Entscheiddatum: 03.09.2008Publikationsdatum: 18.09.2008
Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour II
B-6867/2007/scl
{T 0/2}
Arrêt du 3 septembre 2008
Composition
Claude Morvant (président du collège), Hans Urech, David Aschmann, juges,
Nadia Mangiullo, greffière.
Parties
Office fédéral de l'agriculture (OFAG), Mattenhofstrasse 5, 3003 Berne,
recourant,
contre
L'Abbaye d'Hauterive,
agissant par X._______ et consorts,
tous représentés par Me Jacques Piller,
intimée,
autorité inférieure,
deuxième instance,
première instance,
Objet
Paiements directs 2003.
A.
En 1842, des moines cisterciens de la commune de Wettingen dans le canton d'Argovie ont été obligés de quitter ledit canton et ont trouvé asile à Mehrerau en Autriche. En 1939, forcés de fuir à nouveau notamment en raison du nazisme, ils se sont installés à l'Abbaye d'Hauterive, dans la commune homonyme du canton de Fribourg. Ils forment ensemble la communauté cistercienne d'Hauterive (ci-après : la communauté cistercienne ou l'Abbaye).
L'Abbaye d'Hauterive appartenait à l'Etat de Fribourg. Les travaux de réfection des biens-fonds conventuels étant pour lui une lourde charge, il a été décidé qu'il remettrait la propriété des bâtiments du couvent à une fondation chargée de pourvoir, au bénéfice de la communauté cistercienne qui occupait les bâtiments, à l'entretien desdits bâtiments et partiellement à leur réfection. Erigée par arrêté du 27 décembre 1966 du Conseil d'Etat du canton de Fribourg, la "Fondation d'Hauterive" (ci-après : la Fondation), établissement de droit public cantonal, est donc devenue, à cette date, propriétaire des fonds bâtis (notamment les bâtiments claustraux et les appartenances) et des fonds non bâtis (tels que les terres cultivables dites "attenantes" et le domaine de la Souche) qu'elle met depuis lors gratuitement à la disposition de la communauté cistercienne pour qu'elle en jouisse et en use au titre de bénéficiaire.
Le 28 octobre 1995, une association appelée "Communauté des moines de l'Abbaye d'Hauterive" (ci-après : l'Association), a été créée. Son siège était à Hauterive et elle avait pour but de permettre à ses membres de vivre la vie monastique selon la Règle de Saint Benoît et les Constitutions de la Congrégation de Mehrerau de l'Ordre cistercien. Toute personne de sexe masculin âgée de 21 ans et qui avait professé ses voeux solennels pour l'Abbaye d'Hauterive pouvait en devenir membre. Elle a été dissoute le 2 mai 2005.
Le domaine agricole de l'Abbaye d'Hauterive, exploité par les moines cisterciens, sous la responsabilité du Frère Y._______ qui est au bénéfice d'une formation d'agriculteur, a été reconnu comme exploitation agricole par le Service de l'agriculture du canton de Fribourg (SAgri). Les paiements directs ont été versés à l'Abbaye de 1999 à 2002.
Par courrier du 20 juin 2003, le SAgri a informé Frère Y._______ qu'un montant de Fr. 22'520.45.- était octroyé à l'Abbaye à titre d'acompte pour les paiements directs de 2003.
L'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) ayant contesté le fait que l'Abbaye ait droit aux paiements directs, le SAgri a, par courrier du 25 novembre 2003, réclamé à celle-ci le remboursement de l'acompte sur les paiements directs de Fr. 22'520.45.- versé pour l'année 2003 ainsi que le paiement de la cotisation à l'Association fribourgeoise des agriculteurs pratiquant une agriculture respectueuse de l'environnement et des animaux (AFAPI) de Fr. 272.10.-, soit le versement de Fr. 22'792.55.- au total.
Le 9 décembre 2003, l'Abbaye a demandé au SAgri de surseoir à ce remboursement jusqu'à plus ample informé sur la situation juridique. Le 16 mars 2004, le SAgri lui a répondu qu'elle n'avait pas le droit aux paiements directs dans la mesure où la Communauté des moines de l'Abbaye d'Hauterive était une association, soit une personne morale, mais qu'elle avait en revanche droit aux contributions pour les surfaces de compensation écologique à concurrence de Fr. 1'575.- ce qui ramenait le montant à rembourser pour 2003 à Fr. 21'217.10.-. Invitée à se déterminer, l'Abbaye a répondu le 2 mars 2005 après diverses prolongations de délai. Elle expliqua en bref que la Fondation lui mettait gratuitement ses biens immobiliers à disposition, qu'elle constituait, en tant qu'ensemble de personnes physiques établies à l'Abbaye d'Hauterive, une société simple au sens des art. 530 ss du code des obligations, que c'était elle, sous la responsabilité de Frère Y._______, qui exploitait le domaine agricole et non pas l'Association qui regroupait un certain nombre de moines et qui avait quant à elle pour but initial et principal de créer un support juridique nécessaire à la réception de dons et de legs. L'Abbaye estimait dès lors avoir droit aux paiements directs, dans la mesure où elle répondait aux exigences de l'ordonnance sur les paiements directs.
Par décision du 18 avril 2005, le SAgri a nié à l'Abbaye le droit à des paiements directs pour l'année 2003 et exigé d'elle le remboursement de Fr. 21'217.10.- perçus à titre d'acompte. Le 11 mai 2005, il a rejeté l'opposition formée par celle-ci contre sa décision précitée. Le 16 juin 2005, l'Abbaye a interjeté un recours auprès de la Direction des institutions, de l'agriculture et des forêts du canton de Fribourg (DIAF) en concluant à l'annulation de la décision du 18 avril 2005.
Par décision du 26 mai 2006, la DIAF a admis le recours formé par l'Abbaye, annulé la décision rendue le 18 avril 2005 par le SAgri et lui a renvoyé le dossier pour qu'il fixe le montant de la contribution encore due à la recourante pour l'année 2003. La DIAF considéra en substance que l'exploitation du domaine agricole de l'Abbaye d'Hauterive était assurée par la communauté cistercienne depuis 1939, que cette dernière devait être qualifiée de société simple au sens du code des obligations, qu'elle exploitait ledit domaine à ses risques et périls, qu'elle revêtait la qualité d'exploitant agricole au sens de l'art. 2 al. 1 de l'ordonnance sur la terminologie agricole et qu'elle avait dès lors droit aux paiements directs.
Par mémoire de recours du 28 juin 2006, l'OFAG a contesté cette décision devant le Tribunal administratif du canton de Fribourg (ci-après : l'autorité inférieure) en concluant à son annulation. Il allégua pour l'essentiel que le droit des personnes morales à bénéficier des paiements directs avait été supprimé avec l'adoption de la nouvelle loi sur l'agriculture de 1998, que les personnes morales avaient encore disposé d'un délai de deux ans jusqu'à fin 2000 pour se réorganiser afin de continuer à percevoir des paiements directs et que, jusqu'à ce moment là, il importait peu de savoir si c'était la Fondation, la communauté cistercienne ou l'Association qui pouvait être considérée comme exploitante du domaine agricole de l'Abbaye d'Hauterive. L'OFAG ajouta que tel n'était en revanche plus le cas pour les paiements directs de 2003 et que, en tant que personnes morales, ni la Fondation ni l'Association n'avaient plus droit à des paiements directs. L'OFAG contesta au surplus que la communauté cistercienne puisse se voir reconnaître la qualité d'exploitante au sens de l'art. 2 de l'ordonnance sur la terminologie agricole. Relevant que cette qualité ne pouvait être admise que pour la personne, propriétaire ou fermier de l'exploitation, qui gère ladite exploitation de manière autonome et indépendante sur le plan juridique, économique, organisationnel et financier, il allégua que tel n'était pas le cas de la communauté cistercienne puisque les immeubles étaient propriété de la Fondation qui les lui mettait à disposition, que si le Frère Y._______ dirigeait le secteur de l'agriculture en tant que responsable du domaine, il n'en était pas le fermier, que, selon les renseignements donnés par l'autorité fiscale cantonale, l'Abbaye ne tenait au demeurant qu'une seule et unique comptabilité et qu'il n'était pas clair dans quelle mesure la stricte séparation exigée par ladite autorité entre le revenu issu de l'exploitation agricole et celui de la communauté cistercienne avait effectivement été réalisé.
Dans sa détermination du 17 juillet 2006, la DIAF releva que l'OFAG n'avait auparavant jamais mis en doute le fait que le domaine agricole de l'Abbaye d'Hauterive était exploité aux risques et périls de l'exploitant dès lors qu'il avait considéré que l'Abbaye pouvait faire valoir son droit aux contributions pour la compensation écologique et que seules les exploitations gérées aux risques et périls de l'exploitant selon l'art. 2 al. 1 de l'ordonnance sur la terminologie agricole étaient en droit de toucher de telles contributions. Elle ajouta que le domaine de l'Abbaye d'Hauterive avait été reconnu depuis longtemps comme exploitation agricole au sens de l'art. 6 al. 1 de l'ordonnance sur la terminologie agricole, que cette exploitation était gérée par les moines de manière autonome sur le plan juridique, économique, organisationnel et financier et qu'elle était indépendante d'autres exploitations. Elle mit enfin en doute le fait que l'art. 2 al. 2 let. a de l'ordonnance sur les paiements directs constitua une base légale suffisante pour refuser aux personnes morales le droit à des paiements directs.
Dans sa détermination du 12 octobre 2006, l'Abbaye a conclu au rejet du recours. Elle considéra que l'OFAG avait admis expressément la qualité de société simple de la communauté cistercienne dans la mesure où il n'avait pas remis en cause cette qualification juridique dans le cadre de son recours à la DIAF. Elle ajouta que le domaine de l'Abbaye d'Hauterive avait été reconnu exploitation agricole au sens de l'art. 6 al. 1 de l'ordonnance sur la terminologie agricole, que si l'Abbaye ne disposait bien que d'un chapitre fiscal, elle tenait toutefois des comptes séparés pour la ferme comme le lui avait demandé l'autorité fiscale cantonale dès 1993, soit avant même la création de l'Association en 1995 et que, par conséquent, elle la gérait bien à ses risques et périls, par le biais de Frère Y._______.
Suite à un deuxième échange d'écritures, le Tribunal administratif du canton de Fribourg a rejeté le recours par décision du 6 septembre 2007. En substance, il a considéré que la communauté cistercienne constituait une société simple réunissant les moines installés à Hauterive, que celle-ci avait géré sans interruption le domaine agricole mis à sa disposition par la Fondation en 1966 au titre d'irrévocable bénéficiaire et que la création de l'Association en 1995 n'avait eu aucune incidence sur la gestion de l'exploitation du domaine agricole de l'Abbaye d'Hauterive d'autant qu'aucune pièce du dossier ne permettait de conclure que la communauté cistercienne avait transféré sa qualité de bénéficiaire à l'Association, condition jugée nécessaire pour que ladite Association ait pu valablement gérer l'exploitation. Le Tribunal administratif a ensuite considéré que la communauté cistercienne était au bénéfice d'un prêt à usage, qu'elle disposait ainsi des fruits et produits du domaine mais qu'elle en supportait aussi les dépenses et les pertes éventuelles et que la comptabilité relative à la ferme montrait que, en tant qu'exploitante, la communauté cistercienne assumait elle-même le risque économique inhérent à l'exploitation, les charges du domaine étant couvertes uniquement par les produits de l'activité agricole. Considérant encore que, dans la mesure où ils prévoient que l'exploitant est toujours le propriétaire ou le fermier de l'exploitation, les commentaires et instructions de l'OFAG relatifs à l'ordonnance sur la terminologie agricole n'appréhendaient manifestement pas toutes les hypothèses et qu'ils n'étaient ainsi pas décisifs, le Tribunal administratif a conclu que la communauté cistercienne exploitait le domaine à ses risques et périls, qu'elle était ainsi exploitante au sens de l'art. 2 al. 1 de l'ordonnance sur la terminologie agricole et que, les autres conditions de l'ordonnance sur les paiements directs étant également remplies, elle avait donc droit aux paiements directs pour la période litigieuse.
B.
Par mémoire du 10 octobre 2007, l'OFAG (ci-après : le recourant) a recouru contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral en concluant à son annulation. Reprenant pour l'essentiel les arguments déjà invoqués devant l'instance précédente, le recourant soutient en substance que la communauté cistercienne, constituée en association depuis 1995, n'a, en tant que personne morale, pas droit aux paiements directs. Il soutient ensuite que, quoi qu'il en soit, la communauté cistercienne ne peut pas être qualifiée d'exploitante dans la mesure où il n'a jamais été prouvé qu'elle exploitait le domaine agricole pour son propre compte et à ses risques et périls. Le recourant fait en particulier valoir que, faute d'avoir pu montrer que chaque membre de la communauté génère un revenu agricole issu d'un activité indépendante dans l'agriculture, verse des cotisations AVS et paie des impôts, l'indépendance de la communauté cistercienne par rapport à la Fondation ou l'Association n'est pas établie. Il ajoute que, comme preuve de l'autonomie, il exige que l'exploitation agricole appartienne à l'exploitant ou qu'elle soit affermée, que le prêt à usage n'est accepté que pour les parcelles, qu'en l'occurrence la communauté cistercienne n'est ni propriétaire ni fermière du domaine agricole et qu'il n'existe au surplus aucun justificatif concernant les rapports de propriété de l'inventaire agricole.
C.
Invitée à se prononcer sur le recours, l'autorité inférieure a, par courrier du 18 octobre 2007, renoncé à formuler des observations, renvoyé à la décision attaquée et conclu au rejet du recours.
Egalement invitée à se prononcer, la DIAF a conclu au rejet du recours dans sa détermination du 26 octobre 2007. Elle relève que l'Abbaye touche des paiements directs depuis de nombreuses années, que l'OFAG l'a toujours considérée comme exploitante du domaine agricole et qu'il a toujours admis qu'elle exploitait le domaine à ses risques et périls. Elle ajoute qu'il a pu être établi que c'est bien la communauté cistercienne qui exploite le domaine, qu'elle a la forme d'une société simple et qu'elle n'a aucun rapport avec l'Association créée en 1995 dans le but de permettre à ses membres de vivre la vie monastique selon la Règle de Saint Benoît et les constitutions de la Congrégation de Mehrerau de l'Ordre cistercien. Elle estime que la communauté cistercienne satisfait aux exigences légales et a droit aux paiements directs.
Par réponse du 17 décembre 2007, l'Abbaye (ci-après : l'intimée) a également conclu au rejet du recours, avec suite de dépens. Renvoyant pour l'essentiel aux motifs de la décision attaquée ainsi qu'à la détermination de la DIAF du 26 octobre 2007, elle soutient qu'il est faux de soutenir qu'il n'existe aucun justificatif concernant la propriété de l'inventaire agricole. L'intimée rappelle sur ce point que, selon les instructions données en 1993 par le Service cantonal des contributions (SCC), elle tient des comptes séparés pour l'exploitation de la ferme pour distinguer clairement les revenus de l'exploitation agricole de ceux de la communauté cistercienne. Enfin, l'intimée estime que le fait de ne reconnaître le prêt à usage que pour l'exploitation de parcelles est trop restrictif.
Les arguments avancés de part et d'autre dans la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela se révèle nécessaire.
Le Tribunal administratif fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATAF 2007/6 consid. 1 ; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, n° 410).
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal administratif fédéral, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33 et 34 LTAF. L'art. 33 let. i LTAF prévoit en particulier que le recours est recevable contre les décisions des autorités cantonales dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral. A teneur de l'art. 166 al. 2 de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture (LAgr, RS 910.1), les décisions cantonales de dernière instance relatives à l'application de la présente loi et de ses dispositions d'exécution peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral. En l'espèce, la décision attaquée est une décision sur recours au sens de l'art. 5 al. 2 PA. Elle émane du Tribunal administratif du canton de Fribourg qui était, au moment du recours, la dernière instance cantonale en matière administrative (voir la législation fribourgeoise, en particulier l'art. 114 du code du 23 mai 1991 de procédure et de juridiction administrative [CPJA, RSF 150.1] dans sa version valable jusqu'au 31 décembre 2007). Aucune des exceptions mentionnées à l'art. 32 LTAF n'étant par ailleurs réalisée, le Tribunal administratif fédéral est donc compétent pour statuer sur le présent recours.
1.2 En vertu de l'art. 166 al. 3 LAgr, l'OFAG a qualité pour faire usage des voies de recours prévues par les législations cantonales et par la législation fédérale contre les décisions des autorités cantonales relatives à l'application de la présente loi et de ses dispositions d'exécution.
1.3 Les dispositions relatives au délai de recours, à la forme et au contenu du mémoire de recours (art. 50 et 52 al. 1 PA), ainsi que les autres conditions de recevabilité (art. 44 ss PA) sont respectées. Le recours est ainsi recevable.
En l'espèce, l'objet du litige porte sur le droit aux paiements directs alloués à l'Abbaye pour 2003.
Dans la mesure où les textes légaux en matière de paiements directs, soit en particulier la LAgr ainsi que l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur les paiements directs (OPD, RS 910.13), ont subi des modifications depuis 2003, il convient en premier lieu d'examiner quel est le droit applicable. La disposition transitoire de l'art. 187 al. 1 LAgr prévoit que, à l'exception des dispositions relatives à la procédure, les dispositions abrogées restent applicables aux faits survenus pendant qu'elles étaient en vigueur.
Le droit applicable à la présente cause est, par conséquent, celui en vigueur au 1er janvier 2003. Par souci de clarté, le droit actuellement en vigueur sera cité lorsqu'il n'existe pas de différences avec l'ancien droit ou lorsque celles-ci, la plupart du temps rédactionnelles, ne portent pas à conséquence pour le cas d'espèce.
A teneur de l'art. 1 LAgr, la Confédération veille à ce que l'agriculture, par une production répondant à la fois aux exigences du développement durable et à celles du marché contribue substantiellement à la sécurité de l'approvisionnement de la population (let. a), à la conservation des ressources naturelles (let. b), à l'entretien du paysage rural (let. c), à l'occupation décentralisée du territoire (let. d). La Confédération prend notamment comme mesure de rémunérer, au moyen de paiements directs, les prestations écologiques et celles d'intérêt public fournies par les exploitations paysannes cultivant le sol (art. 2 al. 1 let. b LAgr).
Aux termes de l'art. 70 al. 1 LAgr, dans sa teneur valable au 1er janvier 2003 (RO 1998 3033, spéc. 3049), la Confédération octroie aux exploitants d'entreprises paysannes cultivant le sol des paiements directs généraux et des contributions écologiques s'ils prouvent qu'ils fournissent les prestations écologiques requises. Si les conditions liées à l'octroi d'une contribution ne sont plus remplies ou que les charges ou les conditions ne sont plus respectées, la restitution totale ou partielle de la contribution est exigée (art. 71 al. 1 LAgr). En vertu de l'art. 177 LAgr, le Conseil fédéral arrête les dispositions d'exécution nécessaires, à moins que la loi ne réglemente cette compétence (al. 1). Il peut déléguer la tâche d'édicter des dispositions dont le caractère est avant tout technique ou administratif au département ou à ses services et à des offices qui lui sont subordonnés (al. 2).
Faisant usage de la compétence que lui donne la disposition précitée, le Conseil fédéral a arrêté l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur les paiements directs (OPD, RS 910.13). Selon l'art. 1 al. 2 OPD, dans sa teneur valable au 1er janvier 2003 (RO 1999 229), on entend par paiements directs généraux : les contributions à la surface (let. a), celles pour la garde d'animaux consommant des fourrages grossiers (let. b), celles pour la garde d'animaux dans des conditions difficiles (let. c), celles pour des terrains en pente (let. d). Par contributions écologiques, on entend (al. 3) : les contributions pour la compensation écologique (let. a), celles pour la culture extensive de céréales et de colza (let. b), celles pour la culture biologique (let. c), celles pour la garde d'animaux de rente particulièrement respectueuse de l'espèce (let. d). Ont droit aux paiements directs les exploitants qui gèrent une entreprise et ont leur domicile en Suisse (art. 2 al. 1 OPD, dans sa teneur valable au 1er janvier 2003, RO 1999 229 s.). N'ont pas droit aux paiements directs notamment les personnes morales (al. 2 let. a).
Le Conseil fédéral a également arrêté l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur la terminologie agricole (OTerm, RS 910.91). Les notions qui y sont définies s'appliquent à la LAgr et aux ordonnances qui en découlent (art. 1 OTerm). Ainsi, par exploitant, on entend une personne physique ou morale, ou une société de personnes, qui gère une exploitation pour son compte et à ses risques et périls (art. 2 al. 1 OTerm). Par exploitation, on entend une entreprise agricole qui (art. 6 al. 1 OTerm, dans sa teneur valable au 1er janvier 2003 [RO 1999 62, spéc. 63]) : se consacre à la production végétale ou à la garde d'animaux ou aux deux à la fois (let. a) ; comprend une ou plusieurs unités de production (let. b) ; est autonome sur le plan juridique (let. c) ; dispose de son propre résultat d'exploitation (let. d) ; est exploitée toute l'année (let. e).
Le recourant soutient tout d'abord que la communauté cistercienne, constituée en association depuis 1995, n'a, en tant que personne morale et en vertu de l'art. 2 al. 2 let. a OPD, pas droit aux paiements directs.
De son côté, l'Abbaye soutient que c'est elle qui exploite le domaine agricole et non pas l'Association créée en 1995, qui est une entité distincte. Elle soutient dès lors pouvoir prétendre aux paiements directs conformément à la législation en la matière.
Il s'agit donc de déterminer qui exploitait le domaine agricole de l'Abbaye d'Hauterive en 2003 et sous quelle forme juridique.
4.1 La communauté cistercienne s'est installée à Hauterive en 1939. Conformément à ce que prévoit l'arrêté du Conseil d'Etat de Fribourg du 27 décembre 1966 concernant l'érection de la Fondation d'Hauterive (ci-après : l'arrêté cantonal, RSF 191.23.31), la Fondation a mis gratuitement à disposition de la communauté cistercienne, pour qu'elle en jouisse et en use, au titre irrévocable de bénéficiaire, les fonds bâtis et non bâtis énumérés à l'art. 1 et à l'art. 3 ch. I let. a, soit notamment les bâtiments claustraux de l'ancien couvent d'Hauterive avec leurs appartenances en nature de cour, jardins, prés, vergers, places et murs de clôture (art. 4 al. 1 de l'arrêté cantonal). Les terres cultivables dite "attenantes" et le domaine de la Souche ont également été mis gratuitement à sa disposition (art. 4 al. 2 de l'arrêté cantonal). Selon la volonté du législateur cantonal (art. 11 de l'arrêté cantonal), la mise à disposition gratuite des bâtiments et des terres devait permettre à la communauté cistercienne de disposer d'une base d'existence matérielle et il appartenait à la communauté de la faire fructifier et de la développer, pour le plus grand bien de sa vie et de son rayonnement spirituels.
Par courrier du 24 juin 1993, le SCC a informé la communauté cistercienne qu'elle était soumise à l'obligation de tenir des livres pour ses revenus provenant de l'agriculture et qu'elle devait remettre à l'autorité fiscale un bilan et un compte de pertes et profits portant sur l'exploitation du domaine agricole, sans toutefois être tenue de suivre le plan comptable de l'Union suisse des paysans. Compte tenu de la situation particulière de l'Abbaye, le SCC conseilla de distinguer clairement les revenus de l'exploitation agricole et ceux de la communauté, en précisant, pour ces derniers, qu'il n'était pas nécessaire de tenir une comptabilité en bonne et due forme et que la communauté pouvait se contenter de tenir un relevé des recettes et des dépenses.
Il ne fait ainsi pas de doute que depuis fin 1966 au moins, le domaine agricole de l'Abbaye d'Hauterive a été exploité par la communauté cistercienne, que cette dernière en a tiré des revenus et qu'il a constitué la base de son existence matérielle.
Il convient dès lors de déterminer quelles ont été les conséquences de la création de l'Association en 1995 sur cet état de fait.
L'association créée le 28 octobre 1995 sous l'appellation "Communauté des moines de l'Abbaye d'Hauterive" avait pour but de permettre à ses membres de vivre la vie monastique selon la Règle de Saint Benoît et les Constitutions de la Congrégation de Mehrerau de l'Ordre cistercien (art. 2 des statuts). Toute personne de sexe masculin âgée de 21 ans au moins et qui avait professé ses voeux solennels pour l'Abbaye d'Hauterive pouvait en devenir membre (art. 3 des statuts) et les membres étaient tenus de respecter strictement les règles de la communauté et d'accomplir les tâches qui leur étaient confiés (art. 5 des statuts). L'Association ne poursuivait aucun but lucratif et ses ressources financières provenaient des recettes des affaires, des éventuelles subventions du secteur public ainsi que des dons, legs et autres libéralités publiques ou privées (art. 20 des statuts). Il ressort ainsi de ces dispositions statutaires que chacun des moines de la communauté cistercienne pouvait choisir de devenir membre de l'Association, mais qu'ils ne le devenaient pas automatiquement au moment de sa création. Rien ne permet ainsi d'affirmer, comme le soutient le recourant, que la communauté cistercienne a pris la forme d'une association en 1995 et que la communauté cistercienne telle qu'elle existait jusque là aurait été dissoute au moment de la création de l'Association. Aucun élément du dossier ne permet non plus d'inférer que le droit de disposer librement et gratuitement des immeubles et des terres conféré à la communauté cistercienne par l'arrêté cantonal aurait été transféré à l'Association, ce qui aurait constitué une condition nécessaire pour que cette dernière pût exploiter le domaine agricole. Force est donc de considérer que la communauté cistercienne et l'Association ont toujours constitué deux entités distinctes et indépendantes l'une de l'autre et qu'elles ont coexisté entre 1995, année de la création de l'Association, et 2005, année de sa dissolution.
Au demeurant, il ressort du dossier que, par décision du 1er avril 1997, le SCC a admis une demande de l'Association déposée le 24 septembre 1996, soit moins d'une année après sa création, et qui tendait à ce que celle-ci soit mise au bénéfice d'une exonération totale de l'impôt au titre de personne morale poursuivant un but cultuel. L'autorité fiscale cantonale a fait droit à cette demande en constatant que les conditions posées par la circulaire de l'administration fédérale des contributions valable pour l'année 1995 étaient réunies. Il a relevé en particulier qu'il ne faisait aucun doute que, dans la mesure où l'Association avait pour unique but de permettre à ses membres de vivre la vie monastique, elle poursuivait un but cultuel méritant d'être privilégié fiscalement et que les fonds affectés exclusivement et irrévocablement à ce but seraient exonérés. Il n'est ainsi pas exclu que la création de l'Association a en définitive eu pour but de pouvoir bénéficier, en tant que personne morale, de ladite exonération fiscale et qu'elle n'avait aucun lien avec l'activité agricole exercée par la communauté cistercienne et les revenus en découlant. En tout état de cause, il convient de constater que la création de l'Association n'a pas eu d'incidence sur l'exploitation agricole. En effet, comme établi précédemment, la communauté cistercienne a exploité le domaine depuis 1966 au moins. Sous la responsabilité du Frère Y._______, elle a continué à le faire pendant l'existence de l'Association et postérieurement à la dissolution de celle-ci en 2005. Ainsi, contrairement à ce que soutient le recourant, c'est bien la communauté cistercienne qui doit être considérée comme étant l'exploitante du domaine agricole en 2003, année objet de la procédure.
Il reste dès lors à déterminer quelle est sa forme juridique et, en particulier, si, comme elle le prétend, elle est une société simple.
4.2 A teneur de l'art. 530 de la loi fédérale complétant le code civil suisse (livre cinquième : droit des obligations [appelé code des obligations], [CO, RS 220]), la société est un contrat par lequel deux ou plusieurs personnes conviennent d'unir leurs efforts ou leurs ressources en vue d'atteindre un but commun (al. 1). La société est une société simple lorsqu'elle n'offre pas les caractères distinctifs d'une des autres sociétés réglées par la loi (al. 2). Chaque associé doit faire un apport qui peut consister en argent, en créances, en d'autres bien ou en industrie (art. 531 al. 1 CO). Il s'agit d'une prestation que chaque associé doit faire au profit de la société qui peut consister en un comportement déterminé (positif ou négatif) par lequel le débiteur procure à ses dépens un avantage (matériel ou immatériel) à une autre personne, en l'occurrence à tous les associés (Pierre Tercier, Les contrats spéciaux, 3e éd., Zurich-Bâle-Genève 2003, n° 6558 s.). L'associé peut faire une prestation personnelle (son "industrie" ou son travail) (Tercier, op. cit., n° 6688). La loi ne pose aucune exigence pour la forme du contrat de société simple (art. 11 CO). Il peut donc se créer également par actes concluants, voire sans que les parties en aient même conscience (Tercier, op. cit., n° 6634).
En l'espèce, il ressort notamment du site Internet consacré à l'Abbaye d'Hauterive (, visité le 5 août 2008) que les moines cisterciens ont organisé leur vie matérielle de façon très rationnelle, chacun recevant la responsabilité d'un secteur précis afin de collaborer à la gestion matérielle de l'ensemble. Chacun vaque aux diverses occupations qui lui ont été assignées. Il s'agit d'abord des tâches ménagères courantes et indispensables à la bonne marche d'une grande maison (cuisine, ménage, lessive, entretien, etc.), mais aussi de tâches plus spécifiques comme la gestion de la ferme, des jardins et vergers, l'administration, le secrétariat et la comptabilité, l'accueil des hôtes et leur accompagnement spirituel, la tenue du magasin, la formation des jeunes frères, etc. A cela s'ajoute encore notamment l'exercice des talents artistiques (peinture, sculpture, musique, etc.). Les moines obéissent au principe bénédictin qui veut qu'ils vivent de leur propre travail, solidairement avec leurs semblables dans le monde, tout en se faisant les humbles serviteurs de Dieu. Les moines cisterciens unissent donc leur efforts et leurs ressources en vue d'atteindre un but commun. Ils ont parmi leurs tâches celle de faire fructifier et de développer le domaine agricole de l'Abbaye d'Hauterive qui, tel que le prévoit l'art. 11 de l'arrêté cantonal, constitue leur base d'existence matérielle. Ils apportent tous une prestation au profit de la société, en l'occurrence leur travail respectif au sein de l'Abbaye, notamment, pour certains en tout cas, sur le domaine agricole. De plus, la communauté cistercienne n'offre pas les caractères distinctifs d'une des autres sociétés réglées par la loi. Elle constitue dès lors une société simple - sous la forme d'une réunion de personnes physiques - dépourvue de la personnalité juridique, ce que le recourant ne conteste au demeurant pas. A ce titre, elle ne peut pas se voir opposer l'exception de l'art. 2 al. 2 let. a ODP relative aux personnes morales. Le premier grief du recourant doit par conséquent être rejeté.
Le recourant soutient ensuite que l'Abbaye n'est quoi qu'il en soit pas une exploitante au sens de l'art. 2 OPD dans la mesure où elle n'exploite pas le domaine pour son propre compte et à ses risques et périls au sens de l'art. 2 OTerm. Le recourant soutient que l'expression "pour son propre compte et à ses risques et périls" signifie que l'exploitant doit gérer l'entreprise agricole de manière autonome et indépendante sur les plans juridique, économique, organisationnel ainsi que financier et être le propriétaire ou le fermier de l'exploitation, le prêt à usage n'étant accepté que pour des parcelles. Selon le recourant, si les indications relatives au revenu agricole, à l'impôt sur ledit revenu et aux cotisations AVS manquent, l'indépendance de la communauté cistercienne par rapport à la Fondation ou à l'Association n'est pas établie. Il indique encore que la seule affirmation selon laquelle la communauté cistercienne ne serait pas liée sur le plan juridique à la Fondation ou à l'Association ne permet pas de prouver que l'exploitation est gérée par ladite communauté pour son propre compte et à ses risques et périls. Il en conclut que l'Abbaye doit renoncer aux paiements directs, à l'exception des contributions pour la compensation écologique découlant de l'art. 43 OPD.
De son côté, l'Abbaye estime que l'exigence de l'OFAG selon laquelle l'exploitant doit être le propriétaire ou le fermier du domaine agricole est trop restrictive par rapport aux dispositions légales en matière d'agriculture. Elle allègue que la délimitation entre exploitations paysannes et exploitations dites non-paysannes se fait au moyen de critères d'exclusion et de limites d'encouragement, les exploitations de personnes morales étant ainsi notamment considérées comme non-paysannes. Elle soutient dès lors que cette restriction dont se prévaut l'OFAG doit être écartée.
5.1 Comme relevé au consid. 3 ci-dessus, les paiements directs sont octroyés aux exploitants d'entreprises paysannes cultivant le sol, s'ils prouvent qu'ils fournissent les prestations écologiques requises (art. 70 al. 1 LAgr). Ont droit aux paiements directs les exploitants qui gèrent une entreprise et ont leur domicile en Suisse (art. 2 al. 1 OPD), un exploitant étant une personne physique ou morale, ou une société de personnes, qui gère une exploitation pour son compte et à ses risques et périls (art. 2 al. 1 OTerm). Une exploitation est une entreprise agricole qui doit notamment être autonome sur le plan juridique (art. 6 al. 1 let. c OTerm).
5.2 Il ressort de ce ces dispositions que la loi ne prévoit pas que l'exploitant devrait systématiquement être propriétaire ou fermier pour se voir reconnaître cette qualité. Seuls les commentaires et instructions de l'OFAG relatifs à l'OTerm l'exigent expressément en relevant que l'autonomie juridique implique que l'exploitant prend les décisions et dispose de l'exploitation en toute indépendance et qu'il est toujours le propriétaire ou le fermier de l'exploitation (ad art. 6 al. 1 let. c OTerm). Par voie de conséquence, ces mêmes commentaires et instructions précisent que la surface agricole utile se compose de surfaces détenues en propre et affermées détenues pendant toute l'année, auxquelles s'ajoutent les parcelles en prêt à usage (ad art. 14 OTerm). Il s'agit dès lors d'examiner si ces instructions constituent une base légale suffisante pour nier la qualité d'exploitante à l'intimée.
5.3 Afin d'assurer l'application uniforme de certaines dispositions légales, l'administration peut expliciter l'interprétation qu'elle leur donne dans des directives. Celles-ci n'ont pas force de loi et ne lient ni les administrés, ni les tribunaux, ni même l'administration. Elles ne dispensent pas cette dernière de se prononcer à la lumière des circonstances du cas d'espèce. Par ailleurs, elles ne peuvent sortir du cadre fixé par la norme supérieure qu'elles sont censées concrétiser. En d'autres termes, à défaut de lacune, elles ne peuvent prévoir autre chose que ce qui découle de la législation ou de la jurisprudence (ATF 133 II 305 consid. 8.1). S'il est vrai que les ordonnances administratives interprétatives ne lient en principe ni les tribunaux ni les administrés, il n'en reste pas moins que les uns et les autres en tiennent largement compte. Par ailleurs, dans la mesure où ces directives assurent une interprétation correcte et équitable des règles de droit, le juge les prendra en considération (ATAF 2007/48 consid. 6 ; ATF 132 V 121 consid. 4.4 ; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4e éd., Bâle 1991, n° 371).
5.4 Le recourant fait valoir que ni l'expression "cultivant le sol" ni le terme de "paysan" figurant à l'art. 70 al. 1 LAgr n'étant à ce jour exactement défini dans la législation, il convient de se référer à la définition du terme "paysan" figurant au ch. 321.22 du sixième rapport sur l'agriculture suisse et la politique agricole de la Confédération du 1er octobre 1984 (ci-après : le sixième rapport sur l'agriculture, FF 1984 III 469, spéc. 735 ss) et que cela a été rappelé lors des délibérations parlementaires relatives à la LAgr (Bulletin officiel de l'Assemblée fédérale [BO] 1997 N 2063). Dans ce rapport, le Conseil fédéral relève que l'exploitation familiale indépendante et productive, qui représente sa conception de l'encouragement à donner à l'agriculture, se caractérise par divers éléments, notamment par le fait que l'exploitant, qu'il soit propriétaire ou fermier, gère le domaine sous sa propre responsabilité, c'est-à-dire en qualité d'entrepreneur indépendant. Dans un arrêt du 2 juillet 2008 (2C_76/2008 destiné à la publication), le Tribunal fédéral a toutefois relevé que le modèle de l'exploitation paysanne de type familial défini dans le sixième rapport sur l'agriculture ne recouvre que le cas normal et ne répond guère à la question de savoir si l'exploitant qui exerce la maîtrise de fait sur le domaine (ein faktischer Pächter) peut le cas échéant avoir aussi droit à des paiements directs. Considérant que les dispositions légales applicables ne permettaient pas de conclure de manière définitive qu'un rapport de propriété ou de bail à ferme était en tous les cas nécessaire pour la reconnaissance de la qualité d'exploitant (consid. 3.2), le Tribunal fédéral a néanmoins relevé que l'existence d'une légitimation de droit privé ne pouvait être ignorée dès lors qu'une exploitation juridiquement indépendante avec les décisions et les mesures nécessaires que cela implique supposait nécessairement que l'exploitant soit juridiquement légitimé à le faire et qu'une maîtrise de fait sur l'exploitation était à cet égard insuffisante (consid. 3.3). Ainsi, l'exploitation à l'année d'une entreprise agricole de manière autonome exigée par l'art. 6 al. 1 let. e OTerm ne se conçoit pas sans que l'exploitant soit titulaire d'un droit de jouissance suffisamment établi (consid. 4.1). La jurisprudence a en outre déjà eu l'occasion de rappeler que le système des paiements directs a été notamment instauré afin de garantir l'exécution de tâches d'intérêt public et qu'à cette fin, il importe que leur octroi ne dépende pas de l'entreprise mais de l'exploitant agricole au sens de celui qui s'investit personnellement dans l'entreprise en cultivant lui-même les terres et en dirigeant personnellement l'entreprise agricole, même s'il n'effectue pas personnellement tous les travaux. Par exploitant, on entend dès lors celui qui supporte le risque économique de l'exploitation, tient une place prépondérante dans l'entreprise s'agissant de la gestion de celle-ci et de la prise des décisions (direction de l'entreprise) et qui prend une part active et effective aux activités quotidiennes de l'exploitation. A cet égard, les rapports de propriété et de possession n'ont aucune portée propre (décision de l'ancienne Commission de recours DFE du 22 septembre 2004 JG/2003-1, publiée dans la Revue jurassienne de jurisprudence [RJJ] 2005 p. 87 consid. 3 et les références citées).
Il ressort de ce qui précède que les commentaires et instructions de l'OFAG vont au-delà des textes légaux qu'ils sont censés concrétiser en exigeant de l'exploitant qui prétend à des paiements directs qu'il soit systématiquement propriétaire ou fermier de son exploitation à l'année. Il s'agit dès lors d'examiner ci-après si la communauté cistercienne, dont il n'est pas contesté qu'elle n'est ni propriétaire ni fermière de l'exploitation, est au bénéfice d'un droit de jouissance et si elle exploite effectivement le domaine agricole pour son propre compte et à ses risques et périls.
5.5 L'autorité inférieure a considéré que la Fondation, propriétaire du domaine agricole, et la communauté cistercienne étaient liées par un contrat de prêt à usage, que, par analogie avec les règles sur l'usufruit, le prêt à usage impliquait également la cession de la jouissance de la chose et que l'ensemble des produits et des profits de la chose appartenaient à l'emprunteur, soit à la communauté cistercienne, qui supportait de ce fait aussi les dépenses et les pertes éventuelles liées à l'exploitation du domaine agricole.
Le recourant reproche à l'autorité inférieure de ne pas avoir précisé sur quelles bases se fondaient ces hypothèses.
5.5.1 Le prêt à usage est un contrat par lequel le prêteur s'oblige à céder gratuitement l'usage d'une chose que l'emprunteur s'engage à lui rendre après s'en être servi (art. 305 CO). Aux termes de l'art. 307 CO, l'emprunteur supporte les frais ordinaires d'entretien ; il doit notamment nourrir les animaux prêtés (al. 1). Il peut répéter les dépenses extraordinaires qu'il a dû faire dans l'intérêt du prêteur (al. 2). Le prêt à usage prend fin, lorsque la durée du contrat n'a pas été fixée conventionnellement, aussitôt que l'emprunteur a fait de la chose l'usage convenu, ou par l'expiration du temps dans lequel cet usage aurait pu avoir lieu (art. 309 CO). Si le prêt a été fait pour un usage dont le but ni la durée ne sont déterminés, le prêteur est libre de réclamer la chose quand bon lui semble (art. 310 CO).
La réglementation du prêt à usage étant assez sommaire, il peut être nécessaire de combler certaines lacunes par le recours à l'analogie, notamment avec : les règles du bail (bail à loyer [art. 253 ss CO] ou bail à ferme [art. 275 ss CO]), puisqu'il donne aussi le droit d'utiliser la chose ; les règles de l'usufruit (art. 745 ss du code civil suisse du 10 décembre 1907 [CC, RS 210]), pour le même motif ; les règles du mandat gratuit (art. 392 CO), puisqu'il constitue aussi un contrat bilatéral imparfait (Tercier, op. cit., n° 2676). La notion du prêt à usage comprend trois éléments : la cession de l'usage et/ou de la jouissance, le caractère gratuit et l'obligation de restitution.
5.5.2 S'agissant du premier critère, il est vrai que l'art. 305 CO ne parle que de l'usage. Mais la notion doit être prise dans un sens large, puisque rien ne s'oppose à ce que l'emprunteur retire des profits de la chose qui lui est confiée. Cet usage doit porter sur une chose corporelle, qui peut être mobilière ou immobilière, productive ou improductive (Tercier, op. cit., n° 2686). Lorsque l'emprunteur est autorisé à exploiter la chose ou le droit productif, on parle plus précisément de prêt de jouissance. La distinction entre le prêt à usage et le prêt de jouissance repose sur la qualité du bien cédé : lorsque celui-ci est naturellement productif ou frugifère, il y a prêt de jouissance. Le CO ne comporte aucune disposition spéciale relative à ce dernier type de prêt. Il est donc soumis aux mêmes règles que le prêt à usage, soit aux art. 305 ss CO. En outre, afin de combler certaines lacunes, on a recours, par analogie, comme pour le prêt à usage, aux dispositions sur le bail à loyer, le bail à ferme, l'usufruit ou la donation (Claude Paquier-Boinay, Le contrat de bail à ferme agricole : conclusion et droit de préaffermage, Lausanne 1991, p. 127).
A teneur de l'art. 755 CC, appliqué par analogie, l'usufruitier a la possession, l'usage et la jouissance de la chose (al. 1). Il en a aussi la gestion (al. 2). Il observe, dans l'exercice de ses droits, les règles d'une bonne administration (al. 3). L'usufruitier exerce seul toutes les facultés comprises dans la jouissance de la chose (art. 745 CC ; Pierre Scyboz/Pierre-Robert Gilliéron, CC & CO annotés, Lausanne 2004, commentaire ad art. 755 CC et l'arrêt cité ATF 113 II 121 consid. 2). Il peut le faire sans requérir le consentement du nu-propriétaire - en l'occurrence la Fondation - celui-ci pouvant seulement s'opposer à tout acte d'usage illicite ou non conforme à la nature de la chose (art. 759 CC). Enfin, l'usufruitier supporte les frais ordinaires d'entretien et les dépenses d'exploitation de la chose, ainsi que les intérêts des dettes dont elle est grevée, et il est tenu d'acquitter les impôts et autres redevances ; le tout en proportion de la durée de son droit (art. 765 CC).
En l'espèce, il ressort clairement de l'arrêté cantonal que c'est à la communauté cistercienne qu'il appartient de faire fructifier et développer le domaine agricole dont elle dispose comme base de son existence depuis 1996 (art. 11). Il ressort en outre du compte pertes et profits de l'Abbaye et des comptes de la ferme pour que celle-ci a fait figurer au bilan l'inventaire matériel et l'inventaire bétail/marchandise. Au titre des charges de l'exploitation figurent notamment les frais liés à l'achat de bétail, de fourrages, de produits divers et l'entretien des machines. Les salaires estimés de deux frères ont en outre été comptabilisés et des cotisations AVS versées. Au cours de l'année, l'Abbaye a réalisé un léger bénéfice résultant de l'exploitation de la ferme et celui-ci a été régulièrement annoncé comme recette imposable dans la déclaration fiscale pour l'exercice commercial courant du 1er janvier au 31 décembre 2003. Il ressort en outre du compte pertes et profits de que des impôts ont été payés pour l'exercice précédent. Ainsi, comme l'a relevé à juste titre l'autorité inférieure, l'examen de la comptabilité de l'Abbaye relative à la ferme montre que la communauté cistercienne assume le risque économique inhérent à l'exploitation du domaine agricole, les charges de la ferme - notamment l'achat de bétail, l'achat de fourrages, le coût d'entretien des machines - étant couvertes uniquement par les produits dégagés par l'activité agricole. Rien ne permet dès lors de mettre en doute que, sous la responsabilité du Frère Y._______, lequel est au bénéfice d'une formation adéquate en agriculture, la communauté cistercienne a pu prendre en toute indépendance les décisions concernant l'exploitation qu'elle a pour charge de développer et de faire fructifier. Il ne ressort enfin pas du dossier qu'il en soit autrement puisqu'il n'est nulle part fait mention du fait que la Fondation, l'Association ou qui que ce soit d'autre doive prendre en charge les éventuelles pertes de l'exploitation.
5.5.3 S'agissant du deuxième critère, il n'est pas contesté que, en application de l'art. 4 al. 2 de l'arrêté cantonal, les terres cultivables attenantes aux bâtiments claustraux et le domaine de la Souche ont été mis gratuitement à disposition de la communauté cistercienne.
5.5.4 Quant au troisième critère, il convient de constater que la nature du prêt à usage fait de la restitution l'obligation principale de l'emprunteur (art. 305 CO). L'usage de la chose étant un attribut essentiel du droit de propriété, on ne peut déjà guère imaginer que le propriétaire s'en défasse contractuellement pour l'éternité. Au demeurant, le droit suisse n'admet pas la conclusion de contrats "éternels" (ATF 125 III 363 consid. 2d, 114 II 159 consid. 2a et les références citées). Or tel n'est à l'évidence pas le cas en l'espèce. Il ressort en effet de l'art. 12 de l'arrêté cantonal que les circonstances dans lesquelles l'Etat fondateur peut procéder à la dissolution sont réglées par l'art. 8 du décret du Grand Conseil du 22 novembre 1966 qui prévoit que, au cas où la communauté occupant actuellement les bâtiments du couvent d'Hauterive viendrait à s'éteindre, à être supprimée pour une raison quelconque, ou à quitter les lieux qu'elle occupe, elle perdra sa qualité de bénéficiaire et ne pourra faire valoir de droits quelconques ni contre l'Etat de Fribourg ni contre la Fondation, sans préjudice du droit de retour à l'Etat qui fera l'objet d'une des clauses de l'arrêté de fondation.
Cet élément nécessaire à l'existence d'un contrat de prêt à usage est ainsi également respecté.
5.5.5 Le recourant, se fondant apparemment sur ses commentaires et instructions relatifs à l'art. 14 OTerm fait valoir que le prêt à usage ne s'applique pas aux entreprises agricoles et que seules des parcelles détenues à ce titre et dont l'exploitant dispose effectivement pendant toute l'année peuvent être retenues dans la définition de la surface agricole utile donnant droit aux paiements directs. Au regard de ce qui vient d'être exposé, on ne voit toutefois pas ce qui permettrait de justifier une telle allégation. En tous les cas, cet avis n'est pas partagé par la doctrine. Pour Reymond en effet, le prêt à usage peut notamment porter sur un domaine agricole (Claude Reymond, Le bail à loyer, le bail à ferme, le prêt à usage in : Traité de droit privé suisse, Tome VII, 1, Fribourg 1978, p. 266 et l'arrêt cité ATF 75 II 1949 consid. 3). Pour Michon, le prêt à usage gratuit d'un immeuble ou d'une entreprise est parfaitement licite (Francis Michon, La conclusion et l'extinction du bail à ferme agricole in : 9e Séminaire sur le droit du bail, 11/12 et 25/26 octobre 1996, Université de Neuchâtel, Faculté de droit et des sciences économiques, Neuchâtel 1996). Quant à Studer et Hofer, qui s'expriment sur la relation entre le prêt à usage et la loi fédérale sur le bail à ferme agricole, ils n'excluent pas non plus la cession d'usage à titre gratuit d'immeubles agricoles (Benno Studer/Eduard Hofer, Le droit du bail à ferme agricole, Brugg 1988, p. 41 s).
5.6 Il résulte de ce qui précède que, en tant que société simple, la communauté cistercienne est au bénéfice d'un droit lui permettant valablement d'exploiter le domaine agricole pour son propre compte et à ses risques et périls conformément à l'art. 2 al. 1 OTerm. Le deuxième motif du recourant apparaît ainsi également mal fondé.
Force est dès lors de constater que la décision attaquée ne viole pas le droit fédéral et qu'elle ne constate pas les faits de manière inexacte ou incomplète (art. 49 PA) et que l'intimée a droit aux paiements directs pour l'année objet de la procédure. Mal fondé, le recours doit en conséquence être rejeté.
A teneur de l'art. 63 al. 2 PA, aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités fédérales recourantes et déboutées. La présente décision est dès lors rendue sans frais. Aux termes de l'art. 64 al. 1 PA, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés. Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais nécessaires de la partie (art. 8 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). L'intimée, qui obtient gain de cause, étant représentée par un avocat, il y a lieu de lui allouer, à la charge du recourant, une indemnité à titre de dépens fixée à Fr. 1'000.-.
Le recours est rejeté.
Il n'est pas perçu de frais de procédure.
Une indemnité de Fr. 1'000.- (TVA comprise), mise à la charge de l'Office fédéral de l'agriculture, est allouée à l'Abbaye à titre de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
au recourant (acte judiciaire)
à l'intimée (acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. 3A 06 105; acte judiciaire)
à la deuxième instance (acte judiciaire)
à la première instance (acte judiciaire)
au Département fédéral de l'économie (acte judiciaire)
Le Président : La Greffière :
Claude Morvant Nadia Mangiullo
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (voir art. 42 LTF).
Expédition : 11 septembre 2008