Outre le Contrôle fédéral des finances, les exceptions à la gestion par convention de prestations concernent les unités administratives suivantes:
- la Chancellerie fédérale;
- le Préposé fédéral à la protection des données et à la transparence;
- la Commission fédérale des maisons de jeu;
- le Surveillant des prix;
- la Commission de la concurrence;
- le Service suisse d’enquête de sécurité;
- la Commission fédérale de la poste;
- la Commission des chemins de fer;
- la Commission fédérale de l’électricité;
- la Commission fédérale de la communication;
- l’Autorité indépendante d’examen des plaintes en matière de radio-télévision.