Entscheiddatum: 12.03.2010Publikationsdatum: 05.04.2010
Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour III
C-12/2006
C-14/2006/pii
{T 0/2}
Arrêt du 12 mars 2010
Composition
Madeleine Hirsig (présidente du collège), Vito Valenti, Elena Avenati-Carpani, juges,
Isabelle Pittet, greffière.
Parties
Caisse-maladie A._______,
recourante,
contre
Institution commune LAMal,
Gibelinstrasse 25, case postale, 4503 Soleure,
représentée par Maître Konrad Jeker,
Bielstrasse 8, 4502 Soleure,
autorité inférieure,
Objet
Compensation des risques 2001 et intérêts rémunératoires (décisions des 14 juillet 2005 et 18 novembre 2005).
A.
Par décision du 18 juin 2002 (C-12/2006 A._______ pce 2), la fondation Institution commune LAMal (ci-après: Institution commune) a adressé à la Caisse-maladie A._______ (ci-après: A._______) un décompte de solde pour la compensation définitive des risques 2001, ainsi que la récapitulation des différences provenant de la comparaison entre les décomptes provisoires et définitifs 2001. Il en résultait un avoir en faveur de A._______ d'un montant de Fr. 3'361'898.-, payable par l'Institution commune jusqu'au 15 décembre 2002, sous réserve de réductions provisoires pour cause de paiements en retard dus à la compensation des risques. Ce montant correspondait à la différence entre le solde de la compensation provisoire des risques 2001 fixé à Fr. 24'127'442.- et le solde de la compensation définitive des risques 2001 fixé à Fr. 27'489'340.-.
B.
Le 23 juillet 2002, l'Institution commune a informé les assureurs-maladie que, suite à une décision de son conseil de fondation, les enquêtes auxquelles elle procède chaque année, avec son organe de révision, afin de vérifier l'exactitude et l'exhaustivité des données fournies par les assureurs-maladie pour la calculation de la compensation des risques seraient effectuées, à partir de 2003, auprès d'un échantillon de dix assureurs au lieu de cinq comme cela était le cas auparavant, et ce dans le but d'augmenter la sécurité des données. L'Institution commune a par ailleurs précisé qu'elle était compétente pour procéder au choix des assureurs qui feraient l'objet d'une vérification (C-12/2006 A._______ pce 6).
C.
Dans un courrier du 4 septembre 2002 à l'attention des assureurs-maladie (C-12/2006 A._______ pce 3), l'Institution commune a expliqué que, lorsqu'elle reçoit les données remises par les assureurs, elle les compare aux données en provenance d'autres sources, dont celles prélevées par l'Office fédéral des assurances sociales (ci-après: OFAS), et qu'en l'occurrence, elle n'avait pu procéder à cette comparaison qu'après la calculation de la compensation des risques, un assureur ayant remis ses données à l'OFAS avec retard. Cette comparaison et le contrôle par sondage effectué par B._______, organe de révision de l'Institution commune, ayant par ailleurs révélé des erreurs dans ces données, l'Institution commune a déclaré que le décompte remis aux assureurs-maladie le 18 juin 2002 concernant la compensation des risques 2001 devait être considéré comme nul et que cette compensation devait faire l'objet d'un nouveau calcul.
Ainsi, par décision du 4 septembre 2002 (C-12/2006 A._______ pce 4), l'Institution commune a adressé à A._______ un nouveau décompte pour la compensation définitive des risques 2001 corrigée, dont le solde a été fixé à Fr. 27'502'387.-. Le solde de la compensation provisoire des risques 2001 étant de Fr. 24'127'442.-, il en a résulté un avoir en faveur de A._______ d'un montant de Fr. 3'374'945.-, payable par l'Institution commune jusqu'au 15 décembre 2002, sous réserve de réductions provisoires pour cause de paiements en retard dus à la compensation des risques.
D.
Par lettre du 7 novembre 2003 (C-12/2006 DFI pce 15), l'Institution commune a communiqué aux assureurs-maladie qu'après vérification, les données fournies par la caisse-maladie X pour le calcul de la compensation définitive des risques 2002 s'étaient révélées erronées et qu'un nouveau calcul était nécessaire avec les données corrigées de l'année 2002. L'Institution commune a en outre indiqué qu'il convenait de recalculer les compensations des risques des années 2000 et 2001 en raison des données erronées de la caisse-maladie X, contre laquelle plainte pénale avait par ailleurs été déposée par l'Institution commune et l'OFAS.
Dès lors, par décision du 8 décembre 2003 (C-12/2006 A._______ pce 5), l'Institution commune a une nouvelle fois calculé la compensation définitive des risques 2001 et adressé à A._______ un décompte corrigé, dont le solde a été fixé à Fr. 27'822'277.- au lieu de Fr. 27'502'387.-, solde du décompte du 4 septembre 2002. Il en a résulté un avoir additionnel en faveur de A._______ de Fr. 319'890.-, payable par l'Institution commune jusqu'au 9 février 2004, sous réserve de réductions provisoires pour cause de paiements en retard dus à la compensation des risques.
E.
Le 14 juillet 2005, l'Institution commune a rendu une nouvelle décision relative à la calculation de la compensation définitive des risques 2001 (C-12/2006 A._______ pce 1). Ayant constaté, dans le cadre du contrôle effectué au moyen d'enquêtes menées auprès d'un échantillon d'assureurs, que certaines données fournies pour la compensation définitive des risques 2001 présentaient des erreurs, le conseil de fondation de l'Institution commune a décidé que la compensation définitive des risques 2001 devait faire l'objet d'une nouvelle calculation. Il en a résulté un avoir total en faveur de A._______ de Fr. 27'781'244.-, au lieu de Fr. 27'822'277.-, solde du décompte du 8 décembre 2003, soit une différence de Fr. 41'033.- en faveur de la compensation des risques, payable par A._______ sur le compte de l'Institution commune jusqu'au 31 août 2005.
F.
Puis, dans une décision du 10 août 2005 (C-12/2006 A._______ pce 7), l'Institution commune a indiqué que les compensations des risques définitives 2000 à 2002 avaient dû être recalculées en raison d'erreurs commises par la caisse-maladie C._______ lors de la livraison de ses données, et avaient fait l'objet de décomptes corrigés remis aux assureurs concernés au cours des mois de novembre ou décembre 2003. Ainsi A._______ aurait droit à un avoir de Fr. 100'362.- pour 2000, de Fr. 319'890.- pour 2001 et de Fr. 233'095.- pour 2002, et ce, en cas de versement de l'intégralité des redevances de risques de la part de C._______, cette dernière, dont l'ouverture de la faillite a été prononcée le 28 avril 2005, n'ayant pas rempli son obligation de payer les montants qu'elle devait à la compensation des risques. Le conseil de fondation de l'Institution commune aurait en effet décidé de ne pas financer à partir du fonds d'insolvabilité les redevances dues par C._______ à la compensation des risques et, par conséquent, de renoncer pour l'instant à effectuer un versement des avoirs restants revenant aux assureurs-maladie privilégiés dans les compensations de risques définitives 2000 à 2002, dont A._______ pour un avoir total de Fr. 653'347.-.
G.
Par acte du 24 août 2005 (C-12/2006 DFI-TAF pce 1), A._______ a formé recours contre la décision de l'Institution commune du 14 juillet 2005 auprès du Département fédéral de l'intérieur (ci-après: DFI). Elle conclut à ce que la décision du 14 juillet 2005 soit annulée avec suite de frais et de dépens et produit à l'appui de son recours les pièces relatives aux faits relatés ci-dessus, excepté la lettre de l'Institution commune du 7 novembre 2003.
G.a S'agissant des faits, la recourante indique notamment que la décision du 4 septembre 2002 a été régulièrement exécutée et que le montant de Fr. 3'374'945.- en faveur de A._______, fixé dans dite décision, lui a été versé par l'Institution commune le 13 décembre 2002. Le montant de Fr. 319'890.-, en faveur de A._______ également et résultant de la décision du 8 décembre 2003, n'aurait quant à lui jamais été versé à la caisse-maladie.
G.b Par ailleurs, et dans un premier temps, la recourante invoque la violation des principes relatifs à la force formelle et matérielle de chose décidée. Ainsi, la décision litigieuse entrerait manifestement en conflit avec l'autorité matérielle de chose décidée attachée à la décision du 8 décembre 2003, qui n'a fait l'objet d'aucun recours. La recourante relève à ce propos que lorsque la loi ne règle pas la question de la révocation d'une décision administrative formellement en force, l'autorité doit appliquer les conditions développées par la jurisprudence du Tribunal fédéral et mettre en balance l'intérêt qui s'attache à une application correcte du droit objectif et les exigences de la sécurité du droit. Or, la décision du 8 décembre 2003, qui reconnaît en faveur de A._______ une créance en paiement de la somme de Fr. 319'890.-, aurait ainsi créé un droit subjectif, justifiant de donner la priorité à la sécurité du droit et, par conséquent, au maintien de dite décision.
La recourante estime en outre que le mécanisme de la compensation des risques et le système de remise des données par les assureurs-maladie et de contrôles de ces mêmes données par sondages effectués chaque année auprès d'un échantillon d'assureurs laissent à l'Institution commune tout loisir de procéder à une instruction approfondie des droits et obligations des assureurs. L'Institution commune disposerait ainsi, entre la réception des données et le paiement de la compensation définitive, de près de huit mois pour effectuer les contrôles nécessaires, sans compter la possibilité d'examiner les données à chaque étape de la compensation des risques (acomptes, compensation provisoire et compensation définitive). Il ne serait dès lors pas admissible que plus de dix-huit mois après avoir rendu une décision entrée en force, respectivement près de quarante mois après avoir reçu les données des assureurs, l'Institution commune puisse invoquer le résultat de nouveaux contrôles pour revenir sur une décision en vigueur. Le temps écoulé constituerait ainsi un facteur important en faveur de la primauté du principe de la sécurité du droit.
A._______ soutient encore qu'en donnant à ses décomptes la forme de décision formelle, bien qu'elle n'y soit pas obligée, l'Institution commune viserait à faire bénéficier ses décomptes de l'autorité de la chose décidée. Or en agissant ainsi, elle imposerait aux assureurs de réagir à ses décomptes définitifs dans un délai de trente jours, alors qu'elle-même pourrait revenir d'office et à réitérées reprises sur les mêmes décomptes, suite à un contrôle par échantillons effectué des mois plus tard, créant ainsi une dissymétrie inacceptable dans la mise en oeuvre de la compensation des risques.
Par ces procédés, l'Institution commune maintiendrait l'ensemble des assureurs dans une incertitude juridique et financière totale, qu'aucun intérêt public prépondérant ne justifierait, et empêcherait les assureurs de faire une planification fiable sur un plan comptable.
Au surplus, la recourante relève que les conditions de l'art. 66 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), relatif à la révision d'office de décisions sur recours, ne seraient pas remplies en l'espèce. L'Institution commune ne pourrait pas se prévaloir de faits nouveaux ou de preuves concluantes, dans la mesure où elle aurait pu et dû en tenir compte déjà au moment de sa décision du 8 décembre 2003, si elle avait effectué les contrôles de données remises par les assureurs pour la compensation des risques 2001 en temps voulu, à savoir en 2001, en 2002 ou même éventuellement en 2003. Il n'en irait pas différemment si l'on considérait que ce sont les règles relatives à la révision et à la révocation des décisions, prévues à l'art. 53 de la loi fédérale du 6 octobre 2000 sur la partie générale du droit des assurances sociales (LPGA, RS 830.1) qui s'appliquent, A._______ estimant qu'une telle application par analogie n'est pas exclue dans le cadre de la compensation des risques. Ainsi, la preuve d'erreurs dans les déclarations de certains assureurs apportée par les contrôles effectués par l'Institution commune aurait pu être révélée déjà au moment de la décision du 8 décembre 2003 si l'Institution commune avait procédé en temps voulu aux contrôles nécessaires.
Quant à l'intérêt public qui doit être mis en balance avec l'intérêt au maintien de la décision du 8 décembre 2003, A._______ constate que le montant réclamé par l'Institution commune, s'il n'est pas sans importance pour la recourante, n'est cependant pas susceptible, après redistribution aux assureurs bénéficiaires du nouveau calcul, d'avoir le moindre impact sur les rapports de concurrence entre assureurs. Le seul intérêt public qui pourrait justifier la décision litigieuse résiderait, de l'avis de la recourante, dans l'application formellement correcte des règles sur la compensation des risques, intérêt qui ne saurait contrebalancer le besoin de sécurité juridique mis à néant par la pratique de l'Institution commune.
Il n'y aurait donc aucun motif justifiant la révocation de la décision du 8 décembre 2003, respectivement celle du 4 septembre 2002 en tant qu'elle a déjà été exécutée, réserve faite, pour cette dernière, de la prise en compte du problème de C._______, qui pouvait, lui, justifier la révision opérée dans la décision du 8 décembre 2003, compte tenu des montants en cause et des circonstances entourant la remise des données de la compensation des risques par cette caisse-maladie.
G.c Dans un second temps, la recourante fait valoir que dans la mesure où la décision litigieuse demande le versement de la somme de Fr. 41'033.- pour la compensation des risques définitive 2001 et qu'un montant de Fr. 3'374'945.-, correspondant l'avoir dû par l'Institution commune au titre de la compensation des risques pour la même période, a été versé à A._______, dite décision litigieuse ne peut avoir pour objet qu'une créance en restitution de montants considérés comme versés à tort par l'Institution commune. Or, conformément à un principe général qui trouverait lui aussi sa justification dans l'impératif de sécurité du droit, de telles créances ne pourraient être exercées au-delà d'un certain délai, soit en raison de la péremption, soit parce qu'elles sont prescrites.
En l'absence de toute règle expresse régissant, dans la compensation des risques, la question de la prescription ou de la péremption de la créance en remboursement d'un trop-perçu, la recourante relève que dans le domaine spécifique des assurances sociales, la créance en restitution de prestations indûment versées a depuis longtemps été soumise à un délai de péremption relatif d'une année à compter du moment où l'organe qui alloue les prestations a connaissance du fait qui en justifie la restitution. Cette solution, consacrée par l'art. 25 al. 2 LPGA, serait la même si l'on se référait par analogie au délai de prescription de l'action en enrichissement illégitime, fixé à une année à compter du jour où la partie lésée a eu connaissance de son droit de répétition.
Or, la décision litigieuse ne précise pas à quelle date ont été effectués les contrôles sur lesquels se fonde l'Institution commune pour demander la restitution de Fr. 41'033.-, ce qui ne permet pas d'examiner la question de la prescription ou de la péremption de la créance en remboursement. Toutefois, la recourante estime qu'il est douteux que l'Institution commune ait procédé à des contrôles sur la compensation des risques 2001 en 2003, encore moins en 2004 et qu'il y a dès lors de sérieuses raisons de penser que le résultat des contrôles en cause était connu de l'Institution commune bien avant le 14 juillet 2004, de sorte qu'en rendant sa décision le 14 juillet 2005, elle n'aurait pas agi avec la célérité suffisante pour sauvegarder son droit de la péremption ou de la prescription.
En conséquence, A._______ requiert la production de l'ensemble des documents en main de l'Institution commune, respectivement de B._______, contenant les données de tous les contrôles par échantillons effectués en relation avec la compensation des risques 2001, en particulier dans la mesure où ils permettent de déterminer la date à laquelle ces contrôles ont été effectués. En l'état, la recourante considère que la créance en restitution de Fr. 41'033.- est prescrite si elle n'était pas déjà périmée au moment où la décision a été rendue.
H.
Par décision du 18 novembre 2005 (C-14/2006 A._______ pces 1, 1a, 1b), adressée à A._______, l'Institution commune a indiqué qu'en raison des données erronées remises par certains assureurs et suite aux décomptes corrigés pour la compensation des risques 2001 communiqués aux assureurs le 14 juillet 2005, les décomptes d'intérêts rémunératoires ont également dû faire l'objet d'une correction. Il en a résulté un montant d'intérêts rémunératoires de Fr. 5'148.-, dû par A._______ jusqu'au 19 décembre 2005.
I.
Par acte du 13 décembre 2005 (C-14/2006 DFI pce 1), A._______ a formé recours contre cette décision auprès du DFI. En la forme, la recourante conclut principalement à la jonction de ce recours avec celui du 24 août 2005 interjeté contre la décision de l'Institution commune du 14 juillet 2005, et subsidiairement à la suspension de l'instruction du recours du 13 décembre 2005 jusqu'à droit connu sur le sort du recours du 24 août 2005. Quant au fond, A._______ conclut à l'annulation de la décision du 18 novembre 2005, avec suite de frais et de dépens. Elle produit les mêmes pièces que celles versées à l'appui du recours du 24 août 2005, ainsi que la décision entreprise du 18 novembre 2005.
I.a S'agissant des faits, la recourante déclare en particulier qu'il ressort du décompte annexé à la décision litigieuse du 18 novembre 2005 que le montant des intérêts rémunératoires de Fr. 5'148.- a été calculé sur la base du montant de Fr. 41'033.- objet de la décision du 14 juillet 2005. Elle annonce en outre qu'un recours a été formé contre la décision du 10 août 2005.
I.b Relevant par ailleurs que les décisions des 14 juillet et 18 novembre 2005 émanent de la même autorité, ont trait au même objet, pour la même période et ont le même destinataire, la recourante estime qu'il se justifie, par économie de procédure, de joindre l'instruction des deux causes. Si tel ne devait pas être le cas, elle demande la suspension de l'examen du recours contre la décision du 18 novembre 2005 jusqu'à droit connu sur le recours contre la décision du 14 juillet 2005, dans la mesure où l'admission de ce dernier devrait nécessairement conduire à l'annulation de la décision du 18 novembre 2005, en tant que cette décision a trait à la question des intérêts rémunératoires relatifs au capital objet de la décision du 14 juillet 2005.
I.c Quant au fond, la recourante a repris en tant que de besoin l'argumentation développée dans le recours du 24 août 2005, en raison de l'étroite connexité entre la décision entreprise par le recours du 13 décembre 2005 et celle du 14 juillet 2005.
Ainsi invoque-t-elle également dans un premier temps la violation des principes relatifs à la force formelle et matérielle de chose décidée, précisant que si la décision du 14 juillet 2005, rendue par la même autorité, à l'égard de la même caisse-maladie et portant sur la même période de compensation définitive des risques, entre manifestement en conflit avec l'autorité matérielle de chose décidée attachée à la décision du 8 décembre 2003, il en va nécessairement de même pour la décision du 18 novembre 2005, en tant qu'elle a trait à un accessoire du capital objet de la décision du 14 juillet 2005. Dès lors, dans la mesure où la décision du 8 décembre 2003 ne pouvait être révoquée par celle du 14 juillet 2005, il va de soi, de l'avis de la recourante, que l'Institution commune ne pouvait non plus, par sa décision du 18 novembre 2005, mettre à la charge de A._______ des intérêts rémunératoires calculés sur la base du capital objet de la décision du 14 juillet 2005.
Dans un deuxième temps, la recourante fait valoir la question de la péremption ou de la prescription de la créance de l'Institution commune à son égard. Elle souligne qu'il y a de sérieuses raisons de penser que le résultat des contrôles sur la compensation des risques 2001 était connu de l'Institution commune bien avant le 14 juillet 2004. Par conséquent, en rendant sa décision le 14 juillet 2005, a fortiori en rendant sa décision concernant les intérêts rémunératoires le 18 novembre 2005, elle n'aurait pas agi avec la célérité suffisante pour sauvegarder son droit de la péremption ou de la prescription. Ainsi, dans la mesure où la créance en restitution de Fr. 41'033.- est prescrite ou périmée, la créance en paiement d'intérêts rémunératoires, qui en est l'accessoire, serait elle aussi prescrite ou périmée.
Dans un troisième temps, A._______ invoque la violation du principe de l'effet dévolutif du recours, en ce sens que l'Institution commune, compte tenu de l'effet dévolutif du recours formé contre la décision du 14 juillet 2005, n'était plus en mesure de rendre une décision touchant à la compensation définitive des risques 2001 à l'égard de A._______. L'effet dévolutif s'étendrait non seulement au capital en cause, mais également aux accessoires, en particulier les intérêts, moratoires ou rémunératoires, de sorte que la décision du 18 novembre 2005 devrait être annulée.
Pour le surplus, le mémoire de recours du 13 décembre 2005 reprend les arguments développés dans celui du 24 août 2005.
J.
Par courrier du 23 décembre 2005 (C-14/2006 DFI pce 3), le DFI a informé les parties de sa décision de joindre le recours du 24 août 2005 et celui du 13 décembre 2005, par économie de procédure et au vu de la connexité des causes.
K.
Invitée à se prononcer sur les recours des 24 août et 13 décembre 2005, l'autorité inférieure conclut, dans sa réponse du 31 janvier 2006 (C-12/2006 DFI pce 15), au rejet du recours sous suite de frais et dépens. Elle ne conteste pas la réunion des deux procédures et verse aux actes la lettre de l'Institution commune aux assureurs-maladie, du 7 novembre 2003.
K.a S'agissant des faits, l'Institution commune reconnaît que les paiements de compensation fixés par décision du 8 décembre 2003 n'ont pas pu être exécutés, en raison de l'insolvabilité de C._______. Cependant, elle précise que, pour la présente procédure, les questions ouvertes en rapport avec la décision du 8 décembre 2003 ne présentent aucune importance.
K.b Quant à la validité formelle et matérielle de la compensation définitive des risques, l'autorité inférieure admet que la décision du 8 décembre 2003 est entrée formellement en vigueur, mais précise que la décision du 14 juillet 2005 l'annule et qu'il est inhérent à l'annulation que la nouvelle décision émane de la même autorité, qu'elle ait le même destinataire, qu'elle concerne le même objet et qu'elle soit contraire à l'ancienne décision. La décision du 18 novembre 2005, pour sa part, représenterait uniquement un nouveau calcul d'intérêts, conséquence obligatoire du nouveau calcul de la compensation définitive des risques 2001.
Rejoignant la recourante quant à l'application des conditions développées par le Tribunal fédéral en cas d'annulation d'un acte administratif, l'autorité inférieure estime qu'en l'espèce, il s'agit uniquement de la correction du montant du paiement de la compensation attribué dans le cadre de la compensation définitive des risques 2001. Il serait ainsi question de créances, fondées sur des valeurs pécuniaires, qui ne feraient nullement l'objet d'une protection spéciale et qui ne représenteraient pas des droits subjectifs au sens de la jurisprudence. En outre, même si un droit subjectif pouvait être admis, l'annulation n'en serait pas totalement exclue, une pesée des intérêts étant toujours exigée.
S'agissant de la systématique de la compensation des risques et du contrôle des données fournies par les assureurs-maladie, l'Institution commune soutient qu'il n'est pas possible de vérifier les données de tous les assureurs par des contrôles aléatoires, avant la publication des décisions relatives à la compensation des risques, d'autant que certains assureurs livrent leurs données avec retard, de sorte qu'il ne resterait que deux mois tout au plus entre la fourniture des données et le décompte définitif. La compensation des risques ne pourrait d'ailleurs atteindre son but si l'Institution commune devait attendre, pour le calcul, jusqu'à ce qu'elle soit en mesure de confirmer sans réserve le caractère définitif des décisions rendues. Une telle sécurité n'existerait jamais: l'Institution commune devant se limiter à des contrôles aléatoires, l'on ne pourrait exclure que les données fournies par les assureurs soient partiellement incorrectes.
A ce propos, l'Institution commune explique que les contrôles aléatoires concernent toujours, en principe, les données de l'année précédente, autrement dit les données qui constituent la base de la compensation définitive des risques à calculer durant l'année civile en question; ces contrôles auraient lieu durant les mois immédiatement avant et après la publication de la compensation définitive des risques, et non pas des années après cette publication. Par ailleurs, lorsque l'organe de révision de l'Institution commune constate des erreurs dans les données livrées par un assureur, il serait alors vérifié de surcroît si les données d'années antérieures de l'assureur en question contiennent également des erreurs analogues. Si tel était le cas et pour autant que les effets des erreurs constatés par rapport au résultat de la compensation des risques soient importants, les compensations définitives des risques de toutes les années antérieures touchées par les données incorrectes feraient alors l'objet d'un nouveau calcul. Car si l'on y renonçait, ceci risquerait de créer en fin de compte un énorme avantage pour l'assureur ayant fourni des données erronées et, partant, une inégalité de traitement inacceptable entre les assureurs-maladie et incompatible avec le système de la compensation des risques. L'Institution commune précise encore à cet égard que son conseil de fondation n'ordonne de nouveaux calculs ultérieurs de la compensation des risques que lorsque la somme de répartition corrigée est, dans son ensemble, considérable, quand bien même ces nouveaux calculs ne produisent que peu d'effets pour les assureurs autres que celui ayant livré les données erronées.
Il serait donc impératif que la compensation définitive des risques puisse faire, si besoin est, l'objet d'un nouveau calcul lorsque les contrôles aléatoires sont disponibles. L'Institution commune affirme d'ailleurs avoir déjà procédé à un grand nombre de nouveaux calculs et qu'il est bien connu des assureurs que les décisions respectives ne sont pas dotées d'une validité matérielle. L'annulation de telles décisions et le nouveau calcul d'office seraient donc admissibles.
K.c L'autorité inférieure estime en outre que les critères, stricts, fixés pour la révision des décisions sur recours de l'art. 66 PA sont inapplicables aux décisions de première instance sur la compensation des risques, laquelle ne peut être garantie que si les erreurs découvertes plus tard, lors de contrôles réalisés par l'Institution commune, peuvent encore être prises en compte dans les bases de calcul. De même, serait exclue l'application de la LPGA, dans la mesure où l'Institution commune décide dans le cadre de la compensation des risques à propos de redevances de risque et de contributions de compensation qui ne déploient d'effets juridiques qu'entre assureurs. L'Institution commune soutient en conséquence que l'admissibilité de l'annulation de décisions et de nouveaux calculs de la compensation des risques, par la première instance, se jugerait exclusivement en fonction de la jurisprudence du Tribunal fédéral, en procédant à une pesée des intérêts.
L'autorité inférieure considère à cet égard que l'intérêt public à l'exécution correcte de la compensation des risques est une priorité absolue. Si des fautes découvertes après coup dans les bases de calcul ne pouvaient plus être prises en compte, la compensation des risques serait alors grevée d'une faute notable qui aurait des effets tant sur les autres assureurs que sur la communauté des assurés, engendrant ainsi une distorsion de la concurrence. Il faudrait de plus accorder un poids nettement plus important à l'intérêt de l'ensemble des assureurs au nouveau calcul qu'à celui de l'assureur individuel qui veut s'en tenir à l'ancien calcul, ceci découlant déjà du fait que le volume de répartition dans son intégralité est infiniment plus grand que le montant concret résultant du nouveau calcul, pour l'assureur en question. Une décision erronée ne concernerait ainsi non pas seulement le destinataire de la décision en question, mais tous les assureurs impliqués dans la compensation. L'autorité inférieure ne pourrait donc défendre les intérêts particuliers de certains assureurs uniquement. Au surplus l'égalité devant la loi entre les divers assureurs serait violée si le nouveau calcul n'avait pas d'incidences égales pour tous les assureurs.
L'Institution commune relève qu'à son sens, la recourante ne peut contester qu'elle a intérêt à un nouveau calcul quand celui-ci lui est favorable, puisqu'elle n'a pas formé recours contre les nouveaux calculs de la compensation définitive 2001 du 4 septembre 2002 et du 8 décembre 2003.
L'autorité inférieure explique encore qu'il s'agit toujours, dans le contexte de la compensation des risques, d'annulation et de nouveau calcul, lorsque les contrôles aléatoires révèlent des erreurs dans les données livrées. Ce mode de procéder garantirait que les assureurs se comportent correctement et que ceux livrant de fausse données soient sanctionnés. Tout le système de la compensation des risques serait remis en question si le nouveau calcul, après des années d'exécution sans contestation, n'était soudain plus possible.
K.d S'agissant enfin de la restitution de paiements déjà effectués, et de l'application des règles de la restitution de créances dans le cadre de l'enrichissement illégitime, l'Institution commune relève que l'annulation et la demande de restitution de contributions de compensation n'a pas eu lieu par suite d'une exécution incorrecte du calcul, mais du fait des erreurs entachant les bases du calcul. Le versement à la recourante n'aurait ainsi pas été effectué sans titre juridique, mais sur la base de données admises au départ, qui se sont révélées inexactes par la suite. Partant, la prescription ne commencerait pas à courir avec la prestation des contributions de compensation, mais seulement avec la connaissance du caractère erroné des bases de calcul.
En l'espèce, l'autorité inférieure indique que le nouveau calcul de la compensation définitive des risques 2001, soit les décomptes du 14 juillet 2005, a été rendu nécessaire au vu des résultats des contrôles aléatoires effectués en 2004, lors desquels des erreurs auraient été constatées chez plusieurs assureurs dans leurs données de l'année 2003. Pour certains d'entre eux, des erreurs auraient été constatées également dans les données d'années antérieures. En outre, l'Institution commune aurait reçu d'un de ces assureurs les données corrigées 2001 en avril 2005 seulement. Le nouveau calcul de la compensation définitive des risques 2001 aurait débouché sur un volume de répartition supplémentaire de Fr. 662'421.-, différence suffisamment importante pour que le conseil de fondation de l'Institution commune juge qu'il était nécessaire de procéder à un nouveau calcul de la compensation des risques 2001. Ce nouveau calcul aurait été effectué en juin 2005 et notifié immédiatement à la recourante comme aux autres assureurs. Cette créance en restitution aurait donc été exercée dans le délai d'une année et ne serait en conséquence pas prescrite.
L.
Dans sa réplique du 24 avril 2006 (C-12/2006 DFI pce 17), A._______ déclare maintenir les conclusions prises dans ses recours des 24 août et 13 décembre 2005, et requiert que certains faits allégués par l'autorité inférieure soient établis.
Au surplus, la recourante rappelle qu'à son sens, une décision intervenant des mois après la reddition des données par les assureurs-maladie et la décision initiale, et à la suite de trois autres décisions, toutes entrées formellement en force, n'est plus acceptable car il ne serait alors plus possible de garantir un minimum de sécurité du droit. Ainsi, s'il est évident que la découverte d'irrégularités dans les données fournies par un assureur conduise à la correction de la compensation des risques, il n'irait en revanche pas de soi que cette correction soit répercutée, plusieurs années après et à leur désavantage, sur les assureurs qui se sont correctement acquittés de leurs obligations dans la compensation des risques. De l'avis de A._______, si l'on suivait l'Institution commune, rien n'exclurait que les contrôles aléatoires en cours ou ceux d'une année prochaine ne conduisent à réviser les chiffres d'un assureur déterminants pour l'année de compensation 2001 et à procéder une fois encore à une nouvelle calculation de cette compensation, situation inadmissible sur le plan de la sécurité du droit.
M.
Par écriture du 23 novembre 2006 (C-12/2006 DFI pce 18), le DFI a ordonné la clôture de l'instruction, considérant que l'administration des preuves était terminée.
Puis, par décision du 4 décembre 2006 (C-12/2006 DFI pce 19), le DFI a transmis les dossiers joints au Tribunal administratif fédéral afin qu'il poursuive le traitement des recours.
N.
Par ordonnance du 28 mars 2007 (C-12/2006 TAF pce 2), le Tribunal administratif fédéral a fixé l'avance pour les frais de procédure présumés à Fr. 4'000.- pour les deux recours, montant que la recourante a versé dans le délai qui lui était imparti (C-12/2006 TAF pce 3).
O.
Par ordonnance du 31 octobre 2008 (C-12/2006 TAF pce 5), le Tribunal administratif fédéral a ouvert à nouveau l'instruction de la cause et a invité l'autorité inférieure à lui fournir des informations et documents complémentaires, ce que cette dernière a fait dans une écriture du 12 janvier 2009, accompagnée de divers documents, ainsi que par courrier du 9 mars 2009 (C-12/2006 TAF pces 11, 15).
P.
Dans une décision incidente du 16 avril 2009 (C-12/2006 TAF pce 16), le Tribunal administratif fédéral, donnant suite à la requête de l'Institution commune dans son courrier du 12 janvier 2009 visant à ce que soit observée la protection des données, les informations remises à la Cour contenant des indications sur les assureurs et des données soumises à leur secret d'affaires, a refusé la consultation des courriers de l'autorité inférieure des 12 janvier et 9 mars 2009, ainsi que des documents annexés au courrier du 12 janvier 2009, pièces dont le contenu essentiel a été communiqué à la recourante dans le respect du droit d'être entendu, sous forme d'un résumé écrit et anonymisé, joint à la décision incidente du 16 avril 2009.
P.a Selon les informations de l'autorité inférieure, résumées dans le document annexé à la décision incidente du 16 avril 2009, l'Institution commune procède à plusieurs types de contrôles sur les données fournies par les assureurs. D'une part, elle vérifie, avec son organe de révision, l'exactitude et l'exhaustivité des données fournies par les assureurs, au moyen d'enquêtes effectuées auprès d'un échantillon d'assureurs. D'autre part, chaque année, après la livraison, par les assureurs-maladie, des données pour la compensation des risques, soit environ à partir de la fin du mois d'avril, et avant le calcul de la compensation des risques, l'Institution commune procède, sur les données de tous les assureurs, aux contrôles suivants (« Autres contrôles »):
Contrôles avant la saisie des données des assureurs dans la banque de données:
contrôle formel des documents envoyés pour le relevé des données (est vérifiée en particulier l'exhaustivité des documents envoyés);
contrôle des résultats des supports des étapes de plausibilisation effectuées par les assureurs sur le support de relevé des données;
comparaison des données de compensation des risques livrées par les assureurs avec les données recensées auprès des assureurs par l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) au moyen des formulaires de relevé EF2 et EF3; de cette comparaison peuvent résulter des écarts qui sont admissibles car des règles en partie différentes s'appliquent pour le relevé des données (par exemple, prise en considération de mutations rétroactives).
Contrôles après la saisie des données des assureurs dans la banque de données:
comparaison des données saisies selon le tirage de la banque de données avec les données fournies par l'assureur-maladie en question (tableau de relevé des données rempli et dûment signé);
plausibilisations approfondies à l'intérieur de la banque de données (comparaison de l'année précédente sur plusieurs années concernant les coûts moyens (brut/net) par canton, sexe et groupe de risque, comparaison avec les données d'autres assureurs, etc);
comparaison des données saisies avec les données globales d'autres sources (OFSP, Office fédéral de la statistique [OFS], santésuisse, etc).
P.b Dans les courriers et pièces remis par l'Institution commune les 12 janvier et 9 mars 2009 et résumés par le Tribunal administratif fédéral, l'autorité inférieure déclare avoir procédé, en 2002, 2003 et 2004, aux contrôles suivants:
Contrôles effectués en 2002, sur les données de l'année 2001 livrées par les assureurs-maladie:
Contrôle auprès d'un échantillon de quatre assureurs-maladie:
Ces contrôles, effectués auprès des assureurs-maladie 1, 2, 3 et 4, ont eu lieu entre janvier et juin 2002. Des erreurs ont été constatées dans les données de l'année 2001 fournies par ces assureurs, telles qu'une attribution incorrecte des données des frontaliers aux cantons concernés ou une prise en compte erronée des mois d'assurance des personnes assujetties à l'assurance militaire durant plus de 60 jours consécutifs.
Autres contrôles:
Lors de ces contrôles, des erreurs, concernant par exemple les coûts et participations aux coûts ou des mois d'assurance manquants, ont été constatées dans les données de l'année 2001 de six assureurs-maladie, soit les assureurs 5, 6, 7, 8, 9 et 10.
La plupart des assureurs-maladie 1 à 10 ont corrigé les erreurs contenues dans leurs données de l'année 2001 à temps pour le calcul de la compensation définitive des risques 2001 ayant donné lieu à la décision de l'Institution commune du 18 juin 2002. Les données corrigées de quelques-uns de ces assureurs ont été prises en compte dans le recalcul de la compensation définitive des risques 2001, objet de la décision de l'Institution commune du 4 septembre 2002. Pour l'un des assureurs-maladie, il n'a pas été possible de corriger l'erreur commise; cependant, celui-ci s'est trouvé, de par cette erreur, dans une plus mauvaise position, quant à la compensation des risques, que s'il avait pu en faire la correction.
Contrôles effectués en 2003, sur les données de l'année 2002 livrées par les assureurs-maladie:
Contrôle auprès d'un échantillon de dix assureurs-maladie:
A partir de l'année 2003, les contrôles par échantillon ont lieu chaque année auprès de dix assureurs-maladie, selon la décision du Conseil de fondation de l'Institution commune du 12 juillet 2002.
Ces contrôles, effectués auprès des assureurs-maladie 11 à 20, ont eu lieu entre mars et mai 2003. Des erreurs ont été constatées dans les données de l'année 2002 fournies par certains de ces dix assureurs, telles qu'une attribution incorrecte des données des frontaliers aux cantons concernés ou une prise en compte erronée de suspensions de l'obligation d'assurance en cas d'assujettissement de plus de 60 jours consécutifs à l'assurance militaire.
Autres contrôles:
Lors de ces contrôles, des erreurs, dues notamment à l'utilisation d'une version obsolète d'un logiciel, ont été constatées dans les données de l'année 2002 de quatre assureurs-maladie, soit les assureurs 21, 22, 23 et 1.
Les erreurs constatées dans les données de l'année 2002 lors des contrôles par échantillon ont pour la plupart été corrigées par les assureurs-maladie concernés avant le calcul ordinaire de la compensation définitive des risques 2002. Pour le reste, les incidences des erreurs constatées sur la compensation des risques étaient marginales, de sorte que l'Institution commune a renoncé à en demander la correction. En outre, il n'a pas été décelé, chez les assureurs concernés, d'erreurs analogues dans leurs données de l'année 2001, ou alors les incidences de ces erreurs étaient à ce point marginales que l'Institution commune n'en a pas requis la correction.
Par ailleurs, des erreurs découvertes, par le biais des « autres contrôles », dans les données de l'année 2002 d'un assureur ont également été constatées dans les données de l'année 2001 de ce même assureur, ce qui a donné lieu à un recalcul de la compensation définitive des risques 2001. Lors de ce recalcul, ont également été prises en compte les données corrigées de l'année 2001 de l'assureur 24, qui, sans faire l'objet d'un contrôle, a déclaré de lui-même que ses données de l'année 2001 contenaient des erreurs. Ce recalcul a donné lieu à la décision de l'Institution commune du 8 décembre 2003.
Contrôles effectués en 2004, sur les données de l'année 2003 livrées par les assureurs-maladie:
Contrôle auprès d'un échantillon de dix assureurs-maladie:
Ces contrôles, effectués auprès des assureurs-maladie 5 et 25 à 33, ont eu lieu entre mars et septembre 2004. Par ailleurs, ont eu lieu, en avril et septembre 2004, des contrôles subséquents auprès de deux assureurs-maladie, 16 et 34, à propos de contrôles par échantillon effectués les années précédentes.
Des erreurs ont été constatées dans les données de l'année 2003 fournies par certains de ces douze assureurs, en particulier concernant la prise en compte des mois d'assurance entamés en cas de suspension de l'obligation d'assurance en raison de service militaire d'une certaine durée.
Autres contrôles:
Rien n'est signalé à ce propos.
Chez quatre des assureurs dont les données de l'année 2003 ont révélé des erreurs, il a été constaté des erreurs analogues dans les données de l'année 2001. Ces assureurs ont remis à l'Institution commune les données corrigées pour l'année 2001 entre juin 2004 et début mai 2005. L'Institution commune a ensuite procédé à un nouveau calcul de la compensation définitive des risques 2001 tenant compte des données corrigées fournies par ces assureurs. Ce recalcul a donné lieu à la décision de l'Institution commune du 14 juillet 2005.
En outre, certaines erreurs constatées chez l'un de ces assureurs, dues à l'utilisation d'une version défectueuse d'un logiciel, ont conduit l'Institution commune à procéder à des vérifications chez d'autres assureurs utilisant le même logiciel; celles-ci ont montré que les données 2003 de ces assureurs présentaient le même type d'erreurs. Toutefois, ces erreurs ne figuraient pas dans les données de l'année 2001, car en 2002, la version défectueuse du logiciel n'était pas en service.
Q.
Invitée à se prononcer sur les informations contenues dans les courriers de l'Institution commune des 12 janvier et 9 mars 2009, résumées par le Tribunal administratif fédéral, A._______ a déclaré, dans son écriture du 20 mai 2009 (C-12/2006 TAF pce 17), maintenir les conclusions prises dans ses recours.
Elle s'étonne tout d'abord que les informations requises de l'autorité inférieure aient été communiquées les 12 janvier et 9 mars 2009, et relève qu'elle n'aurait pas été informée d'une prolongation de délai supplémentaire accordée à l'autorité inférieure au-delà du 17 décembre 2008, ni de la possibilité octroyée à cette dernière de compléter son premier envoi. La recourante fait valoir par ailleurs que le motif invoqué par l'autorité de céans pour refuser la consultation des pièces remises par l'Institution commune n'est pas fondé, les données contenues dans les documents fournis n'étant plus d'actualité et étant en principe, dans leur grande majorité, transmises à l'autorité de surveillance, qui les aurait publiées; elle considère en outre qu'il aurait été loisible de lui remettre des données anonymisées, quand bien même certains renseignements tombaient sous le coup du secret d'affaires. Enfin, A._______ constate que le résumé qui lui a été transmis est dépourvu de référence relative à son auteur, ainsi qu'à sa date, ce qui ne serait pas de nature à dissiper ses doutes quant à la portée du document. Elle ne serait dès lors pas en mesure, pour tous ces motifs, et également en raison des imprécisions et lacunes du résumé, de se prononcer de manière déterminante sur les pièces requises et obtenues par le Tribunal administratif fédéral, de sorte que leur utilisation à son désavantage violerait le droit d'être entendu.
La recourante souligne également qu'il est étrange que les nombreux contrôles effectués n'aient pas permis de détecter en temps utile les erreurs à l'origine du litige. Elle estime que le résumé qui lui a été soumis laisse entrevoir de graves dysfonctionnements dans l'activité de l'Institution commune, sans qu'il soit possible d'établir si l'absence de vérification des résultats des « autres contrôles », l'exécution seulement partielle de ces contrôles ou un quelconque autre manquement en est l'origine; elle considère toutefois que l'autorité inférieure était en mesure de connaître, en 2002 déjà, les erreurs contenues dans les données des assureurs-maladie et la suspecte d'avoir fait preuve d'un manque de diligence dans l'application des contrôles ou la vérification immédiate du résultat de ceux-ci.
A._______ relève encore que ce ne sont pas les enquêtes effectuées auprès d'un échantillon d'assureurs-maladie qui ont permis de découvrir des erreurs dans les données, mais les « autres contrôles » réalisés sur tous les assureurs, contrôles que l'autorité inférieure considérerait comme moins détaillés que les contrôles aléatoires. Ce fait remettrait en cause les allégations de l'Institution commune. Enfin, la recourante observe que le résumé ne permet pas d'identifier le type d'erreurs à l'origine du litige.
R.
Par ordonnances du 28 mars 2007, du 9 octobre 2008 et du 23 juillet 2009 (C-12/2006 TAF pces 2, 4, 18), le Tribunal administratif fédéral a informé les parties de la composition, puis de la modification du collège de juges amenés à statuer sur les présentes causes. Aucune demande de récusation n'a été adressée au Tribunal administratif fédéral.
1.1 Les affaires pendantes devant les commissions fédérales de recours ou d'arbitrage ou devant les services de recours des départements au 1er janvier 2007 sont traitées par le Tribunal administratif fédéral, dans la mesure où il est compétent (art. 53 al. 2 première phrase de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32]).
1.2 En vertu de l'art. 31 LTAF, le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA, prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 et à l'art. 34 LTAF. Demeurent réservées les exceptions - non réalisées en l'espèce - prévues à l'art. 32 LTAF.
Les actes entrepris constituent bien, en l'espèce, des décisions au sens de l'art. 5 PA, sujettes à recours (art. 44 PA), l'Institution commune qui les a rendues étant par ailleurs autorité au sens de l'art. 33 let. h LTAF en sa qualité de fondation accomplissant des tâches de droit public confiées par la Confédération. L'art. 15 de l'ordonnance du 12 avril 1995 sur la compensation des risques dans l'assurance-maladie (OCoR, RS 832.112.1) dispose en outre qu'en cas de litige sur l'exécution de la compensation des risques entre un assureur et l'Institution commune, celle-ci rend une décision au sens de l'art. 5 PA. Au surplus, l'art. 22 al. 1 de l'ordonnance du 27 juin 1995 sur l'assurance-maladie (OAMal, RS 832.102), qui, en relation avec l'art. 87 de la loi fédérale du 18 mars 1994 sur l'assurance-maladie (LAMal, RS 832.10), prévoit la compétence du tribunal des assurances du canton du siège de l'assureur en cas de litige entre celui-ci et l'institution commune, réserve l'art. 15 OCoR.
En conséquence, le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître des recours interjetés contre les décisions des 14 juillet et 18 novembre 2005, prises par l'Institution commune, en matière de compensation des risques.
1.3 Selon l'art. 37 LTAF, la procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement. Or, en vertu de l'art. 3 let. dbis PA, la procédure en matière d'assurances sociales n'est pas régie par la PA dans la mesure où est applicable la LPGA, entrée en vigueur le 1er janvier 2003. A cet égard, aux termes de l'art. 2 LPGA en relation avec l'art. 1 LAMal, les dispositions de la LPGA s'appliquent à l'assurance-maladie, à moins que la LAMal ne déroge expressément à la LPGA, ce qui n'est pas le cas s'agissant de la compensation des risques. En outre, sauf dispositions légales contraires, les nouvelles règles de procédure s'appliquent dès leur entrée en vigueur à toutes les causes qui sont encore pendantes.
1.4 La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure, est spécialement touchée par les décisions attaquées et a un intérêt digne de protection à ce qu'elles soient annulées ou modifiées (art. 48 al. 1 PA). Elle a, partant, la qualité pour recourir.
Dans la mesure en outre où les recours ont été introduits dans le délai et la forme prescrits (art. 50 et 52 PA), et que l'avance de frais requise a été versée dans le délai imparti, l'autorité de céans doit entrer en matière sur les recours.
Les recours des 24 août et 13 décembre 2005 ont été formés par la même caisse-maladie contre deux décisions émanant de la même autorité et reposant sur un même état de faits, la seconde décision n'ayant été rendue qu'en raison du résultat de la première. Ces recours soulèvent dans une large mesure des griefs identiques et portent sur des questions de droit communes. Il se justifie par conséquent, en vertu du principe de l'économie de la procédure, de joindre les causes et de statuer par un seul arrêt (PIERRE MOOR, Droit administratif, vol. II, Les actes administratifs et leur contrôle, 2e éd., Berne 2002, par. 2.2.4.7).
3.1 Au cours de l'instruction de la présente cause, l'Institution commune a remis à l'autorité de céans, à la demande de cette dernière, deux courriers, des 12 janvier et 9 mars 2009, et un certain nombre de documents, annexés au courrier du 12 janvier 2009, constitués notamment de rapports de l'organe de révision de l'Institution commune établis suite aux contrôles effectués auprès de certains assureurs et des données chiffrées transmises par les assureurs à l'Institution commune dans le cadre de la compensation des risques; l'autorité inférieure a requis que la protection des données soit observée à l'égard de ces informations.
En vertu de l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) et de l'art. 26 PA, les parties ont le droit d'être entendues et, notamment, de consulter les pièces versées au dossier. L'art. 27 al. 1 PA permet cependant à l'autorité de refuser exceptionnellement la consultation de pièces, si des intérêts privés importants, en particulier ceux de parties adverses, mais également ceux de tiers ne participant pas à la procédure, exigent que le secret soit gardé (let. b; Stephan C. Brunner in: Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren (VwVG), Auer/Müller/Schindler [éd.], Zurich 2008, n. 28 ad art. 27); la sauvegarde des secrets d'affaires peut justifier une telle mesure (ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, p. 148 n. 3.96 ss; Stephan C. Brunner, op. cit. n. 30 ad art. 27).
Le secret d'affaires concerne une information qui peut avoir une incidence sur le résultat commercial, telle que par exemple des connaissances relatives à l'organisation de l'entreprise, à la calculation des prix, aux accords avec des clients ou des fournisseurs, aux relations bancaires ou encore aux salaires, autrement dit tous les faits de la vie économique pour lesquels l'entreprise a un intérêt digne de protection au maintien du secret (arrêt du Tribunal fédéral 6B_496/2007 du 9 avril 2008 consid. 5; arrêt du Tribunal pénal fédéral SK.2007.3 du 12 juin 2007). Or, les informations et documents remis par l'autorité inférieure, tels que les rapports de son organe de révision suite aux contrôles effectués auprès de certains assureurs ou les données chiffrées transmises par les assureurs à l'Institution commune dans le cadre de la compensation des risques, contiennent des éléments détaillés, pour lesquels un assureur-maladie a un intérêt digne de protection au maintien du secret, comme par exemple la structure de ses assurés, et qui seraient susceptibles, en cas de divulgation, de procurer à la recourante des informations sur ses concurrents; celle-ci a d'ailleurs reconnu, dans son écriture du 20 mai 2009, que certains renseignements tombaient sous le coup du secret d'affaires. Par ailleurs, contrairement à ce que soutient A._______, le Tribunal de céans considère que les renseignements fournis par l'autorité inférieure, dont les derniers en date sont de 2005, sont suffisamment récents et détaillés pour être utiles entre concurrents. En outre, une simple anonymisation de ces documents n'aurait pas constitué une protection suffisante pour les assureurs concernés, les rapports de l'organe de révision de l'Institution commune, notamment, étant suffisamment précis pour que soit reconnaissable, malgré l'anonymisation, l'assureur dont il s'agit. Quant aux données chiffrées, une version anonymisée les aurait rendues inutilisables, en raison même de l'étendue de l'anonymisation qui se serait révélée nécessaire. Enfin, l'art. 14 OCoR impose à l'Institution commune de garder le secret sur les données qui permettent de déceler l'identité d'un assureur, les tiers chargés de traiter les données étant également tenus de garder le secret du celles-ci.
L'autorité de céans considère dès lors qu'il convient d'accéder à la requête de l'Institution commune et de conserver, dans le présent arrêt, la forme anonymisée et résumée, s'agissant des assureurs et des informations contenues dans les courriers des 12 janvier et 9 mars 2009, que la Cour a utilisée dans sa décision incidente du 16 avril 2009, contre laquelle la recourante n'a au demeurant pas recouru, pour faire part à cette dernière du contenu essentiel de ces courriers, dans le respect de la règle de l'art. 28 PA et du droit d'être entendu.
3.2 Le Tribunal de céans relève encore qu'il lui appartient, dans les limites de l'art. 32 PA, de juger de l'importance des allégués et des pièces présentées par les parties, et de décider s'il convient de les prendre en considération, qu'ils aient été versés au dossier dans les délais impartis ou pas. La Cour ajoute enfin, s'agissant du résumé établi sur la base des informations et documents remis par l'autorité inférieure dans ses réponses du 12 janvier 2009 et du 9 mars 2009, qu'il a été transmis à la recourante joint à une décision incidente du Tribunal, qui est datée du 16 avril 2009, porte la signature du juge instructeur et fait clairement référence au résumé.
4.1 Le Tribunal administratif fédéral examine les décisions attaquées avec un plein pouvoir de cognition (art. 49 PA). La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (let. b), ou l'inopportunité, s'agissant d'un recours contre une autorité fédérale (let. c). Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office. Il n'est pas lié par les motifs invoqués à l'appui du recours (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation développée dans la décision entreprise (Moor, op. cit., vol. II, par. 2.4.5.2, n. 2.2.6.5).
En l'espèce, la recourante estime que les décisions litigieuses de l'Institution commune des 14 juillet et 18 novembre 2005 concernant la compensation définitive des risques 2001, dont la première modifie la décision du 8 décembre 2003 en raison d'erreurs découvertes lors de contrôles de données effectués auprès d'un échantillon d'assureurs, violent le principe relatif à la force formelle et matérielle de chose décidée, ainsi que celui de la sécurité du droit. Elle considère en outre que l'autorité inférieure était en mesure de connaître, dès le départ, soit en 2002 déjà, les erreurs contenues dans les données des assureurs-maladie et qu'elle aurait ainsi fait preuve d'un manque de diligence lors des contrôles entrepris, voire même que son activité souffrirait de graves dysfonctionnements. En tout état de cause, la recourante constate la prescription, si ce n'est la péremption, des montants qui lui sont réclamés au titre de la compensation définitive des risques 2001.
4.2 Selon les principes généraux du droit intertemporel, est applicable en cas de changement de règles de droit la législation en vigueur lors de la réalisation de l'état de fait qui doit être apprécié juridiquement ou qui a des conséquences juridiques (ATF 130 V 329 consid. 2.3). Le Tribunal fédéral a cependant précisé que lorsqu'il s'agit de décider si un acte administratif doit être révoqué, l'autorité compétente à cet effet doit prendre en considération la situation juridique existante au moment de l'éventuelle révocation (ATF 100 Ib 94 consid. 3; Moor, op. cit., vol. II, par. 2.4.3.2). En l'espèce, bien qu'il s'agisse de la détermination de la compensation définitive des risques 2001, il s'avère que la première des décisions entreprises, du 14 juillet 2005, a révoqué la décision précédente de l'Institution commune du 8 décembre 2003; la seconde des décisions entreprises, du 18 novembre 2005, dépendait du résultat de la première. Sont par conséquent applicables à la présente cause les normes qui étaient en vigueur au moment des décisions contestées.
4.3 Il convient dès lors d'examiner, dans un premier temps, si c'est à juste titre que le 14 juillet 2005, l'autorité inférieure a rendu d'office, en raison d'erreurs découvertes lors de contrôles de données effectués auprès d'un échantillon d'assureurs, une nouvelle décision à l'adresse de la recourante, calculant à nouveau la compensation définitive des risques 2001 et modifiant, en l'annulant, sa décision antérieure du 8 décembre 2003, entrée en force.
La compensation des risques est régie par l'art. 105 LAMal et par l'OCoR. Limitée dans un premier temps à une durée de dix ans dès l'entrée en vigueur de la LAMal (art. 105 al. 4 LAMal), soit jusqu'au 31 décembre 2005, la validité de la compensation des risques a été prolongée de cinq ans au-delà de l'échéance prévue (art. 105 al. 4bis LAMal, introduit par le ch. I de la loi fédérale du 8 octobre 2004, en vigueur dès le 1er janvier 2005 [RO 2005 1071]; art. 17 al. 5 OCoR introduit par le ch. I de l'ordonnance du 9 novembre 2005, en vigueur depuis le 1er janvier 2006 [RO 2005 5643]).
5.1 L'Institution commune prévue à l'art. 18 LAMal gère la compensation des risques (art. 7 al. 1 OCoR). Créée sous la forme d'une fondation au sens des art. 80ss du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210) par les deux associations faîtières des assureurs-maladie (aujourd'hui santésuisse et l'Association suisse d'assurances [ASA]), l'Institution commune a débuté son activité avec l'entrée en vigueur de la LAMal, au 1er janvier 1996. Elle accomplit les tâches qui lui sont assignées par la LAMal, dont la compensation des risques (art. 105 al. 1 LAMal), et celles qui lui sont confiées par le Conseil fédéral ou les assureurs-maladie en vertu de la LAMal. Pour financer ces tâches, l'Institution commune reçoit des contributions de la part des assureurs conformément à l'art. 18 al. 5 et al. 6 LAMal; en particulier, les assureurs supportent les frais d'administration liés à la compensation des risques, proportionnellement au nombre de leurs affiliés à l'assurance obligatoire des soins (art. 9 OCoR). Les organes de l'Institution commune se composent du conseil de fondation (quatre membres élus par santésuisse et un membre élu par ASA), qui, s'agissant de la compensation des risques, doit veiller à ce que celle-ci soit accomplie en tenant compte des fondements légaux (art. 2.1 du règlement de fondation), de la direction et de l'organe de révision.
5.2 Sous l'empire de l'ancienne loi fédérale du 13 juin 1911 sur l'assurance en cas de maladie et d'accidents (LAMA, RS 8 283), un phénomène de désolidarisation dans l'assurance-maladie sociale a été observé: les jeunes assurés s'étaient affiliés à des caisses financièrement plus intéressantes, provoquant une division des collectifs de risque des caisses-maladie en assurés jeunes et assurés âgés et créant des différences au niveau des coûts des soins comme au niveau des primes. La compensation des risques a été introduite en vue de lutter contre le développement de cette non-solidarité, afin d'équilibrer les structures de risque des assureurs, d'encourager la concurrence entre caisses-maladie dans le sens d'une réduction des coûts, de réduire voire d'éliminer l'incitation pour les assureurs-maladie de se ménager un avantage par rapport à la concurrence en procédant à l'embauche de « bons risques » (hommes et personnes jeunes), respectivement au débauchage de « mauvais risques » (femmes et personnes âgées; sélection des risques) et d'éviter les disparités de primes qui en résulteraient. Ainsi la compensation des risques est destinée à compenser les différences de coût des assurés en fonction de leur sexe et de leur âge (FF 1999 7136, p. 7138-7139, FF 2001 693, p. 703-704 et 718-719).
5.3 La base légale pour la compensation des risques a été crée sous la forme de l'art. 105 LAMal. Aux termes de cet article, les assureurs dont les effectifs de femmes et de personnes âgées assurées sont inférieurs à la moyenne de l'ensemble des assureurs doivent verser une contribution à l'Institution commune en faveur des assureurs dont les effectifs de femmes et de personnes âgées assurées dépassent cette moyenne; cette contribution est destinée à compenser entièrement les différences moyennes des frais entre les groupes de risques déterminants (al. 1). La comparaison s'effectue, par canton et pour chaque assureur, sur la base de l'effectif des assurés (al. 2). L'Institution commune procède à la compensation des risques entre assureurs pour chaque canton (al. 3). Le mode de calcul de la compensation des risques fait ainsi en sorte que la somme des versements au fonds de compensation corresponde exactement aux contributions versées par celui-ci. L'al. 5 prévoit encore que le Conseil fédéral règle la perception d'intérêts moratoires et le versement des intérêts rémunératoires, ainsi que le délai au terme duquel l'Institution commune peut refuser de procéder à un nouveau calcul de la compensation des risques.
Il appartient ainsi à l'Institution commune de déterminer le montant des redevances de risque et des contributions de compensation sur la base des données fournies par les assureurs et de communiquer à chacun d'entre eux le solde qui le concerne (art. 7 al. 2 OCoR).
5.4 Pour le calcul des redevances de risque versées par les assureurs à l'Institution commune et des contributions de compensation versées par l'Institution commune aux assureurs, sont déterminants les effectifs des assurés et les coûts qu'ils occasionnent dans l'année civile pour laquelle la compensation des risques a lieu (année de compensation; 2001 en l'espèce; art. 6 al. 1 OCoR). Les redevances de risque et les contributions de compensation sont fixées à titre provisoire durant l'année de compensation. Le calcul provisoire s'effectue sur la base des effectifs d'assurés et des coûts de l'année civile antérieure à l'année de compensation. Quant aux redevances de risque et contributions de compensation définitives, elles sont fixées au cours de l'année qui suit l'année de compensation (art. 6 al. 2 et al. 3 OCoR).
5.5 Tous les assureurs qui pratiquent l'assurance obligatoire des soins doivent livrer les données nécessaires à la compensation des risques (art. 1 al. 2 OCoR). Ils fournissent à l'Institution commune leurs données réparties par canton, par groupe de risques, par sexe et par année civile, concernant les effectifs (nombre de mois assurés), les coûts et les participations aux coûts selon les directives de l'Institution commune, et ce, jusqu'à fin avril de l'année de compensation - 2001 en l'espèce - et de celle qui la suit (art. 10 al. 1 et al. 2 OCoR). Par ailleurs, les organes de révision des assureurs remettent à l'Institution commune un rapport sur l'exactitude et l'exhaustivité des données fournies, qui sont également vérifiées par l'Institution commune et son organe de révision au moyen d'enquêtes effectuées chaque année auprès d'un échantillon d'assureurs (art. 11 al. 1 et al. 2 OCoR).
5.6 L'art. 12 OCoR règle, quant à lui, les délais des paiements qui doivent avoir lieu chaque année de compensation, à savoir un acompte, dû au 15 février de l'année de compensation par les assureurs et au 15 mars de l'année de compensation par la compensation des risques, un versement résultant du calcul provisoire, dû au 15 août de l'année de compensation par les assureurs et au 15 septembre de l'année de compensation par la compensation des risques, ainsi qu'un versement résultant du calcul définitif, dû au 15 novembre de l'année qui suit l'année de compensation par les assureurs et au 15 décembre de cette même année par la compensation des risques.
5.7 L'OCoR dispose enfin que lorsque les assureurs annoncent une erreur dans la remise des données plus de trente jours après la communication du solde, l'Institution commune peut refuser de recalculer la compensation des risques (art. 10 al. 3 OCoR).
6.1 En l'espèce, l'Institution commune a rendu, le 14 juillet 2005, une nouvelle décision relative à la calculation de la compensation définitive des risques 2001, aux motifs que « dans le cadre [du] contrôle effectué au moyen d'enquêtes menées auprès d'un échantillon d'assureurs, différentes erreurs ont été constatées dans les données fournies par divers assureurs-maladie pour la compensation définitive des risques 2001 » et que « le conseil de fondation de l'Institution commune LAMal a, en raison de ces erreurs dans la remise des données, décidé que la compensation définitive des risques 2001 devait faire l'objet d'une nouvelle calculation ». Il en a résulté un avoir total en faveur de la recourante, après nouvelle calculation, de Fr. 27'781'244.-, au lieu de Fr. 27'822'277.-, montant en faveur de A._______ avant la nouvelle calculation, fixé dans le décompte précédent du 8 décembre 2003, objet de la décision datée du même jour, soit une différence de Fr. 41'033.- en faveur de la compensation des risques.
Il s'avère ainsi que la décision de l'autorité inférieure du 14 juillet 2005 modifie l'acte précédent du 8 décembre 2003, lequel, n'ayant fait l'objet d'aucune contestation, était entré en force lorsque l'Institution commune a rendu la décision entreprise, ce qu'elle a fait dans les mêmes formes et dans la même procédure que l'acte modifié, les mêmes voies de recours étant en outre ouvertes.
6.2 Or, comme cela a été dit ci-avant (voir consid. 1.2), les décisions prises par l'Institution commune en matière de compensation des risques, fondées sur le droit public fédéral, sont des décisions administratives. Ainsi, elles sont d'une part la manifestation de la puissance publique, laquelle ne peut se passer de la possibilité de corriger un vice affectant la régularité de l'acte; d'autre part, elles déterminent la situation juridique d'administrés qui doivent légitimement pouvoir compter sur la stabilité et la sécurité des relations créées par la décision.
L'entrée en force, la révocation et la révision, d'office ou sur demande, d'une décision administrative sont régies par le droit administratif. Ainsi, une décision définitive bénéficie-t-elle de la force de chose décidée ou autorité formelle de chose décidée: l'application du régime qu'elle établit est conforme à l'ordre juridique, même si, en réalité, il est permis de penser que la décision est viciée. Or, cette décision, ainsi entrée en force, peut être remise en cause. En effet, le principe de l'autorité matérielle de chose décidée, connu en procédure civile et qui exclurait une telle remise en cause, n'est en règle générale pas admis en droit administratif pour les décisions prises en première instance. Quand bien même la sécurité du droit n'en est pas exclue, l'application correcte de la loi a, en droit public, une dimension supplémentaire, celle de l'exécution d'une tâche publique, qui doit être exercée d'office, le cas échéant même au prix de la modification d'une décision prise, de sorte que l'administration peut défaire seule ce qu'elle a fait seule, dans la mesure où l'exercice objectif de ses attributions le justifie. La décision est par ailleurs un acte de statut public, dont découle la confiance que les administrés peuvent y placer; cette ambiguïté, inhérente à la décision, explique le régime complexe de sa modification (Moor, op. cit., vol. II, par. 2.4.1; Benoît Bovay, Procédure administrative, Berne 2000, p. 285 ss).
6.3 Ni la LAMal, ni l'OCoR ne règlent la modification par l'Institution commune des décisions qu'elle prend dans le cadre de la compensation des risques, ni le nouveau calcul de la compensation des risques à entreprendre d'office, l'ordonnance se limitant à prévoir une possibilité restreinte de recalcul de la compensation des risques à la demande des assureurs, lorsque ceux-ci annoncent une erreur dans la remise des données (art. 10 al. 3 OCoR). Quant à la PA, si l'on fait abstraction de l'art. 58 al. 1 PA, qui permet à l'autorité inférieure, dans le cadre d'une procédure de recours, de procéder à un nouvel examen de la décision attaquée jusqu'à l'envoi de sa réponse, elle ne contient pas de dispositions concernant la procédure de réexamen des décisions de première instance entrées en force. L'art. 66 PA institue cependant une procédure de révision, d'office ou à la demande d'une partie, des décisions rendues par l'autorité de recours. Aussi, et malgré le silence de la PA, la procédure de nouvel examen n'est-elle pas inconnue du droit administratif fédéral (ATF 109 Ib 246 consid. 4a).
6.4 Ainsi que le relèvent les parties, le Tribunal fédéral a établi, pour les cas précisément où aucune disposition légale ne règle la matière, des principes qui permettent à l'autorité de déterminer si elle peut procéder à la révocation d'une décision, formellement en force, qu'elle a prise. Ces règles, ramenées à l'époque à l'art. 4 de l'ancienne Constitution fédérale de la Confédération suisse du 29 mai 1874, ont rang constitutionnel.
Selon cette jurisprudence constante (ATF 115 Ib 152 consid. 3a, ATF 107 Ib 35 consid. 4a, ATF 105 Ia 315 consid. 2, ATF 103 Ib 241 consid. 3b), il découle du caractère impératif du droit public qu'un acte administratif qui ne concorde pas avec le droit positif puisse être modifié. Les motifs de la modification tiennent à l'irrégularité de l'acte administratif. Celle-ci peut avoir sa cause dans une erreur de fait, qui rend l'acte illégal par son contenu ou sans laquelle il n'aurait pas été pris; l'illégalité peut également avoir été purement juridique. En outre, l'irrégularité peut avoir affecté l'acte dès son origine et avoir échappé, et à l'autorité, et aux personnes qui auraient pu recourir; elle peut aussi être postérieure à l'acte (Moor, op. cit., vol. II, par. 2.4.3.2 et 2.4.3.3).
Cependant, une décision administrative qui n'est pas ou qui n'est plus conforme au droit en vigueur n'est pas, nécessairement et de ce seul fait, révocable: il doit y avoir un intérêt public à ce qu'elle soit corrigée. En outre, la sécurité du droit (ou principe de la confiance) peut imposer qu'un acte, qui a constaté ou créé une situation juridique, ne puisse pas être mis en cause. Ainsi, en l'absence de règles sur la révocation prévues dans la loi, il convient de comparer les intérêts en présence. Seront de la sorte mis en balance d'une part l'intérêt à une application correcte du droit objectif, d'autre part l'intérêt à la sécurité des relations juridiques. Le postulat de la sécurité du droit l'emporte en principe lorsque la décision en cause a créé un droit subjectif au profit de l'administré, ou lorsque l'administré a déjà fait usage de la décision, ou encore lorsque la décision est intervenue au terme d'une procédure au cours de laquelle les divers intérêts en présence ont fait l'objet d'un examen approfondi. Cette règle n'est toutefois pas absolue, et la révocation peut intervenir même dans l'une des trois hypothèses précitées lorsqu'elle est commandée par un intérêt public particulièrement important, ou encore en cas de survenance de faits nouveaux ou de nouvelles découvertes scientifiques, comme en cas de changement de législation, ou lorsque existe un motif de révision au sens de l'art. 66 PA (ATF 109 Ib 246 consid. 4b, ATF 100 Ib 299 consid. 2). Au contraire, même lorsqu'aucune de ces trois hypothèses n'est réalisée, la seule irrégularité de la décision ne justifie pas nécessairement sa modification: ici encore il y a lieu de procéder à une balance des intérêts. Dans la règle, dès lors qu'un intérêt public réel existe, l'exigence d'une application uniforme du droit en vigueur, conforme au principe de l'égalité de traitement, l'emporte sur les inconvénients que subit l'administré.
La révocation entraîne la caducité de la décision antérieure.
6.5 Dans le domaine des assurances sociales toutefois, la jurisprudence du Tribunal fédéral (ATF 126 V 23 consid. 4b, ATF 121 V 1 consid. 6, ATF 108 V 167 consid. 2b, ATF 102 V 13 consid. 3a; SJ 1985 p. 304; Moor, op. cit., vol. II, par. 2.4.5.2) s'est quelque peu écartée de celle exposée précédemment. Deux situations notamment peuvent être distinguées, qui, toutes deux, visent une irrégularité présente à l'origine. En effet selon un principe général du droit des assurances sociales, l'administration peut revenir sur un acte formel qui n'a pas été attaqué en justice lorsque celui-ci est manifestement erroné et que sa correction revêt une importance notable. On parle alors de « reconsidération », consacrée à l'art. 53 al. 2 LPGA. En outre, par analogie avec la révision des décisions rendues par les autorités judiciaires, l'administration est tenue de revenir sur ses décisions entrées en force si des « faits nouveaux », antérieurs à ces décisions, ou de « nouveaux moyens de preuve », de nature à conduire à une appréciation juridique différente, sont découverts. On parle alors de « révision au sens procédural ». Ce dernier principe, reconnu de longue date et consacré à l'art. 53 al. 1 LPGA, a une portée générale et s'applique dans l'ensemble du droit des assurances sociales, même en l'absence de dispositions légales expresses sur la révision, par l'administration, de ses décisions entrées en force. En outre, la jurisprudence rendue à ce propos reste valable après l'entrée en vigueur de la LPGA (arrêt du Tribunal fédéral I 8/05 du 31 janvier 2006 consid. 1).
6.5.1 Pour juger s'il est admissible de reconsidérer une décision, au motif qu'elle est sans nul doute erronée, il faut se fonder sur la situation juridique existant au moment où cette décision a été rendue, compte tenu de la pratique en vigueur à l'époque (ATF 125 V 383 consid. 3). Par le biais de la reconsidération, une application initiale erronée du droit, de même qu'une constatation erronée des faits peuvent être corrigées (arrêt du Tribunal fédéral 9C_71/2008 du 14 mars 2008 consid. 2). Un motif de reconsidération n'entre en ligne de compte que si la décision initiale apparaît manifestement erronée à la lumière des exigences valables à l'époque de son prononcé, et non pas à l'aune de critères plus restrictifs actuels (arrêt du Tribunal fédéral 9C_45/2007 du 25 septembre 2007 consid. 3.2 et les références). Un changement de pratique ou de jurisprudence ne saurait en principe justifier une reconsidération (ATF 135 V 215 consid. 5.1.1, ATF 129 V 200 consid. 1.2). Pour des motifs de sécurité juridique, l'irrégularité doit être manifeste. En particulier, les organes d'application ne sauraient procéder en tout temps à une nouvelle appréciation de la situation après un examen approfondi des faits. Si la décision initiale paraît admissible compte tenu de la situation antérieure de fait et de droit, il n'y a pas place pour une reconsidération; s'il subsiste des doutes raisonnables sur le caractère erroné de la décision initiale, les conditions de la reconsidération ne sont pas remplies (arrêts du Tribunal fédéral 9C_71/2008 du 14 mars 2008 consid. 2, 9C_575/2007 du 18 octobre 2007 consid. 2.2 et I 907/2006 du 7 mai 2007 consid. 3.2.1).
6.5.2 S'agissant de la révision procédurale, il faut comprendre par « faits nouveaux » ou « nouveaux moyens de preuve » ceux qui existaient au moment de la décision maintenant entrée en force, mais que l'administration qui a rendu cette décision ou l'assuré qui en demande la révision, ignorait alors, respectivement ne détenait pas, et cela bien que toute l'attention nécessaire ait été déployée. La décision à réviser doit donc avoir été fondée, dès l'origine, sur un état de faits erroné ou incomplet, ce que l'administration ou l'assuré ne savait pas sans qu'il y ait eu faute de l'une ou de l'autre, et que l'on découvre par la suite. Les preuves nouvelles doivent servir à prouver soit les faits nouveaux importants qui motivent la révision, soit des faits qui étaient certes connus lors de la procédure précédente, mais qui n'avaient pas pu être prouvés. Faits et preuves nouveaux doivent être pertinents, et ils le sont s'il y a lieu d'admettre qu'ils eussent conduit à une décision différente s'ils avaient été connus à temps (arrêt du Tribunal fédéral C 176/06 du 5 juillet 2007 consid. 3.2.2; Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, Zurich 2003, ch. 7 à 13 ad art. 53 LPGA; Moor, op. cit., vol. II, par. 2.4.4.1; Thomas Locher, Grundriss des Sozialversicherungsrechts, 3e éd., Berne 2003, p. 466 ss; Alfred Maurer, Das neue Krankenversicherungsrecht, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1996, p. 166). Dans une telle situation, l'administration doit modifier sa décision.
6.6 Dans le cas d'espèce, l'Institution commune a procédé, par décision du 14 juillet 2005, à une nouvelle calculation de la compensation définitive des risques 2001, modifiant d'office l'acte du 8 décembre 2003 en raison d'erreurs contenues dans les données fournies par divers assureurs-maladie pour la compensation définitive des risques 2001 et découvertes lors de contrôles effectués auprès d'un échantillon d'assureurs-maladie.
Or, il convient de préciser, à la lecture du dossier, que l'autorité inférieure, au moment de rendre la décision du 14 juillet 2005, n'a pas constaté les erreurs figurant dans les données de l'année 2001 ayant conduit à la recalculation de la compensation définitive des risques 2001 en procédant à un nouveau contrôle des données de l'année 2001 auprès d'un échantillon d'assureurs, mais en effectuant au cours de l'année 2004, comme elle y est tenue, un contrôle auprès d'un échantillon d'assureurs des données de l'année 2003 fournies par les caisses-maladie dans le cadre de la compensation définitive des risques 2003. Ce contrôle aléatoire a mis à jour des erreurs dans les données de l'année 2003 de certains assureurs, en raison desquelles il a été vérifié, auprès de ces assureurs, si des erreurs analogues figuraient dans les données remises par eux notamment pour la compensation définitive des risques 2001; ceci s'est avéré être le cas pour quatre d'entre eux. Il s'agit donc bien là de faits nouveaux, qui existaient déjà au moment du calcul de la compensation définitive des risques 2001 objet de la décision du 8 décembre 2003, mais que l'autorité inférieure n'a découverts que subséquemment, à l'occasion et au travers de contrôles effectués en 2004 sur les données de l'année 2003. La décision du 8 décembre 2003 était dès lors fondée sur un état de faits erroné, ce que la recourante ne conteste d'ailleurs pas.
On ne saurait ainsi soutenir que les conditions d'une reconsidération étaient satisfaites en l'espèce, dans la mesure notamment où la décision du 8 décembre 2003 n'était pas manifestement erronée, puisqu'au moment où elle a été rendue, elle s'appuyait sur des données fiables, contrôlées par l'Institution commune et corrigées par les assureurs, lorsque cela s'était avéré nécessaire. Etant donné que des faits nouveaux ont été découverts, révélant le caractère erroné de la décision du 8 décembre 2003 entrée en force, il s'agit bien plutôt de considérer que l'autorité inférieure a procédé, par la décision du 14 juillet 2005, à la révision de son acte précédent. Cependant, des faits nouveaux ne justifient la révision d'une décision que s'ils sont pertinents et si la partie qui s'en prévaut ignorait lesdits faits ou n'était pas en mesure de les faire valoir au cours de la procédure antérieure, et cela bien que toute l'attention nécessaire ait été déployée. Il sied dès lors d'examiner à présent si ces conditions étaient remplies en l'espèce, justifiant le prononcé de la décision entreprise.
7.1 Dans le cadre de la compensation des risques, l'Institution commune a pour tâche, conformément à l'OCoR, de calculer chaque année le montant des redevances de risque et des contributions de compensation sur la base des données fournies par les assureurs, et de communiquer à chacun d'eux le solde qui le concerne, ce que l'autorité inférieure fait généralement, à tout le moins pour la compensation définitive des risques 2001, au moyen d'une décision. L'Institution commune doit également, avec son organe de révision, vérifier l'exactitude et l'exhaustivité des données fournies par les caisses-maladie au travers d'enquêtes effectuées auprès d'un échantillon d'assureurs (art. 11 al. 2 OCoR).
7.1.1 A la lecture de l'OCoR, l'on constate que si les dispositions de l'ordonnance, qui se limitent à prévoir que des contrôles doivent être menés auprès d'un échantillon d'assureurs, ne règlent pas en détail la procédure de contrôle des données de ces assureurs par l'Institution commune et son organe de révision - en particulier elles ne prévoient pas de délai dans lequel le contrôle des données devrait être effectué pour une année de compensation déterminée -, elles en donnent toutefois un cadre général. Ainsi, chaque année de compensation, tant certains assureurs-maladie que l'Institution commune doivent verser, à des dates précises, mais au plus tôt le 15 août (pour les assureurs), des montants résultant de calculs, définitif et provisoire, effectués par l'Institution commune et fondés sur des données que les assureurs doivent avoir livrées au plus tard à la fin du mois d'avril de cette année-là et que l'Institution commune et son organe de révision doivent vérifier. L'autorité inférieure ne disposerait donc que de quelques mois pour procéder aux contrôles des données et communiquer aux assureurs le solde qui les concerne.
L'Institution commune a dès lors établi une pratique en matière de contrôles des données, qu'elle décrit dans sa réponse du 31 janvier 2006 et dont elle informe les assureurs, notamment par courrier.
Ainsi choisit-elle chaque année les assureurs-maladie qui devront faire l'objet d'un contrôle. Constitué en règle générale de cinq assureurs jusqu'à fin 2002, l'échantillon a été élargi à dix assureurs à partir de 2003, par décision du conseil de fondation de l'Institution commune, et ce afin d'augmenter la sécurité des données (enquêtes ordinaires; courrier de l'Institution commune aux assureurs-maladie du 23 juillet 2002). L'Institution commune peut en outre faire procéder à d'autres enquêtes si, par exemple, sur la base des données recensées chaque année, des doutes existent concernant l'exactitude des données de certains assureurs-maladie (enquêtes extraordinaires). Ces contrôles, auxquels l'organe de révision de l'Institution commune procède annuellement, concernent toujours, en principe, les données qui constituent la base de la compensation définitive des risques à calculer durant l'année civile en question, soit les données de l'année précédente. Il est essentiellement vérifié si les mois assurés, les coûts et les participations aux coûts par canton, par groupe d'âge et par sexe pour la compensation des risques ont été indiqués complètement et correctement, et si les données fournies concernent uniquement l'assurance obligatoire des soins et non des prestations en rapport avec les assurances complémentaires (courrier de l'Institution commune aux assureurs-maladie du 23 juillet 2002).
Au vu des documents versés au dossier concernant les contrôles par échantillon effectués durant les années 2002 à 2004, qui confirment par ailleurs la pratique décrite par l'Institution commune en matière de contrôle des données, on observe que ces contrôles ont généralement lieu durant les mois immédiatement avant et après la publication du solde de la compensation définitive des risques, que l'Institution commune adresse si possible aux assureurs jusqu'à fin juin au plus tard.
En outre, bien que l'OCoR ne le prévoie pas, il ressort en particulier du courrier de l'Institution commune aux assureurs-maladie du 4 septembre 2002 et des informations et documents remis en date du 12 janvier 2009 et du 9 mars 2009 à l'autorité de céans, qui les a résumés en annexe de sa décision incidente du 16 avril 2009, que chaque année, après la livraison, par les assureurs-maladie, des données pour la compensation des risques, soit environ à partir de la fin du mois d'avril, et avant le calcul de la compensation des risques, l'Institution commune procède également, sur les données de tous les assureurs, à différents contrôles (« Autres contrôles »; voir Faits P.a), notamment à la comparaison des données livrées par les assureurs avec des données en provenance d'autres sources, telles que les données que l'OFSP met à sa disposition (données de surveillance notamment).
7.1.2 Or, en application de la pratique de l'Institution commune en matière de contrôle des données fournies par les assureurs-maladie dans le cadre de la compensation des risques, qui, au vu de ce qui précède, respecte les exigences de l'OCoR, l'autorité inférieure a effectué, entre mars et mai 2003, des contrôles relatifs aux données de l'année 2002, auprès d'un échantillon de dix caisses-maladie. L'organe de révision de l'Institution commune s'est donc rendu chez les assureurs 11 à 20 et a constaté des erreurs dans les données de l'année 2002 de certains d'entre eux, erreurs généralement corrigées par les assureurs concernés avant le calcul ordinaire de la compensation définitive des risques 2002. L'Institution commune a en outre procédé, dès fin avril 2003, aux « autres contrôles » sur les données de l'année 2002 de toutes les caisses-maladie et a décelé des erreurs dans les données de quatre assureurs, soit les assureurs 21, 22, 23 et 1. Comme elle l'a fait lors du contrôle des données de l'année 2003 en 2004, l'autorité inférieure a alors également vérifié, auprès des assureurs dont les données de l'année 2002 contenaient des erreurs, si des erreurs analogues figuraient dans les données remises par eux notamment pour la compensation définitive des risques 2001. Il en a résulté qu'il n'existait pas, chez les assureurs contrôlés par échantillon, d'erreurs analogues dans leurs données de l'année 2001 ou que les incidences de ces erreurs étaient si marginales que l'Institution commune a renoncé à leur correction dans les données de l'année 2001; en revanche, il s'est avéré que les erreurs découvertes par le biais des « autres contrôles » dans les données de l'année 2002 d'un des quatre assureurs 21, 22, 23 et 1 se trouvaient également dans les données de l'année 2001 de ce même assureur. Ceci a donné lieu à un recalcul de la compensation définitive des risques 2001, ce dont les assureurs ont été préalablement informés par courrier de l'Institution commune du 7 novembre 2003, recalcul qui a fait l'objet de la décision du 8 décembre 2003, entrée en force, et dont il a résulté un avoir en faveur de la recourante de Fr. 319'890.-.
7.1.3 Au vu de ce qui précède, l'autorité de céans observe que lors du prononcé de sa décision du 8 décembre 2003, l'Institution commune a agi conformément à sa pratique, en effectuant tant les contrôles par échantillon requis par l'OCoR, que les « autres contrôles ». Il sied de noter en outre qu'en raison du système de contrôles par échantillon, l'organe de révision de l'Institution commune ne vérifie pas chaque année les données de tous les assureurs, mais seulement d'une partie d'entre eux; ainsi a-t-il en 2004 effectué des contrôles auprès des assureurs 5, 16 et 25 à 34, découvrant de cette manière des erreurs dans les données de l'année 2003, erreurs qui se trouvaient également dans celles des années 2001 et 2002 des assureurs 5, 25, 31 et 34, qui n'avaient cependant pas subi de contrôle par l'organe de révision en 2003, sur leurs données de l'année 2002, sans que l'on puisse le reprocher à l'Institution commune puisque tel est le système prévu dans l'ordonnance.
Quant à la qualité et à l'efficacité des contrôles effectués en 2003 sur les données de l'année 2002, tant par l'organe de révision de l'Institution commune que par cette dernière, le Tribunal de céans ne saurait les remettre en cause en l'espèce, dans la mesure où leur examen nécessite des connaissances particulières et qu'il apparaît qu'en l'occurrence, l'autorité inférieure n'a ni excédé, ni abusé de son pouvoir d'appréciation. En effet, si le Tribunal apprécie librement l'opportunité d'une décision (voir consid. 4.1 ci-dessus), il fait néanmoins preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux ou encore lorsqu'il s'agit d'apprécier des prestations ou un comportement personnel (ATF 130 II 449 consid. 4.1 et les références citées, ATF 129 II 331 consid. 3.2, ATF 119 Ib 33 consid. 3b; Droit des assurances sociales - Jurisprudence SVR 1994 KV n° 3 consid. 3b; BOVAY, op. cit., p. 396 et suivantes; ALFRED KÖLZ/ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, n° 644 et 645). Le Tribunal n'intervient dans ces cas que si l'autorité inférieure a excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation, notamment si la décision attaquée s'appuie sur des faits qui ne devaient jouer aucun rôle ou lorsqu'elle ignore des éléments qui auraient absolument dû être pris en considération; le Tribunal redresse en outre les décisions rendues en vertu d'un large pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (ATF 132 III 49 consid. 2.1, ATF 132 III 109 consid. 2.1 et les références citées). Tel n'est pas le cas en l'espèce.
7.1.4 L'autorité de céans constate en conséquence que l'Institution commune a agi, lors du prononcé de la décision du 8 décembre 2003, avec toute l'attention que l'on pouvait attendre d'elle et qu'elle ne pouvait alors connaître, sans qu'il y ait eu faute de sa part, les faits erronés sur lesquels reposait sa décision et qu'elle a découverts ultérieurement.
7.2 S'agissant enfin du caractère pertinent de ces faits nouvellement découverts, il convient de reconnaître qu'ils le sont, dans la mesure où l'acte du 8 décembre 2003 aurait été autre si l'Institution commune les avait connus à l'époque. En effet, une décision en matière de compensation des risques ayant précisément pour objet le calcul de la compensation des risques sur la base de données remises par les caisses-maladie, les faits nouveaux mis à jour en 2004, soit des erreurs dans les données des assureurs, auraient conduit à une décision différente en 2003 si ces erreurs avaient été connues alors. Il s'agit donc d'erreurs essentielles dans un domaine tel que la compensation des risques.
Par ailleurs, l'Institution commune a souligné, dans sa réponse du 31 janvier 2006, que des erreurs dans les données des assureurs-maladie n'entrainaient un nouveau calcul de la compensation des risques que si elles étaient importantes et avaient un effet notable sur le volume de répartition, quand bien même ces nouveaux calculs ne produisaient que peu d'effets pour les assureurs autres que ceux ayant livré les données erronées. En l'espèce, les erreurs constatées dans les données de l'année 2001 lors des contrôles effectués en 2004 représentaient un volume de répartition supplémentaire de Fr. 662'421.-, montant que l'Institution commune a considéré comme suffisamment important pour procéder à un nouveau calcul de la compensation définitive des risques 2001, objet de la décision litigieuse. A cet égard également, le Tribunal de céans doit faire preuve de réserve dans son examen, la question de l'importance du volume supplémentaire à répartir, de sorte qu'elle exige un recalcul de la compensation des risques, supposant un large pouvoir d'appréciation de la part de l'Institution commune. Or en l'espèce, la Cour ne voit pas de raison de s'éloigner de la position de l'autorité inférieure, celle-ci ne lui apparaissant ni excessive, ni abusive. Il sied de noter à ce propos, à titre de comparaison, que lors de la recalculation de la compensation définitive des risques 2001 qui a eu lieu en 2002 et qui a fait l'objet de la décision de l'Institution commune du 4 septembre 2002 (le solde en faveur de la recourante était, à cette occasion, passé de Fr. 27'489'340.- à Fr. 27'502'387.-, soit une augmentation de Fr. 13'047.-), le volume supplémentaire à répartir suite à la correction d'erreurs découvertes dans les données de l'année 2001 de certains assureurs était de Fr. 354'186.- seulement.
7.3 Le Tribunal de céans constate dès lors que les conditions pour la révision de la décision du 8 décembre 2003 sont satisfaites et qu'il se justifiait, dans cette mesure, d'y procéder, et ce, même si les erreurs constatées dans les données de l'année 2001 n'étaient pas le fait de la recourante. Le Tribunal fédéral a d'ailleurs précisé - ce que relèvent et la recourante et l'autorité inférieure - que la compensation des risques, caractérisée par un système de décomptes annuels qui doivent être équilibrés, de sorte que chaque année le solde pour l'ensemble des assureurs doit être nul, crée un rapport particulier non seulement entre l'Institution commune, organe d'exécution de la compensation des risques, et chaque assureur, mais également entre chaque assureur et ses concurrents. Il s'ensuit qu'une modification a posteriori des bases de calcul de la compensation des risques, même lorsqu'elle ne concerne qu'un seul assureur, a des répercussions sur tous les assureurs participant à la compensation des risques et nécessite donc en principe une nouvelle calculation pour tous (arrêt du Tribunal fédéral K 149/01 du 14 mai 2003).
7.4 S'il appert en l'espèce que les conditions pour une révision de la décision du 8 décembre 2003 et un recalcul de la compensation définitive des risques 2001 étaient remplies, reste à examiner la question de savoir si l'Institution commune pouvait encore procéder à une telle révision en date du 14 juillet 2005 ou si le vice était alors prescrit.
Ni l'OCoR, ni la LPGA ne prévoient de délais en matière de révision d'office. Le Tribunal fédéral a toutefois jugé que les délais fixés à l'art. 67 al. 1 PA, applicables à la révision de décisions sur recours, doivent être observés en tant que principe général également lorsqu'il s'agit de la révision de décisions qui ont été rendues par des autorités administratives. Aussi, la révision de décisions administratives n'est-elle admise que dans les délais de l'art. 67 al. 1 PA, y compris lorsque cette révision est décidée d'office par l'administration. Depuis l'entrée en vigueur de la LPGA, cette réglementation s'applique également en vertu du renvoi contenu à l'art. 55 al. 1 LPGA (arrêt du Tribunal fédéral U 561/06 du 28 mai 2007 consid. 4, arrêt du Tribunal fédéral I 8/05 du 31 janvier 2006 consid. 4.2, arrêt du Tribunal fédéral C 85/04 du 11 octobre 2004 consid. 1.2.3, Assurance-maladie et accidents: Jurisprudence et pratique administrative [RAMA] 1994 n° U 191 p. 146 consid. 3a; Alexandra Rumo-Jungo, Die Instrumente zur Korrektur der Sozialversicherungsverfügung, in: Verfahrensfragen in der Sozialversicherung, St-Gall 1996, p. 291; Locher, op. cit., p. 468).
L'art. 67 PA prévoit un délai relatif de nonante jours dès la découverte du motif de révision et un délai absolu de dix ans qui commence à courir dès la notification de la décision à réviser. Ainsi, lors d'une révision d'office, l'autorité administrative doit en principe rendre sa nouvelle décision dans un délai de nonante jours dès que le motif de révision est connu, à l'exception du cas où le motif de révision exige de la part de l'administration un examen plus approfondi ou un complément d'instruction, qui pourrait durer. Il suffit alors que l'administration informe l'intéressé, dans le délai fixé, du motif de révision et de la probable modification de la décision, et que dans un délai raisonnable, elle obtienne les clarifications nécessaires concernant le motif de révision et rende ensuite sa nouvelle décision (arrêt du Tribunal fédéral C 85/04 du 11 octobre 2004 consid. 1.2.3, SVR 2005 ALV n° 8 p. 27 consid. 3.1.2 [arrêt du Tribunal fédéral C 214/03 du 23 avril 2004]).
Dans le domaine de la compensation des risques, un nouveau calcul n'intervient que si les erreurs constatées dans les données des assureurs-maladie pour une certaine année sont importantes et ont un effet notable sur le volume de répartition. Ce n'est que dans ces circonstances que l'Institution commune rend, pour la compensation des risques de cette année-là, une nouvelle décision, révisant sa décision précédente. Or, pour pouvoir établir l'importance des erreurs et du volume supplémentaire à redistribuer, et juger de la nécessité de modifier sa décision antérieure, puis pour pouvoir effectivement recalculer la compensation des risques, l'Institution commune doit disposer des données corrigées des assureurs-maladie ayant fourni des données erronées. Ce n'est qu'à partir de ce moment que l'Institution commune pourra déterminer s'il y a véritablement un motif de révision de sa décision précédente.
Lors des contrôles effectués en 2004 sur les données de l'année 2003, des erreurs ont été découvertes dans ces données, erreurs qui se trouvaient également dans les données de l'année 2001 de quatre assureurs (5, 25, 31, 34), dont les données corrigées ont conduit au recalcul de la compensation définitives des risques 2001, objet de la décision du 14 juillet 2005. Les enquêtes auxquelles l'organe de révision de l'Institution commune a procédé auprès de ces quatre assureurs et qui ont permis de constater des erreurs dans leurs données 2003 ont débuté en mars 2004 chez l'assureur 25 et ont pris fin, chez l'assureur 34, en septembre 2004, l'organe de révision ayant transmis à l'autorité inférieure son dernier rapport relatif au contrôle de l'assureur 34 fin décembre 2004. Dès le rapport de son organe de révision concernant l'assureur 5, datant de juin 2004, premier rapport reçu par l'Institution commune en relation avec ces quatre caisses-maladie, puis au fur et à mesure qu'elle recevait les rapports suivants (assureur 25: rapport d'août 2004; assureur 31: rapport de septembre 2004), l'autorité inférieure a demandé à ces assureurs si les erreurs contenues dans leurs données de l'année 2003 se trouvaient également dans leurs données de l'année 2001, dont elle a par ailleurs requis et obtenu les corrections. Or, pour le dernier assureur contrôlé (34), l'Institution commune a agi de la sorte par un courrier de janvier 2005, ne recevant les données corrigées de l'année 2001 de cet assureur que le 2 mai 2005. C'est donc au plus tôt à partir de cette date que l'autorité inférieure était en mesure de calculer à nouveau la compensation définitive des risques 2001 et de procéder à la révision, le cas échéant, de son acte précédent, ce qu'elle a fait par décision du 14 juillet 2005, soit dans le délai relatif de nonante jours et, en tous les cas, dans le délai absolu de dix ans dès la notification de la décision du 8 décembre 2003.
7.5 En conséquence, c'est à juste titre que l'Institution commune a procédé, par sa décision du 14 juillet 2005, à la révision de son acte précédent. Il y a lieu de souligner en outre que le but poursuivi par la compensation des risques, en particulier celui d'équilibrer les structures de risque des assureurs et de réduire l'incitation pour les assureurs-maladie de se ménager un avantage par rapport à la concurrence en procédant à l'embauche de « bons risques », et le fait qu'un assureur se trouve, dans le système de la compensation des risques, dans une relation juridique particulière tant avec l'Institution commune qu'avec ses concurrents, de sorte que tous les assureurs participant à la compensation des risques sont concernés par des modifications ultérieures des bases de calcul chez un seul assureur, commandent une application correcte des règles sur la compensation des risques et un calcul au plus juste du solde dû aux ou par les assureurs, et rendent dès lors nécessaire, dans les limites des délais légaux de la révision, une correction quasi-systématique du calcul de la compensation des risques quand une erreur d'une certaine importance existe, pour éviter de vider de tout sens le système même de compensation des risques.
La recourante fait encore valoir que dans la mesure où la décision litigieuse conclut au versement de la somme de Fr. 41'033.- pour la compensation définitive des risques 2001 et qu'un montant de Fr. 3'374'945.- lui a d'ores et déjà été versé, dite décision litigieuse ne peut avoir pour objet qu'une créance en restitution de montants considérés comme versés à tort par l'Institution commune. Ne contestant pas là non plus le fait même du versement d'un montant de Fr. 41'033.- à l'autorité inférieure, la recourante estime qu'en rendant sa décision le 14 juillet 2005, l'Institution commune n'aurait pas agi avec la célérité suffisante pour sauvegarder son droit de la péremption ou de la prescription. A._______ soutient à cet égard qu'en l'absence de toute règle expresse régissant, dans la compensation des risques, la question de la prescription ou de la péremption de la créance en remboursement d'un trop-perçu, une telle créance est soumise, dans le domaine spécifique des assurances sociales, à un délai de péremption relatif d'une année à compter du moment où l'organe qui alloue les prestations a connaissance du fait qui en justifie la restitution, solution consacrée à l'art. 25 al. 2 LPGA et qui serait la même si l'on se référait par analogie au délai de prescription de l'action en enrichissement illégitime.
8.1 L'OCoR ne contient pas, en effet, de règle expresse, relative à la répétition de l'indu. Or, ainsi que l'a relevé le Tribunal fédéral (voir consid. 7.3), la compensation des risques a la particularité d'être fondée sur un système de décomptes annuels qui doivent être équilibrés, de telle sorte que chaque année le solde pour l'ensemble des assureurs doit être nul; le mode de calcul retenu fait en sorte que la somme des versements au fonds de compensation corresponde exactement aux contributions versées par celui-ci. Ainsi, chaque fois que l'Institution commune calcule ou recalcule la compensation des risques par révision, puisqu'il lui appartient, de par l'art. 7 al. 2 OCoR, de fixer les montants en faveur et en défaveur des assureurs et de leur communiquer ensuite le solde qui les concernent, elle ne rend pas une seule décision à l'adresse d'un seul assureur, mais une décision pour chaque assureur qui consiste en l'établissement d'un décompte et en la détermination, pour une partie de ces assureurs, d'une redevance de risque qu'ils verseront pour que l'autre partie des assureurs, au bénéfice d'une décision leur accordant le versement d'une contribution, puissent effectivement recevoir cette contribution. Il est donc inhérent à la compensation des risques, lorsqu'elle est calculée et recalculée, d'arriver au résultat que certains assureurs doivent s'acquitter d'un montant en faveur de la compensation, sans qu'on puisse pour autant qualifier ce résultat de répétition de l'indu ou qu'il s'agisse d'une décision en restitution de prestations.
8.2 Quoiqu'il en soit, force est de constater que même si l'on devait examiner le cas d'espèce sous l'angle de la répétition de l'indu, il s'avérerait que l'Institution commune a agi dans les délais prévus par la loi en la matière, que cet examen se fasse à la lumière de l'art. 25 al. 2 LPGA, sur la restitution de prestations indûment touchées, ou selon la prescription de l'action en enrichissement illégitime, prévue à l'art. 67 du code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220). En effet, tant l'art. 25 al. 2 LPGA que l'art. 67 al. 1 CO prévoient, pour demander la restitution de l'indu, le même délai relatif d'un an, calculé respectivement dès le moment où l'institution d'assurance a eu connaissance du fait et à compter du jour où la partie lésée a eu connaissance de son droit de répétition; les délais absolus diffèrent néanmoins, s'élevant à cinq ans après le versement de la prestation pour l'art. 25 al. 2 LPGA et à dix ans dès la naissance du droit de répétition selon l'art. 67 al. 1 CO.
Or, dans le système de la compensation des risques, ce n'est qu'au moment où l'Institution commune a procédé au recalcul de la compensation sur la base des données corrigées livrées par les assureurs qui avaient fournis des données erronées, et où elle a établi à nouveau le décompte relatif à chaque caisse-maladie, qu'elle sait qu'un assureur, et quel assureur, devra verser un montant à l'Institution commune, soit que la redevance qu'il a déjà payée est augmentée, soit que la contribution qu'il a reçue de l'Institution commune est diminuée, et quel autre assureur recevra un montant de l'Institution commune, soit que la redevance qu'il a déjà payée à l'Institution commune est diminuée, soit que la contribution qu'il a reçue de l'Institution commune est augmentée.
En l'espèce, ainsi que cela a été exposé ci-avant (voir consid. 7.4), l'Institution commune, en faisant preuve de l'attention que l'on pouvait attendre d'elle, a reçu les données corrigées de l'année 2001 du dernier assureur contrôlé (34) le 2 mai 2005, date à partir de laquelle elle a pu procéder au recalcul de la compensation définitive des risques 2001 et avoir connaissance du fait que A._______ aurait à lui verser un montant de Fr. 41'033.-. En conséquence, en prononçant sa décision le 14 juillet 2005, l'autorité inférieure a agi dans le respect du délai relatif d'un an de l'art. 25 al. 2 LPGA et de l'art. 67 al. 1 CO, sauvegardant ainsi son droit, de sorte que le recours ne saurait être admis sur ce point non plus.
8.3 Enfin, et à titre superfétatoire, il y a lieu de noter, sur la base des allégations des deux parties au litige, qu'au moment de la décision entreprise, la recourante n'avait pas effectivement touché le montant de Fr. 41'033.-, dont elle fait valoir qu'on lui demande la restitution. En effet, par décision du 4 septembre 2002, l'Institution commune a déterminé un solde en faveur de A._______, relatif à la compensation définitive des risques 2001, de Fr. 27'502'387.-, solde que la recourante affirme, dans son recours du 24 août 2005, avoir bel et bien reçu de l'Institution commune, par le versement d'un montant de Fr. 3'374'945.-, correspondant à la différence entre le solde déterminé au titre de la compensation définitive des risques 2001 et le montant de la compensation provisoire des risques 2001 de Fr. 24'127'442.-, dont l'Institution commune a dû s'acquitter en faveur de A._______ en 2001, en vertu de l'art. 12 al. 3 let. b OCoR. Puis, par décision du 8 décembre 2003, modifiant celle du 4 septembre 2002, l'Institution commune a recalculé la compensation définitive des risques 2001, en faveur de A._______, obtenant un montant de Fr. 27'822'277.-, soit Fr. 319'890.- de plus que dans la décision du 4 septembre 2002. Enfin, dans la décision litigieuse, l'Institution commune, en procédant à nouveau à un calcul de la compensation définitive des risques 2001, a fixé un solde en faveur de la recourante de Fr. 27'781'244.-, soit Fr. 41'033.- de moins que le solde déterminé dans la décision du 8 décembre 2003 (Fr. 27'822'277.-), mais toujours Fr. 278'857.- de plus que le solde fixé dans la décision du 4 septembre 2002 (Fr. 27'502'387.-). Or, tant la recourante, dans son recours du 24 août 2005, que l'autorité inférieure, dans sa réponse du 31 janvier 2006, relèvent que la somme de Fr. 319'890.- n'a jamais été versée à A._______. En outre, dans une décision du 10 août 2005, l'Institution commune a annoncé à la recourante qu'elle renonçait pour l'instant à effectuer un versement des avoirs restants revenant aux assureurs-maladie privilégiés dans les compensations de risques définitives 2000 à 2002, dont le montant de Fr. 319'890.- déterminé dans la décision du 8 décembre 2003. Ainsi, il s'avère, au regard de ce qui précède, que dans les faits, au moment de la décision entreprise, il ne s'agissait pas pour la recourante de restituer un montant de Fr. 41'033.-, mais pour l'autorité inférieure de verser encore à A._______ une somme de Fr. 278'857.-; dans cette mesure, la recourante n'ayant pas effectivement touché le montant dont elle doit s'acquitter selon la décision litigieuse, l'objet de cette décision ne saurait être regardé comme une créance en restitution de montants considérés comme versés à tort, et le grief relatif à la péremption ou la prescription d'une telle créance tombe à faux.
Au vu de ce qui précède, il convient de confirmer la décision du 14 juillet 2005, mettant à la charge de la recourante un montant de Fr. 41'033.-, par ailleurs non contesté, en faveur de la compensation des risques.
Suite à sa décision du 14 juillet 2005, l'Institution commune a rendu, le 18 novembre 2005, une seconde décision fixant les intérêts rémunératoires dus par A._______ sur le montant de Fr. 41'033.-, montant à charge de la recourante après la nouvelle calculation de la compensation définitive des risques 2001, objet de la décision du 14 juillet 2005. Interjetant recours également contre cette seconde décision, A._______ fait valoir une argumentation en grande partie identique à celle présentée dans son recours du 24 août 2005, en raison de l'étroite connexité entre les deux décisions entreprises. Ainsi relève-t-elle que dans la mesure où la décision du 8 décembre 2003 ne pouvait être révoquée par celle du 14 juillet 2005, l'Institution commune ne pouvait pas non plus, par sa décision du 18 novembre 2005, mettre à la charge de A._______ des intérêts rémunératoires calculés sur la base du capital objet de la décision du 14 juillet 2005. Par ailleurs, la recourante estime que, la créance en restitution de Fr. 41'033.- étant, à son avis, prescrite ou périmée, la créance en paiement d'intérêts rémunératoires, qui en est l'accessoire, serait elle aussi prescrite ou périmée. Enfin, la recourante invoque la violation du principe de l'effet dévolutif du recours, en ce sens que l'Institution commune, compte tenu du recours formé contre la décision du 14 juillet 2005, n'était plus en mesure de rendre une décision touchant à la compensation définitive des risques 2001 à l'égard de A._______. Ainsi, l'effet dévolutif s'étendrait non seulement au capital en cause, mais également aux accessoires, en particulier les intérêts, moratoires ou rémunératoires.
Il convient dès lors d'examiner, dans un second temps, si c'est à juste titre que le 18 novembre 2005, l'autorité inférieure a rendu une décision à l'adresse de la recourante, fixant le montant des intérêts rémunératoires calculés sur la somme de Fr. 41'033.-, due par la recourante après la nouvelle calculation de la compensation définitive des risques 2001, objet de la décision du 14 juillet 2005.
10.1 L'art. 12 al. 7 OCoR prévoit, dans le cadre du calcul provisoire par rapport au calcul définitif de la compensation des risques, la perception d'un intérêt sur les montants perçus en trop ou en moins (intérêts rémunératoires). Les intérêts sont calculés en fonction des délais de versement et de réception des montants pour la compensation des risques provisoire et définitive et en fonction des montants effectivement versés ou perçus. L'Institution commune fixe le taux d'intérêt d'après les taux usuels du marché. Elle verse et elle reçoit les intérêts jusqu'au 31 décembre de l'année qui suit l'année de compensation. A propos de ce délai, le Tribunal fédéral a jugé qu'il convenait de se fonder sur les versions allemande et italienne de l'art. 12 al. 7 dernière phrase OCoR, qui divergent de la version française, puisqu'elles font référence à l'année suivant la compensation des risques; en d'autres termes, l'année qui suit la compensation des risques, selon ces deux versions concordantes, doit être considérée comme l'année qui suit l'année durant laquelle la compensation des risques a été établie de manière définitive (ATF 127 V 156 consid. 4), qui peut ne pas correspondre à l'année qui suit l'année de compensation lors de recalculs en cas de découvertes ultérieures d'erreurs dans les données à la base de la compensation.
Ainsi que le Tribunal fédéral l'a précisé dans le même jugement (ATF 127 V 156 consid. 3), l'obligation de verser des intérêts entre le moment de la compensation provisoire et celui de la compensation définitive des risques n'est pas une sanction en raison du non-respect des délais de paiement prévus à l'art. 12 al. 2, 3 et 4 OCoR. Cette obligation tient compte des effets du système de la compensation des risques en deux étapes (provisoire et définitive), système qui conduit inévitablement à des différences de montants qui doivent être compensées pour tenir compte de l'exigence légale d'une pleine compensation des risques. La perception d'un intérêt répond à cette exigence, elle permet de placer les assureurs, de la manière la plus exacte qui soit, dans la situation dans laquelle ils se seraient trouvés s'ils avaient dû, dès le début déjà, verser les montants mis à leur charge au titre de la compensation définitive des risques. Les intérêts à verser sur les différences des montants compensatoires ont dès lors pour but de garantir que les contributions payées en trop ou en moins soient compensées.
10.2 Dans la mesure où, en l'espèce, par décision du 14 juillet 2005, il a été déterminé, lors du recalcul modifiant la compensation définitive des risques 2001, que la recourante devait s'acquitter d'un montant en faveur de la compensation des risques, il convenait, conformément à l'OCoR, d'établir et de requérir de la recourante des intérêts rémunératoires calculés sur ce montant. D'ailleurs, A._______ ne conteste pas, dans son recours, le principe selon lequel des intérêts rémunératoires doivent être fixés dans un cas de recalcul tel que le cas d'espèce; elle fonde bien plutôt son objection sur le fait que le montant de Fr. 41'033.-, sur lequel sont calculés les intérêts rémunératoires, n'étant pas dû pour des motifs examinés dans les considérants précédents, alors dits intérêts rémunératoires, qui en constituent l'accessoire, ne le sont pas non plus. Or, l'autorité de céans a d'ores et déjà établi que c'est à juste titre que l'Institution commune a procédé à la révision de son acte précédent et au recalcul de la compensation définitive des risques 2001, et que la créance, objet de la décision du 14 juillet 2005, n'était ni périmée, ni prescrite. Dans cette mesure dès lors, c'est à juste titre également que l'Institution commune a calculé des intérêts rémunératoires sur le montant de Fr. 41'033.- payé en trop à A._______.
10.3 En vertu de l'art. 54 PA, le recours devant l'autorité de céans a un effet dévolutif. Ainsi, lorsqu'il est valablement saisi d'un recours, comme c'est le cas en l'espèce, le Tribunal a la compétence exclusive de statuer sur les différents rapports juridiques tranchés par la décision attaquée. Aussi, l'administration n'est-elle pas habilitée, après le dépôt d'un recours, à rendre une nouvelle décision sur le même objet, qui modifierait la situation de droit réglée par la décision attaquée (arrêt du Tribunal fédéral I 254/01 du 27 décembre 2001 consid. 1 et les références).
Compte tenu du caractère obligatoire et systématique du versement d'intérêts rémunératoires sur les différences des montants compensatoires, et, en conséquence, de leur lien particulièrement étroit avec le calcul de la compensation définitive des risques et de la détermination, par ce biais, d'un montant en faveur de la compensation ou en faveur des assureurs, sur lequel les intérêts rémunératoires devront être fixés, l'on peut se demander en effet si, en l'espèce, l'effet dévolutif du premier recours contre la décision du 14 juillet 2005 ne s'étendait pas à la détermination des intérêts calculés précisément sur le montant litigieux, laquelle détermination entrait alors dans la compétence de la Cour de céans. D'un autre côté, l'Institution commune n'a pas, par sa décision du 18 novembre 2005, modifié la décision contre laquelle recours avait été formé devant le présent Tribunal, la décision du 18 novembre 2005 étant la conséquence, requise par la loi, de celle du 14 juillet 2005 et non pas une reconsidération de cette dernière.
Il n'en demeure pas moins qu'au moment de la décision du 18 novembre 2005, la compensation définitive des risques 2001, recalculée dans la décision du 14 juillet 2005 et base de celle du 18 novembre 2005, mais remise en cause par le recours du 24 août 2005, n'avait pas, précisément, acquis de caractère définitif et qu'il aurait été préférable, de la part de l'autorité inférieure, d'attendre, pour le calcul des intérêts rémunératoires, jusqu'à droit connu sur le recours du 24 août 2005. D'autant que, comme le note le Tribunal fédéral dans l'ATF 127 V 156, consid. 4, lorsqu'il interprète le délai de l'art. 12 al. 7 dernière phrase OCoR, les intérêts rémunératoires ne peuvent pas être calculés sur la base d'estimations ou de données provisoires ou incomplètes.
10.4 Cela étant, force est de constater, dans la mesure où la décision du 14 juillet 2005 est confirmée par l'autorité de céans, que des intérêts rémunératoires, conséquence obligatoire du nouveau calcul de la compensation définitive des risques 2001 conformément à l'OCoR, sont effectivement dus, pour un montant correspondant au moins à celui fixé dans la décision du 18 novembre 2005, montant que A._______ ne conteste d'ailleurs pas, de sorte que l'empressement dont a fait preuve l'autorité inférieure par sa décision du 18 novembre 2005 ne porte pas atteinte aux droits de la recourante. Il convient, partant, de confirmer également la décision du 18 novembre 2005.
En conséquence, l'autorité de céans juge que c'est à juste titre que l'autorité inférieure a rendu les deux décisions entreprises, du 14 juillet et du 18 novembre 2005, de sorte que les recours des 24 août et 13 décembre 2005 doivent être rejetés.
La recourante devra dès lors verser à la compensation des risques le montant de Fr. 41'033.- et celui de Fr. 5'148.-, correspondant aux intérêts rémunératoires calculés sur le montant de Fr. 41'033.- pour la période allant jusqu'au 31 août 2005, échéance fixée pour le paiement du montant de Fr. 41'033.- dans la décision du 14 juillet 2005. Ces versements auront lieu dans un délai de 30 jours dès notification du présent arrêt. L'autorité inférieure calculera en outre les intérêts rémunératoires additionnels dus sur le montant de Fr. 41'033.- et rendra une nouvelle décision à l'adresse de la recourante, lui impartissant un délai pour le paiement de ces intérêts.
La recourante, qui succombe, doit s'acquitter des frais de justice fixés, compte tenu de la charge liée à la procédure, à Fr. 4'000.- (art. 63 al. 1 PA). Ils sont compensés par l'avance de frais du même montant dont elle s'est acquittée au cours de l'instruction.
Par ailleurs, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (art. 64 al. 1 PA). Toutefois, en tant qu'autorité statuant dans l'accomplissement de tâches de droit public, l'Institution commune n'a pas droit au dépens (art. 7 al. 1 et 3 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]).
Les recours des 24 août et 13 décembre 2005 sont rejetés et les décisions des 14 juillet et 18 novembre 2005 sont confirmées.
La recourante devra verser à l'autorité inférieure, en faveur de la compensation des risques, un montant de Fr. 41'033.- et de Fr. 5'148.-, dans un délai de 30 jours dès notification du présent arrêt; l'autorité inférieure calculera en outre les intérêts rémunératoires additionnels dus sur le montant de Fr. 41'033.- et rendra une nouvelle décision à l'adresse de la recourante, lui impartissant un délai pour le paiement de ces intérêts.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 4'000.-, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée de Fr. 4'000.-.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (Acte judiciaire)
au Département fédéral de l'intérieur (Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège : La greffière :
Madeleine Hirsig Isabelle Pittet
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42 LTF).
Expédition :