Entscheiddatum: 08.08.2012Publikationsdatum: 05.09.2012
BundesverwaltungsgerichtTribunal administratif fédéralTribunale amministrativo federaleTribunal administrativ federal Cour IA-162/2010
Arrêt du 8 août 2012 Composition Pascal Mollard (président du collège), Michael Beusch, Markus Metz, juges,Cédric Ballenegger, greffier. Parties Association X._______,représentée par Maître ...,recourante, contre Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne, autorité inférieure . Objet TVA (aLTVA); opération TVA; contre-prestation; compléments de prix; droit à la déduction de l'impôt préalable; art. 33 al. 2 et 38 aLTVA; périodes du 1er janvier 2002 au 31 mars 2007.
A. Association X._______ (ci-après l'assujettie) est une association sise à ... dont le but principal est la promotion du fromage A._______. Elle est immatriculée au registre de l'AFC en tant qu'assujettie à la TVA depuis le 1er juillet 2000.
Les membres de l'association ont tous un lien avec la production du fromage A._______. Ils sont répartis en trois catégories: fabricants, affineurs ou producteurs de lait. Les cotisations sont facturées aux membres TVA comprise. L'assujettie précise que le montant des cotisations est fixé en fonction du nombre de kilos de fromage produits et qu'il est réparti à parts égales entre les trois catégories de membres. Les cotisations constitueraient l'essentiel du chiffre d'affaires (87% en moyenne pour les exercices 2002 à 2006 selon le mémoire de recours).
B. Jusqu'en 2003, l'assujettie organisa des ventes promotionnelles lors desquelles du fromage A._______ était offert au public à prix réduit. Pour éviter que les affineurs ne fussent lésés par ce procédé, elle versait à ceux-ci, sur chaque fromage vendu, le montant correspondant à la différence entre le prix de vente normal et le prix de vente réduit. Les affineurs lui adressaient à cet effet des factures, en y incluant le calcul de la TVA. Depuis l'exercice 2003-2004, l'assujettie a abandonné ce système.
L'assujettie faisait également des versements aux affineurs, selon le même principe, en relation avec des exportations de fromage A._______. Cette pratique dura jusqu'en 2008 en tout cas.
C. A l'occasion d'un contrôle qui se déroula du 20 au 25 juin 2007 et qui portait sur les périodes fiscales du 1er janvier 2002 au 31 mars 2007, l'AFC effectua une reprise fiscale d'un montant de Fr. 23'843.-- à titre, notamment, de rectification de la mise en compte de l'impôt préalable en raison de la réception de subventions (décompte complémentaire n° [1]). Elle réclama en outre Fr. 35'039.-- à titre d'annulation de la déduction de l'impôt préalable payé sur les versements faits aux affineurs. La reprise concernait aussi bien les paiements liés aux ventes promotionnelles que ceux qui concernaient les exportations (décompte complémentaire n° [2]).
D. Par courrier du 17 août 2007, l'assujettie contesta les deux décomptes complémentaires. Le 8 novembre 2007, l'AFC rendit une décision formelle confirmant leur bien-fondé. Le 27 novembre 2007, l'assujettie adressa une réclamation à l'AFC, qu'elle compléta le 30 avril suivant. Elle renonça à cette occasion à contester le décompte complémentaire n° [1], portant sur un montant de Fr. 23'843.--. Le litige portait dès lors uniquement sur le décompte complémentaire n° [2].
E. Par décision sur réclamation du 25 novembre 2009, l'AFC constata d'abord que le premier décompte complémentaire était entré en force et que le montant y relatif de Fr. 23'843.-- avait été acquitté à bon droit. De plus, en ce qui concerne le second décompte, l'AFC estima, en substance, que seul le destinataire d'une prestation pouvait déduire l'impôt préalable qui grevait celle-ci. L'assujettie n'étant pas la destinataire des livraisons de fromage A._______ effectuées par les affineurs, elle ne pouvait déduire l'impôt préalable grevant ces prestations. En conséquence, la TVA qui lui avait été facturée par ceux-ci sur les subsides qu'elle leur octroyait n'était pas déductible. L'assujettie était ainsi encore redevable de Fr. 35'039.--, conformément au second décompte.
F. Le 11 janvier 2010, Association X._______ (ci-après la recourante) a fait recours au Tribunal administratif fédéral, en concluant à l'annulation de la décision du 25 novembre 2009 et du décompte complémentaire n° [2].
G. Les autres faits et les arguments des parties seront repris, en tant que de besoin, dans la partie en droit de la présente décision.
1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). L'Administration fédérale des contributions (ci-après l'AFC) étant une autorité au sens de l'art. 33 LTAF, et aucune des exceptions de l'art. 32 LTAF n'étant réalisée, le Tribunal administratif fédéral est compétent ratione materiae pour juger de la présente affaire.
1.2. A la suite du contrôle opéré chez la recourante, l'AFC a établi deux décomptes complémentaires. Après que la recourante en eut contesté la teneur, l'AFC a rendu une première décision le 8 novembre 2007, qui a fait l'objet d'une réclamation. Sur cette base a été rendue la décision attaquée, le 25 novembre 2009. La compétence fonctionnelle du Tribunal administratif fédéral est ainsi respectée (cf. art. 63 et 64 de la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 2 septembre 1999 [aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures]).
1.3. Posté le 11 janvier 2010, alors que la décision attaquée, datée du 25 novembre 2009, a été notifiée le 26 novembre 2009 au plus tôt, le mémoire de recours a été déposé dans le délai légal compte tenu des féries de fin d'année (art. 22a, 50 al. 1 PA). Signé par un avocat au bénéfice d'une procuration, muni de conclusions valables et motivées et accompagné d'une expédition de la décision attaquée, il répond aux exigences de forme de la procédure administrative (art. 52 al. 1 PA). La recourante étant directement touchée par la décision attaquée et ayant participé à la procédure devant l'autorité inférieure, elle a manifestement qualité pour recourir (cf. art. 48 al. 1 PA).
Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
2.1.
2.1.1. La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de droit matériel qu'elle contient sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance à compter de cette date, avec pour conséquence que les dispositions de l'ancien droit s'appliquent à ceux qui sont plus anciens (art. 112 al. 1 LTVA). Dès lors que les faits déterminants se sont déroulés, en l'espèce, entre le 1er trimestre 2002 et le 1er trimestre 2007, la présente procédure est régie, s'agissant du droit matériel applicable, par la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 2 septembre 1999 (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures), entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. art. 94 al. 1 aLTVA; arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.1, A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.1).
2.1.2. Sur le plan procédural, en revanche, le nouveau droit s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la nouvelle loi, conformément à l'art. 113 al. 3 LTVA. Cet article doit cependant être appliqué de manière restrictive. Ainsi, les affaires en cours doivent être soumises aux règles de la nouvelle loi uniquement en tant que ces dernières concernent la procédure. Le nouveau droit matériel ne doit pas trouver à s'appliquer aux périodes fiscales régies par l'ancien droit (cf., parmi de nombreux autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.1, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.1, A-1113/2009 du 23 février 2010 consid. 1.3). S'agissant toujours des dispositions de procédure, le droit applicable est celui qui se trouve en vigueur au moment où l'acte de procédure concerné est accompli (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.1, A-4417/2007 du 10 mars 2010 consid. 1.3.2). L'art. 81 LTVA fait partie des dispositions visées par l'art. 113 al. 3 LTVA qui sont applicables immédiatement (cf. ci-avant), pour autant que l'acte de procédure en question (ou la décision concernée) soit accompli après l'entrée en vigueur de la LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.3 et les références citées). Les alinéas 1 et 3 (première phrase) de l'art. 81 LTVA n'ont toutefois a priori pas de portée propre. Ainsi, le principe de la libre appréciation des preuves est - était, même avant l'entrée en vigueur de la LTVA - pleinement applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1325/2011 du 15 février 2012 consid. 2.2.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.3).
2.2.1. Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 let. c PA; cf. également André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, p. 73 n. 2.149; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zürich 2010, ch. 1758 ss).
2.2.2. Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a; ATF 121 V 204 consid. 6c; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, ch. 677).
2.3.1. A la suite du contrôle opéré en juin 2007 auprès de la recourante, l'AFC a établi deux décomptes complémentaires, portant les numéros [1] et [2]. Dans un premier temps, la recourante a contesté ces deux décomptes, puis elle a implicitement indiqué, dans le cadre de la procédure sur réclamation, que le premier d'entre eux n'était plus contesté (cf. lettre D ci-dessus), ce qu'elle a confirmé dans son mémoire de recours (p. 3 s.). Ainsi, la présente procédure a trait uniquement au décompte complémentaire n° [2] et la décision de l'autorité inférieure n'est pas contestée en tant qu'elle concerne l'entrée en force du décompte n° [1].
2.3.2. Le décompte n° [2] comporte deux parties. Il concerne, d'une part, les versements effectués à la suite des ventes promotionnelles et, d'autre part, ceux qui découlent des exportations réalisées par les affineurs. Dans le mémoire de réclamation complémentaire du 30 avril 2008, la recourante avait contesté la reprise d'impôt aussi bien quant aux uns que quant aux autres. Dans son mémoire de recours du 11 janvier 2010, en revanche, elle ne traite que des versements effectués à la suite de ventes promotionnelles. Les montants liés aux exportations ne sont pas mentionnés. Toutefois, dans ses conclusions, la recourante demande l'annulation du décompte complémentaire tout entier. Il semble donc que le recours concerne les deux types de contributions, même si, vu l'issue du litige, il n'est pas nécessaire d'examiner plus précisément cette question.
3.1. On peut résumer la problématique soulevée par la présente procédure de la manière suivante: la recourante estime que les versements litigieux constituent les contre-prestations d'une prestation, dont la nature reste à définir, effectuée à son endroit par les producteurs de fromage A._______. Il y aurait ainsi une opération imposable qui lierait la recourante et lesdits producteurs. La recourante étant assujettie à la TVA, elle aurait le droit de déduire l'impôt préalable payé sur la prestation (ou les prestations) fournies par les producteurs.
L'AFC estime quant à elle que le rapport qui lie les producteurs et la recourante ne constitue pas une opération imposable. Il n'existerait une telle opération qu'entre le producteur et l'acheteur de chaque fromage. Les montants versés dans ce cadre constitueraient simplement une partie de la contre-prestation, soit une part du prix du fromage, qui ne serait pas versée par l'acheteur mais par un tiers, autrement dit par la recourante (cf. problématique dite des "compléments de prix"). Il n'y aurait donc pas d'opération indépendante entre les producteurs et la recourante, et celle-ci ne saurait déduire à titre d'impôt préalable la TVA acquittée en raison d'une prestation qui ne lui était pas destinée.
En définitive, la question à résoudre peut se formuler ainsi: y a-t-il eu une véritable opération imposable effectuée par les producteurs de fromage A._______ à l'intention de la recourante?
3.2. La réponse à la question qui précède sera déterminante pour savoir si la recourante peut, oui ou non, déduire à titre d'impôt préalable la TVA payée sur les montants qu'elle a versés aux affineurs.
Il convient ainsi de rappeler les règles générales qui définissent une opération imposable (consid. 4). Puis il y aura lieu d'examiner la manière dont les versements effectués par des tiers s'insèrent dans ce cadre (relations tripartites; consid. 5). Les principes applicables à la déduction de l'impôt préalable devront également faire l'objet d'un rappel (consid. 6). Enfin, il conviendra de déterminer comment les principes ainsi dégagés doivent s'appliquer au cas d'espèce, ce qui permettra de décider si la recourante peut prétendre à la déduction de l'impôt préalable (consid. 7).
4.1. Aux termes de l'art. 5 al. 1 let. a et b aLTVA, sont soumises à l'impôt, pour autant qu'elles ne soient pas expressément "exclues de son champ" (c'est-à-dire exonérées au sens impropre, cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_979/2011 du 12 juin 2012 consid. 4), les livraisons de biens et les prestations de services fournies à titre onéreux sur le territoire suisse.
4.2.1. Une transaction est effectuée à titre onéreux, soit contre rémunération, s'il y a échange d'une prestation et d'une contre-prestation entre lesquelles existe un rapport économique étroit (ATF 132 II 353 consid. 4.1, 126 II 249 consid. 4a; arrêt du Tribunal fédéral 2C_892/2010 du 26 avril 2011 consid. 2.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.2.1; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, ch. 6, p. 223 ss, en particulier ch. 6.4.2, p. 239 ss; cf. également la note de bas de page n° 211 p. 62).
4.2.2. Seul l'échange de prestations permet de conclure à une opération imposable. Un tel échange suppose l'existence d'un lien économique (et pas nécessairement juridique) entre la prestation et la contre-prestation. La prestation et la contre-prestation doivent être directement liées par le but même de l'opération réalisée (cf. ATF 126 II 443 consid. 6a, 126 II 249 consid. 4a; ATAF 2008/63 consid. 2.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.2.2). En revanche, l'existence d'un rapport contractuel n'est pas requise. Il faut et il suffit que la prestation et la contre-prestation soient liées de façon telle que la prestation déclenche la contre-prestation (ATF 126 II 249 consid. 4a).
4.3.1. Pour déterminer l'existence, ainsi que l'étendue d'une prestation soumise à la TVA, il y a lieu considérer les choses d'un point de vue économique. Les rapports de droit privé qui peuvent être à la base des prestations ont en principe seulement une valeur d'indices et ne peuvent à eux seuls justifier une qualification fiscale (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.502/2004 du 28 avril 2005 consid. 5.1 et les nombreuses références citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.3.1, A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.3.1). Dans ce cadre, il faut tenir compte des faits tels qu'ils se sont produits et non pas des faits tels qu'ils auraient pu se produire. Cela vaut en particulier à l'égard des formes juridiques choisies par les parties (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.2 medio; A-1689/2006 du 13 août 2007 consid. 2.4).
4.3.2. Par ailleurs, la facturation revêt habituellement une grande importance en matière de TVA. Selon un principe admis, elle constitue un indice important, voire elle permet de présumer, du fait qu'une opération TVA a eu lieu et qu'elle a été effectuée par l'auteur de la facture, agissant en principe en son propre nom (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.3.1; décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions [CRC] du 11 octobre 2000 in : Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 65.59 consid. 3d).
4.4.
4.4.1. La contre-prestation constitue la base sur laquelle se calcule l'impôt (art. 33 al. 1 LTVA). Est réputé contre-prestation tout ce que le destinataire, ou un tiers à sa place, dépense en contrepartie de la livraison de biens ou de la prestation de services (art. 33 al. 2 aLTVA).
4.4.2. L'existence et l'ampleur de la contre-prestation se détermine du point de vue du destinataire de la prestation et non pas du point de vue du fournisseur. Est considéré comme contre-prestation tout ce que le destinataire est obligé ou disposé à verser en contrepartie de la prestation (entre autres : arrêt du Tribunal fédéral du 2 avril 2002 in Archives de droit fiscal suisse [Archives] 72 p. 483 consid. 5.1, traduit in : Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2002 II p. 347 ; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.4.2, A-1354/2006 du 24 août 2007 consid. 3.4 ; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 571 ch. 18 s.; Riedo, op. cit., p. 226).
4.4.3. La forme de la contre-prestation ne joue pas de rôle ; la contrepartie peut consister non seulement en un montant en espèces mais également en une marchandise, en un service ou être la compensation d'une créance. Elle doit cependant être exprimée en argent, c'est-à-dire être « appréciable en argent » (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.4.3, A-1420/2006 du 10 avril 2008 consid. 4.1.1 ; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], Berne 2003, 2e éd., n° 1176; Riedo, op. cit., p. 227).
5.1. Les considérants qui précèdent font essentiellement référence à des opérations TVA qui lient deux parties. Le cas présent a la particularité de concerner trois types d'intervenants différents (les affineurs, les acheteurs et la recourante). Or les rapports qui les unissent doivent, selon les circonstances, être appréhendés de manière globale.
5.1.1. L'art. 33 al. 2 aLTVA rappelle que la contre-prestation peut être fournie aussi bien par le bénéficiaire de la prestation que par un tiers. Dans la mesure où la contre-prestation constitue la base sur laquelle se calcule l'impôt (art. 33 al. 1 aLTVA), les versements de tiers qui ont lieu à titre de contre-prestation entrent donc dans le calcul de l'impôt de la même manière que les contre-prestations effectuées directement par le bénéficiaire d'une prestation (cf. ATF 126 II 443, traduit in RDAF 2001 II p. 75, consid. 6a, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1646/2006 du 3 décembre 2008 consid. 2.2.1, A-3452/2007 du 16 septembre 2008 consid. 2.3 confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_779/2008 du 5 mai 2009).
5.1.2. La jurisprudence s'est peu attachée à décrire la place qu'occupe, dans le système de la TVA, le tiers qui verse une partie de la contre-prestation. On peut en particulier se demander quelle est la valeur de la facture qui est adressée à celui-ci par le prestataire. En effet, on a vu que la facture était un indice fort en faveur de l'existence d'une opération TVA (cf. consid. 4.3.2 ci-dessus). Or, lorsqu'un prestataire doit réclamer un paiement à un tiers à raison d'une prestation et qu'il lui adresse une facture, il n'existe pas d'opération TVA qui lie le prestataire et le tiers. Il existe uniquement une opération TVA entre le prestataire et le bénéficiaire. Dans ce genre de cas, la facture adressée au tiers ne constitue pas une véritable facture au sens de la TVA; en effet, selon le système mis en place par la législation relative à cet impôt, le prestataire ne facture pas une contre-prestation, mais bien une opération imposable (cf. art. 37 al. 1 aLTVA). Dans les relations tripartites, la facture adressée au tiers sert uniquement à faire valoir la créance qui existe à l'encontre de ce dernier. Elle est un document purement commercial, et non pas fiscal. Cela ne signifie toutefois pas que la créance sur laquelle elle porte ne fasse pas partie de la contre-prestation. Au contraire, les montants versés par des tiers doivent être pleinement pris en compte dans le cadre du calcul de la TVA (cf. consid. 5.1.1 ci-avant).
5.1.3. Dans une relation tripartite, le tiers intervient en quelque sorte à la place du bénéficiaire, et non pour lui-même. Cette manière de voir est en particulier conforme au principe rappelé ci-dessus selon lequel la contre-prestation se détermine du point de vue du destinataire et non du point de vue du fournisseur (cf. consid. 4.4.1 ci-dessus). Ainsi, quant au calcul de la valeur de la contre-prestation, le versement du tiers et celui du bénéficiaire forment un tout.
5.1.4. Deux cas de figure peuvent se présenter: soit le tiers payeur fournit l'intégralité de la contre-prestation, soit il n'en fournit qu'une partie, l'autre partie étant versée par le bénéficiaire directement. Cette dernière configuration correspond à la problématique dite des "compléments de prix". La jurisprudence a déjà eu l'occasion de relever que les versements effectués par des tiers à titre de compléments de prix entrent également dans le calcul de la valeur de la contre-prestation (cf. décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 1999-001 du 26 avril 2000, publiée dans TVA/MWST/VAT - Journal 3/2000, p. 129 ss, consid. 3b/bb; Riedo, op. cit., p. 236). Le montant payé par le tiers s'additionne donc à celui que le bénéficiaire de la prestation verse directement pour donner la valeur totale de la contre-prestation (cf. consid. 5.1.3 ci-dessus; cf. aussi JAAC 69.8 consid. 2b/bb; décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 1999-001 du 26 avril 2000, consid. 3b/bb).
5.2. Les versements d'argents d'une partie à une autre ne constituent pas toujours des contre-prestations. Selon les circonstances, ils peuvent également apparaître comme des subventions ou des dons. Cette problématique prend une importance particulière dans les relations tripartites. Il convient dès lors de présenter les règles qui s'y appliquent.
5.2.1. Le texte légal ne définit pas ce qu'il faut entendre par don ou par subvention. L'art. 33 al. 6 let. b aLTVA prévoit uniquement que les subventions ne font pas partie de la contre-prestation. Il est dès lors nécessaire de préciser le sens de ces deux notions et d'examiner leur place dans le système de la TVA.
5.2.2. Peut être envisagé comme une subvention ou autre contribution des pouvoirs publics au sens de la LTVA tout versement ou contribution appréciable en argent des pouvoirs publics, qu'il prenne la forme de contribution à fonds perdu, de couverture de déficit, de prêt, de compensation, de rabais, d'avantage en nature, de prime, d'allocation, de subside, etc. Le terme de "subvention", dans ce contexte, s'entend au sens large et se réfère à l'origine étatique de la contribution appréciable en argent, s'opposant, dans cette perspective, au don, de provenance privée. Sont des subventions les versements des pouvoirs publics qui visent à inciter leur bénéficiaire à adopter une certaine attitude ou à effectuer certaines tâches dans un but d'intérêt public. Hormis le comportement attendu de leur bénéficiaire, ces montants sont toutefois alloués "gratuitement", c'est-à-dire sans contrepartie économique équivalente en faveur de la collectivité qui les verse (ATF 126 II 443 consid. 6c; arrêt du Tribunal fédéral 2A.547/2002 du 26 mai 2004, publié in RDAF 2004 II p. 419 ss, consid. 2.3); cela explique pourquoi ils ne peuvent être assimilés à des contre-prestations imposables (décision de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2b).
5.2.3. Les dons ne sont pas non plus imposés (ATF 126 II 443 consid. 8a; arrêts du Tribunal fédéral 2C_202/2011 du 24 octobre 2011 consid. 3.2, 2A.450/2001 du 27 mai 2003 consid. 4). Comme les cadeaux, les dons sont faits de manière gratuite. Le don se distingue du cadeau ordinaire par le fait qu'avec le versement, le donateur poursuit comme objectif que le bénéficiaire accomplisse une certaine tâche. Sur ce point, les dons privés et les subventions de droit public se ressemblent (cf. aussi à ce propos BOCE 1998 p. 981, intervention de Gian-Retto Plattner: "Wir sollten nun in Buchstasbe c freiwillige Beiträge Privater ganz analog behandeln, da sie letztendlich demselben Zweck [que les subventions] dienen"). Comme la subvention, le don n'est pas accordé pour que le destinataire de la prestation fournisse une contrepartie concrète (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_202/2011 du 24 octobre 2011 consid. 3.2, 2A.150/2001 du 13 février 2002, publié in Archives 72 231 ss et RDAF 2002 II p. 156 ss, consid. 5c, confirmant la décision de la CRC publiée in JAAC 66.57). Certes, il sert à la réalisation d'opérations, mais il n'est pas affecté directement à des opérations concrètes (il ne peut donc pas constituer une contre-prestation), et, par ailleurs, le donateur souhaite seulement encourager l'activité de l'assujetti bénéficiaire (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.450/2001 du 27 mai 2003 consid. 4.2). Le don n'est pas fait pour que le récipiendaire fournisse une contre-prestastion déterminée. Il ne constitue donc pas une contre-prestation imposable, même s'il sert au bénéficiaire pour réaliser une certaine activité (cf. décision de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2c).
5.2.4. En revanche, même si un versement prend l'apparence formelle d'une subvention, il y a échange de prestations, et donc opération à caractère onéreux au sens de la TVA, quand la somme versée constitue en réalité la contre-prestation d'une prestation de l'assujetti (bénéficiaire) effectuée en faveur de la collectivité publique (dans une relation bipartite). La condition est que la collectivité publique en retire une utilité directe de consommateur. Les pouvoirs publics sont alors consommateurs de la prestation (cf. décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 1999-001 du 26 avril 2000, publiée dans TVA/MWST/VAT - Journal 3/2000, p. 129 ss, consid. 3b/bb; Riedo, op. cit., p. 236). Dans le cadre d'une relation tripartite, la condition du caractère onéreux de l'opération est réalisée quand la "subvention" représente une part de la contre-prestation versée pour une prestation de l'assujetti (bénéficiaire de la subvention) à un tiers (destinataire de la prestation), autrement dit quand la "subvention" représente un complément de prix.
Dans les cas décrits ci-dessus, la subvention des pouvoirs publics est qualifiée de "fausse" subvention (cf. décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 1999-001 du 26 avril 2000, consid. 3b/bb; Riedo, op. cit., p. 236). En tant que contre-prestation ou part de la contre-prestation, elle est ajoutée au chiffre d'affaire imposable de l'assujetti qui la reçoit et elle fait partie de la base d'imposition (cf. consid. 5.1.4 ci-dessus; cf. aussi JAAC 69.8 consid. 2b/bb; décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 1999-001 du 26 avril 2000, consid. 3b/bb).
5.2.5. Il convient dès lors, dans les situations tripartites, de recourir à deux critères d'analyse essentiels, dont le second est subsidiaire par rapport au premier. Il s'agit en premier lieu d'examiner la relation entre l'Etat et la personne qui reçoit le flux d'argent. S'il ressort des circonstances de fait et de droit que le bénéficiaire s'est engagé à fournir un bien ou un service déterminé, voire à réaliser un tel engagement, il faut admettre que la somme versée constitue une contrepartie pour une prestation entrant dans le champ de la TVA. En l'absence d'engagement de fournir une prestation, il n'y a cependant pas encore absence d'un lien direct entre un versement et une prestation. Si la réponse à la première question est négative, il convient, pour résoudre définitivement le problème, de se poser une seconde question, subsidiaire, mais nécessaire: il faut se demander si la subvention représente un complément du prix (imposable) de la prestation que fait l'entité au tiers, consommateur final.
Pour que la réponse à cette question soit positive, la contribution versée doit réduire immédiatement le prix des prestations du bénéficiaire de la contribution à des tiers. Tel n'est pas le cas si le versement n'a pour objectif que de soutenir la continuation de l'activité économique de l'assujetti et n'a qu'indirectement pour effet d'abaisser le niveau de prix global de ladite activité. On exige en effet un lien immédiat avec une prestation destinée à un destinataire déterminé. L'immédiateté requise est par exemple donnée lorsque sont versés des montants destinés à réduire le prix des titres de voyage pour certaines catégories de personnes (telles qu'écoliers, employés communaux, habitants d'une commune, rentiers AVS, etc.). La relation unissant le bénéficiaire à des tiers doit donc, le cas échéant, également être analysée. Cela dit, si la première analyse montre qu'il y a échange entre l'Etat et l'assujetti, il n'est bien sûr pas besoin d'examiner la problématique du complément de prix (on se trouve alors en présence de deux relations bipartites: entre l'Etat et l'assujetti d'une part et entre l'assujetti et le tiers d'autre part). En effet, le flux d'argent imposé une première fois en tant que contre-prestation d'une prestation faite par l'assujetti à l'Etat ne peut être imposé une seconde fois en relation avec la prestation faite au tiers (cf. JAAC 69.8 consid. 2b/bb; décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 2003-056 du 23 mars 2004 consid. 2a/ee).
5.2.6. Les considérations qui précèdent s'appliquent également, mutatis mutandis, au traitement fiscal des dons (cf. consid. 5.2.3 ci-dessus; cf. également décision de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d). On peut donc se fonder sur la jurisprudence relative aux subventions pour trancher les litiges dans lesquels interviennent des dons.
5.3. La Cour européenne de Justice a également eu l'occasion de traiter de problématiques similaires. En particulier, elle a examiné la manière dont des subventions sur les prix devaient être imposées dans le cadre de la TVA.
5.3.1. Il ressort de la jurisprudence européenne que les subventions doivent être intégrées dans le calcul de la TVA dans la mesure où elles constituent la contrepartie totale ou partielle d'une opération de livraison de biens ou de prestations de service et qu'elles sont versées par un tiers au vendeur ou au prestataire (dispositif de l'arrêt de la CJCE du 22 novembre 2001 C-184/00). Dans leur raisonnement, les juges européens considèrent que le calcul de la TVA doit être fait en tenant compte des subventions lorsqu'il existe un lien direct entre celles-ci et le prix du bien ou du service en cause (cf. paragraphes 11 à 13 de l'arrêt précité). Ainsi, le prestataire de la subvention doit avoir un droit à celle-ci dès lors qu'il effectue une opération taxable (cf. paragraphe 13 de l'arrêt précité). De plus, l'acheteur du bien ou le bénéficiaire du service doivent tirer profit de la subvention; autrement dit, celle-ci doit avoir pour effet de diminuer proportionnellement le prix de la prestation, même s'il n'est pas nécessaire que la différence de prix corresponde exactement au montant reçu par le prestataire (cf. paragraphes 14 et 17 de l'arrêt précité).
Si le lien entre la subvention et le niveau des prix ne peut pas être fait directement, alors celle-ci ne constitue pas une part de la contrepartie et elle n'est pas soumise à l'impôt. Tel est en particulier le cas lorsqu'une subvention n'a pas pour effet de diminuer les prix mais qu'elle permet seulement à des producteurs indigènes de vendre leur marchandise au prix défini par le marché au niveau international alors que ceux-ci ne seraient pas capables de s'y conformer seuls en raison des coûts qu'il doivent supporter (arrêts de la CJCE du 15 juillet 2004 C-495/01 et C-144/02).
5.3.2. Ainsi, la jurisprudence européenne et la jurisprudence suisse emploient pratiquement les mêmes types de critères pour déterminer si un versement de tiers doit être considéré comme une subvention ou un don, ou comme un complément de prix. On relèvera cependant que, dans un arrêt relativement ancien, le Tribunal fédéral paraît avoir admis que les compléments de prix devaient être traités en droit suisse comme des subventions, sans distinction (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.353/2001 du 11 février 2002 consid. 6). Toutefois, cet arrêt ne semble pas devoir remettre en cause la théorie qui vient d'être présentée. On peut déjà se demander si l'opinion du Tribunal fédéral eût été la même en présence de dons (même si ceux-ci doivent normalement être traités comme des subventions, cf. consid. 5.2.6 ci-dessus). De plus, il ne portait pas directement sur la problématique des compléments de prix; il s'agissait plutôt de déterminer la mesure dans laquelle des subventions à l'exportation entraînent une réduction du droit à la déduction de l'impôt préalable. Les parties elles-mêmes ne contestaient pas vraiment l'existence de subventions, alors que tel n'est pas le point de vue qu'elles ont adopté ici (cf. consid. 3.1 ci-dessus). La recourante a ainsi procédé aux paiements litigieux sur la base de factures qui incluaient le calcul de la TVA.
On notera également que les arrêts auxquels il est fait référence ci-dessus au sujet des compléments de prix (cf. consid. 5.2) sont en partie plus récents que l'arrêt du Tribunal fédéral du 11 février 2002 et qu'ils n'ont pas été renversés (cf. également l'ATF 126 II 443 consid. 6a qui paraît aller dans le même sens). L'arrêt du 11 février 2002 concernait au demeurant l'ancienne ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA; RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) alors que les faits sont ici soumis à la législation de 1999 (cf. consid. 2.1.1 ci-dessus). Pour ces diverses raisons, il y a lieu, en l'espèce, de s'en tenir aux principes exposés au considérant 5.2.5.
Le présent cas portant en définitive sur un problème de déduction de l'impôt préalable, il convient encore de rappeler les conditions auxquelles celle-ci peut être opérée.
6.1. Selon l'art. 38 aLTVA, si l'assujetti utilise des biens ou des prestations de services pour l'une des affectations justifiées par l'usage commercial indiquées à l'al. 2 (parmi lesquelles figurent les livraisons et les prestations de services imposables), il peut déduire dans son décompte les montants d'impôt préalable que d'autres assujettis lui ont facturés pour des livraisons et des prestations de services (art. 38 al. 1 let. a aLTVA). La déduction de l'impôt préalable constitue ainsi un droit subjectif. Cela étant, elle représente également une technique au service du principe de la neutralité, selon lequel la TVA doit être la même pour tous les consommateurs, quel que soit le circuit emprunté par le bien (cf. Pascal Mollard, La TVA : vers une théorie du chaos ? in Mélanges CRC, Lausanne 2004, ch. 3.1.1). Elle a pour effet que l'entrepreneur ne doit imposer que son chiffre d'affaires net, même s'il doit soumettre à la TVA l'intégralité de son chiffre d'affaires, sans l'impôt lui-même (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_653/2008 du 24 février 2009 consid. 6.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4385/2009 du 19 décembre 2011 consid. 2.1, A-6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.2; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., ch. 1360). Du fait de la distinction entre l'impôt grevant les prestations en aval et celui frappant les prestations en amont, les deux domaines doivent être soigneusement distingués par l'assujetti et communiqués séparément (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4385/2009 du 19 décembre 2011 consid. 2.1, A-5620/2008 du 11 novembre 2009 consid. 2.2; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., ch. 1362).
6.2. La déduction de l'impôt préalable est en particulier subordonnée à certaines conditions matérielles.
6.2.1. Premièrement, seul un assujetti peut prétendre à la déduction l'impôt préalable (cf. art. 38 al. 1 aLTVA); deuxièmement, cette déduction est possible uniquement pour les livraisons et prestations de services grevées de TVA qui lui ont été facturées par un autre assujetti (cf. art. 38 al. 1 let. a aLTVA; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4385/2009 du 19 décembre 2011 consid. 2.1, A-1476/2006 et A-1492/2006 du 26 avril 2007 consid. 5.3); troisièmement, les prestations doivent être affectées - ne serait-ce que de manière indirecte - à l'un des buts limitativement énumérés à l'art. 38 al. 2 aLTVA, étant encore précisé que l'assujetti peut également déduire les montants d'impôt préalable mentionnés à l'al. 1, lorsqu'il utilise des biens ou des services mentionnés à l'art. 19 al. 2 aLTVA ou pour des activités qui seraient imposables s'il les effectuait sur le territoire suisse (cf. art. 38 al. 3 aLTVA; ATF 132 II 353 consid. 8.3; arrêt du Tribunal fédéral 2C_632/2007 du 7 avril 2008 consid. 2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4385/2009 du 19 décembre 2011 consid. 2.2.1, A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.5.1).
Enfin, la déduction de l'impôt préalable ne doit pas avoir été expressément proscrite (cf. art. 39 aLTVA; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4385/2009 du 19 décembre 2011 consid. 2.2.1; cf. sur les différentes conditions relatives à la déduction de l'impôt préalable, arrêts du Tribunal fédéral 2C_45/2008 du 16 décembre 2008 consid. 3.2, 2A.34/2007 du 8 janvier 2008 consid. 2.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3 et 4 et les références citées, A-6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.4; Diego Clavadetscher/Pierre-Marie Glauser/Gerhard Schafroth, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Munich 2000, ad art. 38 p. 685 ss).
6.2.2. Le système présuppose donc une relation étroite entre la prestation acquise et celle effectuée. L'« input » (« Eingangleistung »), soit l'acquisition de prestations en amont, doit être - en tant qu'élément de coût - affecté de manière directe ou indirecte à l'« output » (« Ausgangsleistung »), soit à la prestation en aval. La jurisprudence l'exprime en parlant d'un lien économique objectif (ou nécessaire) entre l'« input » et l'« output », qui peut être soit direct, soit indirect, lorsque les prestations imposables sont simplement exécutées à l'aide des prestations acquises (cf. ATF 132 II 352 consid. 8.2, 8.3 et 10; arrêts du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 7.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4385/2009 du 19 décembre 2011 consid. 2.2.2, A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.2 et les références citées). Dès lors, si une prestation acquise sert à produire une prestation imposable, la déduction de l'impôt préalable est possible intégralement, alors que si elle est affectée à un autre but, cette déduction n'est pas envisageable.
6.3. Il résulte de ce qui précède que la déduction de l'impôt préalable est fondamentalement liée à l'acquisition d'une prestation de la part de l'assujetti qui y prétend (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.202/2006 du 27 novembre 2006 consid. 3.2; Riedo, op. cit. p. 253). Si cette condition n'est pas la seule à devoir être remplie, elle constitue néanmoins un préalable indispensable à l'existence d'un droit à la déduction. Si aucune prestation n'est acquise, il n'y a pas d'input, et par conséquent il ne peut y avoir aucun lien avec un éventuel output. Cette manière de voir est également compatible avec le principe de neutralité de l'impôt. En l'absence d'une prestation amont, il ne peut y avoir de distorsion de la concurrence entre un assujetti qui aurait à supporter le poids de l'impôt préalable et un autre assujetti qui produirait lui-même la prestation en question. En effet, le principe de la neutralité de l'impôt ne trouve simplement pas à s'appliquer dans une situation où une telle prestation (c'est-à-dire un input) fait défaut. On ne saurait identifier en pareilles circonstances aucune "taxe occulte" au sens propre, celle-ci étant par définition liée à l'existence d'un input et d'un output (cf. arrêts du Tribunal fédéral du 7 avril 2008 2C_612/2007 consid. 9.1; 2C_473/2009 du 2 février 2010 consid. 3.1). Le principe de neutralité est en revanche respecté par rapport à l'assujetti qui effectue la prestation ayant donné lieu à un prix et à un complément de prix, raison pour laquelle ledit principe est techniquement suffisamment respecté.
7.1. En l'espèce, des affineurs de fromage ont vendu de leur marchandise sur des foires (ou lors d'autres manifestations non précisées) à des prix inférieurs au prix normal, la différence étant compensée par un versement de la recourante à ceux-ci. Ils ont fait de même à l'exportation. Naturellement, les fromages eux-mêmes ont été remis aux acheteurs et non à la recourante. L'existence d'une opération TVA entre les affineurs et les consommateurs ne fait pas de doute. Il faut maintenant déterminer quelle position vient occuper la recourante par rapport aux autres intervenants.
La recourante étant une association de droit privé, elle ne saurait allouer des subventions au sens de l'aLTVA (cf. consid. 5.2.2 ci-dessus). En revanche, il est envisageable qu'elle agisse par le biais de dons. Il convient donc d'examiner cette question. Selon ce qui a été dit ci-dessus (cf. consid. 5.2.5 ci-dessus), le raisonnement doit se dérouler en deux étapes. On doit d'abord se demander si la recourante et les affineurs effectuent une opération imposable indépendante, qui les lierait eux uniquement, et qui devrait par conséquent suivre son propre régime fiscal. Si la réponse à cette première question est négative, il faudra encore voir si les versements litigieux correspondent à des compléments de prix.
7.1.1. En ce qui concerne la première question à examiner, la recourante elle-même admet qu'on voit mal comment se présenterait l'éventuelle opération TVA qui serait intervenue entre les affineurs et elle (cf. recours, p. 5 s.). On peine en effet à déceler en quoi pourrait consister la prestation potentiellement fournie par les affineurs qui permettrait de construire un rapport d'échange avec les montants versés par la recourante. Celle-ci propose de considérer que la prestation des affineurs consistait en une opération promotionnelle du fromage A.______ qui découlait du rabais accordé sur le prix du produit (recours, p. 6). Toutefois, cette construction ne constitue pas encore une opération TVA. En particulier, la recourante n'explique pas ni n'établit où se trouverait le lien économique direct entre la prestation et la contre-prestation. Il n'y a par exemple aucun lien entre les montants versés et le véritable impact publicitaire des ventes. En réalité, la recourante semble confondre les conséquences d'une opération TVA avec l'opération elle-même. En effet, peu importe que le destinataire d'une prestation fasse l'acquisition de celle-ci afin de réaliser un objectif supérieur, c'est le lien direct entre la prestation et la contre-prestation qui compte (cf. consid. 4.2.2 ci-dessus). La recourante ne rémunérait pas les affineurs pour qu'ils soient présents sur des foires, fassent de la publicité ou étendent leur réseau de distribution, mais uniquement parce qu'ils avaient vendu un certain nombre de fromages A._______. Si, indirectement, ce procédé encourageait les affineurs à se rendre sur des marchés, qu'il en résultait un effet publicitaire pour le fromage A._______ et que cela contribuait à la réalisation de buts statutaires de la recourante, ces conséquences bienvenues ne suffisent pas à créer une opération TVA indépendante entre les affineurs et elle.
Les termes employés par la recourante pour décrire la situation confirment bien que les ventes constituaient l'élément essentiel de l'opération. Celle-ci parle ainsi de "ventes promotionnelles", de "contributions à l'exportation", "d'actions, ventes". On voit par là que son attention se portait sur le volume de fromage écoulé, et non sur une hypothétique prestation de marketing des affineurs qui pût avoir une existence propre.
Par ailleurs, la construction proposée par la recourante constitue une analyse a posteriori de la situation, effectuée dans le but d'imaginer une prestation qui pourrait lui avoir été fournie par les affineurs. Or cette manière de raisonner est elle aussi contraire au système de la TVA. En effet, pour identifier l'existence de prestations ou de contre-prestations, il faut se baser sur ce que les parties à une opération considéraient véritablement comme les termes de l'échange au moment où celui-ci a eu lieu, et non pas sur ce que celui-ci aurait pu être (cf. consid. 4.2.2 et 4.3.1 ci-dessus). Si la recourante elle-même doit aujourd'hui recourir à son imagination pour décrire la prestation des affineurs, cela montre bien que celle-ci n'a pas été envisagée à l'époque comme l'un des éléments d'une opération TVA indépendante.
7.1.2. L'existence d'une opération TVA spécifique entre la recourante et les affineurs n'étant de loin pas établie, il convient maintenant de se demander si les contributions de la recourante doivent être tenues pour des compléments de prix (cf. consid. 5.2.5 ci-dessus).
La recourante versait aux affineurs un montant qui correspondait à la différence entre le prix normal de la marchandise (soit le prix du marché) et un prix réduit, et le calcul du montant à verser dépendait directement du nombre d'unités vendues (cf. mémoire complémentaire de réclamation, p. 2 s.). Le lien entre les montants alloués aux affineurs et la vente des fromages est ainsi clair. Les acheteurs bénéficiaient directement de la réduction du prix, dans la mesure où les versements de la recourante diminuaient d'autant le montant qu'ils devaient débourser. On retrouve donc exactement les caractéristiques des compléments de prix (cf. consid. 5.2.5 ci-dessus). Le fait que la recourante ne recevait pas elle-même une prestation de la part des affineurs apparaît dès lors comme parfaitement normal. Il n'existe en réalité qu'une seule prestation (chaque livraison de fromage à un acheteur), qui donne lieu à une contre-prestation en deux parties (de la part de l'acheteur et la part de la recourante) Ainsi, les versements de la recourante doivent s'analyser comme des compléments de prix et ils font partie de la contre-prestation sur laquelle doit, le cas échéant, se fonder le calcul de la TVA (cf. consid. 5.1.4 et 5.2.5 ci-dessus). Dès lors, il est également exclu de les considérer comme des dons (cf. consid. 5.2.3 ci-dessus).
7.1.3. Il découle de ce qui vient d'être dit que les factures adressées par les affineurs à la recourante ne constituent pas de véritables factures au sens de la TVA. Il s'agit uniquement de documents commerciaux destinés à faire valoir la créance de ceux-là à l'égard de celle-ci (cf. consid. 5.1.2 ci-dessus). La présomption habituelle selon laquelle l'existence d'une facture implique aussi l'existence d'une opération TVA est donc renversée en l'occurrence (cf. consid. 4.3.2 ci-dessus).
7.1.4. En conclusion, il apparaît qu'il n'existe pas d'opération TVA liant les affineurs à la recourante et que les sommes versées par celle-ci s'analysent comme de purs compléments de prix qui constituent une part de la contre-prestation au même titre que les montants versés par les acquéreurs de fromage.
7.2. Ces constatations étant faites, il faut encore en tirer les suites qui s'imposent par rapport à la déduction de l'impôt préalable. Celles-ci sont assez claires. S'il n'y a pas de prestation délivrée à la recourante dans le cadre du rapport qui unit celle-ci aux affineurs, il ne peut non plus être question d'une prestation amont qui, liée à une prestation aval, donnerait le droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. consid. 6.3 ci-dessus). A nouveau, l'objectif poursuivi par les parties et les termes de l'échange qu'elles effectuent doivent être bien distingués. La recourante a peut-être, voire certainement, cherché à réaliser ses buts statutaires en versant des compléments de prix aux affineurs. Si elle a bien agi ainsi dans le cadre de son activité économique, cela ne suffit à dire que les affineurs lui ont eux-mêmes fourni une prestation de services - indéfinissable au demeurant - qui pourrait s'analyser comme un "input". La recourante a simplement été déterminée à agir par les effets escomptés de l'opération qu'elle menait.
Il appert donc que l'AFC a établi le décompte complémentaire n° [...] à juste titre et que le recours doit être rejeté.
Il reste à examiner les griefs soulevés par la recourante et à voir s'ils contredisent l'analyse qui précède.
8.1. La recourante considère que l'empêcher de déduire l'impôt préalable payé sur les compléments de prix violerait le principe de la neutralité de l'impôt. On a déjà relevé, au contraire, que, en l'absence d'une prestation entrante, il ne pouvait être question d'une violation du principe de neutralité. En effet, celui-ci vise précisément à assurer qu'il n'y ait pas de distorsion de concurrence entre assujettis en raison de la manière dont ceux-ci se sont procurés les prestations nécessaires à leur activité (cf. consid. 6.3 ci-dessus). Ici, en l'absence de prestation amont, un tel phénomène ne saurait être envisagé.
8.2. La recourante voit également une contradiction dans la pratique administrative et judiciaire au sujet des compléments de prix. Elle considère en effet qu'il ne serait pas cohérent d'intégrer les compléments de prix dans le calcul de la TVA et de refuser ensuite à celui qui les paye d'opérer la déduction de l'impôt préalable.
Cependant, cette manière de faire découle simplement du système de la TVA. Dès lors que les compléments de prix apparaissent comme une part de la contre-prestation versée pour la livraison de fromage, le calcul de la TVA doit nécessairement les englober (cf. consid. 7.1.2 ci-dessus). En revanche, dans la mesure où la recourante ne reçoit elle-même aucune prestation, elle ne saurait inclure la TVA payée à ce titre dans le calcul de la déduction de l'impôt préalable (cf. consid. 7.2 ci-dessus). Contrairement à ce que la recourante soutient, cette situation ne revient pas à adopter, pour le même état de fait, une appréciation juridique différente selon la phase fiscale analysée, ce qui serait contraire au principe de la bonne foi. Dans le raisonnement développé ci-dessus, les compléments de prix sont définis uniquement comme une part de la contre-prestation versée pour l'achat de fromage. Le fait que ces montants doivent être inclus dans le calcul de la TVA sans que la recourante puisse procéder à une déduction de l'impôt préalable résulte de cette seule et unique appréciation. Ainsi, il n'y a ni contradiction ni changement d'optique dans la manière de considérer les compléments de prix selon les phases de la procédure.
8.3. La recourante se plaint d'avoir dû payer la TVA sur les compléments de prix. Elle estime que, si elle ne peut déduire l'impôt versé à cet égard à titre d'impôt préalable, cela signifie aussi qu'elle n'aurait pas dû payer la TVA sur les compléments de prix. Cet argument est assez semblable à celui qui vient d'être examiné, dans la mesure où la recourante sous-entend par là qu'il devrait y avoir une correspondance entre le fait de payer la TVA et le fait d'être autorisé à effectuer la déduction de l'impôt préalable. En réalité, cette correspondance n'existe pas. La déduction de l'impôt préalable est soumise à un certain nombre de conditions, et le fait d'avoir payé la TVA sur des prestations entrantes n'est que l'une d'elles (cf. consid. 6.2.1 ci-dessus). Savoir si une prestation est soumise à la TVA et déterminer si le montant payé à ce titre donne droit à la déduction de l'impôt préalable sont deux questions bien distinctes.
Il n'est d'ailleurs pas déterminant pour la solution du présent cas de dire si les ventes de fromage ont été soumises à juste titre ou non à la TVA. L'eussent-elles été à tort que cela ne donnerait pas le droit à la recourante d'effectuer la déduction de l'impôt préalable pour cette seule raison. Ainsi, une partie des livraisons ayant été destinées à l'exportation, on pourrait se demander si la TVA était véritablement due sur les compléments de prix y relatifs, ou si ceux-ci devaient bénéficier de l'exonération prévue dans ces cas-là. Toutefois, la réponse à cette question n'ayant pas une importance déterminante pour la solution du litige, elle souffre de rester ouverte.
8.4. En définitive, il convient de préciser à nouveau les conclusions auxquelles parvient le Tribunal. En premier lieu, la recourante n'est pas le destinataire d'un input et elle n'a en conséquence aucun droit à faire valoir en matière de déduction de l'impôt préalable. Deuxièmement, elle n'est pas l'acquéreur d'une prestation, de sorte que les affineurs ne sauraient lui adresser des factures au sens de la TVA; tout au plus peuvent-ils établir à son égard des documents de nature purement commerciale pour lui indiquer les sommes que celle-ci leur doit. Troisièmement, elle joue uniquement le rôle d'un tiers au sens de l'art. 33 al. 2 LTVA, et de ce fait, elle intervient, en ce qui concerne le paiement d'une partie de la contre-prestation, à la place de l'acquéreur, et non pour elle-même.
Compte tenu de l'analyse qui précède, la recourante pourrait tout au plus, selon les circonstances, chercher à obtenir le remboursement, par l'une des autres parties impliquées, d'un montant payé par elle et correspondant à une éventuelle part de TVA dont elle ne devait pas elle-même s'acquitter et qu'il y aurait lieu de faire supporter, par le biais du transfert de l'impôt, aux destinataires de la marchandise.
Cette problématique dépend des relations de la recourante avec les acheteurs ou les prestataires. Ces relations sont d'ordre privé et ne sont pas du ressort du Tribunal de céans (cf. art. 37 al. 6 aLTVA). Il s'agit en effet d'une pure problématique de transfert de l'impôt, et l'éventuelle absence de relation de la recourante avec les acheteurs n'y change rien (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_426/2008 du 18 février 2009 consid. 4.5, 2C_518/2008 du 15 octobre 2008 consid. 2.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3198/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.4.2; A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.3).
Les considérants qui précèdent conduisent à rejeter le recours. En conséquence, conformément à l'art. 63 al. 1 PA et aux art. 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par Fr. 3'000.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante. Il convient d'imputer, dans le dispositif, l'avance du même montant fournie sur les frais correspondants. Par ailleurs, vu l'issue de la cause, il n'y pas lieu de procéder à l'allocation de dépens (art. 64 al. 1 PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
Le recours est rejeté.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 3'000.- (trois mille francs), sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais du même montant déjà versée.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. ... ; Acte judiciaire)
Le président du collège : Le greffier : Pascal Mollard Cédric Ballenegger
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :