Von der Führung mit Leistungsvereinbarung sind neben der Eidgenössischen Finanzkontrolle ausgenommen:
- die Bundeskanzlei;
- der Eidgenössischen Datenschutz- und Öffentlichkeitsbeauftragte;
- die Eidgenössischen Spielbankenkommission;
- der Preisüberwacher;
- die Wettbewerbskommission;
- die Schweizerische Sicherheitsuntersuchungsstelle;
- die Eidgenössische Postkommission;
- die Kommission für den Eisenbahnverkehr;
- die Eidgenössische Elektrizitätskommission;
- die Eidgenössische Kommunikationskommission;
- die Unabhängige Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen.