Die unabhängige Aufsichtsbehörde übt ihre Funktion unabhängig aus; sie ist weisungsungebunden. Sie ist dem VBS administrativ zugeordnet.
Sie verfügt über ein eigenes Budget. Sie stellt ihr Personal an.
Sie konstituiert sich selbst. Sie regelt ihre Organisation und ihre Arbeitsmethoden in einer Geschäftsordnung.
Das Arbeitsverhältnis der Leiterin oder des Leiters sowie des Personals der unabhängigen Aufsichtsbehörde richtet sich nach dem Bundespersonalgesetz vom 24. März 20001. Die Leiterin oder der Leiter untersteht nicht dem Beurteilungssystem nach Artikel 4 Absatz 3 des Bundespersonalgesetzes.2