Entscheiddatum: 04.08.2008Publikationsdatum: 27.08.2008
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-6674/2007
{T 0/2}
Arrêt du 4 août 2008
Composition
Jérôme Candrian (président du collège), Beat Forster, Kathrin Dietrich, juges,
Virginie Fragnière, greffière.
Parties
Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL),
Ressources Humaines, INN 011, Station 7, 1015 Lausanne,
recourante,
contre
A._______,
représenté par Maître Inès Feldmann, avocate, Budin & associés, av. du Tribunal-Fédéral 1, case postale 5459, 1002 Lausanne,
intimé,
et
Commission de recours interne des EPF, Gutenbergstrasse 31, case postale 6061, 3001 Berne,
autorité inférieure,
Objet
procédure disciplinaire (décision du 21 août 2007 de la Commission de recours interne des EPF).
A.
A._______, né en (...), a travaillé comme collaborateur technique au Centre Interdisciplinaire de Microscopie Electronique (ci-après le CIME) de l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (ci-après l'EPFL) depuis mars 2000 jusqu'à fin août 2007. B._______, née en (...), effectue son doctorat, en qualité d'assistante doctorante, au CIME depuis juin 2004.
En date du 21 juin 2006, aux alentours de 19 heures, A._______ et B._______ se sont disputés dans l'appartement de celle-ci. Lors de cette altercation, B._______ s'est saisie d'un couteau.
Le 22 juin 2006, suite aux événements de la veille, B._______ s'est plainte, oralement et par courrier, auprès du Professeur G._______, son directeur de thèse, de harcèlement, pouvant revêtir parfois un caractère sexuel, de la part de A._______. Après avoir auditionné A._______ et B._______ le 27 juin 2006, l'EPFL a ouvert, le 4 juillet 2006, une enquête disciplinaire à l'encontre de A._______.
Suite aux événements du 21 juin 2006, A._______ a déposé une plainte pénale à l'encontre de B._______.
B.
Le 17 novembre 2006, sur la base du rapport d'enquête disciplinaire daté du 27 octobre 2006, l'EPFL a décidé de prononcer un blâme à l'encontre de A._______.
Le 27 novembre 2006, l'EPFL a adressé un avertissement à A._______, motivé par le supposé comportement inadéquat de celui-ci.
Le 21 décembre 2006, A._______ a interjeté recours auprès de la Commission de recours interne des EPF (ci-après la CRIEPF) contre la décision de l'EPFL du 17 novembre 2006 prononçant un blâme à son encontre. Le 21 août 2007, la CRIEPF a annulé la décision du 17 novembre 2006 de l'EPFL, en lui renvoyant le dossier pour nouvelle instruction dans le sens des considérants.
Le 1er octobre 2007, l'EPFL (ci-après la recourante) a recouru contre la décision du 21 août 2007 de la CRIEPF auprès du Tribunal administratif fédéral (TAF). Elle a conclu à l'annulation de cette décision et à la confirmation de sa décision du 17 novembre 2006.
Dans le délai imparti, A._______ (ci-après l'intimé) a déposé ses observations au recours. Il a conclu principalement à son irrecevabilité et subsidiairement à son rejet, ainsi qu'à la confirmation de la décision incriminée.
Le 25 janvier 2008, la recourante a répliqué aux observations de l'intimé du 14 décembre 2007. Elle a repris implicitement les conclusions contenues dans son recours. L'intimé a dupliqué le 22 février 2008 et a confirmé les conclusions formulées dans sa réponse au recours.
La cause a été gardée à juger le 6 mars 2008.
Le 27 mai 2008, la recourante a requis la production du dossier pénal dans la procédure administrative et, partant, la suspension de la procédure administrative si nécessaire.
Appelée à se prononcer sur cette demande, la CRIEPF a informé le TAF en date du 9 juin 2008 qu'elle n'avait pas d'observations à formuler. L'intimé a quant à lui conclu au rejet de la dite requête par courrier du 13 juin 2008. En date du 26 juin 2008, l'EPFL a confirmé sa requête de production du dossier pénal.
C.
Par décision du 27 février 2007, suite à une nouvelle plainte de B._______, l'EPFL a résilié les rapports de travail de l'intimé.
Par décision du 24 mai 2007, sur recours de l'intimé, la CRIEPF a déclaré cette résiliation nulle.
Le 3 juillet 2007, l'EPFL a recouru auprès du TAF contre la décision de la CRIEPF du 24 mai 2007. Le 24 septembre 2007, le TAF a pris acte du retrait du recours du 3 juillet 2007 et l'affaire a été radiée du rôle (Arrêt du Tribunal administratif fédéral [ATAF] A-4470/2007 du 24 septembre 2007).
D.
Par décision du 28 août 2007, l'EPFL a résilié à nouveau le contrat de travail de l'intimé pour le 31 décembre 2007. En outre, elle l'a libéré de son obligation de travailler à compter de la réception de la dite décision et a retiré l'effet suspensif à un éventuel recours.
Par télécopie et par courrier du 27 septembre 2007 adressés à l'EPFL, l'intimé, par l'intermédiaire de son mandataire, s'est opposé à son licenciement, conformément à la législation sur le personnel de la Confédération, en invoquant en substance la nullité de la résiliation.
Parallèlement à son opposition du 27 septembre 2007, par mémoire du 28 septembre 2007, A._______, par l'intermédiaire de son mandataire, a interjeté recours contre la décision de l'EPFL du 28 août 2007 auprès de la CRIEPF. Il a notamment conclu à ce que son recours soit assorti de l'effet suspensif. Par ailleurs, à titre de mesures provisionnelles urgentes et de mesures provisionnelles, il a demandé à être réintégré immédiatement dans ses fonctions ou subsidiairement à ce qu'un poste équivalent lui soit présenté.
Le 29 octobre 2007, l'EPFL a déposé auprès de la CRIEPF une demande en constatation de la validité de la résiliation du 28 août 2007, conformément à la réglementation sur le personnel de la Confédération.
Le 30 octobre 2007, la CRIEPF a ordonné la jonction de la procédure de recours introduite le 28 septembre 2007 qui portait sur la validité de la résiliation du contrat de travail de A._______ et de la procédure traitant de la demande en constatation de la validité de la résiliation formée par l'EPFL le 29 octobre 2007.
Par décision du 13 novembre 2007, la CRIEPF a restitué l'effet suspensif au recours du 28 septembre 2007 et, partant, a prononcé que l'EPFL était tenue de verser le traitement de A._______ jusqu'au terme de la procédure pendante auprès de la CRIEPF. Elle a toutefois rejeté les requêtes de mesures provisionnelles et provisionnelles urgentes tendant à réintégrer A._______ à un poste de travail.
Le 3 décembre 2007, l'EPFL a interjeté recours auprès du TAF contre la décision du 13 novembre 2007 de la CRIEPF. Par décision du 21 février 2008, le TAF a rejeté le dit recours, dans la mesure où il était recevable (ATAF A-8198/2007 du 21 février 2008).
E.
Par décision du 1er juillet 2008, la CRIEPF a constaté que la résiliation du contrat de travail de A._______ ordonnée par l'EPFL le 28 août 2007 était nulle. Elle a dès lors prononcé que A._______ devait être réintégré à son poste de travail ou, en cas d'impossibilité, qu'il devait lui être proposé une autre activité pouvant raisonnablement être exigée de lui.
Le 8 juillet 2008, l'EPFL a déposé un recours auprès du TAF contre la décision du 1er juillet 2008 de la CRIEPF. Elle a conclu essentiellement à ce que la résiliation du contrat de travail soit confirmée.
Les autres faits et arguments des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.
1.1 Aux termes des art. 31 et 33 let. f et h de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le recours auprès du Tribunal administratif fédéral (TAF) est recevable contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), rendues par les commissions fédérales et par des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées.
La Commission de recours interne des EPF (CRIEPF) doit être qualifiée de commission fédérale ou, à tout le moins, d'autorité statuant dans l'accomplissement de tâches de droit public, si bien qu'il s'agit de toute façon d'une autorité précédente au sens de l'art. 33 LTAF (cf. Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001 [FF 2001 IV 4226]). En outre, l'acte de cette autorité, dont est recours, satisfait aux conditions prévalant à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5 PA et ne rentre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32 LTAF.
Au demeurant, les décisions rendues par la CRIEPF concernant le droit du personnel fédéral peuvent être contestées devant le TAF conformément à l'art. 36 al. 1 de la loi fédérale du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers, RS 172.220.1).
Cela étant, le TAF est compétent pour connaître du litige. Par ailleurs, la procédure est régie par la PA pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
1.2 Au préalable, il convient d'examiner si la décision attaquée peut déjà faire l'objet d'un recours auprès de l'autorité de céans au stade actuel de la procédure. Dans la mesure où la décision entreprise revêt le caractère d'une décision de renvoi, l'on doit déterminer si celle-ci est finale ou incidente. Dans ce dernier cas, le recours ne peut être recevable que s'il remplit les conditions prévues à l'art. 46 PA.
1.2.1 Dans sa décision du 21 août 2007, l'autorité inférieure n'est pas entrée en matière sur le recours en tant que celui-ci concernait l'avertissement du 27 novembre 2006. Elle a en outre annulé la décision attaquée pour le surplus et prononcé que le dossier de la cause devait être renvoyé à l'EPFL, laquelle était invitée à compléter son instruction dans le sens des considérants. L'EPFL a de surcroît été condamnée à payer à A._______ une indemnité de Fr. 10'071.35 pour les dépens.
Dans son recours du 3 octobre 2007, la recourante a conclu à l'annulation de la décision du 21 août 2007 de l'autorité inférieure.
Dans sa réponse au recours du 14 décembre 2007, l'intimé a principalement conclu à l'irrecevabilité du recours et subsidiairement à son rejet. Pour conclure à l'irrecevabilité du recours, il a notamment invoqué que l'EPFL conservait une liberté d'appréciation des preuves notable sur le point de savoir si A._______ avait harcelé B._______; la décision incriminée était donc une décision incidente. Il a ensuite relevé que les conditions prévues à l'art. 46 PA qui devaient être réalisées pour qu'une décision incidente puisse être attaquée n'étaient pas remplies. Il a allégué en particulier que la recourante ne subissait aucun préjudice irréparable du fait de la décision attaquée (cf. art. 46 al. 1 let. a PA) et que l'admission du recours ne pouvait conduire immédiatement à une décision finale qui permettait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (cf. art. 46 al. 1 let. b PA).
Dans sa réplique aux observations de l'intimé, la recourante a relevé que, même si l'indication d'une voie de droit erronée ne créait pas cette voie de droit, le fait que l'autorité inférieure l'ait fait figurer dans la décision attaquée constituait un indice en faveur de la recevabilité du recours. Elle a de surcroît allégué que la décision incriminée était de nature à lui causer un préjudice irréparable, dans la mesure où des dépens de Fr. 10'071.35 avaient été mis à sa charge (cf. art. 46 al. 1 let. a PA). En outre, elle a soutenu que la confirmation de sa décision était propre à mettre fin à la procédure au sens de l'art. 46 al. 1 let. b PA.
Dans sa duplique du 22 février 2008, l'intimé a repris pour l'essentiel les arguments développés dans sa réponse au recours du 14 décembre 2007.
1.2.2 La décision dite finale est celle qui met un terme à l'instance engagée qu'il s'agisse d'une décision au fond ou d'une décision qui clôt l'action judiciaire en raison d'un motif tiré des règles de procédure. Le jugement partiel proprement dit est celui qui statue sur une partie quantitativement limitée de la prétention litigieuse ou sur l'une des prétentions en cause (arrêt du Tribunal fédéral I 224/04 du 10 juin 2005 consid. 1.1 et les réf. citées, arrêt du Tribunal fédéral U 292/03 du 6 juillet 2004 consid. 1 et les réf. citées). Est en revanche une décision incidente celle qui est prise en cours de procès et qui ne constitue qu'une étape vers la décision finale (arrêt du Tribunal fédéral I 224/04 du 10 juin 2005 consid. 1.1, ATF 129 II 183 consid. 3.1).
Il n'est pas toujours aisé de distinguer la décision finale de la décision incidente. Ainsi, la décision de renvoi qui contient des instructions impératives à l'attention de l'autorité inférieure met un terme à la procédure s'agissant des points tranchés dans les considérants. Même si la décision ne met pas fin à la procédure dans son ensemble, elle apparaît néanmoins comme étant une décision finale, qui peut être attaquée. Un recours ne peut toutefois être interjeté qu'en ce qui concerne les points définitivement tranchés. Si le prononcé de l'autorité de recours entre en force, l'autorité inférieure est liée non seulement par les considérants fondant le renvoi, mais aussi par les autres considérants (André Moser/Peter Uebersax, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Basel und Frankfurt am Main 1998, n. 3.90 et les réf. citées).
Dans le même sens, une décision par laquelle une autorité de recours renvoie l'affaire à l'instance inférieure est incidente lorsque cette dernière conserve une certaine liberté de décision; elle est partielle si elle tranche définitivement un point, de manière impérative pour l'autorité inférieure; elle est finale lorsque le renvoi ne fait que lui en ordonner l'exécution (Pierre Moor, Droit administratif, volume II, Berne 2002, p. 226; sur la nature de la décision de renvoi cf. également décision de la commission de recours du Département de l'économie du 12 décembre 2003 in Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 68.94 consid. 1.3.2; arrêt du Tribunal fédéral 2A.113/2007 du 8 novembre 2007 consid. 1.3, arrêt du Tribunal fédéral 2A.606/2006 du 18 avril 2007 consid. 1.3, arrêt du Tribunal fédéral 1A.272/2003 du 27 juillet 2004 consid. 1.2).
En particulier, une décision par laquelle une autorité de recours renvoie la cause à l'autorité inférieure afin qu'elle procède à des mesures d'instruction supplémentaires et qu'elle prenne une nouvelle décision, sans lui enjoindre dans quel sens la rendre, est une décision incidente (arrêt du Tribunal fédéral 2A.165/2006 du 5 septembre 2006 consid. 1.2 et les réf. citées).
Une décision incidente notifiée séparément qui ne porte pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peut être attaquée que si elle peut causer un préjudice irréparable (art. 46 al. 1 let. a PA), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 46 al. 1 let. b PA). Le Tribunal fédéral a retenu qu'un dommage de pur fait, notamment économique, constituait déjà un dommage irréparable au sens de l'art. 46 PA, applicable à la procédure de recours devant le TAF en vertu de l'art. 37 LTAF (arrêt du Tribunal fédéral 2C_86/2008 et 2C_87/2008 du 23 avril 2008 consid. 3.2 et les réf. citées).
1.2.3 En l'occurrence, l'autorité inférieure a renvoyé le dossier de la cause à l'EPFL et l'a invitée à compléter son instruction dans le sens des considérants. Elle a retenu, contrairement à la recourante, qu'on ne pouvait conclure, sur la base des pièces du dossier, à un comportement inadéquat de l'intimé envers B._______. Elle a en outre estimé que l'autorité inférieure devait auditionner trois personnes supplémentaires avant de se prononcer une nouvelle fois sur la mesure éventuelle à prendre à l'encontre de A._______. Or, on doit admettre que les trois auditions complémentaires requises ne permettront pas de déterminer si A._______ a bel et bien harcelé B._______ (cf. infra consid. 5.3). Il se peut de surcroît que l'audition de C._______, ainsi que la nouvelle confrontation entre A._______ et B._______ (cf. infra consid. 4.3.2.3) n'apportent aucun élément propre à conclure à un éventuel harcèlement. Les considérants de la décision attaquée qui traitent de la question du harcèlement lient la recourante. Dans la mesure où, selon la CRIEPF, le blâme a été prononcé principalement en raison de l'éventuel harcèlement et que celui-ci apparaît comme étant la faute la plus grave que l'on pourrait reprocher à A._______, il n'est pas illogique de considérer que l'EPFL ne disposerait plus d'une liberté de décision notable en cas de renvoi; la décision attaquée pourrait donc être considérée sous cet angle comme une décision finale. Cette question peut toutefois être laissée ouverte.
En effet, il ressort de la décision dont est recours que l'autorité inférieure s'est prononcée définitivement sur la question des dépens attribués à l'intimé s'agissant de la procédure de recours. Si l'EPFL devait rendre une nouvelle décision concernant les éventuelles mesures disciplinaires à prendre à l'encontre de A._______, elle ne pourrait retenir qu'elle ne doit aucun dépens, et ce au regard du prononcé de l'autorité inférieure auquel elle est liée. Il n'est dès lors pas exclu que la décision incriminée puisse être qualifiée de décision partielle, attaquable aux mêmes conditions qu'une décision finale, mais ce point peut de même demeurer indécis (cf. ATF 130 II 321 consid. 1 et les réf. citées, arrêt du Tribunal fédéral 1A.2/2003 du 31 juillet 2003 consid. 1.2). Car l'on doit de toute façon admettre que la décision incriminée - en supposant qu'elle soit incidente - puisse causer un préjudice irréparable à la recourante; ce dernier ne pourrait être supprimé même en cas d'issue positive de la procédure. L'EPFL devrait en effet en tous les cas supporter le paiement d'une indemnité à titre de dépens de Fr. 10'071.35 s'agissant de la procédure devant l'autorité inférieure et ce, même si le prononcé du blâme devait être confirmé (cf. sur ce point arrêt du Tribunal fédéral 2A.320/2001 du 5 décembre 2001 consid. 1b).
1.3 Déposé en temps utile par la destinataire de la décision attaquée (cf. art. 22 ss, 48 et 50 PA), le présent recours répond parallèlement aux exigences de forme et de contenu prévues à l'art. 52 PA. Il est donc recevable.
Le TAF examine les décisions qui lui sont soumises avec une pleine cognition (cf. FF 2001 IV 4000 [4055]). La recourante peut ainsi invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, ainsi que l'inopportunité (cf. art. 49 PA). Le TAF fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux ou encore lorsqu'il s'agit d'apprécier des prestations ou un comportement personnel (cf. ATF 119 Ib 33 consid. 3b, ATAF A-930/2007 du 14 décembre 2007 consid. 2; Benoît Bovay, Procédure administrative, Berne 2000, p. 396 et suivantes; Moser/Uebersax, op. cit., ch. 2.62; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2eme éd., Zurich 1998, n° 644 et 645).
Le TAF applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Moor, op. cit., p. 265). Il définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (cf. art. 12 PA). Il peut s'écarter aussi bien des considérants juridiques de la décision attaquée que des arguments des parties. Les principes de la maxime inquisitoire et de l'application d'office du droit sont cependant limités dans la mesure où l'autorité compétente ne procède spontanément à des constatations de fait complémentaires ou n'examine d'autres points de droit que si les indices correspondants ressortent des griefs présentés ou des pièces du dossier (cf. décision du 15 mars 2006 de la Commission fédérale de recours en matière de personnel fédéral [CRP 2005-041] consid. 2 et les réf. citées).
Dans un premier temps, il faut examiner s'il se justifie de requérir la production du dossier pénal et de suspendre la présente procédure, tel que requis par la recourante.
3.1 La recourante a déposé une demande de production du dossier pénal et de suspension de la présente procédure en date du 27 mai 2008. Appelé à se prononcer, l'intimé a relevé que cette requête n'était pas motivée. Il a en outre invoqué qu'elle était tardive et qu'elle n'avait été formulée qu'à des fins dilatoires, en ce sens que la recourante souhaitait échapper à l'obligation de reprendre l'instruction disciplinaire. Il a aussi allégué que la recourante avait jusqu'ici toujours considéré que les faits survenus le 21 juin 2006 n'étaient pas pertinents pour le prononcé d'une sanction disciplinaire; dès lors, sa demande confinait à la témérité. La recourante a motivé sa requête le 26 juin 2008. Elle a avancé en substance que le dossier pénal devait selon toute vraisemblance contenir des éléments pertinents pour l'issue de la procédure administrative.
3.2 A teneur de l'art. 58a al. 4 de l'Ordonnance du Conseil des EPF sur le personnel du domaine des écoles polytechniques fédérales (Ordonnance sur le personnel du domaine des EPF, OPers-EPF, RS 172.220.113), "si les mêmes faits donnent lieu à une enquête disciplinaire et à une procédure pénale, la décision relative aux mesures disciplinaires peut être ajournée jusqu'à la fin de la procédure pénale".
L'autorité judiciaire saisie peut, à la demande des parties ou d'office, ordonner la suspension de la procédure lorsqu'il existe des motifs particuliers. Tel est notamment le cas lorsque la décision à prendre dépend de l'issue d'une autre procédure ou pourrait s'en trouver influencée d'une manière déterminante, pour autant que cette mesure n'implique pas de retard inadmissible (cf. ATF 123 II 1 consid. 2b, ATF 122 II 211 consid. 3e; décision de la Commission fédérale de recours en matière de douane du 28 octobre 2003 in JAAC 68.51 consid. 2a). L'autorité dispose d'un large pouvoir d'appréciation lorsqu'il s'agit de statuer sur une requête de suspension (Moser/Uebersax, op. cit., n° 3.11).
En outre, aux termes de l'art. 33 al. 1 PA, "l'autorité admet les moyens de preuve offerts par la partie s'ils paraissent propres à élucider les faits".
3.3 En l'espèce, il convient de ne pas requérir la production du dossier pénal et de ne pas suspendre la procédure de recours engagée devant l'autorité de céans. Il se peut certes que l'instruction pénale permette de déterminer la nature de la relation entre A._______ et B._______ et ce qui les a amenés à se disputer le soir du 21 juin 2006. Les faits établis par l'autorité pénale dans le cadre de la plainte déposée par A._______ contre B._______ ne sauraient toutefois avoir une influence sur l'issue de la présente procédure. Le litige porte en effet sur la question de savoir si l'autorité inférieure était en droit de renvoyer la cause à la recourante pour complément d'instruction en allouant à l'intimé une indemnité de Fr. 10'071.35 à titre de dépens (cf. infra consid. 4, 5, 6 et 7). Même s'il ressortait du dossier pénal que B._______ a été harcelée par A._______, on devrait de toute façon conclure à ce que la recourante a constaté les faits de façon incomplète et inexacte au vu des pièces contenues dans le dossier de la procédure administrative (cf. infra consid. 4); il se justifierait dès lors en tous les cas d'allouer une indemnité à titre de dépens à l'intimé à la charge de la recourante (cf. infra consid. 7). Par ailleurs, il est pour le moins surprenant que la recourante dépose de telles demandes; en effet, la recourante a jusqu'ici toujours allégué avoir constaté les faits de façon complète et être convaincue du comportement inadéquat de A._______ envers B._______.
Au demeurant, dans la mesure où la cause devra lui être renvoyée (cf. infra consid. 6), il appartiendra à la recourante de requérir la production du dossier pénal et de décider de suspendre la procédure disciplinaire.
Il convient ensuite de déterminer si l'autorité inférieure a retenu à juste titre une constatation inexacte et incomplète des faits pertinents. En particulier, l'on doit examiner si l'autorité inférieure était en droit de considérer qu'au vu des pièces du dossier, le prétendu harcèlement de B._______ par A._______ ne pouvait être établi. La résolution de cette question permettra au TAF de se prononcer sur les dépens alloués à A._______ par-devant l'autorité inférieure.
4.1 Le harcèlement sexuel est défini à l'art. 4 de la loi sur l'égalité du 24 mars 1995 (LEg, RS 151.1), applicable à la présente procédure (cf. art. 2 LEg): "Par comportement discriminatoire, on entend tout comportement importun de caractère sexuel ou tout autre comportement fondé sur l'appartenance sexuelle, qui porte atteinte à la dignité de la personne sur son lieu de travail, en particulier le fait de proférer des menaces, de promettre des avantages, d'imposer des contraintes ou d'exercer des pressions de toute nature sur une personne en vue d'obtenir d'elle des faveurs de nature sexuelle". Le Tribunal fédéral donne la définition suivante du mobbing (arrêt du Tribunal fédéral 4A_128/2007 du 9 juillet 2007 consid. 2.1, arrêt du Tribunal fédéral 4C.320/2005 du 20 mars 2006 consid. 2.1): "Le harcèlement psychologique, appelé aussi mobbing, se définit comme un enchaînement de propos et/ou d'agissements hostiles, répétés fréquemment pendant une période assez longue, par lesquels un ou plusieurs individus cherchent à isoler, à marginaliser, voire à exclure une personne sur son lieu de travail (...). La victime est souvent placée dans une situation où chaque acte pris individuellement, auquel un témoin a pu assister, peut éventuellement être considéré comme supportable alors que l'ensemble des agissements constitue une déstabilisation de la personnalité, poussé jusqu'à l'élimination professionnelle de la personne visée (...)."
Par ailleurs, l'art. 58a al. 5 OPers-EPF prévoit que "toute mesure doit être ordonnée dans un délai d'un an à compter de la découverte du manquement aux obligations professionnelles, mais au plus tard trois ans après le dernier manquement aux dites obligations". Dès lors, seuls les faits pertinents qui ne sont pas prescrits peuvent être retenus pour prononcer une mesure disciplinaire à l'encontre d'un employé.
4.2 Dans la décision attaquée, l'autorité inférieure a considéré que le prétendu harcèlement dont aurait été victime B._______ ne pouvait être prouvé. Elle a toutefois estimé qu'on pouvait reprocher à l'intimé le fait d'avoir critiqué les compétences de B._______ auprès de différents collaborateurs de l'EPFL depuis le printemps 2006 et d'avoir déclaré à une de ses collègues que "la seule chose qu'elle [B._______] peut faire, c'est de montrer ses deux pamplemousses". Elle a cependant considéré qu'il n'était pas possible de déterminer si ces deux seuls faits auraient également conduit la recourante à prononcer une sanction disciplinaire à l'encontre de l'intimé; le supposé harcèlement était en effet la faute la plus grave que l'on pouvait reprocher à A._______ et avait été à la base du prononcé du blâme.
Dans son recours, l'EPFL a allégué principalement que l'intimé avait eu dès la fin de l'année 2004 ou dès le début 2005 jusqu'en mai 2006 à de nombreuses reprises des comportements inadéquats envers B._______. Elle a aussi relevé que le prononcé du blâme se justifiait, même si l'on ne devait prendre en considération que les critiques et les propos déplacés formulés par l'intimé à l'encontre de B._______.
Dans la réponse au recours, l'intimé a invoqué que le supposé comportement inadéquat à l'égard de B._______ ne pouvait être démontré. En outre, il a ajouté que tous les moyens de preuve possibles et propres à établir les faits n'avaient pas été administrés; le rejet des offres de preuve n'était dès lors pas justifié et constituait par conséquent une violation du droit d'être entendu.
Dans sa réplique aux observations de l'intimé, la recourante a repris les arguments contenus dans son recours.
Dans sa duplique, l'intimé a repris la motivation figurant dans sa réponse au recours.
4.3
4.3.1
4.3.1.1 En l'espèce, suite aux événements du 21 juin 2006, le Professeur G._______, le Professeur H._______, directeur du CIME, I._______, cheffe du personnel et J._______, juriste, ont entendu en date du 27 juin 2006 A._______, puis B._______. A._______ a déclaré qu'il avait vécu une relation amoureuse non consommée avec B._______ durant un an et demi, relation dont personne n'était au courant. Il a ajouté que leur relation avait commencé à se détériorer deux mois plus tôt; B._______ et lui avaient dès lors rompu. Il a précisé qu'il était déjà allé chez B._______, hormis le soir du 21 juin 2006. B._______ a quant elle totalement contesté l'existence d'une relation amoureuse entre eux. Elle a en outre déclaré qu'elle l'avait vu une fois devant sa maison, mais qu'il n'était jamais venu chez elle avant le soir du 21 juin 2006 et qu'elle ne lui avait pas donné son adresse.
4.3.1.2 Suite à cette séance, par décision du 28 juin 2006, l'EPFL a suspendu A._______ avec effet immédiat et lui a interdit l'accès aux locaux de l'EPFL, ainsi que toute recherche de contact avec B._______.
Suite à l'ouverture de l'enquête disciplinaire le 4 juillet 2006, l'enquêteur a entendu le 7 juillet 2006, B._______, accompagnée d'une interprète et A._______, assisté de Me Inès Feldmann. Lors de son audition, A._______ a déclaré que B._______ et lui-même avaient commencé à flirter dès janvier 2005, mais qu'ils n'avaient jamais eu de relation physique et que leurs rapports étaient purement platoniques. B._______ lui aurait offert un support mural pour clés. B._______ et lui seraient allés manger ensemble tous les vendredis à l'extérieur et ils auraient abordé des sujets à la fois professionnels et privés. B._______ aurait à une occasion laissé un post-it sur son bureau, sur lequel figuraient des mots d'amour en espagnol et son nom écrit à de multiples reprises au verso. Elle lui aurait communiqué son numéro de natel privé, qui ne figurerait pas sur la liste interne à l'EPFL. A._______ a également fait état de balades après le travail durant les mois d'avril et juin 2005. Au mois de juin 2005, il se serait rendu à Vivapoly en compagnie de B._______, ainsi que d'autres personnes. Il a ajouté qu'ils avaient eu des conversations dans son bureau ou dans la salle des microscopes. Après l'été 2005, B._______ et A._______ auraient eu moins de contacts et à Noël 2005, ils auraient décidé de réfléchir à leur relation. En janvier 2006, B._______ lui aurait remis une de ses photos (format passeport). Dès la mi-mai, leurs rapports se seraient dégradés progressivement. Le 21 juin 2006, ils se seraient fixé un rendez-vous pour s'expliquer. A._______ y serait arrivé un peu plus tôt que B._______, un bouquet de fleurs cueillies dans la nature à la main, bouquet qu'elle aurait jeté dans le container. Une fois le code de l'immeuble composé, B._______ et lui seraient montés ensemble dans l'immeuble. Ils auraient discuté dans le hall d'entrée de l'appartement de B._______ et la discussion aurait dégénéré. B._______ lui aurait dit que leur relation était terminée, s'emportant en parlant de sa compagne. A._______ ne l'aurait pas empêchée de se mouvoir, ni d'utiliser le téléphone. Subitement, B._______ aurait sorti un couteau à pain et l'aurait menacé en lui ordonnant de sortir.
Lors de son audition du même jour, B._______ a déclaré que A._______ lui avait proposé son amitié dès qu'elle était arrivée et lui avait suggéré de manger ensemble le vendredi à midi, ce qu'ils avaient fait jusqu'en avril 2005. Elle a ajouté qu'ils avaient fait une balade une seule fois à l'occasion de son anniversaire. A partir de cet épisode, elle n'aurait plus voulu manger avec lui le vendredi à midi, s'étant sentie mal à l'aise lors de leur balade. Fin avril/début mai 2005, A._______ lui aurait avoué qu'il avait des sentiments pour elle. Dès l'été 2005, il serait venu de plus en plus lui parler. Au début 2006, alors qu'elle travaillait au microscope, il lui aurait dit qu'il était amoureux d'elle. B._______ lui aurait répondu que ce n'était pas réciproque et qu'elle était fatiguée de son attitude et qu'il devait arrêter. Quelques semaines plus tard, A._______ l'aurait à nouveau importunée. Il lui aurait écrit un mail pour lui dire qu'il ne savait toujours pas quelle était la nature de leur relation et elle lui aurait répondu qu'ils n'étaient que collègues. B._______ a aussi expliqué que le vendredi précédent le weekend de l'Ascension, A._______ était venu dans son bureau alors qu'elle était seule et avait à nouveau insisté sur ce qu'il ressentait pour elle. Elle serait partie suite à ces déclarations. Après cet incident, elle aurait décidé de dénoncer tout nouveau comportement inadéquat. Elle aurait dès lors informé son supérieur des événements du 21 juin 2006. Elle a encore ajouté qu'elle avait reçu à plusieurs reprises des fleurs dans sa boîte à lait d'un inconnu, mais qu'elle se doutait qu'il s'agissait de A._______.
4.3.1.3 Suite aux auditions du 7 juillet 2006, l'enquêteur a révoqué avec effet immédiat la suspension de A._______, mais a confirmé que celui-ci devait éviter de rechercher tout contact avec B._______.
L'enquêteur a ensuite entendu les 11 juillet, 12 juillet et 13 septembre 2006, B._______, D._______, collaborateur scientifique, E._______, secrétaire, K._______, collaboratrice technique, L._______, laborantine, A._______, O._______, responsable du fonctionnement des salles de PC et N._______, collaboratrice technique.
Selon les déclarations de D._______, A._______ passerait plus de temps avec les femmes qu'avec les hommes pour l'appui technique pratique en relation avec l'utilisation des microscopes. Il y a quelques mois, soit depuis février 2006, il aurait changé de comportement vis-à-vis de B._______, en critiquant les compétences scientifiques et le comportement social de celle-ci. B._______ et A._______ auraient pris le repas de midi ensemble à la cafétéria. D._______ a aussi déclaré ne pas avoir constaté de relations particulières entre eux autres que professionnelles.
Selon les déclarations de E._______, A._______ aurait tendance à venir dans son bureau le vendredi après-midi pour discuter avec l'apprentie (actuelle et précédente). A._______ aurait donné une tape sur les fesses de l'apprentie précédente. Cette apprentie serait partie en pleurs auprès de K._______. A une occasion, A._______ aurait dit à l'ancienne apprentie qu'il faisait si chaud qu'il avait envie d'enlever sa chemise. Il serait plus serviable avec les femmes qu'avec les hommes. Il aurait rapidement tissé des liens d'amitié avec B._______. E._______ n'aurait jamais constaté une relation particulière entre eux. Elle a également ajouté qu'au cours du mois de mai 2006, l'attitude de A._______ vis-à-vis de B._______ avait changé. A._______ aurait commencé à dire qu'elle n'apportait rien au groupe. A une reprise, il serait arrivé dans son bureau énervé en disant s'agissant de B._______ : "La seule chose qu'elle peut faire, c'est montrer ses deux pamplemousses."
Lors de son audition du 11 juillet 2006, B._______ a déclaré qu'à l'occasion des fêtes de Noël 2004, elle avait rapporté du Mexique quatre porte-clés en bois, à l'attention de G._______, de A._______ et d'une amie mexicaine. Elle a confirmé qu'elle s'était baladée avec A._______ à l'occasion de son anniversaire. Elle a en outre relevé qu'à une occasion A._______ l'avait conduite à ses cours de langue. Elle a ajouté qu'elle s'était rendue avec A._______ à Vivapoly, car ce dernier avait insisté. En 2005, à son retour de vacances, elle serait arrivée à son ancien appartement accompagnée de ses parents. Elle y aurait trouvé des fleurs et des cerises ainsi qu'une carte de A._______, produite au dossier. Elle a déclaré que la propriétaire qui lui louait une chambre à l'étage avait peut-être ouvert à A._______ en son absence. Elle a aussi précisé qu'elle avait donné à A._______, à sa demande, son numéro de portable avant les vacances de Noël 2005 pour qu'il puisse la joindre en cas de besoin et après qu'il ait beaucoup insisté. Elle ne lui aurait jamais donné une photographie d'elle. A la vue du post-it, elle a déclaré qu'elle avait certainement dû y griffonner les paroles d'une chanson d'amour. Elle y aurait également écrit l'adresse de la bibliothèque. Ce papier avait dû être trouvé selon elle dans sa poubelle ou dans son bureau. B._______ a déclaré qu'à la fin de l'année 2005, A._______ l'avait aidée à chercher un autre appartement. Entre 2005 et début 2006, A._______ aurait insisté pour avoir une relation avec elle. Il l'aurait ignorée suite à son refus. Depuis 2006, il lui aurait dit fréquemment qu'il l'aimait, soit à chaque fois qu'il avait l'occasion d'être seul avec elle.
Selon les déclarations de K._______, A._______ aurait été d'emblée trop familier en l'appelant "Fafa" et elle aurait dû le "remettre en place" pour qu'il cesse. Il aurait même consulté le site internet de l'EPFL, pour savoir ce que son ami faisait. A une reprise, une collaboratrice lui aurait dit que A._______ trouvait toujours une bonne raison pour venir vers elle lorsqu'elle travaillait au microscope. Elle a toutefois déclaré que pour sa part elle ne pouvait pas dire si A._______ passait plus de temps avec les femmes qu'avec les hommes. Elle a ajouté qu'il avait commencé à critiquer les compétences professionnelles de B._______, deux à trois mois auparavant. Trois ans plus tôt, elle aurait rencontré l'ancienne apprentie M._______ qui avait l'air un peu perturbée. Elle lui aurait alors demandé si elle trouvait normal qu'un homme lui touche les fesses et lui aurait expliqué que A._______ lui avait donné une tape sur les fesses. Elle aurait ajouté qu'il passait beaucoup de temps dans son bureau lorsque E._______ était absente, soit le vendredi après-midi. Elle aurait également déclaré que A._______ lui aurait suggéré de mettre des jupes plus courtes et qu'il lui aurait demandé à plusieurs reprises de l'accompagner à la piscine, ce qu'elle aurait toujours refusé. A._______ aurait selon K._______ toujours nié avoir tapé sur les fesses de l'apprentie et n'aurait jamais présenté ses excuses.
Selon les déclarations de L._______, A._______ aurait eu une attitude très familière dès son arrivée, cherchant à faciliter les contacts (tutoiements, utilisation de diminutifs). De manière générale, L._______ a expliqué ne pas avoir remarqué que A._______ avait une attitude particulière par rapport aux femmes et ne pas avoir constaté qu'il passait plus de temps avec les femmes plutôt qu'avec les hommes au microscope. Elle a ajouté qu'elle n'avait remarqué aucune liaison intime ou aucun rapport particulier entre A._______ et B._______. A._______ aurait commencé à critiquer B._______ ces derniers mois. L'ancienne apprentie lui aurait révélé que A._______ lui avait donné une claque sur les fesses, alors que E._______ était absente.
Lors de son audition du 12 juillet 2006, A._______ a confirmé ses propos du 7 juillet 2006. Il a précisé qu'à l'occasion du retour en Suisse de B._______, il avait remis à l'ancienne logeuse de celle-ci une carte avec deux sortes de cerises et des fruits que B._______ pourrait partager avec ses parents. Il a retranscrit de façon assez précise la disposition de l'appartement de B._______ à la main sur une feuille, pour prouver qu'il y était déjà allé à plusieurs reprises. Il a aussi déclaré que B._______ lui avait tendu une photographie dans son bureau. Il a reconnu que, lors d'un vendredi après-midi, à l'occasion d'une discussion détendue, il avait tapé le bas du dos de l'ancienne apprentie M._______. S'agissant de leur discussion sur les piscines, il aurait simplement dit à l'ancienne apprentie où celles-ci se trouvaient. Il a également reconnu que sa relation avec B._______ s'était dégradée depuis mai 2006 et qu'il l'avait critiquée auprès d'autres collaborateurs.
O._______ a rapporté qu'il n'avait remarqué aucune amitié particulière entre A._______ et B._______. Il a ajouté que celle-ci s'habillait au début de manière tout à fait normale et neutre et que par la suite, elle avait commencé à se maquiller davantage plus que ce qui est habituel à l'EPFL.
Selon les déclarations de N._______, A._______ n'aurait pas été "lourd" ou "collant".
4.3.1.4 Le 27 octobre 2006, l'enquêteur a adressé son rapport à la Direction de l'EPFL. En substance, il a retenu que de fin 2004/début 2005 à début mai 2006, A._______ était intervenu à de nombreuses reprises, sur le lieu de travail, auprès de B._______, cherchant à tirer profit des contacts professionnels, par exemple des travaux au microscope, pour lui faire des avances amoureuses et pour tenter de nouer une liaison sentimentale avec elle. Il a ajouté que depuis début mai 2006, A._______ avait critiqué les compétences professionnelles de B._______ auprès d'autres collaborateurs du CIME; enfin, en mai 2006, A._______ avait déclaré à E._______ s'agissant de B._______: "la seule chose qu'elle peut faire, c'est montrer ses deux pamplemousses". Il a finalement conclu qu'un blâme soit prononcé à l'encontre de A._______ en application de l'art. 58a al. 3 lit. b OPers-EPF. Il a encore précisé qu'il avait hésité à proposer une sanction disciplinaire plus lourde, étant donné le précédent qui était survenu en 2003 avec l'apprentie M._______.
4.3.2
4.3.2.1 En l'occurrence, il ressort du dossier que dans le courant de mai 2006, A._______ a commencé, pour des raisons que l'on ne peut déterminer, à critiquer les compétences professionnelles et sociales de B._______. Il a également déclaré à une collègue au sujet de B._______: "La seule chose qu'elle peut faire, c'est montrer ses deux pamplemousses." Ces deux constatations ne sont du reste pas contestées. Toutefois, l'autorité de céans ne saurait conclure, au vu des différents témoignages, à ce que A._______ aurait harcelé B._______. Les conclusions y relatives du rapport de l'enquêteur, lesquelles ont été reprises par l'EPFL dans sa décision, ne sauraient en effet être suivies pour les raisons suivantes.
Il faut d'abord relever que seuls les faits qui ne sont pas prescrits doivent être pris en considération. S'agissant de l'incident qui serait intervenu entre A._______ et l'apprentie, il se serait déroulé en 2003. Or, la décision de l'EPFL est datée du 17 novembre 2006. Ce fait était dès lors selon toute vraisemblance prescrit au moment où l'EPFL a prononcé le blâme et ne pouvait être retenu pour justifier le prononcé de ce dernier. La recourante n'a d'ailleurs apporté aucun élément propre à démontrer que tel n'était pas le cas.
Seuls les faits qui suivent peuvent dès lors être admis. Il résulte clairement du dossier que B._______ et A._______ allaient généralement manger ensemble le vendredi, et ce jusqu'au printemps 2005. A l'occasion de l'anniversaire de B._______ en avril 2005, ils sont allés se balader. Ils se sont en outre rendus ensemble à une fête qui avait lieu sur le site de l'EPFL au printemps 2005, où se trouvaient d'autres collaborateurs de l'EPFL. A une occasion, A._______ a aussi emmené en voiture B._______ à des cours de langue. En juillet 2005, il lui a offert des fleurs et des cerises, ainsi qu'une carte qu'il avait déposée, par l'intermédiaire de la propriétaire de l'immeuble, dans la chambre où résidait B._______. La carte était signée "Te A...". Il considérait cette relation comme une relation amoureuse non consommée. B._______ lui a communiqué son numéro de natel à Noël 2005. On ignore toutefois quelles étaient les raisons de cette communication. Fin 2005, A._______ a aidé B._______ dans la recherche d'un nouvel appartement. Il lui a adressé une carte à l'occasion de son anniversaire en avril 2006. Le soir du 21 juin 2006, A._______ et B._______ se sont disputés dans l'appartement de celle-ci. Cette dernière s'est alors saisie d'un couteau.
4.3.2.2 Les différents témoignages ne permettent cependant pas d'établir que A._______ aurait harcelé B._______. Le dossier ne comporte aucun élément démontrant que l'intimé aurait exercé une quelconque pression sur B._______ en vue d'obtenir d'elle des faveurs sexuelles. En outre, il ne ressort pas des pièces que A._______ aurait tenu des propos hostiles ou agi de façon hostile de manière répétée pendant une période assez longue envers B._______, de sorte que cette dernière se retrouve isolée sur son lieu de travail. A._______ a certes critiqué les compétences professionnelles et sociales de B._______ dès mai 2006. Il n'apparaît néanmoins pas évident que A._______ ait agi ainsi pendant un laps de temps assez long et que B._______ se soit retrouvée marginalisée suite à ces critiques. Par ailleurs, l'on sait que A._______ et B._______ sont allés manger ensemble le vendredi jusqu'au printemps 2005. Or, l'EPFL a retenu que A._______ avait eu un comportement inadéquat envers B._______ dès la fin de l'année 2004 et le début de l'année 2005. Il est toutefois étonnant que B._______ ait accepté de partager son repas avec une personne qui l'aurait harcelée ou à tout le moins importunée durant cette période. A._______ et B._______ ont certes cessé de manger ensemble le vendredi dans les mois qui ont suivi. On cherche néanmoins en vain dans le dossier des éléments susceptibles d'attester le supposé harcèlement dont B._______ aurait été victime dès le courant de l'année 2005. Aucune des personnes interrogées n'a en particulier remarqué que A._______ aurait adopté un comportement déplacé. Le simple fait d'alléguer que A._______ passerait plus de temps au microscope avec les femmes (cf. procès-verbal de l'audition de E._______ du 11 juillet 2006 p. 1, procès-verbal de l'audition de D._______ du 11 juillet 2006 p. 1), ce qui n'est au demeurant pas clairement établi, ne signifie pas encore que B._______ aurait été harcelée. De même, on ne saurait déduire un éventuel harcèlement du fait que A._______ se montrerait parfois trop familier avec ses collègues (cf. procès-verbal de l'audition de K._______ du 12 juillet 2006 p. 1, procès-verbal de l'audition de L._______ du 12 juillet 2006 p. 1). Au demeurant, il appartenait à l'EPFL de prouver les faits qui étaient à la base du prononcé du blâme. On peut en effet difficilement concevoir que l'intimé doive démontrer un fait négatif, autrement dit qu'il n'a pas adopté un comportement déplacé envers B._______. La CRIEPF a d'ailleurs retenu qu'au vu du dossier il ne pouvait être constaté que A._______ avait harcelé B._______.
4.3.2.3 Dans sa décision de renvoi, l'autorité inférieure a encore considéré qu'il conviendrait que la recourante confronte une nouvelle fois l'intimé à B._______, en insistant sur le fait que l'un d'eux mentait. Une telle confrontation n'apparaît certes pas inutile, dans la mesure où les différents témoignages se contredisent. L'on ne peut toutefois reprocher à l'EPFL de ne pas y avoir procédé, étant donné que B._______ et A._______ ont chacun été auditionnés à deux reprises. L'autorité inférieure a de surcroît mentionné que le témoin O._______ avait constaté un changement dans les tenues vestimentaires de B._______. Elle a donc estimé qu'il était utile de questionner B._______ à ce sujet. On voit toutefois mal en quoi on pourrait déduire d'une telle constatation que B._______ n'a pas pu être harcelée par A._______. La perception d'un tel changement relève de la pure subjectivité. En outre, même s'il fallait constater que B._______ a soudainement changé d'apparence, il faudrait reconnaître que les raisons d'un tel changement peuvent être diverses. L'autorité de céans ne saurait dès lors considérer que l'EPFL aurait constaté de façon incomplète les faits pertinents sur ce point. Enfin, le fait que A._______ puisse citer les lieux où il se serait promené en compagnie de B._______ ne signifie pas encore que ces promenades aient vraiment eu lieu.
Par ailleurs, l'autorité inférieure a retenu que C._______ aurait dû être questionnée; celle-ci avait en effet rencontré B._______ juste après les événements du 21 juin 2006. Il ressort du reste de la réponse au recours de A._______ qu'il souhaite questionner C._______ pour cette même raison. Il a également déclaré l'avoir croisée le même soir après son altercation avec B._______. Il a aussi précisé que C._______ aurait pu décrire l'état d'esprit de B._______ suite à la dispute. C._______ n'a certes pas assisté à la scène et ne saurait expliquer pour quelles raisons B._______ aurait pu se sentir perturbée ou non. Il faut néanmoins admettre que B._______ a pu mentir en affirmant qu'elle n'avait pas parlé à C._______ de sa dispute avec A._______. Il se peut que B._______ se soit confiée à C._______ à ce sujet, d'autant plus qu'au vu du dossier les deux femmes étaient amies (cf. procès-verbal d'audition de B._______ du 7 juillet 2006 p. 3). L'EPFL aurait ainsi dû procéder à l'audition de C._______.
4.3.3 En définitive, il convient de retenir que l'autorité inférieure était en droit de considérer que l'EPFL avait constaté les faits de façon inexacte, en ce sens qu'il n'est pas démontré que l'intimé aurait harcelé B._______. L'autorité de céans relève en outre que le témoignage de C._______ aurait dû figurer au dossier.
Il se pose encore la question de savoir si l'autorité inférieure pouvait considérer que le droit d'être entendu de l'intimé avait été violé, dans la mesure où Q._______ et les époux P._______ n'ont pas été auditionnés par la recourante, tel que requis par l'intimé.
5.1 L'autorité inférieure a retenu en substance que la recourante avait violé le droit d'être entendu de l'intimé; ce dernier avait en effet requis l'audition de trois personnes, ce qui lui avait été refusé. Or, elle a estimé que les témoignages de ces trois personnes étaient propres à déterminer la nature des relations entre A._______ et B._______; en l'état, le dossier ne permettait pas de conclure à ce que B._______ avait été harcelée par l'intimé.
Dans son recours, l'EPFL a invoqué principalement que les auditions des trois personnes concernées n'apporteraient aucun élément pertinent. Dans sa réponse au recours, l'intimé a pour l'essentiel fait valoir que les auditions requises pourraient apporter des éléments déterminants pour l'issue du litige.
Dans sa réplique, la recourante a essentiellement repris les arguments développés dans son recours. Dans sa duplique, l'intimé a de même repris la motivation contenue dans sa réponse au recours.
5.2 Les parties ont le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 [RS 101, Cst] et art. 29 ss PA). Le droit d'être entendu tel qu'il est garanti par ces dispositions, comprend notamment le droit de produire des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision, d'obtenir qu'il soit donné suite à ces offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 132 V 368 consid. 3.1, ATF 127 III 578 consid. 2c, ATF 127 V 436 consid. 3a, ATF 124 II 137 consid. 2b et la jurisprudence citée; décision de la Commission fédérale de recours en matière de personnel fédéral du 15 mars 2006 in JAAC 70.75 consid. 3bb). Dans le même sens, si, alors que la procédure est ouverte, la personne concernée peut formuler des conclusions, invoquer des moyens de fait et de droit utiles, offrir des moyens de preuves, demander une expertise, il est clair que seuls les arguments pertinents devront être retenus (Moor, op. cit., p. 281 et les réf. citées).
Le droit d'être entendu ne comprend toutefois pas le droit d'être entendu oralement (ATF 130 II 425 consid. 2.1, ATF 122 II 464 consid. 4; JAAC 70.75 consid. 3bb), ni celui d'obtenir l'audition de témoins. Selon le Tribunal fédéral, l'autorité peut en effet mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 130 II 425 consid. 2.1, ATF 125 I 127 consid. 6, ATF 124 I 208 consid. 4, ATF 115 Ia 8 consid. 2b, ATF 106 Ia 161 consid. 2b).
Le droit d'être entendu étant un droit de "nature formelle", il doit être respecté même s'il est vraisemblable que son respect ne changera pas, sur le fond, la décision prise par l'autorité dont est recours. Toute décision prise en violation du droit d'être entendu doit dès lors être annulée et renvoyée à l'autorité qui l'a rendue, sous réserve des hypothèses où une violation peu grave peut être réparée en seconde instance et pour autant que l'autorité de recours possède le même pouvoir d'examen que l'autorité inférieure (voir ATF 129 I 361 consid. 2.1, ATF 126 I 68 consid. 2; Moor, op. cit., p. 283).
5.3
5.3.1 En l'espèce, on doit admettre que l'audition de Q._______, qui a travaillé au sein de l'EPFL jusqu'au 21 mai 2005, n'aurait apporté aucun élément pertinent. En effet, le dossier comporte le questionnaire que A._______ voulait soumettre à Q._______. Parmi les 33 questions qui y figurent, seules 6 concernent la relation entre A._______ et B._______. Or, même si Q._______, en réponse à ces questions, avait affirmé que A._______ et B._______ s'entendaient très bien lors des pauses-café prises jusqu'en mai 2005 et que B._______ n'était pas indifférente à A._______, on voit mal en quoi de telles déclarations pourraient attester que A._______ n'a pas pu harceler B._______ durant la période qui a suivi le départ de Q._______. Cela est d'autant plus vrai que A._______ a toujours affirmé n'avoir entretenu que des relations platoniques avec B._______. Au demeurant, l'interprétation du comportement de B._______ lors de ces pauses-café relève de la subjectivité. On voit mal comment Q._______ pourrait être certain que B._______ et A._______ étaient amoureux à ce moment-là et que, partant, celui-ci n'a pas pu la harceler. Au demeurant, même s'il fallait admettre que A._______ a entretenu une relation amoureuse avec B._______, cela ne signifierait encore pas qu'il n'a pas pu la harceler suite à une éventuelle rupture.
Par ailleurs, il ressort du dossier que l'audition des époux P._______, nettoyeurs au CIME, n'aurait pas pu être utile. Il suffit de se pencher sur les questions que A._______ voulait leur poser pour s'en convaincre. En effet, parmi les huit questions, seules trois concernent la relation entre A._______ et B._______. La première consiste à demander aux époux P._______ si ceux-ci avaient aperçu B._______ dans le bureau de A._______. Le simple fait d'avoir vu B._______ avec A._______ ne suffit cependant pas à conclure à l'absence de tout harcèlement ou à une éventuelle relation amoureuse entre eux à cette époque-là. Les époux P._______ devaient ensuite, en réponse à la deuxième question, décrire la scène et le comportement de chacun des deux intéressés. Or, A._______ a toujours affirmé avoir entretenu une relation purement platonique avec B._______. On ne voit dès lors pas en quoi cette question aurait dû être posée aux époux P._______, dans la mesure où ceux-ci n'auraient pas pu être témoins d'une éventuelle scène amoureuse. Cette question ne saurait de plus attester que A._______ n'a jamais harcelé B._______ durant les mois qui ont suivi. En réponse à la troisième question, les époux P._______ devaient confirmer ou nier le fait que B._______ était à cette occasion très court vêtue et portait un large décolleté. On ne voit toutefois pas en quoi une réponse positive à cette question aurait pu amener l'EPFL à conclure à l'absence de tout harcèlement et ce d'autant plus que cette conversation a eu lieu en juin 2005, bien avant que B._______, ne supportant plus les supposés agissements de A._______, ne se plaigne auprès de son supérieur. Les quatre autres questions ont trait bien plutôt aux compétences professionnelles de A._______ et s'écartent donc du litige. La dernière question est formulée ainsi: "Est-il exact que vous n'avez jamais vu A._______. traîner le soir auprès d'éventuelles utilisatrices des laboratoires du CIME?" A nouveau, la réponse à cette question ne peut éclaircir les faits.
Il sied en outre de relever que l'intimé a produit au dossier le questionnaire concerné. L'intimé a utilisé la même forme que celle adoptée par l'enquêteur, ce qui pouvait laisser croire que ledit questionnaire avait été établi dans le cadre de l'enquête. Peu importe que cette manière de procéder puisse être discutable, comme l'a relevé la recourante; on y apprend en effet seulement que B._______ s'est trouvée à une occasion assise sur une chaise près d'une table à environ deux mètres de A._______ et que leur comportement était tout à fait correct et décent. Cette assertion ne saurait signifier que A._______ n'a jamais harcelé B._______.
5.3.2 Dans de telles circonstances, l'autorité inférieure ne pouvait considérer que l'EPFL avait violé le droit d'être entendu de l'intimé, en ce sens que l'EPFL n'avait pas à entendre les époux P._______ et Q._______.
Cela étant, il sied encore de déterminer si l'autorité inférieure était en droit de renvoyer la cause à l'EPFL pour complément d'instruction dans le sens des considérants.
6.1 En effet, la recourante a invoqué dans son recours qu'un tel renvoi ne se justifiait pas, dans la mesure où elle avait constaté les faits de façon exacte et complète; en outre, elle n'avait pas violé le droit d'être entendu de l'intimé. Elle a également ajouté que l'autorité inférieure disposait d'un plein pouvoir de cognition, si bien qu'elle aurait dû procéder elle-même à d'autres auditions si elle le jugeait nécessaire.
6.2 Aux termes de l'art. 61 al. 1 PA, l'autorité de recours statue elle-même sur l'affaire ou exceptionnellement la renvoie avec des instructions impératives à l'autorité inférieure.
Même si la procédure de recours est régie de manière générale par le principe de la maxime inquisitoire, il n'incombe toutefois pas aux autorités de recours de reconstituer, depuis le début, l'état de fait déterminant pour la décision (décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions du 21 juin 2004 in JAAC 68.156 consid. 3bb; Kölz/Häner, op. cit., n° 676). Dans le cadre de la procédure de recours, il s'agit plutôt d'examiner l'état de fait tel qu'il a été établi par les autorités inférieures et, le cas échéant, de le confirmer ou de le compléter. En principe, lorsque l'autorité admet entièrement ou en partie un recours, elle statue elle-même sur l'affaire (décision en réforme; art. 61 al. 1 PA in initio). Exceptionnellement, il existe également la possibilité de renvoyer l'affaire, avec des instructions impératives, à l'autorité inférieure pour nouvelle décision (décision cassatoire, art. 61 al. 1 PA in fine). Un tel renvoi se justifie notamment lorsque d'autres éléments de fait doivent être constatés et que la procédure d'administration des preuves s'avère trop lourde (ATAF A-1362/2006 du 30 mai 2007 consid. 1.3; Kölz/Häner, op. cit., ch. 694; cf. également Moor, op. cit., p. 691). Il s'agit de sauvegarder ainsi le principe de la double instance, puisque le recourant pourra à nouveau contester ces points, qui, par définition, seront nouveaux, ce qui serait exclu si la Commission de recours statuait elle-même (voir à ce sujet, Moor, op. cit., p. 691). Même si l'autorité de recours a la compétence de procéder à d'autres éclaircissements de l'état de fait, il est enfin préférable que l'autorité la mieux au courant des particularités locales ou bien la plus compétente dans le domaine se prononce sur la cause du recourant. Le renvoi est en revanche indispensable lorsqu'il apparaît que l'état de fait déterminant a été manifestement constaté de manière inexacte ou incomplète et qu'il y a donc eu une violation grave de l'art. 49 let. b PA. Dans ces cas, une décision en réforme de la Commission de recours n'entre plus en ligne de compte (André Moser, op. cit., ch. 3.87 s.).
6.3 En l'occurrence, il a été retenu que l'EPFL avait manifestement constaté les faits de manière inexacte en considérant que A._______ avait harcelé B._______ (cf. supra consid. 4.3.3). Or, il résulte du dossier que ce prétendu harcèlement est la faute la plus importante qu'on puisse reprocher à A._______. Il n'apparaît pas évident que l'EPFL ne se soit pas essentiellement basée sur cet élément pour prononcer le blâme. Dans la mesure où il ressort manifestement du dossier que le comportement inadéquat de A._______ envers B._______ ne peut être établi, l'on ne saurait considérer que l'autorité inférieure a violé la loi, a abusé ou excédé de son pouvoir d'appréciation en renvoyant la cause à l'autorité inférieure; une violation grave de l'art. 49 let. b PA pouvait en effet être retenue et justifiait un tel renvoi. Au demeurant, même si l'autorité de céans a considéré que les auditions de Q._______ et des époux P._______ ne s'avéraient pas nécessaires, elle a de toute façon estimé qu'il était opportun de confronter une nouvelle fois A._______ et B._______, ainsi que d'entendre C._______. De plus, il se peut que les nouvelles auditions apportent de nouveaux éléments. L'intimé pourra alors contester ces points. Le principe de la double instance sera alors préservé. Le cas échéant, l'EPFL pourra décider de compléter les faits à l'aide de la procédure pénale dont elle a requis la production.
La décision attaquée est dès lors également confirmée s'agissant du renvoi à l'EPFL, lequel sera toutefois ordonné au sens des considérants qui précèdent.
Il faut encore examiner si l'autorité inférieure était en droit d'allouer à l'intimé Fr. 10'071.35 à titre de dépens à la charge de la recourante.
7.1 Dans la décision attaquée, l'autorité inférieure a retenu que l'intimé avait obtenu partiellement gain de cause; il convenait toutefois de considérer que la partie du recours pour laquelle il obtenait gain de cause, soit l'annulation de la décision du 17 novembre 2006 était prépondérante. Compte tenu de la note d'honoraires de la mandataire de l'intimé faisant état de 47 heures de travail, des nombreux courriers sans lien direct avec la présente procédure et de cas similaires, elle a fixé l'indemnité à titre de dépens à Fr. 9'000.--, correspondant à 30 heures de travail. A ce montant, elle a ajouté Fr. 360.-- de frais et Fr. 711.35 de TVA. Le montant total alloué s'élevait donc à Fr. 10'071.35.
Dans son recours, l'EPFL a invoqué que la somme fixée à titre de dépens était exceptionnellement élevée; en outre, le nombre d'heures retenu ne semblait pas correspondre aux heures effectuées exclusivement pour la rédaction du recours. Elle a ajouté que, selon la note de frais de la mandataire de A._______, la rédaction du recours n'avait nécessité que 10 heures; de plus, le travail relatif à la question de la récusation ne devait pas être compté. Enfin, elle a allégué que la décision disciplinaire reposait sur des faits concrets dont était responsable A._______; l'autorité inférieure n'avait de surcroît pas pu établir que les faits fondant la décision incriminée n'avaient jamais existé.
Dans sa réponse au recours, la mandataire de l'intimé a principalement relevé que l'autorité inférieure avait considérablement réduit le temps de travail qui avait été consacré à la cause; par ailleurs, un établissement autonome de la Confédération disposait des ressources nécessaires pour mener à bien une telle procédure, contrairement à une personne qui ne disposait que de son seul revenu pour vivre.
Les parties ne se sont pas prononcées sur cette question dans leur réplique et duplique.
7.2 Aux termes de l'art. 64 al. 1 PA, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés. Il faut entendre par là les frais de quelque importance absolument nécessaires à une défense efficace, eu égard à la nature de l'affaire, à la capacité des parties et au comportement de l'autorité (cf. décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions du 21 juin 2004 in: JAAC 68.156 consid. 3bb et les réf. citées). L'art. 8 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF; RS 173.320.2), auquel renvoie l'art. 8 al. 2 de l'ordonnance du 10 septembre 1969 sur les frais et indemnités en procédure administrative (RS 172.041.0), prévoit que les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais nécessaires de la partie. Selon l'art. 8 al. 6 de l'ordonnance sur les frais et indemnités en procédure administrative, lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
7.3 En l'occurrence, dans la mesure où la décision attaquée doit pour l'essentiel être confirmée, il se justifie de confirmer l'allocation de dépens à A._______. Comme on vient de le voir, l'autorité inférieure était en effet en droit de retenir une constatation inexacte et incomplète des faits. Le renvoi de la cause à l'EPFL se justifiait déjà compte tenu de ce seul motif (cf. supra consid. 6.3). En outre, l'autorité de céans a estimé à l'instar de l'autorité inférieure qu'il n'aurait pas été inutile d'entendre A._______ et B._______ une nouvelle fois; le témoignage de C._______ aurait de surcroît mérité de figurer au dossier. Il n'est en outre pas inutile de rappeler qu'il incombait à l'EPFL d'établir le harcèlement dont aurait été victime B._______. Par ailleurs, on voit mal en quoi le temps de travail lié à la question de la récusation ne devrait pas être compté, étant donné que cette question devait être traitée.
Dans de telles circonstances, même si l'on retient que le droit d'être entendu de l'intimé n'a pas été violé s'agissant des époux P._______ et de Q._______, on ne saurait retenir que l'autorité inférieure a violé la loi, abusé ou excédé de son pouvoir d'appréciation en allouant une indemnité de Fr. 10'071.35 à l'intimé. La condamnation aux dépens de l'EPFL prononcée par l'autorité inférieure doit dès lors être confirmée.
La procédure devant le TAF en matière de droit du personnel de la Confédération étant gratuite (cf. art. 34 al. 2 LPers), il n'y a pas lieu de percevoir de frais judiciaires.
L'intimé a droit à des dépens à charge de la recourante, dans la mesure où la décision attaquée doit être confirmée dans une large mesure (cf. art. 64 PA). La mandataire de l'intimé a relevé dans sa réponse au recours qu'elle avait consacré en totalité 28 heures (dont 10 heures pour le second échange d'écritures) s'agissant de la procédure devant le TAF. Compte tenu du fait qu'un certain nombre de courriers aurait pu être évité et que la longueur des mémoires aurait pu être réduite, une indemnité de Fr. 3'500.-- est accordée à l'intimé à titre de dépens.
Le recours est rejeté, dans le sens des considérants.
La décision de renvoi du 21 août 2007 de l'autorité inférieure est confirmée, dans le sens des considérants.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
Une indemnité de Fr. 3'500.-- est allouée à l'intimé à titre de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (acte judiciaire)
à l'intimé (acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (recommandé)
au Secrétariat général du Département fédéral de l'intérieur (acte judiciaire)
Le président du collège : La greffière :
Jérôme Candrian Virginie Fragnière
Indication des voies de droit :
Pour autant que les conditions au sens des art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF, RS 173.110) soient remplies et en particulier dans la mesure où les art. 83 let. g et 85 al. 1 let. b LTF n'entreraient pas en application, la présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification. Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (voir art. 42 LTF).
Expédition :