours de l'exercice 2001, ce qui doit entraîner son inscription au registre TVA qu'à compter du 1er janvier 2002. En l'état, il y a d'abord lieu d'examiner si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies (consid. 5.1). Le cas échéant, il s'imposera de vérifier la pertinence de l'estimation effectuée par l'AFC (consid. 5.2), avant de contrôler l'exactitude du moment du début de l'assujettissement du recourant ayant conduit à une immatriculation rétroactive, ainsi que la justesse du montant de l'impôt dû (consid. 5.3).
5.1 Il ressort du dossier que l'autorité fiscale a procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité du recourant dans les limites de son pouvoir d'appréciation, puisque la comptabilité de celui-ci n'était pas complète. Il convient de rappeler à cet égard qu'il découle du principe d'auto-taxation développé ci-dessus (consid. 2.1) que c'est à l'assujetti lui-même d'établir la créance fiscale le concernant et qu'il est ainsi seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables, l'AFC n'intervenant que s'il ne remplit pas ses obligations. Seul un examen de l'ensemble des livres permet de s'assurer que la totalité des mouvements de marchandises et des opérations imposables a bien été régulièrement passé en compte (Archives 58 p. 380 et 35 p. 49s).
En raison d'importantes lacunes constatées dans la comptabilité du recourant, précisément en l'absence de documents comptables ou pièces permettant de justifier les chiffres d'affaires et mouvements de comptes déclarés par le recourant, l'AFC était contrainte de déterminer par estimation le chiffre d'affaires réalisé par celui-ci au cours de la période contrôlée, afin de pouvoir vérifier si son assujettissement devait avoir lieu ou non. En effet, la jurisprudence en la matière confirme que l'AFC peut procéder à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation lorsque les pièces sont incomplètes ou font défaut ou lorsque les résultats qui ont été annoncés par le déclarant ne correspondent manifestement pas aux faits (arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 4.2 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 3.2 [dont les nombreuses références citées] et 3.3). Précisément, le recourant a certes produit les bilans et mouvements de comptes des exercices 2000 à 2004, de même que la plupart des factures pour 2000 et 2001, mais sans autres pièces justificatives comme les livres de caisse, les relevés des espèces en caisse, l'inventaire des marchandises en stock, les créances ouvertes, les factures fournisseurs ainsi que les relevés des travaux en cours (voir le consid. 3.1 ci-dessus). Par conséquent, les conditions d'une estimation par l'AFC étaient dès lors réalisées sur le principe.
5.2 S'agissant de l'estimation proprement dite des chiffres d'affaires du recourant, nécessaire non seulement pour déterminer si ce dernier est assujetti, mais également pour calculer l'impôt dû, l'autorité inférieure s'est référée à l'année 2000, le recourant ne contestant pas que les conditions d'assujettissement sont remplies durant 2001. L'année 2000 est ainsi l'année de référence de l'AFC pour examiner si les limites déterminantes pour l'assujettissement sont dépassées, précisément pour savoir si le recourant est assujetti à la TVA dès le 1er janvier 2001. Pour ce faire, afin de pouvoir évaluer le chiffre d'affaires réalisé dans le cadre de son activité de manière aussi proche que possible de la réalité, l'autorité fiscale s'est basée sur la totalité du mouvement du compte de marchandises au 31 décembre 2000, soit Fr. 115'053.85. Puis, à l'aide de la méthode par extrapolation, elle a procédé à des corrections en raison des lacunes grevant le solde des achats de marchandises. Pour les années suivantes, l'AFC a procédé de même, en se fondant sur les achats de marchandises comptabilisés pour les exercices 2001 à 2003 et sur les achats tels qu'ils ressortaient des factures pour l'exercice 2004. Puis, comme pour l'exercice 2000, elle a ajouté un complément annuel, à savoir la moitié des encaissements non comptabilisés constatés. L'AFC a alors retenu, à l'aide de la méthode des chiffres d'expérience, que les achats représentaient le 60% du chiffre d'affaires estimé, soit pour une marge de 40%.
5.2.1 L'AFC a ainsi utilisé la méthode par extrapolation dans l'estimation des chiffres d'affaires de l'activité du recourant. Précisément, l'AFC s'est basée sur les achats non comptabilisés en 2002 et 2003, sans prendre en compte les factures respectives de chaque année (en 2002: Fr. 850.-, Fr. 25'415.95 et Fr. 5'677.10; en 2003: Fr. 10'401.55), mais en additionnant les factures des deux années (total de Fr. 42'344.60) et en les ajoutant, à concurrence de 50% sans TVA, à chaque exercice faisant l'objet d'une reprise, soit pour le montant total de Fr. 19'600.- (montant arrondi de 50% de Fr. 39'126.42 [Fr. 42'344.60 - Fr. 3'218.18 de TVA à 7.6%]). L'AFC estime que ce montant doit être ajouté aux achats de l'exercice 2000, ceux-ci n'étant pas complets.
Pour sa part, bien que durant les années 2002 et 2003, le recourant confirme qu'il a encaissé des recettes qui n'ont pas été comptabilisées en raison d'une inattention, il déplore que l'AFC considère que ce soit le cas pour 2000. Il fait valoir que la méthode par extrapolation n'est admissible que pour autant que les défauts constatés se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation.
Pourtant, le recourant conteste lui-même certains montants qui n'auraient pas été pris en compte dans l'exercice 2000, donc déterminants dans le calcul de son chiffre d'affaires et dès lors pour le début de son assujettissement. Le recourant estime que des lacunes peuvent être constatées, précisément à propos des achats. Il considère en effet que l'extourne de Fr. 17'075.40 concernant les achats aurait du être prise en compte, de même que la mise à jour des stocks, soit Fr. 5'000.-. Néanmoins, le recourant ne produit aucune pièce qui pourrait justifier ses dires. Ces affirmations ne sont donc pas vérifiables, l'extourne n'étant attestée par aucun document et la mise à jour des stocks n'étant pas non plus confirmée. D'une manière générale, les arguments que le recourant développe quant à l'établissement des chiffres d'affaires de son activité ne sont confirmés par aucune pièce justificative, aucun nouveau document n'ayant d'ailleurs - comme on l'a vu précédemment - été produit lors du recours. Dans le cadre de son recours, l'occasion lui a pourtant été donnée d'apporter les preuves et pièces comptables nécessaires afin d'établir au plus près de la réalité l'estimation de ses chiffres d'affaires. Toutefois, il ne l'a pas saisie, les documents comptables n'étant produit qu'en partie. En effet, les pièces comptables à disposition sont formellement insuffisantes et ne permettent pas, comme on l'a vu, d'établir de manière fiable les opérations déterminantes pour le calcul de la TVA, ce qui contraint le Tribunal de céans à se rallier à l'avis de l'autorité inférieure. Par ailleurs, il est certain qu'une estimation effectuée par l'AFC ne reflète pas précisément la situation du recourant. Néanmoins, en omettant de tenir ses livres conformément aux exigences légales, le recourant est lui-même responsable des quelques incertitudes qui peuvent encore subsister.
Le Tribunal de céans constate ainsi que les achats ne sont également pas complets pour les exercices 2000 et 2001, le recourant affirmant que certains montants de 2001 devant être considérés en 2000, et certaines corrections de compte n'étant pas vérifiables, les différentes pièces justificatives faisant défaut. Dès lors, il était justifié, de la part de l'AFC, d'appliquer la méthode par extrapolation pour les achats non comptabilisés, d'autant plus qu'il est tout à fait envisageable qu'elle puisse se faire pour un seul poste, alors même que les autres font l'objet d'une autre méthode ou sont tout simplement acceptés (cf. Mollard, op. cit., p. 552s.).
5.2.2 Lorsqu'elle procède à une estimation, l'AFC peut aussi se baser sur des coefficients expérimentaux ou chiffres d'expérience, afin de se rapprocher le plus possible de la réalité. Le fait que l'AFC se base sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les concernés sont obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. Il est toutefois nécessaire que l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. La jurisprudence et la doctrine ont même admis que des résultats comptables formellement corrects pouvaient justifier une taxation par estimation en cas de disproportion manifeste entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, si cette divergence ne peut pas être expliquée de manière plausible (voir l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.3 in fine; voir également Mollard, op. cit., p. 544 et les nombreuses références de jurisprudence citées).
En l'occurrence, bien que déplorant la méthode des chiffres d'expérience, le recourant n'avance en soi pourtant aucun argument à son encontre et sur le fait que l'AFC a retenu que les achats représentaient le 60% du chiffre d'affaires estimé, soit pour une marge de 40%, ce taux étant supérieur à celui qui ressort des chiffres d'expérience de l'AFC, donc favorable au recourant.
5.2.3 Certes, l'application de la méthode extrapolative est à la limite, surtout si l'on tient compte de la jurisprudence récente du Tribunal administratif fédéral (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.4 et 5.3). On pourrait en effet constater une légère contradiction, mais en l'occurrence, la situation n'est pas tout à fait la même. De plus, pour l'application de la méthode extrapolative, des indices peuvent suffire et il ne faut pas des défauts constatés en tant que tels (la terminologie allemande parle de "nachgewiesene Einzelfälle"). Comme on l'a vu (cf. consid. 5.2.1 ci-dessus), des indices similaires peuvent en tout cas être constatés dans les différentes périodes litigieuses, reflétant ainsi des circonstances déterminantes pour procéder à une estimation. A ce sujet, au ch. 6 de son recours, l'assujetti allègue que la méthode extrapolative n'est admissible que pour autant que les défauts constatés se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation. Pourtant, il confirme également que des lacunes peuvent être constatées en 2000 à propos des achats, ces montants n'étant pas vérifiables en raison de l'absence de pièces justificatives (cf. le § 3 du consid. 5.2.1). Le Tribunal n'a ainsi pas de raison de remettre en cause les chiffres retenus par l'autorité inférieure, des indices similaires se retrouvant dans les différents exercices comptables en cause. Quoiqu'il en soit, on se trouve de toute façon dans une incertitude que le fardeau de la preuve doit combler. Mais dès lors que le recourant ne fait que des allégations et ne prouve rien, on ne peut demander à l'AFC d'apporter la preuve du contraire ("Beweisnotstand") (voir l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1550/2006 du 16 mai 2008 consid. 9.3.2).
En résumé, le recourant ne pouvant pas fournir la preuve nécessaire que l'AFC s'est prêtée à des erreurs d'estimation considérables et évidentes lors de l'estimation des chiffres d'affaires, il doit supporter les conséquences de son manque de collaboration et d'apport de preuves de sa part (voir les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1597/2006 et A-1598/2006 du 17 août 2009 consid. 4.1 et 4.3 ainsi que A-1550/2006 du 16 mai 2008 consid. 9.3.2).
5.3 Les chiffres d'affaires et dettes d'impôt retenu par l'autorité fiscale sont les suivants:
2000: CA Fr. 184'400.- Impôt dû: Fr. 4'144.40
2001: CA Fr. 288'376.- Impôt dû: Fr. 10'093.15
2002: CA Fr. 269'459.- Impôt dû: Fr. 9'431.15
2003: CA Fr. 231'360.- Impôt dû: Fr. 8'097.60
2004: CA Fr. 166'704.- Impôt dû: Fr. 5'834.65
5.3.1 L'activité du recourant remplit les conditions d'assujettissement au sens de l'art. 28 al. 3 LTVA (art. 25 al. 1 let. a LTVA a contrario) durant l'année 2000, son chiffre d'affaires annuelle ne dépassant pas Fr. 250'000.- et sa dette fiscale étant supérieure à Fr. 4'000.-. Par conséquent, il sied de confirmer la date de l'immatriculation rétroactive à la lumière de l'estimation effectuée. Bien que le recourant s'en prend à la date du début de son assujettissement, estimant qu'il n'est assujetti qu'à partir du 1er janvier 2002 (dans son courrier du 31 août 2007, soit antérieur à son recours, qu'à partir du 1er janvier 2003), il convient de constater qu'au vu de l'estimation effectuée pour les différents exercices comptables, les montants déterminants pour l'assujettissement ont été dépassés au cours de l'année 2000. Le Tribunal de céans rappelle qu'une telle estimation sert en effet aussi bien à déterminer la date du début de l'assujettissement que l'impôt dû, ce que le recourant ne conteste d'ailleurs pas. C'est donc à juste titre que le recourant a été assujetti à la TVA à partir du 1er janvier 2001.
5.3.2 L'AFC a estimé que le chiffre d'affaires brut total imposable, pour la période s'étalant du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2004, se montait à Fr. 955'899.-, pour un montant d'impôt dû de Fr. 33'456.-. Prenant en compte l'avis de crédit de Fr. 310.-, la dette fiscale totale s'élève à Fr. 33'146.-. L'AFC a clairement exposé les différentes étapes de son calcul du chiffre d'affaires brut estimé, ainsi que de l'impôt dû correspondant calculé en appliquant la méthode simplifiée, à savoir du taux de dette fiscale nette, nécessaire pour fixer l'impôt préalable à valoir sur les dépenses de marchandise et de matériel, ainsi que sur les investissements et les frais généraux qui est ainsi pris en compte de manière forfaitaire. Le Tribunal de céans n'a pas de raison de remettre en cause, en l'occurrence, l'estimation des chiffres d'affaires, ni l'application du TDFN, même si cette manière de faire ne va pas sans poser certains problèmes de légalité et de rétroactivité (voir la brochure spéciale n° 02 de l'AFC, ch. 2.4.1, appliquée dès le 1er janvier 2008; voir aussi l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1614/2006 du 1er octobre 2008). Dans ces circonstances, le Tribunal administratif fédéral confirme l'estimation telle qu'effectuée par l'AFC.
Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter le recours. Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1 PA et de l'art. 1 ss du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par Fr. 2'100.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge du recourant qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée au recourant (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Le recours est rejeté.
Les frais de procédure, par Fr. 2'100.-, sont mis à la charge du recourant et imputés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
au recourant (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. _______ ; Acte judiciaire)
Le président du collège : La greffière :
Pascal Mollard Chantal Schiesser-Degottex
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
Expédition :