Imposition de biogaz ; production d'électricité.
Entscheiddatum: 28.10.2020Publikationsdatum: 11.11.2020
Bundesverwaltungsgericht Tribunal administratif fédéral Tribunale amministrativo federale Tribunal administrativ federal Cour I A-3371/2017
Arrêt du 28 octobre 2020 Composition Annie Rochat Pauchard (présidente du collège), Daniel Riedo, Raphaël Gani, juges, Valérie Humbert, greffière. Parties A._______, recourante, contre Direction générale des douanes (DGD), Division principale Procédures et exploitation, autorité inférieure, Objet Imposition de biogaz ; production d'électricité.
A.
A.a A._______ est une société anonyme de droit suisse avec siège à ***, inscrite au registre du commerce de la République et canton *** depuis le ***. Son but est en particulier la planification, la construction, l'exploitation et l'entretien de centrales de biogaz pour la production de courant électrique et de chaleur (pour le but complet, voir les statuts). C._______ en est le président et administrateur délégué, avec signature individuelle.
A.b A._______ détenait une autorisation obtenue en procédure simplifiée le 17 novembre 2014, lui conférant le statut d'établissement de fabrication au sens des dispositions légales régissant l'imposition des huiles minérales et la mettant au bénéfice d'un allègement fiscal pour le biogaz produit dans son installation. Dite autorisation, avec effet rétroactif au 1er janvier 2014 et valable jusqu'au 31 décembre 2018, était conditionnée à l'utilisation exclusive des matières premières mentionnées dans la liste positive de la Direction générale des douanes (DGD).
B. Le 5 novembre 2015, par le bureau de douane de *** (*** ; ci-après : le bureau de douane), A._______ a importé, en 11 passages et autant de déclarations d'importation, 193 tonnes (t) d'une marchandise déclarée comme « déchets de maïs pour usage technique ». L'un de ces passages (liste d'importation edec n°***) a fait l'objet d'une vérification matérielle par la prise de deux échantillons en trois prélèvements ; elle a donné lieu à contestation (cf. dossier DGD, pces 18, 19, 22, 61, 62 et 64). De l'avis du bureau de douane, l'envoi déclaré en tant que « déchets de maïs pour usage technique » constituait, en réalité, de l'ensilage de maïs classique (produit d'affouragement), provenant du fauchage et du broyage de la plante entière de maïs, y compris les épis et les graines et ne pouvait dès lors bénéficier de l'allègement fiscal (cf. dossier DGD, pces 5 à 24). Le bureau de douane a transmis le cas à la DGD, avec échantillons et photographies, pour suite utile.
C.
C.a Le 19 janvier 2016, par ordre de la DGD du 9 décembre 2015, le Team de contrôleurs d'entreprise de *** (ci-après : le Team CE) a effectué un contrôle au siège de A._______ duquel il est ressorti que les 193 t de maïs importé avaient été effectivement utilisées dans un but technique, c'est-à-dire autre que pour l'alimentation humaine ou pour l'affouragement, dans l'installation de biogaz. A cette occasion, le Team CE a saisi un classeur contenant tous les bulletins de livraison de l'année 2015 (cf. dossier DGD, pces 25 et 34).
C.b Par pli du 21 janvier 2016, A._______ a confirmé à la DGD que le maïs importé était du maïs déclassé, qui par suite d'un accident de stockage était devenu impropre à la consommation animale. Cédé gratuitement en échange de son transport, il avait été intégralement utilisé pour la production de biogaz dans son installation. Une lettre jointe, datée du 20 janvier 2016 et signée par B._______, agriculteur sur la commune de ***, attestait ces propos (cf. dossier DGD, pces 26 et 27).
Par un autre pli du 27 janvier 2016, A._______ a dit donner suite au contrôle du 19 précédent et livré les éléments demandés. Par ailleurs, l'entreprise a confirmé dans ce courrier que les autres produits utilisés dans son installation de méthanisation étaient inscrits sur la liste positive et en respectaient les conditions.
C.c Les autorités douanières ont comparé les informations reçues et saisies lors de leur contrôle avec leurs données pour l'année 2015. Elles ont ensuite transmis, par pli du 15 février 2016, un récapitulatif en cinq points à A._______ en lui octroyant un délai pour prendre position sur les écarts constatés. Au point 5, le Team CE a expliqué avoir établi un tableau récapitulant les matières premières mentionnées dans le formulaire et les annexes produits le 27 janvier 2016 ainsi que celles figurant sur les bulletins de livraison saisis lors du contrôle. Il était demandé à A._______ de compléter le tableau soumis en indiquant la provenance et dénomination exactes des matières, leur valeur économique et leur classement dans la liste positive (cf. dossier DGD pces 28 et 29, annexe réplique pce 11).
C.d Par voie de courriel du 9 mars 2016, A._______ a donné des explications au sujet des écarts constatés, a produit un tableau synthétisant les importations pour 2015 et a retourné celui établi par le Team CE partiellement complété (cf. dossier DGD pces 30 à 33).
D.
D.a Il ressort du dossier que le Team CE a effectué un second contrôle au siège de A._______ le 19 août 2016 (cf. dossier DGD, pce 34 et 35). Aux termes de la décision litigieuse, il aurait eu pour but d'obtenir des informations complémentaires concernant les cosubstrats utilisés en 2015 (genre [dénomination et obtention], tonnage, valeur économique et durée d'utilisation).
D.b Par pli du 2 septembre 2016, A._______- se référant à une demande du 23 août 2016 du Team CE ne figurant pas au dossier - a produit deux attestations provenant de B.________, datées des 20 janvier et 14 juin 2016, certifiant que l'ensilage cédé à C._______ était sans valeur car impropre à la consommation pour cause de problèmes de stockage, les copies de toutes les factures de cosubstrats achetés, respectivement importés durant l'année 2015, ainsi qu'une nouvelle fois, le tableau établi par le Team CE complété d'une colonne supplémentaire intitulé « décomposition des factures » (cf. dossier DGD, pces 35 à 39).
E.
E.a Le 27 octobre 2016, le Team CE a informé A._______ de son intention de procéder à la perception subséquente de l'impôt sur les huiles minérales pour le biogaz produit durant l'année 2015 et lui octroyait un délai pour faire valoir son droit d'être entendu. En substance, les autorités douanières étaient d'avis que l'installation de biogaz avait été alimentée par de l'ensilage de maïs fourrager, ce qu'aurait confirmé l'échantillon prélevé le 5 novembre 2015 par le bureau de douane. De plus, d'autres matières premières ne remplissant pas les exigences écologiques et sociales minimales avaient également été utilisées, comme par exemple des cosubstrats ayant une valeur économique et dont les preuves des exigences écologiques et sociales faisaient défaut. Une demande d'allégement fiscal pour ces biocarburants qui ne figurent pas sur la liste positive de la DGD n'avait pas été présentée avant leur utilisation.
Les autorités douanières ont déterminé le montant d'impôt sur les huiles minérales dû en tenant compte de la production d'électricité sur la période du 1er janvier 2015 au 9 février 2016 (soit durant l'année 2015, augmentée de 40 jours correspondant au temps de passage des matières premières dans le méthaniseur), augmentée de l'auto-consommation de 1'500 kWh par jour, puis convertie en quantité de biogaz équivalent au gaz naturel sur la base du rendement électrique de l'installation. La production d'électricité totale était de 4'170'813.8 kWh, le rendement électrique de l'installation de 38,2 % et la production de carburant biogaz équivalente en gaz naturel à 873'468.6 kg. Le taux d'impôt réduit appliqué était de CHF 2.10 par 1'000 kg et le montant d'impôt en faveur de l'Administration fédérale des douanes (ci-après : AFD) revenait à CHF 1'834.28.
Ce courrier était accompagné d'un procès-verbal de constat daté 25 octobre 2016 qui devait être retourné dûment signé par A._______, d'un tableau récapitulant la production d'électricité pour la période retenue, d'un tableau présentant le calcul des redevances, ainsi que d'une facture (cf. dossier DGD, pces 40 à 44).
E.b Par pli du 7 novembre 2016, A._______a retourné le procès-verbal, complété à la main de la phrase suivante : « comme convenu au tél avec D._______, je réfute les faits qui me sont reproché et je reste à votre disposition pour être entendu » (cf. dossier DGD, pce 45).
E.c Par décision du 20 décembre 2016, la Direction d'arrondissement des douanes de *** (ci-après : la DA) a confirmé la perception subséquente portant sur le montant de CHF 1'834.30.- (cf. dossier DGD, pce 46).
F.
F.a Par acte du 18 janvier 2017, A._______ a déféré cette décision par devant la DGD, concluant implicitement à son annulation. A l'appui de ses conclusions, elle a prétendu que le maïs importé le 5 novembre 2015 était du déchet agricole, conforme à la rubrique 4.2 de la liste positive et que le prélèvement des douanes n'était pas représentatif. Selon elle, les cosubstrats utilisés en 2015 figuraient également tous sur la liste positive. Elle a également expliqué que payer le montant demandé reviendrait à admettre les faits reprochés ce qui conduirait à la perte de la rétribution à prix coûtant (RPC) pour 2015, soit un préjudice entraînant sa faillite. Elle a annexé à son écriture la lettre de B._______ du 14 juin 2016 et trois photographies d'un champ (cf. dossier DGD, pces 47 à 51).
F.b Par décision du 18 mai 2017, la DGD a rejeté le recours et confirmé le montant dû.
Elle est en substance d'avis que les prélèvements à trois endroits différents d'un même chargement d'environ 12 t - qui a aussi été photographié - ont été effectués conformément aux bases légales et réglementaires. Le bureau de douane a considéré que le produit importé et vérifié représentait en fait de l'ensilage de maïs classique provenant du fauchage et du broyage de la plante entière, soit une marchandise relevant de la rubrique 4.3 « matières premières renouvelables (MPR), plantes énergétiques » de la liste positive. Pour de telles matières, une demande d'allégement fiscal doit être présentée avant l'importation par le formulaire 45.85. La DGD et l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG), auquel les échantillons et les photos ont été présentés, partagent cet avis.
Compte tenu que les dix autres importations ont eu lieu le même jour à quelques heures d'intervalle, elles proviennent sans doute du même lot, A._______ n'ayant pas apporté la preuve d'une marchandise d'une qualité différente. Si cela devait quand même être le cas, pour qu'elle soit considérée comme couverte par la liste positive (sous rubrique 4.2, code 02 01 03), il faudrait encore qu'elle n'ait pas de valeur économique. Les attestations de B._______ du 20 janvier et du 14 juin 2016 produites à cet égard l'ont été après coup et ne portent pas d'indication précise sur la provenance du lot et la quantité concernée. Par ailleurs, la DGD a remarqué que l'attestation du 14 juin 2016 et les photos jointes par A._______ à l'appui de son recours ne concernent pas la marchandise dont il est question dans la procédure de perception subséquente mais ont été produites en juin 2016 dans le cadre d'une demande de l'entreprise E._______ à *** (dont C._______ est également le président) pour l'importation en Suisse de 350 t d'ensilage de maïs défectueux.
La DGD a refusé d'accorder une valeur probante aux attestations de B._______ au motif qu'elle doute de sa qualité de producteur de ce maïs soi-disant déclassé au vu des grandes quantités concernées (193 t et 350 t). De plus, la facture du 4 novembre 2015 pour l'importation du lot ayant fait l'objet d'une vérification mentionne C._______ à *** en tant que producteur de ces déchets de maïs.
S'agissant des autres cosubstrats utilisés par A._______en 2015, la DGD a retenu en substance qu'ils ne pouvaient pas être couverts par la liste positive dans la mesure où ils avaient une valeur économique. Pour ces cosubstrats, elle aurait dû adresser une demande d'allégement fiscal avant leur utilisation par le biais du formulaire 45.85.
G.
G.a Par acte du 14 juin 2017, A._______(ci-après : la recourante), agissant par son président C._______, interjette recours par devant le Tribunal administratif fédéral (ci-après : le TAF ou le Tribunal) à l'encontre de cette décision, concluant à son annulation sous suite de frais. A l'appui de ses conclusions, elle s'emploie à démontrer que les matières utilisées en 2015 respectaient les conditions de la liste positive et que le recours au formulaire 45.85 n'était pas nécessaire. Prétendant que le prélèvement des échantillons n'a pas respecté les protocoles en la matière, elle conteste tant le mode de prélèvement que le résultat celui-ci.
S'agissant des cosubstrats, la recourante, d'une part, conteste en partie les attributions faites par l'autorité inférieure de ces matières dans les catégories de la liste positive et expose un autre classement. D'autre part, elle affirme que le libellé des factures payées pour ces cosubstrats ne mentionnent que le transport, lequel est en cohérence avec le tarif au km. Elle prétend également que les commissions pour l'organisation logistique des livraisons sont admises même si la valeur de la catégorie de la liste positive doit être nulle.
G.b Dans sa réponse du 3 août 2017, l'autorité inférieure expose à titre liminaire les bases légales et réglementaires ainsi que le contexte dans lequel elles ont été adoptées.
Au sujet du maïs importé, la catégorie « raté de production » de la liste positive à laquelle prétend la recourante ne lui paraît pas adéquate. La vérification a aussi consisté en une appréciation visuelle du Chef de service du bureau de douane qui dispose de « très bonnes connaissances du domaine agricole ». Les photos prises sont révélatrices de la teneur du chargement. Elles ne correspondent pas à celles produites par la recourante. Cette appréciation a été confirmée par l'OFAG et par la Section Tarif de la DGD auxquels ont été soumis les échantillons prélevés. L'autorité inférieure précise que si un formulaire 45.85 lui avait été soumis pour l'importation d'un tel produit, elle aurait rejeté la demande.
Pour le surplus, l'autorité inférieure maintient sa position au sujet du classement des différents cosubstrats et répond point par point aux critiques de la recourante à cet égard, en reprenant le tableau complété par cette dernière. Elle illustre la problématique des frais de transport à l'aide des factures établies par l'un des fournisseurs de la recourante pour démontrer que ces matières ont une valeur économique et ne peuvent donc bénéficier de l'allègement fiscal.
G.c Par réplique du 15 septembre 2017, la recourante s'attache une nouvelle fois à démontrer, en reprenant point par point les allégations de l'autorité inférieure, que les matières utilisées figurent dans la liste positive et que tous les critères en sont respectés. Elle expose longuement ses échanges avec l'autorité inférieure pour faire reconnaître l'un des cosubstrats litigieux - le méthagrain - comme matière première de la catégorie A de la liste positive, en reconnaissant par ailleurs que cette matière a une valeur économique.
G.d Dans sa duplique du 17 octobre 2017, l'autorité inférieure rappelle notamment que l'objet du recours porte sur l'année 2015 et que les échanges qu'évoque la recourante ont trait à des demandes d'allègement fiscal qu'elle a adressées postérieurement au premier contrôle effectué à son siège. Pour le surplus, elle maintient sa position en répondant aux arguments développés par la recourante dans sa réplique.
G.e Par triplique spontanée du 31 octobre 2017, la recourante prend position sur la dernière écriture de l'autorité inférieure. Elle produit, à l'appui, deux échantillons. Le premier représente des impuretés provenant du tri des céréales, l'autre du méthagrain, soit un produit obtenu à la suite du broyage et du granulage des impuretés. Elle s'étonne encore de ce que les commissions commerciales, qui ont toujours été tolérées, soient maintenant interdites.
G.f Dans sa quadruplique du 22 novembre 2017, l'autorité inférieure expose encore une fois sa ligne de conduite et les prescriptions applicables. Elle affirme que les commissions ne sont pas interdites mais qu'elle doit en tenir compte pour déterminer si la matière première a une valeur économique.
G.g Le 4 décembre 2017, la recourante dépose sans y être invitée une quintuplique dans laquelle elle résume sa position et précise qu'elle parle des commissions relatives aux matières de la catégorie B de la liste positive.
H.
H.a Occupé à l'examen du dossier de la cause, le Tribunal requiert le 13 février 2020 un renseignement par téléphone de l'autorité inférieure au sujet des déclarations d'importation du maïs litigieux. La réponse par voie de courriel de l'autorité inférieure du 18 février suivant (svt) est transmise à la recourante par ordonnance du 20 svt, laquelle interpelle également l'autorité inférieure afin qu'elle fournisse des éclaircissements au sujet de plusieurs pièces.
H.b Par pli du 13 mars 2020 - transmis à la recourante le 19 svt -, l'autorité inférieure produit en réponse des pièces complémentaires et explique notamment qu'il existe une confusion dans le dossier et ses prises de position antérieures entre le « classeur bleu 2015 », remis aux contrôleurs par la recourante le 19 janvier 2016, qui contient les bulletins de livraison et le « carnet d'affouragement 2015 » qui constitue le registre des matières premières mises dans le méthaniseur.
Les autres faits, ainsi que les arguments développés par les parties à l'appui de leurs positions respectives seront repris dans les considérants en droit ci-après, dans la mesure utile à la résolution du litige.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, à savoir notamment les décisions rendues par la DGD (art. 33 let. d LTAF).
1.2 La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
La réserve de l'art. 3 let. e PA ne trouve pas application dans la procédure devant le TAF dans la mesure où elle ne concerne que la procédure de taxation douanière initiale (der eigentlichen Veranlagungsverfügungen ; cf. Martin Kocher, in Kocher/Clavadetscher [éd.], Handkommentar Zollgesetz [ZG], 2009, art. 116 de la loi du 18 mars 2005 sur les douanes [LD, RS 631.0] n° 12), à l'exclusion des voies de droit (Kocher, op. cit., art. 116 LD n° 10 ; Nadine Mayhall, in Waldmann/Weissenberger [éd.], Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz [Praxiskommentar VwVG], 2e éd., 2016, art. 2 PA n° 8 ; cf. arrêt du TAF A-5996/2017 du 5 septembre 2018 consid. 1.4), parmi lesquelles on compte aussi les voies internes à l'Administration (cf. arrêt du TAF A-6590/2017 du 27 novembre 2018 consid. 1.2).
1.3 Déposé en temps utile (art. 50 al. 1 PA) et en les formes requises (art. 52 PA) par la destinataire de la décision litigieuse, laquelle possède un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 48 al. 1 PA), le recours est donc recevable sur ce plan et il peut être entré en matière sur ses mérites.
2.1 Devant le TAF, la recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c PA ; cf. Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd., 2013, ch. 2.149, p. 73 ; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7e éd., 2016, ch. 1146 ss).
2.2 Le TAF dispose d'un plein pouvoir de cognition (art. 49 PA). Il constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués à l'appui du recours (cf. art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 2011, p. 300 s.). Néanmoins, il se limite en principe aux griefs invoqués et n'examine les autres points que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (ATF 122 V 157 consid. 1a ; ATAF 2012/23 consid. 4, 2007/27 consid. 3.3 ; Alfred Kölz/Isabelle Häner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3e éd., 2013, ch. 1135).
2.3
2.3.1 Les bases légales pour le prélèvement de l'impôt et de la surtaxe sur les huiles minérales figurent dans la loi fédérale du 21 juin 1996 sur l'imposition des huiles minérales (Limpmin, RS 641.61) et l'ordonnance fédérale du 20 novembre 1996 sur l'imposition des huiles minérales (Oimpmin, RS 641.611). L'allègement fiscal pour les biocarburants - qui correspond à une exonération de l'impôt sur les huiles minérales -, a été introduit le 1er juillet 2008 (cf. RO 2008 579 ; voir FF 2006 4057). Les dispositions de la Limpmin et l'Oimpmin relatives aux biocarburants ont été modifiées avec effet au 1er août 2016 (cf. RO 2016 2661) et plus récemment, avec effet au 1er juillet 2020 (cf. RO 2020 1281).
La question du droit applicable doit être tranchée par le biais des principes généraux régissant le droit intertemporel (cf. parmi d'autres ATF 131 V 425 consid. 5.1 ; arrêt du TAF A-2663/2017 du 14 mars 2018 consid. 3.1). Selon ces règles, sont en principe applicables les dispositions en vigueur lors de la réalisation de l'état de fait qui doit être apprécié juridiquement ou qui a des conséquences juridiques (cf. ATF 140 V 22 consid. 5.3, 139 V 335 consid. 6.2). L'application d'une norme à des faits entièrement révolus avant son entrée en vigueur est interdite (cf. ATF 137 II 371 consid. 4.2).
2.3.2 Dans le cas d'espèce, le litige porte sur des importations et utilisations de matières ayant eu lieu en 2015, si bien qu'il se justifie d'appliquer les dispositions matérielles de la Limpmin et de l'Oimpmin dans leur version en vigueur jusqu'au 31 juillet 2016.
2.4 La LD s'applique également à la présente cause. Cette loi règle non seulement la surveillance et le contrôle de la circulation des personnes et des marchandises traversant la frontière douanière (cf. art. 1 let. a LD) et la perception de droits de douane (cf. art. 1 let. b LD), mais également la perception des redevances dues - comme en l'espère - en vertu de lois fédérales autres que douanières dans la mesure où elle incombe à l'AFD (cf. art. 1 let. c LD). Toutefois, elle ne s'applique à ces redevances que pour autant que les lois spéciales qui les régissent ne contiennent pas de dispositions distinctes (cf. art. 90 al. 1 LD ; Diego Clavadetscher, in : Handkommentar ZG, art. 90 n° 9 ; Message du Conseil fédéral [MCF] du 15 décembre 2003 relatif à la nouvelle loi sur les douanes, FF 2004 517, 604).
Dans un premier temps, le Tribunal exposera le mécanisme d'imposition des huiles minérales (cf. infra consid. 4), en particulier s'agissant de carburants issus de matières premières renouvelables (cf. infra consid. 4.2), il enchaînera en rappelant la nature des contrôles que peut effectuer l'autorité douanière (cf. infra consid. 5), les dispositions qui régissent la perception subséquente de l'impôt sur les huiles minérales (cf. infra consid. 6), les règles relatives aux preuves et au fardeau de la preuve (cf. infra consid. 7) et à la bonne foi (cf. infra consid. 8), puis il examinera le cas de l'espèce à l'aune du droit applicable et des griefs soulevés par la recourante (cf. infra consid. 9).
4.1
4.1.1 La Confédération prélève un impôt sur les huiles minérales (art. 1 let. a Limpmin) et une surtaxe sur les huiles minérales grevant les carburants (art. 1 let. b Limpmin). Il s'agit d'un impôt spécial sur la consommation (cf. MCF du 5 avril 1995 sur la loi sur l'imposition des huiles minérales, FF 1995 III 133, 136). L'AFD est l'autorité fiscale compétente pour le prélèvement de cet impôt. Elle exécute toutes les mesures prévues par la Limpmin et édicte toutes les instructions requises à cet effet, à moins qu'une autre autorité n'en ait expressément la charge (art. 5 Limpmin).
4.1.2 L'objet de l'impôt est l'importation, la fabrication et l'extraction sur le territoire suisse d'huile de pétrole, d'autres huiles minérales, de gaz de pétrole et produits résultant de leur transformation, ainsi que les carburants (cf. art. 1 en relation avec l'art. 3 Limpmin). Sont concernées en particulier les marchandises qui, mélangées ou non, servent ou sont destinées à servir de carburant (art. 2 al. 2 let. j Limpmin).
4.1.3 Les établissements où sont extraites ou produites des marchandises soumises à la Limpmin doivent être autorisés en tant qu'entrepôts agréés (cf. art. 28 al. 1 let. b Limpmin). Le Conseil fédéral fixe les conditions et l'autorité fiscale délivre l'autorisation (cf. art. 28 al. 3 Limpmin et art. 68 ss Oimpmin). La demande doit être adressée à la DGD (cf. art. 72 al. 1 Oimpmin).
Tout entrepositaire agréé tient, pour chaque genre de marchandise, une comptabilité des stocks, des entrées et des sorties, de la production, de la consommation propre et des pertes. Il en fait périodiquement le rapport à l'autorité fiscale (cf. art. 31 al. 1 Limpim).
4.1.4 Sont assujettis à l'impôt les importateurs (cf. art. 9 let. a Limpmin), les entrepositaires agréés (cf. art. 9 let. b Limpmin), les personnes qui cèdent des marchandises imposées, qui les utilisent ou qui les font utiliser à des usages soumis à un taux plus élevé (cf. art. 9 let. c Limpmin) et les personnes qui cèdent, utilisent ou font utiliser des marchandises non imposées (cf. art. 9 al. d Limpmin).
4.1.5 Aux termes de l'art. 4 al. 1 Limpmin, la créance fiscale naît par la mise en consommation. Pour les marchandises importées, est réputée mise à la consommation le moment de leur mise en libre pratique douanière (art. 4 al. 1 let. a Limpmin) et pour les marchandises placées en entrepôts agréés, le moment où la marchandise quitte l'entrepôt ou y est utilisée (art. 4 al. 1 let. b Limpmin). Pour le calcul de l'impôt sont déterminants le genre, la quantité et l'état de la marchandise à l'instant où la créance fiscale prend naissance (art. 43 al. 1 Oimpmin). Pour les marchandises stockées dans un entrepôt agréé, cet instant est celui où elles s'écoulent à travers le dispositif de mesurage (art. 43 al. 2 Oimpmin).
4.2
4.2.1 L'impôt sur les huiles minérales est perçu d'après le tarif figurant à l'annexe de la Limpmin (cf. art. 12 al.1 Limpmin). L'art. 12b Limpmin prévoit toutefois une exonération pour les carburants issus de matières premières renouvelables (biocarburants) dans les termes suivants à la date déterminante :
« 1 Les carburants indigènes issus de matières premières renouvelables sont exonérés de l'impôt conformément à l'al. 3.
2 Le Conseil fédéral fixe, en tenant compte de l'offre indigène, la quantité de carburants issus de matières premières renouvelables qui peut être exonérée lors de l'importation. L'exonération fiscale ne peut être accordée que si les exigences visées à l'al. 3 sont remplies.
3 Le Conseil fédéral désigne les carburants issus de matières premières renouvelables. Il fixe:
a. l'ampleur de l'exonération fiscale, en tenant compte:
en particulier des matières premières indigènes renouvelables,
de la contribution de ces carburants à la protection de l'environnement et aux objectifs de la politique énergétique,
de la compétitivité de ces carburants par rapport aux carburants d'origine fossile;
b. les exigences minimales relatives à la preuve d'un bilan écologique global positif et veille à ce que les conditions de production soient socialement acceptables.
Fort de cette délégation, le Conseil fédéral a édicté les art. 19a ss Oimpmin desquels il ressort que le biogaz, à savoir un gaz riche en méthane provenant de la fermentation ou de la gazéification de la biomasse (gaz de digestion y compris), est réputé biocarburant (cf. art. 19a al. 2 let.c Oimpmin).
4.2.2 Selon l'article 19a al. 1 Oimpmin dans la version qui s'applique ici, l'allégement fiscal pour les biocarburants est accordé selon le tarif de l'annexe 2. D'après cette annexe, le biogaz à l'état gazeux portant le numéro de tarif douanier 2711. 2910 et le biogaz à l'état liquéfié portant le numéro de tarif douanier 2711. 1910 sont totalement exonérés de l'impôt. Les exigences minimales relatives au bilan écologique global positif (ci-après : exigences écologiques) étaient alors fixées à l'art. 19b Oimpmin (actuellement art. 19c Oimpmin), qui disposait :
1 Les exigences minimales relatives au bilan écologique global positif sont remplies:
a. si les carburants issus de matières premières renouvelables émettent,depuis leur production jusqu'à leur utilisation, en ce qui concerne leur part biogène, au moins 40 % de gaz à effet de serre en moins que l'essence fossile;
b. si les carburants issus de matières premières renouvelables, depuis leur production jusqu'à leur utilisation, ne nuisent pas à l'environnement de façon notablement plus élevée que l'essence fossile, et
c. si la production des matières premières renouvelables dont sont issus les carburants ne met en danger ni la conservation des forêts tropicales ni la diversité biologique.
2 Elles sont dans tous les cas réputées remplies pour les carburants fabriqués conformément aux techniques les plus récentes qui sont obtenus à partir de déchets ou de résidus biogènes issus de la production ou de la transformation de produits agricoles ou sylvicoles.
3 Il est considéré que les carburants issus d'huile de palme de soja ou de céréales ne remplissent pas les exigences minimales visées à l'al. 1.
4.2.3 Pour bénéficier de l'allègement fiscal, l'importateur (pour les carburants importés) ou le fabriquant (pour les carburants fabriqués en Suisse) doit apporter la preuve que le biocarburant satisfait les exigences écologiques (art. 19c al. 1 Oimpmin). En application de l'art. 19c al. 5 Oimpmin (actuellement l'art. 19f al. 2 Oimpmin) qui lui détachait cette compétence, le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC) a édicté l'ordonnance du 3 avril 2009 sur l'écobilan des carburants (OEcoBiC, RO 2009 1509, abrogée par l'ordonnance du DETEC du 15 juin 2016 relative à la preuve de conformité des biocarburants aux exigences écologiques [Obioc, RS 641.611.21]).
4.2.4 Pour les carburants visés à l'art. 19b al. 2 Oimpmin, aucune preuve ne doit être apportée (cf. art. 19c al. 1 et 2 Oimpmin).
Pour ces biocarburants obtenus à partir de déchets ou de résidus biogènes, afin d'obtenir l'allégement fiscal, l'importateur ou le fabricant doit, avant la remise de la première déclaration fiscale, rendre vraisemblable que les exigences minimales relatives à des conditions de production socialement acceptables sont remplies (cf. art. 19d Oimpmin) et présenter, en indiquant les matières premières utilisées, une demande de numéro de preuve sur le formulaire officiel (formulaire 45.85) ou d'une autre manière admise par la DGD. La DGD statue sur l'allégement fiscal en accord avec le Secrétariat d'Etat à l'économie (SECO) (cf. art. 19f Oimpmin à comparer avec l'art. 19g actuel).
L'allègement fiscal est valable quatre ans à compter de la date de la décision et est révoqué si les conditions ne sont plus remplies ; l'importateur ou le fabricant doit annoncer immédiatement à la DGD toute modification des matières premières ou du processus de fabrication ayant une influence sur le bilan écologique global ou sur le caractère socialement acceptable des conditions de production (cf. art 19g Oimpim à comparer avec l'art. 19h actuel).
4.2.5
4.2.5.1 En application de l'art. 5 al. 1 Limpmin (cf. supra consid. 4.1.1), l'AFD a édicté un règlement relatif à l'impôt sur les huiles minérales qui est complété en permanence (cf. , pour la dernière version). Dans sa version à la date topique, soit le 1er janvier 2015, le chapitre 4.8 de ces instructions concernait la perception de l'impôt pour les biocarburants (cf. dossier DGD, pce 53). Ceux-ci, dans le but de simplifier la procédure relative au contrôle, avaient été répartis en trois catégories : les carburants obtenus à partir de déchets ou de résidus biogènes, les carburants triés de l'huile de palme, de soja et de céréales et les carburants issus d'autres matières premières. Pour la première catégorie, il suffisait de présenter une preuve que seuls des déchets ou des résidus sont utilisés pour la fabrication du biocarburant. Il était précisé que sont réputés déchets ou résidus au sens de l'art. 19b al. 2 Oimpmin, les matières d'origine végétale et animale :
Les matières qui figurent dans la liste positive de la DGD, moyennant respect des conditions correspondantes ;
Les matières qui sont sans valeur économique ;
Les matières dont la valeur est faible par rapport au rendement total et qui ne sont en principe pas utilisées pour l'alimentation ou l'affouragement.
4.2.5.2 Les matières énumérées dans la liste positive de la DGD dont il est question, dans sa teneur à la date pertinente, sont réputées déchets ou résidus biogènes au sens de l'Oimpmin seulement si les conditions des catégories A à C que la liste énonce sont respectées :
La catégorie A vise les « déchets et résidus sans autres exigences ».
La catégorie B concerne les « déchets et résidus sans valeur économique ». Entrent dans cette catégorie les matières remises gratuitement à l'établissement de fabrication de carburant ou pour lesquelles le remettant doit payer une taxe d'élimination. Les frais de transport ne sont pas pris en considération. Si une entreprise (également une exploitation agricole) génère des déchets ou des résidus et si ceux-ci sont transformés en carburant par l'entreprise elle-même, il faut alors prouver de manière crédible (par ex. avec des attestations, des expertises, des analyses, de la documentation, des photos, etc.) que les matières sont sans valeur et qu'une taxe d'élimination devrait être payée pour leur remise. Les preuves doivent être conservées durant cinq ans et être présentées si l'AFD en fait la demande. Si des critères supplémentaires figurent dans le tableau contenu dans la liste positive de la DGD, ceux-ci doivent également être remplis.
Quant à la catégorie C, elle se rapporte aux « déchets et résidus ayant une valeur économique ». De telles matières sont réputées déchets ou résidus, pour autant qu'elles remplissent certains critères figurant également dans le tableau contenu dans la liste positive de la DGD, par exemple le fait qu'il s'agit d'un excédent ou d'une matière déclassée (cf. liste positive DGD; dossier DGD, pce 54).
Du point de vue de la classification des matières concernées, la liste positive contient un renvoi au codage des déchets au sens de l'Ordonnance du 22 juin 2005 sur les mouvements de déchets (OMoD, RS 814.610), ainsi que de l'Ordonnance du DETEC du 18 octobre 2005 concernant les listes pour les mouvements de déchets (RS 814.610.1 ; cf. art. 2 OMoD).
4.2.6 Pour les biocarburants obtenus à partir de matières premières non couvertes par la liste positive de la DGD, l'allègement fiscal ne peut être accordé que si une demande de preuve, pour chaque matière est adressée à l'AFD, avant la première déclaration fiscale (cf. formulaire 45.85 supra consid. 4.2.4 ; art. 19c al. 4 Oimpmin dans sa teneur en vigueur à la date pertinente). A défaut, ces carburants sont considérés produits à partir de matières ne satisfaisant pas les exigences écologiques et sociales et ils sont soumis à l'impôt sur les huiles minérales au taux réduit. La DGD statue sur l'allégement fiscal en accord avec l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) et le SECO (cf. art. 19e al. 2 Oimpmin dans sa teneur en vigueur à la date pertinente).
4.2.7 Par mesure de simplification, pour les installations fabriquant des biocarburants pour la production d'électricité, la DGD a mis en place, par le biais d'un formulaire 45.91, une procédure d'autorisation combinée qui englobe la procédure d'autorisation des établissements de fabrication (cf. supra consid. 4.1.3) et la procédure pour l'octroi d'un allégement fiscal. S'agissant de la partie relative à la demande d'allégement fiscal, le requérant doit compléter le tableau suivant (dans sa teneur à la date pertinente) :
4.1 Exigences écologiques minimales au sens de l'art. 19b Oimpmin
A. Toutes les matières premières figurent-elles dans la liste positive de la DGD et remplissent-elles les conditions correspondantes ? [ ] Oui -> ch. 4.2 [ ] Non -> lettre B B. Toutes les matières premières qui ne sont pas déjà couvertes par la lettre A doivent être indiquées ci-après pour autant qu'elles soient sans valeur (économique) ? Matière première Provenance / Production / désignation, déchets + résidus de : C. Si des matières non couvertes par les lettres A ou B sont utilisées, il faut en plus présenter un formulaire 45.85 pour examen à la DGD.
A la question B, figurait une note précisant que « Entrent dans cette catégorie les matières remises gratuitement à l'établissement de fabrication de carburant ou pour lesquelles le remettant doit payer une taxe d'élimination (les frais de transport ne sont pas pris en considération). Si une entreprise (également une exploitation agricole) génère des déchets ou des résidus et si ceux-ci sont transformés en carburant par l'entreprise elle-même, il faut alors prouver de manière crédible (par ex. avec des expertises, des analyses, etc.) que les matières sont sans valeur et qu'une une taxe d'élimination devrait être payée pour leur remise ».
5.1 Selon l'article 19 al. 1 Limpmin, quiconque importe des marchandises au sens de la Limpmin doit remettre une déclaration fiscale en même temps que la déclaration en douane. Les tarifs douaniers sont précisés dans les annexes de la loi fédérale du 9 octobre 1986 sur le tarif des douanes (LTaD, RS 632.10). Il convient à cet égard de préciser que depuis le 1er janvier 2005, seul le tarif douanier électronique subsiste (voir la note concernant les Annexes 1 et 2 du Tarif des douanes suisses de la LTaD qui renvoie au tarif douanier électronique publié à l'adresse Internet www.tares.ch). Celui-ci contient toutes les modifications approuvées par le Conseil de coopération douanière du Système harmonisé ainsi que les modifications et nouveautés des Notes explicatives suisses (au sujet du tarif général, voir les arrêts du TAF A-5865/2017 du 11 juillet 2019 consid. 3, A-1718/2006 du 7 décembre 2007 consid. 2, A-1704/2006 du 25 octobre 2007 consid. 2 et A-1692/2006 du 25 avril 2007 consid. 2). Pour les huiles minérales, le tarif se trouve également en annexe de la Limpmin et de l'Oimpmin.
La déclaration fiscale lie son auteur et sert de base à la fixation du montant de l'impôt. Le résultat d'un contrôle officiel est réservé (art. 21 al. 3 Limpmin).
5.2
5.2.1 L'autorité fiscale est en effet habilitée à effectuer en tout temps et à l'improviste des contrôles, en particulier auprès des assujettis à l'impôt et auprès des personnes qui doivent tenir une comptabilité-matières (art. 6 al. 1 Limpmin et art. 31 al. 1 LD). Au besoin, elle peut exiger des renseignements et se faire présenter tous les livres, papiers d'affaires et documents importants pour l'exécution de la loi (art. 6 al. 2 Limpmin, art. 4 ss Oimpmin et art. 31 al. 2 LD). En outre, l'autorité peut prélever des échantillons, en particulier du contenu des réservoirs des véhicules ou des machines (art. 5 al. 1 Oimpmin). Le prélèvement d'échantillons doit également être consigné par écrit (art. 5 al. 2 Oimpmin et 37 al. 3 LD).
5.3 L'art. 32 LD dispose que le bureau de douane peut contrôler intégralement ou par sondages si la déclaration en douane est correcte du point de vue formel, si elle est complète et si les documents d'accompagnement nécessaires sont présentés. La personne assujettie à l'obligation de déclarer ne peut déduire aucun droit du fait que le bureau de douane n'a pas constaté de lacune et n'a par conséquent pas refusé la déclaration en douane (cf. art. 32 al. 3 LD).
Le bureau de douane peut vérifier intégralement ou par sondages les marchandises déclarées pour le placement sous un régime douanier ou pour lesquelles il y a obligation de déclarer (art. 36 al. 1 LD). La personne assujettie à l'obligation de déclarer doit collaborer selon les instructions du bureau de douane (art. 36 al. 4 LD).
Lorsque la vérification ne porte que sur une partie des marchandises déclarées, son résultat est valable pour l'ensemble des marchandises du même genre désignées dans la déclaration en douane ; il s'agit là d'une présomption ou fiction légale (« gesetzliche Vermutung oder Fiktion » ; arrêts du TAF A-3030/2013 du 8 mai 2014 consid. 2.5.1 et A-956/2013 du 17 juillet 2013 consid. 2.4 ; cf. Patrick Raedersdorf, in : Handkommentar ZG, art. 37 n° 1). La personne assujettie à l'obligation de déclarer peut demander une vérification intégrale (art. 37 al. 1 LD). La vérification des lots de marchandises doit être limitée au strict nécessaire et être opérée avec tout le soin requis.
Le résultat de la vérification est consigné, c'est-à-dire retenu par écrit (art. 37 al. 3 LD). Par la suite, le résultat de la vérification (« Zollbefund ») sert de base à la taxation et à d'éventuelles autres procédures (art. 37 al. 3 LD). Ce résultat remplace alors la déclaration en douane (cf. art. 18 al. 1 LD), y compris lorsque le contrôle est uniquement effectué par échantillonnage (« bloss stichprobenweise » ; arrêts du TAF A-7486/2016 du 14 décembre 2017 consid. 2.1, A-3030/2013 du 8 mai 2014 consid. 2.5.1 et A-956/2013 du 17 juillet 2013 consid. 2.4).
6.1 Quiconque aura intentionnellement ou par négligence soustrait l'impôt, l'aura mis en péril, se sera procuré ou aura procuré à un tiers, ou aura tenté de le faire, un avantage fiscale illicite, sera puni d'une amende (art. 38 al. 1 Limpmin). L'infraction est objectivement réalisée si l'impôt sur les huiles minérales n'est pas perçu ou si un remboursement d'impôt illégitime ou un avantage fiscal illégitime a été obtenu (arrêts du TAF A-3193/2018 du 7 mai 2019 consid. 7.1 et A-5373/2015 du 23 février 2016 consid. 4.6.1). Si le montant de l'impôt soustrait ou mis en péril ne peut être déterminé exactement, il sera évalué par l'autorité fiscale (cf. art. 38 al. 2 Limpmin). Les infractions sont poursuivies et jugées conformément à la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif (DPA, RS 313.0) ; l'AFD est l'autorité compétente pour poursuivre et juger (cf. art. 42 al. 1 et 2 Limpmin).
6.2
6.2.1 Aux termes de l'art. 12 al. 1 let. a DPA, lorsqu'à la suite d'une infraction à la législation administrative fédérale, c'est à tort qu'une contribution n'est pas perçue, la contribution non réclamée, ainsi que les intérêts, seront perçus après coup, alors même qu'aucune personne déterminée n'est punissable. Il n'est pas nécessaire que la personne assujettie ait commis une faute ou qu'une poursuite pénale ait été introduite contre elle pour que celle-ci se voie opposer l'art. 12 DPA ; seule la réalisation objective de l'infraction est déterminante (cf. ATF 129 II 160 consid. 3.2 ; parmi d'autres : arrêt du TAF A-957/2019 du 9 décembre 2019 consid. 2.6.1). Elle est ainsi tenue au paiement de l'impôt, même si elle ne savait rien de son obligation de déclaration des marchandises et n'a tiré aucun avantage personnel des infractions commises (cf. parmi d'autres : arrêt du Tribunal fédéral [TF] 2C_420/2013 du 4 juillet 2014 consid. 3.3 ; arrêt du TAF A-3193/2018 du 7 mai 2019 consid. 7.3).
L'art. 12 al. 2 DPA précise qu'est assujetti à la prestation celui qui a obtenu la jouissance de l'avantage illicite, en particulier celui qui est tenu au paiement de la contribution. Ainsi, pour ce qui est de la perception de l'impôt sur les huiles minérales, chaque personne tombant dans le champ d'application de l'art. 9 Limpmin (dont notamment l'importateur, respectivement le débiteur de la dette douanière au sens de l'art. 70 LD), peut être considérée comme le débiteur de la contribution soustraite dans la mesure où cette personne est considérée ipso facto comme favorisée si elle a obtenu un avantage illicite (cf. parmi d'autres : arrêt du TF 2C_414/2013 du 2 février 2014 consid. 3.2 qui concerne un autre impôt spécial).
6.2.2 Quand bien même l'art. 12 DPA figure dans une loi pénale, il s'agit d'une norme fiscale (normale) ([normale] Abgabenorm), dont l'application doit être établie dans une procédure administrative et non dans une procédure pénale administrative. Il existe donc une différence claire entre, d'une part, la procédure administrative tendant à la détermination de la prestation ou de la restitution due, conformément à l'art. 12 al. 1 et 2 DPA et, d'autre part, la procédure pénale relative à la soustraction fiscale (cf. parmi d'autres : arrêt du TF 2C_492/2017 du 20 octobre 2017 consid. 7.1 s). L'art. 12 al. 1 DPA représente ainsi une base légale indépendante permettant une révision ultérieure de la taxation, au détriment de l'assujetti (cf. parmi d'autres : arrêt du TAF A-2482/2017 du 16 juillet 2018 consid. 5.3.2.3). Toutefois, l'AFD, pour faire application de l'art. 12 DPA, doit être compétente pour poursuivre pénalement l'infraction (cf. Clavadetscher, op. cit., art. 90 n° 18).
Une procédure de rappel d'impôt peut découler d'un contrôle a posteriori des preuves de l'origine ou de la marchandise qui peut être effectué chaque fois que les autorités douanières ont des doutes fondés en ce qui concerne l'authenticité de documents, le caractère originaire des produits concernés ou de manière plus générale quant à l'accomplissement des obligations douanières sur le territoire douanier (cf. supra consid. 5) ; cf. arrêt du TAF A-5865/2019 du 11 juillet 2019 consid. 4.3).
L'ouverture d'une telle procédure n'est ainsi pas conditionnée à l'existence d'un élément de fait nouveau, mais uniquement - et objectivement - à l'absence de perception d'une redevance fédérale. Il n'est ainsi pas déterminant que le bureau de douane ait pu se rendre compte que le tarif douanier requis par l'assujetti n'était pas correct, mais uniquement que l'application d'un tarif erroné ait pour conséquence la perception d'un montant incorrectement bas en faveur de l'assujetti, voir une absence de perception comme dans le cas présent.
7.1 La procédure administrative est gouvernée par la maxime inquisitoire selon laquelle l'autorité doit établir les faits et appliquer le droit d'office (cf. supra consid. 2.2). Elle doit cependant être relativisée. En premier lieu, il n'appartient pas au TAF d'établir les faits ab ovo. Dans le cadre de la procédure de recours, il s'agit bien plus de vérifier les faits établis par l'autorité inférieure. En revanche, l'autorité inférieure doit établir les faits de façon complète et exacte. En d'autres termes, ce principe postule que l'autorité administrative instruise véritablement et d'office les faits. S'il apparaît qu'elle a procédé à une constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, il convient en règle générale de lui renvoyer la cause. En second lieu, les parties ont l'obligation de motiver leur recours (art. 52 PA) et le devoir de collaborer, devoir qui découle des principes appliqués par le TAF, nonobstant l'art. 2 al. 1 PA qui exclut l'art. 13 PA (cf. parmi d'autres : arrêt du TAF A-957/2018 du 19 décembre 2019 consid. 1.4.2).
Cela étant, les faits qui ne sont pas essentiels pour l'issue de la procédure n'ont pas besoin d'être recherchés (cf. Christoph Auer/Anja Martina Binder, in : Auer/Müller/Schindler [éd.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [Kommentar VwVG], 2e éd., 2019, art. 12 n° 2 ; arrêt du TAF A-3193/2018du 7 mai 2019 consid. 8.1.1.1).
7.2 De jurisprudence constante, lorsque l'autorité (administrative ou judiciaire) estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuve supplémentaires, en procédant si besoin à une appréciation anticipée de celles-ci (cf. ATF 137 III 208 consid. 2.2 ; arrêt du TAF A-5433/2015 du 2 mars 2017 consid. 1.4.1). Il n'est pas nécessaire que la conviction de l'autorité confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité. Pour respecter le droit d'être entendu (cf. art. 29 PA), il suffit que cette conviction découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (cf. parmi d'autres : ATF 130 III 321 consid. 3.2 ; ATAF 2012/33 consid. 6.2.2).
En revanche, si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre et à défaut de dispositions spéciales, le juge s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit (cf. parmi d'autres : A-2783/2019 du 17 août 2020 consid. 2.2 ; René Rhinow et all, Öffentliches Prozessrecht, 3e éd., 2014, n° 996 ss ; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2e éd., 2018, n° 1563).
7.3 Rapportée au droit fiscal, cette règle suppose que l'administration supporte la charge de la preuve des faits qui fondent ou augmentent la charge fiscale, alors que l'assujetti assume pour sa part la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition (cf. ATF 146 II 6 consid. 4.2, 142 II 488 consid. 3.8, 140 II 248 consid. 3.5).
Il est vrai que le régime douanier - comme celui régissant l'impôt sur les huiles minérales - est fondé sur le principe de l'auto-déclaration, en vertu duquel la personne assujettie doit prendre les mesures nécessaires pour que les marchandises soient correctement déclarées (art. 18, 21 et 25 LD ; parmi d'autres : arrêt du TAF A-957/2019 du 9 décembre 2019 consid. 2.3, confirmée par arrêt du TF 2C_97/2020 du 18 mai 2020). Cela étant, ce régime ne modifie toutefois pas fondamentalement l'application de la règle précitée sur la charge du fardeau de la preuve (cf. arrêt du TAF A-5865/2017 du 11 juillet 2019 consid. 5.1), laquelle s'applique par ailleurs également aux procédures de perception subséquente fondée sur l'art. 12 DPA (cf. arrêt du TAF A-3193/2018 du 7 mai 2019 consid. 8.1.2).
7.4 En ce qui concerne la valeur probante des moyens de preuve produits dans le cadre d'un recours dans le domaine douanier, des critères rigoureux s'appliquent, puisque la marchandise ne se trouve plus sous contrôle douanier. Les moyens de preuve présentés doivent prouver les faits allégués avec suffisamment de certitude, de sorte qu'une vraisemblance prépondérante ne saurait suffire (cf. ATF 109 Ib 190 consid. 1d ; arrêts du TAF A-957/2019 du 9 décembre 2019 consid. 1.4.5, A-7503/2016 du 16 janvier 2018 consid. 2.3 et A-1757/2006 du 21 juin 2007 consid. 2.6). Les documents établis après la naissance du litige ont une valeur probante très limitée en matière fiscale et douanier. Le risque d'utilisation abusive de tels documents est plus élevé, raison pour laquelle la force probante de documents non contemporains aux opérations sur lesquelles porte le litige est moindre (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2, arrêts du TAF A-957/2019 du 9 décembre 2019 consid. 1.4.5 [confirmé par arrêt du TF 2C_97/2020] ; A-1668/2015 du 18 mai 2016 consid. 2.3). Il s'agit bien évidemment d'éviter non seulement que des confirmations de complaisance soient rédigées après coup, mais également de permettre à l'autorité fiscale ou douanière de pouvoir constater aisément et avec sûreté les faits importants pour la détermination de l'existence et de l'étendue de l'assujettissement, ce qui ne peut généralement plus être garanti avec suffisamment de certitude par des documents établis a posteriori.
Si les preuves recueillies par l'autorité apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (ATF 138 II 57 consid. 7.1, 133 II 153 consid. 4.3).
7.5
7.5.1 L'appréciation des preuves est libre dans la mesure où elle n'est pas régie par des règles rigides sur la preuve qui dicteraient précisément au juge la manière dont se constitue une preuve et quelle serait la valeur probante des différents modes de preuve les uns par rapport aux autres (cf. ATF 130 II 482 consid. 3.2). Le Tribunal doit examiner de manière objective tous les moyens de preuve, quelle qu'en soit la provenance, puis décider si les éléments à disposition permettent de porter un jugement valable sur le droit litigieux (cf. parmi d'autres : ATAF 2013/9 consid. 3.8.1). L'appréciation arbitraire des preuves est bien entendu inadmissible, notamment devant l'AFD. Elle n'est pas arbitraire du seul fait qu'une autre appréciation serait concevable, voire préférable, mais seulement lorsqu'elle est manifestement insoutenable ou contredit clairement la situation de faits (cf. arrêt du TAF A-3193/2018 du 7 mai 2019 consid. 8.2.1).
7.5.2 Il est possible de se fonder sur des présomptions de fait qui sont des déductions fondées sur la probabilité, tirées sur la base de l'expérience de la vie. En effet, l'autorité (ou une partie) peut parfois être amenée à tirer de faits connus (fondement de la présomption) des conclusions sur des faits inconnus (conclusion de la présomption). La présomption de fait ne porte pas atteinte à la maxime inquisitoire ni au fardeau de la preuve (cf. ATF 130 II 482 consid. 3.2) qui en est simplement atténué (cf. ATF 141 III 241 consid. 3.2.2). Le Tribunal peut sans autre forme se fonder, par exemple en examinant la littérature spécialisée, sur des connaissances tirées des règles d'expérience (cf. arrêt du TAF A-3193/2018 du 7 mai 2019 consid. 8.2.2 ; Krauskopf/Emmenegger/Babey, in : Praxiskommentar VwVG, art. 12 n° 174). Dans ce cas, il faut néanmoins que soient établis les faits qui permettent une application des règles tirées de l'expérience (cf. ATF 128 III 4 consid. 4c/bb, arrêt du TF 5A_834/2016 et 5A_852/2016 du 13 juin 2018 consid. 3.6).
Lorsque le juge se fonde sur l'expérience générale de la vie pour tirer des conclusions sur un fait précis à partir des circonstances de l'affaire ou des indices avérés, il procède à une appréciation des preuves (cf. arrêt du TF 5A_834/2016 et 5A_852/2016 du 13 juin 2018 consid. 3.6). Toutefois si la partie qui s'oppose à la présomption apporte la contre preuve - que ce soit à l'égard de la présomption ou de la conclusion qui en est tirée -, la présomption tombe et la preuve échoue. La partie qui supporte le fardeau de la preuve doit alors en subir les conséquences (cf. ATF 141 III 241 consid. 3.2.2, 135 III 161 consid. 3).
8.1 Le principe de la bonne foi, inscrit à l'art. 2 CC, ainsi qu'aux art. 5 al. 3 et 9 de Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), confère à chacun le droit à la protection de la confiance légitimement placée, notamment dans une assurance ou un renseignement donné par une autorité, lorsqu'une série de conditions sont remplies. Il faut ainsi (1) que l'information ait été donnée sans réserve, (2) que l'autorité ait agi dans un cas concret et vis-à-vis d'une personne déterminée, (3) qu'elle ait été compétente ou qu'elle ait paru l'être, (4) que la personne concernée n'ait pas pu se rendre immédiatement compte de l'inexactitude ou de l'illégalité de l'assurance qui lui était fournie, (5) qu'elle ait pris sur cette base des mesures dont la modification lui serait préjudiciable, (6) que la situation juridique n'ait pas été modifiée entre le moment où l'information en cause a été donnée et celui où le principe de la bonne foi a été invoqué et (7) que l'intérêt à la bonne application du droit ne l'emporte pas sur celui de la protection de la confiance légitime (cf. parmi d'autres : ATF 143 V 341 consid. 5.2.1, 143 V 95 consid. 3.6.2 ; arrêt du TAF A-601/2019 du 19 février 2020 consid. 2.6.1). Il incombe à l'administré qui entend se plaindre avec succès de la violation d'une promesse, d'établir la réalisation de toutes les conditions dont dépend le droit à la protection de la bonne foi (cf. parmi d'autres : arrêt du TAF A-3265/2018 du 2 mai 2019 consid. 5.3.1). Ce principe dispose en outre qu'une même autorité doit éviter, dans une même affaire ou à l'occasion d'affaires identiques, de se comporter de façon contradictoire (parmi d'autres : arrêt du TAF A-4158/2016 du 4 avril 2017 consid. 4.1.2).
8.2 Le principe de la bonne foi régit aussi les rapports entre les autorités fiscales et les contribuables ; le droit fiscal est toutefois dominé par le principe de la légalité de telle sorte que le principe de la bonne foi ne saurait avoir qu'une influence limitée, surtout s'il vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité. La bonne foi de l'assujetti n'est ainsi protégée que lorsque les conditions susmentionnées sont réunies de manière claire et sans équivoque (parmi d'autres : cf. ATF 142 II 182 consid. 2.2.1 et 2.2.2, 131 II 627 consid. 6.1, arrêt du TF 2C_20/2011 du 1er juillet 2011 consid. 3.1 ; arrêt du TAF A-1617/2019 du 23 janvier 2020 consid. 2.9.1).
8.3 En revanche, la bonne foi au sens de l'art. 3 CC, à savoir l'ignorance d'une irrégularité juridique (bonne foi dite « subjective »), n'est pas pertinente en droit administratif (cf. parmi d'autres : arrêt du TAF A-959/2018 du 28 octobre 2019 consid. 2.1). Les administrés ne sauraient en effet se prévaloir de leur méconnaissance du droit (cf. parmi d'autres : ATF 127 III 357 consid. 3d ; ATAF 2015/50 consid. 2.7.1 et 3.4, arrêt du TAF A-5278/2018 du 29 janvier 2019 consid. 4.3.2).
L'importation de novembre 2015
9.1
9.1.1 La recourante est un entrepôt agréé (cf. supra consid. 4.1.3). Lors de sa demande d'agrément, déposée par le biais du formulaire 45.91 qui comprend également la demande d'allégement fiscal (cf. supra consid. 4.2.7), elle avait alors coché la case « oui » à la question « Toutes les matières premières figurent-elles dans la liste positive de la DGD et remplissent-elles les conditions correspondantes » et n'avait indiqué aucune autre matière (cf. dossier DGD, pce 2). Elle a obtenu une autorisation lui conférant le statut d'établissement de fabrication de biogaz et obtenu l'allégement fiscal « pour autant qu' [elle] n'utilis[e] que [les matières] mentionnées dans [sa] demande ».
9.1.2 Le 5 novembre 2015, la recourante a importé en onze passages 193 t de maïs déclarés comme « déchets de maïs pour usage technique », en précisant que la marchandise était au bénéficie d'un allègement douanier et en indiquant le numéro de tarif 2308. 0199, lequel correspond à la rubrique « autres » excluant celle « pour l'alimentation des animaux » de la catégorie « Matières végétales et déchets végétaux, résidus et sous-produits végétaux, même agglomérés sous forme de pellets, des types utilisés pour l'alimentation des animaux, non dénommés ni compris ailleurs ». La recourante est d'avis que cette marchandise correspond à celle énumérée sous ch. 4.2 « Marchandises agricoles, déchets agricoles, etc », rubrique « Résidus et rebuts de récolte (herbes, grains, tubercules, racines, paille, etc.), ratés de production » de la liste positive de la DGD et classée en catégorie B.
9.1.3 L'autorité inférieure soutient qu'il ne s'agit pas de déchets de maïs mais d'ensilage de maïs provenant du fauchage et du broyage de la plante entière de maïs, soit un produit d'affouragement entrant dans la catégorie « Matières premières renouvelables (MPR), plantes énergétiques » qui n'est pas réputée déchet et pour laquelle la liste positive, sous ch. 4.3, spécifie qu'il faut présenter une demande d'allégement fiscal à l'aide du formulaire 45.85. A l'appui de son point de vue, l'autorité inférieure - qui ne conteste pas l'usage technique du maïs importé - explique que la vérification matérielle effectuée sur la cargaison du dernier passage en douane, a été opérée par le Chef de service du bureau de douane, lequel est expérimenté car il a grandi dans une ferme et a suivi une formation d'agriculteur avant d'entrer à la douane (cf. réponse au recours DGD p. 10, quadruplique DGD p. 3). Son appréciation a été confirmée par l'OFAG et la section Tarif de la DGD auxquels les échantillons ont été soumis. L'autorité inférieure se fonde également sur les photographies de la cargaison inspectée qui ont été jointes au dossier (cf. dossier DGD. pces 23-24) et sur les déclarations écrites sous la forme d'une note de service du Chef de service du bureau de douane (cf. dossier DGD, pce 64).
La recourante, quant à elle, s'en prend à la manière dont le prélèvement a été effectué en douane. Elle estime qu'il ne satisfait pas aux règles en la matière, car les trois échantillons ont été collectés sur un seul des onze transports et uniquement sur le haut de la cargaison. Elle se réfère notamment aux prescriptions relatives aux procédures d'échantillons et méthode d'analyse pour le contrôle des aliments pour animaux de l'ordonnance du 26 octobre 2011 sur les aliments pour animaux (OSALA, RS 916.307 ; cf. réplique p. 6). Elle se plaint de n'avoir jamais disposé du résultat de l'analyse et de n'avoir pu procéder à une contre-expertise. Elle se prévaut des attestations rédigées par l'agriculteur, B._______, qui a certifié lui avoir cédé gratuitement de l'ensilage de maïs impropre à la consommation animale, pour cause de problèmes de stockage (cf. dossier DGD, pces 27 et 48). La recourante est d'avis que si ce maïs pouvait être utilisé comme affouragement, l'agriculteur n'aurait aucun intérêt à le céder mais l'aurait utilisé ou aurait chercher à le vendre.
9.1.4 Le Tribunal relève que la recourante, agissant par C._______, affirme dans son écriture de recours que ce dernier était présent au moment de la vérification douanière. Celui-ci va même jusqu'à détailler la manière dont les prélèvements ont été opérés et l'attitude du Chef de service du bureau de douane à cette occasion (cf. recours p. 7 et 8). Après avoir pris connaissance des déclarations de ce dernier qui soutient que C._______ n'était pas présent, la recourante tempère sa première affirmation en alléguant que cela pouvait être l'un de ses employés, puisque « nous avons effectués nous-même le transport » (cf. réplique p. 6). Cela étant, d'après les déclarations en douane la recourante était certes l'importatrice et la destinataire de la marchandise, C._______ à ***, l'expéditeur, toutefois le transitaire était G._______ (cf. dossier DGD pce 5 à 17).
Le Tribunal remarque encore que la garde-frontière, qui a en premier procédé au contrôle de la marchandise, avait un doute sur le numéro de tarif déclaré, raison pour laquelle elle a fait appel à son Chef. Elle a consigné le résultat de son appréciation dans le système d'information « ARGOS » (cf. dossier DGD, pce 22) utilisé pour la gestion des résultats des contrôles douaniers. Il revenait à la recourante d'exiger une vérification plus approfondie si elle estimait que l'échantillon n'était pas probant ni représentatif du lot. Dès lors qu'elle ne l'a pas fait, elle doit supporter les conséquences de la fiction légale (cf. supra consid. 5.2), sauf à pouvoir démontrer avec suffisamment de certitude que la marchandise correspondait bien au numéro de tarif dont elle requiert l'application.
A cet égard, elle n'a produit qu'une attestation, datée du 20 janvier 2016, du producteur présumé de la marchandise (cf. dossier DGD, pce 36). Outre, le fait que ce document est en contradiction avec les déclarations en douane et les factures accompagnant le convoi, lesquelles indiquent que l'expéditeur est C._______ et non B._______, il ne donne ni la date de cession ni la quantité cédée. Certes, la recourante explique que les factures accompagnant le chargement ont été établies en urgence pour débloquer les bennes en douane. L'urgence n'explique pas pourquoi C._______ est mentionné comme l'expéditeur, s'il ne l'est pas. De plus, ces factures sont toutes datées du 4 novembre 2015 alors que la présentation en douane a eu lieu le 5 novembre 2015. Si les dates des factures s'expliquent par le fait que les déclarations en douane ont précédé l'introduction sur le territoire douanier (cf. art. 5 de l'ordonnance de l'AFD sur les douanes [OD-AFD, RS 631.013]), on ne comprend pas comment la recourante a pu se retrouver « coincé[e] en douanes » (cf. recours p. 8), le 5 novembre 2015 et contrainte d'établir des factures qu'elle aurait alors antédatées. A cela s'ajoute que l'attestation du 20 janvier 2016 a été établi après coup, ce qui réduit encore sa valeur probante. La recourante ne peut rien tirer du fait que « la liste positive ne fixe pas de règle quant à la date des certificats » (cf. recours p. 8). Les certificats en question sont ceux - pour la catégorie B, à laquelle la recourante prétend qu'appartient la marchandise litigieuse - que doit conserver l'entreprise lorsqu'elle génère elle-même les déchets quelle transforme en carburant afin de pouvoir prouver de manière crédible que ces déchets sont sans valeur (cf. supra consid. 4.2.5.2). Or, en l'espèce elle n'a pas produit elle-même la marchandise. Par ailleurs, même si c'était le cas, s'appliquerait également la jurisprudence qui dicte d'être circonspect à l'égard des documents établis après la naissance du litige. In casu, ce qui est déterminant, plus que la date de l'attestation, c'est qu'elle est impropre à certifier ce qu'elle tente de prouver compte tenu notamment des contradictions et des incohérences précitées dans les déclarations de la recourante et compte tenu aussi de ce qui suit.
9.1.5
9.1.5.1 Au dossier de la cause, figure une deuxième attestation signée B._______. Datée du 14 juin 2016, sa teneur est en tout point identique à la première du 20 janvier 2016. Cette attestation se retrouve plusieurs fois (cf. dossier DGD, pces 36 et 48). Elle a également été produite à l'appui du recours sous le titre « Attestation Déchets de maïs 193 T et facture à Fr. 1.- » (cf. annexe au recours, pce 6) avec trois photographies d'un champ, datées du 21 décembre 2016. Il est difficile de distinguer ce que la recourante tente de prouver avec chacune de ces attestations compte tenu du fait qu'elles ne mentionnent ni date ni quantité ni localisation ni les raisons du problème de stockage (c'est la recourante qui l'explique et non le producteur, cf. infra consid. 9.1.5.2). Manifestement, la première, datée du 20 janvier 2016, a pour but de certifier que les importations de 193 t de marchandises du 5 novembre 2015 sont des déchets sans valeur alors que la seconde visait l'importation projetée de 350 t du même lot, que la recourante souhaitait aussi utiliser en méthanisation, mais en y renonçant finalement (cf. recours p. 6). Cela signifie que le lot qui aurait souffert d'un problème de stockage était composé au total de 543 t de marchandises (193 t + 350 t).
9.1.5.2 Selon Agreste, le service statistique ministériel agricole de France, pour le Territoire de Belfort en 2014, le rendement de maïs fourrager était de 14,5 t par hectare (cf. Agreste - Statistique agricole annuelle 2000-2019, Fourrage et prairies, tableau interactif , consulté le 27 août 2020). Pour produire 543 t de maïs fourrager en 2014, il fallait donc disposer d'environ 37 hectares. La surface agricole utile (SAU) était en moyenne en France, à l'époque de la récolte litigieuse, de 61 hectares (cf. Enquête sur la structure des exploitations agricoles : résultats détaillés 2013, , consulté le 27 août 2020).
La recourante reconnaît que le maïs importé constituait à l'origine du maïs d'ensilage, semé au printemps 2014, récolté en automne de la même année et mis en stockage pour nourrir le bétail ; elle ne fournit en revanche pas de chiffres précis concernant l'exploitation de B._______, se contentant d'affirmer qu'il exploite une importante ferme française (cf. recours p. 8). Elle prétend qu'un « envol de la bâche » a endommagé la matière, stockée à l'extérieur et que des rongeurs ont investi le tas (cf. recours p. 6). Dans les explications adressées le 21 janvier 2016 au bureau de douane, elle avait évoqué des infiltrations d'eau et des moisissures et l'impossibilité de séparer au sein du même tas, la matière dégradée de la matière noble (cf. dossier DGD, pce 26).
Quelle que soit la grandeur de l'exploitation, 37 hectares représentent une surface importante. Quand bien même le mode de stockage n'est pas précisé, compte tenu du fait que la recourante se prévaut d'un envol de bâche, on peut exclure le silo tour et le silo boudin (pour les différents modes d'ensilage cf. , consulté le 31 août 2020). Cela étant, le stockage sous une seule bâche d'une telle quantité de maïs est pour le moins étonnant, surtout que son envol aurait abîmé si ce n'est la totalité, à tout le moins une si grande partie du lot qu'il aurait été impossible d'en éliminer les parties dégradées pour sauver le solde. Une telle perte a nécessairement un impact financier mesurable qui doit ressortir de la comptabilité de l'entreprise concernée. En effet, une diminution de la production fourragère va entrainer des dépenses supplémentaires pour l'achat de nourriture pour le bétail ce qui va fortement et directement influencer les revenus de l'exploitant. Il existe d'ailleurs des assurances pour compenser les pertes consécutives à ce type de sinistre.
Compte tenu de la singularité des circonstances, la recourante ne pouvait pas se contenter d'une attestation de trois lignes en guise de preuve. Il lui revenait de réunir des éléments propres à certifier de manière crédible que la marchandise qu'elle importait était au bénéfice d'un allègement fiscal.
Il s'ensuit que du moment qu'elle n'a pas apporté la preuve que les 193 t de maïs d'ensilage étaient couverts par la liste positive et qu'elle n'a déposé aucune demande de numéro de preuve préalable, le biocarburant produit à partir de cette matière ne peut bénéficier de l'allègement fiscal prévu dans la loi.
Les cosubstrats
9.2 A partir du classeur bleu (cf. supra consid. Hb) saisi lors du contrôle effectué au siège de la recourante le 19 janvier 2016, un tableau des cosubstrats utilisés en 2015 a été établi et soumis à la recourante qui l'a complété. Dans la version de ce tableau sur laquelle s'est basée l'autorité inférieure pour prononcer la décision litigieuse, soit celle du 2 septembre 2016 (cf. dossier DGD, pce 39), figurent 21 matières, dont 12 sont classées par la recourante dans la catégorie B de la liste positive, 2 dans la catégorie A, 1 dans la catégorie C et 6 ne font l'objet d'aucune indication de catégorie. Pour certains de ces cosubstrats, la recourante a également mentionné la valeur économique et la décomposition du prix. A l'appui de son recours, elle a produit un autre tableau composé de 17 matières, classées pour une partie dans une autre catégorie de la liste positive, avec une colonne « valeur économique livrée » et « Rapport coût-distance » (cf. dossier DGD, p. 70).
9.2.1
9.2.1.1 S'agissant en particulier du méthagrain, la recourante ne lui avait attribué aucune catégorie dans le tableau du 2 septembre 2016 (cf. dossier DGD, pce 39), tout en indiquant le code OMoD 02 01 03 pour « ratés de production » et le code 02 03 04 correspondant aux « Produits défectueux de l'industrie alimentaire (d'origine végétale) ». L'autorité inférieure était d'avis que ces deux codes relèvent de la catégorie B et que dès lors que le méthagrain a une valeur économique, il n'est pas couvert par la liste positive (cf. décision litigieuse ch. 24 p. 12). La recourante reconnaît que le méthagrain a une valeur économique mais soutient que cette matière correspond à un déchet provenant d'une exploitation agricole (cf. réplique p. 10) et le classe maintenant dans la catégorie A, en tant qu'impuretés diverses. La rubrique « impuretés diverses » de la liste positive, est définie par « [...] des grains avariés, des semences de mauvaises herbes, des ergots, des grains cariés, des impuretés proprement dites (poussière, cailloux, paille), des balles, des insectes morts et des parties d'insectes ».
9.2.1.2 Le bovigrain et le méthagrain sont des marques de la société française H._______. Selon les fiches techniques de cette société, disponibles sur le site internet de l'entreprise, le bovigrain est défini comme « Produits et sous-produits de grains de céréales (issues de céréales) ; matière première pour aliment des animaux ; Broyée et agglomérée ». Une note précise que « Par issues nous entendons : Tout produit issu des opérations de triage, calibrage, tamisage de produits agricoles réalisées par les organismes stockeurs. Ces issues constituées des éléments appartenant à ce produit agricole (grains cassés, glumes, glumelles, siliques, petits grains, particules plus fines, feuilles, tiges, rafles etc.) et susceptible de contenir en de faible proportion des éléments d'autres produits végétaux issus de la même culture (adventice, repousse de céréales dans oléagineux, etc.) ». Quant au méthagrain, il s'agit de « Produits et sous-produits de grains de céréales (issues de céréales) ; à destination de la méthanisation ; broyée et agglomérée ». Il est précisé que « Par issues nous entendons : Tout produit issu des opérations de triage, calibrage, tamisage de produits agricoles réalisées par les organismes stockeurs. Ces issues constituées des éléments appartenant à ce produit agricole (grains cassés, glumes, glumelles, siliques, petits grains, particules plus fines, feuilles, tiges, rafles etc.) et susceptible de contenir en de faible proportion des éléments d'autres produits végétaux issus de la même culture (adventice, repousse de céréales dans oléagineux, etc.) ». L'attestation de H._______ datée du 5 décembre 2017 figurant en annexe de la quintuplique de la recourante n'amène pas d'éléments nouveaux, si ce n'est qu'il est précisé que les petites pierres que peuvent contenir les matières sont écartées avant le broyage.
Sur la base des fiches techniques, il n'est pas aisé de saisir la différence entre le bovigrain et le méthagrain, les descriptions des produits étant similaires, seule leur destination changeant. Cela étant, quand bien même on peut admettre que le méthagrain est un bovigrain déclassé, soit que sa qualité soit inférieure, soit qu'il contienne des impuretés, il n'est pas arbitraire de considérer, comme l'a fait l'autorité inférieure, qu'il s'agit d'un produit entrant dans la catégorie B rubrique « Résidus et rebuts de récolte (herbes, grains, tubercules, racines, paille, etc.), ratés de production », dans la mesure où il s'agit avant tout de céréales et non d'impuretés.
9.2.1.3 Les deux échantillons produits par la recourante à l'appui de sa triplique (cf. supra consid. Ge) ne lui sont d'aucun secours. D'une part, le Tribunal est une autorité de recours et non d'appel ; il s'astreint à une certaine retenue dans le contrôle de l'appréciation à laquelle l'autorité inférieure a procédé, lorsqu'il s'agit d'apprécier des questions qui requièrent des connaissances techniques, scientifiques ou économiques spéciales propres à dite autorité (cf. ATF 139 II 185 consid. 9.3, 136 I 184 consid. 2.2.1, 135 II 296 consid. 4.4.3 ; ATAF 2013/9 consid. 3.9, 2012/18 consid. 5.3, 2008/18 consid. 4). D'autre part, si un des échantillons est présenté comme du méthagrain, il pourrait tout aussi bien être du bovigrain. A cela s'ajoute que ni la composition exacte ni la provenance n'est indiquée au sujet du deuxième échantillon.
9.2.1.4 Toutes les considérations de la recourante au sujet de la procédure en cours au moment du dépôt du recours pour faire admettre le méthagrain comme un produit de la catégorie A de la liste positive sont étrangères à l'objet du litige dans la mesure où ces démarches ont été entreprises après celui-ci. Par ailleurs, la recourante elle-même a hésité dans la qualification du produit puisque dans un premier temps elle lui a attribué le code matière correspondant à des ratés de production de la catégorie B (tableau du 2 septembre 2016, cf. dossier DGD, pce 39) avant de le classer dans la catégorie A (tableau annexé au recours, cf. dossier DGD, pce 70). Il faut rappeler que le principe d'auto-déclaration qui régit la perception de l'impôt sur les huiles minérales exige un haut degré de diligence de la part des assujettis (cf. supra consid. 7.3). La responsabilité d'une déclaration correcte et exacte leur incombe. Ainsi la recourante devait examiner elle-même les conditions auxquelles devait satisfaire le produit pour bénéficier de l'allègement fiscal. Comme elle avait des doutes, il lui revenait de se renseigner auprès de l'autorité compétente. Du moment qu'elle s'est abstenue de requérir les éclaircissements nécessaires, elle ne peut pas se prévaloir de sa bonne foi pour s'opposer à la perception subséquente des redevances dues.
Le Tribunal ne voit donc pas de raison de s'écarter de l'appréciation opérée par l'autorité inférieure qui considère que le méthagrain relève de la catégorie B de la liste positive. Comme il n'est pas contesté par la recourante que ce produit a une valeur économique, il ne peut pas être considéré comme déchets ou résidus au sens de cette liste.
9.2.2
9.2.2.1 La recourante a attribué aux « Eaux mères d'Erythritol » la catégorie C sans indiquer de code particulier (tableau du 2 septembre 2016, cf. dossier DGD, pce 39 et tableau annexé au recours, cf. dossier DGD, pce 70). L'autorité inférieure retient pour sa part la rubrique « Glucose, eau sucrée, jus de fruits, eau de fruits » avec indication des codes 02 03 04/02 07 04 (ch. 3.1 de la liste positive), en expliquant s'être basée sur les factures du fournisseur (cf. réponse ch. 33 et duplique ch. 23). Cette rubrique est soumise aux conditions soit de la catégorie B (si le produit n'a pas de valeur économique) soit de la catégorie C. Compte tenu du fait que les « Eaux mères d'Erythritol » ont une valeur économique, le classement dans la catégorie B est exclu. Pour être admis dans la catégorie C et réputé déchets ou résidus, il faut que ce produit soit considéré soit comme un excédent soit comme une matière déclassée et tel est le cas si, au moment de la livraison de la marchandise à l'établissement de fabrication de carburant, est présentée une attestation écrite de l'association de la branche, qui prouve que les besoins en alimentation et en fourrage sont satisfaits (pour les excédents) ou une attestation de l'entreprise de transformation en question (qui génère les déchets ou les résidus) qui prouve que la matière en question ne peut être utilisée ni comme denrée alimentaire ni comme fourrage pour des motifs de qualité (pour les marchandises déclassées).
La recourante soutient avec insistance (cf. réplique p. 15) que les « Eaux mères d'Erythritol » relèvent de la rubrique « Résidus de la production de sucre diététique » (ch. 7 de la liste positive) et que dès lors que le fabricant atteste qu'il s'agit de résidus impropres à l'alimentation humaine et animale, la marchandise satisfait aux exigences de la liste positive. L'autorité inférieure admet que le produit peut également être classé dans cette rubrique mais que la recourante ne peut en tirer aucun avantage du moment qu'elle est soumise aux mêmes conditions que la rubrique « Glucose, eau sucrée, jus de fruits, eau de fruits ». En effet, pour être couverte par la liste positive, soit le produit n'a pas de valeur économique et entre dans la catégorie B - ce qui n'est pas le cas de l'espèce - soit il s'agit d'une matière déclassée et les attestations ad hoc doivent être en possession de l'assujetti.
L'autorité inférieure explique qu'il faut comprendre par matière déclassée, des marchandises qui ne peuvent plus être utilisées ou qui sont inutilisables et qui ne sont générées que dans des cas exceptionnels. Ce qui n'est pas le cas des marchandises qui sont obtenues en permanence dans une entreprise de transformation ou celles qui sont volontairement déclassées (cf. réponse ch. 33). Les produits secondaires n'entrent pas dans cette catégorie car ils peuvent souvent encore être utilisés pour l'affourragement.
9.2.2.2 Le Tribunal partage l'avis qu'il ne suffit donc pas qu'un résidu de la production de sucre diététique soit impropre à l'alimentation animale ou humaine pour bénéficier des avantages de la liste positive. Il faut encore qu'il s'agisse d'un produit déclassé dans le sens décrit. Certes, le fabricant est libre de déclasser ses produits et de leur donner ensuite la dénomination qu'il entend (cf. réplique p. 15), cependant l'autorité inférieure n'est liée ni par les motifs du déclassement ni par la dénomination, sans quoi il suffirait que assujettis et producteurs s'accordent sur les termes pour bénéficier de l'allègement fiscal. Cela étant, le fait que ce type de sous-produit ne soit pas couvert par la liste positive ne signifie pas qu'il ne puisse pas obtenir l'allègement fiscal. Il faut déposer avant son utilisation une demande de numéro de preuve qui permettra à la DGD d'examiner si le produit remplit les exigences que pose la Limpmin et l'Oimpmin pour l'exonération (cf. supra consid. 4.2.4), ce que la recourante n'a pas fait.
Afin d'éviter toute confusion sur ce qu'il convient de comprendre par marchandises déclassées, la description de cette marchandise a été précisée dans la version actuelle de la liste positive. Certes, cette précision ne figurait pas dans la liste de 2015 mais l'interprétation de la notion en était la même. La modification de la liste positive ne représente qu'une codification de la pratique, étant encore une fois rappelé les obligations de diligence accrues de l'assujetti en la matière et son devoir de prendre tous les renseignements utiles si une matière lui semble pouvoir être couverte par des rubriques tarifaires différentes.
9.2.2.3 Par surabondance, le Tribunal remarque encore que non seulement l'attestation du fabricant est une simple déclaration mais que de plus, elle est datée du 11 janvier 2016 (cf. dossier DGD, pce 89), soit postérieurement à son utilisation par la recourante alors qu'un tel document doit accompagner la livraison de la marchandise (cf. les conditions de la liste positive).
Il est par ailleurs sans importance que la recourante n'ait eu connaissance, comme elle le prétend (cf. recours p. 11), de la valeur du produit « Eaux mères d'Erythritol » que fin 2015. Comme déjà exposé, elle porte l'entière responsabilité des devoirs qui lui incombent en vertu du principe de l'auto-déclaration (cf. supra consid. 7.3). Là encore, la procédure qu'elle a engagée après avoir utilisé la matière n'a pas d'incidence sur l'évaluation de la créance dont elle est redevable, étant rappelé que la demande de numéro de preuve doit être déposée avant la remise de la première déclaration fiscale (cf. supra consid. 4.2.4).
9.3
9.3.1 Les autres cosubstrats sont composés, selon le tableau du 2 septembre 2016 (cf. dossier DGD, pce 39), de divers éléments : levures, perlite (résidus de filtrage de composés sucrés), amidon de blé, amycake, amystar, Ausg. Kaffeesatz (déchets de production de préparation de café), déchets de céréales, de colza, de tournesol et de soja, méthaplus (mélange de son et de gluten), méthamix (mélange de déchets végétaux, pulpe de pommes de terre, de betterave, etc.), biomasse issue de cultures intercalaires, acide lactique, son de moutarde et permeate (résidus de traitement du lait).
A l'exception du perlite et des déchets de la production de café, classés en catégorie A par la recourante, de l'amycake de l'amystar pour lesquels aucune indication n'était fournie, tous les cosubstrats étaient attribués par elle à la catégorie B. Dans son recours, elle change d'avis et estime sans plus d'explication qu'une partie de cette marchandise (les déchets de céréales, de colza, de tournesol et de soja, l'amystar et le son de moutarde) relèvent en fait de la catégorie A, en qualité d'impuretés diverses.
Or, comme déjà dit, si la recourante avait des doutes, elle se devait de prendre au préalable l'avis de l'autorité douanière (cf. supra consid. 9.2.1.4). Elle ne peut pas, comme elle le fait, corriger ses déclarations fiscales en fonction des intérêts qu'elle peut en retirer.
9.3.2 L'autorité inférieure retient dans sa décision litigieuse, que la plupart des produits classés sur le tableau du 2 septembre 2016 dans la catégorie B ont une valeur économique et ne sont donc pas couverts par la liste positive. En effet, selon les indications de la recourante dans le tableau du 2 septembre 2016, les prix unitaires ou à la tonne ne sont pas constitués que par des frais de port. Ils comprendraient « entre autre le prix payé au producteur et/ou des frais d'ouvraison et/ou des commissions [si bien qu'ils] doivent être considérés comme ayant valeur économique au sens de la liste positive de la DGD ».
La recourante prétend quant à elle dans son recours que les frais relatifs à la catégorie B ne sont que des frais de transport (cf. p. 12) alors que dans le tableau du 2 septembre 2016, elle a détaillé les coûts en indiquant quel montant de la facture correspondait au transport, le reste se répartissant suivant les matières, entre le prix d'achat au producteur, les frais de collecte et regroupement, la commission du vendeur et la commission de l'intermédiaire en contact avec le producteur. Puis, dans son écriture de réplique, la recourante soutient que l'autorité aurait toujours admis la pratique des commissions (cf. p. 8). Elle en veut pour preuve un courriel qu'elle produit de l'association suisse ***, F._______, adressé le 22 mai 2017 à E._______, duquel il ressort en substance que l'important est que le matériel soit à 0 francs mais que le transport et les marges ne sont pas concernés et « ça ouvre la porte pour des idées créatives » (cf. annexe à la réplique, pce 7). Dans sa triplique, la recourante affirme qu'un représentant de l'autorité inférieure aurait indiqué, lors d'une réunion organisée par F._______, devant tous les agriculteurs méthaniseurs de Suisse Romande, que les commissions commerciales étaient admises (cf. p. 2). Elle produit à l'appui un autre courriel de F._______ daté du 15 septembre 2017, également adressé à E._______.
L'autorité inférieure explique quant à elle que les commissions ne sont pas interdites mais prises en compte dans l'évaluation de la valeur économique de la matière première (cf. quadruplique p. 4).
9.3.3 Dans la liste positive, les frais de transport sont expressément exclus de l'évaluation de la valeur économique des matières premières de la catégorie B, sans qu'il en soit de même des éventuelles commissions. Les deux courriels émanant de F._______ produits par la recourante ne renforcent pas sa position, bien au contraire. Dans le premier, l'incitation à se montrer créatif pourrait être interprétée comme une suggestion d'établir des factures de manière à ce que la valeur économique n'apparaisse pas, en l'imputant sur les postes admis, comme les frais de transports. Le second révèle simplement que F.________ part du principe que les marges sont acceptées, tout en admettant non seulement que cette pratique n'est pas « scellé[e] et signée par tous les gens de Berne » mais que « les commissions ne plaisent pas aux gens de OZD ».
La recourante ne peut non plus se prévaloir de la protection de la bonne foi au motif que l'autorité inférieure aurait, lors d'une séance publique, admis la pratique des commissions. Elle n'indique ni la date à laquelle ces renseignements auraient été donnés ni la manière dont ils lui auraient été communiqués. Or, la simple allégation qu'un renseignement oral ou téléphonique aurait été communiqué ne suffit pas à établir la bonne foi de l'administré (cf. ATF 143 V 341 consid. 5.3.1, arrêts du TF 8F_6/2013 du 25 juin 2013 consid. 2, 2C_728/2009 du 15 mars 2010 consid. 3.2). En effet, un simple échange téléphonique ou oral - susceptible d'être entaché par des équivoques, des imprécisions ou omissions - qui n'est étayé par aucun document écrit, n'est pas propre à fonder une confiance légitime, en particulier en droit fiscal où le principe de la protection de la bonne foi est appliqué avec retenue (cf. supra consid. 8.2).
A cela s'ajoute qu'une partie des cosubstrats concernés affichent un prix d'achat de la matière première, parfois en plus d'une commission au vendeur, et que ceux sans prix d'achat indiquent tous des commissions à des intermédiaires qui vont au-delà, si par hypothèse elles étaient admises, des commissions pour l'organisation logistique des livraisons.
Partant, le Tribunal constate également que ces matières n'étant pas couvertes par la liste positive et n'ayant pas fait l'objet d'une demande préalable de numéro de preuve, le biocarburant produit avec l'adjonction de ces cosubstrats ne peut bénéficier de l'allègement fiscal prévu dans la loi.
9.4 Sur la base de ce qui précède, il convient ainsi de considérer qu'en important et utilisant des matières qui ne figurent pas dans la liste positive, c'est à tort que la recourante a obtenu l'exonération de l'impôt sur les huiles minérales pour le biogaz produit pendant l'année 2015. La recourante ayant ainsi objectivement violé les dispositions légales applicables (art. 38 al. 1 Limpmin en lien avec l'art. 12 al. 1 let. a DPA) et bénéficié d'un avantage illicite au sens de l'art. 12 al. 2 DPA, c'est par conséquent à juste titre que l'autorité inférieure a procédé à la perception subséquente de l'impôt sur les huiles minérales, dont le montant n'est en soi pas remis en question par la recourante et paraît conforme aux dispositions applicables (voir la let. E.a de la partie « Faits » du présent jugement).
La recourante ne doit pas non plus confondre son engagement pour obtenir, en concertation avec les milieux concernés, une modification de la liste positive avec le présent litige. En effet, quand bien même à l'avenir les matières premières qu'elle a utilisées seraient couvertes par une liste positive modifiée, ce n'était pas le cas en 2015.
Elle ne peut pas non plus se plaindre d'un manque d'information. En droit fiscal et douanier, il est attendu de l'assujetti (y compris potentiel) qu'il dispose des connaissances nécessaires au sujet de ses (éventuelles) obligations légales et qu'il s'informe suffisamment sur la pratique actuelle en la matière. En cas de doutes, il peut s'adresser à l'autorité compétente. S'il ne le fait pas, il ne peut ensuite invoquer ses connaissances lacunaires pour s'opposer à une prétention de celle-ci.
11.1 La recourante, qui succombe, doit donc s'acquitter des frais de justice fixés à 500 francs (cf. l'art. 63 al. 1 PA et art. 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le TAF [FITAF, RS 173.320.2]). Ils seront prélevés sur l'avance de frais déjà versée d'un même montant.
11.2 Compte tenu de l'issue de la procédure, il n'est pas alloué de dépens (cf. art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
(Le dispositif de l'arrêt se trouve à la page suivante).
Le recours est rejeté.
Les frais de procédure, par 500 francs, sont mis à la charge de la recourante. Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; *** ; Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège : La greffière : Annie Rochat Pauchard Valérie Humbert
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF) pour autant qu'elle ne soit pas qualifiée de « décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises » au sens de l'art. 83 let. l LTF. Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :