aLTVA ; déduction de l'impôt préalable, absence de préjudice financier ; 1er trimestre au 4e trimestre 2009.
Entscheiddatum: 10.09.2020Publikationsdatum: 22.03.2021
Bundesverwaltungsgericht Tribunal administratif fédéral Tribunale amministrativo federale Tribunal administrativ federal Décision confirmée par le TF par arrêt du 03.03.2021 (2C_859/2020) Cour I A-5288/2018
Arrêt du 10 septembre 2020 Composition Annie Rochat Pauchard (présidente du collège), Marianne Ryter, Daniel Riedo, juges, Valérie Humbert, greffière. Parties A._______ SA, représentée par PricewaterhouseCoopers SA, Avenue Charles-Ferdinand-Ramuz 45, Case postale, 1001 Lausanne, recourante, contre Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne, autorité inférieure. Objet aLTVA ; déduction de l'impôt préalable, absence de préjudice financier ; 1er trimestre au 4e trimestre 2009.
A.
A.a La société A._______ (ci-après : l'assujettie) dont le but est l'importation, l'exportation, l'achat, la vente et le commerce en gros et en détail de tous produits de la branche du tabac, ainsi que de tout article de nature diverse, est immatriculée depuis le 1er janvier 1995 au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après : TVA) de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC).
A.b
L'assujettie a été informée par courrier de l'AFC du 23 décembre 2008 - comme tous les opérateurs et intermédiaires concernés - d'un changement de pratique dans le traitement fiscal des cartes téléphoniques à prépaiement et des crédits d'appels. Dès le 1er janvier 2009, ceux-ci seraient assimilés à des moyens de paiement électroniques et, partant, les intermédiaires du circuit de commercialisation devraient, dès cette date, imposer uniquement la commission ou la marge perçue (à savoir la différence entre la valeur faciale et le montant dû à l'opérateur). Une période transitoire avec différents régimes de régularisation en fonction des situations avait été instaurée jusqu'au 31 décembre 2009, au terme de laquelle toutes les caisses enregistreuses et programmes informatiques devaient être adaptés à la nouvelle pratique. Ce changement de régime avait déjà été publié en décembre 2007 dans la nouvelle Brochure de l'AFC n° 13 Télécommunications ch. 5.1 ainsi que dans la Brochure spéciale n° 01 Aperçu sur les modifications de la pratique au 1er janvier 2008 (resp. au 1er janvier 2009 en ce qui concerne les cartes à prépaiement « prepaid-cards »).
B.
B.a Par courrier du 30 avril 2009 accompagné de copies de factures, l'assujettie, agissant par l'intermédiaire de son représentant fiscal, a informé l'AFC qu'à la faveur d'un contrôle TVA interne, elle s'était aperçue que son principal fournisseur de cartes téléphoniques à prépaiement, la société B._______ AG, avait modifié - suite à des échanges avec l'AFC - son mode de facturation dans le courant de l'année 2005, et n'avait ainsi facturé la TVA que sur la commission et non sur la totalité de la facture, ceci de manière contraire à la pratique alors en vigueur. L'assujettie informait avoir récupéré un montant d'impôt préalable plus élevé que celui facturé dès lors qu'elle avait déduit la TVA sur le montant total des factures établies par B._______ AG. Du moment qu'elle avait facturé à ses propres clients la TVA sur la totalité du prix de vente, qu'elle l'avait décomptée et reversée à l'AFC, elle estimait que cette dernière ne subissait aucun préjudice financier. L'assujettie sollicitait par ailleurs un entretien afin de pouvoir discuter de la situation.
B.b En juin 2010, des courriels, ainsi qu'un entretien téléphonique précisant quelques points, ont été échangés entre l'AFC et les mandataires de l'assujettie au sujet de la facturation concernant l'année 2009, desquels il ressort que l'assujettie, se prévalant de la période transitoire, n'avait modifié sa méthode de facturation qu'au 1er janvier 2010.
B.c
Par courrier du 7 juillet 2010, l'AFC a partagé l'avis qu'il n'y avait pas lieu d'entreprendre des démarches particulières du fait que durant la période allant de 2005 au 31 décembre 2008, B._______ AG n'avait pas correctement facturé la TVA, puisque l'assujettie avait facturé la totalité de la vente des cartes de paiement avec TVA.
En revanche pour la période postérieure au 1er janvier 2009, l'AFC entendait procéder à la correction de l'impôt préalable récupéré sur l'entier des factures émises par la société B._______ AG qui ne comprenaient, conformément à la pratique en vigueur dès cette date, que la TVA sur la marge perçue par l'assujettie. En effet, celle-ci s'était trouvée dans l'une des situations visées par le courrier du 23 décembre 2018 qui décrivait les différents régimes prévus durant la période transitoire, à savoir celle où le contribuable - qui n'avait pas pu adapter sa caisse enregistreuse ou son programme informatique au 1er janvier 2009, de sorte que la vente de cartes à prépaiement continuait à être facturée avec la TVA - devait imposer la vente des cartes mais ne pouvait pas déduire d'impôt préalable en relation avec celles-ci, du moment que ses fournisseurs ne facturaient pas de TVA sur ces cartes.
Pour que l'assujettie puisse récupérer la différence, l'AFC l'a invitée à se conformer à la pratique instaurée en cas de constat ultérieur d'un montant de TVA facturé au client en trop et à établir des avis de crédit à l'adresse de ses clients, lesquels, s'ils étaient aussi des assujettis, pourraient à leur tour procéder à la correction correspondante de l'impôt préalable. A défaut, les montants d'impôt calculés en trop resteraient dus en totalité.
B.d Par lettre chargée du 22 décembre 2010, l'AFC a interrompu à l'égard de l'assujettie la prescription de la totalité de la créance fiscale pour la période du 1er janvier 2005 au 31 décembre 2009.
B.e Donnant suite à une séance s'étant tenue dans ses locaux le 5 octobre 2010 avec les mandataires de l'assujettie, l'AFC, par courrier du 25 juin 2013, a confirmé sa prise de position du 7 juillet 2010, précisant que la Confédération avait subi une perte et rappelant la marche à suivre par l'assujettie pour corriger la situation.
C.
C.a A l'occasion d'un contrôle fiscal opéré chez l'assujettie en août 2013 et portant sur les périodes fiscales allant de 2008 à 2012, l'AFC a notamment constaté que l'assujettie n'avait pas procédé aux corrections requises dans ses courriers des 7 juillet 2010 et 25 juin 2013 pour l'année 2009. Par notification d'estimation/décision du 17 septembre 2013, l'AFC a arrêté, pour l'année 2009, le montant de la créance fiscale à CHF 1'498'185.- et le montant total de la correction d'impôt à CHF 852'700.-. La correction de la mise en compte de l'impôt préalable liée aux achats de cartes téléphoniques pour 2009 était de CHF 852'634.68 et le total de la correction de l'impôt en faveur de l'AFC pour les années 2008 et 2009 s'élevait à CHF 853'358.-.
C.b Par réclamation du 18 octobre 2013 (date du timbre postal), l'assujettie, dûment représentée, s'est opposée au montant de la correction de la mise en compte de l'impôt préalable pour l'année 2009, soutenant que la Confédération n'avait subi aucun préjudice financier et concluant à ce que la créance fiscale, fixée pour cette année-là par la notification d'estimation du 17 octobre 2013, soit réduite à CHF 645'550.- au lieu de CHF 1'498'185.
C.c Par décision sur réclamation du 15 août 2018, l'AFC a confirmé que l'assujettie devait acquitter, pour la période fiscale allant du 1er trimestre 2008 au 4ème trimestre 2009, la somme fixée par la notification d'estimation du 17 octobre 2013, à savoir CHF 853'358.- de TVA plus intérêt moratoire dès le 15 octobre 2009 (échéance moyenne). Elle a divisé les griefs ressortant de la réclamation de la recourante en traitant, d'une part, la correction de la déduction de l'impôt préalable (consid. 5.1) et, d'autre part, l'impôt que la recourante a facturé en trop auprès de ses clients (consid. 5.2). En substance, l'AFC a rappelé les conditions du droit à la déduction de l'impôt préalable et le principe « TVA facturée, TVA due » qui n'autorise pas un assujetti à conserver une TVA qu'il a facturée indûment au regard des dispositions régissant la TVA. Elle est d'avis que l'assujettie ne peut pas se prévaloir de l'art. 45a de l'ordonnance du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA (aOLTVA, RO 2000 1347 ; abrogée le 1er janvier 2010, RO 2009 6743) qui prévoit un allégement en cas de vice forme s'il est prouvé que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier, dans la mesure où cet article ne concerne que les vices de forme et ne protège pas le contribuable contre l'existence d'un vice matériel ou l'absence de réalisation de conditions matérielles.
D.
D.a Par acte du 14 septembre 2018, l'assujettie (ci-après : la recourante), par son conseil, interjette recours par-devant le Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal ou le TAF) à l'encontre de cette décision dont elle demande l'annulation, concluant, sous suite de frais et dépens, au renvoi de la cause à l'AFC (ci-après : autorité inférieure) afin qu'elle réduise d'un montant de CHF 852'635.- la créance fiscale pour l'année 2009, fixée selon la notification d'estimation du 17 septembre 2013 à CHF 1'498'185.-, la portant ainsi à CHF 645'550.- et qu'elle fixe à CHF 724.- le montant total de la correction de l'impôt pour les périodes fiscales 2008 et 2009.
A l'appui de ses conclusions, la recourante se prévaut d'une constatation inexacte des faits et de la réalité économique ainsi que du non-respect des principes directeurs de la TVA qui sont notamment le principe de la neutralité concurrentielle et de la transférabilité de l'impôt. Selon elle, l'application de l'ancien régime d'imposition pour la récupération de l'impôt préalable n'a entraîné aucun préjudice financier pour la Confédération dans la mesure où le même régime d'imposition a été suivi tant pour les opérations en amont que pour les opérations en aval.
D.b Dans sa réponse du 7 novembre 2018, l'autorité inférieure, renonçant à présenter de plus amples observations, conclut au rejet du recours en renvoyant à sa décision sur réclamation du 15 août 2018.
D.c Occupé à l'examen du dossier de la cause, le TAF, par ordonnance du 23 juillet 2020, requiert des informations complémentaires de l'AFC, lesquelles sont fournies par pli du 12 août 2020, transmis à la recourante le 18 suivant.
E.
Pour autant que de besoin, les autres faits et les arguments des parties seront repris dans les considérants ci-après.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le TAF (LTAF, RS 173.32) - non pertinentes en l'espèce -, le Tribunal de céans, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, en particulier à la let. d de cette disposition, à laquelle appartient l'AFC. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). Le TAF est compétent ratione materiae pour statuer sur la présente affaire.
1.2 Concernant la compétence fonctionnelle du Tribunal de céans, il sied d'observer ce qui suit.
1.2.1 Selon l'art. 83 al. 1 de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20), dont le droit de procédure est applicable dès son entrée en vigueur à tous les cas pendants (cf. infra consid. 2.3), les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les trente jours qui suivent leur notification. Il en résulte que l'assujetti a droit en principe à ce que l'AFC examine deux fois son cas et prenne deux décisions successives à son sujet, la seconde étant soumise à des exigences de forme plus élevées (cf. parmi d'autres : arrêt du TAF A-362/2017 du 3 mai 2017 consid. 1.2.2). Selon une jurisprudence clairement établie, la notification d'estimation ne constitue pas per se une décision au sens de l'art. 5 PA et ne peut pas, en soi, faire partir le délai de réclamation (cf. ATF 140 II 202 consid. 5.6). Une notification d'estimation peut cependant être couplée à une décision formelle - faisant alors courir le délai de réclamation - lorsque les circonstances le justifient. Tel est notamment le cas lorsque l'intéressé déclare d'emblée vouloir s'opposer à la position de l'AFC ou lorsque la perception de l'impôt est menacée (ATF 140 II 202 consid. 6.2, 6.3.2 et 6.4).
1.2.2 En l'occurrence, l'AFC a adressé à la recourante, le 17 septembre 2013, une notification d'estimation relative à la période du 1er janvier 2008 au 31 décembre 2009 (n° 287'980). Elle a qualifié cet acte de "décision" en indiquant que la recourante bénéficiait de trente jours pour formuler une réclamation. La recourante a formé réclamation en date du 18 octobre 2013 à l'encontre de cette notification d'estimation/décision. Le 15 août 2018, l'AFC a prononcé une décision sur réclamation, objet du présent recours.
On peut se demander si elle était en droit d'agir ainsi. Dans son courrier adressé à l'AFC le 30 avril 2009, la recourante ne conteste pas la pratique mise en place par l'autorité inférieure. Elle l'informe de ce qu'un contrôle interne a révélé et sollicite un entretien afin de dégager une solution, également pour l'avenir. Certes, elle s'abstiendra ensuite de procéder selon les instructions données en réponse par l'AFC, manquement qui fut découvert lors du contrôle ayant donné lieu à la notification d'estimation/décision. La question de savoir si ce comportement peut être interprété comme une opposition implicite à la position de l'AFC, justifiant que la notification d'estimation ait été directement couplée à une décision, peut cependant souffrir de rester ouverte pour les motifs suivants.
1.2.3 La décision litigieuse, laquelle constitue indéniablement une décision au sens de l'art. 5 PA, est motivée en détail. Considérant que la recourante l'a entreprise directement et sans réserve devant le TAF, on peut en déduire qu'elle a accepté, au moins implicitement, d'avoir été privée d'une procédure de réclamation en bonne et due forme et qu'elle consent, à tout le moins implicitement, à ce que son recours soit traité comme un recours "omisso medio", par application analogique de l'art. 83 al. 4 LTVA (cf. parmi d'autres : arrêt du TAF A-355/2018 du 28 octobre 2019 consid. 1.2). Le Tribunal de céans est donc compétent pour connaître du présent litige.
1.3 Pour le surplus, déposé en temps utile (50 al. 1 PA) et en la forme requise (art. 52 PA), par la destinataire de la décision litigieuse laquelle a participé à la procédure devant l'autorité inférieure et possède un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 48 al. 1 PA), le recours est donc recevable et il peut être entré en matière sur ses mérites.
2.1 La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou l'inopportunité (art. 49 PA ; cf. Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7e éd., 2016, n. marg. 1146 ss ; Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2ème éd., 2013, n. marg. 2.149).
2.2
2.2.1 Le TAF constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués à l'appui du recours (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., 2011, ch. 2.2.6.5 p. 300 s ; parmi d'autres : arrêt du TAF A-2661/2019 du 27 mai 2020 consid. 1.3 et les réf. citée).
La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal définit les faits d'office et librement ; cette maxime doit toutefois être relativisée par son corollaire, à savoir le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 12 et 13 PA, applicables eu égard à l'art. 83 al. 1 LTVA [cf. infra consid. 2.3]), en vertu duquel celles-ci doivent notamment indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver leur requête (art. 52 PA). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 et 2012/23 consid. 4).
2.2.2 Il convient de rappeler que la TVA est un impôt perçu sur la base d'un système reposant sur l'auto-taxation. Ainsi l'assujetti doit établir lui-même la créance fiscale le concernant ; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable ; ce devoir de collaboration subsiste par ailleurs lorsque l'administration fédérale, en raison d'une défaillance de l'assujetti, doit établir elle-même la créance fiscale. Ainsi, le principe inquisitoire n'est pas absolu et trouve ses limites dans le devoir de collaborer de l'assujetti (cf. parmi d'autres : arrêt du TAF A-2420/2019 du 3 décembre 2019 consid. 2.3).
Cela étant, l'administration fiscale supporte la charge de la preuve des faits qui déterminent l'imposition ou le montant de la créance fiscale, à savoir les faits fondant ou augmentant l'imposition. En revanche, l'assujetti assume la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition, à savoir les faits qui l'exonèrent ou réduisent le montant de l'impôt (parmi d'autres : ATF 133 II 153 consid. 4.3 ; arrêt du TF 2C_784/2017 du 8 mars 2018 consid. 8.3 ; arrêts du TAF A-2786/2017 du 28 février 2019 consid. 1.3.2, A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.8). S'agissant de l'impôt préalable, comme il s'agit d'un fait qui aboutit à une diminution de l'impôt, la preuve en incombe donc au contribuable. Il lui est possible d'apporter cette preuve encore dans le cadre du recours au Tribunal de céans (cf. parmi d'autres, arrêts du TAF A-4385/2009 du 19 décembre 2011 consid. 1.2.3, A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 5.2, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.4, A-1389/2006 du 21 janvier 2008 consid. 4.2, A-1454/2006 du 26 septembre 2007 consid. 2.4.3 et les réf.).
2.3 La LTVA actuelle est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de droit matériel qu'elle contient sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance à compter de cette date, avec pour conséquence que les dispositions de l'ancien droit s'appliquent à ceux qui sont plus anciens (art. 112 al. 1 LTVA). Dès lors que les faits déterminants se sont déroulés, en l'espèce, entre le 1er janvier 2009 et le 31 décembre 2009, la présente cause est régie, s'agissant du droit matériel applicable, par l'ancienne loi sur la TVA du 2 septembre 1999 (aLTVA ; RO 2000 1300), entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. art. 94 al. 1 aLTVA ; arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346).
Sur le plan de la procédure, le nouveau droit s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA). En revanche, il ne doit en aucune manière aboutir à une application anticipée du nouveau droit matériel à des états de faits révolus sous l'ancien droit. Ce principe justifie une interprétation restrictive de cette disposition (cf. dans le même sens parmi d'autres : arrêt du TAF A-2144/2018 du 15 janvier 2020 consid. 2).
Sauf indication contraire, seront donc citées les dispositions de la aLTVA et de l'aOLTVA ainsi que les références jurisprudentielles y relatives. La pratique décrite est également celle qui gouvernait le système de l'ancien droit.
3.1 En préambule, il sied de préciser que la notification d'estimation sur laquelle se fonde la décision litigieuse ne fait état - en lien avec les cartes de prépaiement téléphoniques pour l'année 2019 - que d'une correction de la mise en compte de l'impôt préalable. N'y figure pas la mention d'un solde TVA que la recourante aurait encaissé de ses clients en 2019 sans le décompter auprès de l'AFC. Contrairement à ce qu'y figure au consid. 5.2 de la décision litigieuse qui rejette un grief que la recourante n'a pas émis, cette dernière ne conteste pas devoir s'acquitter de la TVA facturée « en trop » à ses clients selon le principe « TVA facturée, TVA due » (cf. parmi d'autres : ATF 131 II 185 consid. 5). La recourante a uniquement évoqué cet aspect pour tenter de démontrer que la Confédération n'aurait pas subi de préjudice financier du fait de l'application par elle d'un régime qu'elle qualifie de mixte (déduction en amont de l'impôt préalable sur le total de la facture de ses fournisseurs, qu'ils aient ou non facturé la TVA, et facturation en aval de la TVA sur la totalité du montant encaissé de ses clients revendeurs).
3.2 Le présent litige porte donc uniquement sur le point de savoir si la recourante était en droit de déduire à titre d'impôt préalable la TVA calculée sur le montant total des factures émises par la société B._______ AG et trois autres fournisseurs durant l'année 2009 alors que celles-ci n'indiquaient que la TVA sur la marge perçue par la recourante.
Il s'agit donc, dans un premier temps, de rappeler les principes directeurs régissant la TVA et les fondements dont le droit à la déduction de l'impôt préalable tire sa justification (infra consid. 4). Il conviendra ensuite d'exposer les conditions matérielles et formelles de ce droit (infra consid. 5), puis de présenter l'art 45a aOLTVA (infra consid. 6-7), ainsi que les règles applicables aux cartes téléphoniques à prépaiement en matière de télécommunication (infra consid. 8). Enfin, il s'agira de tirer les conséquences qui s'imposent dans le cas d'espèce, notamment à l'aune des griefs invoqués par la recourante (infra consid. 9).
Selon l'art. 130 al. 1 de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), la Confédération peut percevoir un impôt sous la forme d'une TVA avec déduction de l'impôt préalable sur les livraisons de biens, les prestations de services ainsi que les importations. Il résulte de l'essence-même de la TVA suisse, conçue comme un impôt sur la consommation, certains éléments essentiels, tels celui de l'imposition de la consommation, de la généralité de l'impôt, de la neutralité et de la généralité de l'impôt (visant à éviter les doubles ou les non-impositions). Elle est régie par un certain nombre de principes directeurs, inhérents au système, tels celui de la neutralité, de la transférabilité de l'impôt et le principe de destination (cf. art. 1 al. 1 et 2 aLTVA ; parmi autres : ATF 125 II 333 consid. 6a, 123 II 301 consid. 5 ; ATAF 2007/23 consid. 2.1). Ces principes représentent des lignes directrices du système de la TVA et non des droits constitutionnels. Ils ne fondent donc pas de droit subjectif des assujettis. Ils s'adressent en premier lieu au législateur et doivent être considérés, dans le cadre de l'interprétation du droit applicable (cf. arrêt du Tribunal fédéral [TF] 2A.353/2001 du 11 février 2002 consid. 3 ; ATF 124 II 193 consid. 8a ; Rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national, Initiative parlementaire Loi fédérale sur la valeur ajoutée [Dettling] du 28 août 1996 [Rapport CER-CN], FF 1996 V 726 ; Danielle Yersin, La jurisprudence du Tribunal fédéral concernant l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée, in : Archives de droit fiscal [Archives] 68 p. 697).
5.1 Selon l'art. 38 aLTVA, si l'assujetti utilise des biens ou des prestations de services pour l'une des affectations justifiées par l'usage commercial indiquées à l'al. 2 (parmi lesquelles figurent les livraisons et les prestations de services imposables), il peut déduire dans son décompte les montants d'impôt préalable que d'autres assujettis lui ont facturés, conformément à l'art. 37 aLTVA, pour des livraisons et des prestations de services (art. 38 al. 1 let. a aLTVA). Ancrée dans cette disposition, la déduction de l'impôt préalable constitue un droit subjectif. Cela étant, elle représente également une technique au service du principe de la neutralité, selon lequel la TVA doit être la même pour tous les consommateurs, quel que soit le circuit emprunté par le bien (cf. arrêts du TAF A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 2.2, A-4385/2009 du 19 décembre 2011 consid. 2.1). Elle a pour effet que l'entrepreneur ne doit imposer que son chiffre d'affaires net, c'est-à-dire qu'il doit la TVA sur l'intégralité de son chiffre d'affaires moins l'impôt préalable (cf. arrêt du TF 2C_653/2008 du 24 février 2009 consid. 6.3). Du fait de la distinction entre l'impôt grevant les prestations en aval et celui frappant les prestations en amont, les deux domaines doivent être soigneusement distingués par l'assujetti et communiqués séparément (cf. arrêts du TAF A-4385/2009 du 19 décembre 2011 consid. 2.1, A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 2.2, A-6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.2, A-5620/2008 du 11 novembre 2009 consid. 2.2).
5.2 La déduction de l'impôt préalable est subordonnée à certaines conditions matérielles (infra consid. 5.2.1) et formelles (infra consid. 5.2.2).
5.2.1
5.2.1.1 Premièrement, il est constant que seul un assujetti peut prétendre déduire l'impôt préalable (cf. art. 38 al. 1 aLTVA) ; deuxièmement, cette déduction est possible uniquement pour les montants d'impôt préalable que d'autres assujettis lui ont facturé, conformément à l'art. 37 aLTVA (cf. infra consid. 5.2), pour des livraisons et des prestations de services (cf. art. 38 al. 1 let. a aLTVA) ; troisièmement, les prestations doivent être affectées - ne serait-ce que de manière médiate - à un des buts limitativement énumérés à l'art. 38 al. 2 aLTVA, étant encore précisé que l'assujetti peut également déduire les montants d'impôt préalable mentionnés à l'al. 1, lorsqu'il utilise des biens ou des services mentionnés à l'art. 19 al. 2 aLTVA ou pour des activités qui seraient imposables s'il les effectuait sur le territoire suisse (cf. art. 38 al. 3 aLTVA ; cf. également arrêts du TF 2C_309/2009 et 310/2009 du 1er février 2010 consid. 7.2, 2C_632/2007 du 7 avril 2008 consid. 2).
Enfin, la déduction de l'impôt préalable ne doit pas avoir été expressément proscrite (cf. art. 39 aLTVA ; cf. sur les différentes conditions relatives à la déduction de l'impôt préalable, arrêts du TF 2C_45/2008 du 16 décembre 2008 consid. 3.2, 2A.34/2007 du 8 janvier 2008 consid. 2.4).
5.2.1.2 Le système présuppose donc une relation étroite entre la prestation acquise et celle effectuée. L'« input » (« Eingangleistung »), soit l'acquisition de prestations en amont, doit être - en tant qu'élément de coût - affecté de manière directe ou indirecte à l'« output » (« Ausgangsleistung »), soit à la prestation en aval. La jurisprudence l'exprimait en parlant d'un lien économique objectif (ou nécessaire) entre l'« input » et l'« output », qui peut être direct ou indirect, c'est-à-dire lorsque les prestations imposables sont simplement exécutées à l'aide des prestations acquises (cf. ATF 132 II 353 consid. 8.2, 8.3 et 10 ; arrêts du TF 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 7.2, 2C_45/2008 du 16 décembre 2008 consid. 3.3). Dès lors, si une prestation acquise sert à produire une prestation imposable, la déduction de l'impôt préalable est possible intégralement, alors que si elle est affectée à un autre but, cette déduction n'est pas envisageable.
5.2.1.3 Le principe de transférabilité de l'impôt découle du caractère d'impôt sur la consommation de la TVA. Le législateur doit assurer que l'entreprise assujettie puisse répercuter l'impôt sans difficulté et, en principe, dans sa totalité. Bien qu'inscrit dans la loi (cf. art. 1 al. 2 aLTVA), ce principe ne représente pas un droit subjectif (cf. ATF 123 II 385 ; arrêt du TF 2C_426/2008 et 2C_432/2008 du 18 février 2009 consid. 4.5, 2C_518/2007 et 2C_519/2007 du 11 mars 2008 consid. 3.4). En fin de compte, c'est le marché qui décide si un transfert est possible (cf. arrêts du TAF A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.3.1, A-4385/2009 du 19 décembre 2011 consid. 2.2.3.1). La question du transfert de la TVA ne relève donc pas du droit public, conclusion entérinée par l'art. 37 al. 6 aLTVA, aux termes duquel les tribunaux civils connaissent des contestations portant sur le transfert de l'impôt (cf. parmi d'autres : arrêt du TAF A-361/2017 du 30 octobre 2018 consid. 6.2.5).
Le transfert de la TVA n'étant pas automatique, mais relevant de l'autonomie des parties, les fondements de cet impôt seraient altérés si l'assujetti pouvait déduire une TVA qui ne lui a pas été effectivement transférée. C'est dès lors à juste titre que l'art. 38 al. 1 let. a aLTVA impose à l'assujetti de ne déduire que la TVA que d'autres assujettis lui ont facturée. Il s'agit là d'une exigence légale incontournable (cf. arrêt du TAF A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.3.2).
5.2.2
5.2.2.1 L'art. 38 al. 1 let. a aLTVA prévoit que seul peut prétendre à la déduction de l'impôt préalable celui qui peut prouver les montants dont il réclame la déduction au moyen des pièces visées à l'art. 37 al. 1 et 3 aLTVA. La facture du fournisseur doit comprendre : son nom et son adresse, de même que son numéro d'immatriculation au registre des contribuables ; le nom et l'adresse du destinataire ; la date ou la période de la prestation ; le genre, l'objet et le volume de celle-ci ; le montant de la contre-prestation ; le taux et le montant de l'impôt sur la contre-prestation, étant précisé que si l'impôt est inclus dans la contre-prestation, l'indication du taux suffit (art. 37 al. 1 aLTVA). La jurisprudence a reconnu que l'administration et les tribunaux étaient liés par ce formalisme légal. Lorsqu'une facture ne remplit pas les conditions cumulatives spécifiées dans l'aLTVA, l'AFC est tenue de refuser la déduction de l'impôt préalable. En revanche, s'il y a une facture conforme aux exigences légales, l'impôt préalable peut être déduit, même si le fournisseur n'a pas décompté la TVA (cf. arrêts du TAF A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.1, A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.2, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.1, A-1476/2006 du 26 avril 2007 consid. 4.2.1 et les références citées).
5.2.2.2 Toutefois, sous certaines conditions, une facture peut être corrigée par son auteur. L'aLTVA ne contient pas de norme spécifique à ce sujet (cf. actuellement l'art. 27 LTVA). Selon la pratique administrative, une facture erronée peut être rectifiée à certaines conditions, qui dépendent de la situation. Dans tous les cas cependant, une correction ne peut intervenir que dans les limites de la prescription (art. 49 aLTVA).
5.2.2.2.1 Une correction de la facture par le fournisseur est possible sans autre restriction, tant que celle-ci n'est pas encore acquittée (cf. arrêts du TAF A-2512/2008 du 8 septembre 2010 consid. 2.2.1, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.2.1 ; Instructions 2001 et 2008 sur la TVA, ch. 807 et explications ad formulaire 1550).
5.2.2.2.2 Si la facture du fournisseur a déjà été acquittée, la correction ou le complément ultérieurs de la facture ne sont envisageables qu'à certaines conditions limitatives.
Lorsque le numéro TVA du fournisseur manque sur la facture, que la date, la période, le genre, l'objet ou le volume de la prestation n'y est pas indiqué de manière complète, ou encore lorsque le taux de l'impôt fait défaut, une correction ultérieure est possible au moyen du formulaire 1310, respectivement 1550, intitulé "Attestation du prestataire au destinataire de sa prestation dans le but de permettre ultérieurement la déduction de l'impôt préalable en cas de facture/note de crédit formellement insuffisante". Une fois ces défauts corrigés par le biais du formulaire précité, le destinataire peut alors déduire l'impôt préalable. En revanche, les noms et adresses du prestataire et du bénéficiaire (cf. art. 15a OLTVA), ainsi que la contre-prestation et le montant de l'impôt dû constituent des éléments essentiels dont le défaut d'indication sur les factures ne peut pas être régularisé (ATF 131 II 185 consid. 3.3 ; arrêts du TAF A-2512/2008 du 8 septembre 2010 consid. 2.2.2.1, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.2.2.1).
Cette pratique, confirmée par la jurisprudence (cf. ATF 131 II 185 consid. 3.3 ; arrêt du TF 2A.406/2002 du 31 mars 2003 consid. 4.3 ; arrêts du TAF A-1562/2006 du 26 septembre 2008 consid. 2.6.2 et A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 3.2), a été publiée dans les Instructions 2008 (ch. 807) ; cela étant, dès 2003, le formulaire 1550 était accessible sur internet avec les explications correspondantes.
5.2.2.2.3 Si la TVA facturée s'avère trop élevée ou trop faible (erreur de calcul, application d'un taux d'impôt erroné, fausse base d'imposition), si elle a été facturée à tort, ou si elle n'a pas du tout été facturée (alors qu'elle aurait dû l'être), la correction n'intervient donc pas au moyen du formulaire 1310/1550. Elle doit être entreprise par le fournisseur, auquel il incombe d'émettre une nouvelle facture ou une note de crédit conformes aux exigences formelles et qui fassent référence à la pièce justificative initiale. Le fournisseur est tenu de comptabiliser la pièce justificative supplémentaire et de la remettre au destinataire de la prestation. Ce dernier doit procéder à la correction de l'impôt préalable (Instructions 2001, ch. 808 et ses modifications in : Communication concernant la pratique "Correction de la TVA facturée - Modification du chiffre marginal 808 des Instructions 2001 sur la TVA" du 30 janvier 2004 ; cf. également, Instructions 2008, ch. 808 et la pratique quelque peu modifiée ; confirmation de la dite pratique in : arrêt du TF 2A.320/2002 et 2A.326/2002 du 2 juin 2003 consid. 5.4.1, du 31 mai 2002 in : Archives 72 p. 732 consid. 5b, c ; cf. arrêt du TAF A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.2.2).
6.1 Cela étant, il faut encore évoquer l'art. 45a aOLTVA, en lien avec ce qui précède. Cette disposition a été en vigueur du 1er juillet 2006 au 31 décembre 2009 (comparer avec l'actuel art. 27 LTVA). La jurisprudence a confirmé l'application rétroactive de cette disposition (cf. arrêts du TF 2C_356/2008 du 21 novembre 2008 consid. 5.7, 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.5 et 2C_263/2007 du 24 août 2007 consid. 4) qui régit toujours les procédures relatives à l'ancien droit, pendantes au 1er janvier 2010, malgré l'entrée en vigueur à cette date de la LTVA (cf. arrêts du TAF A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.3.1, A-2512/2008 du 8 septembre 2010 consid. 3.1, A-1107/2008 et A-1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 6.1, A-5876/2008 du 24 mars 2010 consid. 4.2.2 et les réf. cit.).
6.2 L'art. 45a aOLTVA dispose qu'un vice de forme n'entraîne pas à lui seul de reprise d'impôt, s'il apparaît ou si l'assujetti prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier du fait du non-respect d'une prescription de forme prévue par la loi ou cette même ordonnance sur l'établissement de justificatifs. Les vices formels affectant une facture peuvent ainsi être corrigés par le biais de l'art. 45a aOLTVA, dans la mesure où les conditions prescrites par cette disposition sont réunies, à savoir l'absence de préjudice financier subi par l'Etat, sans que le recours au formulaire 1310/1550 soit nécessaire. Les formes prescrites par les normes législatives et/ou par la pratique administrative doivent ainsi être appliquées sans formalisme outrancier, mais avec pragmatisme. Cela étant, il n'est pas concevable de prétendre que l'art. 45a aOLTVA puisse primer, voire effacer les termes de la loi elle-même. Il convient de garder à l'esprit que l'art. 45a aOLTVA concerne uniquement les vices de forme. Il ne protège aucunement le contribuable contre l'existence d'un véritable vice matériel ou l'absence de réalisation des conditions matérielles (cf. parmi autres, ATAF 2007/25 consid. 6.1, arrêt du TAF A-666/2012 du 28 octobre 2013 consid. 3.3.7.3).
6.3 Savoir ce qui constitue un vice matériel ou un vice formel revêt une importance cruciale pour l'application de cette disposition. Le TAF a admis la pertinence de l'art. 45a aOLTVA dans le cas de vices formels affectant des éléments non-essentiels de la facture, comme l'absence du numéro de contribuable du fournisseur (cf. arrêt du TAF A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 3.4, 4.2.2) ou en cas d'absence du taux de l'impôt (cf. arrêt du TAF A-1483/2006 du 16 octobre 2007 consid. 5.2.3 ; voir toutefois, arrêt du TAF A-1643/2006 du 19 août 2008 consid. 3.1). En revanche, il est acquis que l'existence-même d'une facture (ou d'une pièce justificative équivalente) constitue une condition matérielle (cf. arrêt du TF 2C_263/2007 du 14 août 2007 consid. 5.2 ; arrêts du TAF A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.3.3, A-6048/2008 du 10 décembre 2009 consid. 3.3). En outre, le TAF retient que la facturation de la TVA, même injustifiée, ne constitue en rien un vice formel qui serait susceptible d'être réparé par le biais de l'art. 45a aOLTVA (cf. arrêts du TAF A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.3.3, A-2512/2008 du 8 septembre 2010 consid. 4.3.1, A-1536 et A-1537/2006 du 16 juin 2008 consid. 2.5.1, A-6245/2007 du 13 février 2008 consid. 3.4).
6.4 La faculté d'appliquer l'art. 45a aOLTVA (plus précisément la condition de l'absence de préjudice financier), de même que celle de corriger la facture sur la base du formulaire 1550/1310, dépendent de savoir si le fournisseur a payé l'impôt dont le destinataire réclame la déduction à titre d'impôt préalable, alors même que le droit à la déduction de l'impôt préalable n'est normalement pas conditionné au payement par le fournisseur de la TVA qu'il a facturée (cf. arrêt du TAF A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.3.3, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 3.6.1 ; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, Traité TVA, 2009, p. 699 ch. 49).
L'art. 113 al. 3 LTVA ne change rien aux considérants qui précèdent. Cette disposition, concernant exclusivement le droit de procédure, doit être appliquée de manière restrictive et ne peut conduire à une application rétroactive du droit matériel (cf. supra consid. 2.3). Elle n'a dès lors aucun impact sur les conditions matérielles du droit à la déduction de l'impôt préalable. Elle n'a pas non plus d'incidence sur les prescriptions de forme contenues à l'art. 37 aLTVA, qui sont étroitement liées au droit matériel et ne peuvent être qualifiées de pures dispositions de procédure au sens de l'art. 113 al. 3 LTVA (cf. arrêts du TAF A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.5, A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.7, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 3.7 et A-1113/2006 du 23 février 2010 consid. 3.4.3). Il s'ensuit que l'ancien droit demeure applicable à cet égard, s'agissant des états de fait révolus sous son empire.
8.1 Jusqu'au 31 décembre 2008, la vente et le rechargement des cartes téléphoniques à prépaiement étaient considérés comme une prestation de services de télécommunication. La contre-prestation versée par les différents acteurs de la chaîne de distribution pour la fourniture des cartes à prépaiement (grossistes, intermédiaires et points de vente) était imposable au taux normal. Dès le 1er janvier 2009, le traitement fiscal de ces cartes a été modifié. Conformément au nouveau régime applicable, les cartes à prépaiement et les crédits d'appels ont été assimilés à des moyens de paiement électroniques, de sorte que leur vente par des intermédiaires n'est dès lors plus imposable et les chiffres d'affaire afférents doivent être comptabilisés dans un compte de passage. En d'autres termes, les recettes provenant de la vente ou du rechargement de telles cartes par des points de vente en détail ainsi qu'en gros ne représentent plus la contre-prestation pour la fourniture d'une prestation de services de télécommunication. Partant, les divers fournisseurs impliqués dans la chaîne de distribution doivent imposer uniquement la marge ou la commission qu'ils perçoivent, soit la différence entre la valeur faciale et le montant dû à l'opérateur ou à l'intermédiaire précédent dans la chaîne.
8.2 La vente des cartes réalisées jusqu'au 31 décembre 2008 relevait toujours de l'ancien régime. La TVA relative à la totalité de la valeur de ces cartes devait donc être déclarée par le vendeur jusqu'à cette date. Afin d'uniformiser la transition entre les deux régimes, l'AFC avait décidé - et communiqué aux différents intermédiaires en décembre 2008 - que la date déterminante pour le régime applicable à la vente de ces cartes et pour désigner l'intermédiaire de la chaîne qui allait devoir opérer la régularisation (opérateur, grossiste ou détaillant), était celle de la remise des cartes (soit en pratique, la date d'envoi par le vendeur, que ce soit l'opérateur, le grossiste ou le détaillant). En conséquence, les cartes livrées jusqu'au 31 décembre 2008 étaient à facturer jusqu'au 31 mars 2009 avec la TVA et celles livrées à partir du 1er janvier 2009 devaient être facturées sans TVA (cf. ch. 2 de la communication concernant la pratique du 23 décembre 2008).
Comme lors du passage au nouveau régime, il subsistait des cartes à prépaiement ou des crédits d'appel pour lesquelles la TVA avait été perçue et versée à l'AFC lors de la vente alors que le crédit de ces cartes n'avait pas encore été entièrement utilisé, un système de régularisation - illustré dans un tableau remis aux intermédiaires - avait été prévu afin de replacer ces cartes dans la situation fiscale dans laquelle elles auraient été si elles avaient été acquises sous le nouveau régime (cf. ch. 3 de la communication concernant la pratique du 23 décembre 2008 et son annexe).
8.3 Comme certains opérateurs et intermédiaires n'avaient pas pu adapter leur programme informatique ou leurs caisses enregistreuses au 1er janvier 2009, une période transitoire avait été instaurée jusqu'au 31 décembre 2009. Trois situations étaient prévues et décrites dans une communication spécifique envoyée aux intermédiaires en décembre 2008 :
A. Caisses enregistreuses/programme informatique pas adaptés au 1er janvier 2009 donc la vente est facturée avec la TVA et le fournisseur facture la TVA ouvertement la vente des cartes et crédits devait être imposée et l'impôt préalable facturé par le fournisseur pouvait être déduit.
B. Caisses enregistreuses/programme informatique pas adaptés au 1er janvier 2009 donc la vente est facturée avec la TVA et le fournisseur ne facture pas la TVA la vente des cartes et crédits devait être imposée, par contre aucun impôt préalable ne pouvait être déduit puisque pas facturé par le fournisseur.
C. Caisses enregistreuses/programme informatique étaient adaptés au 1er janvier 2009 donc la vente est facturée sans la TVA et le fournisseur facture la TVA ouvertement la vente des cartes et crédits ne devait pas être imposée et aucun impôt préalable ne pouvait être déduit quand bien même le fournisseur le facturait et que la facture était conforme.
9.1
En l'espèce, d'un point de vue matériel, les conditions du droit à la déduction de l'impôt préalable semblent remplies, à l'exception de l'exigence selon laquelle la TVA doit avoir été facturée à la recourante par un autre assujetti (cf. supra consid. 5.2.1.1). En effet, les assujettis peuvent déduire uniquement l'impôt préalable qui a été effectivement et de manière prouvée mis à leur charge. Or, les factures émises par la société B._______ AG et trois autres fournisseurs durant l'année 2009 n'indique que la TVA sur la marge octroyée à la recourante, ceci conformément à la pratique relative aux cartes téléphoniques à prépaiement alors en vigueur (cf. supra consid. 8). Malgré ce mode de facturation, la recourante a déduit à titre d'impôt préalable la TVA calculée sur le montant total des factures émises par la société B._______ AG et trois autres fournisseurs. Dans ces circonstances, il est correct de considérer que la recourante a décompté des montants d'impôt préalable qui ne lui ont pas été facturés par ces quatre sociétés. Il s'ensuit, qu'une condition matérielle indispensable au droit à la déduction de l'impôt préalable fait défaut. Partant, il y a lieu de retenir que c'est à juste titre que l'AFC a procédé à la correction de l'impôt préalable récupéré par la recourante sur les factures émises par la société B._______ AG et trois autres fournisseurs.
9.2
9.2.1 La recourante allègue qu'elle aurait été obligée de conserver - durant l'année 2009 - la méthode d'imposition selon l'ancien régime tant pour les opérations en amont que pour les opérations en aval, dans la mesure où non seulement la majorité de ses fournisseurs, mais également l'ensemble de ses clients continuaient d'appliquer l'ancien régime d'imposition des cartes téléphoniques à prépaiement. De l'avis de la recourante, l'utilisation du nouveau régime uniquement pour les opérations réalisées avec la société B._______ AG aurait engendré une distorsion économique. Elle en conclut que le bien-fondé de son droit à la déduction - opéré selon l'ancien régime - serait conforme aux principes de la neutralité concurrentielle et de transférabilité de l'impôt. Ce grief se confond avec sa prétention à se voir appliquer l'art. 45a aOLTVA au motif que la Confédération n'aurait subi aucun préjudice financier du fait qu'elle a déduit l'impôt préalable puisqu'en aval elle a facturé et décompté la totalité de la TVA à ses propres clients revendeurs qui auraient à leur tour procédé ainsi.
9.2.2 Tout d'abord, il sied de rappeler les principes directeurs qui régissent la TVA ne sont pas justiciables mais qu'ils s'adressent au législateur (cf. consid. 4). Cela étant, la recourante a visiblement mal interprété le régime transitoire quand bien même les termes du courrier qu'elle a reçu fin 2018 comportait une marche à suivre claire. En effet, le régime mis en place ne permettait pas la prorogation de l'ancien système, ainsi que semble l'avoir abusivement compris la recourante. Il avait pour but de tenir compte des difficultés rencontrées par certains opérateurs et intermédiaires dans l'adaptation de leur programme informatique ou de leurs caisses enregistreuses. En fonction des différentes situations qui pouvaient se présenter, une procédure était indiquée (cf. supra consid. 8.3). Pour les intermédiaires - à l'instar de la recourante - qui n'avaient pas pu adapter au 1er janvier 2009 leurs programmes informatiques ou caisses enregistreuses, de sorte que la vente des cartes étaient facturées avec la TVA alors que les fournisseurs ne la facturaient pas, ils devaient imposer la vente des cartes à prépaiement mais ne pouvaient déduire aucun impôt préalable (cf. situation B décrite supra au consid. 8.3). Or, la recourante a non seulement déduit un impôt préalable mais elle a calculé celui-ci sur le montant total des factures de B._______ AG et de trois autres fournisseurs. Ainsi, non seulement elle doit rétrocéder le montant qu'elle a déduit abusivement, mais elle doit aussi s'acquitter du montant de la TVA grevant la commission qui lui revient, puisque les quatre fournisseurs concernés ont pu faire valoir cette charge préalable. Dans le nouveau régime, elle doit s'acquitter de l'impôt sur la marge indiquée sur la facture de son fournisseur, lequel l'a rajouté à la commission qu'il lui concède. Elle ne peut rien déduire au titre de l'impôt préalable puisqu'aucune TVA ne lui est transférée. Le montant figurant sur la facture au titre de la TVA s'ajoute à sa commission nette pour donner la marge brute sur laquelle elle devra payer la TVA. Elle fera de même avec ses propres clients revendeurs assujettis.
Cela étant, pendant la période transitoire, comme le programme informatique de la recourante n'avait pas été adapté au nouveau régime, elle pouvait continuer à imposer la vente de ces cartes à prépaiement et crédits d'appel. Cela ressort très clairement de la circulaire de l'AFC du 23 décembre 2008 et des courriers que l'autorité inférieure a adressés à la recourante les 7 juillet 2010 et 25 juin 2013. Comme la recourante a facturé la TVA sur la totalité du prix de vente à ses clients revendeurs, elle doit décompter - ce qu'elle a fait - cette TVA, selon le principe « TVA facturée, TVA due » (cf. supra consid. 3.1). Lesdits revendeurs se trouveront alors dans une situation prévue par le régime transitoire, à savoir que si leurs caisses enregistreuses ou programmes informatiques n'ont pas été adaptés et que leur fournisseur, soit la recourante, leur a facturé la TVA, ils devront à leur tour imposer la vente des cartes mais en revanche ils pourront déduire l'impôt préalable.
9.2.3 La recourante ne peut tirer argument de l'art. 45a aOLTVA qui concerne uniquement les vices de forme et qui n'a pas vocation à pallier les problèmes d'organisation d'un assujetti. Cette disposition n'est pas destinée à protéger le contribuable contre l'existence d'un véritable vice matériel ou l'absence de réalisation des conditions matérielles (cf. supra consid. 6.2), comme en l'espèce. Le présent litige ne concerne pas un oubli affectant la facturation mais bien une absence de transfert de la TVA par le fournisseur. Il faut rappeler par ailleurs que l'art. 45a aOLTVA ne trouve application que pour autant qu'il soit démontré que le fournisseur a payé l'impôt dont le destinataire réclame la déduction à titre d'impôt préalable (cf. supra consid. 6.4) ; ce qui n'est pas le cas de l'espèce, les fournisseurs impliqués (B._______ AG et trois autres) n'ayant décompté - à juste titre - aucune TVA sur ces factures. L'absence de transfert de la TVA ne constitue pas un simple vice formel, susceptible d'être réparé par le biais de l'art. 45a aOLTVA. Dans ces circonstances, les considérations de la recourante tirées de l'art. 45a aOLTVA ne sont d'aucune pertinence et il est dès lors inutile d'examiner si les conditions posées par cette disposition, en particulier l'absence de préjudice financier subi par la Confédération - comme l'allègue la recourante - sont remplies dans le cas d'espèce.
9.2.4 Par surabondance, le Tribunal remarque toutefois que le calcul auquel s'est astreinte la recourante pour tenter de prouver cette absence de préjudice financier repose sur des bases erronées. En effet, les tableaux qu'elle présente (pces 3.1 à 3.3 recourante) indiquent un prix de vente toutes taxes comprises (TTC) au consommateur final de CHF 107.60 pour une carte de prépaiement dont la valeur faciale serait de CHF 100.--. Or, la valeur faciale constitue le prix de vente TTC, ce que démontrent clairement les quittances du kiosque revendeur qu'elle produit (pces 4.1 et 4.2 recourante).
9.3 On relèvera encore que la recourante avait la possibilité de corriger les factures qu'elle avait établies à ses clients revendeurs selon la procédure décrite supra au consid. 5.2.2.2.3. L'autorité inférieure l'avait informée de cette possibilité tant dans son courrier du 7 juillet 2010 que dans celui du 23 juin 2013. Du moment que la recourante a renoncé à cette solution, elle doit, en plus de la TVA qu'elle a encaissée sur la totalité des factures, restituer l'impôt préalable qu'elle a déduit à tort et s'acquitter de la TVA sur les commissions que lui ont concédées B._______G AG et trois autres fournisseurs.
9.4 Pour être complet, le Tribunal note encore que la recourante ne peut se justifier, comme elle le fait, en se prévalant du fait que l'autorité inférieure aurait admis sa pratique (déduction de l'impôt préalable alors que B._______G AG ne lui a pas facturé de TVA) pour les années 2005 à 2008.
9.4.1 Il est vrai que le principe de la bonne foi qui découle des art. 5 et 9 Cst. confère à chacun le droit à la protection de la confiance légitimement placée dans un renseignement donné par une autorité, lorsqu'une série de conditions sont remplies (cf. ATF 137 I 69 consid. 2.5.1, 131 II 627 consid. 6.1, 129 I 161 consid. 4.1). Il faut ainsi (1) que l'information ait été donnée sans réserve, (2) que l'autorité ait agi dans un cas concret et vis-à-vis d'une personne déterminée, (3) qu'elle ait été compétente ou qu'elle ait paru l'être, (4) que la personne concernée n'ait pas pu se rendre immédiatement compte de l'inexactitude ou de l'illégalité de l'assurance qui lui était fournie, (5) qu'elle ait pris sur cette base des mesures dont la modification lui serait préjudiciable, (6) que la situation juridique n'ait pas été modifiée entre le moment où l'information en cause a été donnée et celui où le principe de la bonne foi a été invoqué et (7) que l'intérêt à la bonne application du droit ne l'emporte pas sur celui de la protection de la confiance légitime (parmi d'autres : cf. arrêt du TAF A-601/2019 du 19 février 2020 consid. 2.6.1).
9.4.2 Cela étant, pour la période 2005 à 2008, la vente de cartes à prépaiement ou de crédits téléphoniques était considérée comme une prestation de télécommunication (cf. supra consid. 8). La technique de facturation et de décompte de la recourante était conforme aux règles alors en vigueur. En revanche, la société B._______G AG ne facturait pas - à tort - la TVA que la recourante a déduit au titre d'impôt préalable. Pour remédier à cette situation, il aurait fallu exiger de la recourante qu'elle corrige la mise en compte de l'impôt préalable, de B._______ AG qu'elle décompte la TVA sur la totalité des factures et qu'elle la transfère à la recourante pour ensuite permettre à celle-ci de récupérer ce montant TVA. Par pragmatisme, l'autorité inférieure y a vraisemblablement renoncé, sans que l'on sache par ailleurs quel contrôle elle a opéré auprès de B._______ AG. En 2009, la situation s'est inversée : la pratique de B._______G AG a correspondu aux prescriptions en vigueur alors que la recourante persévérait dans l'application d'un système qui était devenu contraire au droit et ce malgré les différents circulaires et courriers qui lui ont été adressés pour l'aviser du changement et lui indiquant comment elle devait s'adapter.
Si l'AFC a exprimé l'avis dans son courrier du 7 juillet 2010 qu'il n'y avait pas lieu d'entreprendre des démarches particulières pour la période allant de 2005 au 31 décembre 2008, elle n'a donné aucune garantie pour l'avenir. Bien au contraire, dans ce même courrier comme dans celui du 25 juin 2013 et également lors de l'entretien du 5 octobre 2010, elle a précisé les corrections que devait entreprendre la recourante pour la période postérieure, à compter du 1er janvier 2009. La condition de base - soit une information donnée sans réserve - fait donc défaut pour que naisse un éventuel droit à la protection de la confiance légitime. A cela s'ajoute qu'entre les deux périodes, la situation juridique a précisément été modifiée et qu'en conséquence, si ce droit existait, il manquerait encore au moins une condition à son exercice.
9.5 Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal à rejeter le recours et à confirmer la décision litigieuse du 15 août 2018.
Compte tenu de l'issue de la procédure, il n'est pas alloué de dépens (cf. art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
(Le dispositif se trouve à la page suivante.)
Le recours est rejeté.
Les frais de procédure de 18'500 francs sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est prélevé sur l'avance de frais déjà versée, d'un montant équivalent.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. ; acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège : La greffière : Annie Rochat Pauchard Valérie Humbert
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :