A/4922/2008Cour de justice de Genève / Chambre administrative (droit public)18 sept. 2012
La prescription n'est pas acquise en l'espèce, aucun des délais légaux n'étant atteint. Le recourant a manqué à son devoir de justifier l'origine des montants non déclarés, alors que le fardeau de la preuve lui incombait. En l'absence de tout document probant, et au vu des explications peu étayées des témoins entendus, un rapport de fiducie avec un tiers n'est pas retenu. Le gain en capital était de nature commerciale, car il a notamment été réalisé dans le champ des activités professionnelles du recourant (comptable responsable d'une fiduciaire) et car l'intéressé a contracté un prêt plus important que le prix de l'immeuble litigieux, en dissimulant sa revente à l'AFC-GE. De jurisprudence constante, les gains liés à un transfert immobilier sont imposables au lieu de situation de l'immeuble. En l'espèce, le canton de Vaud est compétent pour imposer la transaction.
POUVOIR JUDICIAIRE
A/4922/2008-ICCIFD ATA/632/2012
COUR DE JUSTICE
Chambre administrative
Arrêt du 18 septembre 2012
1ère section
dans la cause
Monsieur X______ représenté par Me Pierre-Alain Guillaume, avocat
contre
ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE
et
ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS
Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 2 mai 2011 (JTAPI/380/2011)
EN FAIT
Monsieur X______ est contribuable à Genève. Il exploite depuis 1988, en entreprise individuelle, une fiduciaire portant son nom et sise à Genève.
Par pli recommandé du 6 février 2007, l'administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) a informé le contribuable de l'ouverture d'une procédure en soustraction d'impôt, en application des art. 151 et 175 de la loi fédérale sur l’impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD - RS 642.11) et 59 et 69 ss de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc - D 3 17), portant sur l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD) et l'impôt cantonal et communal (ci-après : ICC) relatif aux années fiscales 2001 et 2002.
Des éléments de revenu et de fortune pouvaient ne pas avoir été déclarés. Ainsi, afin de vérifier les déclarations du contribuable, celui-ci était invité à faire parvenir à l'AFC-GE avant le 12 février 2007:
toutes les informations relatives à l'achat et à la vente en juillet 2001 et janvier 2002 d'une société immobilière (ci-après : SI) avenue Y______ 2, 4, 6 ;
la raison de l'existence, dans ce cadre, d'un emprunt de CHF 900'000.-, alors que le prix d'acquisition avait été fixé à CHF 500'000.- ;
la raison de la revente du capital-actions à la société Z______ S.A. pour la somme de CHF 1.- avec reprise par cette dernière du compte courant actionnaire.
Le 9 février 2007, le contribuable a répondu à l'AFC-GE qu'au vu du délai imparti, il n'avait pas été en mesure de retrouver le moindre document concernant la société concernée, l'ensemble des archives ayant vraisemblablement été remis au liquidateur de ladite SI. Il n'était pas certain que la vente de la SI soit intervenue durant l'exercice de son mandat, et il n'avait aucun souvenir d'une société Z______ S.A.
Par pli recommandé du 14 mai 2008, l'AFC-GE a avisé le contribuable de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt portant sur les impôts cantonaux et communaux 2001 et 2002.
Elle reprenait la demande de renseignements figurant dans sa lettre recommandée du 6 février 2007 concernant la procédure en soustraction d'impôt.
Selon des renseignements reçus de la Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé et des droits de timbre de l'administration fédérale des contributions (ci-après : AFC-CH), le contribuable avait acquis, le 4 juillet 2001, la SI Y______ 2, 4, 6 en liquidation, pour un montant de CHF 500'000.-, au travers d'un financement par emprunt de CHF 900'000.- auprès de la banque Migros, lequel avait été comptabilisé dans le compte courant actionnaire. La SI avait été revendue le 1er janvier 2002 à la société Z______ S.A., pour le montant de CHF 1.-. Z______ S.A. avait également repris le compte courant actionnaire.
Le 20 mai 2008, le contribuable a répondu à l'AFC-GE qu'il avait été quelques temps administrateur de la SI, mais qu'il n'en avait jamais été l'actionnaire. La vente de la SI à Z______ S.A. lui était étrangère, dès lors qu'il n'y avait pas participé. Après quelques recherches, il s'était avéré qu'il avait « très certainement » dû remettre l'intégralité des documents relatifs à la SI à son successeur.
Par pli recommandé du 27 mai 2008, l'AFC-GE a convoqué le contribuable le 11 juin 2008 à son service de contrôle. Il était tenu d'apporter les documents suivants:
Le contrat d'emprunt hypothécaire pour CHF 900'000.- signé avec la banque Migros ;
Le contrat de vente de la société SI avenue Y______ 2, 4, 6 à Z______ S.A. au 1er janvier 2002 ;
Les justificatifs du montant de cette vente avec indication des modalités de paiement de l'opération.
Par ailleurs, le contribuable devait fournir les explications nécessaires à l'éventuelle comptabilisation du bénéfice de vente généré par cette opération commerciale.
Il confirmait les termes de son précédent courrier. Il n'avait jamais été actionnaire de la SI et n'avait jamais reçu de contreprestation financière en relation avec cette opération.
Au cours de son entrevue du 11 juin 2008, il avait indiqué à l'AFC-GE le nom de la personne pour laquelle il aurait pu agir dans cette affaire. L'administration lui avait confirmé qu'elle n'entendait pas vérifier si les actions avaient été déclarées par cette personne. Or, cette vérification aurait pu le mettre hors de cause.
L'AFC-GE avait les moyens - dont lui-même était dépourvu - de faire la lumière sur cette transaction. Elle semblait, pour des raisons qu'il ignorait, préférer se contenter d'un prétendu « coupable ».
Elle a imparti à M. X______ un délai de dix jours pour la communication des informations nécessaires à l'éclaircissement de cette opération. Si le contribuable ne donnait pas suite à cette sommation, elle procéderait à une taxation d'office de CHF 399'999.- sur son revenu en application des art. 130 al. 2, 153 al. 3 LIFD et 37, 60 al. 3 loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc - D 3 17). L'AFC-GE se réservait le droit d'infliger une amende pour violation des obligations de procédure ainsi qu'une amende pour soustraction d'impôt.
Pour l'IFD 2002 : CHF 50'822,20.-, auxquels s'ajoutaient CHF 6'559,60.- d'intérêts de retard ;
Pour l'ICC 2002 : CHF 123'834,45.-, auxquels s'ajoutaient CHF 13'329,40.- d'intérêts de retard.
L'AFC-GE joignait un bordereau rectificatif de rappel d'impôt IFD 2002, donnant lieu à un supplément d'impôt de CHF 57'381,80.-, un rappel d'impôt ICC 2002 donnant lieu à un supplément d'impôt de CHF 136'992,65.-, un bordereau d'amende IFD de CHF 50'822.- et un bordereau d'amende ICC de CHF 123'834.-.
L'opération d'achat des actions de la SI n'avait pu être effectuée qu'à titre fiduciaire pour un tiers, bien qu'aucune mention spécifique n'en eût été faite, puisqu'il n'y était pas présent et qu'il n'avait pas signé la convention. Par ailleurs, selon l'art. 64 de la loi sur les impôts directs vaudois, un éventuel bénéfice sur une cession de droits de participation concernant une société immobilière vaudoise serait assimilable à un gain immobilier, lequel serait imposé dans le canton de localisation du bien immobilier, soit en l'espèce dans le canton de Vaud.
Le 4 juillet 2001, le contribuable avait acquis le capital-actions de la SI pour un prix comptabilisé de CHF 500'000.-. Le compte « débiteur actionnaire », repris en sus du versement en espèces précité, s'élevait à CHF 251'562,20.- et correspondait à sa fortune commerciale.
Il avait vendu, le 1er janvier 2002, le capital-actions de la SI pour le prix de CHF 1.-. En sus du montant précité, l'acquéreur avait repris le compte « débiteur actionnaire » s'élevant à CHF 1'186'406.- Le bénéfice en capital imposable correspondait au prix de vente global de CHF 1'186'407.- (CHF 1'186'406.- + CHF 1.-) duquel il y avait lieu de retrancher le prix d'achat global de CHF 751'562,20.- (CHF 500'000.- + CHF 251'562,20.-). Le bénéfice imposable s'élevait ainsi à CHF 434'844,80.-.
En procédant au rappel d'impôt, l'administration avait retenu par erreur un bénéfice en capital imposable de CHF 399'999.-. Elle se réservait le droit de demander la rectification du supplément en cas de recours.
La contribuable exerçait son activité professionnelle dans le domaine de la comptabilité et de la fiscalité. Il était, dès lors, parfaitement à même de saisir l'opération comptable en question. Il n'avait pas démontré l'existence d'un rapport de fiducie pour cette transaction. Ses explications du 11 juin 2008, selon lesquelles il devait s'agir d'une intervention à titre fiduciaire pour Messieurs A______ ou B______, sans certitude de sa part, n'étaient pas convaincantes.
En raison de la courte durée de possession du capital-actions de la SI, le bénéfice comptable réalisé lors de sa vente n'était pas lié à une plus-value conjoncturelle sur l'immeuble, mais résultait d'une spéculation à la hausse de la valeur intrinsèque des actions de la SI. Ce prix de revente, supérieur au prix d'acquisition, avait été payé par la reprise du poste « débiteur actionnaire », et non en espèces. Pour ce faire, entre l'acquisition et la revente, le poste « débiteur actionnaire » avait été augmenté par le versement de liquidités obtenues par emprunt bancaire garanti par l'actif immobilier de la SI. Compte tenu de la nature indépendante de la plus-value conjoncturelle sur l'immeuble, ce bénéfice était imposable à Genève, où se trouvait le for d'exploitation.
La quotité des amendes était conforme aux art. 175 LIFD et 69 LPFisc.
La SI avait été constituée en 1953. Son but social était la réalisation d'affaires immobilières. Le siège avait été transféré à Genève en 2001. En 2001 et 2002, le seul bien immobilier détenu par la société était sis à Lausanne, à l'avenue Y______. La dissolution de la SI était intervenue en 2003. Il avait été chargé par des tiers, en 2001, d'agir comme administrateur de la SI et d'en assurer la domiciliation à l'adresse de son bureau fiduciaire.
Il n'avait pas été chargé de la liquidation de cette société et n'en avait jamais été l'actionnaire ou l'ayant droit économique. Le 4 juillet 2001, Monsieur D______ avait signé la convention d'achat des actions de la SI en prétendant agir pour son compte. Toutefois, le recourant n'avait jamais eu l'intention de donner en son nom et pour son compte un pouvoir en vue de la vente de l'achat de la SI, puisqu'il n'en était ni l'actionnaire ni même l'ayant droit économique. Par ailleurs, il n'était pas présent lors de la signature du contrat, et n'avait ni ratifié cet acte ni participé à son élaboration.
Durant l'année 2001, la SI avait contracté deux prêts hypothécaires auprès de la banque Migros totalisant CHF 900'000.-. Les montants de ces prêts avaient été versés à l'ayant droit économique et non à lui-même.
Suite à cette opération, le compte courant actionnaire présentait au 31 décembre 2001 un solde créancier de CHF 1'186'406.- qu'il n'avait pas fait valoir en déduction dans l'état des dettes joint à sa déclaration fiscale pour l'année 2001, puisqu'il n'était pas actionnaire de la SI.
Aucune pièce ne démontrait qu'il avait vendu les actions de la SI à Z______ SA, le 1er janvier 2002, pour le montant de CHF 1.-. Le liquidateur de la SI était également l'administrateur des sociétés Z______ S.A. et de la fiduciaire C______ S.A.
La procuration sur la base de laquelle les actions de la SI avaient été acquises par M. D______ ne pouvait être considérée que comme un acte nul en application des règles sur la simulation ou sur l'erreur essentielle.
Il n'avait pas agi à titre fiduciaire. Les gains réalisés sur la vente des actions de la SI en 2002 ne pouvaient pas lui être attribués.
L'AFC-GE avait violé les règles de procédure applicables en ne requérant pas auprès des tiers les renseignements manquants, alors qu'il l'avait informée de son impossibilité de les obtenir.
Il n'était pas actif dans le domaine immobilier. Aucun élément produit par l'AFC-GE ne démontrait qu'il aurait financé l'achat des actions de la SI au moyen de fonds étrangers.
Le for d'imposition de ce gain immobilier devrait être fixé dans le canton de Vaud, conformément aux règles de conflits de lois. L'AFC-GE n'était pas compétente pour imposer le bénéfice de la vente du capital-actions de la SI en 2002.
La procuration sous seing privé était valable, et le contribuable avait acquis la propriété du capital-actions de la SI. D'autre part, M. D______ n'était pas inconnu du contribuable, étant donné qu'il était son logeur selon le contrôle des habitants.
Après avoir soutenu que l'acquisition aurait été effectuée à titre fiduciaire pour le compte d'un tiers, le contribuable avait reconnu qu'aucun contrat de fiducie n'avait été conclu dans le cadre de cette opération.
Il était très peu vraisemblable qu'en sa qualité d'administrateur unique, le contribuable ait ignoré qui était l'actionnaire qui l'avait nommé puis celui qui avait révoqué son mandat, et qui avait bénéficié de l'augmentation du solde négatif du compte courant actionnaire.
La vente du capital-actions de la SI par le contribuable à Z______ S.A. était attestée par le courrier de la fiduciaire C______ S.A. du 26 juillet 2004 adressé à l'AFC-CH.
Les allégations du recourant selon lesquelles il n'aurait jamais détenu ou aliéné des actions de la SI en son nom propre et pour son propre compte étaient ainsi dénuées de vraisemblance. C'était à juste titre que le bénéfice dégagé par la vente des actions de la SI a été attribué au contribuable. L'AFC-GE supportait le fardeau de la preuve de démontrer l'existence d'éléments imposables. L'exigence selon laquelle les autorités fiscales doivent examiner l'état de fait était cependant limité par ce qui apparaissait raisonnable au vu des circonstances. En présence d'indices concluants, il incombait au contribuable de remettre en cause le point de vue de l'administration.
Le contribuable n'aurait pas pu mener à bien une telle opération de nature commerciale sans ses connaissances professionnelles liées à l'exploitation d'un bureau fiduciaire et à ses fonctions d'administrateur de sociétés. Le financement de cette opération avait été effectué exclusivement par des fonds mis à disposition de la SI par la banque Migros. La courte durée de possession du capital-actions de la SI, soit six mois environ, et le caractère planifié de l'ensemble de l'opération étaient des indices démontrant le caractère professionnel de l'opération.
Le gain en capital réalisé par l'aliénation du capital-actions d'une société immobilière était imposable seulement en partie au lieu de situation de l'immeuble. Le bénéfice imposable au lieu de situation de l'immeuble provenant de la fortune immobilière n'était pas identique au bénéfice réalisé par la vente des actions, à savoir la différence entre la valeur vénale de l'immeuble au moment de la vente des actions et sa valeur vénale au moment de l'acquisition des actions. La part du bénéfice qui ne correspondait pas à cette plus-value immobilière provenait de la fortune mobilière commerciale et devait être attribuée au canton de domicile, en qualité de revenu découlant de l'activité lucrative indépendante du contribuable, soit à Genève en l'occurrence.
L'AFC-GE demandait finalement la correction des montants dus et des amendes y relatives, tenant en compte les erreurs de calcul indiquées dans ses décisions sur réclamation, les amendes étant justifiées par la gravité de la faute du recourant et son manque de collaboration.
Les conditions de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt étaient remplies, dès lors que le contribuable n'avait pas mentionné le capital-actions de la SI dans l'état des titres de sa déclaration fiscale 2001, alors qu'il l'avait acquis pour le prix de CHF 500'000.- selon l'information émanant de l'AFC-CH.
Le contribuable avait eu l'intention de donner en son nom, et pour son compte, un pouvoir en vue de l'achat de la SI, puisque la procuration sous seing privé litigieuse avait été vérifiée par un notaire. Le recourant n'avait pas prétendu que cette procuration était un faux, parce que sa signature aurait été usurpée. Le recourant n'avait de plus par apporté la preuve que l'acquisition de la SI avait été effectuée à titre fiduciaire en respectant les conditions énoncées par la circulaire de l'AFC-CH 1967 sur les rapports fiduciaires.
Il appartenait au contribuable de démontrer qu'il n'avait jamais été l'actionnaire de la SI, ni l'ayant droit économique, car le fardeau de la preuve lui incombait. C'était à juste titre que l'AFC-GE lui avait attribué le bénéfice dégagé par la vente du capital-actions de la SI, puisque ce dernier ne mentionnait pas dans son acte de recours l'identité de la personne propriétaire du capital-actions qu'il avait communiquée à l'AFC-GE dans son entrevue du 11 juin 2008. Il était de plus surprenant, alors qu'il exploitait un bureau fiduciaire depuis 1988, qu'il ait accepté un mandat d'administrateur unique d'une société immobilière sans connaître l'identité de son actionnaire, alors qu'il était censé connaître notamment les dispositions sur la responsabilité des administrateurs prévues par le droit des sociétés et le droit fiscal.
L'AFC-GE avait rendu vraisemblable que le recourant avait acquis le capital-actions de la SI et qu'il avait obtenu à cet effet deux prêts hypothécaires de CHF 800'000.- et 100'000.-, montants figurant dans le compte courant actionnaire de la SI. Le recourant niait avoir revendu le capital de la SI le 1er janvier 2002 à Z______ S.A. pour CHF 1.- En dépit de cette vente, le recourant en était demeuré l'administrateur unique jusqu'au 28 août 2003, ce qui était surprenant également.
Le recourant avait mené à bien cette opération en raison de ses connaissances professionnelles, grâce à l'obtention de fonds étrangers. En relation avec la courte durée de possession du capital-actions de la SI, l'ensemble de ces éléments permettaient d'attribuer au revenu de l'activité indépendante du recourant le bénéfice dégagé par la vente du capital-actions de la SI.
La part de bénéfice ne correspondant pas à une plus-value immobilière provenait de la fortune mobilière commerciale, et est attribuée au canton dans lequel l'activité lucrative indépendante est exercée.
Le gain réalisé sur la vente du capital-actions de la SI était imposable dans le canton de Genève, où le recourant exerçait son activité indépendante, dès lors que celui-ci n'avait détenu le capital-actions de la SI que durant six mois et que la plus-value immobilière était inexistante, dans la mesure où l'immeuble n'avait pas subi de transformations générant une plus-value.
Il n'était pas donné suite à la conclusion de l'AFC-GE tendant à la reformatio in pejus des taxations, car cette dernière avait renoncé à établir des bordereaux rectificatifs au terme de la procédure de réclamation, alors qu'elle était en droit de le faire.
En 2000, 2001 et 2002, le seul actif détenu par la société était un immeuble sis à l'avenue Y______, à Lausanne. M. X______ ne s'était jamais servi de cet immeuble. Il n'exerçait pas de mandat en lien avec le courtage immobilier ou la gérance immobilière, et n'avait jamais été propriétaire d'un bien immobilier. La valeur comptable de cet immeuble était de CHF 380'500.-. La valeur fiscale de l'immeuble, selon la commission d'estimation du district de Lausanne, pouvait être estimée à CHF 1'212'000.- au 17 juin 2002. Une estimation de la banque Migros du 2 juillet 2001 faisait état d'une valeur comprise entre CHF 1'270'000.- et CHF 1'300'000.-.
En 2001, il avait été requis d'acquérir et de détenir la SI à titre fiduciaire pour le compte de l'un de ses mandats. Ce rapport fiduciaire n'avait cependant pas fait l'objet d'un contrat écrit entre les parties.
S'agissant de la convention d'achat des actions de la SI avec le vendeur, Monsieur E______, il contestait avoir eu l'intention de donner pour son compte un pouvoir résultant en la procuration litigieuse.
Le prix d'achat des actions de la SI en 2001 était de CHF 751'562,20.-, soit CHF 500'000.- de prix de vente et CHF 251’562,20.- de reprise du compte « compte courant actionnaire ». Ce prix d'achat était particulièrement bas au vu de la valeur de l'immeuble, en raison probablement de la situation financière précaire du vendeur. L'augmentation de ce compte ne créait cependant pas d'augmentation de la valeur de la SI. La valeur de l'entreprise, hormis le bien immobilier détenu, n'avait pratiquement pas varié entre 2000 et 2002.
Le montant de CHF 900'000.- avait été versé intégralement à l'ayant droit économique des actions de la SI, et non à lui-même. Dès lors qu'il n'était pas actionnaire de la SI, mais détenait les actions à titre fiduciaire, il n'avait pas fait valoir la déduction de ce montant dans l'état des dettes joint à sa déclaration fiscale 2001.
Il s'en rapportait à justice sur la question de savoir si le gain réalisé sur la vente des actions de la SI en 2002 peut lui être imputé fiscalement, dès lors qu'aucun contrat fiduciaire écrit n'avait été établi.
Dans l'hypothèse que l'opération immobilière lui serait imputée, il convenait de retenir qu'il n'avait pas agi en qualité de professionnel de l'immobilier. Il n'avait jamais participé à des transactions immobilières, ni avant les périodes fiscales litigieuses, ni après. Dans l'hypothèse où la transaction litigieuse devait lui être imputée, elle constituerait la seule et unique transaction. Il ne pouvait dès lors être question d'une activité systématique ou planifiée. De plus, il n'avait jamais possédé d'immeuble ou de titre de fréquence immobilière, si bien qu'il ne pouvait pas non plus être question d'analyser la fréquence des opérations qu'il avait menées. Son activité professionnelle était axée sur la tenue de comptabilité de commerçants et d'artisans, ainsi que sur l'établissement de déclarations fiscales pour des particuliers et des indépendants. Il était en conséquence impossible de tirer de ses compétences professionnelles un lien avec cette unique opération immobilière. D'autre part, l'indice d'une activité indépendante relatif à l'usage de crédits importants et le réinvestissement des bénéfices réalisés dans des opérations mobilières ou immobilière ultérieures n'était pas non plus pertinent dès lors qu'il n'était pas actif dans l'immobilier, et que dans l'hypothèse où il devait se laisser imputer le gain réalisé sur la revente des titres de la SI, il n'avait opéré aucun réinvestissement des bénéfices réalisés dans des opérations immobilières ultérieures. Il avait agi à titre privé. Dans cette hypothèse, il conviendrait de s'interroger sur le for d'imposition du gain qu'il aurait réalisé.
Selon la doctrine et la jurisprudence, le canton de situation de l'immeuble avait en principe le droit exclusif d'imposer le rendement et le gain immobilier privé, car la jurisprudence prévoyait que le gain réalisé sur la vente de la totalité des actions d'une société immobilière était aussi imposable au for immobilier, dès lors que cette opération pouvait être assimilée à la vente de l'immeuble lui-même. De plus, la loi fédérale sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 (LHID - RS 642.14) avait étendu le droit d'imposer du canton de situation. Désormais, tout transfert de participations à des sociétés immobilières faisant partie de la fortune privée du contribuable était imposable dans le canton de situation, dans la mesure où le droit cantonal en prévoyait l'imposition. En l'occurrence, le for d'imposition se trouvait exclusivement dans le canton de Vaud, l'immeuble y étant sis.
Si la chambre administrative considérait que le gain réalisé était imputable au recourant et que ce dernier avait agi en qualité de professionnel de l'immobilier, le for d'imposition se trouverait également à Lausanne : d'une part, la plus-value enregistrée ne pouvait être qu'immobilière et constituée par la différence entre la valeur vénale de l'immeuble au moment de l'achat des actions de la SI en juillet 2001 et leur vente en janvier 2000 ; d'autre part, la plus-value réalisée sur la vente des actions de la SI ne pouvait être liée qu'à une plus-value réalisée sur l'immeuble lui-même; les actions de la SI, dont le seul actif était le bien immobilier sis Avenue Y______, avaient été acquises à un prix substantiellement moindre que la valeur vénale de l'immeuble lui-même.
En conséquence, le canton de Vaud était seul compétent pour imposer le gain immobilier réalisé sur la vente des actions de la SI, ce que confirmait encore le principe d'interdiction de la double imposition intercantonale.
Une reformatio in pejus ne pouvait pas être envisagée, dans la mesure où l'AFC-GE avait renoncé à établir des bordereaux rectificatifs au terme de la procédure de réclamation, alors qu'elle était en droit de le faire.
Le recourant ne contestait ni le principe du rappel d'impôt, ni la quotité des amendes prononcées par l'intimée.
Selon la doctrine, la preuve du rapport fiduciaire, lequel doit reposer sur des motifs sérieux, devait être strictement observée afin d'éviter les possibilités trop larges d'éluder l'impôt.
Reprenant la notice de l'AFC-GE relative aux rapports fiduciaires, la jurisprudence du Tribunal fédéral prescrivait qu'il devait y avoir entre fiduciant et fiduciaire les arrangements conclus à l'époque où la fiducie a été constituée. Le contrat de fiducie devait indiquer l'identité et l'adresse du fiduciant, ainsi que les biens soumis aux rapports fiduciaires en indiquant les éléments qui les composent. Le Tribunal administratif genevois avait précisé que cette notice était applicable à l'ICC et à l'IFD. Elle exigeait que les bilans présentés à l'autorité fiscale devaient indiquer clairement que le fiduciaire détenait des valeurs pour le compte de tiers ; les comptes fiduciaires devaient y figurer séparément, à l'actif comme au passif, ou hors bilan. En l'espèce, le contribuable avait échoué à apporter la preuve qu'il avait agi à titre fiduciaire lors de l'acquisition du capital-actions de la société immobilière intervenue le 4 juillet 2001. En conséquence, le bénéfice d'aliénation du capital-actions réalisé était imputable au contribuable.
Ce gain en capital revêtait un caractère professionnel, ainsi que l'avait à juste titre souligné le TAPI.
S'agissant du for d'imposition du gain en capital, l'IFD était perçu par le canton de domicile des personnes physique, et l'ICC dépendait en l'espèce de savoir si la société immobilière devait être fiscalement considérée comme transparente ou non. La doctrine majoritaire était d'avis que faute de dispositions légales particulières déclarant les sociétés immobilières comme transparentes (appréhension de ces dernières sous l'angle économique), il n'y avait pas de raison d'assujettir le détenteur d'actions de telles sociétés en Suisse (sic). Dès lors que le capital-actions d'une société immobilière ne pouvait pas être considéré, d'un point de vue fiscal, comme un immeuble, il devait être considéré comme faisant partie de la fortune mobilière du contribuable, assujetti de manière illimité aux impôts directs dans le canton de Genève.
Dans le cas inverse, si la chambre administrative devait considérer que la société était transparente, il faudrait déterminer qui était en droit d'imposer le gain en capital provenant de la vente de l'immeuble, vu que la société immobilière serait considérée comme un immeuble détenu directement par le contribuable. En l'occurrence, le contribuable était domicilié dans le canton de Genève, où il y exerçait une activité indépendante. La fortune commerciale comportait l'immeuble sis à la rue Y______. Cet immeuble ne constituait pas un établissement stable, puisque l'activité indépendante n'y était pas exercée de manière qualitativement et quantitativement importante, mais un immeuble de placement. En conséquence, la plus-value immobilière sur la vente était en principe taxable au lieu de situation de l'immeuble. Toutefois, sur une période de six mois entre l'achat et la vente de l'immeuble, il ne pouvait pas y avoir de plus-value immobilière. Le bénéfice réalisé représentait en fait une plus-value sur les actions de la société, de sorte qu'il n'existait pas de for d'imposition exclusif au lieu de situation de l'immeuble, et que le canton de Genève était compétent pour imposer sur le revenu du contribuable le produit de la transaction.
S'agissant de la reformatio in pejus, elle maintenait sa conclusion et s'en remettait à l'appréciation de la chambre administrative quant à la possibilité de modifier le bordereau en rappel d'impôt en défaveur du recourant.
a. M. A______ était l'administrateur de la société Z______ S.A., laquelle avait acquis, le 1er janvier 2002, le capital-actions de la SI avenue de Y______ 2 à Lausanne. Cette société était vide. Un client de la société, Monsieur B______, était l'actionnaire unique de Z______ S.A. et avait transmis des actions à M. A______ afin qu'il les mette au profit de Z______ S.A. M. A______ n'avait pas rencontré M. X______ dans le cadre de cette affaire. La SI avait été liquidée en 2003 et les impôts de liquidations avaient été payés dans le canton de Vaud. M. A______ n'avait pas dans son dossier un contrat par lequel M. B______ achetait les actions de la SI au recourant. Par contre, il s'y trouvait le contrat par lequel ce dernier achetait les actions de la SI auparavant. M. X______ était resté administrateur du fait que M. B______ désirait liquider la SI, mais ne souhaitait pas que M. A______ soit administrateur. Il était donc plus simple que M. X______ le reste jusqu'à la liquidation.
b. M. D______ était menuisier-ébéniste de profession. M. X______ avait logé une année dans un appartement qui était à son nom. L'entreprise de M. X______ était sa fiduciaire depuis 1992. Il avait une procuration de M. X______, qui ne pouvait pas se rendre chez le notaire, afin de le représenter lors de l'opération de vente d'actions du 4 juillet 2001. Il avait signé pour M. X______ la vente d'actions comme cela été convenu entre eux. Il avait accepté de le faire car il lui semblait qu'il n'y avait rien d'insolite dans cette opération. Selon M. X______, il devait le représenter, étant entendu qu'il agissait lui-même pour le compte de M. B______. M. D______ avait agi deux ou trois fois dans des opérations de ce genre pour représenter M. X______, uniquement pour signer une convention. Il n'avait jamais eu de relation d'affaires avec lui.
c. M. X______ a expliqué qu’à l’époque, il cherchait des mandats d'administrateur de SI. Il n'avait rencontré M. B______ qu'une seule fois, et n'avait pas pris de précautions suffisantes, notamment en lui faisant signer un contrat de fiducie. Il s'étonnait que la convention conclue en juillet 2001, laquelle ne lui avait jamais été donnée à lire, ne mentionne pas le fait qu''il agissait pour le compte d'un tiers. Les instructions qui lui avaient été données consistaient simplement à signer la convention de vente. Le notaire qui avait instrumenté la convention et la procuration était Maître H______. M. X______ n'avait eu qu'un échange oral avec lui à ce sujet, et n'avait jamais rencontré M. E______, qui avait vendu les actions de la SI. Il n'avait pas participé aux négociations avec la banque Migros pour l'obtention de crédits hypothécaires. En revanche, en qualité d'administrateur unique avec signature individuelle, c'était lui qui avait signé l'offre de prêt. Le notaire n'avait jamais remis à M. X______ les actions de la SI qu'il avait prétendument achetées. Aucune somme d'argent en lien avec cette transaction n'avait transité sur un compte lui appartement. Selon M. X______, ce dernier avait donné le nom de M. B______ à l'AFC-GE lors de son entretien à l'hôtel des Finances en 2008, tout en demandant à cette dernière d'entreprendre des démarches pour connaître les mouvements de fonds afin de le « disculper », ce à quoi l'AFC-GE avait répondu que le montant en jeu était trop insignifiant pour le faire.
d. Une représentante de l'AFC-GE présente lors de ce dernier entretien a précisé qu'à cette occasion, M. X______ n'avait pas donné de nom de client. Il était erroné de dire que l'AFC-GE considérait le montant comme trop faible pour engager des démarches.
Le capital-actions d'une société immobilière devait être considéré fiscalement comme un immeuble et un éventuel gain en capital n'était imposable que dans le canton de situation de l'immeuble. La plus-value dégagée était exclusivement de nature immobilière.
Il avait toujours soutenu que le gain réalisé lors de la revente des actions de la SI ne pouvait pas lui être imputé fiscalement, et ses déclarations étaient confirmées par les témoins entendus. M. A______ avait confirmé l'implication de M. B______ dans les opérations en cause, bien que n'ayant pas vu de contrat par lequel M. B______ achetait les actions de la SI au contribuable. Il était surprenant également que M. B______, en sa qualité d'hypothétique acheteur, n'ait pas jugé utile de documenter une transaction d'un montant aussi important.
Il avait toujours affirmé n'avoir agi dans l'opération d'achat de juillet 2001 qu'à titre fiduciaire, pour le compte de M. B______. Il contestait la correspondance de la société fiduciaire C______ S.A., n'ayant jamais eu de contact avec Z______ S.A. L'administrateur de cette dernière n'avait par ailleurs produit aucun contrat écrit ou document confirmant ses dires. Il n'était pas vraisemblable non plus qu'une transaction immobilière s'élevant à CHF 1'186'407.- soit conclue oralement.
En conséquence, le gain réalisé sur la vente des actions en 2002 ne pouvait pas lui être imputé.
Enfin, l'AFC-GE avait enfreint les règles de procédure applicables. Il avait informé cette dernière à réitérées reprises de son impossibilité de fournir les documents et informations qu'elle requérait, et lui avait expressément demandé qu'elle se renseigne auprès de tiers, lors de la séance du 11 juin 2008 et dans sa correspondance du 4 juillet 2008. Elle avait refusé de donner suite à ces requêtes sans motivation, ce qui était contraire à la loi et au principe de la maxime inquisitoire applicable en procédure fiscale.
Le recourant ne prouvait pas qu'il existait une relation fiduciaire entre lui-même et M. B______ au moment des faits. Cette allégation se basait uniquement sur son témoignage et celui de M. D______. Il n'était pas démontré que M. X______ n'était pas bénéficiaire économique ou actionnaire de la SI. Il était étonnant qu'il se soit fait représenter par M. D______, qui n'était pas versé dans les affaires.
Les propos du recourant étaient contradictoires; il avait affirmé premièrement ne pas avoir conclu de contrat de fiducie dans son mémoire de recours, puis avait soutenu le contraire dans sa réplique. Lors des auditions, il avait déclaré avoir demandé à M. D______ de signer, par-devant notaire, la convention à sa place, alors que dans son recours, il indiquait que la procuration était nulle en vertu des règles sur la simulation ou celle de l'erreur essentielle. Le recourant avait mis en exergue dans sa réplique que la correspondance de la société Z______ S.A. du 26 juillet 2004 allait à l'encontre de ce qui avait été affirmé par l'administrateur de cette société lors de l'audition, s'agissant de la vente des actions de la SI par M. X______. Selon l'intimée, il convenait de s'en référer au premier courrier, puisque la déclaration de son administrateur était faite près de dix ans après que les faits se soient produits.
Le recourant avait échoué à apporter la preuve qu'il n'était pas actionnaire ou ayant droit économique de la SI, alors que cela lui incombait.
L'art. 127 al. 1 let. e LIFD avait un caractère potestatif. L'AFC-GE n'était pas tenue d'agir de la sorte car, selon la doctrine, une telle obligation contredirait l'impératif de célérité qui devait présider à la taxation. Le recourant était responsable de ne pas avoir pu produire le contrat de fiducie, ce qu'il avait reconnu en indiquant lors des auditions qu'il n'avait « pas pris les précautions suffisantes ».
Enfin, l'AFC-GE maintenait sa position quant à sa compétence pour imposer le gain réalisé sur la vente du capital-actions.
EN DROIT
Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 53 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 - LPFisc - D 3 17 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10).
Dans ses observations, l'AFC-GE conclut au rejet du recours ainsi qu'à la reformatio in pejus du bordereau du 26 août 2008.
Elle n'a toutefois pas recouru auprès de la chambre administrative contre le jugement du TAPI dans le délai légal de trente jours (art. 62 al. 1 let. a LPA).
Dès lors qu'aucune autre conclusion que celles visant à la confirmation du jugement querellé ainsi qu'à l'octroi d'une indemnité de procédure ne peut être prise en dehors du délai légal de recours, les conclusions de l'AFC-GE concernant une éventuelle reformatio in pejus sont irrecevables faute d’avoir été prises dans le délai précité, le recours incident étant par ailleurs inconnu de la LPA (ATA/306/2012 du 15 mai 2012 ; ATA/98/2009 du 26 février 2009 ; ATA/320/2008 du 17 juin 2008 ; ATA/592/2007 du 20 novembre 2007 ; ATA/133/2012 du 13 mars 2012).
La chambre administrative n'entend par ailleurs pas faire usage de la faculté conférée par l'art. 54 LPFisc, au vu notamment de l'issue du litige en matière d'ICC.
Comme le veut la jurisprudence, les deux impôts seront abordés séparément (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1).
Impôt fédéral direct
Or, la prescription est une institution de droit matériel qui concerne directement l’existence de la créance fiscale (Arrêt du Tribunal fédéral 2P.227/2002 du 19 juin 2003 ; RDAF 2002 II 89 p. 94 et les arrêts cités).
En matière d’impôts directs, il convient de distinguer la prescription du droit de taxer, d’une part, et la prescription du droit de percevoir l’impôt, d’autre part. En effet pour ces impôts, la créance fiscale doit d’abord être établie par l’administration à l’intérieur d’une certaine période. La prescription de la créance fiscale, qui implique le recouvrement de l’impôt, intervient ensuite (X. OBERSON, Droit fiscal suisse, 3ème éd., 2007, p. 496, n. 28).
La notion d’acte interruptif de la prescription fiscale s’interprète largement. Tous les actes de l’autorité qui sont portés à la connaissance du contribuable dans le processus tendant à déterminer la créance ont pour effet d’interrompre la prescription même s’ils ne continuent pas concrètement la procédure de taxation. Il en va ainsi non seulement des actes de perception de l’impôt proprement dit mais aussi de l’ensemble des autres actes officiels, à l’image de simples lettres ou d’injonctions s’inscrivant dans le suivi de la taxation.
A l’époque des faits, soit de la notification de la décision de taxation et de la décision sur réclamation, la limitation dans le temps du droit de taxer était régie par l'art. 120 LIFD. La prescription de la créance fiscale était régie quant à elle par l'art. 121 LIFD.
In casu, il y a lieu de constater qu'aucun des délais prévus par les dispositions précitées n'a été atteint, compte tenu des actes effectués régulièrement à la suite de la taxation.
Il découle des art. 27 al. 2 let. b et 125 al. 2 LIFD qu'un professionnel de l’immobilier doit tenir une comptabilité, ou à tout le moins l’état de ses actifs et passifs, les relevés de ses recettes et dépenses ainsi que de ses prélèvements et apports privés (Arrêt du Tribunal fédéral 2A_300/2006 précité, consid. 3.5 ; ATA/367/2010 du 1er juin 2010 consid. 4). Ces états d’actifs et passifs doivent non seulement être signés et datés par le contribuable, mais également être établis chronologiquement aux dates successives de bouclement des exercices commerciaux déterminants pour les périodes fiscales en cause (Arrêt du Tribunal fédéral 2A.300/2006 précité, consid. 10.2 ; 2P.185/2006 précité, consid. 3.5). Il n’appartient en effet pas aux autorités fiscales de rétablir la comptabilité défaillante d’un contribuable (Arrêt du Tribunal fédéral 2C_669/2008 du 8 décembre 2008, consid. 7 ; 2P.185/2006 précité, consid. 10), ni de déterminer le montant des pertes que celui-ci n’a pas annoncées en se fondant sur les autres données apparaissant dans la déclaration remise ou dans ses nombreuses annexes (ATA/756/2002 du 3 décembre 2002, consid. 4b).
Le droit au rappel d’impôt existe dès que l’autorité fiscale découvre des faits ou des moyens de preuve inconnus d’elle à la date où elle avait taxé le contribuable de manière définitive. Ce dernier est garant de ses déclarations, sur lesquelles l’autorité de taxation est en droit en principe de se fonder sans les vérifier et d’en présumer l’exactitude. C’est seulement lorsqu’il peut être reproché à l’autorité de taxation une éventuelle négligence grave dans le traitement du dossier, lorsqu’elle aurait dû se rendre compte d’un élément de fait essentiel à la lecture des indications contenues dans la déclaration ou des pièces, ou lorsqu’elle n’a pas procédé immédiatement aux investigations nécessaires alors que des éléments de fait importants ressortaient de manière évidente du dossier qu’elle perd son droit au rappel d’impôt (Arrêt du Tribunal fédéral 2C_104/2008 précité consid 3.3 ; H. CASANOVA, op. cit., 2, p. 11 ; H. CASANOVA in D. YERSIN / Y. NOËL, op. cit., p. 355, et la doctrine citée). L’autorité fiscale ne doit se livrer à des investigations complémentaires que si la déclaration contient indiscutablement des inexactitudes flagrantes. Tel n’est pas le cas lorsque les faits connus ont entraîné ultérieurement une taxation incorrecte parce qu’ils étaient équivoques ou incomplets. De telles inexactitudes ne permettent en effet pas de considérer que ces éléments étaient déjà connus des autorités au moment de la taxation ou encore qu’il faudrait leur en imputer la connaissance (Revue fiscale 2006, 442, consid. 2 ; H.73.482 = RDAF 203 II 622 consid. 3.3.2/3 ; H. CASANOVA, op. cit., n° 11, p. 1'355).
En l'espèce, les conditions d'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt sont remplies, dès lors que le contribuable a omis d'indiquer dans sa déclaration fiscale pour l'année 2001 qu'il avait acquis le capital-actions de la SI, pour le montant de CHF 500'000.-. Bien que cette opération soit contestée, les soupçons d'inexactitude de la déclaration fiscale du contribuable étaient suffisants pour entamer cette procédure.
Est également applicable le principe de la libre appréciation des preuves. L'autorité forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire (E. BLUMENSTEIN/P. LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6ème éd., 2002, p. 403/404 ; J.-M. RIVIER, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2ème éd., 1998, p. 139). Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de taxation confine à une certitude absolue qui exclurait tout autre possibilité ; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (Arrêts du Tribunal fédéral 2C_574/2009 du 21 avril 2010 ; 2C_47/2009 du 26 mai 2009 ; 2A_374/2006 du 30 octobre 2006 consid. 4.2 ; ATA/226/2012 du 17 avril 2012 ; ATA/95/2012 du 21 février 2012 ; M. ZWEIFEL, Die Sachverhaltsermittlung im Steuer-veranlagungsverfahren, 1989, p. 109 ch. 4.3).
Il peut arriver que, même après l'instruction menée par l'autorité, un fait déterminant pour la taxation reste incertain. Ce sont les règles générales du fardeau de la preuve qui s'appliquent pour déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un tel fait. En matière fiscale, ce principe veut que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATA/778/2011 du 20 décembre 2011 ; ATA/747/2011 du 6 décembre 2011 ; E. BLUMENSTEIN/P. LOCHER, op. cit., p. 416 et les nombreuses références citées). Par ailleurs, le contribuable doit prouver l'exactitude de sa déclaration d'impôt et de ses explications ultérieures ; on ne peut pas, en revanche, lui demander de prouver un fait négatif et de démontrer, par exemple, qu'il n'a pas d'autres revenus que ceux annoncés (J.-M. RIVIER, op. cit., p. 138). Il incombe en effet à l'autorité fiscale d'apporter la preuve de l'existence d'éléments imposables non déclarés. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'informations révélant l'existence de tels éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations. Ce dernier devra justifier l'origine des montants non déclarés et il pourra même être obligé de fournir des renseignements supplémentaires sur les rapports contractuels mis à jour par l'autorité fiscale et sur les prestations qui en découlent (ATF 121 II 257 consid. 4c.aa p. 266 et les références citées ; Arrêt du Tribunal fédéral 2A.374/2006 du 30 octobre 2006 consid. 4.2). L’omission ou l’échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si ces dernières paraissent vraisemblables (Arrêt du Tribunal fédéral 2A.347/2002 du 2 juin 2003, consid. 2.1 et les références citées ; ATA/607/2008 du 2 décembre 2008 consid. 7a).
Selon les principes applicables ci-dessus développés, il appartenait au contribuable de prouver l'exactitude de sa déclaration d'impôt et de ses explications ultérieures ; dès lors que les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportaient suffisamment d'informations révélant l'existence d'éléments imposables non déclarés, il était de son devoir d'établir l'exactitude de ses allégations. En l'espèce, ces dernières ont considérablement varié durant la procédure.
Le 9 février 2007, il n'avait aucun souvenir d'une société Z______ S.A. Le 20 mai 2008, il a expliqué que la vente de la SI à Z______ S.A. lui était étrangère, dès lors qu'il n'y avait pas participé. Le 4 juillet 2008, il remettait à l'administration une copie du prêt hypothécaire de la banque Migros établi au nom de la SI, indiquant cependant qu'il s'agissait du seul document qu'il avait été à même de se procurer. Il n'a ensuite pas répondu au courrier du pli recommandé du 11 juillet 2008 de l'AFC-GE, par lequel elle l'informait que son courrier du 4 juillet 2008 ne répondait pas à ses attentes, dès lors qu'elle lui avait accordél un délai pour qu'il fournisse des éléments et moyens de preuve écrits permettant de statuer sur sa situation. Dans sa réclamation du 25 septembre 2008, il assurait que l'opération d'achat des actions de la SI n'avait pu être effectuée qu'à titre fiduciaire pour un tiers, bien qu'aucune mention spécifique n'en eût été faite, puisqu'il n'y était pas présent et qu'il n'avait pas signé la convention.
Dans son recours à la commission du 15 décembre 2008, il a en revanche su reprendre l'historique de l'existence de la SI et expliquer le déroulement des transactions. Le contribuable ajoutait à cet égard n'avoir jamais eu l'intention de donner en son nom et pour son compte un pouvoir en vue de la vente de l'achat de la SI, puisqu'il n'en était ni l'actionnaire ni même l'ayant droit économique, que la procuration sur la base de laquelle les actions de la SI avaient été acquises par M. D______ ne pouvait être considérée que comme un acte nul en application des règles sur la simulation ou sur l'erreur essentielle, et qu'il n'avait pas agi à titre fiduciaire.
Enfin, lors de l'audience de comparution personnelle et d'enquêtes tenue dans le cadre de l'instruction du présent recours le 18 novembre 2011, le contribuable a déclaré n'avoir rencontré M. B______ qu'une seule fois, et n'avoir pas pris de précautions suffisantes en lui faisant signer un contrat de fiducie. Il s'étonnait que la convention conclue en juillet 2001, laquelle ne lui avait jamais été donnée à lire, ne mentionne pas le fait qu'il agissait pour le compte d'un tiers. Il n'avait pas participé aux négociations avec la banque Migros pour l'obtention de crédits hypothécaires. Le notaire ne lui avait jamais remis les actions de la SI qu'il avait prétendument achetées. Aucune somme d'argent en lien avec cette transaction n'avait transité sur un compte lui appartement.
En l'occurrence, le contribuable ne pouvait pas se prévaloir de son ignorance alors qu'il avait été chargé d'administrer la SI et possédait un bureau fiduciaire. Le contribuable a changé à réitérées reprises de version quant à son rôle dans les transactions litigieuses. Le recourant a ainsi manqué à son devoir de justifier l'origine des montants non déclarés. Il se devait de fournir des renseignements supplémentaires sur les rapports contractuels mis à jour par l'autorité fiscale et sur les prestations qui en découlaient, ainsi que l'obligeait l'administration, et conformément à la jurisprudence citée plus haut.
Dans ces circonstances, la conduite de la procédure par l'AFC-GE était conforme au droit.
Sont imposables tous les revenus provenant de l’exploitation d’une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l’exercice d’une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante (art. 18 al. 1 LIFD).
Est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (y compris les actions gratuites ou les augmentations gratuites de la valeur nominale ; art. 20 al. 1 let. c LIFD). Est également considérée comme rendement de la fortune mobilière au sens de cette disposition la liquidation partielle indirecte prévue par l'art. 20a al. 1 let. a LIFD, dont les conditions sont désormais les suivantes : a) détention par le vendeur d'une participation d'au moins 20 % de la société à céder dans sa fortune privée ; b) transfert de la participation dans la fortune commerciale de l'acquéreur ; c) distribution dans les cinq ans suivant la vente de la substance non nécessaire à l'exploitation, existant au moment de la vente et susceptible d'être distribuée selon le droit commercial ; et d) participation du vendeur à l'opération (Arrêt du Tribunal fédéral 2C_906/2010 du 31 mai 2012 consid. 2.2).
Le revenu net se calcule en défalquant du total des revenus imposables les déductions générales et les frais mentionnés aux art. 26 à 33a LIFD (art. 25 LIFD).
Il n'existe pas en droit fédéral d'impôt sur les gains immobiliers, si bien qu'il ne saurait y avoir conflit entre celui-ci et l'IFD (Arrêt du Tribunal fédéral 2C_906/2010 du 31 mai 2012 consid. 3.2).
Le recourant conteste dans un premier grief que le gain réalisé lors de l'opération en cause lui soit imputable fiscalement, car il aurait agi à titre fiduciaire.
En cas de fiducie, l'imposition des biens et des rendements se fait auprès du fiduciant, c'est-à-dire le propriétaire économique, moyennant le respect de plusieurs conditions, mentionnées notamment dans une notice de l’AFC-CH d'octobre 1967 (notice S-02.107 sur les rapports fiduciaires, accessible sous http://www.estv.admin.ch/verrechnungssteuer/dokumentation/00207/00431/index.html?lang=fr - ci-après la notice) et reprise par la jurisprudence de la juridiction de céans (ATA/330/2007 du 26 juin 2007 consid. 4 et les arrêts cités).
L'existence d'un rapport de fiducie n'est, en droit fiscal, admise que si le contribuable peut rapporter la preuve irrécusable du rapport fiduciaire, en particulier par la production d'un contrat écrit, que ledit rapport repose sur des motifs économiques sérieux (ATA/330/2007 précité, consid. 4) et si le fiduciaire n'intervient pas en même temps comme acheteur et comme vendeur pour le compte du fiduciant (ch. 15 de la notice). Il est ainsi présumé que les opérations effectuées en nom propre sont conclues pour le compte de la personne qui agit ; les autorités fiscales sont donc autorisées à imputer une opération à la personne qui l'a effectuée, et l'allégation selon laquelle une opération a été effectuée en nom propre mais pour le compte d'un tiers ne saurait être prise en considération lorsqu'elle n'est pas prouvée (cf. Arrêt du Tribunal fédéral 2C_387/2007 du 4 mars 2008 consid. 4.2).
Selon la jurisprudence fédérale - qui élargit sur ce point quelque peu les termes de la notice -, l'absence de contrat écrit ne saurait, en elle-même, être déterminante, à condition que d'autres éléments prouvent que la personne a agi pour le compte d'un tiers (ATF 138 II 57 consid. 5.1.1). A défaut d'une preuve formelle, on ne peut reprocher à l'autorité de conclure que toute somme d'argent reçue par la société en son nom propre l'a enrichie (Arrêts du Tribunal fédéral 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 4.2 ; 2C_387/2007 du 4 mars 2008 consid. 4.7).
Il n'a cependant produit aucun contrat écrit sur ce point, reconnaissant même lors de l'audience d'enquêtes et de comparution personnelle des parties n'avoir à cet égard « pas pris les précautions suffisantes ».
En l'absence de toute trace écrite, les témoignages de MM. A______ et D______ s'avèrent insuffisants pour établir l'existence et le cas échéant les termes d'un contrat de fiducie entre MM. X______ et B______.
En outre, au vu des explications données par les témoins, l'existence d'un tel rapport de fiducie signifierait, dès lors que Z______ S.A. était également en mains de M. B______, que le recourant aurait agi d'abord comme acheteur, puis comme vendeur pour le compte du même fiduciant, ce qui entraînerait également l'absence de reconnaissance du rapport de fiducie du point de vue fiscal.
Le grief doit ainsi être écarté.
La délimitation entre gestion de la fortune privée et transaction professionnelle a fait l'objet d'une abondante jurisprudence du Tribunal fédéral (voir notamment les Arrêts du Tribunal fédéral 2C_47/2012 du 28 juin 2012 consid. 4.2 ; 2C_1023/2011 du 10 mai 2012 consid. 6.1 ; 2C_819/2011 du 20 avril 2012 consid. 3.2 ; 2C_455/2011 du 5 avril 2012 consid. 5.1 et les nombreux arrêts cités). Celle-ci retient que la notion d'activité lucrative indépendante s'interprète largement. En matière de transactions immobilières, il est admis qu'il peut y avoir activité lucrative indépendante même si le contribuable n'a pas de lien initial avec le secteur de l'immobilier. Pour déterminer la frontière entre activité lucrative indépendante et gestion de patrimoine privé, la pratique a posé une série d'indices : le caractère systématique et/ou planifié des opérations, la fréquence élevée des transactions, la courte durée de possession des biens avant leur (re)vente, la relation étroite entre l'activité indépendante (accessoire) supposée et la formation et/ou la profession (principale) du contribuable, l'utilisation de connaissances spécialisées, l'engagement de fonds étrangers d'une certaine importance pour financer les opérations, le réinvestissement du bénéfice réalisé ou encore la constitution d'une société de personnes. On peut aussi mentionner l'utilisation effective du bien et le motif de son aliénation. Chacun de ces indices peut conduire, en concours avec les autres voire - exceptionnellement - isolément s'il revêt une intensité particulière, à la reconnaissance d'une activité lucrative indépendante. En tout état, les circonstances concrètes du cas sont déterminantes, telles qu'elles se présentent au moment de l'aliénation (ibid. ; ATA/422/2012 du 3 juillet 2012 consid. 5 ; ATA/541/2011 du 30 août 2011 consid. 3), étant précisé que les actifs de la fortune commerciale du commerçant d'immeubles ou de titres demeurent commerciaux malgré l'écoulement du temps (Arrêt du Tribunal fédéral 2C_164/2009 du 13 août 2009 consid. 5.4).
Même si le recourant n'a pas de connaissances ni d'expérience particulière en matière immobilière, il n'en est pas moins, de par sa profession, rompu aux affaires et particulièrement apte à mener une opération d'achat et de revente de société anonyme. En outre, il ne conteste pas que l'opération en question a été menée dans le cadre de son activité professionnelle de comptable responsable d'une fiduciaire.
Par ailleurs, si l'apport financier extérieur est une donnée qui est courante aussi pour les opérations de gestion purement privée, et dont le caractère de critère de délimitation vis-à-vis de l'activité commerciale indépendante doit être relativisé, il n'y a pas moins lieu de constater en l'espèce que le montant du prêt (CHF 900'000.-) était supérieur à celui de l'achat (CHF 500'000.-), ce qui lui confère un caractère commercial marqué.
Enfin, la durée de possession a été très courte et a engendré une forte plus-value à la revente.
Dès lors, même si l'opération en cause était unique, elle revêtait bien un caractère commercial prépondérant.
Impôt cantonal et communal
La loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 est entrée en vigueur le 1er janvier 2010 (LIPP - D 3 08). Elle unifie les cinq lois issues de l'adaptation de la législation fiscale genevoise sur l'imposition des personnes physiques aux exigences de la loi fédérale sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 (LHID - RS 642.14). A teneur de son art. 69 al. 1 let. d et e, la LIPP abroge la aLIPP-IV et la loi sur l’imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l’impôt et rabais d’impôt - Compensation des effets de la progression à froid du 22 septembre 2000 (aLIPP-V - D 3 16). Elle ne s'applique cependant pour la première fois qu'aux impôts de la période fiscale 2010 (art. 72 al. 1 LIPP). Les impôts relatifs aux périodes fiscales antérieures demeurent régis par les dispositions de l'ancien droit.
b. La loi de procédure fiscale, du 4 octobre 2001 (LPFisc - D 3 17) est entrée en vigueur le 1er janvier 2002, remplaçant les dispositions de procédure contenues dans la loi générale sur les contributions publiques du 9 novembre l887 (LCP - D 3 05). Cette loi s’applique immédiatement aux causes pendantes (art. 86 LPFisc). En l’occurrence, la procédure de taxation litigieuse a été reprise par l'AFC-GE après l'année 2002. La procédure qui s’en est suivie jusqu’à ce jour doit donc être examinée au regard de la nouvelle loi de procédure fiscale.
Les griefs y relatifs seront dès lors écartés pour les mêmes motifs.
En matière d'ICC se pose néanmoins la question - du for d'imposition du gain et, éventuellement, celle de la délimitation avec un autre impôt, celui frappant les gains immobiliers (prévu aux art. 12 de la loi fédérale sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 - LHID - RS 642.14 et 80 ss LCP).
Le principe de l'interdiction de la double imposition de l'art. 127 al. 3, 1ère phr. de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. - RS 101) s'oppose à ce qu'un contribuable soit concrètement soumis, par deux ou plusieurs cantons, sur le même objet, pendant la même période, à des impôts analogues (double imposition effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale et, violant des règles de conflit jurisprudentielles, prétende prélever un impôt dont la perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition virtuelle ; Arrêt du Tribunal fédéral 2C_482/2011 du 25 juillet 2012 consid. 3.1).
a. Selon l'art. 4 al. 1 LHID, les personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, ne sont ni domiciliées ni en séjour dans le canton sont assujetties à l’impôt à raison du rattachement économique lorsqu’elles exploitent une entreprise ou un établissement stable dans le canton, qu’elles y possèdent des immeubles, en ont la jouissance, servent d’intermédiaires dans des opérations immobilières ou font du commerce immobilier.
b. De jurisprudence constante du Tribunal fédéral, les gains liés à un transfert immobilier sont imposables - sur le revenu ou les gains immobiliers - exclusivement dans le canton de situation de l'immeuble, ce qui vaut également dans le cas d'une vente par une personne pratiquant une activité indépendante de commerce d'immeubles (ATF 137 I 145 consid. 2.2 ; 131 I 149 consid. 3 = RDAF 2005 II 481 ; 116 Ia 127 consid. 2b ; 111 Ia 120 consid. 2a ; 94 I 41).
c. Le transfert de la totalité ou d'une grande majorité des actions d'une société immobilière équivaut, d'un point de vue économique (et fiscal) à un transfert de propriété (ATF 99 Ia 459 consid. 3a et les arrêts cités ; Arrêt du Tribunal fédéral 2C_355/2009 du 19 novembre 2009 consid. 4.1 ; P. MÄUSLI-ALLENSPACH, in M. ZWEIFEL et al., Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 16 n. 13 ; D. DE VRIES REILINGH, La double imposition intercantonale, 2005, n. 317, 320 et 330 ; E. BLUMENSTEIN/P. LOCHER, op. cit., p. 204 s. ; E. HÖHN / P. MÄUSLI, Interkantonales Steuerrecht, 4ème éd., 2000, § 15 n. 13, qui indiquent que le prix de vente doit représenter la contre-valeur du bien-fonds).
Selon certains auteurs, cette jurisprudence établit une semi-transparence de ces sociétés en matière de gains immobiliers (W. RYSER / B. ROLLI, Précis de droit fiscal suisse, 2002, p. 358), étant rappelé que selon le principe de la transparence, on peut sur le plan fiscal renoncer à dissocier une personne morale de la personne physique qui en est l'ayant droit, à condition toutefois que la dualité juridique vise à éluder des dispositions légales ou, de manière plus générale, à commettre un abus de droit (ATF 136 I 49 consid. 5.4 ; 128 II 329 consid. 2.4 et les arrêts cités).
d. Une société est qualifiée d'immobilière lorsque son but ou son activité effective consiste exclusivement ou principalement dans l'acquisition, la détention, l'exploitation, la gestion et la vente de biens immobiliers au sens de l'art. 655du Code civil suisse du 10 décembre l907 (CCS - RS 210) ; ses actifs doivent en général être constitués à raison de deux tiers de biens immobiliers et son bénéfice provenir à raison de deux tiers au moins de ces activités. Lorsque les immeubles ne constituent que le support physique d'une exploitation industrielle ou commerciale, la société ne saurait être qualifiée « d'immobilière » mais bien «d'exploitation » (Arrêt du Tribunal fédéral 2C_641/2009 du 21 janvier 2010 consid. 5.1). Si le but statutaire de la société est un critère important au sens de la jurisprudence du Tribunal fédéral, il convient d'examiner selon les circonstances de l'espèce si un transfert est réellement équivalent à une vente d'immeuble (P. MÄUSLI-ALLENSPACH, op. cit., § 16 n. 14).
Quant à l'argument de l'autorité intimée selon lequel le gain ne serait pas attribuable à une plus-value conjoncturelle et constituerait donc un gain mobilier, on ne perçoit pas le fondement de cette distinction ; du reste, en matière d'impôt sur les gains immobiliers, tel que prévu par l'art. 12 LHID, la courte durée de possession entraîne simplement une imposition plus lourde (art. 12 al. 5 LHID). Le fait que la plus-value sur l'immeuble soit conjoncturelle ou spéculative est d'autant moins pertinente en l'espèce que l'on ne voit pas non plus ce qui aurait pu faire prendre, en sept mois et indépendamment de l'immeuble, de la valeur aux actions de la SI. L'immeuble en cause étant le seul actif de la SI, la plus-value ne peut que concerner ce dernier.
Dès lors, les autorités fiscales genevoises ne pouvaient pas taxer le gain obtenu lors de l'aliénation du capital-actions de la SI avenue Y______ 2, 4, 6, seul le canton de Vaud étant compétent pour ce faire.
Le recours sera partiellement admis, et le jugement attaqué annulé en ce qu'il rejette le recours portant sur l'ICC 2002. Les décisions de rappel d'impôt (nouvelle taxation) et d'amende relatives à l'ICC 2002 seront annulées, de même que la décision sur réclamation y relative.
Vu l'issue du recours, un émolument - réduit - de CHF 500.- sera mis à la charge du recourant, qui succombe partiellement (art. 87 al. 1 LPA). Une indemnité de procédure de CHF 1'500.- lui sera allouée, à charge de l'Etat de Genève, dès lors qu'il y a conclu et qu'il a encouru des frais pour sa défense (art. 87 al. 2 LPA).
PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE
à la forme :
déclare recevable le recours interjeté le 24 juin 2011 par Monsieur X______ contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 2 mai 2011 ;
au fond :
l'admet partiellement ;
annule le jugement du Tribunal administratif de première instance du 2 mai 2011, en ce qu'il rejette le recours s'agissant de l'ICC 2002 ;
confirme ledit jugement pour le surplus ;
annule les bordereaux rectificatifs de taxation et d'amende de l'administration fiscale cantonale genevoise du 26 août 2008 portant sur l'ICC 2002, ainsi que la décision sur réclamation y relative du 14 novembre 2008 ;
met à la charge de Monsieur X______ un émolument de CHF 500.- ;
alloue à Monsieur X______ une indemnité de procédure de CHF 1'500.-, à la charge de l'Etat de Genève ;
dit que, conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l’art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l’envoi ;
communique le présent arrêt à Me Pierre-Alain Guillaume, avocat du recourant, à l'administration fiscale cantonale, à l’administration fédérale des contributions, ainsi qu'au Tribunal administratif de première instance.
Siégeants : M. Thélin, président, Mme Hurni, M. Verniory, juges.
Au nom de la chambre administrative :
la greffière de juridiction a.i. :
C. Sudre
le président siégeant :
Ph. Thélin
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.
Genève, le
la greffière :